CONTROLE DA TRANSCRIÇÃO

Controle da Expressão Gênica

. Controle transcricional em procariotos

. Controle pós-transcricional em procariotos
. Controle transcricional em eucariotos
. Controle pós-transcricional em eucariotos
• Refere-se ao processo em que a
informação codificada por um determinado
gene é decodificada em uma proteína.

• Teoricamente, a regulação em qualquer

uma das etapas desse processo pode
levar a uma expressão gênica diferencial
- Refere-se ao processo em que a informação
codificada por um determinado gene é
decodificada em um RNA.

- Teoricamente, a regulação em qualquer uma das

etapas desse processo pode levar a uma
expressão gênica diferencial:

DNA htRNA mRNA Proteína

 Gene for a photosynthetic
Light
protein

Expression
Hormones and other regulatory molecules control gene expression
Signal from Hormone-
receptor reponsive
gene

Hormones Expression

Specialized cells express different genes

ON
OFF
 Sugar molecules Gene 1

RNA

Protein
Bacteria

Change of
New Sugar molecules environment Gene 1

RNA RNA

No gene
Bacteria product
Protein Protein
1- Controle transcricional;
2- Controle do processamento de
RNA;
3- Transporte de RNA e controle da
localização;
4-Controle Traducional;
5- Controle de degradação do
mRNA;
6- Controle da atividade protéica.
Procariotos:
• Resposta direta a variações nas condições nutricionais
(genes ativados e reprimidos)
• Transcrição pode ser acoplada à tradução (simultânea).

Eucariotos multicelulares:
• Limitação na resposta direta às variações nas condições
nutricionais (células estão organizadas em tecidos e
órgãos)
• Transcrição ocorre em local distinto da tradução,
eliminando a possibilidade de acoplamento.
• Genes are regulated transcriptionally by proteins that
interact with DNA elements around the gene
• Promoters
• Enhancers and repressors
• LCRs
• Methylation

• Genes are also regulated

• Post-transcriptionally by protein-mRNA interactions
• Post-translationally by protein-protein interactions
Domínios: partes funcionais – liga-se ao DNA. Motivo: estrutura
Gene:
• Bactérias: um único tipo de RNA-polimerase

• RNA-polimerase bacteriana: inicia a transcrição

sem o auxílio de proteínas adicionais

• Células eucarióticas: RNA-polimerase I, II e III

• RNA-polimerases eucarióticas: requerem a ajuda

de um grande conjunto de proteínas chamadas
fatores gerais de transcrição.
• Eucariotos: as proteínas reguladoras da expressão
gênica (repressores e ativadores) podem influenciar
a iniciação da transcrição, mesmo quando estão
ligadas ao DNA a milhares de pares de nucleotídeos
distante do promotor.

• Iniciação da transcrição em eucariotos: leva em

consideração a compactação do DNA nos
nucleossomos e as formas mais compactas da
estrutura da cromatina

• Bactérias: os genes são freqüentemente controlados

por uma única seqüência regulatória, tipicamente
localizada próxima ao promotor.
Gene MW Uso -35 Espaçador -10
rpoD 70 KD geral TTGACA 16-18 TATAAT
rpoH 32 KD Choque CCCTTGAA 13-15 CCCGATNT
térmico
rpoE 24 KD Choque desconhecido desconhecido desconhecido
térmico
rpoN 54 KD nitrogênio CTGGNA 6 TTGCA
fliA 28 KD flagelar CTAAA 15 GCCGATAA
• Os promotores isoladamente são geralmente ineficientes.
Fatores de transcrição seletivos que se ligam à região
“upstream” e a “enhancers” aumentam a iniciação.

• Proteínas adicionais (mediadores, coativadores) são

requeridos para estimular a transcrição.

• Proteínas que se ligam a seqüências de “enhancer” devem

atuar de forma semelhante àquelas que se ligam próximas
ao promotor. O DNA entre o “enhancer” e o promotor
forma uma alça para permitir que as proteínas ativadoras
ligadas ao “enhancer” façam contato com as proteínas
ligadas ao promotor.
Proteínas reguladoras
da expressão gênica
Uma proteína que dobra o DNA em uma
orientação favorável facilita a interação
entre proteína ativadora e a DNA Pol ->
ativação da transcrição.
 Enhancers: (estimuladores)
funcionam em qualquer orientação
funcionam a grandes distancias (20Kb)

Proteínas reguladoras da expressão gênica

Genes controlados por
uma única seqüência
regulatória
 Alterações na estrutura do Nucleossoma

DNA Histonas

Compactação
do DNA

Estrutura
Histonas e Ativação da Cromatina
Histonas e Ativação da Cromatina
Histonas e Ativação da Cromatina
Alterações na estrutura do Nucleossoma

Compactação do DNA
RNA polimerase pode
deslocar
temporariamente
os nucleossomas
Eventos epigenéticos: alterações na expressão dos genes
sem a mudança da seqüência dos códigos do DNA, isto é , sem
mutação: ex. metilação do DNA e a desacetilação das proteinas
histonas do DNA.

Estudos de 1970, indicam que a cromatina ativa é a

hiperacetilada enquanto se torna inativa quando é desacetilada
(ou metilada).

A acetilação está associada com a remodelação do nucleosoma

e com a ativação da transcrição, enquanto que a desacetilação
se associa com a repressão da transcrição, via condensação da
cromatina.
 Acetilação das histonas: aumento da transcrição

Cromatina
contendo lisinas
hipoacetiladas nas
histonas, possui
uma estrutura
compacta que é
repressiva para a
transcrição.
1) Regulação a Nível pré-transcripcional

Outras modificações químicas

de aminoácidos das histonas
que afetam a a transcrição

1) Metilação: inibição

2) Fosforilação: ativação
ou inibição
1) Regulação a Nível pré-transcripcional

Acetilação: ativação mediada por fator transcripcional

histonas-acetiltransferases

Desacetilação: inibição mediada por fator transcripcional

histonas- desacetilases

Os inibidores das histona-desacetilases, provocam a acetilação das histonas e convertem a

cromatina em uma estrutura aberta, ativando vários genes que inibem o crescimento
tumoral.
 Os FGTs:

- São responsáveis pelo posicionamento

correto da RNA-polimerase no promotor;

- Ajudam na separação das fitas de DNA

para permitir o início da transcrição;

- Liberam a RNA-polimerase do promotor

quando a transcrição se inicia.
Etapas na formação do complexo
de iniciação da transcrição em
eucariotos

•TFIID liga-se a região TATA,

possibilitando a ligação de TFIIB.

•Isso é seguido pela ligação de TFIIF e

RNA-polimerase II.

•TFIIE, TFIIH e TFIIJ então se juntam

ao complexo.

•TFIIH usa ATP para fosforilar a RNA-

polimerase II, mudando a sua
conformação de forma que a RNA-
polimerase é liberada do complexo e
é capaz de iniciar a transcrição.
Complexo TBP-
TFIIA-TFIIB-DNA
Transcrição: visão geral
• Domínio de ligação ao DNA - liga a proteína no sítio de
ligação do DNA.
• Seqüências de localização nuclear – requeridas para
transporte para dentro do núcleo.
• Domínio de ativação transcricional - realiza o contato
com os fatores gerais de transcrição.
• Região de dimerização – requerido para formar homo-
ou heterodímeros com outras proteínas.
• Domínio de ligação de ligante – necessário para ligação
de composto que pode funcionar como ativador do
fator.
• Homeodomínio – três -hélices adjacentes. A maior parte do
contato com as bases do DNA é feita pela hélice 3. Exemplos:
proteínas Hox e outras proteínas reguladoras do
desenvolvimento.
• Dedo de zinco (Zinc finger) - Esse motivo é constituido de
uma -hélice e uma folha  pregueada unidas por um íon
zinco. Exemplos: receptores de hormônioo esteróides, Sp1.
• Região básica e zíper de leucina (ou bZip) – A região básica
serve para o contato com o DNA e o zíper de leucina serve
para a formação do dímero. Exemplos: Fos, Jun (complexos
Fos-Jun teriam função central na mediação de resposta
nuclear a sinais na superfície celular)
• Hélice-alça-hélice – Contém um motivo estrutural muito
semelhante a b-zip, exceto que uma alça não helicoidal separa
as duas -hélices em cada monômero. Exemplo: MyoD (fator
regulatório importante na determinação e diferenciação de
músculo).
Domínios: partes funcionais – liga-se ao DNA. Motivo: estrutura
Homeodomain (Homeodomínios)
HLH: helix-loop-helix (hélice-laço-hélice)
• A maioria das proteínas reguladoras de genes atuam
como parte de um “comitê” de proteínas reguladoras,
todas essenciais para a expressão de um determinado
gene na célula correta, em reposta a uma dada
condição, no tempo certo e no nível requerido.

• O termo controle combinatorial refere-se a forma como

grupos de proteínas trabalham juntas para determinar a
expressão de um único gene.
• Embora o controle da expressão gênica em eucariotos seja
combinatorial, o efeito de uma única proteína reguladora
pode ser decisiva para ligar e desligar, simplesmente
completando a combinaçção necessária para ativar ou
reprimir um gene.
Um exemplo disso em humanos é o caso do receptor de
glicocorticóide. Para se ligar aos sítos no DNA o receptor
precisa formar um complexo com uma molécula de um
hormônio esteróide (p.ex. cortisol). Em resposta aos
hormônios glicocorticóides, as células do fígado aumentam
a expressão de vários genes.
• Estudos com células musculares em diferenciação, em
cultura, possibilitaram a identificação de proteínas
reguladoras importantes, expressadas somente em células
musculares, que coordenam a expressão gênica.

• Quando o gene que codifica uma dessas proteínas

reguladoras, MyoD, é introduzido em fibroblastos, eles
passam a se comportar como mioblastos e fundem-se para
formar células semelhantes às musculares.
• Estudos sobre o desenvolvimento de olho em
Drosophila, camundongo e humanos: um único
gene que codifica uma proteína reguladora (Ey em
moscas flies e Pax6 em vertebrados) é crucial para o
desenvolvimento do olho. Quando expressado num
tipo celular apropriado, Ey pode desencadear a
formação de um órgão inteiro (olho), composto de
diferentes tipos de células, todas corretamente
organizadas no espaço tridimensional.
• A maior parte do DNA em uma célula eucariótica está
complexada nos nucleossomos e a estrutura espiralada
dificulta o acesso de fatores de transcrição e RNA-
polimerase.
• A iniciação da transcrição depende da remoção dos
nucleossomos da região promotora do gene.
– Durante a síntese de DNA, quando os nucleossomos são
substituídos, poderia haver competição entre as histonas e os
fatores de transcrição (p.ex. TFIID) pelos sítos promotores.
– A ligação e dirupção dos nucleossomos por ativadores.
Estrutura de um gene
Elementos regulatórios presentes no gene da metalotionina humana

GRE: elemento de resposta a glucocorticóides

BLE: elemento de expressão basal
MRE: elemento de resposta a presença de metais
TRE: elemento de resposta a tumor
GC + TATA: expressão constitutiva do gene
 A transcrição de um gene é regulada por uma sequência (elemento cis)
no promotor (elemento regulador ou elemento de resposta) ou no estimulador
(enhancer)

Essa sequência regulatória do promotor é reconhecida por uma

proteína específica (fator transcricional)

Esse fator transcricional é necessário para que a RNA polimerase inicie a

transcrição

O fator transcricional ativo existe somente sob certas condições

quando o gene é expresso
• Controle Negativo
– tipicamente procariótico
– genes desnecessários ativamente desligados

• Controle Positivo
– compatível com muitos genes, como em eucariotos
– faz sentido quando ativação se soma a antirepressão
• Ativação somente = aumento de cerca de 5 vezes
– genes “perigosos” são ativamente reprimidos
• RNA Polimerase II
• Fatores de Transcrição Gerais
– TFIID, TFIIA, TFIIB, TFIIF, TFIIE, TFIIH, etc.
• Fatores de Transcrição
– Várias famílias definidas pelo domínio ligante de DNA
• Mediador
• Complexo Remodelador SWI/SNF
• Complexo SAGA acetilador de histonas
• Complexo NuRD ou Sin3 desacetilador de histonas
 Montagem do Complexo de
Transcrição no Promotor Mínimo

TFII A TFII B
apóia TFII D marca
TFII D posição

TFIIF & RNA Pol II

TFII H TFII E
fosforila helicase
Pol II
• Promotor Mínimo:
– -40 a +40 do início da transcrição (mínimo)
• Elementos reconhecíveis
– TATA BOX = TFIID binding element
– BRE = TFIIB recognition element
– Inr = initiator
– DPE = downstream promoter element
• Promotor Proximal
– -50 a -200: ligação de fatores de transcrição (Sp1)
Transcription Factors (proximal promoter)

Factor Structural Motif (Class)

Zif268 Zinc Finger (3 - 37)
Ultrabitorax homeodomain (~Helix Turn Helix)
Fos/Jun B-Zip (Basic Domain + L zipper)
Myc/Max Basic-Helix Loop Helix
Tead TEA Domain

Function recruting:
•General Transcription Factors, Mediator, Co-activator or Co-repressor
•Complexes for Remodiling, Histone Acethylation or Deacethylation
 Montagem do Complexo:
Transcrição Basal x Ativada
Fatores de
Transcrição

Fatores de
Transcrição
Remodelando a cromatina
(SWI/SNF)

Acetilador
Remodelador
SWI/SNF
Desacetilador
• Octaméricas:
– H3/H4 (H2A/H2B )2 H3/H4
– Cerca de 100 aminoácidos
– Cada octâmero = 1 conta do colar (fibra de 10 nm)
• Espaçadoras:
– H1, ou variantes H5, H1º, etc.
– cerca de 200 aminoácidos
– Ligação à entrada e saída do DNA do nucleossomo
(fibra de 30 nm)
Remodelando para aumentar acesso
•Fator de Transcrição [1] liga DNA
•Repressor pode ligar ou não
•Recrutamento de SWI/SNF para
remodelamento da cromatina
•Recrutamento de SAGA para
acetilação de histonas H3 e H4
•Ligação de novos fatores de
transcrição a DNA [2]
•Proteínas com Bromodomínios
ligam-se a caudas acetiladas
•Progressiva acetilação a jusante
TAF250 & H1

•fosforila
•ubiquitinila
Repressors and activators can direct histone
deactylation at specific genes
• Localização (promotor distal)
– locus cut de Drosophila: - 85 kb
– imunoglobulina Hµ murina: 2º intron
– cadeia  do receptor de célula T: + 69 kb

• Função na abertura da cromatina

– retirar gene de região heterocromática
– melhor definição de sua função: Arredador
– efeito “tudo ou nada”
• Região controladora
– o promotor, que posiciona a RNA polimerase
– o acentuador, que afasta o gene da heterocromatina

• As proteínas envolvidas
– ubíquitas, que produzem o nível basal
– tecido-específicas, que produzem o nível ativado
– as proteínas que abrem e fecham a cromatina
• os genes “perigosos” são ativamente reprimidos (ex: Rb)
Nobel 1965: Regulação gênica em bactérias
(Jacob & Monod)
 ESTRUTURA DO OPERON:
- Grupos de genes estruturais bacterianos que são transcritos juntos (com seus
promotores e seqüências adicionais que controlam a transcrição)
- Gene regulador: ajuda a regular a transcrição de genes estruturais do operon
 Controle por ativadores e
repressores
CONTROLE
POSITIVO •Indução
Ativador ligado •Repressão
facilita a transcrição

CONTROLE
NEGATIVO
•Indução
Repressor ligado •Repressão
inibe a transcrição
101
 Proteina regulatoria e
um repressor

Proteina
alosterica

Fig. 16.4. Operons indutiveis

Fig. 16.5. Operons repressíveis (transcricao normalmente ocorre e deve ser desligada)
 REGULAÇÃO POSITIVA
Ativador ligado facilita a transcrição

Indução

INDUTOR

ATIVADOR
INATIVADO
104
 REGULAÇÃO POSITIVA
Ativador ligado facilita a transcrição

Repressão

Co-repressor

ATIVADOR
INATIVADO
105
 REGULAÇÃO NEGATIVA
Repressor ligado inibe a transcrição

Indução

indutor

REPRESSOR INATIVO

106
 REGULAÇÃO NEGATIVA
Repressor ligado inibe a transcrição

Repressão

Co-repressor

REPRESSOR INATIVO

107
Operon lac - Enzimas

PERMEASE

TRANSACETILASE
-GALACTOSIDADE

111
 X-gal: Hidrólise  Azul

IPTG:
-indutor da transcrição lac
sem sofrer hidrolise

-Galactosidase

X-gal: Hidrólise  Azul

IPTG:
-indutor da transcrição lac
sem sofrer hidrolise
112
 sobreposição

Fig. Seqüência do operador/promotor

Diploides parciais: as celulas dessas linhagens possuem duas
moleculas diferentes de DNA (cromossomo bacteriano inteiro e
um pedaco extra de DNA  conjugacao entre duas bacterias)
Diplóides parciais
 Gene lacl é dominante em trans

Fig. Diplóide parcial lacl+lacZ-/lacl-lacZ+

Fig. Diplóide parcial lacls: lacZ+ / lacl+lacZ-
 Mutações
lacO são
constitutivas
e de ação cis

Fig. Mutações em lacO constitutivas

Fig. 16. 12. Proteina Ativadora do Catabolismo (CAP) estimula a transcrição
137
OPERON TRIPTOFANO SEM CO-REPRESSOR
RNA polimerase
DNA

Transcrição Repressor Transcrição

inativo
mRNA

Tradução Tradução
mRNA

Proteína
Repressora
inativa

138
Regulação por atenuação

139
 Os mecanismos de controle pós-
transcricional

 RNA anti-senso (RNAs reguladores)

 Eficiência de ligação do ribossomo

141
 RNA DsrA Atuando em reguladores
Controle por RNAs reguladores transcricionais

NEGATIVO
RBS

RBS

HNS (proteina reguladora de transcrição)

POSITIVO

RpoS (fator sigma)

RBS 142
- Adição de grupos metila ao DNA.
- Metiltransferases do DNA (metilases de DNA) realizam a
reação usando S-ADENOSILMETIONINA como doador de
grupos metila

- A metilação é o principal fenômeno epigenético pelo qual um

gene é silenciado.
- Epigenética é qualquer mudança da expressão de um gene sem
que ocorra alteração estrutural na seqüência de DNA
- Metilação de DNA é o mecanismo que permite que
determinados genes (e não outros) se manifestem dentro de
células especializadas, visto que todas as células do corpo trazem
a mesma carga genética.
- O que as diferencia é a manifestação de um ou de outro gene.

- Greger em 1989: descobriu a metilação de uma ilha CpG de um gene

supressor do câncer humano, o gene retinoblastoma (Rb) .
- 1994: hipermetilação da região promotora da ilha CpG mecanismo
inativador de genes no câncer.

- A maioria das ilhas CpG estão localizadas na região promotora de

metade dos genes do genoma dos mamíferos e estão geralmente não
metiladas nas células normais.
- A hipermetilação da região promotora, está associada com o silêncio
transcricional inapropriado dos genes supressores do tumor e para
muitos autores é o único mecanismo de perda da função de muitos
genes nos tumores malignos
Em resumo:
- Na maioria dos mamíferos (incluindo o ser humano),
dentre todas as bases que formam o DNA.
- Somente a citosina pode sofrer metilação. Locais
particularmente susceptíveis são os dinucleotídeos CpG,
bases citosina e guanina adjacentes.
- A maioria desses dinucleotídeos então em pequenas
regiões chamadas de ilhas CpG, que em células normais
estão protegidas da adição de metila.
- Essas ilhas CpG são encontradas em todos os genes em
regiões ativas, os promotores, que são seqüências
regulatórias presentes na extremidade 5’ do DNA logo
antes do início do gene que será transcrito.
- Se ocorrer metilação, o promotor é silenciado,
interrompendo a transcrição, e conseqüentemente, a
expressão gênica.
Mudanças no posicionamento do nucleossoma
Mudanças no empacotamento dos nucleossomas
Modificações covalentes do nucleossoma
Metilação: mecanismo mais connhecido

- DNA-metil transferase; preferência pelo motivo CpG ou Cp

- Metilação: mecanismos para garantir a heranca mitótica ou meiótica de
padrões específicos de metilação.
 RNA interferente
Descobrindo a função pela disfunção...

RNAi

Silenciamento de gene que confere pigmentação à Drosophila

RNAi

 Primeiros indícios em 1995, em experimentos

com C. elegans;

 RNAs dupla fita causam o silenciamento do

gene;

 O silenciamento pode ser “herdado”.

• Mecanismo em que pequenos RNAs medeiam
o silenciamento de genes particulares
• Os iRNAs funcionam interagindo com os
mRNAs, resultando na degradação ou inibição
da tradução do mRNA.
• Os microRNAs são digeridos produzindo o
siRNAs
Mecanismo de ação do RNAi

Modelo de 2 passos:

■ Iniciação: geração de siRNAs

■ Efetuação: degradação do mRNA alvo

Duong, 2008
Iniciação

ATP
DICER
ADP + ppi

ATP
KINASE
ADP + ppi

RdRP

Duong, 2008
Efetuação

• Ligação do siRNA
• abertura do siRNA
• ativação RISC

Duong, 2008
Dicer
RISC
RNAi – amplificação da ação

RNA-directed RNA polymerase

Zamore, P. D. Science 296, 1265-1269 (2002)

RNAi – metilação de histonas
Ocorre em loci homólogos á sequencia do RNAi