Клубот е оформен 1927 година под името „Зафер“, и тоа име го носел сè до 1947 година кога бил преименуван во Слога. По независноста на Македонија и формирањето на 1 МФЛ, клубот станал нејзин член и таму се натпреварувал сè до сезоната 2004/2005 кога го зазел претпоследното место и испаднал од лигата. Своите натпревари клубот ги играл на стадионот Чаир, кој има капацитет од 4500 гледачи, а го делел и со ФК Балкан и ФК Единство. Клупскиот прекар е „Чаирски гулаби“ кој траел сè до 1989, а сè до распадот клупскиот прекар им беше „Шверцерат“ како и навивачите „Шверцери“ кои сега навиваат за духовниот наследник на Слога Југомагнат, ФК Шкупи 1927.
Клубот бил распаднат во 2009 година, за време на сезоната 2009/10. Потоа, во летото 2012 година, управата на клубот решила да го превземе третолигашот Албарса и го преименила како Шкупи. Откако Шкупи не успеал да обезбеди пласман во Втората лига 2013/14, управата на Шкупи го презела прилепскиот клуб Корзо и го преименила во Шкупи 1927.