(FREE PDF Sample) Biomimetic Sensing Methods and Protocols Jessica E. Fitzgerald Ebooks

Full download test bank at ebook textbookfull.
com
Biomimetic Sensing Methods and
CLICK LINK TO DOWLOAD
https://textbookfull.com/product/biomimetic-
sensing-methods-and-protocols-jessica-e-
fitzgerald/
textbookfull
More products digital (pdf, epub, mobi) instant
download maybe you interests ...
Targeting Enzymes for Pharmaceutical Development

Methods and Protocols Nikolaos E. Labrou
https://textbookfull.com/product/targeting-enzymes-for-
pharmaceutical-development-methods-and-protocols-nikolaos-e-
labrou/
Handbook of Fathers and Child Development Prenatal to

Preschool Hiram E. Fitzgerald
https://textbookfull.com/product/handbook-of-fathers-and-child-
development-prenatal-to-preschool-hiram-e-fitzgerald/
Handbook of Children and Prejudice Integrating Research

Practice and Policy Hiram E. Fitzgerald
https://textbookfull.com/product/handbook-of-children-and-
prejudice-integrating-research-practice-and-policy-hiram-e-
fitzgerald/
Zebrafish Methods and Protocols Koichi Kawakami
https://textbookfull.com/product/zebrafish-methods-and-protocols-
koichi-kawakami/
SNAREs: Methods and Protocols Rutilio Fratti
https://textbookfull.com/product/snares-methods-and-protocols-
rutilio-fratti/
Epitranscriptomics: Methods and Protocols Narendra

Wajapeyee
https://textbookfull.com/product/epitranscriptomics-methods-and-
protocols-narendra-wajapeyee/
Phytoplasmas: Methods and Protocols Rita Musetti
https://textbookfull.com/product/phytoplasmas-methods-and-
protocols-rita-musetti/
Metalloproteins: Methods and Protocols Yilin Hu
https://textbookfull.com/product/metalloproteins-methods-and-
protocols-yilin-hu/
Nanotoxicity: Methods and Protocols Qunwei Zhang
https://textbookfull.com/product/nanotoxicity-methods-and-
protocols-qunwei-zhang/
Methods in
Molecular Biology 2027
Jessica E. Fitzgerald
Hicham Fenniri Editors
Biomimetic
Sensing
Methods and Protocols
METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY
Series Editor
John M. Walker
School of Life and Medical Sciences
University of Hertfordshire
Hatfield, Hertfordshire, UK
For further volumes:

http://www.springer.com/series/7651
For over 35 years, biological scientists have come to rely on the research protocols and
methodologies in the critically acclaimed Methods in Molecular Biology series. The series was
the first to introduce the step-by-step protocols approach that has become the standard in all
biomedical protocol publishing. Each protocol is provided in readily-reproducible step-by-
step fashion, opening with an introductory overview, a list of the materials and reagents
needed to complete the experiment, and followed by a detailed procedure that is supported
with a helpful notes section offering tips and tricks of the trade as well as troubleshooting
advice. These hallmark features were introduced by series editor Dr. John Walker and
constitute the key ingredient in each and every volume of the Methods in Molecular Biology
series. Tested and trusted, comprehensive and reliable, all protocols from the series are
indexed in PubMed.
Biomimetic Sensing
Methods and Protocols
Edited by
Jessica E. Fitzgerald
Departments of Bioengineering and Chemical Engineering, Northeastern University, Boston, MA, USA
Hicham Fenniri
Departments of Chemical Engineering, Bioengineering, Chemistry and Chemical Biology, Northeastern
University, Boston, MA, USA
Editors
Jessica E. Fitzgerald Hicham Fenniri
Departments of Bioengineering Departments of Chemical Engineering, Bioengineering,
and Chemical Engineering Chemistry and Chemical Biology
Northeastern University Northeastern University
Boston, MA, USA Boston, MA, USA
ISSN 1064-3745 ISSN 1940-6029 (electronic)

Methods in Molecular Biology
ISBN 978-1-4939-9615-5 ISBN 978-1-4939-9616-2 (eBook)
https://doi.org/10.1007/978-1-4939-9616-2
© Springer Science+Business Media, LLC, part of Springer Nature 2019
This work is subject to copyright. All rights are reserved by the Publisher, whether the whole or part of the material is
concerned, specifically the rights of translation, reprinting, reuse of illustrations, recitation, broadcasting, reproduction
on microfilms or in any other physical way, and transmission or information storage and retrieval, electronic adaptation,
computer software, or by similar or dissimilar methodology now known or hereafter developed.
The use of general descriptive names, registered names, trademarks, service marks, etc. in this publication does not imply,
even in the absence of a specific statement, that such names are exempt from the relevant protective laws and regulations
and therefore free for general use.
The publisher, the authors, and the editors are safe to assume that the advice and information in this book are believed to
be true and accurate at the date of publication. Neither the publisher nor the authors or the editors give a warranty,
express or implied, with respect to the material contained herein or for any errors or omissions that may have been made.
The publisher remains neutral with regard to jurisdictional claims in published maps and institutional affiliations.
Cover illustration: Barcoded polymer-based cross-reactive sensor array response to a mixture of analytes. The different
colors illustrate different responses from the sensory elements.
This Humana imprint is published by the registered company Springer Science+Business Media, LLC, part of Springer
Nature.
The registered company address is: 233 Spring Street, New York, NY 10013, U.S.A.
Preface
The Gap in Technology: Fast, Facile, and Quantifiable Detection of Analytes in Vapor
and Liquid [1, 2]
Detection of analytes for vapor and liquid deconvolution has been performed in a variety of
fields, including nutrition, toxicology, biomedicine, and chemistry. The gold standard for
vapor sensing is gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS), which is a quantitative
sample analysis that provides both the type and amount of analytes present in a sample,
usually in the form of volatile organic compounds (VOCs). While it is advantageous to know
which specific VOCs are present in a sample, GC-MS is not practical for widespread use in
vapor sensing because it requires both specialized, expensive equipment and highly trained
personnel for operation. In addition, some relevant data may be lost due to vapor
pre-concentration and sampling techniques. Similarly, the most common liquid sensing
techniques require sample labeling, or tagging, before performing an assay. This sensing
technique is limited because each analyte requires a specific label (making multiplexed
sensing difficult), the analytes in the sample must be known beforehand so that the correct
label can be selected, and nonspecific binding may take place, affecting the accuracy of the
measured analyte concentration. As sensing needs to continue to expand and develop, there
remains a need for methods that enable fast, facile, and accurate sensing at a low cost. To
meet these needs, many researchers have looked to the mammalian olfactory system as a
model for label-free, multiplexed sensing, developing platforms that are easy to use and
produce and that can be used in a wide variety of applications.
The Mammalian Olfactory System as an Optimal Model for Multiplexed Sensing
There are about 1000 genes that encode olfactory receptors (ORs), and each OR has
multiple sites for odorant binding, enabling the detection of more than one odorant for
each OR, a characteristic called cross-reactivity. Different combinations of activated recep-
tors make up unique signaling codes, or “fingerprints,” for specific odorants, making it
possible to distinguish between thousands. This sensing platform has inspired researchers
over the past several decades to develop sensing devices that are cross-reactive and accurate
and have multiplexing capabilities. These biomimetic devices are called “electronic/artificial
noses” (e-noses) or e-tongues to detect certain analytes present in both vapors and liquids,
respectively. E-devices have proved to be successful in a broad range of scientific and
engineering fields, providing cost-effective, minimally invasive (in the case of clinical use),
and highly accurate vapor and liquid component analysis. In this book, we highlight the
potential of e-device technology to serve as a successful platform for multiplexed sensing,
along with the methods for device fabrication, calibration, and assays in multiple applica-
tions. The subsequent sections describe e-device sensing platforms, explore their use, and
outline existing limitations and future directions in device development.
v
vi Preface
e-Device History and Applications
The first use of the term “electronic nose” was at a conference in 1987, and the first
conference dedicated specifically to artificial olfaction was in 1989. Gardner and Bartlett
originally defined an “electronic nose” as follows: “an instrument, which comprises of an
array of electronic-chemical sensors with partial specificity and an appropriate pattern recog-
nition system, capable of recognising simple or complex odours.” The first devices that utilized
this technology were comprised of sets of distinct active materials, each connected to its own
signal transduction channel. When passing an analyte vapor over the sensor array, activated
sensors would transmit an electrical signal to a processor, which would then alert the user of
the analytes present by cross-referencing the list of activated sensors with a database of
known analyte profiles. The earliest designs employed metal oxide semiconducting field
effect transistors (MOSFETs) as electrical sensors to detect gases such as NO2. This was
based on the principle that the conductivity of semiconductor metals changes upon variance
in the atmospheric gas surrounding the sensor. MOSFETs are usually constructed from a
SiO2 insulating layer, with a semiconductor metal deposited on top as the gate in the circuit.
A voltage is applied to maintain a constant current, and as the gas adsorbs onto the gate, the
conductance of the FET changes, thereby causing the voltage to change. e-devices are able
to differentiate analytes via “fingerprint” outputs; that is, each sample’s analyte profile
(comprised of a unique mixture of analyte types and relative concentrations) produces a
unique response pattern from the sensor array, enabling sample differentiation. New sample
fingerprints are compared to known sample fingerprints via data analysis (in most cases
multivariate data analysis such as principle component analysis), which enables pattern
recognition, clustering, and classification of the unknown analyte sample.
This fingerprint sensing method has been implemented in a number of fields, including
food science, quality control, drug testing, contamination detection, defense efforts (e.g.,
explosive detection), and medical diagnosis. Some of the most pioneering work has been
done in medical diagnostics via exhaled breath analysis. Many metabolites, or metabolic
by-products, have been identified and correlated with specific diseases; some of these can
even be a good indicator of disease progression. Many of these metabolites are volatile
organic compounds (VOCs), which are small molecules that enter exhaled breath through
gas exchange at the alveolar-capillary membrane of the respiratory tract. While the VOCs
produced in each disease are thought to be primarily from oxidative stress, the subsequent
effect of each disease on the body is unique and leads to the production of disease-specific
VOC profiles. A reliable, noninvasive device capable of detecting subtle molecular changes
and differences can be leveraged to implement this personalized medicine approach. The
e-devices included in this work have much potential for implementation in these fields and
others, as their sensitivity and specificity can be tuned toward specific analytes of interest.
e-Device Advances in Technological Development
Within the past several years, researchers have taken advantage of rapid technological
advances to expand and improve e-device sensing platforms and sensor materials, signal
transduction mechanisms, and data processing for pattern recognition and analyte identifi-
cation. Moreover, as more became known about the physiology of the mammalian olfactory
system, sensors further advanced to take advantage of these new findings, from
Preface vii
incorporating sensors that were able to detect multiple analytes to the development of a
biomimetic flow chamber to enhance analyte detection at low levels. This allowed for a
greater number of analytes to be recognized using a smaller array of multi-selective sensors.
Within the last two decades, electronic tongues for liquid detection have also been devel-
oped, mimicking the olfactory signaling pathways.
The types of sensors employed for both vapor and liquid samples in these devices vary,
including gravimetric, or mass, electrochemical, and optical sensors, allowing characteriza-
tion of analytes based on mass, electrical properties (e.g., conductance impedance), and
electron/photon interactive properties, respectively. Gravimetric sensors are either piezo-
electric (PZ) crystals or microcantilevers, which have a specific resonant frequency. On
binding with an analyte, the resonant frequency of the sensor drops in proportion to the
added mass, due to either viscoelastic or gravimetric effects. Electrochemical e-devices are
comprised of an electronic circuit connected to a network of sensory materials—most
commonly conductive polymers or metal oxides—that provide an electrical response on
binding with a specific known analyte. This response is characterized by monitoring sensor
conductivity, resistivity, or voltage change during vapor exposure. Finally, optical sensors
work by displaying a shift in the emission or absorption of different types of electromagnetic
radiation on binding with a desired analyte. There are two popular means of optical
detection: fluorescent sensors, which fluoresce upon analyte binding, and colorimetric
sensors, which display a visible color change upon analyte binding.
Although gravimetric sensors have proved to be successful, there are many limitations
with this device setup. Inaccuracies due to subtle changes in surface coating, humidity, or
temperature necessitate frequent calibrations, which is unfortunately delicate and time-
consuming. e-devices that employ optical and electrochemical sensors have shown much
promise as they provide an easier and more cost-effective way of identifying analytes in vapor
while maintaining accuracy. Optical sensors offer significant benefits compared with those
mentioned above since they can provide multiple complex data types simultaneously,
including changes in intensity, fluorescence lifetime, wavelength, and spectral shape. This
approach increases the ratio of recognizable analytes to the number of sensors used. This
work mainly focuses on optical (Chapters 1–10) and electrochemical (Chapters 11–13)
methods of sensing, as these are at the forefront of e-device technology, being more stable
and reliable than their gravimetric counterparts. We have also included a chapter on a
cutting-edge mechanochemical sensing method using folded DNA origami structures
(Chapter 14) that have been demonstrated to have a limit of detection down to the single
molecule level. Finally, we highlight here some cutting-edge methods to optimize e-device
data and technology via drift correction and calibration (Chapter 15) and computer model-
ing of sensor output for material optimization (Chapter 16).
Optical Sensor Arrays for e-Devices
Optical sensors in e-device systems have shown much promise to provide a facile, cost-
effective, and accurate way of identifying analytes in vapor and liquid samples. Optical
sensors display a shift in emission or absorption of different types of radiations upon analyte
binding. The two most popular means of detection are spectroscopic and colorimetric
sensing. In this work, we highlight the methods and applications of both means of detec-
tion. The spectroscopic methods employ Raman spectroscopy (Chapter 1), interferometry
(Chapter 2), mass spectrometry (Chapter 3), fluorescence microscopy (Chapter 5), and
viii Preface
surface plasmon resonance (Chapters 8 and 10). The colorimetric sensors herein are pro-
duced in several ways, including microchip fabrication and photolithography (Chapters 4, 6,
and 7). As mentioned previously, optical sensors offer significant benefits compared with
gravimetric sensors; they can provide multiple complex data types simultaneously, including
changes in intensity, fluorescence and colorimetric lifetime, wavelength, and spectral shape.
This increases the ratio of recognizable analytes to the number of sensors used. In addition,
microsphere optical arrays such as those developed by Walt et al. and presented in Chapter 1
provide an advantage over other multisensor systems because billions of beads that produce
an identical response can be made simultaneously, compared with many sensors for which
the fabrication process is tedious. Each type of bead has a distinct, intrinsic response to the
samples presented, which eliminates the need for additional encoding for bead
identification.
Electrochemical Sensor Arrays for e-Devices
Electrochemical sensing e-devices use an electronic circuit connected to a network of

sensory materials that provide an electrical response upon binding with a specific known
analyte. While the most common electrochemical sensing platform is the MOSFET devices,
FET sensors have also been developed that incorporate organic material such as
DNA-decorated graphene FETs (Chapter 13). Another popular, recent sensory material is
conductive polymer (Chapters 11 and 12). Chapter 11 describes a method for layer-by-layer
deposition of conducting polymers in a microfluidic channel as an electronic tongue. The
conducting polymers described in Chapter 12 are electropolymerized in the presence of the
target molecule or template which is then removed after polymerization to create molecu-
larly imprinted polymers. In both cases, the polymer sensors are then placed in an electrical
circuit and act as resistors, reflecting a decrease in their conductance (or an increase in
impedance) upon binding with the analytes in the sample. This decrease in conductance is
most likely due to polymer swelling upon analyte binding—as the polymer swells, gaps
between polymer chains increase, lowering conductivity.
Remaining Challenges and Future Outlook for e-Device Implementation
As e-device implementation continues to grow in breadth, there are certain limiting factors
that must be addressed. First, there remains a lack of standards for sample collection, both
environmental (ambient air, water) and medical (exhaled breath, saliva). When developing a
sampling method, it is important to optimize the collection, preparation, and storage
method to maximize analyte detection without denaturing or altering the chemical profile
of the sample. For example, collecting alveolar breath, the second phase of the breathing
cycle, requires a sampling method that minimizes VOC interference from ambient air while
capturing the alveolar air from a patient who is breathing steadily at a set velocity. The
sample storage material and time of storage also affect analyte recovery. Even after obtaining
an ideal sample, e-device performance accuracy may be limited by extrinsic factors such as
humidity and temperature or intrinsic factors such as sensor drift and instrumentation
errors. Additionally, e-device analyte fingerprint analysis via pattern recognition requires
complex data analysis, which currently limits the widespread implementation of these
devices.
Preface ix
Finally, though preliminary studies with e-devices have been largely successful, their
reproducibility is limited because methods must be optimized de novo for each specific
application. Standards need to be developed from statistical analysis of device performance
and should include thresholds for success in areas such as response reproducibility, specific-
ity, and sensitivity. In developing these standards, it is also important to consider the
ultimate goal of the device. For example, if the goal is simply to diagnose and classify a
sample, such as one that correlates with a specific disease, selectivity is more important than
sensitivity; however, if the goal is to monitor analyte profile change over time, such as with
disease progression, sensitivity to slight variations in analyte concentrations is of great
importance.
Though these limitations currently serve as a bottleneck for widespread e-device imple-
mentation, researchers continue to work diligently to develop methods that will circumvent
and overcome them. For example, Chapter 15 includes a detailed method for device
calibration that can be applied to a wide variety of sensing mechanisms and e-devices.
Additionally, complementary methods, such as computer modeling of analyte-sensor inter-
action presented in Chapter 16, serve as a way to better predict sensor response to specific
analytes. This can then be leveraged to produce devices that are highly tuned toward a
specific analyte or group of analytes, i.e., much improved sensitivity and selectivity. As the
technology for e-device sensing continues to trend toward portable, accurate, and easy-to-
use platforms, they have great potential to be implemented wherever analyte detection is
required. Indeed, they may be able to reduce the need for highly specialized, expensive
equipment and personnel. For developing countries in particular, e-devices that are simul-
taneously inexpensive may soon be able to take the place of highly specialized equipment in
fields such as defense efforts and explosive detection, water and food contamination, and
personalized medicine.
Boston, MA, USA Jessica E. Fitzgerald

Hicham Fenniri
References
1. Fitzgerald JE, Bui ETH, Simon NM, Fenniri H (2016) Trends Biotechnol. 1
2. Fitzgerald JE, Fenniri H (2016) RSC Adv. 6(84): 80468
Contents
Preface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . v
Contributors. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xiii
1 Cross-Reactive, Self-Encoded Polymer Film Arrays

for Sensor Applications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
Jessica E. Fitzgerald and Hicham Fenniri
2 Interferometric Reflectance Imaging Sensor (IRIS)
for Molecular Kinetics with a Low-Cost, Disposable Fluidic Cartridge. . . . . . . . . 15
James W. Needham, Nese Lortlar U € nlü, Celalettin Yurdakul,
€
and M. Selim U nlü
3 An Olfactory Sensor Array for Predicting Chemical Odor
Characteristics from Mass Spectra with Deep Learning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
Yuji Nozaki and Takamichi Nakamoto
4 A Photochromic Sensor Microchip for High-Performance
Multiplex Metal Ion Detection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
Meng Qin, Fengyu Li, and Yanlin Song
5 Contact Printing of a Quantum Dot and Polymer
Cross-Reactive Array Sensor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
Vincent P. Schnee and Collin J. Bright
6 Colorimetric Sensor Array Based on Amino Acid-Modified
Gold Nanoparticles for Toxic Metal Ion Detection in Water. . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
Gülsu Şener and Adil Denizli
7 Identification of Several Toxic Metal Ions Using a Colorimetric
Sensor Array. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
Gülsu Şener and Adil Denizli
8 Real-Time Sensing with Patterned Plasmonic Substrates
and a Compact Imager Chip . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
Spencer T. Seiler, Isabel S. Rich, and Nathan C. Lindquist
9 Inkjet-Printed Colorimetric Paper-Based Gas Sensor Arrays
for the Discrimination of Volatile Primary Amines
with Amine-Responsive Dye-Encapsulating Polymer Nanoparticles . . . . . . . . . . . 101
Hiroyuki Shibata, Yuma Ikeda, and Daniel Citterio
10 Label-Free Nanoplasmonic Biosensing of Cancer Biomarkers
for Clinical Diagnosis. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115
Alejandro Portela, Enelia C. Peláez, Olalla Calvo-Lozano,
Mari C. Estévez, and Laura M. Lechuga
11 A Microfluidic E-Tongue System Using Layer-by-Layer
Films Deposited onto Interdigitated Electrodes Inside
a Polydimethylsiloxane Microchannel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141
Maria L. Braunger, Cristiane M. Daikuzono,
and Antonio Riul Jr
xi
xii Contents
12 Molecularly Imprinted Polymer Thin-Film Electrochemical Sensors. . . . . . . . . . . 151

Vera L. V. Granado, M. Teresa S. R. Gomes, and Alisa Rudnitskaya
13 Scalable Arrays of Chemical Vapor Sensors Based
on DNA-Decorated Graphene. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163
Jinglei Ping and A. T. Charlie Johnson
14 Single-Molecule Mechanochemical Sensing Using DNA
Origami Nanostructures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171
Sagun Jonchhe and Hanbin Mao
15 Response Standardization for Drift Correction and Multivariate
Calibration Transfer in “Electronic Tongue” Studies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 181
Vitaly Panchuk, Valentin Semenov, Larisa Lvova, Andrey Legin,
and Dmitry Kirsanov
16 Computational Modeling for Biomimetic Sensors. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 195
Icell M. Sharafeldin, Jessica E. Fitzgerald, Hicham Fenniri,
and Nageh K. Allam
Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 211
Contributors
NAGEH K. ALLAM Energy Materials Laboratory, School of Sciences and Engineering, The
American University in Cairo, New Cairo, Egypt
MARIA L. BRAUNGER Department of Applied Physics, “Gleb Wataghin” Institute of Physics
(IFGW), University of Campinas—UNICAMP, Campinas, SP, Brazil
COLLIN J. BRIGHT U.S Army Combat Capabilities Development Command, C5ISR Center,
Fort Belvoir, VA, USA
OLALLA CALVO-LOZANO Nanobiosensors and Bioanalytical Applications Group
(NanoB2A), Catalan Institute of Nanoscience and Nanotechnology (ICN2), CSIC and
BIST, Barcelona, Spain; Networking Center on Bioengineering, Biomaterials and
Nanomedicine (CIBER-BBN), Barcelona, Spain
DANIEL CITTERIO Faculty of Science and Technology, Department of Applied Chemistry,
Keio University, Yokohama, Japan
CRISTIANE M. DAIKUZONO Centro de Ciências e Tecnologias para Sustentabilidade (CCTS),
Universidade Federal de São Carlos—UFSCar, Sorocaba, SP, Brazil
ADIL DENIZLI Department of Chemistry, Hacettepe University, Ankara, Turkey
MARI C. ESTÉVEZ Nanobiosensors and Bioanalytical Applications Group (NanoB2A),
Catalan Institute of Nanoscience and Nanotechnology (ICN2), CSIC and BIST,
Barcelona, Spain; Networking Center on Bioengineering, Biomaterials and Nanomedicine
(CIBER-BBN), Barcelona, Spain
HICHAM FENNIRI Departments of Chemical Engineering, Bioengineering, Chemistry and
Chemical Biology, Northeastern University, Boston, MA, USA; Department of
Bioengineering, Northeastern University, Boston, MA, USA
JESSICA E. FITZGERALD Department of Bioengineering and Department on Chemical
Engineering, Northeastern University, Boston, MA, USA
M. TERESA S. R. GOMES Chemistry Department, University of Aveiro, Aveiro, Portugal;
CESAM, University of Aveiro, Aveiro, Portugal
VERA L. V. GRANADO Chemistry Department, University of Aveiro, Aveiro, Portugal
YUMA IKEDA Faculty of Science and Technology, Department of Applied Chemistry, Keio
University, Yokohama, Japan
A. T. CHARLIE JOHNSON Department of Physics and Astronomy, University of Pennsylvania,
Philadelphia, PA, USA
SAGUN JONCHHE Department of Chemistry and Biochemistry, Kent State University, Kent,
OH, USA
DMITRY KIRSANOV Institute of Chemistry, St. Petersburg State University, St. Petersburg,
Russia; Laboratory of Artificial Sensory Systems, ITMO University, St. Petersburg, Russia
LAURA M. LECHUGA Nanobiosensors and Bioanalytical Applications Group (NanoB2A),
ANDREY LEGIN Institute of Chemistry, St. Petersburg State University, St. Petersburg,
FENGYU LI Key Laboratory of Green Printing, Institute of Chemistry, Chinese Academy of
Sciences (ICCAS), Beijing Engineering Research Center of Nanomaterials for Green
xiii
xiv Contributors
Printing Technology, Beijing National Laboratory for Molecular Sciences (BNLMS),

Beijing, P. R. China
NATHAN C. LINDQUIST Department of Physics and Engineering, Bethel University, St. Paul,
MN, USA
LARISA LVOVA Laboratory of Artificial Sensory Systems, ITMO University, St. Petersburg,
Russia; Department of Chemical Science and Technologies, University “Tor Vergata”,
Rome, Italy
HANBIN MAO Department of Chemistry and Biochemistry, Kent State University, Kent,
OH, USA
TAKAMICHI NAKAMOTO Institute of Innovative Research, Tokyo Institute of Technology,
Yokohama, Kanagawa, Japan
JAMES W. NEEDHAM InBios International Inc., Seattle, WA, USA
YUJI NOZAKI Institute of Innovative Research, Tokyo Institute of Technology, Yokohama,
Kanagawa, Japan
VITALY PANCHUK Institute of Chemistry, St. Petersburg State University, St. Petersburg,
ENELIA C. PELÁEZ Nanobiosensors and Bioanalytical Applications Group (NanoB2A),
JINGLEI PING Department of Mechanical and Industrial Engineering, University of
Massachusetts Amherst, Amherst, MA, USA
ALEJANDRO PORTELA Nanobiosensors and Bioanalytical Applications Group (NanoB2A),
MENG QIN Key Laboratory of Green Printing, Institute of Chemistry, Chinese Academy of
Sciences (ICCAS), Beijing Engineering Research Center of Nanomaterials for Green
ISABEL S. RICH Department of Physics and Engineering, Bethel University, St. Paul, MN,
USA
ANTONIO RIUL JR Department of Applied Physics, “Gleb Wataghin” Institute of Physics
(IFGW), University of Campinas—UNICAMP, Campinas, SP, Brazil
ALISA RUDNITSKAYA Chemistry Department, University of Aveiro, Aveiro, Portugal;
CESAM, University of Aveiro, Aveiro, Portugal
VINCENT P. SCHNEE U.S Army Combat Capabilities Development Command, C5ISR
Center, Fort Belvoir, VA, USA
SPENCER T. SEILER Department of Physics and Engineering, Bethel University, St. Paul,
MN, USA
VALENTIN SEMENOV Institute of Chemistry, St. Petersburg State University, St. Petersburg,
Russia
GÜLSU ŞENER Department of Chemistry, Hacettepe University, Ankara, Turkey
ICELL M. SHARAFELDIN Energy Materials Laboratory, School of Sciences and Engineering,
The American University in Cairo, New Cairo, Egypt
HIROYUKI SHIBATA Faculty of Science and Technology, Department of Applied Chemistry,
Keio University, Yokohama, Japan
Contributors xv
YANLIN SONG Key Laboratory of Green Printing, Institute of Chemistry, Chinese Academy
of Sciences (ICCAS), Beijing Engineering Research Center of Nanomaterials for Green
M. SELIM U€ NLÜ Department of Biomedical Engineering, Boston University, Boston, MA,
USA; Department of Electrical and Computer Engineering, Boston University, Boston,
MA, USA
NESE LORTLAR U € NLÜ Department of Biomedical Engineering, Boston University, Boston,
MA, USA
CELALETTIN YURDAKUL Department of Electrical and Computer Engineering, Boston
University, Boston, MA, USA
Chapter 1
Cross-Reactive, Self-Encoded Polymer Film Arrays

for Sensor Applications
Jessica E. Fitzgerald and Hicham Fenniri
Abstract
The development of chemical sensors continues to be an active area of research, especially the development
of a practical electronic nose. Here, we present a spectroscopic chemical sensor based on an array of 64 self-
encoded polymer films deposited on a microfabricated silicon substrate. The polymer arrays were analyzed
by FTIR and Raman spectroscopy before and after exposure to a series of organic volatiles to monitor
changes in their vibrational fingerprints. We show here that the spectroscopic changes of self-encoded
polymer films can be used to distinguish between volatile organic analytes. Changes induced in the sensor
arrays by the analyte vapor were denoted by a spectroscopic response of the self-encoded polymer sensors
and transformed into a response pattern by multivariate data analysis using partial least squares regression.
The results indicated that the polymer sensors provide a unique and reproducible pattern for each analyte
vapor and can potentially be used in the fabrication of a novel electronic nose device.
Key words Barcoded polymer, Sensor array, Raman spectroscopy, Multivariate data analysis
1 Introduction
Biomimetic engineering is the application of biological principles to

the design of artificial devices or systems. For many years, scientists
and engineers have recognized the power of naturally occurring
systems and their ability to guide the development of certain tech-
nologies. One example of the biomimetic approach is a device
known as the electronic or artificial nose (e-nose) [1]. Gardner
and Bartlett define an e-nose as “an instrument which comprises
an array of electronic chemical sensors with partial specificity and an
appropriate pattern recognition system, capable of recognizing
simple or complex odors” [2]. Applications of e-noses include
food quality control [3], pollution monitoring [4], medical diag-
nosis [5], and landmine detection [6], among others. In this rapidly
growing field, arrays of semi-selective chemical sensors are the main
component of the devices. These arrays are coupled to pattern
recognition software, paralleling the biological olfactory system in
Jessica E. Fitzgerald and Hicham Fenniri (eds.), Biomimetic Sensing: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology,
vol. 2027, https://doi.org/10.1007/978-1-4939-9616-2_1, © Springer Science+Business Media, LLC, part of Springer Nature 2019
1
2 Jessica E. Fitzgerald and Hicham Fenniri
which semi-selective olfactory receptors are combined with higher

order neural processing [7]. It is thought that there are millions of
receptor cells made up of approximately 1000 different receptor
types in the mammalian olfactory epithelium; while none of the
receptors are thought to be particularly sensitive to one specific
analyte, it is likely that their combined signal leads to the highly
sensitive and discriminative sense of smell [8, 9], Similarly, in e-nose
system architecture, no individual detector is highly selective
toward an individual analyte, as would be the case in the traditional
“lock and key” approach to chemical sensing. Instead, each detec-
tor responds to many analytes with varying degrees of intensity,
creating a unique response pattern for each analyte, a principle
known as cross-reactivity. The resulting odor signature from the
array is used to classify, and in some cases quantify, the analyte of
concern.
E-noses are primarily classified by the sensor-transduction
mechanism. E-nose transducers reported to date include semicon-
ducting metal oxide [10], conducting polymer films [11], acoustic
wave devices [12], electrochemical systems [13], carbon-black
loaded polymer film chemoresistors [14], and optical transducers
with immobilized dyes such as Nile Red or various metalloporphyr-
ins [15, 16]. Among these approaches, most array sensors employ-
ing polymers have produced high selectivity, taking advantage of
properties such as polarity, swelling, conductivity, and sorption.
Regardless of the transduction mechanism of the sensor array, a
larger number of unique sensors increases the quantity and accuracy
of the data gathered, thus producing a more complex and specific
pattern for improved analyte identification and classification.
The research and development of sensor arrays often involves
the measurement and analysis of a large number of samples. This
can be very laborious and time consuming because there are many
variables that influence the performance, sensitivity, and precision
of the sensors. Therefore, there is currently a significant interest in
the development of sensor arrays with high selectivity, sensitivity,
reproducibility, and high-throughput capability for applications in
disease diagnosis from patients’ vapor/breath analysis.
Our group has recently reported on a new class of resins
prepared from spectroscopically active styrene monomers, the com-
bination of which produces polymers wherein unique vibrational
fingerprints are associated with each polymer. The spectrum from
each polymer can then be converted into a barcode in which the
position of each bar matches a peak wavenumber in the spectrum.
We have previously demonstrated that each barcoded resin (BCR)
can be selectively recognized and classified by the unique self-
encoded spectra that are produced from the BCRs’ composition.
BCRs have previously been proposed for use in the deconvolution
strategies of resin-supported combinatorial libraries [17].
Cross-Reactive Polymer Film Arrays for Sensor Applications 3
In this chapter, we describe both the fabrication of polymer film

sensor arrays using BCRs and the testing of the arrays for the
detection and differentiation of volatile organic compounds
(VOCs) in vapor [18] and liquid [19] phases. Polymer sensor arrays
were fabricated by depositing a selection of BCRs into microma-
chined wells on silicon substrates. The analysis of the vibrational
spectroscopic changes by partial least squares regression (PLS)
efficiently captures the variances in the data set and allows discrimi-
nation of the VOCs. Contour plots and histogram graphs repre-
senting the changes in the composition matrix for each polymer
sensor in the array indicated that the array responses to VOCs were
sensitive and reproducible.
2 Materials
1. Suspension copolymerization:
(a) Benzoyl peroxide (BPO).
(b) Poly(vinylalcohol) (PVA).
(c) 80% Divinylbenzene (DVB).
(d) Chloromethylstyrene.
(e) Co-monomers, distilled under reduced pressure to remove
the stabilizers and then stored at +4 C: styrene,
2,5-dimethylstyrene, 4-methylstyrene, 2,4-dimethylstyrene,
4-t-butylstyrene, 3-methylstyrene (see Note 1).
(f) The following solvents, distilled prior to use: N,N-
dimethylformamide (DMF), dichloromethane (DCM),
and toluene were distilled from CaH2; methanol and
ethanol from Mg, and tetrahydrofuran (THF) from
Na/benzophenone.
(g) Polypropylene woven mesh (0.003000 opening width).
(h) An IKA–RW20 mechanical motor.
(i) The reaction vessels and impellers were designed accord-
ing to the literature and shown in Fig. 1 [20]. A piece of
Pyrex tube of ca. 70 mm external diameter and 3–4 mm
thickness was placed in a glass working lathe, and by the
use of a specially made metal jig four equally spaced inden-
tations (baffles) were pressed along its length. After
annealing, the extension of a B40 Pyrex socket was joined
to one end of the tube, and two B19 sockets were then
attached to either side of the B40 socket. A B10 socket was
precisely positioned at one side of one of the indentations
at the head of the vessel. The other end of the tube was
then smoothly rounded off and the whole vessel annealed.
(j) Standard Morton flask (ChemGlass).
Fig. 1 Suspension polymerization apparatus. (a) and (b) are accession points for a reflux condenser and
nitrogen inlet, (c) is a sampling area, (d) is a stirrer guide, (e) is the stirrer with its position indicated for full-
scale operation. (f) is an expanded drawing of a single stirrer blade indicating the curvature at both ends and
the position and angle of attachment to the stirrer rod. All dimensions are in mm. Used with permission
from [20]
2. Substrate array fabrication:

(a) Clean room.
(b) Photolithography machinery.
(c) Spin coater.
(d) Silicon substrates.
(e) Piranha cleaning solution.
(f) HMDS primer.
(g) AZ P4620 photoresistor.
(h) Mask aligner.

(i) Anisotropic dry reactive etching equipment.
(j) RF sputter coater.
3. Rubberized spatula.
4. Kimwipes.
5. Clinically relevant analyte vapors: acetone, pentane, propyl
benzene, cumene, carbon disulfide (see Note 2).
6. Raman microspectrometer (see Note 3): laser excitation wave-
length of 785 nm, laser power of ca. 40 mW, spectral range
500–1800 nm1.
7. Data processing: OriginPro 2016®, Microsoft Excel, and
Unscrambler ® (Camo) software, or some other software with
multivariate data analysis capabilities.
3 Methods
1. Suspension copolymerization (see Note 4) [20, 21]:

(a) Place deionized water (190 mL) and 10% (w/w)
PVA/H2O (4 g) in the reaction vessel equipped with a
mechanical stirrer, condenser, and N2 inlet. The reaction
should be kept under N2 atmosphere throughout the
entire polymerization process.
(b) Add the organic solution composed of co-monomers
(Fig. 2), DVB, chloromethylstyrene (for weight percent
values of 25 different BCRs, see Table 1), and BPO
(0.100 g) to the reaction vessel (see Note 5).
(c) Stir the mixture at a fixed speed (300–400 rpm, radius of
stir blades ca. 50 mm) to produce the desired bead size
distribution.
(d) Immerse the reactor in a preheated oil bath maintained at
80 C.
(e) After 24 h, stop the motor, filter the beads formed, and
wash with deionized water (dH2O).
Fig. 2 Molecular structure of seven different monomers used for the fabrication
of the barcoded copolymers. Used with permission from [18]
Table 1
Weight percent of styrene monomers used for the synthesis of 25 BCR sensors
BCR 2,5- 4- 2,4- 4-t- 3-

ID Styrene Dimethylstyrene Methylstyrene Dimethylstyrene Butylstyrene Methylstyrene
1 100 0 0 0 0 0
2 33 33 0 0 0 33
3 33 0 0 0 33 33
4 0 33 0 0 33 33
5 33 33 0 0 33 0
6 0 33 33 0 0 33
7 0 50 0 0 0 50
8 50 0 0 0 50 0
9 33 0 33 0 0 33
10 0 0 100 0 0 0
11 0 0 50 0 0 50
12 0 0 50 0 50 0
13 50 0 50 0 0 0
14 0 50 50 0 0 0
15 0 33 33 0 33 0
16 50 0 0 0 0 50
17 0 0 33 0 33 33
18 50 0 0 50 0 0
19 0 50 0 0 50 0
20 33 0 33 0 33 0
21 0 0 0 0 50 50
22 0 100 0 0 0 0
23 33 33 33 0 0 0
24 50 50 0 0 0 0
25 0 0 0 0 0 100
(f) Wash the beads with dH2O and ethanol using a Soxhlet
extractors (24 h each).
(g) Finally, sieve the beads and dry under vacuum.
2. Sensor array fabrication: Lithography and anisotropic dry reac-
tive ion etching (RIE) (see Note 6).
(a) Piranha clean the silicon substrates and prime with HMDS
primer.
(b) Spin-coat with AZ P4620 photoresists.
(c) Expose areas of the silicon by irradiating the film
(λ ¼ 400 nm) through a lithography mask.
(d) Etch the exposed silicon wafer with RIE using a combina-
tion of SF6/C2F4, at pressures of 125 and 75 sccm,
respectively. In this way, 10, 100, and 200 μm deep wells
can be obtained.
(e) Coat the patterned wafer with a 200 μm thick copper film
by RF sputtering.
3. Polymer array deposition (see Notes 7 and 8):
(a) Deposit the polymer beads onto the micro-patterned sili-
con substrates by dusting an amount of beads on the
surface of the silicon chip.
(b) Use a rubberized spatula to spread the powder in a circular
motion over the chip to ensure the filling of the holes.
SEM of the BCR arrays (Fig. 3) clearly shows that by
Fig. 3 SEM images of etched micro-well (a), full substrate (b), deposited BCR bead (c), and complete sensor
array (d)
N2
Inlet Microscope Lens
Analyte Outlet
Sensor Arrays
Fig. 4 Schematic diagram of the analyte delivery setup and analyzing system for
recording response of the sensor array to the application of analyte (general
setup of the experiment). Exposure to a given analyte vapor induces changes in
the (IR or Raman) spectrum that are recorded. Used with permission from [7]
selecting the right bead/well size combination, an ideal

one well/one bead distribution can be achieved.
(c) Remove excess beads by wiping with a kimwipe.
4. Analyte vapor exposure measurements:
(a) First, place the polymer sensor array inside the gas flow
cell and collect Raman spectra prior to analyte vapor
exposure.
(b) Pass the saturated analyte vapor, generated by slowly
streaming nitrogen through a vial containing the liquid
of interest, through the gas flow cell containing the sensor
arrays. An example of the vapor exposure setup is shown in
Fig. 4.
(c) After analyte vapor exposure, allow the sensing system to
reach equilibrium before spectral acquisition or hyper-
spectral imaging. The system is determined to be at equi-
librium when no further changes are recorded in the
spectra.
5. Liquid analyte exposure measurements: A CRSA consisting of
BP sensor elements patterned on a silicon chip mounted on a
glass slide can also be operated as an artificial “tongue”:
(a) Leave a row of the sensor array wells empty (i.e., bead-
free) to test for Raman scattering emanating from the
analytes at the working concentrations (0.25 mg/L).
(b) Focus the laser (785 nm, 5.4 mW) onto the sample with a
5 objective (providing scattering areas of ca. 10 μm2)
and take scans before and after addition of the liquid
analyte solutions, with acquisition times of 10 s. Run
each spectrum in triplicate.
(c) Extract the collected Raman spectra of the polymers

before and after exposure to analytes and import into
data analysis software for pre-processing before multivari-
ate data analysis.
6. Data processing: The preprocessing of the vibrational spectra
involves baseline correction and normalization to compensate
for the differences in intensities of the spectra. This procedure
should be performed for each spectrum before and after VOC
exposure:
(a) Import the spectra of the BP sensors before and after
exposure into the multivariate data analysis software.
(b) Plot all raw spectra and filter to eliminate any interference
from γ-rays.
(c) Normalize spectra to 1 and subtract the baseline using the
second derivative function.
(d) Smooth the corrected spectra using a 5-point Savitzky-
Golay algorithm, and take the first derivative of each
spectrum to eliminate any further discrepancies in the
baseline between spectra. Example before and after spec-
tra of a BP sensor exposed to methanol is shown in Fig. 5.
(e) The spectral matrix is a collection of vectors for each BP,
each with a unique spectral vector in n-dimensional space,
yi, where each dimension represents a relative intensity for
any given wavenumber (with n wavenumbers in the
measured range). To compare the response of sensor
arrays to the analytes, the vectors obtained from the spec-
tra matrix before and after the analyte vapor treatment are
considered the “reference” and “response” matrices,
respectively. For a given trial, m BPs are used to construct
Fig. 5 FTIR (left) and Raman (right) of BP (3-methylstyrene/4-t-butylstyrene) before and after methanol vapor
exposure. Methanol and difference spectra between “before” and “after” methanol vapor. Used with
permission from [18]
a sensor array, and thus spectral data was represented as a

spectral matrix of reference and response scans (Y and Y0 ,
respectively) with dimensions m n.
(f) An angle map can then be generated, where θ is defined as
the angle between the reference and response vectors for
each BP sensor. The angle between every yi and y0 i was
determined by the inner product of the two vectors:
y i ∗y i 0
cosθ ¼ ð1Þ
yi yi0
(g) This gives n2 vector pairings or angles. From Eq. 1 it can be

seen that if yi ¼ y’i then cos θ ¼ 1; thus θ ¼ 0. This shows
that the closer the response vectors are to the reference
vectors, the smaller the angle between yi and y0 i will
be. Moreover, by comparing BP vectors before (reference)
and after (response) the interaction with the analyte vapor,
a response pattern could be generated for each analyte.
Therefore, the angle reflects the degree of spectral change
of each BP sensor due to the analyte vapor exposure. For
example of θ values from nine different BP sensors, see
Fig. 6.
Fig. 6 Theta heat map of polymer/analyte interactions compared to the control

(Ctr). Analytes studied: acetone (Ace), cumene, carbon disulfide (CS2), pentane,
propyl benzene (Prop. Benz)
4 Notes
1. The monomers listed in Subheading 3 for polymerization are a

sublibrary of the many monomers our lab has used to synthe-
size BCR beads. For a complete list of successfully used mono-
mers for BCR bead synthesis, see reference [17]. The array can
be tuned for both specificity and selectivity of a desired analyte
by creating a library of BCR compositions and their
corresponding response to each analyte. The beads with the
most unique response (spectral shape change) and strongest
response (intensity of change) to the desired analyte can be
used to fabricate an array with highest specificity and sensitivity,
respectfully.
2. The analytes chosen here are also a sublibrary of the volatile
organic compounds that have been detected in the exhaled
breath of diseased patients. These were selected both because
of their chemical diversity and clinical relevance. The array can
be used for other analytes of clinical relevance depending on
the disease to be diagnosed/detected.
3. The BCR beads can also be excited at the 585 or 633 nm
wavelength; however, we have found in our experiments that
the 785 nm wavelength gives the best signal-to-noise ratio
(lowest background fluorescence). Moreover, the BCRs also
have unique Fourier transform infrared (FTIR) spectra
[17, 22], so the analyte exposure experiments can also be
performed using and FTIR spectrometer.
4. The main bead size fraction was in the range of 70–140 mesh
(212–106 mm). Based on the yield of the suspension polymer-
ization derived from the mass balance (>95%) we inferred that
all the styrene monomers used were effectively incorporated in
the beads. This conclusion was also inferred from FTIR and
Raman spectroscopy [21].
5. The styrene monomers (Fig. 2) used to prepare the encoded
polymers were chosen (a) based on their commercial availabil-
ity, (b) to maximize spectroscopic variability among polymers,
and (c) to display different physical or chemical properties
leading to a variety of potential non-covalent interactions
between polymer and analyte. For this study, excellent results
were obtained with an array of 13 polymers. This number may
be modified depending on the responses elicited by the analytes
under consideration. The number of polymers was also inten-
tionally kept to a minimum to expedite data processing and to
allow for future optimization. Over 630 different combina-
tions are available [17].
6. For deeper wells, a combination of 504 photoresist and SiO2
hard mask was used. In this approach, 4 μm oxide films were
deposited by plasma-enhanced chemical vapor deposition

(PECVD) and the resulting oxide patterned with conventional
504 photoresist. The exposed oxide areas were etched with
buffer oxide etch (BOE). The same RIE conditions were used
to etch the oxide.
7. If RIE is not available or possible to form the microarray, one
alternative is to deposit microspots of the BP sensors on a
microscope slide or quartz coverslip. Simply deposit a small
amount of BPs in chloroform. Next, deposit the beads on the
slide by scooping the beads out using a microspatula and
swiping them on the slide. Chloroform was chosen because it
has a low Raman signal, causes beads to swell slightly and stick
to the slide, and evaporates quickly, leaving dry BP microspots
behind.
8. To create sensor arrays that are tailored to detect a specific
disease or biomarker(s) of disease, sensors that have the stron-
gest responses to the most relevant analytes of that disease
should be chosen. First, create a library of sensor responses to
both individual analytes and analyte mixtures at clinically rele-
vant concentrations (usually ppm or ppb), which can then be
cross-referenced with real patient samples. The BPs that show
the strongest response (highest θ) and/or most selective
response (unique variations in the spectra) should be used to
fabricate the array. Successful completion of this iterative pro-
cess will result in a highly sensitive, disease-specific e-nose or
e-tongue sensor array.
References
1. Walt DR, Stitzel SE, Aernecke MJ (2012) Arti- 6. Albert KJ, Myrick ML, Brown SB et al (2001)
ficial noses. Am Sci 100:38–45. https://doi. Field-deployable sniffer for 2,4-dinitrotoluene
org/10.1146/annurev-bioeng-071910- detection. Environ Sci Technol
124633 35:3193–3200. https://doi.org/10.1021/
2. Gardner JW, Bartlett PN (1994) A brief history es010829t
of electronic noses. Sensors Actuators B Chem 7. Fitzgerald JE, Fenniri H (2016) Biomimetic
18:210–211. https://doi.org/10.1016/ cross-reactive sensor arrays: prospects in bio-
0925-4005(94)87085-3 diagnostics. RSC Adv 6:80468–80484.
3. Falasconi M, Concina I, Gobbi E et al (2012) https://doi.org/10.1039/C6RA16403J
Electronic nose for microbiological quality 8. Katada S, Hirokawa T, Oka Y et al (2005)
control of food products. Int J Electrochem Structural basis for a broad but selective ligand
2012:1–12. https://doi.org/10.1155/2012/ spectrum of a mouse olfactory receptor:
715763 mapping the odorant-binding site. J Neurosci
4. Star A, Joshi V, Skarupo S et al (2006) Gas 25:1806–1815. https://doi.org/10.1523/
sensor array based on metal-decorated carbon JNEUROSCI.4723-04.2005
nanotubes. J Phys Chem B 110:21014–21020. 9. Buck LB (2005) Unraveling the sense of smell
https://doi.org/10.1021/jp064371z (Nobel Lecture). Angew Chem Int Ed
5. Fitzgerald J, Fenniri H (2017) Cutting edge 44:6128–6140. https://doi.org/10.1002/
methods for non-invasive disease diagnosis anie.200501120
using E-tongue and E-nose devices. Biosensors 10. Meixner H, Lampe U (1996) Metal oxide sen-
7. https://doi.org/10.3390/bios7040059 sors. Sensors Actuators B Chem 33. https://
doi.org/10.1109/SENSOR.1995.717380
11. Freund MS, Lewis NS (1995) A chemically classification of 630 spectroscopically encoded
diverse conducting polymer-based “electronic styrene copolymers. J Comb Chem 10:31–36.
nose”. Proc Natl Acad Sci U S A https://doi.org/10.1021/cc7001292
92:2652–2656. https://doi.org/10.1073/ 18. Fitzgerald JE, Zhu J, Bravo-Vasquez JP, Fen-
pnas.92.7.2652 niri H (2016) Cross-reactive, self-encoded
12. Grate JW (2000) Acoustic wave microsensor polymer film arrays for sensor applications.
arrays for vapor sensing. Chem Rev RSC Adv 6:82616–82624. https://doi.org/
100:2627–2648. https://doi.org/10.1021/ 10.1039/C6RA13874H
cr980094j 19. Fitzgerald JE, Shokat Fadaee S, Sundaram R,
13. Liu L, Wang X, Ma Q et al (2016) Multiplex Fenniri H (2019) Plastic-based sensor arrays:
electrochemiluminescence DNA sensor for towards an affordable diagnosis of Hepatitis C
determination of hepatitis B virus and hepatitis virus. Sensors Actuat B-Chem 288:332–336.
C virus based on multicolor quantum dots and https://doi.org/10.1016/j.snb.2019.03.023
Au nanoparticles. Anal Chim Acta 20. Arshady R, Ledwith A (1983) Suspension poly-
916:92–101. https://doi.org/10.1016/j.aca. merisation and its application to the perpara-
2016.02.024 tion of polymer supports. React Polym
14. Sisk BC, Lewis NS (2006) Vapor sensing using 1:159–174
polymer/carbon black composites in the per- 21. Fenniri H, Ding L, Ribbe AE, Zyrianov Y
colative conduction regime. Langmuir (2001) Barcoded resins: a new concept for
22:7928–7935. https://doi.org/10.1021/ polymer-supported combinatorial library self-
la053287s deconvolution [18]. J Am Chem Soc
15. Lim SH, Kemling JW, Feng L, Suslick KS 123:8151–8152. https://doi.org/10.1021/
(2009) A colorimetric sensor array of porous ja016375h
pigments. Analyst 134:2453–2457. https:// 22. Fenniri H, Chun S, Ding L et al (2003) Prepa-
doi.org/10.1039/b916571a ration, physical properties, on-bead binding
16. Walt DR (2010) Bead-based optical fiber arrays assay and spectroscopic reliability of 25 bar-
for artificial olfaction. Curr Opin Chem Biol coded polystyrene - poly(ethylene glycol)
14:767–770. https://doi.org/10.1016/j. graft copolymers. J Am Chem Soc
cbpa.2010.06.181 125:10546–10560. https://doi.org/10.
17. Fenniri H, Chun S, Terreau O, Bravo-Vasquez 1021/ja035665q
JP (2008) Preparation and infrared/Raman
Chapter 2
Interferometric Reflectance Imaging Sensor (IRIS)

for Molecular Kinetics with a Low-Cost, Disposable
Fluidic Cartridge
€
James W. Needham, Nese Lortlar Unlü, Celalettin Yurdakul,
€
and M. Selim Unlü
Abstract
The determination of kinetic information and appropriate binding pairs is fundamental to the proper
optimization and selection of ligands used in immunoassays, diagnostics, and therapeutics. However, the
ability to estimate such parameters in a multiplexed and inexpensive format remains difficult and modifica-
tion of the ligand is often necessary. Here, we detail the methods and materials necessary to evaluate
hundreds of unlabeled ligands simultaneously using the interferometric reflectance imaging sensor (IRIS).
The incorporation of a low-cost fluidic cartridge that integrates on the top of the sensor simplifies reagent
handling considerably.
Key words Interferometric reflectance imaging sensor (IRIS), Multiplexed kinetics, Label-free bind-
ing, Dengue NS1
1 Introduction
The measurement and understanding of the kinetic data involved in

ligand-analyte binding events (e.g., the typical antibody-antigen
complex) are foundational to immunoassay development and opti-
mization [1]. A variety of methods exist for the determination of
such kinetic information, including surface plasmon resonance
(SPR) and biolayer interferometry (BLI), among others
[2, 3]. However, most methods are limited in scalability (by cost
or technology) with only one or a handful of ligands that may be
evaluated at a given time, or the necessity for labeling of the ligand
(e.g., biotinylation) in order to perform the assay. Additionally,
evaporation may cause some artifacts with data collection using
BLI [4]. Here, we describe the methods to use the interferometric
reflectance imaging sensor (IRIS) in order to screen hundreds and
potentially thousands of ligands simultaneously using an
Jessica E. Fitzgerald and Hicham Fenniri (eds.), Biomimetic Sensing: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology,
vol. 2027, https://doi.org/10.1007/978-1-4939-9616-2_2, © Springer Science+Business Media, LLC, part of Springer Nature 2019
15
Another random document with
no related content on Scribd:
kärki edessä ja kaksi takana. Se kirkui kuin hätäsignaali: Pysähdy,
käänny takaisin! Kun hän tarkastaen loi silmänsä kallioseinään, näki
hän hiukan kauempana kalliossa samanlaisen nuolimerkin,
maalattuna mustalla värillä paksuin viivoin. Ne olivat partiotoverin
varoituksia partiotoverille, ehdottomia, vaativia käskyjä. Pusu ja
Piksa olivat tietysti ryhtyneet tähän varokeinoon, peläten ehkä jotakin
tämän tapaista kuin Mikon hiivintä parhaillaan oli. Muutamia
askeleita edempänä oli uusi nuolimerkki ja neliö nuolen pyrstönä. Se
merkitsi, että kolmen askelen päässä nuolen suuntaan oli kirje
kätkettynä. Hän etsi käsiinsä kirjeen sammalten alta. Se oli Piksan
käsialaa, ja kuului:
— Kuka oletkin, partiolainen, käänny takaisin! Älä mene

Halkiovuorelle, pyydämme, rukoilemme sinua. Tämä ei ole mitään
leikkiä.
Henki on kysymyksessä.
Pojat olivat tosiaankin ottaneet asian kovin vakavalta kannalta ja

perinjuurisesti. Tämä oli nähtävästi ainoa mukava pääsytie tältä
puolen. Pitikö hänen totella? Partiolaisena hän oli ehdottomasti
velvollinen kuulemaan noita monia varoituksia. Partiolaisena hän oli
myös ehdottomasti velvollinen tottelemaan kansalaiskokouksen
kaikkien parasta tarkoittavaa päätöstä. Mutta hänen oma etsintänsä,
pitikö sen keskeytyä tähän niin nolosti, pitikö Halkiovuoren kesäleirin
yhäti jäädä tuon salaperäisyyden uhkaamaksi ja sen luoman varjon
pimentäväksi?
Turhaa arkailua, kyllä hänen oli mentävä. Hän jatkoi hiivintäänsä,

mutta entistä varovaisemmin, sillä edestä oli selvästi kuulunut pieni
kiven vierähdys. Pengermä kasvoi tiheähköä katajikkoa, niin että
pitkänään ryömien saattoi edetä kokonaan niiden peitossa. Hän oli
tuskin ehtinyt kymmentä askelta, kun hän selvästi tunsi ja tajusi, että
jokin elävä olento oli häntä vastassa. No niin, ehkä siitä nyt tulisi
selvä. Hän makasi hievahtamatta, kuulo jännittyneenä ja silmät
tähdättyinä eteenpäin. Kunpa olisi katajien lomitse edes vilaukselta
saanut nähdä, mikä siellä oikein oli. Mutta kaikki oli hiljaista. Vuorella
kasvavat hongat vain humisivat. Ja kuitenkin hän tunsi, että jokin
odotti häntä tuolla edempänä. No niin, eihän tässä voinut
iankaikkisesti virua.
Hän tarkasti, mitä tietä oli parasta edetä. Kallioseinämän luona oli
katajikko tiheintä ja suuri kivi. Vitkalleen, aivan maahan painauteena,
kädet puseron suojissa ja kasvot hatun varjostamina hän painui
eteenpäin. Kylläpä se, mikä tuolla oli vastassa — mikä sitten
lieneekin ollut — oli varovainen. Se oli tietysti jo kaukaa kuullut
hänen tulonsa ja odotti nyt vain. Ahaa, vihdoinkin liikahti tuolla
vihreää pensaan takana. Se oli nähtävästi toinen pensas, ja sen
peitossa oli tuo tulija. Ei, nyt se vihreä hävisi kokonaan ja sen sijaan
ilmestyi alempana tummansinistä. No, nyt vilkahti vähän kasvojakin.
Piksa! Piksahan se olikin.
Mikko nousi nopeasti ja meni pojan luo.
— Mitä sinä täällä hiiviskelet! Sinä olet leirinvartija ja tiedät, ettei

vartija saa koskaan lähteä leiriltä.
— Johtaja — Piksan ääni oli kuiskaava, mutta kiihtynyt, ja hänen

tavallisesti verettömille kasvoilleen kohosi puna. — Etkö nähnyt
varoitusmerkkejä, jotka kielsivät menemästä eteenpäin ja joita
jokaisen partiolaisen on toteltava?
— Näin, mutta en toimita nyt partioasioita. Minulla on tehtävä,

jossa ei saa välittää sellaisista varoituksista.
— Johtaja, etkö muista yhteistä päätöstä: jokaisen oli
partiokunnian nimessä luvattava, ettei menisi pohjoispuolelle,
Halkiovuorelle.
— Muistan, enkä sitä partiolaisena ikinä olisi tehnyt. Mutta tiedät,

mikä työ minulla on suoritettava.
— Me pyysimme leirin muuttamista toisaalle. Kun siihen ei

suostuttu, saimme tuon päätöksen hyväksytyksi. Emme tehneet sitä
turhan tähden. Tässä on vakavat asiat kysymyksessä. Sinun on
käännyttävä. Minä tiedän, mitä puhun. En olisi lähtenyt leiriltä,
ellemme Pusun kanssa olisi aavistaneet ja arvanneet tätä. Henki
menee, jos nouset vuorelle. On odotettava.
— Vain yhdellä ehdolla käännyn takaisin, sanoi Mikko lujasti. —

Jos voit jyrkästi ja varman kieltävästi vastata seuraavaan: Eikö sinun
tietääksesi Halkiovuoren salaisuudella ole eikä voi olla minkäänlaista
tekemistä isäni Onnen arkun kanssa?
Piksan kasvot värähtivät kuin olisi tuskan pistos käynyt sydämen.
— Tiedät jo, etten saata mitään sanoa.
— Ja vielä toinen kysymys. Voitko edes siihen vastata ehdottoman

kieltävästi? Eikö ole pienintäkään haittaa odottamisesta, eikö ole
mahdollisuutta, että Onnen arkun jäljet häviävät kokonaan, jos aikaa
vielä menetetään?
— Voi, en minä tiedä, Piksan vastaus oli melkein kuin vaikerrus. —

Mutta joka tapauksessa sinun täytyy nyt kääntyä. Anna minun hoitaa
asia. Se voi sittenkin onnistua minulle paremmin… Pusu ja minä
hoidamme sen, kun et vain mene. Minä pyydän kuin henkeni
puolesta: älä mene vuorelle. Lupaa, ettet mene, johtaja.
— Tämähän on surkeata. Mitenkä te voisitte paremmin suorittaa

tehtävän? Mutta mene nyt heti leiriin — minä käännyn, tutkin vielä
metsää, mutta en lupaa mitään. Ymmärrän hyvän tarkoituksesi.
Kiitos siitä. Mutta leiri ei saa olla ilman vartijaa. Joudu!
XII
PIRUNKAUKALO
— Olen keksinyt uuden aatteen täällä metsässä, pauhasi Akki

rantaniityllä heiniä seipäisiin pistellessään.
— Niityllä, tarkoitat. Niitä kasvaa sinun aivoissasi kuin marjoja

metsässä, virkkoi Manski.
— Metsän marjoja tämä juuri koskeekin, jatkoi Akki. — Se aate on

jalostava aate, sillä se on mustikanjalostusaate. Ajatelkaa, veljet
partioimisessa, lehmiä ja sikoja jalostetaan, omenapuita jalostetaan,
mansikoita jalostetaan, miksi ei voisi mustikoitakin jalostaa?
Perustan mustikanjalostuslaitoksen. Ajatelkaa: peukalonpään
kokoisia mustikoita niin tiheässä, että oksat painuisivat, meheviä,
ihania mustikoita, joista yhdestä ainoasta saisi suunsa täyteen.
— Sellaisen mustikan sinä tarvitsisit suusi täytteeksi, kun niin

puhut ja posmitat ja heinät menevät tuuleen, huomautti taas Manski.
— Älä sano niin, partioveli Hansmanski. Minä olen tässä kohta jo

neljä tuntia ähkinyt ja hikoillut parhaan kykyni mukaan.
— Tehdään työnjako, Akki, huusi Aamos Kaino Kasperi. — Anna
minun ähkiä ja hikoilla sinunkin puolestasi, haravoi sinä minunkin
puolestani.
— Kas, kuinka pienikin pörrää, tuumi hiki otsassa ahertava Pusu.

—
Mutta kuulkaa, joku tulee. Jalat tömisevät.
— Piksa saapuu, huusi Reino niityn toisesta laidasta, —

leirinvartija saapuu. Huomio!
Piksa tuli läähättäen ja kasvoiltaan aivan kalpeana. Hän juoksi

suoraan
Pusun luo, ja he puhelivat hiljaa keskenään.
— Ne ovat oikeita vapaamuurareita, nuo Piksa ja Pusu. Ne

perustavat tänne vielä varmasti Halkiovuoren
vapaamuuraripartiopoikakalossin.
Mutta kukaan ei enää kuunnellut Akin viisasteluja. Pojat näkivät,

että tosi on kysymyksessä, ja lähenivät Piksaa ja Pusua.
Molemmat pojat keskustelivat hätäisinä ja kuiskaten. Sitten he

astuivat muitten luo ja Piksa sanoi:
— Pojat, niinkuin muistatte ei kukaan yhteisen päätöksen

mukaisesti saanut mennä Halkiovuoren taa. Nyt on johtajamme
etsiessään isänsä kadonneita papereita kuitenkin mennyt sinne, ja
pelkäämme, että hän on vaarassa, ehkä hyvinkin suuressa
vaarassa. Olkaa te kuitenkin levollisia, menkää leirille ja odottakaa.
Pusu ja minä olemme ainoat, jotka voimme jotakin tehdä, ja me
lähdemme heti.
— Me tahdomme kaikki mukaan. Minkälainen vaara se on, jossa
me emme voisi auttaa? huusi Akki kiihkeästi. — Puhukaa nyt toki
kerran jo suunne puhtaaksi!
— Emme voi sanoa enempää. Menkää kaikki leirille ja odottakaa,

mutta älkää missään nimessä lähtekö vuorelle.
— Kuinka kauan meidän sitten on odotettava? Ja eikö sillä tavalla

vain hajoiteta muutenkin pieniä voimia?
— Odottakaa kaksi tuntia. Ellei sen ajan kuluessa meistä kuulu

mitään, niin… hakekaa apua, mistä pikimmin saatte, paljon ja
voimakasta apua, miehiä, aseita. Mutta älkää missään nimessä
ennen lähtekö vuorelle, ennenkuin apua on. Ja nyt hyvästi. Menkää
leirille. Se on ilman vartijaa.
Piksa ja Pusu hävisivät rantametsikköön. Piksa oli tullut Akin

kanootilla, ja sillä he taas lähtivät Halkiovuorta kohti. Muut pojat
painuivat miettiväisinä perässä rantaan.
— Taitaa olla synkkä paikka, tuumi Akki. — Mutta nielköön minut

kaksihäntäinen kalkkarokäärme, jos tästä ymmärrän mitään.
— Perin arveluttavaa, virkkoi Manski. — Minä olen sitä mieltä, että

kohta saamme puuhaa, jossa kaikki partiotaidot ja vähän muutakin
saattaa tulla hyvään tarpeeseen. Kunpa ei vain silloin olisi liian
myöhäistä.
Hän puristi lujasti huulensa yhteen ja veti airoilla, niin että vesi
veneen kokassa kohisi.
— Mitähän ne siellä mahtavat tehdä? lausahti Aamos Kaino

Kasperi, jota äänettömyys alkoi kiusata. — Lähdetään heti sinne, en
minä vaan pelkää, vaikka tulisi Halkiovuoren pukkeja kokonainen
komppania.
— Ohoh, oletkos sinä niin urhoollinen!
— Kävikö teistä kukaan, pojat, tutkimassa vuoren pohjoisosia,

ennenkuin kielto tuli? kysyi Manski äkkiä.
— Eivät muut vielä ehtineet kuin Piksa ja Pusu. Mutta kyllä minä
siellä kävin jo kerran aikaisemmin, vastasi Reino. — Ei siellä mitään
sen kummempaa ollut, korkeita kallioita vain.
Leirillä Manski otti heti johdon käsiinsä.
— Pojat, meillä on kaksi tuntia aikaa, ja meidän on se aika

käytettävä niin, että olemme valmiit. Mielestäni olisi kyllä parasta
varmuuden vuoksi heti lähettää Reino kaupunkiin hakemaan
lisävoimia…
— Mutta Piksa kielsi sen nimenomaan. Ja onhan meillä langaton

lennätin, eikö sitä voida käyttää? sanoi Akki.
— Voimme käyttää, mutta eilen sovittiin siitä, että Tassu on tänään

vasta kuuden jälkeen koneen ääressä kaupungissa, ja nyt on kello
kolme.
— Eikö siellä kukaan muu voisi ottaa vastaan sanomaa sitä

ennen?
Manski pudisti päätään.
— Etkö ymmärrä: koko kaupungissa ei ole ketään muuta kuin

Tassu, joka korvakuulolta edes saisi selvää merkeistä. Olethan
huomannut itse, kuinka se on vaikeaa. Sitä paitsi ei kukaan osaa
siellä hoitaa konetta, eikä kenenkään mieleen juolahtaisi siihen
koskeakaan. Kahden tunnin kuluttua — ellei mitään kuulu — lähtee
Reino kaiken varalta veneellä kaupunkiin miehiä hakemaan. Aamos
jää leirille, ja me Akin kanssa lähdemme vuorelle katsomaan,
voimmeko saada mitään aikaan. Kaikki syövät nyt aterian. Sitten
selvitetään köydet ja kirveet valmiiksi — missä se pelastusköysi on,
Reino?…
Hänen määräyksensä keskeytyivät.
— Mitä se oli? Kiväärin pamaus! Ja vielä toinen.
— Kaksi pamausta aivan yhdessä, sanoi Reino, — vai kaikuko se

niin kummallisesti. Pojat katsahtivat toisiinsa.
— Selvästi vuorelta. Nyt on lähdettävä, Akki, ja äkkiä, sanoi

Manski, temmaten Reinon tuoman köysikimpun ja kirveen. — Aamos
jää.
— Minä tulen mukaan, huusi Reino. — Minulla on piekkari, enkä

vielä saa kumminkaan kaupunkiin lähteä. Kuljen jäljempänä.
Aamos Kaino Kasperi jäi pistelemään ensimmäisiä leipäpaloja

leveihin leukoihinsa, kun pojat jo kiipesivät ylös vuorta. Heitä ajoi
ahdistava kiihko ja jännitys. Jotakin oli hullusti. Toverit olivat varmasti
hädässä. Täytyi mennä auttamaan, jos suinkin vielä voi.
Manski kiipesi ketterästi kuin vuorikauris, ja Akki oli koko ajan

hänen kintereillään. Kuitenkin he saivat pitkän aikaa tapailla henkeä,
kun pääsivät jyrkän vuoren harjanteelle. Kuin yhteisestä
sopimuksesta he kiiruhtivat vuoren halkeamalle. Siinä oli metrin
levyinen rotko kallioitten välissä, ja se lähti aivan korkeimmasta
rantakalliosta saakka. Varovaisesti he kulkivat rotkon reunaa
pohjoiseen päin. Toisin paikoin se painui parinkymmenen metrin
syvyiseksi, toisin paikoin oli taas kiviä, soraa ja mutaa täynnä. He
tarkastelivat rotkoa ja sen ympäristöä joka taholta. Halkeaman seinät
olivat enimmäkseen äkkijyrkkiä kuin voimakkaalla iskulla lohkaistuja,
valkoista kvartsikiveä. Tästä halkiosta vuori varmasti oli saanut
nimensä, mutta ei siinä sen kummempaa näkynyt. Mitä kauemmas
he ehtivät, sitä kapeammaksi tuntui rotko käyvän, ja vihdoin se
umpeutui niin, ettei kalliossa enää näkynyt muuta kuin kämmenen
levyinen rako. Sitten tuli suuria kallionlohkareita, jotka peittivät
senkin.
— Ei täällä ole mitään, halkio päättyy, kuiskasi Manski Akille

melkein pettyneenä. — Minä luulin koko ajan, että tämä rotko se oli
jossakin tekemisissä kaiken kanssa.
— Niin minäkin. Mutta mennään eteenpäin vuoren juurelle toiselle

puolen saakka.
He kulkivat edelleen rotkon suuntaan. Siellä täällä oli kalliossa

syviä notkopaikkoja ja suuria kivijärkäleitä, niin ettei voinut nähdä
kauas ympärilleen. Reino näkyi seuraavan heitä loitompana
pienoiskivääri kädessään ja yhtä jännittyneenä kuin olisi lähestynyt
puussa istuvaa metsoa.
— Katsos tuolla, kuiskasi taas Manski, — näyttää kuin halkio

alkaisi uudelleen!
He riensivät nopein askelin kallionhuipun taa ja näkivät siinä

halkeaman uudelleen sylen pituisena, puolen metrin levyisenä
aukkona. Edempänä näkyivät halkeaman seinät jälleen lähestyvän
toisiaan ja sulkeutuvan.
— Katso noita kiviä, Akki. Tämäkin aukko on varmasti ennen ollut

ummessa.
— Niin on. Tässä on sammal monesta kohdin hieroutunutta ja

rikki.
Kiviä on väännetty paksuilla puukangilla; kivet ovat peittäneet aukon.
Mutta ei rotko ole syvää tältä kohtaa.
— Eipä tiedä, ei voi nähdä vasemmalle. On kuin pohja viettäisi

sinne päin, mutta tuossa on tuo kiven ulkonema tiellä. En voi
huomata mitään jälkiä, jotka osoittaisivat, että tästä on joku kulkenut.
Minä laskeudun alas tutkimaan.
Hän pujotti köyden nopeasti lähimmän kiven ympäri ja laskeutui

rotkoon. Hetken kuluttua hän hävisi näkyvistä vasemmalle. Uteliaana
tuli kauempana kallioiden takana piileskellyt Reinokin lähemmäs.
— Tämä on syvän ja pitkän käytävän alku, kuiskasi samassa

Manskin ääni alhaalta, hänen itsensä ryömiessä jälleen näkyviin. —
Katsos, mitä löysin!
— Pusun kompassi! Se, jonka me aina pilkkasimme kääntyvän

Pohjolan
Kaisaa kohden, sanoi Akki. — Siis he ovat menneet juuri tätä tietä.
— Pelkään, että täällä on asiat pahasti. Rotko muuttuu edempänä

pimeäksi luolaksi.
— Mutta pojat ovat siellä, meidän on saatava tavalla millä hyvänsä

selville heidän kohtalonsa. Emme voi jättää heitä sillä tavoin. Minä
tulen alas, niin mennään yhdessä, kuiskasi taas vastaan Akki.
— Niin. Pyydä Reinoa piekkarillaan vartioimaan huolellisesti

rotkon suuta ja viheltämän pillillä heti, jos hän huomaa jotakin
epäiltävää. Samalla painukoon tiehensä ja vieköön sanan kaupunkiin
kuten käsky oli.
Akki viittasi Reinon luokseen ja antoi määräykset. Sitten hän

laskeutui itse halkioon.
— Oli hyvä, että otin tulitikut mukaan, virkkoi Manski lähtien

kulkemaan edellä, — täällä on keskellä päivää pimeää kuin säkissä.
— Ehkä valkenee, kun silmä tottuu, vastasi toveri. — Onpas ihme,

kuinka on ylhäältä tukkinut raon, niin ettei yhtään päivä pilkota.
Avoin rotko alkoi muuttua teräväkattoiseksi luolaksi. Aikojen

alussa, kun maan myllerrykset olivat tapahtuneet, olivat kalliot
nähtävästi ensin Haljenneet ja sitten kääntyneet ylhäältä toisiaan
vasten, niin että halkeama meni yläpuoleltaan umpeen.
Halkeama oli alhaalta leveämpi kuin saattoi arvatakaan, ja

korkeammaksi se yhä kävi. Pohja oli epätasainen, täynnä teräviä
suuria kiviä, joita peitti vihertävä, niljakas, märkä sammal. Ilma
muuttui yhä kylmemmäksi ja kosteammaksi.
Pojat kompuroivat hitaasti eteenpäin, kuunnellen pienintäkin

ääntä. Mitähän edessä mahtoi olla? Mihin tämä luonnon
muodostama maanalainen käytävä johtikaan ja minkälainen oli
tovereitten kohtalo, kun ei heistä mitään kuulunut? Tahtomattaan
pojat tunsivat luolan kylmyyden värisyttävän itseään.
Rotkon pohja nousi ja laski epätasaisena mäkenä, ja väliin se kävi
aivan pilkkopimeäksi. Ihmisjälkiä ei näkynyt.
Äkkiä lähenivät kallioseinämät nieluksi, josta töin tuskin mahtui

kulkemaan. Tuli täydellinen pimeys, ja kädellä hapuilemalla vain
tunsi, että maa alkoi viettää jokseenkin jyrkästi alaspäin. Manski
raapaisi tulitikun, mutta kosteassa ilmavirrassa se sammui heti.
Toinen valaisi sen verran, että näki luolan yhä syvenevän.
— Ota tämä toinen lyhyempi köysi, sanoi Manski, — kiinnitä

varmuuden vuoksi kiviin, jottei suistuta kuiluun, jos tästä sellainenkin
vielä tulee vastaan.
Köydestä kiinni pitäen pojat laskeutuivat varovaisesti alemmas,

joka askeltaan tunnustellen ja silloin tällöin aina tulitikulla valaisten.
Pohja oli hyvin viettävää, melkein äkkijyrkkää, mutta eräällä tulitikun
raapaisulla Manski luuli jo näkevänsä tasaisempaa. Samassa köysi
äkkiä höltyi ja pojat suistuivat päistikkaa alaspäin ja molskahtivat
matalaan veteen. He selvisivät siitä kuitenkin pian jaloilleen ja
samassa kuulivat yläpuolelta käheän äänen:
— P—leen hyvä rotanloukku tämä Pirunkaukalo. Nyt alkavat kohta

kaikki s…n kukkopöksyt jo olla kiikissä.
XIII
AAMOS KAINO KASPERI LAX
Aamos söi, sillä hänellä oli aika nälkä. Mutta syödessään hän
ajatteli monenlaisia asioita. Ja aina kiertyivät ajatukset lopulta tähän
leiriin. Nyt oli täällä jännittävää olla. Ihan niinkuin kapinan aikana,
kun hän oli sananviejänä ja vihollisen kuulia vinkui. Saa nähdä,
kuinka käy. Ei siellä mitään pukkia ole; ei hän kummituksiin uskonut.
Mutta jotakin siellä oli. Ja äsken oli ammuttukin. Nyt hänen piti
vartioida leiriä.
Aamos söi vatsansa täyteen, korjasi ruoan tähteet pois, pesi

keittiössä astiansa ja veitsensä, asetti kaiken paikoilleen niinkuin
partiolaisena oli oppinut. Sitten hän kiersi leiripaikan. Kaikki oli
kunnossa. Oli kerrassaan kaunis iltapäivä. Tuuli vain sen verran, että
pikku laineet liplattivat rantaan ja leirilippu joskus laiskasti liehahti.
Olisipa ollut vapaa, niin olisi mennyt Akin kanootilla soutelemaan.
Mutta tänään ei ollut lepotuntia ollenkaan.
Tuossa korkealla rantakalliolla he olivat kerran alussa syöneet.

Hän oli pannut lakkinsa kalliolle. Tuulenpuuska oli pyyhkäissyt sen
veteen. Hän oli hypännyt suoraa päätä jäljessä leipäpala suussa ja
puurolusikka kädessä. Oli saanut toruja.
Tästä niemen kärjestä he olivat Reinon piekkarilla pommittaneet

sorsaa.
Kaikki pitkät kuulat olivat menneet, penniläisiä vain jäänyt jäljelle.
Olivat saaneet moitteita. — Mutta missä se Reino viipyi?
Tuossa hän oli astunut kantapäänsä ruosteiseen naulaan. Hän oli

oikeastaan tehnyt Akille vähän kiusaa. Mutta Manski oli puhdistanut
haavan vetysuperoksidilla, sivellyt jodia ympärille ja sitonut sen.
Manski oli hyvä lääkäri. Mutta kyllä hän nyt jo osaisi itsekin sitoa.
Eilen hän oli suorittanut toisen luokan sairaanhoitovaatimukset ja
uinnin 50 metriä. Hän olisi uinut vaikka 100.
Mitäs kello nyt oli? Puoli viisi. Eikä Reino vielä ollut tullut takaisin,
vaikka hänen piti pian lähteä kaupunkiin. Missä ne pojat viipyivät
näin kauan? Odotus alkoi jo tuntua ikävältä ja pahalta. Ei kuulunut
niin hiiskausta mistään päin. Mitä pojat oikein hommailivat, kun ei
kukaan heistä tullut takaisin?
Aamos Kaino Kasperi kierteli yhä uudelleen leiripaikkaa. Tänä

aamuna oli heidän telttansa tarkastuksessa saanut kiittävän
lausunnon. Kyllä he olivat koettaneetkin. Jokaikinen aamu, ja vasta
nyt saivat. Pitäisi oikeastaan sytyttää tuli, jotta pojat voivat lämmittää
soppaa. Se oli jo aivan jäähtynyttä. — Mutta olivatko kaikki
karanneet tiehensä, kun ei kukaan palannut?
No, vihdoin viimeinkin, rannalta vuoren alta kuului rasahdus ja

askeleita. Kyllä se Reinokin tuli ihan viime tipassa. Oli tietysti
tahtonut olla mukana näkemässä eikä malttanut ennen lähteä.
Mutta ei. Ei se ollutkaan Reino. Askelet olivat raskaammat. Oli
parasta kysyä. Se läheni jo leirialueen rajaa.
— Halkiovuoren partioleiri! Kuka siellä?
Mitään vastausta ei kuulunut. Hän uudisti huudon. Askelet

pysähtyivät, mutta lähtivät heti jälleen tulemaan kohti.
— Partioleiri. Kuka siellä? Seis! Älkää tulko! huusi Aamos kimeällä

äänellään.
Mutta askelet vain lähenivät. Oli parasta koettaa katsoa, kuka se

oli.
Sen täytyi kohta kulkea tuon aukkopaikan ohi. Silloin sen näkisi.
Iso musta mies kivääri selässä. Sillä oli varmasti pahoja aikeita,
kun ei mitään vastannut. Olisi nyt ollut Reinon piekkari.
— Kuka olette? Ei saa tulla. Minä pamautan.
— Pitä kitas, penikka.
Paha sillä oli mielessä. Hänellä ei ollut muuta asetta kuin kirves.
Ja apua oli haettava pojille, eikä Reino vielä ollut tullut, välähti hänen
aivoissaan. Oli parasta peräytyä rannalle, mistä pääsisi kanoottiin.
Hän juoksi kiireen vilkkaa niemen kärkipuolelle, missä kanootin

piilopaikka oli, ja koetti kiven takaa korkeammalta paikalta kurkkia
miehen liikkeitä. Tiesiköhän se, ettei hänellä ollut mitään, millä
pamauttaa, kun se noin pelottomasti meni joka telttaan. Mitä se
mahtoi etsiä? Kas niin, nyt se meni keittiöön. Ruokaa se haki. Näkyi
ajavan pussiinsa, mitä ikinä käsiinsä sai. Se roisto! Mutta minkä hän
sille nyt mahtoi! Mitä pojat saisivat päivälliseksi, kun tulisivat? Niin,
mutta koska he tulisivat? Menisiköhän tuo matkoihinsa, kun oli
ottanut kaikki, mitä halusi?
Samassa räsähti kivääri. Mies oli ampunut, mutta mitä? Repivä

kaiku kiiriskeli pitkin kallioisia rantoja. Taas, luoti suhahti aivan hänen
läheltään ja iski kiviin, niin että sirpaleita sinkoili. Häntäkö se
pommitteli, tahtoi varmasti pelotella. Mutta ei hän tästä niin vähällä
lähtisi. Jos taas kurkistaisi, joko sillä oli meininki mennä. Ei, kohti se
tuli. Nyt hän panee hattunsa tuonne, jotta se luulisi hänen olevan
siellä, niinkuin intiaanikirjoista oli lukenut.
Aamos pujahti pitkin maata kuin kärppä rantapensaisiin

vastakkaiselle suunnalle, sieppasi kaksilapa-airon pensaikosta,
työnsi äänettömästi kanootin vesille ja hyppäsi siihen. Varovaisesti,
mutta kaikki voimansa pinnistäen hän alkoi meloa selälle päin. Kyllä
hän varmasti ehtisi jo aika pitkälle, ennenkuin se mies hoksaisi tulla
rantaan.
Mutta poika oli tuskin päässyt kolmenkymmenen metrin päähän,

kun hän jo kuuli miehen kävelevän rantapensaikossa. Hän keikutteli
vahvasti kanoottia puoleen ja toiseen, mutta samassa pamahti
laukaus ja kuula iski kanootin perään räjähtäen, niin että kappaleet
sinkoilivat. — Saattoi se osuakin häneen, oli vielä liian lähellä.
Aamos kyyristyi mahdollisimman matalaksi. Kyllä hänen täytyi

kaataa kanootti, ehkä se sitten lakkaisi ampumasta. Kun uusi
laukaus pamahti ja luoti taas osui runkoon, teki Aamos tempun,
jonka hän monesti aikaisemmin leikkisotasilla oli suorittanut. Aivan
samana hetkenä, kun laukaus pamahti, pyörähti kanootti kumolleen
ja Aamos veteen. Eikä häntä sen koommin näkynyt. Kanootti ajelehti
sivuttain omia aikojaan kumollaan ja kääntyi sitten hiljalleen
tuulessa. Mies tarkasteli rannalta ammuntansa tulosta, laukaisi kuin
varmuuden vuoksi vielä kerran, odotti sitten pitkän aikaa, viisi,
kymmenen minuuttia, näkyisikö pojan päätä missään pintaan
nousevaksi. Rantakalliolta oli helppoa katsoa kanootin joka puolelle.
Mutta kun ei pojasta näkynyt minkäänlaista elonmerkkiä, heitti hän
kiväärin selkäänsä ja lähti astelemaan rannasta.
Neljännestunnin verran Aamos pysytteli näkymättömissä kanootin

alla. Kun kanootti kaatui kumolleen, oli sen istumalaatikko kuin tyhjä
vesilasi, joka suu edellä pistetään veteen: ilmaa jäi laatikkoon, eikä
se täyttynyt vedellä, oli helppo asia sukeltaa ja kohottaa pää
istumalaatikkoon, siinä oli ilmaa riittävästi vaikka puoleksi tunniksi,
eikä kukaan saattanut mistään nähdä, että siellä elävä olento piileksi
kanootin alla. Kuka poika hyvänsä voi kanootillaan tehdä saman
tempun.
Vihdoin Aamos rohkeni sukeltaa päänsä esiin istumalaatikosta ja

vilkaista rantaan. Ketään ei näkynyt. Mies oli nähtävästi jo mennyt
menojaan. Aamos koetti kääntää kanootin pystyyn, mutta se ei
onnistunut; oli liian raskas. Hän ui lähellä kelluvan melan kiinni ja
nousi kahareisin kanootin selkään siten meloakseen maihin. Mutta
kymmenisen metrin päähän rannasta päästyään hän jäi taas
kuuntelemaan. Oli varmasti jälleen kuulunut askeleita, ja tuolta ison
poukaman rannalta oli selvästi vilahtanut jotain valkoista.
Salamannopeasti poika oli taas vedessä ja kanootin kätkössä. Nyt oli
matka jo niin lyhyt, että saattoi hyvin alta potkimalla kuljettaa
kanootin rantaan, jos tahtoi.
Aivan oikein, sieltä kuului nyt jo selvästi askeleita kanootin

kankaan ja istumalaatikonkin läpi. Mutta ne eivät olleet yhtä raskaita
kuin äsken. Jokohan pojat? Pelkästä tuon ajatuksen ilosta Aamos
pujahdutti päänsä näkyviin. Siellä se tulija jo oli niemellä telttojen
luona. Nyt vilahti taas valkoista. Siellä taisi olla useampiakin. Eivät
ne poikia olleet, kun noin valkoisia olivat. Oli parasta pysyä piilossa.
Mutta vähän ajan perästä hän kuuli naurahduksen ja puhetta ja

sitten rannalta sanat:
— Ei täällä ole kuin kanootti kumollaan. Kerrassaan kummallinen

leiri!
Tytön nauru ja ääni! Kuin saukko Aamos pujahti esiin.
— Olen minä täällä, ja Aamos Kaino Kasperi kömpi kanootteineen

maalle, teki kunniaa ja katsoi silmät suurina kahta vaaleapukuista
tyttöä, jotka iloisesti nauraen ja käsiään taputellen ottivat hänet
vastaan.
— Kuka sinä olet? kysyi toinen tytöistä. Koivulan Irjahan se taisi

olla, muisteli Aamos; oli hän sen ennen nähnyt.
— Aamos Kaino Kasperi Lax. Minä olen nyt leirinvartija

Halkiovuoren partioleirillä, vastasi Aamos, ja vedet valuivat pitkin
hänen poskiaan, puseroaan ja housujaan.
XIV
NÄKYMÄTTÖMÄT MERKIT
— Pitääkö leirinvartijan toimittaa sukellustöitä? nauroi taas tyttö,

— tai harjoitella kumoonpurjehdusta?
— En minä kaatunut, sanoi Aamos, — älkää luulkokaan. Mutta

täällä on tapahtunut sellaista, että eräs mies ajoi minua takaa ja
ampui rannalta ja minä menin kanoottiin ja meloin ja kaadoin sitten
kanootin ja sukelsin sen alle piiloon.
— Mitä hulluja! Me kyllä kuulimme muutamia laukauksia. Mutta

kuka mies se oli ja miksi hän sinua ampui?
— Se tuli Halkiovuorelta, ja sillä oli kivääri, ja minä sanoin, ettei

saa tulla, mutta se tuli vain, ja se otti teltoista ruokaa, ja sitten se
ampui minua, ja sitten se meni pois.
— Voi hirveätä! Missä ovat muut pojat sitten?
— Ensin meni johtaja Halkiovuorelle, sitten menivät Piksa ja Pusu

sitä hakemaan, ja sitten menivät Manski ja Akki ja Ressu niitä
hakemaan, ja minut jätettiin leirinvartijaksi. Ja Ressun piti tulla

(FREE PDF Sample) Biomimetic Sensing Methods and Protocols Jessica E. Fitzgerald Ebooks

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

(FREE PDF Sample) Biomimetic Sensing Methods and Protocols Jessica E. Fitzgerald Ebooks

Uploaded by

Document Information

Original Title

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

(FREE PDF Sample) Biomimetic Sensing Methods and Protocols Jessica E. Fitzgerald Ebooks

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

Full download test bank at ebook textbookfull.

Biomimetic Sensing Methods and

CLICK LINK TO DOWLOAD

Targeting Enzymes for Pharmaceutical Development

Handbook of Fathers and Child Development Prenatal to

Handbook of Children and Prejudice Integrating Research

Zebrafish Methods and Protocols Koichi Kawakami

Epitranscriptomics: Methods and Protocols Narendra

Phytoplasmas: Methods and Protocols Rita Musetti

Metalloproteins: Methods and Protocols Yilin Hu

Nanotoxicity: Methods and Protocols Qunwei Zhang

For further volumes:

Methods and Protocols

ISSN 1064-3745 ISSN 1940-6029 (electronic)

The Mammalian Olfactory System as an Optimal Model for Multiplexed Sensing

e-Device History and Applications

e-Device Advances in Technological Development

Optical Sensor Arrays for e-Devices

Electrochemical Sensor Arrays for e-Devices

Electrochemical sensing e-devices use an electronic circuit connected to a network of

Remaining Challenges and Future Outlook for e-Device Implementation

Boston, MA, USA Jessica E. Fitzgerald

1 Cross-Reactive, Self-Encoded Polymer Film Arrays

12 Molecularly Imprinted Polymer Thin-Film Electrochemical Sensors. . . . . . . . . . . 151

Printing Technology, Beijing National Laboratory for Molecular Sciences (BNLMS),

Cross-Reactive, Self-Encoded Polymer Film Arrays

Biomimetic engineering is the application of biological principles to

which semi-selective olfactory receptors are combined with higher

In this chapter, we describe both the fabrication of polymer film

2. Substrate array fabrication:

(h) Mask aligner.

1. Suspension copolymerization (see Note 4) [20, 21]:

BCR 2,5- 4- 2,4- 4-t- 3-

selecting the right bead/well size combination, an ideal

(c) Extract the collected Raman spectra of the polymers

a sensor array, and thus spectral data was represented as a

(g) This gives n2 vector pairings or angles. From Eq. 1 it can be

Fig. 6 Theta heat map of polymer/analyte interactions compared to the control

1. The monomers listed in Subheading 3 for polymerization are a

deposited by plasma-enhanced chemical vapor deposition

Interferometric Reflectance Imaging Sensor (IRIS)

The measurement and understanding of the kinetic data involved in

— Kuka oletkin, partiolainen, käänny takaisin! Älä mene

Pojat olivat tosiaankin ottaneet asian kovin vakavalta kannalta ja

Turhaa arkailua, kyllä hänen oli mentävä. Hän jatkoi hiivintäänsä,

Mikko nousi nopeasti ja meni pojan luo.

— Mitä sinä täällä hiiviskelet! Sinä olet leirinvartija ja tiedät, ettei

— Johtaja — Piksan ääni oli kuiskaava, mutta kiihtynyt, ja hänen

— Näin, mutta en toimita nyt partioasioita. Minulla on tehtävä,

— Muistan, enkä sitä partiolaisena ikinä olisi tehnyt. Mutta tiedät,

— Me pyysimme leirin muuttamista toisaalle. Kun siihen ei

— Vain yhdellä ehdolla käännyn takaisin, sanoi Mikko lujasti. —

Piksan kasvot värähtivät kuin olisi tuskan pistos käynyt sydämen.

— Tiedät jo, etten saata mitään sanoa.

— Ja vielä toinen kysymys. Voitko edes siihen vastata ehdottoman

— Voi, en minä tiedä, Piksan vastaus oli melkein kuin vaikerrus. —

— Tämähän on surkeata. Mitenkä te voisitte paremmin suorittaa

— Olen keksinyt uuden aatteen täällä metsässä, pauhasi Akki

— Niityllä, tarkoitat. Niitä kasvaa sinun aivoissasi kuin marjoja