Cardeais Farnese, Savelli, Correggio, Ricci e Boncompagni foram considerados os principais papabili[4]. Farnese foi o mais ativo na promoção de sua candidatura própria, mas ele também se reuniu com a oposição mais forte. Seu principal adversário foi o Cardeal Médici, por causa da rivalidade entre a Casa de Medici (Grão-Ducado da Toscana) e da Casa de Farnese (Ducado de Parma), no norte da Itália. Também o rei Filipe II de Espanha era contra a candidatura Farnese, porque ele considerava sua elevação perigosa para o equilíbrio de poder na Itália. Os Farnese consideravam como inaceitável a eleição do austero Carlos Borromeu. Dessa forma, tinha-se a ideia de que o conclave iria durar muito tempo, talvez até vários meses [5].
Cinqüenta e dois Cardeais entraram no conclave, em 12 de maio. No mesmo dia à noite, juntou-se mais um, Granvella, vice-rei de Nápoles e representante oficial de Filipe II de Espanha[6]. O primeiro passo dado por Granvella foi informar Alessandro Farnese que o Rei de Espanha não iria aceitar a sua eleição e pedir-lhe que retirasse sua candidatura, a fim de manter a paz na Itália. Surpreso, Farnese entendeu que com a oposição tão forte, ele nunca iria obter a maioria necessária, mas, admitindo sua derrota, ele queria ser capaz de usar sua influência efetiva na escolha do novo pontífice[7]. Quase todo o dia seguinte, os líderes das facções principais, Farnese, Bonelli, Granvelle e Borromeo, passaram à procura de um candidato de consenso e, finalmente, concordaram em eleger aos setenta anos de idade Ugo Boncompagni[8]. O primeiro escrutínio teve lugar em 13 de maio às seis horas da noite. No final da fase de accessus[2] Ugo Boncompagni foi eleito Papa, recebendo todos os votos, exceto o de sua autoria, que deu a Granvella. Ele aceitou a sua eleição e tomou o nome de Gregório XIII, em honra do Papa Gregório I[9].
O povo de Roma foi surpreendido com uma eleição tão rápida, mas congratulou-se com o novo papa, porque ele não era nem religioso, nem um austero "teatino", como a maioria das pessoas temiam[9]. Em 25 de maio, Gregório XIII foi solenemente coroado pelo Cardeal Protodiácono Innocenzo del Monte[2].
