Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas
Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas
Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas
KELOMPOK II
GELOMBANG II
Disusun Oleh :
DASAR TEORI
Konsep bahwa aktivitas biologis suatu senyawa berhubungan dengan struktur kimia, pertama kali
dikemukakan oleh Crum, Brown, Fraser (1869). Hubungan kuantitatif struktur kimia dan aktivitas biologis
obat (HKSA) merupakan bagian penting rancangan obat, dalam usaha mendapatkan suatu obat baru dengan
aktivitas yang lebih besar, keselektifan yang lebih tinggi, toksistas atau efek samping sekecil mungkin dan
kenyamanan yang lebih besar, akan lebih menghemat biaya atau lebih ekonomis karena untuk mendapatkan
obat baru dengan aktivitas yang dikehendaki , faktor coba-coba ditekan sekecil mungkin sehingga jalur sintesis
menjadi lebih pendek (Siswandono, 2008).
Free dan Wilson (1964), mengemukakan suatu konsep hubungan struktur dan aktivitas biologis obat,
yang dinamakan model de novo atau model matematik Free-Wilson. Mereka mengemukakan bahwa respons
biologis merupakan sumbangan aktivitas dari gugus-gugus substituen terhadap aktivitas biologis senyawa
induk, yang dinyatakan melalui persamaan berikut :
Log 1/C = Ʃ S + μ
Model de novo ini kurang berkembang karena tidak dapat digunakan bila efek substituen bersifat tidak linier
atau bila ada interaksi antar substituen (Siswandono, 2008). Selain itu model ini memerlukan banyak senyawa
dengan kombinasi substituen yang bervariasi untuk dapat menarik kesimpulan yang benar. Namun model ini
juga memiliki keuntungan karena dapat menghubungkan secara kuantitatif antara struktur kimia dan aktivitas
biologis dari turunan senyawa dengan bermacam-macam gugus substitusi pada berbagai zona.
Hansch (1963), mengemukakan suatu konsep bahwa hubungan struktur kimia dengan aktivitas
biologis (log 1/C) suatu turunan senyawa dapat dinyatakan secara kuantitatif melalui parameter-parameter
sifat kimia fisika dari substituen yaitu parameter hidrofobik (π), elektronik (δ), dan sterik (Es) (Siswandono,
2008). Model pendekatan ini disebut juga model hubungan energi bebas linier (linier free energy
relationship = LFER) atau pendekatan ekstratermodinamik. Pendekatan ini menggunakan dasar persamaan
Hammet yang didapat dari kecepatan hidrolisis turunan asam benzoat, sebagai berikut:
Log (kx/kh) = ρ σ
Ρ : tetapan yang tergantung pada tipe dan kondisi reaksi serta jenis
senyawa
1. Parameter Hidrofobik
Parameter hidrofobik (lipofilik) yang sering digunakan adalah logaritma koefisien partisi (log P),
tetapan π Hansch-Fujita, tetapan fragmentasi f Rekker-Mannhold dan tetapan kromatografi Rm.
2. Parameter Elektronik
1. Pengaruh berbagai substituen terhadap reaktivitas bagian molekul yang tidak mengalami perubahan.
Penetapannya menggunakan perhitungan orbital molekul.
2. Sifat elektronik yang berkaitan dengan tetapan ionisasi (pKa) dan berhubungan dengan bentuk terionkan
dan tak terionkan dari suatu senyawa pada pH yang tertentu. Penetapannya menggunakan persamaan
Henderson-Hasselbach.
1. Tetapan reaksi, contoh: pKa (tetapan disosiasi), K (Tetapan reaksi), t½ (waktu paruh biologis)
2. Sifat organik fisik, contoh: E (potensial redoks), ∆ v (spektra infra-merah) dan δ ppm (spektra NMR)
3. Total energi elektron dalam molekul, contoh: Etot, EHOMO dan ELUMO
3. Parameter Sterik
Tetapan sterik substituen dapat diukur berdasarkan sifat meruah gugus-gugus dan efek gugus pada
kontak obat dengan sisi reseptor yang berdekatan.
Tetapan sterik yang sering digunakan dalam hubungan struktur-aktivitas adalah tetapan Es Taft, tetapan
Esc Hancock, tetapan dimensi van der waal’s, tetapan U Charton, dan tetapan sterimol Verloop. Karena data
tetapan sterik tersebut tidak tersedia untuk banyak tipe substituen, parameter sterik yang dihitung secara
teoritis juga digunakan dalam hubungan struktur-aktivitas yaitu berat molekul (BM = MW), refraksi molar
dan parakor.
Perhitungan statistik yang banyak digunakan dalam hubungan struktur dan aktivitas melalui
parameter-parameter kimia fisika adalah regresi linier dan non linier.
1. Regresi Linier
Perhitungan regresi linier digunakan untuk mencari hubungan antara aktivitas biologis dengan satu
parameter kimia fisika atau lebih.
Y = bX + a
Regresi linier untuk dua dan tiga parameter kimia fisika, dapat dinyatakan melalui parameter-parameter
sebagai berikut:
Disamping model persamaan linier hubungan antara aktivitas biologi dan deskriptornya dapat
dinyatakan dalam persamaan kuadrant dalam bentuk umum:
Y = a(X)2 + bX + c
Jika akan dibuat model matematika kuadratik dari data aktivitas biologi suatu senyawa dan deskriptornya.
Maka, persamaanya menjadi seperti berikut:
Y = a(π)2 + bπ+ c
Nilai optimum dari π dapat diperoleh dengan menurunkan persamaan regresi parabolik yang kedua terhadap
π yaitu:
3. Regresi Multilinier
Perhitungan regresi multi linier pada dasarnya sama seperti regresi linier. Jika variabel bebas diketahui
maka dapat dihitung perkiraan aktivitas biologinya berdasarkan model persamaannya, namun perbedaannya
yaitu, pada regresi multilinier pengujiannya dilakukan pada satu variabel terikat dan dua atau lebih variabel
bebas.
4. Kriteria Statistik
Keabsahan persamaan yang diperoleh dan arti perbedaan parameter yang digunakan dalam hubungan
struktur-aktivitas model Hansch, dapat dilihat dengan beberapa kriteria statistik seperti r, r2, F, t dan s. Arti
kriteria statistik:
Menunjukkan tingkat hubungan antara data aktivitas biologis pengamatan percobaan dengan data hasil
perhitungan berdasarkan persamaan yang diperoleh dari analisis regresi. Semakin tinggi nilainya semakin
baik hubungannya.
b. Nilai r2
Menunjukkan berapa % aktivitas biologis yang dapat dijelaskan hubungannya dengan parameter sifat
kimia fisika yang digunakan.
c. Nilai F
Menunjukkan kemaknaan hubungan bila dibandingkan dengan tabel F. Makin besar nilai F semakin besar
derajat kemaknaan hubungan.
d. Nilai t
Menunjukkan perbedaan koefisien regresi a, b, c dan d dari persamaan regresi bila dibandingkan dengan
tabel t.
e. Nilai s (simpangan baku)
5. Validasi Silang
Validasi silang adalah metode untuk menguji validasi regresi dengan menggunakan data uji diluar data
yang digunakan. Sehingga diperoleh persamaan terbaik dari analisis regresi tersebut. Kriteria untuk validasi
salah satunya dengan melihat hasil PRESS (Predicted Residual Sum or Squer) yang terkecil. Validasi ini telah
dilakukan pada pemilihan kelompok model, dengan nilai r2 paling besar. (Pranowo, et al., 2007).
Struktur Utama
a. Struktur Utama
b. Struktur Pilihan
Dengan cara :
Copy Struktur ke 3D, Sebelum di optimasi menggunakan Compute Properties, struktur 3D senyawa
haruslah di Minimize Energy terlebih dahulu agar mengetahui senyawa struktur tersebut dalam
keadaan paling satbil
Dengan Cara :
Buka file save .mdl dari aplikasi Chemdraw3D, Lalu buka file di GaussianView, Lakukan optimasi
dengan Klik menu bar Calculate >> Calculate Gaussian Setup >> Pilih Job Type Opt+Req >> Pilih
Method (Semi Empirical) , (AM1). Sumbit.
Kemudian tunggu sampai proses optimasi selesai, tampilkan Energy total dan Momen Dipole (MD),
di file yang telah di optimasi file .chk. kemudian klik pada file tersebut pilih menu Result >> Summary
Kemudian tampilkan HOMO & LUMO, dengan cara klik di file yang sudah di optimasi pilih edit >>
Mos >> akan muncul HOMO dan LUMO
Kemudian mencari ELE, Enthalpi, Entropi, Buka file .notepade pada hasil optimasi
LUMO
HOMO
DESKRIPTOR HKSA
Ele Entropi (Cal/Mol- Entalpi MR MD Log S CMA
SENYAWA Etotal (a.u) EHOMO ELUMO Log P HF kj/mol Log IC50
(Kcal/Mol) Kelvin) (Hartree) (cm^3/mol) (Debye) (Log Units) (Angstroms Squared)
1 -0,053976 -0,37641857 -0,32406 -0,02943 161,989 -0,053032 0,586 -1065,65 86,708 2,6635 -2,9663 283,489 0,8779469516
2 0,115927 -0,28902762 -0,33037 -0,03013 180,497 0,116871 3,481 -820,74 109,726 3,4284 -4,68049 335,228 0,8733206018
3 0,116241 -0,22881634 -0,32867 -0,04006 118,256 0,117185 1,525 -1052,67 91,222 2,1027 -3,27022 297,898 0,869818208
4 -0,095500 -0,38769853 -0,32339 -0,03029 156,439 -0,094555 0,323 -1078,63 81,939 3,1043 -2,85479 264,343 0,8597385662
5 0,004164 -0,31262126 -0,32987 -0,02923 156,793 0,005109 1,651 -888,34 84,758 1,5668 -3,46066 271,942 0,8530895299
6 -0,098303 -0,39050948 -0,32831 -0,03230 156,048 -0,097459 0,998 -1078,63 81,683 3,2477 -2,63036 258,775 0,8401060945
7 0,029301 -0,33557640 -0,30512 -0,02404 187,520 0,030245 1,372 -928,33 99,293 7,3128 -4,05043 326,703 0,80305886687
8 -0,069271 -0,31898545 -0,33019 -0,03877 147,667 -0,068327 1,385 -802,94 78,268 3,5887 -2,61535 244,722 0,8254261178
9 0,128431 -0,17166790 -0,34386 -0,05524 119,398 0,129376 1,911 -776,98 87,806 6,2049 -3,24995 285,185 0,8305886687
Data Hasil Deskriptor Training Set HKSA :
10 -0,03666 -0,31409452 -0,31960 -0,03388 155,276 -0,035715 1,648 -789,96 83,037 5,1579 -2,29745 263,658 0,8221680794
11 -0,054615 -0,36355706 -0,31810 -0,04245 168,647 -0,053671 0,846 -954,29 89,755 3,6711 -2,81200 286,636 0,8208579894
12 -0,036204 -0,32286772 -0,33156 -0,03055 149,632 -0,03526 1,388 -901,32 79,989 2,7942 -2,74877 252,741 0,8162413
13 -0,038653 -0,03243721 -0,32584 -0,02862 148,258 -0,037709 1,388 -901,32 79,989 4,3503 -3,34932 257,492 0,8142475957
14 -0,013861 -0,36642179 -0,32299 -0,02768 169,778 -0,012917 0,849 -1052,67 91,477 3,3029 -3,49426 302,791 0,810232518
15 -0,055513 -0,37791138 -0,322 -0,02831 163,744 -0,054569 0,586 -1065,65 86,708 3,7846 -3,56616 283,499 0,7846172926
16 0,009775 -0,30685081 -0,3241 -0,02779 157,25 0,010719 1,651 -888,34 84,758 4,556 -3,57042 271,476 0,7831886911
17 -0,034819 -0,32197094 -0,32697 -0,02923 150,098 -0,033875 1,388 -901,32 79,989 4,4308 -3,3354 252,201 0,7723217067
18 -0,058730 -0,38115649 -0,32734 -0,03015 164,771 -0,057786 1,262 -1065,65 86,452 5,7038 -3,33047 275,611 0,7723217067
19 0,067489 -0,24283802 -0,33020 -0,02800 144,907 0,068433 2,041 -711,03 83,064 4,4876 -3,3946 270,217 0,767155866
20 -0,016760 -0,36947090 -0,32859 -0,02979 171,546 -0,015816 1,525 -1052,67 91,222 2,6311 -3,14692 297,544 0,728353782
21 0,030836 -0,35169537 -0,32023 -0,02920 181,477 0,03178 1,788 -1039,69 95,991 2,1648 -3,67418 316,296 0,716003344
22 0,044015 -0,30307426 -0,32758 -0,02639 166,197 0,04496 1,914 -875,36 89,527 3,2822 -3,38968 296,149 0,713490543
23 0,030851 -0,24994945 -0,32773 -0,02951 143,892 0,031795 1,778 -724,01 78,295 5,0934 -3,98234 244,656 0,706717782
24 0,119979 -0,22087988 -0,32002 -0,02825 160,489 0,120923 2,304 698,05 87,833 4,0863 -3,74019 282,866 0,549003262
25 0,047025 -0,30009202 -0,31913 -0,01901 167,196 0,047969 1,914 -875,36 89,527 8,2013 -3,64004 295,284 0,5440680444
26 0,087258 -0,28996805 -0,3181 0,01765 174,916 0,088202 2,177 -862,38 94,297 7,5722 -4,05658 311,849 0,4771212547
27 0,049765 -0,29724199 -0,32668 -0,01975 165,326 0,050709 1,914 -875,36 89,527 6,8913 -3,6405 293,704 0,4771212547
28 0,112446 -0,12694129 -0,33847 -0,02498 124,148 0,11339 2,293 -382,37 70,138 5,7601 -3,52249 224,379 0,7619278384
29 0,047103 -0,19811705 -0,33473 -0,02509 129,521 0,048047 1,904 -559,68 71,832 6,2761 -3,16916 231,765 0,810232518
Hasil Analisa Data Di SPSS
Anggota : 1. Andang Suguharto 191FF04004
2. Beny Putra S 191FF04010
3. Denis Munandar 191FF04012
4. Desi Nopita Sari 191FF04013
5. Dwi Pujangga Ramadan 191FF04016
A. Calon Deksriptor
1. CMA
2. MD
3. HF
4. ELUMO
B. Kombinasi Deskriptor
Kombinasi R
MD, HF, ELUMO 0.781
CMA, MD, HF 0.684
CMA, HF, ELUMO 0.757
CMA, MD, ELUMO 0.733
C. Persamaan
R = 0.781
HASIL
DESKRIPTOR HKSA
Ele Entropi (Cal/Mol- Entalpi MR MD Log S CMA
SENYAWA Etotal (a.u) EHOMO ELUMO Log P HF kj/mol Log IC50
(Kcal/Mol) Kelvin) (Hartree) (cm^3/mol) (Debye) (Log Units) (Angstroms Squared)
1 -0,053976 -0,37641857 -0,32406 -0,02943 161,989 -0,053032 0,586 -1065,65 86,708 2,6635 -2,9663 283,489 0,8779469516
2 0,115927 -0,28902762 -0,33037 -0,03013 180,497 0,116871 3,481 -820,74 109,726 3,4284 -4,68049 335,228 0,8733206018
3 0,116241 -0,22881634 -0,32867 -0,04006 118,256 0,117185 1,525 -1052,67 91,222 2,1027 -3,27022 297,898 0,869818208
4 -0,095500 -0,38769853 -0,32339 -0,03029 156,439 -0,094555 0,323 -1078,63 81,939 3,1043 -2,85479 264,343 0,8597385662
5 0,004164 -0,31262126 -0,32987 -0,02923 156,793 0,005109 1,651 -888,34 84,758 1,5668 -3,46066 271,942 0,8530895299
6 -0,098303 -0,39050948 -0,32831 -0,03230 156,048 -0,097459 0,998 -1078,63 81,683 3,2477 -2,63036 258,775 0,8401060945
7 0,029301 -0,33557640 -0,30512 -0,02404 187,520 0,030245 1,372 -928,33 99,293 7,3128 -4,05043 326,703 0,80305886687
8 -0,069271 -0,31898545 -0,33019 -0,03877 147,667 -0,068327 1,385 -802,94 78,268 3,5887 -2,61535 244,722 0,8254261178
9 0,128431 -0,17166790 -0,34386 -0,05524 119,398 0,129376 1,911 -776,98 87,806 6,2049 -3,24995 285,185 0,8305886687
10 -0,03666 -0,31409452 -0,31960 -0,03388 155,276 -0,035715 1,648 -789,96 83,037 5,1579 -2,29745 263,658 0,8221680794
11 -0,054615 -0,36355706 -0,31810 -0,04245 168,647 -0,053671 0,846 -954,29 89,755 3,6711 -2,81200 286,636 0,8208579894
12 -0,036204 -0,32286772 -0,33156 -0,03055 149,632 -0,03526 1,388 -901,32 79,989 2,7942 -2,74877 252,741 0,8162413
13 -0,038653 -0,03243721 -0,32584 -0,02862 148,258 -0,037709 1,388 -901,32 79,989 4,3503 -3,34932 257,492 0,8142475957
14 -0,013861 -0,36642179 -0,32299 -0,02768 169,778 -0,012917 0,849 -1052,67 91,477 3,3029 -3,49426 302,791 0,810232518
15 -0,055513 -0,37791138 -0,322 -0,02831 163,744 -0,054569 0,586 -1065,65 86,708 3,7846 -3,56616 283,499 0,7846172926
16 0,009775 -0,30685081 -0,3241 -0,02779 157,25 0,010719 1,651 -888,34 84,758 4,556 -3,57042 271,476 0,7831886911
17 -0,034819 -0,32197094 -0,32697 -0,02923 150,098 -0,033875 1,388 -901,32 79,989 4,4308 -3,3354 252,201 0,7723217067
18 -0,058730 -0,38115649 -0,32734 -0,03015 164,771 -0,057786 1,262 -1065,65 86,452 5,7038 -3,33047 275,611 0,7723217067
19 0,067489 -0,24283802 -0,33020 -0,02800 144,907 0,068433 2,041 -711,03 83,064 4,4876 -3,3946 270,217 0,767155866
20 -0,016760 -0,36947090 -0,32859 -0,02979 171,546 -0,015816 1,525 -1052,67 91,222 2,6311 -3,14692 297,544 0,728353782
21 0,030836 -0,35169537 -0,32023 -0,02920 181,477 0,03178 1,788 -1039,69 95,991 2,1648 -3,67418 316,296 0,716003344
22 0,044015 -0,30307426 -0,32758 -0,02639 166,197 0,04496 1,914 -875,36 89,527 3,2822 -3,38968 296,149 0,713490543
23 0,030851 -0,24994945 -0,32773 -0,02951 143,892 0,031795 1,778 -724,01 78,295 5,0934 -3,98234 244,656 0,706717782
24 0,119979 -0,22087988 -0,32002 -0,02825 160,489 0,120923 2,304 698,05 87,833 4,0863 -3,74019 282,866 0,549003262
25 0,047025 -0,30009202 -0,31913 -0,01901 167,196 0,047969 1,914 -875,36 89,527 8,2013 -3,64004 295,284 0,5440680444
26 0,087258 -0,28996805 -0,3181 0,01765 174,916 0,088202 2,177 -862,38 94,297 7,5722 -4,05658 311,849 0,4771212547
27 0,049765 -0,29724199 -0,32668 -0,01975 165,326 0,050709 1,914 -875,36 89,527 6,8913 -3,6405 293,704 0,4771212547
28 0,112446 -0,12694129 -0,33847 -0,02498 124,148 0,11339 2,293 -382,37 70,138 5,7601 -3,52249 224,379 0,7619278384
29 0,047103 -0,19811705 -0,33473 -0,02509 129,521 0,048047 1,904 -559,68 71,832 6,2761 -3,16916 231,765 0,810232518
2. Data senyawa setelah membuang data outlier, grafik dan nilai r2 pada plot
Persamaan
R = 0.866
Fhit = 28.611
Nilai Q2 = 0.64313
KESIMPULAN
Analisis statistic yang dilakukan yaitu menghitung nilai R, Fhit/Ftabel, dan Q2 mendapatkan persamaan
HKSA yang dapat diterima. Adapun persyaratan dari tiap taip parameter yaitu untuk nilai R ≥ 8,
Fhitung/Ftabel ≥ 1, dan Q2 ≥ 5 (Schefler, 1987).
1) Nilai R2 sebelum dieliminasi dari hasil Kurva linieritas adalah 0,7449 dengan persamaan y=0.7076x
+ 0.1269.
2) Nilai R setelah kombinasi 0,866, Fhitung = 28,611,Ftabel =3,521 dan Fhitung/ F table 8,125 (memnuhi
syarat).
3) Persamaan HKSA nilai Q2 0,64313 (memenuhi syarat), karna syarat Q2 ≥ 0,5
Schefler WC, 1987, Statistika untuk biologi, farmasi, kedokteran, dan ilmu yang bertautan, terjemahan Suroso, Penerbit
ITB, Bandung, 170-182