由於新鳥小綱各群在白堊紀-古近紀滅絕事件期間分化的太過快速[ 5] ,導致試圖解決他們之間的親緣關係問題異常複雜,尤其在早期的研究中,甚至出現矛盾的研究成果[ 6] [ 7] [ 8] 。無論如何,近期對新鳥小綱的一些大規模譜系基因學 研究,已經對新鳥小綱下的目和總目的定義導引出許多進展,雖然這些研究並未對高階的鳥群分類位階取得共識[ 8] [ 9] [ 10] [ 11] 。埃里希·賈維斯 等人在2014年針對48分類群所做的基因學研究,把新鳥小綱分成兩個主演化支:鴿鴇類 和雀類 ,而理查德·普魯姆 等人在2015年分析198個分類群,則恢復許多新鳥小綱裡、早期分化出的許多分類群[ 9] [ 10] 。2017年,雷迪等人使用延伸的資料組重新分析,認為這只不過是排序資料型態的差異,編碼序列 對普魯姆等人的分類位階有利[ 11] 。對這種分類位階持反對意見者,像瑞典烏普薩拉大學的亞歷山大·蘇,在2016年就透過更大型的譜系基因學研究,甚至提出有9個演化支的實多分支 ,直接就隸屬在新鳥小綱之下[ 12] 。到了2019年,美國古生物學家彼得·厚德等人的分析結果,重新採用鴿鴇類,以及搭配6個實多分支的雀類[ 13] 。
總合來說,這些研究都同意有許多總目,雷迪在2017年取了一個特殊的名稱叫「大哉七」,搭配3個獨立目,構成新鳥小綱[ 11] 。有意思的是,他們都包含一大群鳥種的陸鳥演化支──陸鳥類 ,以及一大群鳥種的水鳥演化支──水濱鳥類 。下面是雷迪定義的鳥類分類群:
陸鳥類 Telluraves
水濱鳥類 Aequornithes
日鳽總目 Eurypygimorphae(日鳽、鷺鶴和熱帶鳥)
鴇形總目 Otidimorphae(蕉鵑、鴇和杜鵑)
夜鳥類 Strisores(夜鷹、雨燕和蜂鳥)
鴿形總目 Columbimorphae(擬鶉、沙雞和鳩鴿)
奇蹟鳥類 Mirandornithes(火鶴和鸊鷉)
新鳥小綱分化的不同提議比較
鳩鴿類 Columbea
奇蹟鳥類 Mirandornithes(紅鶴、鸊鷉)
鴿形總目 Columbimorphae (鳩鴿、擬鶉、沙雞)
雀類 Passerea
鴇形總目 Otidimorphae(杜鵑、鴇、蕉鵑)
夜鳥類 Strisores(蜂鳥、雨燕、夜鷹)
麝雉目 Opisthocomiformes(麝雉)
鶴形總目 Gruimorphae
鶴形目 Gruiformes(鶴、秧雞)
鴴形目 Charadriiformes(涉禽 )
鷺形類 Ardeae
水鳥類 Aequornithes(核心水鳥)
日鳽總目 Eurypgimorphae(日鳽、鷺鶴、熱帶鳥)
陸鳥類 Telluraves
(核心陸鳥)
夜鳥類 Strisores(蜂鳥、雨燕、夜鷹)
鴿鴇類
鴿形總目 Columbimorphae (鳩鴿、擬鶉、沙雞)
鴇形總目 Otidimorphae(杜鵑、鴇、蕉鵑)
鶴形目 Gruiformes(鶴、秧雞)
水濱鳥類 Aequorlitornithes
鴴形目 Charadriiformes(涉禽 )
奇蹟鳥類 Mirandornithes(紅鶴、鸊鷉)
鷺形類 Ardeae
水鳥類 Aequornithes(核心水鳥)
日鳽總目 Eurypgimorphae(日鳽、鷺鶴、熱帶鳥)
(水鳥)
望外鳥類 Inopinaves
麝雉目 Opisthocomiformes(麝雉)
陸鳥類 Telluraves(核心陸鳥)
鴿形總目 Columbimorphae (鳩鴿、擬鶉、沙雞)
鴇形總目 Otidimorphae(杜鵑、鴇、蕉鵑)
夜鳥類 Strisores(蜂鳥、雨燕、夜鷹)
麝雉目 Opisthocomiformes(麝雉)
鶴形目 Gruiformes(鶴、秧雞)
鴴形目 Charadriiformes(涉禽 )
奇蹟鳥類 Mirandornithes(紅鶴、鸊鷉)
鷺形類 Ardeae
水鳥類 Aequornithes(核心水鳥)
日鳽總目 Eurypgimorphae(日鳽、鷺鶴、熱帶鳥)
採用Braun & Kimball在2021年提出的總目分類樹,下面的分支圖 說明所有新鳥小綱之下各目的擬議關係[ 15]
新鳥小綱
奇蹟鳥類
火烈鳥目 Phoenicopteriformes
鷿鷈目 Podicipediformes
Mirandornithes
鴿形總目
鸽形目 Columbiformes
擬鶉目 Mesitornithiformes
沙雞目 Pterocliformes
Columbimorphae
雀類
鴇形目 Otidiformes
鹃形目 Cuculiformes
蕉鵑目 Musophagiformes
鶴形目 Gruiformes
鴴形目 Charadriiformes
麝雉目 Opisthocomiformes
夜鷹目 Caprimulgiformes
鷺形類
日鳽總目
鸏形目 Phaethontiformes
日鳽目 Eurypygiformes
Eurypygimorphae
水鳥類
潛鳥目 Gaviiformes[ 16]
南極鳥類
鸌形目 Procellariiformes
企鵝目 Sphenisciformes
Austrodyptornithes
鸛形目 Ciconiiformes
鰹鳥目 Suliformes
鵜形目 Pelecaniformes
Aequornithes
Ardeae
陸鳥類
鷹形總目
美洲鷲目 Cathartiformes
鷹形目 Accipitriformes
Accipitrimorphae
鴞形目 Strigiformes
佛法僧總目
鼠鳥目 Coliiformes
穴鳥類
鵑鴗目 Leptosomiformes
咬鵑目 Trogoniformes
鴷翠鳥類
Picocoraciae
Cavitaves
Coraciimorphae
南鳥類
叫鶴目 Cariamiformes
真隼形類
隼形目 Falconiformes
鸚雀總目
鸚形目 Psittaciformes
雀形目 Passeriformes
Psittacopasserae
Eufalconimorphae
Australaves
Telluraves
Passerea
Neoaves
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