Gouaida werd geboren in Straatsburg en sloot zich aan in de jeugdopleiding van RC Strasbourg. In 2011 verhuisde hij naar SC Freiburg. Op 4 augustus 2012 debuteerde hij in het tweede elftal van Freiburg in de Regionalliga Südwest tegen SV Eintracht Trier 05.[3] In 2014 trok de vleugelspeler naar Hamburger SV. Op 26 juli 2014 maakte hij zijn debuut in het tweede elftal van Hamburger SV in de Regionalliga Nord tegen Goslarer SC 08.[4] Op 23 november 2014 maakte Gouaida zijn opwachting in de Bundesliga. Hij speelde negentig minuten mee in een gewonnen wedstrijd thuis tegen Werder Bremen.[3]
Mohamed Gouaida maakte op 27 maart 2015 zijn debuut in het Tunesisch voetbalelftal, in een vriendschappelijke interland tegen Japan. Na 69 minuten speeltijd verving hij Anis Ben-Hatira. Gouaida verloor met Tunesië de wedstrijd met 2–0.[5]