系統樹(けいとうじゅ、英: phylogenetic tree)とは、生物の進化の道筋を描いた図である。生物同士の類縁関係と、それらの系統発生(けいとうはっせい、英: phylogeny)を表す。樹木のような形になることから、エルンスト・ヘッケルにより名づけられた。