LAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA II

“ISOLASI DNA EUKARIOT 1”

NAMA : FADILLAH MUTIA

NIM : 19031073
PRODI/KELAS : PENDIDIKAN BIOLOGI/A
DOSEN : Dr. SYAMSURIZAL, M.Biomed.
ASISTEN DOSEN : 1. Aditya Willy Putra
2. Lisna Khairiyah

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS NEGERI PADANG

2021
 PRAKTIKUM 4
Isolasi DNA Genomik Eukariota I
A. Tujuan
1. Praktikan memahami prinsip kerja isolasi DNA
2. Praktikan mengetahui prosedur kerja isolasi DNA dari sampel swab
mukosa pipi manusia (eukariota)

B. Waktu dan Tempat

Hari/Tanggal : Jumat, 15 September 2021

Pukul : 13.20-15.50 WIB.

Tempat : Jalan Lolo Gunung Sarik

C. Dasar Teori
Gen merupakan unit terkecil pembawa setiap informasi genetik yang besarnya
sangat bervariasi, tergantung dari jenis informasi yang dibawa untuk mengkode suatu.
Isolasi DNA merupakan pekerjaan rutin di dalam laboratorium yang harus diimbangi
dengan kemampuan teoritis genetika molekuler untuk mendukung strategi transfer
dan manipulasi gen dalam menghasilkan jasa (Buwono dan Ibnu, 2018).

DNA merupakan persenyawaan kimia yang paling penting pada makhluk

hidup, yang membawa keterangan genetik dari sel khususnya atau dari makhluk
dalam keseluruhannya dari satu generasi ke generasi berikutnya. Molekul DNA
terdapat pada nukleus, mitokondria, plastida dan sentriol. Molekul DNA pada nucleus
memiliki bentuk sebagai benang lurus dan tidak bercabang, sedangkan DNA yang
terletak pada mitokondria dan plastida berbentuk lingkaran (Suryo, 2012).

Sebagian besar DNA terdapat dalam kromosom, hanya sedikit DNA terdapat
dalam organel seperti mitokondria tumbuhan dan hewan, dalam kloroplas ganggang
dan tumbuhan tinggi. Asam nukleat tersusun atas nukleotida yang terdiri dari gula,
fosfat dan basa nitrogen. Gula merupakan sebuah pentose yaitu deoksiribosa dan
fosfat berupa PO4 sedang basa nitrogen dibedakan atas pirimidin (Sitosin dan Timin)
dan purin (Adenin dan Guanin). Banyaknya nukleotida yang menyusun molekul
DNA maka DNA merupakan suatu polinukleotida (Agus, 2018).
Tahapan untuk mengisolasi DNA dimulai dari isolasi jaringan, pemecahan
dinding dan membran sel, pengekstraksian dalam larutan bufer, presipitasi, dan
pencucian DNA. Selanjutnya DNA harus dipisahkan dari isi sel yang lainnya agar
bercampur dengan buffer ekstraksi. Hal ini umum dilakukan dengan menggunakan
deterjen, misalnya sodium dodecyl sulphate (SDS). Proses presipitasi DNA dilakukan
untuk menghilangkan sisa-sisa lemak, protein, dan polisakarida yang tersisa maka
digunakan Na Acetate. Dalam proses presipitasi DNA biasanya disertakan dengan
penambahan etanol, hal ini disebabkan karena asam nukleat akan mengendap karena
sukar larut dalam etanol sedangkan pengotor seperti sisa CTAB (Cationic Hexadecyl
Trimethyl Ammonium Bromide) akan terikat dan larut dalam etanol. Disamping itu,
etanol 70 % berperan dalam melarutkan garam-garam yang terlibat dalam proses
ekstraksi. Proses tersebut juga memerlukan isopropanol yang bertujuan untuk
mengendapkan atau mengumpulkan DNA serta menghilangkan residu garam. Tahap
akhir DNA harus dimurnikan dari senyawa-senyawa non DNA lainnya, seperti RNA,
protein, polisakarida, metabolit sekunder dan sebagainya. Senyawa-senyawa tersebut
di atas harus dihilangkan semaksimal mungkin dari DNA, sebab dapat menghambat
aktivitas enzimatik pada DNA tersebut. RNA dapat dihilangkan dengan
menambahkan RNAse pada ekstrak. Protein dihilangkan dengan cara denaturasi dan
presipitasi menggunakan kloroform atau fenol (Buwono dan Ibnu, 2018).
Isolasi atau pengambilan DNA dari makhluk hidup terbagi atas beberapa
tahapan yaitu penumbuhan dan perbanyakan sel, penghancuran dinding sel,
penghilangan RNA dan protein serta pemurnian DNA. Sel akan ditumbuhkan dan
diperbanyak dalam medium dalam tenggang waktu 24 jam lalu dipanen pada saat sel
membelah secara aktif pada umur sel yang muda agar DNA mudah diambil. Medium
untuk perbanyakan sel harus mengandung nutrien penting yang dibutuhkan oleh sel.
Medium untuk penumbuhan sel bakteri biasanya menggunakan medium Luria
Bertani (Kusumaningrum dkk., 2015).
 Isolasi DNA adalah prosedur rutin untuk mengumpulkan DNA untuk analisis
molekuler atau forensik berikutnya. Isolasi DNA merupakan salah satu teknik yang
paling dasar dan penting dalam studi DNA. Isolasi/ekstraksi DNA diperoleh dengan
cara merusak atau memecahkan dinding sel sehingga DNA keluar dari dalam
sel.Derajat kemurnian dan kualitas dalam isolasi DNA sangat mempengaruhi hasil
yangakan diperoleh. Secara umum, prosedur ekstraksi yang baik untuk isolasi DNA
mencakup tiga hal penting, yaitu harus bisa dihasilkan DNA dengan kemurnian yang
tinggi, DNA harus utuh, dan konsentrasi yang tinggi. Konsentrasi dan kemurniaan
DNA ditentukan dengan spektrofotometer pada λ 260 nm dan 280 nm. Molekul DNA
dikatakan murni jika rasio absorbansinya berkisar antara 1.8 – 2.0 (Nurasyiah et al.,
2018).
Setelah terbukti bahwa DNA merupakan materi genetik pada sebagian besar
organisme, kita akan melihat fungsi DNA sebagai materi genetik. DNA menjalankan
tiga fungsi pokok berikut ini.
1. Materi genetik harus mampu menyimpan informasi genetik dan dengan tepat dapat
meneruskan informasi tersebut dari tetua kepada keturunannya, dari generasi ke
generasi. Fungsi ini merupakan fungsi genotipik, yang dilaksanakan melalui replikasi.

2. Materi genetik harus mengatur perkembangan fenotipe organisme. Artinya, materi

genetik harus mengarahkan pertumbuhan dan diferensiasi organisme mulai dari zigot
hingga individu dewasa. Fungsi ini merupakan fungsi fenotipik, yang dilaksanakan
melalui ekspresi gen.

3. Materi genetik sewaktu-waktu harus dapat mengalami perubahan sehingga

organisme yang bersangkutan akan mampu beradaptasi dengan kondisi lingkungan
yang berubah. Tanpa perubahan semacam ini, evolusi tidak akan pernah berlangsung.
Fungsi ini merupakan fungsi evolusioner, yang dilaksanakan melalui peristiwa mutasi
(Nusantari, 2015).
 Isolasi DNA genomik adalah langkah pertama dalam sebagian besar
eksperimen biologi molekuler. Faktor penentu saat memilih metode ekstraksi adalah
kuantitas, kualitas dan kemurnian DNA terisolasi. Teknik biologi molekuler
membutuhkan DNA dengan berbagai kemurnian dan kualitas. Saat ini, ada banyak
metodologi dan kit isolasi untuk ekstraksi DNA genomik dengan sifat optimal.
Penyangga yang mengandung deterjen nonionik seperti Cetyl Trimethyl Ammonium
Bromid (CTAB) sering digunakan untuk isolasi DNA, dan kemudian diikuti oleh
serangkaian langkah untuk pemurnian DNA dari kontaminan menggunakan pelarut
organik atau curah hujan garam (Stefunova, 2013).
Proses pemurnian DNA atau isolasi DNA secara garis besar akan berhasil jika
mampu memenuhi empat persyaratan yang ada. syarat tersebut antara lain perusakan
sel atau jaringan yang efektif, denaturasi kompleks nukleoprotein, inaktivasi nuklease
(Rnase untuk isolasi RNA dan DNase untuk isolasi DNA), dan bebas kontaminan
(protein, karbohidrat, lipid, asam nukleat lain). Keberhasilan isolasi DNA dinilai dari
kualitas serta integritas dari asam nukleat yang dihasilkan. Kedua parameter ini juga
akan mempengaruhi hasil penelitian selanjutnya (Aisyah, 2019).
Semua organisme disusun oleh sel yang mengandung elemen genetik yang
sama yaitu DNA yang terdapat dalam kromosom. Kromosom eukariot berbentuk
linear. Isolasi DNA Inang prinsipnya adalah memisahkan DNA kromosom atau DNA
genom dari komponensel lain. Sumber DNA bisa dari tanaman, kultur mikroorganise,
atau sel manusia. Membran sel dilisis dengan menambahkan detergen untuk
membebaskan isinya, kemudian pada ekstrak sel tersebut ditambahkan protease (yang
berfungsi mendegradasi protein) dan RNase (yang berfungsi untuk mendegradasi
RNA), sehingga yang tinggal adalah DNA. Selanjutnya ekstrak tersebut dipanaskan
sampai suhu 90°C untuk menginaktifasi enzim yang mendegradasi DNA (DNase).
Larutan DNA kemudian di presipitasi atau diendapkan dengan etanol dan bisa
dilarutkan lagi dengan akuadest (Nugroho, 2018).
Isolasi DNA pertama kali dilakukan oleh Frierich Miescher, Swiss pada tahun
1869. Dia berkeinginan untuk memecahkan prinsip-prinsip dasar kehidupan dengan
menentukan komposisi kimia dari sel. Dia mencoba utntuk mengisolasi sel dari
kelenjar getah bening, namun tidak berhasil. Kemudian dia beralih ke leukosit, dan
menemukan bahwa protein merupakan komponen utama sel dalam sitoplasma.
Selama pengujiannya, ia melihat bahwa ada zat yang mengendap saat ditambahkan
asam dan larut lagi ketika ditambahkan alkali. Inilah kali pertama ia menemukan
DNA, ia kemudian mengembangkan protokol baru untuk mengisolasi DNA tersebut
dari selnya (Brown, 2010).
Metode untuk isolasi asam nukleat biasanya dimulai dengan menambahkan
sampel ke larutan lisis yang mengandung deterjen/chaotropic. Atau, sel dapat pertama
kali terkonsentrasi oleh sentrifugasi dan kemudian ditangguhkan dalam larutan.
Solusi suspensi yang khas adalah hipotonis, seperti yang digunakan dalam langkah
pra-pengobatan untuk menglisis sel darah merah atau larutan isotonik, sebagai garam
penyangga fosfat, glukosa atau sorbitol. Reagen lisis biasanya mengandung deterjen
untuk melarutkan membran sel dan untuk mencairkan protein dan lipid, seperti
deterjen anionik Sodium Dodecyl Sulfate (SDS) dan N-Lauroyl Sarcosine. Untuk
tujuan ini, deterjen non-ionik dan kationik juga telah dilaporkan. Setelah lisis, DNA
dimurnikan dengan pemisahan dari lisat kompleks, yang mengandung pasangan
seluler non DNA seperti RNA, lipid dan protein. Pemurnian DNA dapat dilakukan
menggunakan protokol berbasis solusi atau berbasis kolom (Carpi, 2011).
D. Alat dan bahan
Alat Bahan
1. Mikropipet berbagai ukuran 1. Buccal swab
2. Water bath 2. Microtube
3. Microcentrifuge 3. Lysis solution
4. Gunting 4. Concentrated salt solution
5. Wadah limbah 5. Resuspension buffer
6. Isopropyl alcohol
7. Tips berbagai ukuran

E. Cara / Prosedur Kerja

1. Dosen/asisten praktikum menjelaskan dan memperagakan prosedur kerja
secara umum kepada praktikan melalui video tutorial yang sudah diunggah ke
elearning2.unp.ac.id atau di kanal youtube “Praktikum Virtual Genetika II
Biologi FMIPA UNP” dengan link videonya adalah sebagai berikut:
https://youtu.be/0JXci-VeMj0
2. Praktikan membaca penuntun praktikum virtual dan menonton video tutorial
agar dapat memahami prosedur kerjanya.
3. Saat melakukan isolasi DNA di laboratorium wajib menggunakan jas lab,
sarung tangan, dan masker.
4. Lakukan simulasi isolasi DNA dari sampel swab mukosa pipi menggunakan
aplikasi virtual lab pada situs
https://learn.genetics.utah.edu/content/labs/extraction/
5. Rekam video Anda saat mengerjakan simulasi isolasi DNA, kemudian unggah
video singkat
Anda di Instagram masing-masing dengan hashtag
#praktikumvirtualgenetika2bioUNP
Prosedur Kerja
a) Pengambilan Sampel Swab Pipi
1. Gunakan buccal swab untuk mengumpulkan sel epitel mukosa pipi!
 2. Masukkan buccal swab ke dalam microtube (potong bagian ujung swab dan
buang
bagian tangkai buccal swab!)
b) Lisis Sel
3. Dengan bantuan mikropipet, tambahkan sejumlah larutan lisis (lysis
solution) ke dalam
microtube berisi ujung swab!
4. Inkubasi sampel di dalam microtube di water bath hangat (55-60oC) dalam
selang waktu
tertentu!
5. Kemudian buang ujung swab dari microtube!
c) Pemisahan DNA dari protein dan debris sel
6. Tambahkan larutan garam konsentrasi tinggi (concentrated salt solution) ke
dalam
microtube!
7. Masukkan microtube ke dalam microcentrifuge (pastikan sampel berada
pada posisi
seimbang di dalam microcentrifuge), lalu sentrifus sampel!
8. DNA akan larut dalam cairan pada bagian atas microtube (supernatan),
sedangkan
protein dan debris sel akan mengendap di dasar microtube (pellet).
9. Dengan bantuan mikropipet, pindahkan cairan bagian atas (supernatan) ke
dalam
microtube steril yang baru! Sedangkan endapan protein dan debris sel
(pellet) dibiarkan
saja.
d) Presipitasi DNA
10. Tambahkan isopropyl alcohol ke dalam microtube baru yang berisi
supernatan,
kemudian bolak-balik microtube beberapa kali!
 11. Masukkan microtube ke dalam microcentrifuge (pastikan sampel berada
pada posisi
seimbang di dalam microcentrifuge), lalu sentrifus sampel!
12. Setelah disentrifus, DNA akan mengendap di bagian dasar microtube
(pellet). Buang
supernatan, lalu kering-anginkan pellet DNA!
13. Larutkan pellet DNA dengan resuspension buffer!

14. Simpan DNA di freezer atau dapat langsung digunakan untuk tahapan
analisis molekuler berikutnya
F. Hasil Pengamatan
 G. Pembahasan

Praktikum kali ini membahas tentang isolasi genomik DNA eukariota I yaitu
pada epitel mukosa oral manusia. Adapun tujuan praktikum ini yaitu untuk
memahami prinsip kerja isolasi DNA dan untuk mengetahui prosedur kerja isolasi
DNA dari sampel swab epitel mukosa oral manusia (eukariota). Praktikan diminta
mengamati sebuah video youtube dimana link telah diberikan pada e-learning2 dan
juga melakukan praktikum dengan menggunakan virtual lab karena situasi pandemi
covid-19 yang mengharuskan praktikan untuk berdiam diri dirumah kemudian
mengunggah video sedang mengamati di akun IG masing-masing praktikan dengan
S&K berlaku.
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi
untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler.
DNA eukariot berbentuk linear dan memiliki protein histon. Isolasi DNA genom
sangat dibutuhkan dalam pengklonan gen. Apabila DNA bukan karena enzimatik
terpotong maka DNA tersebut akan sulit disambungkan kembali.
Prinsip kerjaa dari isolasi DNA adalah dengan merusak dan menghancuran
membran sel serta memisahkan sel dari komponen penyusun lainnya kemudian
memotong protein histon yang akan menyebabkan DNA terpisah.
Organisme eukariot menyimpan DNA dalam inti sel. Secara garis besar,
isolasi DNA perlu melalui beberapa tahap yaitu melisis dinding sel dan membran sel
untuk mengeluarkan isi sel, melisis protein. membran, protein sitoplasmik serta
nukleolar dan terakhir adalah proses presipitasi DNA untuk memisahkan DNA dari
senyawa lain.

Lapisan mukosa adalah lapisan basah yang berkontak dengan lingkungan

eksternal.Terdapat pada saluran pencernaan, rongga hidung, dan rongga tubuh
lainnya. Mukosa oral mempunyai fungsi utama yaitu sebagai pelindung jaringan
yang lebih dalam pada rongga mulut. Dalam sel mukosa terdappat banyak sel yang
pada setiap sel mengandung DNA.
Di dalam sel, terdapat nukleus yang mana di dalam nukleus tersebut ada 2 meter
DNA. Kromosom apabila dibuka maka terdapat untaian DNA. Untuk memulai isolasi
DNA maka diperlukan sel dahulu, dalam praktikum ini sel yang dijadikan sampel
adalah dari mukosa pipi.

Mukosa rongga mulut adalah jaringan yang melapisi rongga mulut, terdiri
dari dua bagian yaitu epitel dan lamina propila. Pengambilan sampel dari mukosa
mulut bisa menggunakan teknik buccal swab. Targetnya adalah sel epitel pipih
berlapis (squamous epithelial cells) yang bisa diperoleh dari mukosa di bukal, namun
biasanya ada sejumlah saliva yang juga terambil. Hal ini dikarenakan mukosa mulut
yang selalui mengalami perombakan (turn over) dengan turn over rate 14 hari
sehingga secara alamiah memang mengalami pengelupasan pada rentang 2-4 jam.
Pada kegiatan praktikum ini yang diamati adalah sampel swab dari epitel
mukosa oral manusia. Cara yang dilakukan pertama adalah dengan mengumpulkan
sampel sel epitel di dalam mulut kemudian memasukkan ke dalam tabung sampel
yang diberi larutan lisis. Larutan lisis tersebut mengandung 2 bahan penting yaitu
deterjen yang akan merusak membran sel dan selaput inti serta enzim (proteinase k)
yang berfungsi untuk memotong protein histon sehingga DNA akan terlepas.
Selanjutnya membuang swab dan memasukkan ke dalam microtube yang diberi
larutan garam sehingga akan menyebebkan protein dan komponen sel lain akan
mengendap. Kemudian meletakkan microtube kedalam centrifuge dalam keadaan
seimbang. Supernatan akan berada di atas dan pellet mengendap di bawah microtube.
Setelah dipisahkan bagian DNA dengan pellet kemudian diberi Isopropyl alcohol
yang berfungsi untuk mempresititasi DNA dan mengendapkan DNA kemudian
dimasukkan kembali kedalam centifuge sehingga DNA akan berada di bawah
microtube.
Hasil isolasi DNA dikatakan murni jika nilai rasio A 260/280 antara 1,8
hingga 2,0. Jika nilai A 260/280 melebihi 2.0 maka larutan yang diuji masih
mengandung kontaminan dari protein membran atau senyawa lainnya dan kadar DNA
yang didapat belum murni. Sedangkan, jika rasio A 260/280 kurang dari 1,8 maka
larutan yang diuji masih mengandung kontaminan fenol dan pelarut yang digunakan
terlalu banyak sedangkan DNA yang diambil terlalu sedikit. Berdasarkan tabel
pengamatan mengenai sampel DNA, DNA yang tergolong murni yaitu sampel
B,C,D,F, dan G. Sedangkan DNA yang tergolong tidak murni yaitu pada sampel
A,E,H,I,J.
 H. Kesimpulan

Adapun kesimpulan yang dapat diambila dari praktikum isolasi genomik

DNA eukariota I ini adalah yaitu:

1. Isolasi genomic DNA eukariotika I pada praktikum ini menggunakan sampel

swab epitel mukosa oral manusia
2. Prinsip kerja dari isolasi DNA adalah dengan merusak dan menghancuran
membran sel serta memisahkan sel dari komponen penyusun lainnya.
3. Deterjen dalam larutan lisis berfungsi untuk merusak membran sel dan selaput
inti .
4. Enzim (proteinase k) yang berfungsi untuk memotong protein histon sehingga
DNA akan terlepas
5. Berdasarkan tabel pengamatan mengenai sampel DNA, DNA yang tergolong
murni yaitu sampel B,C,D,F, dan G. Sedangkan DNA yang tergolong tidak
murni yaitu pada sampel A,E,H,I,J.
 Daftar Pustaka

Agus, R .2018. Dasar-Dasar Biologi Molekuler. Makassar: Celebes Media Perkasa.

Aisyah, R., Nur Mahmudah dan Erika D.R. 2019. Biologi Molekuler. Surakarta:
Muhammadiyah University Press.
Brown, T. A. 2010. Gene Cloning And DNA Analysis. Oxford : Blackwell Publishing.
Buwono, Inu Dwi.,Et Al. 2018. Buku Ajar Aplikasi Teknologi DNA Rekombinan
Untuk Perakitan Konstruksi Vektor Ekspresi Ikan Lele Transgenik.
Yogyakarta. Penerbit Deepublish.
Carpi, F.M., et al. (2011). Human DNA extraction methods: Patents and applications.
Recent Patents on DNA and Gene Sequences, 5(1): 1–7.
Kusamaningrum, H.P., Fernih, R.S., dan Budiharjo, A. 2015. Penuntun Praktikum
Rekayasa Genetika S1 Biologi Berbasis Kompetisi. Semarang: Departemen
FMIPA UNDIP.
Nugroho, Endik Deni dan Dwi A.R. 2018. Pengantar Bioteknologi (Teori Dan
Aplikasi). Yogyakarta : Penerbit Deepublish.
Nurasyiah, S., dkk. (2018). Perbandingan Efektivitas Metode Isolasi DNA (Boilling
Water dan Ctab) Pada Bakteri Klebsiella pneumoniae. Prosiding Pertemuan
Ilmiah Nasional Penelitian & Pengabdian Masyarakat (PINLITAMAS 1) Dies
Natalis Ke-16, 1(1): 627–634.
Nusantari, E .2015. Genetika. Yogyakarta: Deepublish.

Stefunova, V., Lancikova, V., Bezo, M., Ziarovska, J., Razna, K., & Teren, M. 2013.
The effect of DNA isolation and its applicability in the the PCR analysis of
Lettuce ( Lactuca sativa L .). Evolution. 66(4): 99–102.

Suryo. 2012. Genetika Strata 1. Yogyakarta: UGM Press.