Aminoacizi si Proteine

Aminoacizi
Structura, clasificare, proprietati fizico-chimice
Legatura peptidica
Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele
proteice
Proteine - nivele de organizare
Structura primar
Structura secundar
Structura teriar
Structura cuaternar
 Structura proteinelor
Proteinele prezint patru nivele de organizare:
1) structura primar
2) structura secundar;
3) structura teriar;
4) structura cuaternar.
Structura Structura Structura Structura
primar secundar tertiar cuaternar

Aminoacizi legai
prin legturi Catena Subunitile proteice
peptidice polipeptidic asamblate
 Nivele de
organizare Structura proteica
primara= Succesiunea
aminoacizilor din structura

structural ale proteinei

aminoacizi

proteinelor
Elementele structurii Structuri helix
secundare se combina si
formeaza structura Structura proteica
secundara determinata de
tertiara legaturi de H intre
aminoacizi ai lantului
Structura cuaternara este polipeptidic

caracteristica complexelor
enzimatice. Structuri
Multe proteine sunt Structura proteica tertiara
cand au loc diferite
active in stare de interactiuni (legaturi) intre
helix elementele structurii
homodimeri, homo/ secundare

heterotetrameri etc.

Structura cuaternara care

este prezenta cand proteina
contine mai multe catene
polipeptidice
 2. Structura n folie pliat
(structura )
Structura n folie pliat (structura
) este asigurat tot prin puni de
hidrogen realizate ntre mai multe
regiuni dintr-o catena polipeptidica
avand orientare paralel sau
antiparalel.
Distana ntre 2 aminoacizi
adiacenti este de 0.35 nm.
n esen, modelul poate fi
reprezentat ca o foaie de hrtie pe
care s-au desenat catene
polipeptidice paralele i apoi pliat
alternativ n sus i n jos, n dreptul
carbonilor alfa
Catenele laterale R ale
aminoacizilor sunt aezate
alternativ, de-o parte i de alta a
foii pliate, perpendicular pe
crestele cutelor.
Proprietatile structurii n folie pliat

Un lant al unei structuri CO HN CO CO CO CO

pliate este format din 5- HN

HCR
CO HN
HCR
HN HN HN

10 sau mai multi

RC H HCR HCR HCR
OC NH OC OC OC OC

aminoacizi. RCH
NH OC
HCR RCH
NH
RCH
NH
RCH
NH
RCH
NH

CO HN CO CO
Structurile secundare
CO CO
HN CO HN HN HN HN

pot fi formate din lanturi ANTIPARALEL PARALEL

orientate paralel sau (A)

antiparalel (A) sau mixt

(B).
Lanturile in structurile
pot avea o orientare
plata (B) sau rasucita (C).
 3. Structuri nerepetitive
o Pentru conectarea catenelor antiparalele aparinnd unei
structuri n folie pliat, n punctele de cotitur exist aa-
numitele "structuri n agraf de pr" (engl. = "-turn"
sau "hairpin turn"). n acest caz, gruparea -CO a restului n
a polipeptidului stabilete o punte de hidrogen cu grupare
-NH a restului n+3 din aceeai caten. Astfel, catena
polipeptidic poate realiza inversarea direciei.

o Pentru conectarea helixurilor apar regiuni nerepetitive

numite
bucle (engl. = loop), formate din ~12 aminoacizi sau
poriuni de ntoarcere (engl. = turn), formate din 2-
5 aminoacizi.
o Cnd conecteaz un helix de o foaie pliata, buclele pot fi
mai lungi (formate din 2-100 aminoacizi).
 III. Structura teriar a
proteinelor
Structura teriar se refer la atitudinea spaial pe
care o au, una fa de alta, diferitele regiuni ale
aceleiai catene polipeptidice
Aceast structur variaz foarte mult de la o
protein la alta.
Cristalografia cu raze X sau rezonan magnetic
nuclear (RMN) au pus in eviden structurile
tridimensionale (3D) a mii de proteine.

Fragment de colagen Feritina umana

 Mioglobina - exemplu de organizare
tridimensionala
1958, John Kendrew
1962 - Premiul Nobel in Chimie - John Kendrew si Max Perutz pentru
caracterizarea structurii 3D a unor globuline (hemoglobina).

Mioglobina const n mare

msur din structuri -
helicale. Gruparea hem este
specific acestui tip de
protein, la nivelul ei
legndu-se atomii de fier.
Resturile de aminoacizi
hidrofili sunt orientate la
hem exterior, iar cele de
aminoacizi hidrofobi, la
interior
 Porina un alt exemplu de organizare 3D

Exterior
Canal hidrofil la preponderent Canal hidrofil la
interior hidrofob
interior

Resturi de aminoacizi hidrofili - la interior, iar resturi de aminoacizi hidrofobi - la exterior

 Factorii de care depinde structura
teriar

1) structura primar a proteinei;

2) prezena gruprilor -SH ale cisteinei;
3) natura resturilor aminoacizilor din catena
polipeptidic.
 1) Structura primar a proteinei

- Prezena prolinei, aminoacid care nu conine

o grupare aminic liber, va altera structura
unui -helix, prin ntreruperea structurii
regulate i modificarea orientrii spaiale a
restului catenei. Nu se formeaza puntea de H
intre un rest de Pro si un alt
Punte de H intre aac. structura helicala
2 resturi de aac. intrerupta (engl., proline kink)
structura
helicala continua Pro
 2) Prezena gruprilor -SH ale cisteinei

ntre gruprile -SH

aparinnd la dou resturi
de cistein situate n zone
diferite ale catenei se pot
stabili puni disulfurice (-S-
S-), ce oblig catena
polipeptidic s se plieze i
s adopte o anumit
conformaie spaial.
Rolul determinant al
structurii teriare a fost
prima dat demonstrat pe
ribonucleaza pancreatic
bovin, enzim ce are n
chemistry.umeche.maine.edu/CHY431/Folding.html
stare nativ 4 puni
disulfurice intracatenare.
 3) Natura resturilor aminoacizilor din
catena polipeptidic

Resturile R hidrofile ale unor

aminoacizi ca: Ser, Thr, Tyr, Asn, Regiune
Gln, Asp, Glu, Lys, Arg i His, se hidrofoba
orienteaz spre exterior, pentru a
lega moleculele de ap, n timp ce
resturile R hidrofobe ale
aminoacizilor Gly, Ala, Val Leu, Ile,
Phe, Cys, Met i Trp, se vor orienta
spre interior, oblignd catena
polipeptidic s adopte o
conformaie de ghem.
Structura teriar a proteinei tinde
spre aranjamentul spaial cel mai
favorabil din punct de vedere
energetic (conformaia de minim
energie) = aranjamentul spaial
cel mai stabil. Bettelheim & March (1990) Introduction to Organic & Biochemistry
(International Edition) Philadelphia: Saunders College Publishing, p302
 Structuri suprasecundare i
domenii
Asigur edificarea structurii teriare.
Structuri suprasecundare = motive
Motive = o substructur regulat, cu proprieti
distincte, specifice, ce apare n diferite domenii; o
combinaie simpl, specific, de structuri secundare.
Domenii = motive cu identitate structurala si
functionala din structura proteinelor. Domeniile pot
avea o functionalitate distincta in cadrul catenei
polipeptidice (pot functiona ca o unitate proteica
distincta). Un domeniu poate conine ntre 30 i 400
de aminoacizi.
In unele cazuri, domeniile i motivele se suprapun ( nu
exist, nc, n literatura de specialitate o distinc ie
clar ntre domenii i motive).
 Clasificarea structural a proteinelor
Baza de date: The Structural Classification of Proteins (SCOP) (
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop) - pe baza structurilor
suprasecundare si a motivelor - 4 clase de proteine
Clasa Caracteristici Exemple
- helix sau Structuri secundare Albumina serica (om),
feritina, mioglobina
exclusiv sau aproape
all numai - helix
Folii Structuri secundare Colagenaza-3 (om)
exclusiv sau aproape UDP N-acetilglucosamin
pliate sau numai Folii pliate aciltransferaza (Escherichia
all coli)

+ - helixuri si folii pliate Triozfosfat izomeraza (din

muschiul puiului de gaina),
separat distribuite in
molecul Proteine fluorescente: green
fluorescent protein GFP (de
la meduza Aequorea
victoria)

/ Helixuri si folii asamblate Ribonucleaza A (din

in unitati pancreasul bovin)
 Motive

Clasificare:
simple: formate din mai multe structuri sunt de tipul: ,
, .
complexe: formate din succesiuni numai de structuri
(all ), din succesiuni numai de structuri (all ), din
structuri +, /
 Motive simple

Motivul sau helix-bucla-helix

Este alcatuit din doua helixuri
unite printr-o portiune nehelicala.
Exemple: in structura proteinelor
care interactioneaza cu ADN-ul,
a proteinelor care leaga ionii de
calciu: parvalbumina din muschi,
calmodulina, troponina C.
 Exemplu de motiv helix-bucla-helix:
Motivul mana EF (din engl. EF Hand)

Este format din

helixuri aproape
perpendiculare
(fomate fiecare din
cate 10-12
aminoacizi) unite
printr-o bucla
fomata din 12
aminoacizi.
 Exemplu de motiv helix-bucla-helix:
Motivul mana EF (din engl. EF Hand)

Este prezent la proteinele care

leaga Ca2+
La nivelul unui astfel de motiv se
gaseste un singur situs de legare
a Ca2+ . Ionii de Ca se leaga de
bucla, de obicei prin intermediul a
doua grupari carboxil provenite de
la un rest de acid aspartic si
respectiv acid glutamic, de o
grupare carbonil din regiunea de
bucla si de o molecula de apa.
Dupa anumiti autori, motivul Calmodulina cu rol in
mana EF este considerat un reglarea nivelului de calciu
celular, modularea activitatii
domeniu functional. unor enzime si a unor
proteine de transport
 Motivul helix-intoarcere-helix
(din engl. Helix Turn Helix)

Acest motiv este format din 2 helixuri cu portiuni

Exemplu:
amfipatice care prezinta aminoacizii hidrofobi Motivul fermoarului de
dispusi la nivelul suprafetei de contact dintre leucin (din engl.
helixuri. In aceasta zona, cele doua regiuni
polipeptidice formeaza o regiune de dimer.
leucine zipper)
La nivelul suprafetei hidrofobe fiecare al 7-lea rest
de aminoacid este leucina. Initial s-a crezut ca
resturile de leucina din fiecare helix se intercaleaza
cu resturile de leucina din cel de-al doilea helix
formand un fermoar de leucina la nivelul suprafetei
hidrofobe
Ulterior s-a constatat ca resturile de leucina se
dispun unul dupa altul in urma rasucirii celor doua
helixuri unul in jurul celuilalt.
Sunt caracteristice proteinelor reglatoare ale ADN-
ului (factori de transcriere). Motivul leucine zipper
este prezent atat la proteine eucariote cat si cele
procariote.
Motivul (agrafa sau cotul )

Este constituit din doua

structuri de tip legate printr-o
intoarcere formata din 2-5
aminoacizi.

O variant a acestui motiv este

motivul cheie greceasc.
Este intalnit la nucleaza de la
genul Staphylococus, in
structura plastocianinei (o
proteina din lantul transportor
de electroni de la organismele
fotosintetizante), in structura
anticorpilor.
Motivul (agrafa sau cotul )
Exemplu: motivul cheie greceasca
Denumirea provine de la
motivele decorative folosite in
Grecia antica in constructii si
imbracaminte.
 Motivul butoiul
Motivul butoiul (din engl.
barrel) este format din foi
torsionate ca si doagele unui butoi
formand o structura cilindrica. Sunt
caracteristice proteinelor
membranare in care 20 sau mai
multe regiuni transmembranare
formeaza foi organizate intr-un
cilindru. Regiunile de aminoacizi
hidrofobe ale foilor interactioneaza
cu regiunile hidrofobe ale lipidelor
membranare.
Exemplu: porinele prezente in
membrana externa a bacteriilor
Gram negative si care permit
trecerea substantelor polare prin
porul creat in membrana externa,
hemolizinele de la Staphylococus
aureus care penetreaza celulele Vedere de sus a
animale. motivului barrel
 Motivele
Realizeaza jonctiunea intre doua foi paralele prin intermediul unui
helix. Cel mai raspandit motiv este macrostructurade dreapta fiind
prezent in toate proteinele care poseda foi paralele. Helixul este
paralel cu foile si mascheaza regiunile cu aminoacizi hidrofobi ale
acestora. Regiunile de bucla au lungimi diferite (2-100 aminoacizi).
Bucla care leaga capatul C-terminal al foii de capatul N-terminal al
helixului are de obicei functie de recunoastere.

N C

Macrostructura de stnga Macrostructura de

prezenta de exemplu la enzima dreapta
proteolitica subtilizina de la Bacilus
subtilis
 Structuri derivate din motivul
Butoiul / (din engl. / barrel)

Este format dintr-o

succesiune de structuri .
Catenele au orientare
paralela precum doagele
unui butoi, helixurile de
legatura fiind plasate spre
exteriorul structurii
tridimensionale
Intra in structura unor
enzime (piruvat kinaza-
enzima din calea de
degradare a glucozei)
 Domenii

Domeniile
pot fi structurale si
functionale.
Domenii structurale: domeniile constante si variabile din
structura anticorpilor si care diferentiaza diferite clase de
anticorpi.
Domenii functionale: domeniile proteinelor de legare a
ionilor de Ca, domeniile proteinelor de legare a ADN-ului.
 a. Domenii structurale - exemple

IgY IgG IgE

Reprezentarea schematic comparativ a structurii IgY (anticorpi de

pasare), IgG (anticorpi serici de mamifere) i IgE . VL i VH sunt
domeniile variabile ale lanurilor uoare (L), respectiv grele (H); CL sunt
domeniile constante ale lanurilor uoare (L) iar, CH1, CH2, CH3, CH4
sunt domeniile constante ale lanurilor grele (H). Domeniile anticorpilor
sunt formate din foi pliate.
Domeniile constante sunt formate din aceeasi secventa de aminoacizi
pentru toti anticorpii apartinand aceleiasi clase de anticorpi. De exemplu,
la mamifere exista 5 clase principale de anticorpi IgA, IgD, IgE, IgG si
IgM . In clasa IgG exista mai multe subtipuri: IgG1, IgG2, IgG3, IgG4. Toti
anticorpii apartinand clasei IgG au domenii constante de acelasi tip.
 b. Domenii functionale - exemple

Domeniile functionale: domeniile proteinelor

de legare a ionilor de Ca, domeniile
proteinelor de legare a ADN-ului.
Domeniul degetului de zinc(din engl.
zinc finger).
Proteinele pot contine unul sau mai multe
degete de Zn. Fiecare motiv este
format din 2 foi antiparalele urmate
de un helix Un ion de Zn este legat
prin 4 legaturi coordinative de doua
resturi de histidina si doua de cisteina.
Aceste domenii sunt prezente in structura
factorilor de transcriere (la mamifere,
Zif268 sau Egr1) asigurand legarea de
ADN.
Aceste proteine interactioneaza cu ADN-
ul la nivelul marii adancituri (depresiuni)
astfel incat fiecare -helix din structura
unui zinc finger sa se intinda in jurul
moleculei de ADN.
Early growth response protein 1 (Egr1)
 IV. Structura cuaternar
Multe proteine, ca de exemplu enzimele, sunt
alctuite din dou sau mai multe lanuri polipeptidice
numite subuniti, legate ntre ele prin diferite
legturi necovalente, precum: puni de hidrogen,
legturi ionice i fore van der Waals.

Structura cuaternar descrie relaiile spaiale

stabilite ntre diferitele catene polipeptidice ce intr
n alctuirea unei proteine (are n vedere existena a
cel puin dou catene polipeptidice
independente ce intr n asamblarea unei proteine
funcionale).

Structura cuaternar prezint distribuia spaial a

subunitilor i stabilete ansamblul interaciunilor i
contactelor dintre subunitile unei proteine.
 Rolul structurii cuaternare

Structura cuaternar are consecine asupra

activitii biologice a proteinelor active.
Subunitile ce alctuiesc proteina funcional se
intercondiioneaz reciproc.
Modificrile n conformaia spaial a uneia dintre
subuniti, ca urmare a legrii unei molecule de
substrat, coenzim, activator sau inhibitor, pot
induce modificri conformaionale celorlalte
subuniti ale proteinei. Asemenea interaciuni
stau la baza fenomenului de alosterism.
 Proteinele multisubunitare

n general, numrul de subuniti ale unei

proteine este numr par: ADN polimeraza
dependenta de ADN

dimer
tetramer
hexamer ADN polimeraza
dependenta de ARN

octamer
Revers-transcriptaza - dimer

decamer
dodecamer etc.

Hemoglobina - tetramer
 Exemplu de proteine cu numar impar de subuniti:
Proteinele G

Exist ns i proteine cu numr

impar de subuniti, ca de exemplu
proteinele G membranare care sunt
alctuite din 3 subuniti (trimer).
Proteinele G sunt heterotrimeri
alctuii din trei subuniti diferite:
, i . Subunitatea prezint un
situs de legare pentru GDP/GTP.
Proteina G inactiv este sub form
de trimer: G -GDP-GG, n timp
ce proteina G activ se gsete sub
form de monomer legat de GTP:
G-GTP. Procesul de
activare/inactivare este reversibil.
Exemplu de proteina formata din catene polipeptidice
cu roluri diferite:
Protein-kinaza A (PKA)
Protein-kinaza A (PKA) este
format din patru
subuniti:
dou cu rol catalitic i
dou cu rol reglator
Cnd acestea sunt asociate,
proteina nu manifest
activitate enzimatic, n
timp ce disocierea lor, cu
ndeprtarea subunitilor
reglatoare, conduce la
ctigarea activitii
enzimatice a subunitilor
catalitice.
 Exemplu de complex enzimatic:
complexul acid gras sintetazic

Pot fi asociate catene polipeptidice avnd mai multe tipuri

de structuri i funcii.
De exemplu, la procariote (Escherichia coli) si la plante,
sintetaza acizilor grai este un complex enzimatic
multifuncional format din ase enzime diferite i o
protein de transport, ACP (din engl. Acyl Carrier
Protein).

ACP - proteina purttoare de acil;

ACP-acetil-transferaza;
ACP-malonil-transferaza;
-cetoacil-ACP-sintetaza;
-cetoacil-ACP-reductaza;
Enoil-ACP-hidrataza;
Enoil-ACP-reductaza;
 Aminoacizi si Proteine

Aminoacizi
Structura, clasificare, proprietati fizico-chimice
Legatura peptidica
Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele
proteice
Proteine - nivele de organizare
Structura primar
Structura secundar
Structura teriar
Structura cuaternar
 Nivele de
organizare Structura proteica
primara= Succesiunea
aminoacizilor din structura

structural ale proteinei

aminoacizi

proteinelor
Elementele structurii Structuri helix
secundare se combina si
formeaza structura Structura proteica
secundara determinata de
tertiara legaturi de H intre
aminoacizi ai lantului
Structura cuaternara este polipeptidic

caracteristica complexelor
enzimatice. Structuri
Multe proteine sunt Structura proteica tertiara
cand au loc diferite
active in stare de interactiuni (legaturi) intre
helix elementele structurii
homodimeri, homo/ secundare

heterotetrameri etc.

Structura cuaternara care

este prezenta cand proteina
contine mai multe catene
polipeptidice