Biochimie strusturală (descriptivă)

• Tema:

Importanța biochimiei
pentru disciplinele
medicale.
Bioelemente și
biomolecule.
Grupele funcționale și
tipuri de legături chimice
specifice biomoleculelor.
 Obiectivele:

Introducere în biochimie. Importanța biochimiei pentru disciplinele medicale. Biochimia

structurală (descriptivă) și sarcinile ei.
Bioelementele organogene și minerale. Conținutul și caracteristica generală a principalelor
bioelemente care alcătuiesc organismul uman. Noțiuni de biomolecule.
Noțiuni de grupă funcțională. Tipuri de grupe funcționale specifice biomoleculelor.
Caracteristica lor generală.

Tipuri de legături chimice specifice biomoleculelor. Caracteristica lor generală.

 Biochimia
este ştiinţa ce studiază materia vie şi fenomenele
specifice acesteia.

- ca
termen a fost întrodus pentru prima dată in 1903 de către
Carl Newberg.

- Bios (din greacă înseamnă "viaţă").

- este ştiinţa care studiază bazele moleculare ale vieţii.

- este Ştiinţa despre structura şi transformarea substanţelor

chimice, care întră în componenţa materiei vii, procesele fizico-
chimice, care stau la baza activităţii vitale.
 Deosebim biochimie:
- statică (structurală sau descriptivă) -
studiază componenţa materiei vii şi
proprietăţile compuşilor biologici separaţi.
- dinamică – studiază complexitatea
modificărilor de substanţe în organism.
- funcţională – cercetează procesele chimice
ce stau la baza diferitelor manifestări ale
vitalităţii.
Daca chimie nu e, nimic nu e !
Biochimia reprezintă ştiinţa vieţii.
Ea este importantă deoarece studiază:
-compoziţia chimică a ţesuturilor şi
lichidelor biologice în condiţii fiziologice şi
patologice,
-corelaţiile dintre modificările metabolice
ale diferitor organe, ţesuturi şi lichide
biologice;
-dinamica indicilor metabolici în diverse
stări fiziologice (îmbătrânire, efort fizic) şi
în patologii
Contribuind astfel:
- la determinarea moului sănătos de viață
- la stabilire diagnosticului clinic de
laborator;
- la monitorizarea eficacității tratmentului
- la determinarea farmacocineticii şi
farmacodinamicii preparatelor
medicamentoase;
- La dezvoltarea altor ramuri ale medicinii
ca microbiologia, virusologia şi imunologiea
ș.a.
,,În natură nu poate există nici haos,
nici dezordine, trebuie să existe o
lege fundamentală care să ţină cont
de diferenţele şi asemănările
existente între elemente.”
D. I. Mendeleev
Tabelul periodic al elementelor
Structura atomilor
 Elementele chimice din
sistemul biologic
Din toate elementele chimice, din
sistemul periodic, 40-43 de elemente apar
constant în orice organism viu.
De aceea, se numesc bioelemente.

25 dintre acestea sunt elemente esențiale

pentru structura și funcționalitatea
organismului.
 Corpul uman este alcatuit
în proporție de 99% din șase
elemente chimice
fundamentale și anume:
Oxigen, Carbon, Hidrogen,
Azot, Calciu si Fosfor.
Bioelementele pot fi clasate în
Organogene • Minerale
• Oxigen (O) • Sodiu( Na)
• Carbon(C) • Potasiu ( K)
• Hidrogen(H) • Magneziu(Mg)
• Azot (N) • Calciu (Ca)
• Fosfor (P) • Crom(Cr)
• Sulf (S) • Molibden (Mo)
• Mangan (Mn)
din care se formează compușii • Fier (Fe)
organici • Cupru(Cu)
• Zinc(Zn)
• Vanadiul(V)
• Iodul(I)
• Fluorul (F)
• Bromul (Br
• Clor(Cl)
 Organismul uman
este alcătuit la 99,85% din doar 11 bioelememte le
vedem raportate la masa uscată/umedă
 În funcţie de necesitatea şi cantitatea
elementelor din organism deosebim

Şi
Sunt necesare în cantități
mici, reprezintă 0,7% din Sunt necesare în cantităşi mari, din această
atomii organismului şi categorie fac parte:
sunt următoarele:
Nemetale Metale Nemetale Metale
Iodul(I) Crom •Carbon(C) • Sodiu( Na)
Fluorul (F) Molibden, •Azot (N) •Potasiu ( K)
Bromul (Br) Mangan, •Oxigen (O) • Magneziul(Mg)
Fier, •Hidrogen(H) •Calciu (Ca)
Cupru, •Fosfor (P) .
Zinc, •Sulf (S)
Vanadiul ş.a •Clor(Cl)
 Importanța biologică a
microelementelor
Fluorul (7mg): este un component al
fluorapatitei din smalțul dentar.
Zincul (1,8mg): este component al carbanhidrazei.
Cuprul (100mg):este necesar pentru funcționarea lanțului
respirator, participă în sinteza colagenului și elastinei.
Cobaltul : se conţineVit B12 participă la producerea
globulelor roşii ale sângelui, previne anemia.
Seleniul(10mg) : sub formă de selenocisteină
este component a Glutation peroxidazei
Molibdenul (150mg): acționeaza preventiv împotriva
anemiei.
Fierul : 5 g Component al hemoglobinei, mioglobinei,
citocromilor. Este important în respirație, atât la nivel de
transport a oxigenului cât și la nivel de transport a
electronilor în procesele de oxido-reducere.
 Importanța biologica a
macroelementelor
Sodiul(60g): principalul cation extracelular, controleaza
absorbția, distribuția, reținerea si eliminarea apei din
orgnism.
Clor (105g): ajuta la digestie
Calciu(1.25kg) :confera oaselor rigiditatea caracteristica,
are un rol esențial în coagularea sanguină, contracție
musculară, transmiterea impulsului nervos
Magneziu(25g) : contribuie la menținerea unui sistem
cardio- vascular sanătos şi preântâmpină atacurile de
inima.
Fosfor (700g): intervine in desfasurarea normala a
activitații muschilor
Potasiu(160g) este important în contracția musculară,
funcționarea normală a inimii, transmiterea
impulsurilor nervoase, activarea unor enzime.
Component sau funcţie al organismului Element sau compus

Constituţia dinţilor şi oaselor Ca , F , P

Transportul şi stocarea oxigenului Fe

Controlul presiunii şi coagularii Na , Cl , NO , Ca

sângelui
Contracţia musculară Ca , Mg

Respiraţia Fe , Cu

Diviziunea celulară Ca , Fe , Co

Contracţia intestinală NO , Ca

Controlul pH-ului în sange CO2 , Zn

Funcţionarea glandei tiroide I

 care întră în componența
materiei vii sunt selectate
de către natură după niște
principii care nu sunt încă
bine elucidate, dar se
Organismul uman poate afirma cu
este un laborator chimic certitudine, că răspândirea
neobişnuit, deoarece
lor în mediu, nu este
este un laborator viu,
compus din toate elementul hotărâtor.
elementele minerale, sub
formă organică. Prezenţa
în exces a unora dintre
aceste elemente sau lipsa
altora se reflectă imediat
asupra sănătăţii omului.
 Cantitatea dintr-un element chimic necesarar
organismului uman zilnic este:
Elementul Cantitatea Elementul Cantitatea
Na 1-2 g Cr 0,1-0,3 mg
K 0,8 g Mn 3 mg
Mg 0,3-0,4 g Fe 10 mg/femei 15-18
mg
Ca 0,6-1,2 g Co 0,1 μg
Sr 1-4 mg Ni 0,2-0,5 mg
Rb 1-3 mg Cu 1,5-2,0 mg
Al 10-100 mg Mo 0,1-0,3 mg
V 1-2 mg Sn 1-3 mg
 Surse naturale
F: apa potabila fluorurata
Mn: cereale integrale, nuci, sfecla
Fe: susan, galbenus de ou, polen, nuci, grau
Co: lapte, ficat, carne
Cu: fasole uscata, mazare, prune, grau
integral
Zn: oua, lapte praf degresat, carne, ficat
Se: ceapa, rosii, brocolii
Mo: legume, cereale integrale
I: sare marina, carne de peste
Cr: drojdie de bere, ficat de vitel
Na: sare, morcovi, sfecla
Cl: sare de bucatarie, masline
Ca: alune, nuci, iaurt
P: oua, nuci, seminte
Mg: banane, capsuni, nuci, seminte
K: citrice, cartofi, banane, prune
 Biomoleculele:
biomicromolecule și biomacromolecule
Clasificarea compușilor
organici
Hidrocarburi
Derivați ai hidrocarburilor
 LEGĂTURA CHIMICĂ

Prin legătura chimică se înţeleg toate forţele dintre

atomi, molecule şi ioni, care influenţează asupra
proprietăţilor chimice ale substanţei.
 Tipurile de legături
• Electrovalenţa. Legatura ionică (necivalentă) constă în atracţia electrostatică, pe
care o exercită reciproc particulele cu sarcini electrice cu semn contrar, numite ioni.

•Covalenţa, spre deosebire de electrovalenţă, este o legătură în adevăratul sens al

cuvîntului. Atomii legaţi prin covalenţă ocupă, unii faţă de alţii, poziţii fixe, ce nu pot
fi schimbate fără a modifica chimic substanţa.

Legătura metalică, deşi limitată numai la metale, interesează în mod deosebit

datorită multiplelor aplicaţii practice ale acestora. Natura ei fizică este diferită de a
celorlalte două tipuri de legături.

.
Tipurile forțelor de atracție
forţe de atracţie mult mai slabe decît legăturile chimice şi care se exercită între
molecule. Din cadrul legăturilor intermoleculare fac parte
•legătura de hidrogen,
• legătura dipol-dipol şi
• legătura van der Waals.
 2. ELECTROVALENŢA (LEGĂTURA IONICĂ)
W.Kossel (1916)
Formarea legăturii ionice presupune două etape:
 formarea ionilor
 atracţia electrostatică dintre ioni.

Formarea ionilor are loc prin pierdere sau câştig de electroni:

metalele, cu un număr mic de electroni pe ultimul nivel (mai ales din grupele 1 şi
2), cedează aceşti electroni, trecând în ioni pozitivi numiţi cationi (puternic
electropozitivi) . Ex:

nemetalele –cu deficit mic de electroni, primesc electroni, trecând în ioni negativi
numiţi anioni ( puternic electronegative) – Ex:
Reacţia dintre un metal alcalin şi un halogen conduce la o combinaţie
ionică formată prin transfer de electroni de la elementul electropozitiv
(metalul alcalin) spre cel electronegativ (halogenul):

Sau în cazul clorurii de magneziu:

Interacțiune electrostatică sau
legătură ionică între
biomolecule

- NH3+ …. -ooc -
 Caracteristicile legăturii ionice
 este de natură fizică şi constă din atracţia preponderent electrostatică între ioni;
 este neorientată în spaţiu atracţia electrostatică este uniformă în orice direcţie;
 este nesaturată – un ion se înconjoară cu un număr maxim de ioni de semn contrar, în
funcţie de dimensiunile lor relative. Această caracteristică a ionului poartă denumirea de
număr de coordinaţie (N.C.). Acesta depinde de raportul razelor cationului şi anionului
( r+/r ):

r+ /r N.C. Structură cristalină

1,000 / 0,0732 8 Cubică centrată intern
0,732 / 0,414 6 Octaedrică
0,4141 / 0,225 4 Tetraedrică
0,225 / 0,155 3 triunghiulară
0,155 2 Liniară
 este o legătură relativ puternică; trăinicia legăturii scade pe măsura creşterii distanţei
dintre ioni după legea lui Coulomb;
 nu există legătură ionică pură, datorită polarizaţiei mutuale a ionilor, apare un caracter
parţial covalent. Legura ionică este cazul limită a legăturii covalente polare. După Pauling,
există o relaţie între diferenţa de electronegativitate, Δx şi procentul de caracter ionic al
legăturii:
Δx 0,5 1,0 1,5 1,8 2,0 2,5 3,0 3,2
% caracterului ionic 6 22 43 55 63 79 89 92
 COVALENŢA (LEGĂTURA COVALENTĂ)
Teoria electronică a covalenţei, propusă de G.N. Lewis (1916)
demonstrează că prin punere în comun de electroni, atomii tind să-şi
dobîndească configuraţii electronice stabile.
A formulat astfel regula octetului: la formarea legăturilor
chimice fiecare atom participă cu un număr de electroni astfel
încât în învelişul electronic de valenţă al fiecărui atom să se
realizeze, pe cât posibil, configuraţia stabilă de 8 electroni; în
cazul hidrogenului se realizează configuraţie de dublet (2e):
Lewis propune simbolizarea unei covalenţe, deci a legăturii de 2 electroni,
printr-o liniuţă. Aşa formule se numesc formule de structură:

Electronii puşi în comun intră în configuraţia electronică a ambilor atomi.

În cazul atomilor elementelor care-şi pun în comun doi sau trei electroni,
moleculele se leagă prin covalenţe duble sau triple:
 TIPURI DE COVALENŢE
 covalenţe nepolare: se realizează între atomi identici (electronegativităţi
egale), prin participare cu un număr egal de electroni (1, 2 sau 3) pentru a forma
legături simple, duble sau triple – H2, F2, O2, N2.
 covalenţe polare: se realizează între două specii diferite de atomi
(electronegativităţi diferite), fapt ce permite deplasarea electronilor de legătură
către atomul elementului mai electronegativ – HF, HCl, H2O, NH3, CH4 etc. La
legătură fiecare atom participară cu cîte un electron.
 covalenţe donor acceptor (coordinative): se realizează între doi atomi
diferiţi, perechea de electroni provenind de la un singur atom, deci prin
participare neegală,ceea ce face ca legătura să fie polară (NH4+, H3O+, SO42,
[Ag(NH3)2]+, [Cu(H2O)4]2+.

Legătura covalentă coordinativă se formează prin punerea în comun a unei perechi

de electroni neparticipanţi din partea unui singur atom care participă la legătură
(donor) cel de-al doilea participant fiind doar beneficiarul acestei perechi de
electroni (acceptor), rezultând astfel molecule complexe:

Legătura coordinativă este deci o legătură

covalentă polară, cu deosebirea că electronii de
legătură provin de la un singur atom.
Legătura donor acceptor (coordinativă) se poate stabili între:
 molecule polare care posedă perechi de electroni neparticipanţi şi anumiţi ioni
pozitivi (H+, Ag+, Cu2+, Fe2+ etc.);
 ioni negativi bogaţi în electroni neparticipanţi la legătura chimică (HO, F, Cl)
şi unii ioni pozitivi (Al3+, Pt4+);
 atomi bogaţi în electroni (N, S, P) şi atomi de oxigen, puternic electronegativi.
Uneori pentru a diferenţia legăturile formate după mecanism de schimb de
cele formate după mecanism donor-acceptor, acestea din urmă se îndică în
formula de structură prin intermediul unei săgeţi îndreptate de la atomul
donor spre atomul acceptor al perechii de electroni:
Hibridizarea este redistribuirea orbitalilor de
diferită formă şi energie ai unui atom cu formarea
orbitalilor echivalenţi (după formă şi energie) – a
orbitalilor hibrizi:
Deci, înainte de formarea legăturii, orbitalii atomici ai beriliului se hibridizează. La
hibridizare participă un orbital de tip s şi un orbital de tip p şi rezultă doi orbitali hibrizi
de tip sp:

Orbitalii hibrizi de aranjează în aşa mod încît unghiul dintre legăturile Be – Cl formate
este de 180:

Ca rezultat molecula primeşte o configuraţie geometrică liniară:

Pentru a stabili tipul hibridizării şi, respectiv, forma spaţială a
moleculei, se procedează în următorul mod:

1. Se găseşte atomul central, pentru care se stabileşte structura învelişului

de valenţă;

2. Se stabileşte valenţa atomului central, pentru a stabili numărului de

electroni necuplaţi, care vor participa la formarea legăturii chimice;

3. Dacă numărul de electroni necuplaţi este mai mic decît valenţa, se scrie
repartizarea electronilor în starea excitată;

4. În dependenţă de tipul orbitalilor participanţi la formarea legăturii se

stabileşte tipul de hibridizare, ţinînd cont şi de orbitalii neparticipanţi la
legătură de pe nivelul de valenţă;

5. După tipul de hibridizare se stabileşte forma pe care o ocupă în spaţiu

molecula formată.
Relaţia tipul de hibridizare – formă spaţială
Unghiul
Tipul de
Forma geometrică dintre Exemple
hibridizare
legături
sp liniară 180o BeCl2
sp2 planară - triunghiulară 120o BCl3
sp3 tetraedrică 109,5o CH4
piramidă patrulateră 90o
sp3d PCl5
bipiramidă triunghiulară 90o; 120o
piramidă pentagonală 90o; 72o
sp3d2 SF6
octaedrică 90o
piramidă hexagonală 90o; 72o
sp3d3 IF7
bipiramidă pentagonală 90o; 72o
Pentru a stabili tipul de hibridizare în moleculele poliatomice se folosesc
formulele electronice ale acestora. De exemplu, formula electronică a
acidului sulfuric este:

Atomul central este sulful, care formează patru covalenţe cu atomii de

oxigen vecini (două prin mecanism de schimb şi două după mecanism
donor-acceptor). Pentru patru covalenţe corespunde tipul de hibridizare
sp3 şi o geometrie tetraedrică a moleculei.
 Tipuri de legături covalente
Legãturile σ sunt legãturi simple la care pot să participe:
orbitali atomici s (OA s - OA s), legătura din molecula de H – H:

orbitali de tip p (OA p – OA p), legătura din molecula halogenilor X – X:

orbitali de tip s şi p (OA s – OA p) în molecula hidracizilor H-X:

orbitali de tip p şi d (OA p – OA d, suprapunere printr-un singur lob) în unele

halogenuri ale metalelor tranzitionale:
Legãturile π se întâlnesc în legãturi duble sau triple, după cum atomii sunt legaţi
de două sau trei perechi de electroni, se formează din orbitali atomici de tip p, d, f,
care se suprapun concomitent prin câte 2 lobi, într-un plan perpendicular pe planul
legãturilor σ:

Aceste legături sunt rigide, împiedicã rotirea atomilor în jurul axei

nucleare a legăturilor σ şi sunt mai slabe decât legãturile σ.
Legãturile δ sunt mai rar întâlnite, se formează prin suprapunerea concomitentã
a câte 4 lobi ai orbitalilor atomici care pot proveni de la:
2 orbitali d;
un orbital d si unul f;
2 orbitali f.
 Proprietăţile covalenţei şi a substanţelor cu
legătură covalentă

 este rigidă, deoarece atomii legaţi covalent ocupă poziţii

fixe;
 este orientată în spaţiu;
 este saturată, neputîndu-se forma în număr nelimitat;
 este puternică;
 se polarizează (datorită diferenţelor de dimensiuni şi
electronegativităţii). Polaritatea creşte odată cu creşterea
diferenţei dintre electronegativităţile atomilor.
 Substanţele covalente (moleculare) se prezintă în toate cele
trei stări de agregare. Multe din ele sunt gaze sau lichide
uşor volatile. În general au puncte de topire și de fierbere
mai mici decît ale substanțelor ionice (excepție - diamantul,
grafitul).

 Solubilitatea lor este determinată de natura legăturii. Astfel,

substanţele polare se dizolvă în solvenţi polari (ex. apă), iar
substanţele nepolare se dizolvă în solvenţi nepolari (ex.
uleiul se dizolvă în benzină şi nu în apă).

 Soluţiile substanţelor polare conduc curentul electric (sunt

electroliţi), cele ale substanţelor nepolare fiind rău-
conducătoare de electricitate (neelectroliţi).
Lungimea legăturii care este egală cu distanţa
interatomică (internucleară) şi depinde de multiplicitatea
legăturii. Cu cît este mai mare multiplicitatea, cu atît
interpătrunderea orbitalilor atomici este mai mare şi,
respectiv, lungimea legăturii este mai mică:
Energia E0, necesară pentru a rupe legătura dintre atomi şi ai
îndepărta unul de altul la distanţa la care ei nu mai
interacţionează, se numeşte energie de legătură. Pentru
moleculele biatomice, energia de legătură se determină ca
energia de disociere a moleculei în atomi şi poate fi
determinată experimental.

De exemplu, în molecula de hidrogen energia de legătură este

egală cu energia degajată în rezultatul formării moleculei H2
din doi atomi de hidrogen:
H + H  H2 + 432 kJ
Aceeaşi energie se consumă pentru a rupe legătura dintre
atomi în molecula de hidrogen:
H2  H + H – 432 kJ
Cu cît este mai mare energia de legătură, cu atît legătura este mai
trainică.
Legătura se socoate trainică sau puternică, dacă energia ei depăşeşte
valoarea de 500 kJ/mol (de exemplu, 942 kJ/mol pentru N2), iar slabă – dacă
energia ei este mai mică de 100 kJ/mol (de exemplu, 69 kJ/mol pentru NO2).
Dacă în rezultatul interacţiunii atomilor se degajă o energie mai mică de 15
kJ/mol, se spune, că legătură nu se formează, se observă doar o interacţiune
intermoleculară (de exemplu, 2 kJ/mol pentru Xe2). Trăinicia legăturii de
obicei se micşorează odată cu creşterea lungimii ei.
HF HCl HBr HI
Lungimea legăturii, pm 92 128 141 160
Energia legăturii, kJ/mol 565 431 364 217

Legătura Energia, kJ/mol Legătura Energia, kJ/mol

С-С 343 С-О 351
С=С 615 С=О 711
С≡С 812 С≡O 1096
 4. LEGĂTURA METALICĂ
Metalele se deosebesc fundamental de celelalte substanţe, atît sub formă
elementară cît şi sub formă de combinaţii, principalele lor proprietăţi fiind:
 conductibilitate electrică mult mai mare decât a celorlaltor
substanţe şi deosebită prin natura ei: trecerea curentului electric prin
metale se face fără transfer aparent de masă;
 conductibilitatea termică a metalelor este mult mai mare decât a
celorlaltor substanţe;
 metalele sunt practic total opace, nepermiţând trecerea luminii
nici prin foiţe foarte subţiri;
 metalele au luciu, datorită reflectării aproape totale a luminii. Din
această cauză majoritatea metalelor au culoarea alb-cenuşie, excepţie
făcînd Cu şi Au, care absorb în domeniul lungimilor de undă
corespunzătoare culorilor albastru, respectiv verde, de unde coloraţia
lor roşcată, respectiv galbenă;
 metalele au rezistenţă mare la solicitările mecanice dar sunt
totuşi deformabile. Ele sunt maleabile (pot fi trase în foi) şi ductile (pot
fi trase în fire subţiri).
 INTERACŢIUNI INTERMOLECULARE

Forțe van der Waals

Faptul că gazele compuse din atomi (He, Ar, Ne etc.) sau din molecule
nepolare ca H2, N2, O2, F2, Cl2, etc. se lichefiază şi cristalizează la
temperaturi joase dovedeşte că între molecule există forţe de atracţie slabe,
cunoscute sub denumirea de forţe van der Waals.

Baza forţelor van der Waals o alcătuesc forţele de atracţie electrostatică

dintre electronii şi nucleele unei molecule cu nucleele şi electronii altei
molecule. La o anumită distanţă dintre molecule forţele de atracţie şi
respingere se echilibrează reciproc, formînd un sistem stabil.
 Legătura de hidrogen
Proprietăţile unor lichide: ex(H2O)n, pot fi explicate doar daccă acceptăm că
moleculele lor sunt asociate, prin forţe slabe.
Moleculele asociate conţin hidrogen, legat de un element puternic
electronegativ (ex.O, N). Legătura se face prin atomul de hidrogen, de unde
provine şi denumirea legăturii – legătură de hidrogen,