SF3B1

SF3B1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2F9D, 2F9J, 2PEH, 3LQV, 4OZ1, 2FHO
Ідентифікатори
Символи	SF3B1, Hsh155, MDS, PRP10, PRPF10, SAP155, SF3b155, splicing factor 3b subunit 1
Зовнішні ІД	OMIM: 605590 MGI: 1932339 HomoloGene: 6696 GeneCards: SF3B1
Пов'язані генетичні захворювання
хронічний лімфолейкоз
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • mRNA binding • RNA binding Клітинна компонента • U11/U12 snRNP • catalytic step 2 spliceosome • spliceosomal complex • U12-type spliceosomal complex • U2-type prespliceosome • клітинне ядро • U2 snRNP • нуклеоплазма • nuclear speck • U2-type precatalytic spliceosome Біологічний процес • RNA splicing, via transesterification reactions • epigenetic maintenance of chromatin in transcription-competent conformation • mRNA splicing, via spliceosome • spliceosomal complex assembly • mRNA processing • Сплайсинг РНК Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	23451	81898
Ensembl	ENSG00000115524	ENSMUSG00000025982
UniProt	O75533	Q99NB9
RefSeq (мРНК)	NM_001005526 NM_001308824 NM_012433	NM_031179
RefSeq (білок)	NP_001005526 NP_001295753 NP_036565	н/д
Локус (UCSC)	Хр. 2: 197.39 – 197.44 Mb	Хр. 1: 54.99 – 55.03 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SF3B1 (англ. Splicing factor 3b subunit 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 304 амінокислот, а молекулярна маса — 145 830.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAKIAKTHED		IEAQIREIQG		KKAALDEAQG		VGLDSTGYYD		QEIYGGSDSR
FAGYVTSIAA		TELEDDDDDY		SSSTSLLGQK		KPGYHAPVAL		LNDIPQSTEQ
YDPFAEHRPP		KIADREDEYK		KHRRTMIISP		ERLDPFADGG		KTPDPKMNAR
TYMDVMREQH		LTKEEREIRQ		QLAEKAKAGE		LKVVNGAAAS		QPPSKRKRRW
DQTADQTPGA		TPKKLSSWDQ		AETPGHTPSL		RWDETPGRAK		GSETPGATPG
SKIWDPTPSH		TPAGAATPGR		GDTPGHATPG		HGGATSSARK		NRWDETPKTE
RDTPGHGSGW		AETPRTDRGG		DSIGETPTPG		ASKRKSRWDE		TPASQMGGST
PVLTPGKTPI		GTPAMNMATP		TPGHIMSMTP		EQLQAWRWER		EIDERNRPLS
DEELDAMFPE		GYKVLPPPAG		YVPIRTPARK		LTATPTPLGG		MTGFHMQTED
RTMKSVNDQP		SGNLPFLKPD		DIQYFDKLLV		DVDESTLSPE		EQKERKIMKL
LLKIKNGTPP		MRKAALRQIT		DKAREFGAGP		LFNQILPLLM		SPTLEDQERH
LLVKVIDRIL		YKLDDLVRPY		VHKILVVIEP		LLIDEDYYAR		VEGREIISNL
AKAAGLATMI		STMRPDIDNM		DEYVRNTTAR		AFAVVASALG		IPSLLPFLKA
VCKSKKSWQA		RHTGIKIVQQ		IAILMGCAIL		PHLRSLVEII		EHGLVDEQQK
VRTISALAIA		ALAEAATPYG		IESFDSVLKP		LWKGIRQHRG		KGLAAFLKAI
GYLIPLMDAE		YANYYTREVM		LILIREFQSP		DEEMKKIVLK		VVKQCCGTDG
VEANYIKTEI		LPPFFKHFWQ		HRMALDRRNY		RQLVDTTVEL		ANKVGAAEII
SRIVDDLKDE		AEQYRKMVME		TIEKIMGNLG		AADIDHKLEE		QLIDGILYAF
QEQTTEDSVM		LNGFGTVVNA		LGKRVKPYLP		QICGTVLWRL		NNKSAKVRQQ
AADLISRTAV		VMKTCQEEKL		MGHLGVVLYE		YLGEEYPEVL		GSILGALKAI
VNVIGMHKMT		PPIKDLLPRL		TPILKNRHEK		VQENCIDLVG		RIADRGAEYV
SAREWMRICF		ELLELLKAHK		KAIRRATVNT		FGYIAKAIGP		HDVLATLLNN
LKVQERQNRV		CTTVAIAIVA		ETCSPFTVLP		ALMNEYRVPE		LNVQNGVLKS
LSFLFEYIGE		MGKDYIYAVT		PLLEDALMDR		DLVHRQTASA		VVQHMSLGVY
GFGCEDSLNH		LLNYVWPNVF		ETSPHVIQAV		MGALEGLRVA		IGPCRMLQYC
LQGLFHPARK		VRDVYWKIYN		SIYIGSQDAL		IAHYPRIYND		DKNTYIRYEL
DYIL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК. Локалізований у ядрі.

Література

• Das R., Zhou Z., Reed R. (2000). Functional association of U2 snRNP with the ATP-independent spliceosomal complex E. Mol. Cell. 5: 779—787. PMID 10882114 DOI:10.1016/S1097-2765(00)80318-4
• Boudrez A., Beullens M., Waelkens E., Stalmans W., Bollen M. (2002). Phosphorylation-dependent interaction between the splicing factors SAP155 and NIPP1. J. Biol. Chem. 277: 31834—31841. PMID 12105215 DOI:10.1074/jbc.M204427200
• Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088
• Golas M.M., Sander B., Will C.L., Luhrmann R., Stark H. (2003). Molecular architecture of the multiprotein splicing factor SF3b. Science. 300: 980—984. PMID 12738865 DOI:10.1126/science.1084155
• Cavellan E., Asp P., Percipalle P., Oestlund Farrants A.-K. (2006). The WSTF-SNF2h chromatin remodeling complex interacts with several nuclear proteins in transcription. J. Biol. Chem. 281: 16264—16271. PMID 16603771 DOI:10.1074/jbc.M600233200
• Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 DOI:10.1038/nbt1240

Див. також

• Хромосома 2