Пређи на садржај

PDBsum

С Википедије, слободне енциклопедије
PDBSum
Kontent
OpisPregled struktura sadržanih u Proteinskoj banci podataka
Tipovi podatakaProtein structures
Organizamall
Kontakt
Istraživački centarEBI
AutoriRoman Laskovski
Primarni citatPMID 9433130
Pristup
Veb stranicaPDBsumn
Alati
Razno
Obeležavajuća etiketada

PDBsum je baza podataka koja daje pregled sadržaja svoj 3D makromolekulskih struktura deponovanih u Proteinskoj banci podataka.[1][2][3][4]

Svaka struktura u PDBsum bazi podataka uključuje sliku strukture, molekulske komponente sadržane u kompleksu, reakcioni dijagram enzima (po potrebi), ontologiju gena funkcionalne anotacije, Pfam anotaciju 1D sekvence i InterPro klasifikaciju domena, opis vezanih molekula, grafik koji prikazuje interakcije između proteina i sekundarne strukture, šematske dijagrame protein-protein interakcija, analizu otvora prisutnih unutar strukture i veze ka spoljašnjim bazama podataka.

  1. ^ Laskowski RA, Hutchinson EG, Michie AD, Wallace AC, Jones ML, Thornton JM (1997). „PDBsum: a Web-based database of summaries and analyses of all PDB structures”. Trends Biochem. Sci. 22 (12): 488—90. PMID 9433130. 
  2. ^ Laskowski, RA (2001). „PDBsum: summaries and analyses of PDB structures”. Nucleic Acids Res. 29 (1): 221—2. PMC 29784Слободан приступ. PMID 11125097. doi:10.1093/nar/29.1.221. 
  3. ^ Laskowski RA, Chistyakov VV, Thornton JM (2005). „PDBsum more: new summaries and analyses of the known 3D structures of proteins and nucleic acids”. Nucleic Acids Res. 33 (Database issue): D266—8. PMC 539955Слободан приступ. PMID 15608193. doi:10.1093/nar/gki001. 
  4. ^ Laskowski, RA (2009). „PDBsum new things”. Nucleic Acids Res. 37 (Database issue): D355—9. PMC 2686501Слободан приступ. PMID 18996896. doi:10.1093/nar/gkn860. 

Spoljašnje veze

[уреди | уреди извор]