REPLIKASI &

POLYMERASE
CHAIN REACTION
(PCR)
( BIOTEKNOLOGI FARMASI )
Dosen Pengampu :
Dr. Siti Hamidatul Aliyah, M.Si

Disusun Oleh :
Bettya Untari (2048201113)
Desma Silvia Irmadayanti (2048201089)
Najla Yesi Oktavia (2048201077)
Aulia Putri Maharani (2048201086)
Wara Zhafirah (2048201083)
Evi Deswita (2048201088)
Dzakiah Adillah Putri (2048201095)
What is DNA?
• Deoxyribonucleic Acid (DNA) adalah sejenis asam nukleat
yang tergolong biomolekul utama penyusun berat kering
setiap organisme.
• DNA merupakan polimer yang terdiri dari tiga komponen
utama, yaitu gugus fosfat, gula deoksiribosa, dan basa
nitrogen.
• DNA terdiri dari 4 basa diantaranya Adenin (A), Timin (T),
Guanin (G) dan Cytosine (C). Adenin berikatan hidrogen
dengan timin, sedangkan guanin berikatan dengan sitosin.

• Replikasi merupakan proses pelipatgandaan DNA.

• Pada replikasi DNA, rantai DNA baru dibentuk
berdasarkan urutan nukleotida pada DNA yang
digandakan.
Model Replikasi DNA

Heliks ganda induk tetap dalam keadaan utuh,

dan sebuah salinan kedua yang sama sekali baru
telah dibuat.

Kedua rantai molekul induk berpisah, dan setiap

rantai berfungsi sebagai cetakan untuk mensintesis
rantai komplementer yang baru

Setiap rantai dari kedua molekul anak terdiri

dari campuran antara bagian rantai lama dan
bagian rantai yang baru disintesis.
Lebih jelasnya proses replikasi DNA semikonservatif dapat
dilihat pada gambar di bawah ini :
 Replikasi DNA sering disebut sintesis DNA, yaitu
suatu proses dimana urutan nukleotida dari DNA
(bagian tertentu dari DNA) dikopi oleh pasangan basa
komplementernya (A dengan T, atau G dengan C).

Replikasi DNA dikatalisis oleh enzim DNA polimerase.

Subtrat untuk enzim ini adalah deosiribonukleosida
trifosfat (dNTP) yang dipolimerisasi pada satu benang
DNA cetakan secara bertahap.
 Mekanisme Replikasi DNA
• Pada garpu replikasi terdapat dua rantai yang
dikenal dengan rantai cepat (leading strand) dan
rantai lambat (lagging strand) dengan struktur
yang asimetris.
• Pada leading strand, DNA polimerase hanya mampu
memanjangkan rantai baru DNA dengan arah 5’ –
3’ ketika replikasi sedang berjalan.
• Pada lagging strand, rantai tumbuh secara
menyeluruh dalam 3’ – 5’ dengan penambahan
segmen- segmen pendek yang dikenal dengan
fragmen okazaki. F
Untuk lebih jelasnya dapat kita simak
pada video berikut ini :
POLYMERASE CHAIN
REACTION
(PCR)
 Definisi

• Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan teknologi yang

mampu melipat gandakan secuplik fragmen DNA yang terdapat
dalam komplek makromolekul genom dari berbagai sumber
(hewan, tumbuhan, bakteri, dan virus) menjadi 2 kali lipatnya
secara enzimatis atau secara singkat PCR adalah teknologi
canggih yang dapat mendeteksi DNA dengan cara amplifikasi
DNA.
 Kelebihan Kelemahan PCR
Kelebihan
• Memiliki spefisitas tinggi
• Sangat cepat, dapat memberikan hasil yang sama pada hari yang sama
• Dapat membedakan varian mikroogarnisme
• Mikroorganisme yang dideteksi tidak harus hidup
• Mudah di set up

Kelemahan
• Sangat mudah terkontaminasi
• Biaya peralatan dan reagen mahal
• Interpretasi hasil PCR yang positif belum tervalidasi untuk semua penyakit infeksi
(misalnya infeksi pasif atau laten)
• Teknik prosedur yang kompleks dan bertahap membutuhkan keahlian khusus untuk
melakukannya.
Komponen utama
POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)

• DNA cetakan, yaitu fragmen DNA yang akan dilipatgandakan.

• Oligonukleotida primer, yaitu suatu sekuen oligonukleotida pendek
(18 – 28 basa nukleotida) yang digunakan untuk mengawali sintesis
rantai DNA. Dan mempunyai kandungan G + C sebesar 50 – 60%
• Deoksiribonukelotida trifosfat (dNTP), terdiri dari dATP, dCTP,
dGTP, dTTP. dNTP mengikat ion Mg2+.
• Enzim DNA Polimerase, yaitu enzim yang melakukan katalisis reaksi
sintesis rantai DNA.
• Komponen pendukung lain adalah senyawa buffer.
 Cara Kerja
Polymerase Chain Reaction ( PCR )
 Keterangan

Denaturasi Pemanjangan Primer

(Extention)
Proses pembukaan DNA untai
Annealing (penempelan
ganda menjadi DNA untai tunggal. primer) Taq polymerase memulai
Biasanya berlangsung sekitar 3 aktivitasnya memperpanjang DNA
menit meyakinkan molekul DNA primer dari ujung. Kecepatan
Waktu annealing yang biasa penyusunan bergantung pada
terdenaturasi menjadi DNA untai
digunakan dalam PCR adalah 30 – buffer, pH, konsentrasi garam dan
tunggal.
45 detik. Semakin panjang ukuran molekul DNA target.
primer, semakin tinggi
temperaturnya. Kisaran temperatur
penempelan yang digunakan adalah
antara 36oC sampai dengan 72oC,
Siklus PCR

PCR melibatkan tiga tahap siklus

temperatur yang berurutan yaitu :

• Denaturasi template (94 – 95⁰C),

• Annealing (penempelan) pasangan
primer pada untai ganda DNA target
(50 – 60⁰).
• Pemanjangan (Elongasi) (72⁰C).
• Siklus pertama selesai.
Amplifikasi DNA target dalam genom organisme
Faktor Penetu Keberhasilan PCR

• Konsentrasi dan kualitas dna

• Temperatur annealing dari kedua primer
• Konsentrasi mgcl2
• Enzim polimerase
• Konsentrasi dan kualitas primer
• Jumlah siklus PCR
• Deoksinukleotida
• Triphosphate (dntp)
• Faktor lain seperti larutan buffer
 Jenis Modifikasi PCR
Restriction Fragment Metode ini digunakan untuk membedakan
Length Polymorphism organisme berdasarkan analisis model derifat dari
(RFLP) perbedaan DNA.

Metode ini digunakan ketika hanya satu sekuen

Inverse-PCR internal yang diketahui. khusus digunakan untuk
mengidentifikasi ”sekuen antara” dari beragam gen

Proses ini memungkinkan untuk mengurangi

Nested-PCR kontaminasi pada produk selama amplifikasi dari
penyatuan primer yang tidak diperlukan.
 Pengukuran berulang dari hasil produk PCR.
Metode ini secara tidak langsung digunakan untuk
Quantitative-PCR mengukur kuantitas, dimulai dari jumlah DNA,
cDNA, atau RNA. Hasil dari metode ini juga
menampilkan copy dari sampel.

Metode ini digunakan untuk amplifikasi, isolasi atau

Reverse
identifikasi sekuen dari sel atau jaringan RNA.
Transcriptase
Metode ini dibantu oleh reverse transcriptase
(RT-PCR)
(mengubah RNA menjadi cDNA)

Random Bertujuan untuk mendeteksi polimorfisme pada

Amplified tingkat DNA dengan cara mengkombinasikan
Polymorphic DNA teknik PCR menggunakan primer – primer dengan
( RAPD ) sequens acak untuk keperluan amplifikasi lokus
acak dari genom.
 Kesimpulan
Replikasi merupakan proses pelipatgandaan DNA.
Terdapat tiga model Replikasi DNA yaitu Konservatif,
Semi-konservatif dan Dispersif.

PCR adalah teknologi canggih yang dapat mendeteksi

DNA dengan cara amplifikasi DNA. Hasil pemeriksaan
PCR dapat membantu untuk menegakkan diagnosa
sepanjang pemeriksaan tersebut dikerjakan dengan
cara yang benar dan sesuai dengan standar
internasional. Keunggulan PCR dikatakan sangat tinggi.
Hal ini didasarkan atas spesifitas, efisiensi dan
keakuratannya. Masalah yang berkenaan dengan PCR
yaitu biaya PCR yang masih tergolong tinggi.
 Daftar Pustaka
1. Alberts, B at.al. 1998. Essential Cell Biology: An Introduction Molecular Biology of
the Cell. New York: Garland Publishing, Inc.
2. Burns, G.W. 1984. The Science of Genetics. 6th ed. New York: Macmillan Publ. Co Inc.
3. Campbell, dkk. 2003. Biologi. Jakarta. Erlangga.
4. Elrod SL, Stansfield WD. Schaum‘s outlines: genetika. Edisi ke-4. Jakarta: Penerbit
Erlangga; 2006.h.43.
5. Mahardika, I.G. Ngurah K. 2005. Polymerase Chain Reaction. Jurnal Veteriner Vol.4
No. 1. Bali.
6. Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Pustaka Wirausaha Muda. Bogor.
7. Mordechai, E., 1999. Application of PCR The methodologies in Molecular Diagnostic.
Burlington Country, USA.
8. Nasir, M., 2002. Bioteknologi Potensi Dan Keberhasilannya Dalam Bidang Pertanian. PT.
Raja Grafindo Persada. Jakarta.
Gamsahamnida
Yeoreobeun 