Ajdin Hrustić speelde in de jeugd voor verschillende clubs in Melbourne. In 2010 vertrok hij naar Austria Wien, en via FC Schalke 04 kwam hij in de jeugd van FC Groningen terecht. In het seizoen 2016/2017 speelde hij met Jong FC Groningen in de Derde divisie zaterdag. Hij maakte zijn debuut voor FC Groningen op 1 april 2017, in de met 0–0 gelijkgespeelde uitwedstrijd in de Eredivisie tegen AZ. Hij kwam in de 70ste minuut in het veld voor Alexander Sørloth. Hrustić maakte zijn eerste doelpunt voor FC Groningen op 16 april 2017, in de met 5–1 gewonnen thuiswedstrijd tegen PEC Zwolle. In 2020 stond hij in de belangstelling van Eintracht Frankfurt en liet hij weten zich niet meer voor 100% in te zetten als FC Groningen niet meewerkt aan de transfer.[4] Uiteindelijk vertrok hij voor een bedrag van een miljoen euro naar Frankfurt. Met Eintracht Frankfurt won Hrustić in 2022 de UEFA Europa League.[5] Na anderhalf jaar bij Hellas Verona in Italië - waar hij mede door blessureleed weinig speelde - tekende Hrustić in februari 2024 een contract tot het einde van het seizoen bij Eredivisionist Heracles Almelo.[6]
Hrustić werd in 2017 voor het eerst geselecteerd voor het Australisch voetbalelftal voor de WK-kwalificatiewedstrijd tegen Saoedi-Arabië. Hij debuteerde voor zijn land op 13 juni 2017, in de met 0-4 verloren oefenwedstrijd tegen Brazilië. Hij kwam in de 57e minuut in het veld voor Mathew Leckie. Hrustić nam in juni 2017 met het Australisch voetbalelftal deel aan de FIFA Confederations Cup in Rusland, waar in de groepsfase eenmaal werd verloren en tweemaal werd gelijkgespeeld. Hijzelf kwam niet in actie op dit toernooi. Hrustić werd niet geselecteerd voor het WK 2018, maar wel voor het WK 2022. Hij speelde drie wedstrijden mee op laatsgenoemd toernooi, waarin Australië reikte tot de laatste zestien.