Acizi nucleici

Acizii nucleici sunt, din punct de vedere chimic, produsi de policondensare a unor unitati denumite nucleotide. Se cunosc doua clase de acizi nucleici: acizi dezoxiribonucleici (ADN) si acizi ribonucleici (ARN), macromolecule informationale care permit stocarea, transmiterea si exprimarea informatiei genetice. Molecula de ADN reprezinta baza chimica a ereditatii, ea continand informatia genetica cu privire la biosinteza proteinelor. Continutul informational al ADN inscris in secventa nucleotidelor constituie macromolecula si permite specificarea structurii fiecarei proteine determinand, prin definirea caracterelor morfofuncionale ale unui organism, individualitatea acestuia. Transmiterea informatiei genetice de-a lungul generatiilor, cu o fidelitate ireprosabila, este rezultatul capacitatii de autoreplicare a moleculei ADN in virtutea careia molecula ADN parental este copiata astfel incat sa formeze doua molecule fiice avand o secventa nucleotidica, un continut informational, indentica cu ADN parental.

Compozitia acizilor nucleici Hidroliza acida a acizilor nucleici da nastere la baze azotate, pentoze si acid fosforic. Pentoza din structura aczilor ribonucleici s-a dovedit a fi D-riboza iar cea din structura ADN s-a dovedit a fi Ddezoxiriboza. In structura acizilor nucleici pentozele se gasesc sub forma ciclica, -furanozica.

D-riboza

forma -furanozica

D-2-dezoxiriboza

Bazele azotate din structura acizilor nucleici Bazele azotate care intra in structura acizilor nucleici deriva din doua structuri heterociclice: purina si pirimidina.

Purina

Pirimidina

Bazele purinice din structura acizilor nucleici sunt adenina (6-amino-purina) si guanina (2-amino6-hidroxi-purina):

Adenina

Guanina

Ca baze pirimidinice s-au identificat 3 baze majore: uracilul (2,4-dihidroxi-pirimidina), timina (2,4-dihidroxi-5-metil-pirimidina), citozina (2-hidroxi-4-amino-pirimidina):

Uracil

Timina

Citozina

Bazele purinice si pirimidinice prezinta fenomenul de tautomerie (structuri ce difera una de cealalta prin pozitia unui atom de H si a unei duble legaturi). Uracilul este baza pirimidinica specifica ARN, in timp ce timina este specifica ADN. Bazele azotate sunt molecule plane, relativ insolubile in apa. Prezinta un maxim de absorbtie in UV intre 252-271 nm, functie de natura bazei azotate si de pH, ceea ce permite determinarea cantitatii de acizi nucleici intr-o proba.

Nucleozide si nucleotide din structura acizilor nucleici Nucleozidele sunt compusi ce rezulta prin stabilirea unei legaturi N-glicozidice intre hodroxilul semiacetalic al pentozei si atomul de N din pozitia 9 a unei baze purinice sau din pozitia 1 a unei baze pirimidinice. Ribonucleozidele contin ca pentoza -D-ribofuranoza, in timp de dezoxiribonucleozidele contin 2-dezoxi-ribofuranoza.

Adenozina

Guanozina

Uridina

Citidina

Timidina

Nucleotidele sunt esteri fosforici ai nucleozidelor la gruparea alcool de la C5, sau C3, al pentozei. In structura acizilor nucleici intra nucleozid-5`-fosfati.

Adenozin-5`-monofosfat (AMP)

Daca un nucleozid sau dezoxinucleozid este di- sau tri-fosforilat se obtin nucleozid sau dezoxinuleozid di- si tri-fosfati. De exemplu, in cazul adeninei se obtin adenozin-difosfatul (ADP) si adenozin-trifosfatul (ATP).

Adenozin difosfat (ADP)

Adenozin trifosfat (ATP)

Caracteristici fizico-chimice ale acizilor nucleici Denaturarea si renaturarea ADN

La variatii mari de pH sau de temperatura are loc ruperea legaturilor de H care solidarizeaza catenele ADN dublu helicoidal acompaniata de suprimarea interactiunilor van der Waals. Denaturarea ADN este insotita de o modificare a absorbtiei la 260 nm. Cantitatea de lumina absorbita de ADN nativ, dublu helicoidal, este mai mica decat cea absorbita de bazele purinice si pirimidinice iazolate. Acest efect hipocrom se datoreaza mascarii partiale a bazelor stiviute (staked) care interactioneaza intre ele. Denaturarea are ca efect previzibil hipercromicitatea, respectiv cresterea capacitatii de absorbtie in UV la 260 nm si poate fi monitorizata urmarind modificarea absorbtiei in cursul procesului. Denaturarea ADN este reversibila. Prin restabilirea valorilor de pH si temperatura la valori fiziologice catenele, chiar si complet separate, pot reforma dublu helix originar prin renaturare (annealing). Renaturarea termica se produce la temperaturi sub temperatura de topire (ideal cu 20C mai mici ca aceasta), prin racire progresiva. Tehnica hibridarii moleculare permite renaturarea prin combinare a unor monocatene de ADN sau a unor monocatene de ADN cu ARN, in conditiile unui grad relativ crescut de complementaritate a acestora, cu formarea unui heteroduplex. Hidroliza acizilor nucleici Hidroliza acizilor nucleici poate decurge atat chimic (in mediu bazic sau acid) cat si enzimatic. Spre deosebire de ADN, care este rezistent la hidroliza bazica, ARN este hidrolizat la un amestec de 2`si 3`- nucleotide. Atat ADN cat si ARN pot fi hidrolizati enzimatic sub actiunea unor enzime denumite nucleaze. Se cunosc doua tipuri de nucleaze: endonucleaze, care hidrolizeaza legaturile fosfat diesterice din interiorul catenei polinucleotidice si exonucleaze, care hidrolizeaza nucleotidele terminale de la capatul 5` sau 3` ale unui lant polinucleotidic. Nucleazele secretate de pancreas participa la procesul de degradare a acizilor nucleici.

Acizii dezoxiribonucleici Demostrarea revolutionara de catre Oswald Avery, Colin MacLeod si Melyn McCarty in 1943 releva faptul ca ADN este molecula ereditatii, ca este purtatoarea informatiei genetice. Structura ADN Acizii dezoxiribonucleici sunt polidexoxiribonucleotide cu masa moleculara mare in care gruparea 3`-OH a unui dezoxiribonucleotid este legata de gruparea 5`-OH a dexoxiribonucleotid adiacent printr-o legatura fosfat diesterica. ADN contine patru baze azotate: adenina, guanina, timina si

citosina. In secventa nucleotidelor corespunzatoare din macromoleculele de ADN este inscrisa informatia genetica pe care acestea o cuprind.

sructura covalenta a ADN

Analiza cromatografica, efectuata de catre Chargaff pe molecule de ADN izolate din diverse specii, stabileste o anumita relatie cantitativa intre cele 4 baze azotate. In toate tipurile de ADN studiate numarul de reziduuri de adenina este egal cu cel al reziduurilor de timina, iar cel al reziduurilor de guanina cu cel de citozina; numarul de baze purinice este egal cu cel de baze pirimidinice (A + G = T + C).

structura dublu helicoidala a ADN

Watson si Crick au elaborat un model tridimensional al macromoleculei de ADN cu urmatoarele caracteristici: - doua lanturi polidezoxiribonucleotidice antiparalele se rasucesc helicoidal si in acelasi sens in jurul unui ax comun, formand o dubla helice cu orientare dreapta. Inelele glucidice, legate prin resturi fosfat, constituie sheletul extern al dublului helix, in timp ce bazele azotate, hidrofobe, sunt orientate spre interior si perpendicular pe axa helixului. Toate gruparile fosfat la pH=7 sunt ionizate si incarcate negativ; - cilindrul ce incadreaza dubul helix are diametrul de 2 nm; - distanta dintre planurile a doua baze adiacente este de 0,34 nm, perioada de identitate este 3,4 nm, deci structura se repeta dupa 10 perechi de baze azotate; - stabilitatea dublului helix este asigurata atat de interactiunile hidrofobe dintre bazele azotate cat si de legaturile de H ce se stabilesc intre bazele azotate de pe o catena si cele complementare de pe cealalta catena; multitudinea de legaturi van der Waals, stabilite intre bazele azotate suprapuse, stivuite (stacked), prin suprafetele lor de contact, contribuie major la stabilitatea moleculei.

autoreplicarea ADN Cele doua catene polinucleotidice nu sunt identice ci complementare, in sensul ca, adeninei dintr-o catena ii va corespunde intotdeauna timina de pe cealalta catena, iar guaninei citozina. Succesiunea bazelor azotate dintr-o catena dicteaza succesiunea bazelor azotate din cea de-a doua catena: o catena este replica celeilalte.

Acizii ribonucleici Sunt produsi macromoleculari care iau nastere prin condensarea ribonucleotidelor ce stabilesc legaturi fosfat diesterice intre gruparea -OH din pozitia 3` a aunui nucleotid si gruparea -OH din pozitia 5` a nucleotidului succesiv. Din punct de vedere al compozitiei in baze, ARN contine: guanina, citozina, adenina si uracilul. Pe langa aceste baze, ARN contine si baze asa-zise minore, rezultate prin metilari, tiolari ale bazelor majore. Componenta glucidica din structura ARN este riboza. Structura ARN

Continutul in adenina este diferit de cel in uracil si nici cel de guanina nu este egal cu cel de citozina. O structura dublu catenara complementara este exclusa pentru ARN. Moleculele de ARN sunt monocatene, dar, pe anumite portiuni, acolo unde o permite complementaritatea bazelor se organizeaza in structuri dublu helicoidale. Portiunile de baze necomplementare sunt expulzate ca bucle in afara zonelor de dublu helix dand moleculei aspectul de ac de par. Cantitatea de ARN variaza de la o celula la alta si chiar in cadrul aceleiasi celule, functie de intensitatea procesului de biosinteza a proteinelor la momentul dat.

Structura ARN monocatenar continand portiuni cu baze complementare asociate prin legaturi de H si portiuni cu baze necomplementare

Dupa rolul ce le revine in procesul de biosinteza a proteinelor ARN pot fi: ARN mesager (ARNm); ARN de transfer sau solubil (ARNt); ARN ribozomal (ARNr); ARN nuclear scurt (de mica dimensiune).

ARN mesager (ARNm) Avand in vedere ca molecula de ADN se gaseste in nucleu, in timp ce biosinteza proteineleor se desfasoara in citoplasma, Jacob si Monod au postulat existenta unui intermediar care aduce mesajul geneticc din nucleu in citoplasma. Acest intermediar s-a dovedit a fi o molecula de ARN, denumita ARN mesager. Moleculele de ARNm sunt molecule monocatenare liniare, de lungime variabila. ARNm este sintetiza in nucleu pe matrita de ADN. O gena structurala este transcrisa, in sensul ccomplementaritatii bazelor (A corespunde la U, iar G la C), obtinandu-se o molecula de ARNm a carei compozitie in baze reflecta compozitia in baze a genei transcrise. ARNm nuclear iese in citoplasma unde va servi ca matrita pentru sinteza unui polipeptid cu secventa specifica de aminoacizi. Fiecare aminoacid este codificat de catre o secventa de 3 nucleotide, denumita codon. Prelucrarea ARNm nuclear genereaza unul sau mai multi ARNm maturi care vor servi ca matrite pentru sinteza uneia sau mai multor polipeptide cu secvente specifice de aminoacizi.

Ciclul de viata al ARNm in celula eucariota. ARNm este transcris in nucleu; procesat, acesta este transportat spre citoplasma si tradus de ribozom. In final, ARNm este degradat

ARN de transfer (ARNt) Moleculele de ARNt sunt molecule mici (70-90 nucleotide), monocatenare, in care procentul de baze complementare este deosebit de mare fata de celelalte specii de ARN. Raportul A+G/U+C din ARNt este apropiat de 1. ARNt nuclear, nu si cel mitocondrial, prezinta o conformatie in foaie de trifoi, avand 4 zone de perechi complementare si 3 necomplementare expulzate cu bucle.

Structura tridimensionala a ARNt

In procesul de biosinteza a proteinelor, ARNt are de indeplinit doua functii: 1. transportul aminoacizilor activati in faza solubila, la ribozomi, sub forma de complexe aminoacilARNt. Fiecaruia dintre cei 20 de aminoacizi care intra in structura proteinelor ii corespunde cel putin un ARNt specific. Exista, cel putin 20 de tipuri de ARNt. 2. adaptarea aminoacidului transportat in dreptul codonului de pe ARNm care-l specifica. ARNt este relativ stabil la procariote si mai putin stabil la eucariote.

ARN ribozomal (ARNr) Moleculele de ARNr sunt macromolecule flexibile si deformabile, care contin zone dublu catenare intrerupte de zone monocatenare. ARNr reprezinta tipul de ARN cel mai abundent (aproximativ 75% din totalul de ARN celular) si cel mai stabil metabolic. ARNr se agrega cu proteine diverse si lipide, constituind particule ribonucleoproteice denumite ribozomi (descoperiti de George Palade).

Ribozomii la procariote Ribozomii sau Corpusculii lui Palade generai de nucleoli sunt constituii din ARN. Ei se gsesc liberi n citoplasma celular sau ataai reticulului endoplasmatic, formnd cu acesta reticulul endoplasmatic rugos. Ribozomii sunt sediul biosintezei proteinelor specifice.Ribozomii celulelor procariote au dimensiun mai mici decat la eucariote. Nu prezinta membrana la periferie i sunt alctuii din 2 subuniti (una mic si una mare). n timpul procesului de sintez ribozomii acioneaz ca punct de legatur ntre toate moleculele implicate, precis poziionate unele fa de celelalte. Diametrul ribozomilor este de aproximativ 20nm. Ribozomii au dimensiuni de aproximativ 20 nm n diametru i sunt compui n 65% din ARN ribozomal i 35% din proteine ribozomale (cunoscute i sub numele de ribonucleoproteine). Rolul lor este de a decoda ARN mesager pentru construcia lanurilor polipeptidice din aminoacizi adui de ARN de transport.

ARN nuclear de mici dimensiuni Acest tip de ARN intalnit la eucariote este constituit din aproximativ 100 de nucleotide si contine un procent mare de uridina. Se gaseste cu precadere in nucleu, asociat cu proteine, generand ribonucleoproteine desemnate dupa tipul de ARN scurt: snRNPU1, snRNPU2 etc. (small nuclear ribonucleoproteins).

Reprezentare sinteza proteinelor