Makalah Metabolisme Mikroorganisme Kel 5
Makalah Metabolisme Mikroorganisme Kel 5
Makalah Metabolisme Mikroorganisme Kel 5
“METABOLISME MIKROORGANISME”
Puji syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Kuasa atas segala limpahan Rahmat,
Inayah, Taufik dan Hidayahnya sehingga kami dapat Menyelesaikan Tugas Makalah
Yang berjudul “Metabolisme Mikroorganisme”. Semoga tugas ini dapat dipergunakan
sebagai salah satu sumber pengetahuan, petunjuk maupun pedoman bagi pembaca
dalam memahami serta mengetahui mengenai yang dipelajari dalam Mikrobiologi.
Dalam membuat makalah kami ini, dengan keterbatasan ilmu pengetahuan yang
kami miliki, kami berusaha mencari bahan materi dari berbagi sumber yaitu buku dan
artikel yang terkait serta dari sumber lainnya. Kegiatan penyusunan makalah ini
memberikan tambahan ilmu pengetahuan yang dapat bermanfaat bagi kehidupan dan
semoga bagi para pengguna makalah ini.
Sebagai manusia biasa, kami sadar bahwa dalam pembuatan makalah ini masih
jauh dari sempurna. Oleh karena itu kami berharap akan adanya masukan yang
membangun sehingga makalah ini dapat bermanfaat baik bagi diri kami sendiri maupun
pengguna makalah ini. Akhirulkalam kami mengucapkan semoga Allah SWT
memberikan kita seuma dalam naungan kasih dan sayang-Nya.
Penyusun
Daftar Isi
BAB I
PENDAHULUAN
1
Fifendy, Kades, dan M. Biomed. 2017. Mikrobiologi. Depok: PT khasisma Putra Utama
memasuli sel; dengan mengambil zat makanan yang ada di sekeliling sel. Misalnya,
enzim amilase menguraikan zat pati menjadi unit-unit gula yang lebih kecil.2
2.3.3 Mekanisme Kerja Enzim
Enzim meningkatkan kecepatan reaksi dengan cara menurunkan energi
aktivasi. Energi aktivasi adalah energi yang diperlukan untuk mengaktifkan suatu
reaktan sehingga dapat bereaksi untuk membentuk senyawa lain. Energi potensial hasil
reaksi menjadi lebih rendah, tetapi enzim tidak mempengaruhi letak keseimbangan
reaksi. Saat berlangsungnya reaksi enzimatik terjadinya ikatan, sementara enzim dengan
substratnya reaktan. Ikatan sementara bersifat labil dan hanya untuk waktu yang singkat
saja. Selanjutnya ikatan enzim substrat akan pecah menjadi enzim dan hasil akhir.
Enzim yang terlepas kembali setelah reaksi dapat berfungsi lahi sebagai biokatalisator
untuk reaksi yang sama.3
2.3.4 Klasifikasi/ Penggolongan Enzim
A. Penggolongan Enzim Berdasarkan Tempat Bekerjanya
1. Endoenzim
Endoenzim disebut juga enzim intraseluller yaitu enzim yang
berkerja di dalam sel. Umumnya merupakan enzim yang digunakan untuk
proses sintesis di dalam sel dan untuk pembentukan energi (ATP) yang
berguna untuk proses kehidupan sel misalnya, dalam proses respirasi.
2. Eksoenzim
Eksoenzim disebut juga enzim ekstraseluller yaitu enzim yang
berkerjanya di luar sel. Umumnya berfungsi untuk mencernakan substrat
secara hidrolisis untuk dijadikan molekul yang lebih sederhana dengan berat
molekul lebih rendah sehingga dapat masuk melewati membran sel. Energi
yang dibebaskan pada reaksi pemecahan substrat di luar sel tidak digunakan
dalam proses kehidupan sel.
B. Penggolongan Enzim Berdasarkan Daya Katalisis
1. Oksidoreduktase
Enzim ini mengkatalisis reaksi oksidasi-reduksi yang merupakan
pemindahan elektron, hidrogen atau oksigen. Contoh ; enzim elektron
transfer oksidase dan hidrogen perioksidase (katalase).
2
Lud Waluyo. 2007. Mikrobiologi Umum. Malang: UMM Press
3
Darkuni, Noviar. 2001. Mikrobiologi (Bakteriologi, Virology, dan Mikologi). Malang : JICA
2. Transferase
Enzim ini mengkatalisis pemindahan gugus molekul dari satu
molekul ke molekul lain. Contoh ; transaminase, transfosforilase, dan
transasilase.
3. Hydrolase
Enzim ini mengkatalisis reaksi-reaksi hidrolisis. Contoh;
karboksilesterase, lipase dan peptidase
4. Liase
Enzim ini berfungsi untuk mengkatalisis pengambilan atau
penambahan gugus dari satu molekul tanpa melalui proses hidrolisis.
5. Isomerase
Isomerase meliputi enzim-enzim yang mengkatalisis reaksi
isomerisasi yaitu; rasemase, epirerase, co-transisomerase, intramolekul
ketolisorerase, dan murase.
6. Ligase
Enzim ini mengkatalisis penggabungan dua molekul dengan
dibebaskannya molekul priposfat dari nukleosida trifosfat. Contoh; enzim
asetat.
7. Enzim Lain dengan Tata Nama Berbeda
Ada beberapa enzim yang penamaanya tidak menurut cara diatas
misalnya enzim pepsin, triosin, dan sebagainya serta enzim yang termasuk
permease. Permease adalah enzim yang berperan dalam menentukan sifat
selektif permeabel dari membran sel.
C. Penggolongan Enzim Berdasarkan Cara Terbentuknya
1. Enzim Konstitutif
Kadar enzim dalam sel berjumlah normal atau tetap pada sel hidup
2. Enzim Adaptif
Enzim yang pembentukkannya dirangsang oleh adanya subtrat.
Contoh : enzim beta galaktosidase yang dihasilkan oleh bakteri E. coli.
D. Penggolongan Enzim Berdasarkan Substratnya
1. Kerbohidrase, merupakan enzim yang menguraikan karbohidrat yang
mencakup; amilase, maltase, laktase, selulase dan pektinase.
2. Esterase, merupakan enzim yang memecah golongan ester, antara
lain; lipase dan posfatase.
3. Protease, merupakan enzim yang menguraikan golongan protein,
contohnya; peptidase, gelatinase, dan renin.4
seperti NO 3 −¿,
3 +¿ ,dan SeO
2−¿ ,CO2 ,Fe
SO 4
2−¿ ¿
4
¿
¿ . Respirasi melibatkan aktvitas rantai transpor elektron seperti
¿
elektron melewati rantai untuk sampai ke akseptor elektron terakhir. Sebuah tipe energi
potensial yang disebut proton motive force (PMF) yang umum digunakan untuk
mensintesis ATP dari ADP dan Pi dengan mekanisme oksidasi fosforilasi (ox phos).
4
Dwidjoseputro, 1978. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Malang : Djambatan.
5
Sumarsih Sri. 2003. Mikrobiologi Dasar. Jurusan Ilmu Tanah Fakultas Pertanian Upn”Veteran”
Yogyakarta. Hlm: 63
6
Prayitno Trio Ageng, Nuril Hidayati. 2017. Pengantar Mikrobiologi. Media Nusa Creative: Malang. Hlm:
118
Sebaliknya, fermentasi menggunakan akseptor elektron terakhir yaitu endogen (dari
dalam sel) dan tidak melibatkan aktivitas rantai transpor elektron dan PMF.7
2.4.1 Respirasi Mikroorganisme secara Aerob
Respirasi Mikroorganisme secara Aerob merupakan serangkaian reaksi
enzimatis yang mengubah glukosa secara sempurna menjadi CO 2, H2O, dan
menghasilkan energi. Menurut penyelidikan energi yang terlepas sebagia hasil
pembakaran 1 gram mol glukosa adalah 675 kkal. Dalam respirasi aeorb, glukosa
dioksidasi oleh oksigen, dan reaksi kimianya dapat dirumuskan sebagai berikut.
Dalam kenyataan, reaksi yang terjadi tidak sesederhana itu, banyak tahap
reaksi yang terjadi dari awal hingga terbentuknya energi. Reaksi-reaksi tersbut
dibedakan menjadi 4 tahap, yakni :
1. Glikolisis
Glikolisis merupakan serangkaian reaksi enzimatis yang memecah
glukoas (terdiri dari 6 atom C) menjadi 2 molekul asam piruvat (terdiri dari 3 atom C).
Glikolisis juga menghasilkan ATPdan NADH + H+. Proses Glikolisis terdiri dari 10
Tahap, yakni sebagai berikut :
Tahap 1 = Glukosa yang masuk ke dalam sel mengalami fosfolirasi dengan
bantuan enzim heksokinase dan menghasilkan glukosa 6-fosfat.
Untuk keperluan ATP diubah menjadi ADP agar diperoleh energi.
Tahap 2 = Glukosa 6-fosfat diubah oleh enzim fosfoglukoisomerase menjadi
bentuk isomer berupa fruktosa 6-fosfat.
Tahap 3 = Dengan menggunakan energi hasil perubahan ATP menjadi ADP,
fruktosa 6-fosfat diubah oleh enzim fosfofruktokinase menjadi
fruktosa 1,6-bifosfat
Tahap 4= enzim aldolase mengubah fruktosa 1,6 bifosfat menjadi
dihidroksiaseton fosfat dan gliseraldehida fosfat.
7
Prayitno Trio Ageng, Nuril Hidayati. 2017. Pengantar Mikrobiologi. Media Nusa Creative: Malang. Hlm:
118
Tahap 5 = Terjadi perubahan reaksi bolak-balik antara dihidroksi aseton fosfat
dengan gliseraldehid fosfat sehingga akhirnya hanya gliseraldehid
fosfat saja yang digunakan untuk reaksi berikutnya.
Tahap 6 = Melalui bantuan enzim triosofosfat dehidrogenase, terjadi perubahan
dari gliseraldehid fosfat menjadi 1,3-bifogliserat. Dalam tahap ini
juga terjadi transfer elektron sehingga NAD berubah menjadi
NADH, serta pengikatan fosfat anorganik dari sitoplasma.
Tahap 7 = Terjadi perubahan dari 1,3-bifogliserat menjadi 3-fosfogliserat
dengan
bantuan enzim fosfogliseromutase. Pada tahap ini juga terjadi
pembentukan dua molekul ATP dengan menggunakan gugus fosfat
yang sudah ada pada reaksi sebelumnya.
Tahap 8 = Terjadi perubahan 3-fosfogliserat menjadi 2-fosfogliserat karena
enzim fosfogliseromutase memindahkan gugus fosfatnya.
Tahap 9 = Terjadi pembentukan fosfoenol piruvat (PEP) dan 2-fosfogliserat
dengan bantuan enzim enolase, sekaligus juga terjadi pembentukan
2 molekul air.
Tahap 10 = Terjadi perubahan fosfoenol piruvat (PEP) menjadi asam piruvat
dengan piruvatkinase, serta terjadi pembentukan 2 molekul ATP.
Gambar 1. Reaksi Proses Glikolisis
2. Dekaboksilasi Oksidatif Asam Piruvat
Dekaboksilasi Oksidatif Asam Piruvat berlangsung di dalam mitokondria
dan merupakan reaksi kimia yang mengawali siklus krebs. Dalam peristiwa ini terjadi
perubahan asam piruvat menjadi molekul asetil Ko-A (senyawa berkarbon dua). Dalam
dua peristiwa ini, juga dihasilkan satu molekul NADH untuk setiap pengubahan
molekul asam piruvat menjadi asetil Ko-A.
4. Transpor Elektron
Setelah proses siklus krebs, maka yang terakhir adalah proses transfer
elektron. Transfer elektron merupakan reaksi pemindahan elektron melalui reaksi
redoks (reduksi – oksidasi). Karena respirasi membutuhkan jumlah ATP dan proses
oksidasi NADH dan FADH, maka dibutuhkan senyawa-senyawa yang memiliki
potensial reduksi rendah sebagai akseptor elektron, dan O2 sangat ideal sebagai
akseptor. Elektorn yang berasal dari oksidasi susbtrat nADH atau FADH2, melalui
serangkaian redoks atau reduksi-oksidasi reaksi, lalu ke terminal akseptor. Dalam proses
ini, energi dilepaskan selama aliran elektron digunakan untuk membuat gradien proton.
Energi yang ditangkap dalam ikatan energi yang tinggi ketika fosfat (P)
anorganik bergabung dengan molekul ADp untuk membuat ATP. Proses ini disebut
fosforilasi oksidatif. Energi (ATP) dalam sistem ini dihasilkan oleh oksidasi 1 mol
NADH atau NADPH2 dapat digunakan untuk membentuk 3 mol ATP. Reaksinya
sebagai berikut :
Sementara itu, energi yang dihasilkan oleh oksidasi 1 mol FADH2 dapat menghasilkan 2
mol ATP. Beberapa jenis enzim yang terlibat dalam pengangkutan elektron seperti
NADH dehidrogenase, sitokrom reduktase, dan sitokrom oksidase. Pembawa elektron
terdiri dari flavoprotein (contoh : FAD dan mononucleotide flavin (FMN), besi sulfur
(FeS), dan sitokrom (protein dengan cincin yang berisi besi yang disebut dengan heme).
Gugus non-protein seperti lipid-soluble (larutan dalam lemak) yang lebih dikenal
dengan quinones.
2.4.2 Respirasi Mikroorganisme secara Anaerob
Beberapa bakteri fakultatif anaerob dan obligatif anaerob melakukan
respirasi anaerob. Dengan melibatkan electron transport system (ETS), tetapi terminal
akseptor elektron selain oksigen. Anaerob obligat adalah organisme yang mati bila
terkena oksigen, seperti Clostridium tetani dan Clostridium botulinum, yang masing-
masing menyebabkan tetanus dan botulisme.
Bakteri anaerob fakultatif adalah bakteri yang dapat hidup dengan baik bila
ada oksigen maupun tidak ada oksigen. Contoh bakteri anaerob fakultatif antara
lain Escherichia coli, Streptococcus, Alcaligenes, Lactobacillus, dan Aerobacter
aerogenes. Anaerob fakultatif dapat hidup dengan adanya atau tidak adanya oksigen,
tetapi lebih memilih untuk menggunakan oksigen. Contoh jenis ini termasuk
Escherichia coli.
1. Respirasi Nitrat
Respirasi nitrat dilakukan oleh bakteri anaerob fakultatif. Potensi redoks
nitrat adalah +0.42 Volt, dibandingkan dengan oksigen yang potensial redoksnya +0,82
volt. Akibatnya, lebih sedikit energi yang digunakan dibandingkan dengan oksigen
sebagai terminal akseptor elektron dan molekul lebih sedikit ATP yang terbentuk.
Proses ini memiliki beberapa langkah, yang mana nitrat direduksi menjadi nitrit dan
nitrogen oksida menjadi dinitrogen, yang disebut sebagai dissimilatory nitrate reduction
atau denitrifikasi. Reaksi denitrifikasi sebagai berikut:
2.
2NO3- + 12 e- + 12 H+ N2 + 6 H2O
Denitrifikasi dilakukan oleh spesies Pseudomonas stutzeri, Pseudomonas
aeruginosa, Paracoccus denitrificans dan Thiobacillus denitrificans. Bakteri ini adalah
kelompok bakteri yang memiliki kemampuan untuk melakukan reaksi reduksi senyawa
nitrat (NO3-) menjadi senyawa nitrogen bebas (N2). Pada beberapa kelompok bakeri
denitrifikasi, dapat ditemukan senyawa nitrogen oksida (NO) sebagai hasil sampingan
metabolisme. Proses ini pada umumnya berlangsung secara anaerobik (tanpa melibatkan
molekul oksigen, O2).
Selain nitrat, sulfat dan karbon dioksida, besi besi (Fe 3+), mangan (MN4+)
dan beberapa organik senyawa (sulfoksida dimetil, fumarat, glisin dan oksida
trimetilamina) dapat berfungsi sebagai terminal elektron akseptor untuk respirasi
anaerob tertentu bakteri.
4. Fermentasi pada Metabolisme Mikroba
Fermentasi menggunakan akseptor elektron terakhir yaitu endogen (dari
dalam sel) dan tidak melibatkan aktivitas rantai transpor elektron dan PMF. Akseptor
elektron endogen (seperti: piruvat) yang berasal dari jalur katabolik yang berguna untuk
mendegradasi dan mengoksidasi sumber energi organik. Selama proses fermentasi, ATP
dibentuk hanya dengan fosforilasi tingkat substrat (substrat-level-phosphorylation/SLP),
yaitu proses dimana gugus fosfat ditransfer ke ADP dari molekul berenergi tinggi
(seperti: fosfoenolpiruvat) yang dihasilkan oleh aktivitas katabolisme. Proses
memperoleh energi organisme Kemoorganotropik dapat dilihat pada Gambar dibawah
ini
Gambar 5. Proses Memperoleh Energi Kemoorganotropik
(Sumber: Willey dkk, 2009)
C C
Tiga konsep penting yang harus diingat saat fermentasi mikroba diperikasa,
yaitu; (1) NADH teroksidasi ke NAD+, (2) akseptor elektron yakni piruvat atau turunan
piruvat, dan (3) fosforilasi tidak dapat berlangsung dan mengurangi hasil ATP per
glukosa secara signifikan. Pada fermentasi, substrat (misalkan glukosa) hanya sebagian
teroksidasi, ATP dibentuk secara eksklusif oleh fosforilasi tingkat substrat, dan oksigen
tidak diperlukan. Meskipun fermentasi menghasilkan ATP yang jauh lebih sedikit.
Namun kegiatan ini merupakan komponen penting dari peristiwa metabolisme dari
banyak mikroba karena memungkinkan mikroba fermeter menyesuaikan diri dengan
perubahan habitatnya. Jenis-jenis fermentasi berdasarkan reaksinya dapat dilihat pada
Gambar dibawah ini.
10
Prayitno Trio Ageng, Nuril Hidayati. 2017. Pengantar Mikrobiologi. Media Nusa Creative: Malang. Hlm:
137-139
Gambar 6.21 Jenis-jenis fermentasi berdasarkan reaksinya
(Sumber: Willey dkk, 2009)
2. Choromaticeace
Bakteri ini disebut juga bakteri belerang ungu yang berbeda dengan
bakteri belerang hijau, karena bakteri ini mengandung sejumlah pigmen kartenoid
merah dan ungu dalam selnya. Bakteri ini memiliki reduktan yang sama dengan bakteri
belerang hijau sehingga dapat melalukan reaksi-reaksi yang sama dengan bakteri
belerang hijau.
3. Rhodospirillaceae
Bakteri ini disebut juga bakteri ungu non-belerang, secara morflogi
memiliki kesamaan dengan bakteri Chromaticeae tetapi tidak mampu menggunakan
senyawa belerang sebgai reduktan fotosintesis. Organisme ini dapat menggunakan
hydrogen atau berbagai senyawa organis lainnya sebagai reduktan. Berikut contoh
persamaan reaksi fotosintesis pada bakteri ungu non-belerang:
11
Volk, Wesley A dan Wheleer, Margaret F. 1993. Mikrobiologi Dasar.( Jakarta:Erlangga), hlm 68
12
Tortora, Gerad, J. 2010. Microbiology: An Introduction 10 th Edition. USA: Pearson Benjamin
Cummings), hlm 114
1. Fotoliotrof
Jasad-jasasd yang menggunakan zat-zat anorganik sebagai donor electron
seperti H2, NH3, atau S dinamakan jasad litotrof. Jasad fotolitotorof biasanya tergantung
kepada cahaya matahari dan senyawa anorganik sebagai donor electron untuk
pertumbuhannya. Contoh dari jasad litotrof adalah bakteri belerang ungu dan hijau.
Kedua kelompok bakteri ini dapat menyesuaikan hidupnya di dalam lingkungan yang
mengandung sulfur. Misalnya hydrogen sulfide (H2S). berikut adalag pola reaksi
fotosintesis dengan sumber hydrogen:
Dalam sintesis ini, Oksigen tidak dihasilkan, akan tetapi sulfur tersimpan
dalam sel kemudian dikeluarkan dan H2S merupakan donor hydrogen.
2. Kemolitotrof
Sumber energy jasad yang termasuk ke dalam golongan kemolitotrof
tergantung kepada hasil-hasil oksidasi-reduksi dan dapat menggunakan senyawa-
senyawa anorganik sebagai donor electron untuk pertumbuhannya.
Contoh:
a. Bakteri belerang
b. Bakteri besi
c. Bakteri hydrogen
d. Bakteri nitrifikasi
Semua cobtoh bakteri ini merupakan anggota dari Pseudomonadales,
dengan pola umum fotosintesis sebagai berikut:
Oksigen
Senyawa organic Anorganik
Energi
O bY product
H2O
H
CO2 Karbohidrat
a. Bakteri Belerang
Bakteri belerang mengabsorpsi H2S dan S2 dari lingkungan hidupnya
sehingga kedua metabolit ini bersenyawa dengan oksigen, dengan
rekasi sebagai berikut:
d. Bakteri Nitrifikasi
Ada dua macacm bakteri nitrifikasi, yaitu bakteri yang menggunakan
ammonia sebagai donor electron serta mengekskresikan ion-ion nitrit,
dan bakteri yang menggunakan nitrat sebagai donor electron serta
mengeksresikan ion-ion nitrat. Kedua tipe bakteri ini dapat
mensintesisnutrient khusu dengan oksigen, sehingga diperoleh energy.
Proses penghasilan energy dapat diringkas sebagai berikut:
A. Kesimpulam
Enzim berperan dalam metabolism yang dihasilkan oleh sel. Enzim berfungsi
sebagai katalisator anorganik yaitu untuk mempercepat reaksi kimia sehingga dapat
diketahui bahwa enzim berperan dalam metabolism mikroorganisme.
B. Saran
Sebagai penulis menyadari bahwa dalam penulisan ini masih jauh dari kata
sempurna agar kiranya pembaca dapat memberi kritik dan saran terkai penulisan
maupun materi agar tercipta makalah yang baik dikemudian hari, penulis
menyarankan agar pembaca membaca isi makalah dan dapat menjadikan makalah
ini sebagai penambah wawasan terkait metabolism mikroorganisme.
DAFTAR PUSTAKA
Arum Setyaningsih, Ayu Dara Kharisma, dan Evi Eriska. (2014). MIKROBIOLOGI:
Metabolsime Mikroorganisme. Palembang: Prodi Tadris Biologi Ftk Iain Raden
Fatah Palembang.
Hadisumarto, S. (1997). Sains Biologi 3a Untuk SMU Kelas 3 Tengah Tahun Pertama
Sesuai Kurikulum 1994. Jakarta: Bumi Aksara
Prayitno Trio Ageng, Nuril Hidayati. 2017. Pengantar Mikrobiologi. Media Nusa
Creative: Malang.
Suharsono dan Egi Nuryadin. (2018). Biologi Sel. Tasikmalaya: LPPM Universitas
Siliwangi.
Sumarsih Sri. 2003. Mikrobiologi Dasar. Jurusan Ilmu Tanah Fakultas Pertanian
Upn”Veteran” Yogyakarta.
Volk, Wesley A dan Wheleer, Margaret F. 1993. Mikrobiologi Dasar. Jakarta: Erlangga