REPLIKASI DNA

PROKARIOTIK DAN EUKARIOTIK

 DNA = Materi genetis = perlu diketahui untuk pewarisan sifat,
dapat meneruskan informasi genetic pada urutan basanya
 Replikasi materi genetic = untuk mengetahui cara materi
tersebut diperbanyak dan diwariskan dari satu sel ke sel
berikutnya, dari induk kepada keturunannya dan dari generasi
ke generasi
 Replikasi DNA dapat terjadi dengan sintesis untai nukleotida
baru dari untai nukleotida lama melalui proses komplementasi
pasangan basa untuk menghasilkan molekul DNA baru yang
identik dengan molekul DNA lama.
 Karena nukleotida berpasangan maka satu untai DNA dapat
menjadi cetakan (template) untuk untai yang lain
3 Model replikasi yang
diusulkan pada tahun
1950an…
1. Konservatif
2. Semikonservatif
3. Dispersif
• Konservatif
Pada replikasi konservatif seluruh tangga berpilin DNA awal tetap dipertahankan dan
akan mengarahkan pembentukan tangga berpilin baru.

• Semikonservatif
Pada replikasi semikonservatif tangga berpilin mengalami pembukaan terlebih dahulu
sehingga kedua untai polinukleotida akan saling terpisah. Namun, masing-masing untai
ini tetap dipertahankan dan akan bertindak sebagai cetakan (template) bagi
pembentukan untai polinukleotida baru.
• Dispersif
Pada replikasi dispersif kedua untai polinukleotida mengalami
fragmentasi di sejumlah tempat. Kemudian, fragmen-fragmen
polinukleotida yang terbentuk akan menjadi cetakan bagi fragmen
nukleotida baru sehingga fragmen lama dan baru akan dijumpai
berselang-seling di dalam tangga berpilin yang baru.
 Percobaan Meselson dan Sthal
• Tahun 1958, membuktikan model replikasi semiconservative,
menggunakan bakteri E.coli
• Bakteri ditumbuhkan pada media yang mengandung N15 dalam
bentuk NH₄Cl. Bakteri kemudian ditumbuhkan pada media yang
megandung N14
• Sampel bakteri diambil pada waktu tertentu dan dilihat densitasnya
menggunakan equilibrium density gradient centrifugation
• Densitas lebih besar akan berada di bagian yang lebih bawah di dalam
tabung
Komponen dalam Replikasi DNA
• Cetakan (template)
• Enzim Helikasi
• Enzim Topoisomerase/ Enzim Girase
• Protein Pengikat Rantai Tunggal (single strand binding protein, SSBP)
• Enzim Primase
• DNA Polimerase
• Enzim Ligase
• Bahan peyusun utama DNA yaitu deoksiribonukleosida trifosfat (dNTP),
terdiri dari dATP (deoksiadenosin trifosfat), dGTP (deoksiguanosin
trifosfat), dCTP (deoksisitidin trifosfat), dan dTTP (deoksitimidin trifosfat).
Replikasi pada Prokariotik

• Replikasi DNA pada prokariotik khususnya bakteri

dimulai pada titik ori (origin of replication). Jumlah titik
ori pada bakteri hanya ada 1 karena ukuran genom
yang kecil.
• Deskripsi replikasi E. Coli ini dipandang mewakili proses
replikasi yang terjadi pada makhluk hidup prokariotik.
• E. Coli maupun makhluk hidup prokariotik lainnya
mempunyai DNA sirkuler yaitu DNA berbentuk cincin.  
• Satu lokasi replikasi terdapat dalam molekul DNA
melingkar/sirkuler. Replikasi DNA prokariotik
berlangsung di dalam sitoplasma.
Replikasi pada Eukariotik

• Replikasi pada makhluk hidup eukariotik berlangsung selama

interfase dari siklus sel, yaitu pada periode S (selang waktu
antara G1 dan G2). Pada makhluk hidup eukariotik, replikasi
DNA berlangsung di dalam inti sel serta di dalam organel-
organel yang telah diketahui memiliki DNA.
• Pada sel eukariotik terdapat ratusan bahkan ribuan ORI
sepanjang molekul DNA raksasa pada setiap kromosomnya.
ORI terentang secara lateral sementara replikasi DNA bergerak
ke dua arah.
• Pada eukariota titik awal replikasi (origin of relication, ori)
memiliki jumlah yang jauh lebih banyak karena ukuran
genom eukariota jauh lebih besar sehingga proses replikasi
bisa berjalan dengan cepat.
 PROSES REPLIKASI
• Inisiasi sintesis DNA
• Pemanjangan untaian DNA
• Ligasi fragmen-fragmen DNA
• Terminasi sintesis DNA
1. Inisiasi
• Terjadi di dalam molekul DNA yang dinamakan titik awal
replikasi atau origin of replication (ori).
• Diawali dengan enzim Topoisomerase akan meringakan
ketegangan DNA. Topoisomerase dapat melepaskan DNA
sehingga tidak terbelit-belit (superkoil) dan sebagai
protein dengan bentuk “cincin” yang memastikan DNA
tetap dalam struktur bergelung (koil).
• Proses inisiasi ini ditandai oleh saling memisahnya kedua
untai DNA membentuk struktur gelembung replikasi
(replication bubble).
• Helikase melepaskan ikatan hidrogen antara pasangan
basa dengan dibantu enzim lain gyrase.
• Untai DNA tunggal hasil pemisahan oleh helikase
selanjutnya diselubungi oleh protein pengikat untai
tunggal atau single-strand binding protein (SSB)
• Untai DNA yang sudah terpisah masing-masing akan berperan sebagai
cetakan bagi pembentukan untai DNA baru
• sehingga akan diperoleh suatu gambaran yang disebut sebagai garpu
replikasi.
• Biasanya, inisiasi replikasi DNA, baik pada prokariot maupun eukariot,
terjadi dua arah (bidireksional). Dalam hal ini dua garpu replikasi akan
bergerak melebar dari ori menuju dua arah yang berlawanan
2. Pemanjangan Untai DNA

• Polymerisasi nukleotida pada replikasi DNA

berlangsung dalam arah 5’---3’ atau
artinya penambahan gugus nukleotida
baru, berlangsung pada gugus –OH dari
karbon 3 gula deoksiribosa.
• Pemanjangan untai DNA dimulai jika
tersedia molekul primer. Fungsi primer
adalah menyediakan ujung 3’-OH yang
akan digunakan untuk menempelkan
molekul DNA pertama dalam proses
polimerisasi.
• Replikasi pada prokariot dan eukariot terjadi secara bidirectional yakni 2 arah,
dan selalu dengan arah 5‘--3‘. Dengan cara ini akan terbentuk garpu replikasi yang
bergerak ke arah berlawanan.
• Pada prokariota, proses polimerisasi untai DNA baru dikatalisis oleh enzim DNA
polimerase III. Sedangkan pada eukariota dilakukan oleh DNA polimerase α
(untaian DNA lambat/fragmen Okazaki) dan DNA polimerase δ (untaian DNA
awal).
• Sintesis kontinyu karena DNA polimerase III akan bekerja dengan
menggunakan pita berujung 3’ sebagai titik awal replikasi, sehingga
proses replikasi berjalan dari 5’-3’(sintesis DNA baru yang searah
dengan pembukaan garpu replikasi) atau disebut leading strand.
• Sintesis diskontinu (sintesis DNA baru yang berlawanan arah dengan arah
pembukaan garpu replikasi) atau disebut lagging strand.
• Sintesis ini menghasilkan fragmen terputus-putus, yang masing-masing
mempunyai arah 5’→ 3’. Terjadinya sintesis DNA yang tidak kontinyu sebenarnya
disebabkan oleh sifat enzim DNA polimerase yang hanya dapat mensintesis DNA
dari arah 5’ ke 3’.
• Fragmen-fragmen DNA yang dihasilkan dari sintesis yang tidak kontinyu
dinamakan fragmen Okazaki
3. Ligase Fragmen-Fragmen DNA
• Fragmen-fragmen DNA atau disebut dengan pita lambat (lagging strand) yang
dihasilkan dari sintesis diskontinu belum tersambung dengan polinukleotida
sebelumnya yang disintesis oleh DNA polimerase, sehingga diperlukan bantuan
enzim ligase untuk menyambungkan.
• RNA primer selanjutnya akan didegradasi oleh aktivitas eksonuklease 5’3’ yang ada
pada DNA polimerase I.
• Pada untaian DNA yang telah mengalami penggantian primer RNA dengan DNA,
masih terdapat celah, yakni celah antara 1 primer pada suatu fragmen pendek,
dengan fragmen pendek berikutnya.
• Celah-celah antara fragmen DNA yang terbentuk dari proses penggantian RNA
menjadi DNA, disambungkan oleh DNA ligase.
4. Terminasi Sintesis DNA
• Titik tempat pengakhiran replikasi disebut titik terminasi.
• Pada molekul DNA prokariot yang berbentuk lingkar, terminasi
replikasi akan terjadi jika kedua garpu replikasi yang bergerak ke
arah berbeda bertemu pada sisi terminasi yaitu suatu urutan basa
DNA yang berikatan dengan suatu protein spesifik yang disebut
protein Tus (Termininus Utilization Substance).

• Karena pada prokariotik

kromosomnya sirkuler,
sehingga titik awal replikasi
DNA juga menjadi titik akhir
replikasi DNA
• Ketika replikasi selesai, kedua lingkaran hasil replikasi masih menyatu.
Pemisahan dilakukan oleh enzim topoisomerase IV.
• Terminasi pada eukariot, keadaannya berbeda karena molekul DNAnya linear.
Masalahnya muncul pada ujung kromosom (telomer).
• Jika primer yang terletak di ujung kromosom didegradasi, maka tidak dapat
dilakukan pengisian bagian kosong bekas tempat penempelan primer (RNA)
karena sintesis DNA tidak dapat berlangsung dengan arah 3’ 5’.
• Molekul-molekul DNA kromosomal eukariot memiliki urutan nukleotida khusus
yang disebut telomer pada ujung-ujungnya. Telomer tidak mengandung gen,
sebaliknya DNA nya terdiri dari banyak pengulangan (100-1000) urutan
nukleotida pendek.
• Replikasi telomer eukariot dilakukan dengan
menggunakan aktivitas enzim telomerase.
Telomerase adalah enzim khusus yang
mengkatalisis pemanjangan telomer. RNA
bertindak sebagai cetakan bagi telomerase
untuk memperpanjang ujung telomer pada
ujung 3’
• enzim telomerase akan menambahkan basa
nukleotida tambahan di ujung telomer
sehingga panjang kromosom anakan dapat
dipertahankan.
Perbedaan Replikasi Prokariotik dan Eukariotik
PEMBANDING PROKARIOTIK EUKARIOTIK
Tempat Terjadi di Sitoplasma Terjadi di Nukleus
Asal replikasi Dari satu asal replikasi Banyak (lebih dari
per molekul DNA 1000) dalam setiap
kromosom
eukariotik
Nukleotida Terbentuk sekitar 100- Terbentuk sekitar
200/ lebih 150 nukleotida

Titik replikasi Replikasi terjadi pada Replikasi terjadi di

satu titik di setiap beberapa titik
molekul DNA secara bersamaan
prokariotik di setiap kromosom

Cabang 2 cabang replikasi Sejumlah cabang

replikasi dibentuk di setiap replikasi terbentuk
kromosom prokariotik secara bersamaan
 Replikon Satu replikon Banyak replikon (50.000
atau lebih)
Inisiasi Inisiasi replikasi DNA di Insiasi DNA dilakukan
prokariota dilakukan oleh oleh protein
DnaA protein dan DnaB multisubunit

Gelembung Satu gelembung replikasi Banyak gelembung

replikasi dalam 1 molekul DNA
replikasi
Enzim Enzim girase DNA Enzim girase DNA
diperlukan diperlukan
Kecepatan Sangat cepat, ditambahkan Lambat, ditambahkan
sekitar 2000 nukleotida per sekitar 100 nukleotida
detik per detik

Tidak ada perbedaan yang mendasar tentang replikasi pada prokariota dan
eukariota. Karena ukuran genom eukariota jauh lebih besar, maka pada
eukariota titik awal replikasi (origin of relication, ori) memiliki jumlah yang jauh
lebih banyak sehingga proses replikasi bisa berjalan dengan cepat
SEKIAN & TERIMA KASIH