XPC

XPC
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2A4J, 2GGM, 2OBH, 2RVB
Ідентифікатори
Символи	XPC, RAD4, XP3, XPCC, p125, xeroderma pigmentosum, complementation group C, XPC complex subunit, DNA damage recognition and repair factor
Зовнішні ІД	OMIM: 613208 MGI: 103557 HomoloGene: 3401 GeneCards: XPC
Пов'язані генетичні захворювання
xeroderma pigmentosum group C
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • heteroduplex DNA loop binding • bubble DNA binding • single-stranded DNA binding • damaged DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0032403 protein-containing complex binding Клітинна компонента • цитоплазма • клітинна мембрана • нуклеоплазма • XPC complex • ядерце • nucleotide-excision repair factor 2 complex • клітинне ядро • мітохондрія • внутрішньоклітинна мембранна органела • nucleotide-excision repair complex Біологічний процес • nucleotide-excision repair • regulation of mitotic cell cycle phase transition • nucleotide-excision repair, DNA damage recognition • mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling • cellular response to DNA damage stimulus • global genome nucleotide-excision repair • response to auditory stimulus • DNA mismatch repair • response to UV-B • UV-damage excision repair • GO:0100026 Репарація ДНК • nucleotide-excision repair, preincision complex assembly • nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	7508	22591
Ensembl	ENSG00000154767	ENSMUSG00000030094
UniProt	Q01831	P51612
RefSeq (мРНК)	NM_001145769 NM_004628	NM_009531
RefSeq (білок)	NP_004619 NP_001341655 NP_001341656 NP_001341658 NP_001341659	NP_033557
Локус (UCSC)	н/д	Хр. 6: 91.47 – 91.49 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

XPC (англ. XPC complex subunit, DNA damage recognition and repair factor) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 3-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 940 амінокислот, а молекулярна маса — 105 953.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MARKRAAGGE		PRGRELRSQK		SKAKSKARRE		EEEEDAFEDE		KPPKKSLLSK
VSQGKRKRGC		SHPGGSADGP		AKKKVAKVTV		KSENLKVIKD		EALSDGDDLR
DFPSDLKKAH		HLKRGATMNE		DSNEEEEESE		NDWEEVEELS		EPVLGDVRES
TAFSRSLLPV		KPVEIEIETP		EQAKTRERSE		KIKLEFETYL		RRAMKRFNKG
VHEDTHKVHL		LCLLANGFYR		NNICSQPDLH		AIGLSIIPAR		FTRVLPRDVD
TYYLSNLVKW		FIGTFTVNAE		LSASEQDNLQ		TTLERRFAIY		SARDDEELVH
IFLLILRALQ		LLTRLVLSLQ		PIPLKSATAK		GKKPSKERLT		ADPGGSSETS
SQVLENHTKP		KTSKGTKQEE		TFAKGTCRPS		AKGKRNKGGR		KKRSKPSSSE
EDEGPGDKQE		KATQRRPHGR		ERRVASRVSY		KEESGSDEAG		SGSDFELSSG
EASDPSDEDS		EPGPPKQRKA		PAPQRTKAGS		KSASRTHRGS		HRKDPSLPAA
SSSSSSSKRG		KKMCSDGEKA		EKRSIAGIDQ		WLEVFCEQEE		KWVCVDCVHG
VVGQPLTCYK		YATKPMTYVV		GIDSDGWVRD		VTQRYDPVWM		TVTRKCRVDA
EWWAETLRPY		QSPFMDREKK		EDLEFQAKHM		DQPLPTAIGL		YKNHPLYALK
RHLLKYEAIY		PETAAILGYC		RGEAVYSRDC		VHTLHSRDTW		LKKARVVRLG
EVPYKMVKGF		SNRARKARLA		EPQLREENDL		GLFGYWQTEE		YQPPVAVDGK
VPRNEFGNVY		LFLPSMMPIG		CVQLNLPNLH		RVARKLDIDC		VQAITGFDFH
GGYSHPVTDG		YIVCEEFKDV		LLTAWENEQA		VIERKEKEKK		EKRALGNWKL
LAKGLLIRER		LKRRYGPKSE		AAAPHTDAGG		GLSSDEEEGT		SSQAEAARIL
AASWPQNRED		EEKQKLKGGP		KKTKREKKAA		ASHLFPFEQL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як пошкодження ДНК, репарація ДНК, поліморфізм, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Legerski R.J., Peterson C.A. (1992). Expression cloning of a human DNA repair gene involved in Xeroderma pigmentosum group C. Nature. 359: 70—73. PMID 1522891 DOI:10.1038/359070a0
• Legerski R.J., Peterson C.A. (1992). Nature. 360: 610—610. {{cite journal}}: Пропущений або порожній |title= (довідка) PMID 1461286 DOI:10.1038/360610b0
• Batty D., Rapic'-Otrin V., Levine A.S., Wood R.D. (2000). Stable binding of human XPC complex to irradiated DNA confers strong discrimination for damaged sites. J. Mol. Biol. 300: 275—290. PMID 10873465 DOI:10.1006/jmbi.2000.3857
• Sugasawa K., Shimizu Y., Iwai S., Hanaoka F. (2002). A molecular mechanism for DNA damage recognition by the xeroderma pigmentosum group C protein complex. DNA Repair. 1: 95—107. PMID 12509299 DOI:10.1016/S1568-7864(01)00008-8
• Shimizu Y., Iwai S., Hanaoka F., Sugasawa K. (2003). Xeroderma pigmentosum group C protein interacts physically and functionally with thymine DNA glycosylase. EMBO J. 22: 164—173. PMID 12505994 DOI:10.1093/emboj/cdg016

Див. також

• Хромосома 3