1. Ejercicio 1. Enzimología.

A partir de las referencias estudiadas en la unidad 2

Feduchi, E. (2014). Bioquímica: Conceptos esenciales (2ª edición).
Madrid. Médica Panamericana, S.A.
Torres, G. (2011). Módulo de bioquímica. Universidad Nacional Abierta y
a distancia UNAD.
Las enzimas están involucradas en una variedad de reacciones químicas
en los sistemas alimentarios y biotecnológicos. Actúan como
catalizadores (sustancias que aceleran una reacción química pero no se
modifican por la reacción) que descomponen o acumulan compuestos
biológicos.
1. ¿Cómo se clasifican las enzimas de acuerdo con el tipo de
sustrato sobre el que actúa?.

Antes de ello es importante aclarar cómo se conforma la Especificidad por el sustrato

Cada enzima reconoce de una manera muy selectiva su sustrato basándose en la
Estructura tridimensional que éste posee. La estéreo especificidad es la que
Determina que una oxidasa dada modifique por ejemplo la L-Phe sin que la DPhe sea
alterada. Otro ejemplo son las proteasas que reconocen a nivel del
enlace peptídico cuáles son los AA adyacentes del lado amino o carboxilo; esto se
observa al comparar los enlaces hidrolizados en el siguiente péptido:

1. Tripsina rompe del lado COO- de Lys y Arg.

2. Quimotripsina rompe del lado del C00- de aminoácidos aromáticos (p.e. Trp).
3. Aminopeptidasa rompe en extremo N-Terminal
4. Caboxipeptidasa rompe en extremo C-Terminal

La clasificación se establece según el tipo de reacción química catalizada y la división en

grupos según el tipo de reacción junto con el nombre del sustrato, proporciona la base para
el nombre individual de cada enzima. En consecuencia resultan seis clases principales de
enzimas:
Tabla 10 : Clases principales de enzimas.

2. Describa las funciones los mecanismos de acción, los sustratos

sobre los que actúan, y reacción que catalizan, las siguientes
enzimas:

Lipasa

Proteasa
Lactasa
Papaína
Tripsina
Sacarasa
 3. Las enzimas son moléculas de proteínas que son fabricadas por
todas las células vegetales y animales. Todas las células
requieren enzimas para sobrevivir y funcionar.

a. Explique ¿cómo actúan las enzimas como catalizadores?

En toda reacción química se produce la transformación de unas moléculas iniciales

denominadas sustratos (S) en las reacciones bioquímicas, en unas sustancias finales o
productos (P). Esta transformación necesita, en la mayoría de las reacciones, un aporte
inicial de energía que aumenta la energía cinética de las moléculas y éstas, reaccionan
permitiendo que un mayor número de ellas, choquen con suficiente fuerza para superar su
repulsión mutua y debilitar los enlaces químicos que poseen. La energía que deben poseer
las moléculas para iniciar la reacción se conoce con el nombre de energía de activación Un
catalizador disminuye la energía de activación necesaria para una reacción, porque forma
una asociación pasajera con las moléculas que reaccionan Esta asociación aproxima a las
moléculas que reaccionan y, favorece tanto la ruptura de enlaces existentes, como la
formación de otros nuevos. Cuando existe un catalizador en la energía de activación, esta
reacción puede suceder rápidamente sin o con poca adición de energía. El catalizador no
sufre ninguna alteración permanente en el proceso y puede volver a utilizarse.

De manera general En este proceso de trasformación los

catalizadores disminuyen la energía

b. ¿Qué significa las reacciones químicas sean más rápidas y con

menor gasto de energía, en comparación con otros
catalizadores?

Gracias a las enzimas, las células son capaces de desarrollar reacciones químicas a gran velocidad y
a temperaturas relativamente bajas.

Esto depende de factores como:

La temperatura

el ph

y el tipo de catalizador (entre más sustratos mayor la velocidad).

Además de esto depende si este proceso de metabolismo sucede dentro o no del organismo

Dentro de este sucede hasta en un 0, 1 00segundo

Fuera de este puede hasta durar 10 Minutos,

c. las enzimas digestivas causan que los alimentos que se

descomponga. ¿Cómo es el mecanismo enzimático para llevar
a cabo estas reacciones? Interprete la siguiente ecuación.

Gráfico 1. Transformación de una enzima de sustratos a

productos.

Rta/ Michaelis y Menten a plantearón que la enzima (E) se une reversiblemente con el
sustrato (S) Formando un complejo inestable (ES) que da lugar, irreversiblemente, al
producto (P) y a la enzima libre (E), la formación del complejo ocurre por
complementariedad estérica entre el sustrato y una región de la enzima, denominada el sitio
activo, donde se realiza la catálisis. El Sitio activo es entonces un grupo de aminoácidos de
la proteína que son los responsables de la actividad catalítica y que, como consecuencia de
la estructura terciaria, se disponen espacialmente de tal manera que la conformación del
conjunto es complementaria de la conformación del sustrato.

En general la ecuación se trata de una trasformación de una

encima de sustratos a productos donde al final de la ecuación
El equilibrio dependerá de k2 +k cat (N° de sustratos,
temperatura, ph) sobre k1 que es el punto de energía inicial.
(Reacciones químicas dentro de los parámetros normales).

La Especificidad de una enzima por el sustrato que se encuentra, hace

referencia a la unión en la cual la enzima es capaz de distinguir entre los
distintos tipos de sustratos, lo que les permite modificar

4. Las enzimas también tienen aplicaciones industriales y médicas

importantes. La fermentación del vino, la levadura del pan, la
cuajada de queso y la elaboración de cerveza eran producidas por
las enzimas de distintos microorganismos que actuaban en sobre
estos sustratos, pero solo se entendieron hasta el siglo XIX.

a. ¿A qué se refiere la especificidad de una enzima por el

sustrato por el sustrato que se encuentra por ejemplo en la
fermentación del vino?

Rta/ La Especificidad de una enzima se refiere por el sustrato que se

encuentra en la cual la enzima es capaz de distinguir entre los distintos
tipos de sustratos, lo que les permite modificar y alterar solo un tipo
de moléculas en medio de la reacción.
En la fermentación de un vino, las enzimas tienen un alto nivel de especificidad en la
interacción de la enzima y el sustrato, de forma tal que las enzimas fermentan los azúcares
transformándolos en etanol. Y para ello la temperaturta juega un papel muy importante. no
se desarrollan bien más que en una escala de temperaturas relativamente corta, hasta 30º C
como máximo y por debajo de 13 ó 14º.

b. Durante la cinética enzimática las velocidades de las reacciones

químicas que son catalizadas por las enzimas. ¿Qué factores
pueden afectar la actividad enzimática?

Rta/ Dado que el sitio activo es el responsable de la actividad catalítica

de la enzima, es esencial preservar su conformación en la proteína nativa.
Aquellos factores que modifican la conformación de las proteínas influirán
por consiguiente en la actividad enzimática y nos referimos en particular al
pH, la temperatura y los efectores.

c. ¿Qué estructura enzimática se conoce como sitio activo?

Rta/ El sitio activo de una enzima, también llamado centro activo, es la zona de la enzima a al
cual se une el sustrato, para que la reacción se produzca debe estar con la naturaleza química
necesaria para su interacción con el sustrato.
Las enzimas  son proteínas. Ciertas características en su estructura terciaria son las que
determinan la forma del sitio activo de la enzima, y por lo tanto delimitan los sustratos sobre
los cuales la enzima podrá actuar. Dicho de otra manera, la estructura tridimensional de la
enzima determina también la estructura del sitio activo, y le brinda especificidad a la enzima,
que sólo podrá actuar sobre ciertos sustratos: aquellos capaces de unirse a su sitio activo.

d. ¿Cuáles son las condiciones de pH ideales para la cinética

enzimática en las enzi mas?

Rta/ Observamos que cada enzima tiene un pH (o un rango de pH, para

algunas) en el
que su actividad es máxima; este valor corresponde al pH óptimo el cual es una
consecuencia de la intervención de:
 Los pKa de los grupos laterales presentes en el sitio activo que efectúan la
catálisis.
 Los pKa de los grupos que en el sitio activo ayudan a fijar el sustrato
 Los pKa de las cadenas laterales que contribuyen a estabilizar la conformación
global de la enzima.
  Los pKade los grupos funcionales del sustrato, si éste tiene cargas
La mayoría de las enzimas tienen pH óptimos cercanos a la neutralidad pero que
no necesariamente coinciden con el pH intracelular; esto sugiere que en
condiciones fisiológicas algunas enzimas no actúan al máximo de su capacidad.
El pH óptimo puede variar por la influencia de los siguientes factores:

Origen de la enzima; las enzimas que modifican el mismo sustrato pero por
provenir de diferentes fuentes difieren en su pH óptimo, pl, KM, velocide
inactivación térmica, etc., reciben el nombre de isoenzimas; en ellas
variaciones en pH óptimo pueden ser hasta de 2,5 a 3 unidades de pH.

Origen del sustrato: en estos casos la variación en pH generalmente es

menor de 0,5 unidades de pH.
Concentración de sustrato: a bajas concentraciones de sustrato, KM varía
con el pH y el pH óptimo se desplaza hacia la zona donde KM aumenta al
aumentar el pH. Esta es la razón por la cual KM se determina a [S] elevadas
con el fin de evitar los cambios en función de pH.
Presencia de sustancias asociadas: Generalmente las impurezas
modificanel pH óptimo por razones que no son claras.

Las variaciones de actividad con cambios de pH indican la necesidad de usar

tampones cuando se está trabajando con enzimas, lo cual nos permite eliminar
estas variaciones. ( Temperatura, efectores).

5. Las reacciones catalizadas por enzimas se describen utilizando la

ecuación de Michaelis-Menten, la cual se muestra en una curva,
dificultando los cálculos cinéticos. Para determinar la actividad
cinética, la ecuación de Michaelis-Menten y la curva resultante de
los cálculos de la velocidad, se transforma en una línea a través
de recíprocos dobles, método establecido por Lineweaver-Burk.

a. ¿Qué es la cinética enzimática de Michaelis-Menten?

Rta/ La cinética enzimática estudia la velocidad de las reacciones catalizadas por enzimas.

Estos estudios proporcionan información directa acerca del mecanismo de la reacción catalítica
y de la especifidad del enzima. La velocidad de una reacción catalizada por un enzima puede
medirse con relativa facilidad, ya que en muchos casos no es necesario purificar o aislar el
enzima. La medida se realiza siempre en las condiciones óptimas de pH, temperatura,
 presencia de cofactores, etc, y se utilizan concentraciones saturantes de sustrato. En estas
condiciones, la velocidad de reacción observada es la velocidad máxima (V max). La velocidad
puede determinarse bien midiendo la aparición de los productos o la desaparición de los
reactivos.

Al seguir la velocidad de aparición de producto (o de desaparición

del sustrato) en función del tiempo se obtiene la llamada curva de
avance de la reacción, o simplemente, la cinética de la reacción. A
medida que la reacción transcurre, la velocidad de acumulación del
producto va disminuyendo porque se va consumiendo el sustrato de
la reacción (Figura de la derecha). Para evitar esta complicación se
procede a medir la velocidad inicial de la reacción (v0). La
velocidad inicial de la reacción es igual a la pendiente de la curva de
avance a tiempo cero (Figura de la derecha). De esta forma, la
medida de v0 se realiza antes de que se consuma el 10% del total del
sustrato, de forma que pueda considerarse la [S] como esencialmente constante a lo largo del
experimento. Además, en estas condiciones no es necesario considerar la reacción inversa, ya que la
cantidad de producto formada es tan pequeña que la reacción inversa apenas ocurre. De esta forma se
simplifican enormemente las ecuaciones de velocidad.

Para estudiar la cinética enzimática se mide el efecto de la

concentración inicial de sustrato sobre la velocidad inicial
de la reacción, manteniendo la cantidad de enzima constante.
Si representamos v0 frente a [S]0 obtenemos una gráfica como
la de la Figura de la derecha. Cuando [S]0 es pequeña, la
velocidad inicial es directamente proporcional a la
concentración de sustrato, y por tanto, la reacción es de
primer orden. A altas [S]0, el enzima se encuentra saturada
por el sustrato, y la velocidad ya no depende de [S] 0. En este
punto, la reacción es de orden cero y la velocidad es máxima
(Vmax).

Los estudios sistemáticos del efecto de la concentración inical del sustrato sobre la actividad enzimática
comenzaron a realizarse a finales del siglo XIX. Ya en 1882 se introdujo el concepto del complejo
enzima-sustrato como intermediario del proceso de catálisis enzimática. En 1913, Leonor
Michaelis (foto de la izquierda) y Maud Menten (foto de la derecha) desarrollaron esta teoría y
propusieron una ecuación de velocidad que explica el comportamiento cinético de los enzimas.

Rta/ El planteamiento de Michaelis y Menten se puede resumir en la expresión:

b. La transformación de sustratos a productos implica las

velocidades de transformación. ¿Qué es la velocidad inicial V0
y la velocidad máxima Vmax?

Rta/ Para explicar la relación observada entre la velocidad inicial (v 0) y la concentración inicial de
sustrato ([S]0) Michaelis y Menten propusieron que las reacciones catalizadas enzimáticamente
ocurren en dos etapas: En la primera etapa se forma el complejo enzima-sustrato y en la segunda, el
complejo enzima-sustrato da lugar a la formación del producto, liberando el enzima libre:
  

En este esquema, k1, k2 y k3 son las constantes cinéticas individuales de cada proceso y también reciben
el nombre de constantes microscópicas de velocidad. Según esto, podemos afirmar que:

 v1 = k1 [E] [S]

 v2 = k2 [ES]
 v3 = k3 [ES]

Se puede distinguir entre enzima libre (E) y enzima unido al sustrato (ES), de forma que

la concentración total de enzima, [ET], (que es constante a lo largo de la reacción) es:

[ET] = [E] + [ES]

Como [E] = [ET] - [ES], resulta que: v1= k1[S] [ET] - k1 [S] [ES]

Este modelo cinético adopta la hipótesis del estado

estacionario, según la cual la concentración del complejo
enzima-sustrato es pequeña y constante a lo largo de la
reacción (Figura de la derecha). Por tanto, la velocidad de
formación del complejo enzima-sustrato (v 1) es igual a la
de su disociación (v2+ v3):

v1 = v2 + v3

Además, como [ES] es constante, la velocidad de

formación de los productos es constante:

v = v3 = k3 [ES] = constante.

Como v1=v2+v3, podemos decir que:

k1[S] [ET] - k1 [S] [ES] = k2 [ES] + k3 [ES]

Despejando [ES], queda

que:   , siendo   , en donde la expresión (k2+k3)/k1 se ha
sustituído por KM, o constante de Michaelis-Menten. Este enlace nos aporta una explicación sobre
las razones que hacen de la KM un parámetro cinético importante.

Por lo tanto, en el estado estacionario, la velocidad de formación del producto es:

v = v3 = k3 [ES] =

Para cualquier reacción enzimática, [ET], k3 y KM son constantes. Vamos a considerar dos casos
extremos:

 A concentraciones de sustrato pequeñas ([S] << KM) v = (k3 [ET]/KM) [S]. Como los términos
entre paréntesis son constantes, pueden englobarse en una nueva constante, k obs, de forma que la
expresión queda reducida a: v = kobs [S], con lo cual la reacción es un proceso cinético de
primer orden.
 A concentraciones de sustrato elevadas ([S] >> KM), v = k3 [ET]. La velocidad de reacción es
independiente de la concentración del sustrato, y por tanto, la reacción es un proceso cinético de
orden cero. Además, tanto k3 como [ET] son constantes, y nos permite definir un nuevo
parámetro, la velocidad máxima de la reacción (Vmax): Vmax = k3 [ET], que es la velocidad que
se alcanzaría cuando todo el enzima disponible se encuantra unido al sustrato.

Si introducimos el parámetro Vmax en la ecuación general de la velocidad, (la fórmula recuadrada

anteriormente), obtenemos la expresión más conocida de la ecuación de Michaelis-Menten:

 
Hay enzimas que no obedecen la ecuación de
Michaelis-Menten. Se dice que su cinética no es
Michaeliana. Esto ocurre con los enzimas alostéricos,
cuya gráfica v frente a [S] no es una hipérbola, sino
una sigmoide (Figura de la derecha). En la cinética
sigmoidea, pequeñas variaciones en la [S] en una zona
crítica (cercana a la KM) se traduce en grandes
variaciones en la velocidad de reacción.

c. Existe una constante denominada Km o constante de Michaelis-

Menten. ¿Qué es la Km?
Rta/ la KM corresponde a la concentración de sustrato a la cual la velocidad de la reacción es la
mitad de la Vmax.

¿Qué determina en cuanto a la afinidad de la enzima por el

sustrato?

Rta/ La Km nos da una idea la afinidad que tiene el enzima por su sustrato, cuanto
mayor es Km menor es la afinidad (predominan las formas E y S libres), cuanto menor
es Km mayor es la afinidad (predomina la forma ES).
 d. Un estudio de la cinética de una reacción química
generalmente se lleva a cabo con uno o los dos objetivos
principales: Análisis de la secuencia de pasos elementales que
dan lugar a la reacción general. es decir, el mecanismo de
reacción y la determinación de la velocidad absoluta de la
reacción y sus pasos. ¿Que consisten?

Rta /

Para estudiar la cinética enzimática se mide el efecto de la

concentración inicial de sustrato sobre la velocidad inicial
de la reacción, manteniendo la cantidad de enzima constante.
Si representamos v0 frente a [S]0 obtenemos una gráfica como
la de la Figura de la derecha. Cuando [S]0 es pequeña, la
velocidad inicial es directamente proporcional a la
concentración de sustrato, y por tanto, la reacción es de
primer orden. A altas [S]0, el enzima se encuentra saturada
por el sustrato, y la velocidad ya no depende de [S] 0. En este
punto, la reacción es de orden cero y la velocidad es máxima
(Vmax).

e. Determine la velocidad máxima y el km, para los siguientes

datos a través del método de Método de Lineweaver –Burk.
Para esta actividad realice el cálculo de los valores que se
presenta, por el método de Lineweaver – Burk - Calcule los
recíprocos de la actividad enzimática y concentración de
sustrato y grafique 1/v como función de 1/ [S].
 [S] µM V µM/min 1/Vo 1/[S]
30 0,441 1
30 0,440
50 0,680
50 0,683
75 0,978
75 0,998
100 1,144
100 1,152
125 1,468
125 1,427
300 2,435
300 2,624
600 3,532
600 3,311
900 3,761
900 3,606
1000 3,649
1000 3,797

[S] concentración del sustrato y Vo es la velocidad inicial.

El análisis de Lineweaver-Burk plantea la necesidad de trabajar

con los valores inversos, es decir (1/Vo y 1/[S]).
m: Es la pendiente de la recta
b: Es el intercepto con el eje y. Esto significa que el análisis de
estimación lineal arroja una ecuación de la siguiente forma: y =
mx + b (Línea recta). las variables del caso son: 1/Vo = m y
1/[S] = b
 6. ¿Qué son las vitaminas? Investigue cómo se integra la vitamina
a la enzima y a la regulación enzimática.

RTA/
Son un tipo de encima llamado APOENCIMA, Las cuales por su
estructura es orgánica es denominada COENCIMA, la cual cabe resaltar
que no son proteicas. En general son otro grupo de biocatalizadores
indespensables para el buen funcionamiento del metabolismo.

¿cómo se integra la vitamina a la enzima y a la regulación enzimática?.

Rta / Cofactores y coenzimas

Muchas enzimas no funcionan de manera óptima, o incluso no funcionan en absoluto, a

menos que estén unidas a otras moléculas auxiliares no proteicas conocidas
como cofactores. Estos pueden unirse temporalmente a la enzima a través de enlaces
iónicos o de hidrógeno, o permanentemente mediante enlaces covalentes más fuertes. Entre
los cofactores comunes están los iones inorgánicos como el hierro \text {(Fe}^{2+})
(Fe2+)start text, left parenthesis, F, e, end text, start superscript, 2, plus, end superscript,
right parenthesis y el magnesio (\text {Mg}^{2+})(Mg2+)left parenthesis, start text, M, g,
end text, start superscript, 2, plus, end superscript, right parenthesis. Por ejemplo, la enzima
que hace las moléculas de ADN, la ADN polimerasa, necesita iones magnesio para
funcionar.^44start superscript, 4, end superscript

Las coenzimas son un subconjunto de cofactores que son moléculas orgánicas (basadas en

el carbono). La fuente más común de coenzimas son las vitaminas de la dieta. Algunas
vitaminas son precursores de coenzimas y otras actúan directamente como coenzimas. Por
ejemplo, la vitamina C es una coenzima de varias enzimas que participan en la construcción
de la proteína llamada colágena, una parte clave del tejido conectivo.
 1. Las enzimas son muy sensibles a las variaciones de temperatura
y pH.
a. En el gráfico 1, indique ¿Qué sucede con la enzima cuando la
temperatura está en el punto A?

Rta/ En este grafico la encima se encuentra en el punto

equlibrado perfecto para empezar su proceso de reacción
química, el cual permite acelerar su proceso en una cantidad
mínima de gasto energético.

b. ¿Cómo afecta a la enzima la temperatura en el punto B ?

Rta/ en el punto B la encima no aguanta la presión y mueren,
permitiendo así no hacer el proceso encima tico. perdiendo la forma
enzimática.

Gráfico 1. Velocidad de la reacción vs temperatura.

 c. Del gráfico 2 indique ¿Qué significa las crestas de la actividad
al 100%?
d. ¿Qué tipos de enzimas realizan su actividad catalítica en los
distintos pHs que indican las gráficas?

Gráficos 2. Actividad de las enzimas en diversos valores de pH

2 Ejercicio 2. Bioenergética

A partir de las referencias estudiadas en la unidad 2

Feduchi, E. (2014). Bioquímica: Conceptos esenciales (2ª edición).
Madrid. Médica Panamericana, S.A.
Torres, G. (2011). Módulo de bioquímica. Universidad Nacional Abierta y
a distancia UNAD.
Durante la descomposición de las moléculas de los alimentos, estas
funcionan como donantes de electrones durante la oxidación. El
producto de la energía obtenida es más bajo que el de la molécula
donante. De otra parte, la energía es almacenada para su uso
posterior. Teniendo en cuenta lo anterior, responda las siguientes
preguntas:

1. El potencial de reducción se da para ganar electrones y la

oxidación para perder electrones. Las moléculas bioquímicas
varían su actividad para ganar o perder electrones.

a. ¿Cómo la energía libre liberada durante la oxidación de la

glucosa a CO2 se conserva en las coenzimas reducidas a NADH
y FADH2?

b. ¿Cómo se da las reacciones de óxido reducción en los

nucleótidos de nicotinamida cómo el nicotinamida adenín
dinuclecleótido(NAD)?

c. ¿Cómo se forma una molécula de FADH2 a partir de FAD?

d. ¿Cómo se convierte el adenosín difosfato (ADP) en adenosín

trifosfato (ATP)?

e. En la siguiente reacción NADH+H+ ¿Cuál es el papel del ión de

hidrógeno?

2. ¿Cómo se obtiene la energía de los seres vivos, a través del ATP

(adenosín trifosfato)?
 a. ¿Cuántas moléculas de Adenosina trifosfato ATP, se forman en
la glucólisis?
b. ¿Cuántas moléculas de adenosina trifosfato se producen en la
cadena transportadora de electrones?

3. Algunas enzimas requieren de un complemento para desempeñar

la función enzimática.
a. ¿Cuál es la función y el nombre de los cationes metálicos de
importancia en la actividad enzimática de algunas enzimas?
b. ¿Consulta sobre 5 de estos cationes metálicos y sobre que
enzimas actúan?
c. La enzima se puede unir a una molécula orgánica, ¿cómo se
denominan? Y consultar sobre la función que cumplen en las
enzimas y dar ejemplos
d. Realice la descripción de las enzimas y su constitución como
holoenzimas. Sus mecanismos de acción y los factores que
afectan la actividad.