Protocolo Coronavirus SARS CoV 2 Es

PROTOCOLOS DE VIGILANCIA EPIDEMIOLÓGICA
PROTOCOLOS DE VIGILANCIA EPIDEMIOLÓGICA

CORONAVIRUS
SARS-COV-2
ESTRATEGIA DE VIGILANCIA Y CONTROL
FRENTE A COVID-19 TRAS LA FASE
AGUDA DE LA PANDEMIA
ADAPTACIÓN DE LOS PROTOCOLOS DE LA RED NACIONAL DE

VIGILANCIA EPIDEMIOLÓGICA (RENAVE)
Este protocolo está en revisión permanente en función de la evolución y nueva
información que se disponga sobre la infección por el nuevo coronavirus (SARS-CoV-2)
1 DE ABRIL DE 2022
1
Pr otocolo de v igilanci a de coronavirus SARS-CoV-2
A. CONTEXTO Y JUSTIFICACIÓN..................................................................................................................... 4
B. DEFINICIONES ............................................................................................................................................ 7
C. OBJETIVOS ................................................................................................................................................. 8
D. SISTEMAS DE VIGILANCIA DE LA COVID-19 .............................................................................................. 9
E. ACTUACIONES ANTE PERSONAS CON SÍNTOMAS COMPATIBLES .........................................................10
F. ACTUACIONES ANTE CASOS CONFIRMADOS .........................................................................................12
G. ESTUDIO Y ACTUACIONES ANTE CONTACTOS ESTRECHOS ....................................................................13
H. ACTUACIONES EN ÁMBITOS ESPECÍFICOS ..............................................................................................13
I. INDICADORES PARA LA VALORACIÓN DEL RIESGO ................................................................................17
BIBLIOGRAFÍA ..................................................................................................................................................20
ANEXO 1. ENCUESTA PARA NOTIFICACIÓN DE CASOS CONFIRMADOS DE COVID-19 A NIVEL ESTATAL 23
ANEXO 2. IDENTIFICACIÓN DE VARIANTES CIRCULANTES DEL SARS-COV-2: INTEGRACIÓN DE LA
SECUENCIACIÓN GENÓMICA EN LA VIGILANCIA ................................................................................ 25
ANEXO 3. OTROS INDICADORES EPIDEMIOLÓGICOS Y DE CAPACIDAD ............................................... 27
ANEXO 4. MANEJO DE LOS MOVIMIENTOS DE LOS PACIENTES DE “ÁREAS COVID” A “ÁREAS NO COVID”
EN EL HOSPITAL ............................................................................................................................... 29
ANEXO 5. PRUEBAS DIAGNÓSTICAS PARA LA DETECCIÓN DE SARS-COV-2 .......................................... 30
2
PUNTOS CLAVE EN LA ACTUALIZACIÓN DE LA ESTRATEGIA

Los altos niveles de inmunidad alcanzados en la población española han determinado un cambio en la
epidemiología de la COVID-19 que apoya la transición hacia una estrategia diferente que vigile y dirija las
actuaciones a personas y ámbitos de mayor vulnerabilidad y monitorice los casos de COVID-19 graves y en
ámbitos y personas vulnerables. Este cambio de aproximación a la vigilancia y control de la COVID-19 implica
aceptar un cierto nivel de transmisión del SARS-CoV-2 en poblaciones vacunadas y jóvenes en las que la
infección tiene un impacto poblacional menor en términos de gravedad.
VIGILANCIA de COVID-19
- Se vigilarán los casos confirmados en personas con factores de vulnerabilidad o asociadas ámbitos
vulnerables y los casos graves. El diagnóstico de pacientes con síntomas leves compatibles con COVID-19
se realizará según las necesidades de manejo clínico del mismo.
- La vigilancia en esta fase de transición dará paso a un sistema consolidado de vigilancia de las infecciones
respiratorias agudas que deberá integrar los sistemas de vigilancia centinela.
CONTROL
- Los casos confirmados deben extremar las precauciones y reducir todo lo posible las interacciones
sociales, utilizando de forma constante la mascarilla y manteniendo una adecuada higiene de manos
durante los 10 días posteriores al inicio de síntomas o en el caso de personas asintomáticas, a la toma de
muestra.
- No es obligatoria la cuarentena de los contactos estrechos de casos confirmados.
- En ámbitos vulnerables, como centros sanitarios asistenciales o sociosanitarios se podrán implementar
medidas específicas de aislamiento y control.
Las propuestas incluidas en este documento, tras información al Comité de Seguridad Sanitaria, se han
comunicado y valorado conjuntamente con el Centro Europeo de Control de Enfermedades y se han
establecido los mecanismos para garantizar la coordinación con la vigilancia a nivel europeo y la correcta
inclusión de la información generada en España en los informes y documentos de seguimiento de la
pandemia en la Unión Europea.
Las estructuras extraordinarias de vigilancia y control puestas en marcha durante la pandemia se
mantendrán operativas para monitorizar indicadores clave que permitan detectar precozmente cambios
en la situación que puedan requerir reimplantar medidas de control.
Esta estrategia seguirá en vigor mientras no se produzca un cambio significativo en la tendencia que
indique una circulación controlada del SARS-CoV-2 o bien un cambio en la situación epidemiológica que
requiera reestablecer medidas de vigilancia y control a propuesta de la Ponencia de Alertas y Planes de
Preparación y Respuesta.
3
A. CONTEXTO Y JUSTIFICACIÓN
La pandemia de COVID-19 ha tenido un gran impacto en la salud de la población, así como implicaciones
importantes en todos los sectores de la sociedad y en la vida cotidiana de los/as ciudadanos/as (1–4). La
sexta onda, causada fundamentalmente por la variante Ómicron, presenta características diferentes a
las ondas previas.
La alta cobertura de vacunación, las características de Ómicron, y la mayor realización de pruebas

diagnósticas han contribuido al impacto observado de la pandemia en esta sexta ola: una elevadísima
incidencia con una mayoría de casos con síntomas leves o asintomáticos, una presión muy alta sobre los
sistemas de atención primaria y salud pública y un porcentaje de ocupación hospitalaria y de camas de
UCI muy inferior al esperado comparado con lo que se ha producido en el resto de la pandemia (5,6,7,8).
En la actualidad, más del 92% de la población española mayor de 12 años se encuentra vacunada con
pauta completa (9). La evidencia actual indica que las diferentes vacunas contra la COVID-19 tienen una
efectividad muy alta para reducir las formas moderadas y graves de la enfermedad así como la letalidad.
Sin embargo, las vacunas, aunque reducen la probabilidad de infección, son menos eficaces para evitar
de forma completa la replicación del virus en la mucosa de las vías respiratorias superiores del sujeto
vacunado por lo que es posible la transmisión a partir de personas vacunadas que se hayan infectado
incluso si la enfermedad es leve o asintomática (10,11). Esta circunstancia impide plantear en la situación
actual el objetivo de eliminación del virus de nuestro territorio y debemos dirigir los esfuerzos a reducir
el impacto en cuanto a gravedad de las infecciones tratando de mantener un nivel de transmisión
controlable que no genere una sobrecarga excesiva en el sistema sanitario asistencial
Con el aumento de la cobertura de vacunación y la inmunidad generada a partir de infecciones naturales,

se considera que la mayoría de la población está protegida contra la COVID-19 grave. Los datos muestran
que la protección se ha mantenido incluso frente a una variante lo suficientemente diferente a las
anteriores desde el punto de vista antigénico como para producir altísimas incidencias en la población
con inmunidad previa, como es la variante Ómicron.
Sin embargo, todavía habrá sectores de la población que seguirán siendo vulnerables pudiendo
desarrollar cuadros graves, como las personas de edad avanzada, las personas con enfermedades
subyacentes graves y los inmunocomprometidos que no hayan desarrollado una inmunidad suficiente
contra el SARS-CoV-2. Los esfuerzos deben centrarse en la protección de estas personas con
intervenciones tanto farmacológicas (dosis de refuerzo de vacuna si es necesario y acceso temprano a
tratamientos antivirales) como no farmacológicas (10). Los datos de vigilancia de buena calidad en la
comunidad también permitirían la implementación específica de medidas preventivas en ámbitos y
grupos vulnerables.
A este contexto epidemiológico y de cobertura de vacunación se asocia el hecho de que en los últimos
meses se ha extendido el uso de pruebas diagnósticas autoadministradas que están disponibles en
farmacias sin prescripción médica, afectando de forma importante las capacidades del sistema sanitario
para detectar y controlar los casos leves o asintomáticos auto-diagnosticados.
La disminución observada en la gravedad de los casos notificados y la necesidad de garantizar una

asistencia de calidad a aquellos individuos que presenten patologías que requieran atención sanitaria,
pone de manifiesto la necesidad de generar otro tipo de vigilancia de la COVID-19, que no busque
exhaustividad en la detección de infectados pero que permita continuar detectando cambios en la
pandemia que requieran la toma de medidas adicionales sin saturar el sistema sanitario (12–16).
4
En esta fase de la pandemia, esta nueva vigilancia debe centrarse en los ámbitos y grupos vulnerables y
en los casos graves, reforzando la capacidad de detección de variantes de interés y de preocupación e
incorporando sistemas complementarios como la detección de virus SARS-CoV-2 en aguas residuales
(17–19) o el seguimiento de las incapacidades laborales temporales. De forma paralela, debe reforzarse
el desarrollo de los sistemas de vigilancia centinela de virus respiratorios incluyendo al SARS-CoV-2 para
fortalecer nuestra capacidad de respuesta ante éste y otros virus (20). Se mantendrá y mejorará la
información proporcionada por los laboratorios de microbiología en cuanto a la realización de pruebas
diagnósticas (SERLAB), el seguimiento de los casos con clínica compatible a partir de los registros de
atención primaria y la información facilitada por los hospitales sobre la ocupación de camas COVID tanto
de hospitalización general como de UCI. La información que proveerán los diferentes sistemas debe
permitir la evaluación de algunos indicadores que faciliten un seguimiento adecuado de la situación
epidemiológica a la vez que favorezcan adaptar y flexibilizar las medidas de control.
La COVID-19 en la población infantil es una enfermedad generalmente leve con una evolución clínica
favorable y los casos graves siguen siendo la excepción (21–24). Más allá de su impacto directo, la
pandemia de COVID-19 ha afectado la salud física y mental y el bienestar de esta población infantil (25–
27). Otros factores, como la interrupción de importantes actividades sociales y educativas cotidianas o
el impacto sobre la conciliación familiar y laboral deben considerarse en relación a esta población.
En esta etapa de transición, la estrategia diagnóstica estará dirigida a la realización de pruebas en

personas con síntomas compatibles con COVID-19 grave o factores de vulnerabilidad que pueden
beneficiarse de un tratamiento temprano. El diagnóstico y vigilancia de las personas que tienen contacto
con poblaciones vulnerables, como trabajadores en centros sanitarios asistenciales y sociosanitarios,
además de ayudarnos a proteger a esas poblaciones, nos permitirá evaluar el nivel de circulación del
virus en la comunidad, evaluar los cambios en la gravedad y detectar de forma temprana posibles
aumentos estacionales de casos. Es necesario, además, obtener muestras para la detección temprana
de cambios en el virus que podrían afectar a los programas de vacunación y las medidas de contención
pandémica.
La indicación de aislamientos, en esta fase, se limita, por tanto, a entornos muy concretos, en los que
las prácticas de prevención y control son clave para mitigar los efectos de COVID-19 en términos de
morbilidad, mortalidad y carga de atención sanitaria. Del mismo modo, en esta fase de transición, no se
proponen cuarentenas en los contactos y se dirigen las actuaciones hacia la recomendación de medidas
preventivas que, una vez más, sirvan para proteger específicamente a la población más vulnerable. En
el mismo sentido, y con el obtejitvo también de recuperar la normalidad asistencial, no se considera
necesario de manera general la realización de cribados en centros sanitarios previos al ingreso o a
determinadas actuaciones asistenciales. En cualquier caso, los centros hospitalarios podrán considerar
el uso de cribados en situaciones específicas y con el objetivo de proteger a los pacientes vulnerables a
criterio de los responsables de control de la infección.
Por todo lo expuesto, se ha adaptado la estrategia general seguida hasta ahora pasando a vigilar el
impacto de la enfermedad en personas vulnerables, hospitalizaciones y fallecimientos y monitorizar los
cambios que puedan generar una modificación en las tendencias favorables que se están observando
en este momento. Esta estrategia de vigilancia, prevención y control reduce la presión sobre los casos
leves o asintomáticos y sus contactos.
La transición más allá de la fase aguda es un punto de inflexión importante en la pandemia de la COVID-
19. En muchos aspectos, pasar a una fase centrada principalmente en la gestión de casos graves y
ámbitos y grupos vulnerables es una decisión de gestión de riesgos, basada principalmente en evaluar
qué niveles de riesgo residual son aceptables para la sociedad, sopesando el impacto social de las
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medidas de control de COVID-19 y la disminución observada en la gravedad de la enfermedad de COVID-

19.
Sin embargo, no se puede suponer que Ómicron será la última variante de preocupación del SARS-CoV-
2. Durante 2022 y los próximos años, podrían surgir variantes con diferentes características de
transmisibilidad, escape inmunológico y gravedad (13). Durante esta fase transitoria se deben
conservar, por lo tanto, las estructuras extraordinarias de vigilancia y control desarrolladas durante la
pandemia y garantizar que se podrían reactivar por parte de las CCAA y la administración general de
Estado en caso necesario. Es importante tener presente esta reversibidad de la estrategia en caso de
necesidad, ya sea por una peor evolución de los indicadores de gravedad o por la aparición de nuevas
variantes que condicionen esta evolución.
Puesta en marcha de la estrategia
Las propuestas incluidas en este documento, tras información al Comité de Seguridad Sanitaria, se han
comunicado y valorado conjuntamente con el Centro Europeo de Control de Enfermedades y se han
establecido los mecanismos para garantizar la coordinación con la vigilancia a nivel europeo y la correcta
inclusión de la información generada en España en los informes y documentos de seguimiento de la
pandemia en la Unión Europea.
Esta estrategia seguirá en vigor mientras no se produzca un cambio significativo en la tendencia que
indique una circulación controlada del SARS-CoV-2 o bien un cambio en la situación epidemiológica que
requiera reestablecer medidas de vigilancia y control a propuesta de la Ponencia de Alertas y Planes de
Preparación y Respuesta.
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B. DEFINICIONES
A efectos de esta estrategia, se considerarán las siguientes definiciones:
Ámbitos vulnerables: centros sanitarios asistenciales, centros sociosanitarios y centros de día que
prestan asistencia sociosanitaria, centros penitenciarios y otros centros con personas institucionalizadas
(únicamente en los que mayoritatiamente haya personas de los grupos vulnerables).
Personas relacionadas con ámbitos vulnerables: Personas que residen o son usuarias, están ingresadas
o trabajan en ámbitos vulnerables, así como trabajadores/as que prestan apoyo y cuidado a personas
vulnerables.
Grupos vulnerables: personas de 60 años o más, inmunodeprimidos por causa intrínseca o extrínseca y
embarazadas.
Inmunodeprimidos por causa intrínseca o extrínseca: receptores de trasplante de progenitores

hematopoyéticos o CAR-T, en los dos años tras el trasplante/tratamiento, en tratamiento
inmunosupresor o que tengan una enfermedad del injerto contra el huésped (EICH),
independientemente del tiempo desde el trasplante; receptores de trasplante de órgano sólido (menos
de dos años o con tratamiento inmunosupresor para eventos de rechazo); inmunodeficiencias primarias:
combinadas y de células B en las que se haya demostrado ausencia de respuesta vacunal; personas que
han recibido en los tres meses anteriores (seis meses en caso de rituximab) fármacos anti CD20 o
belimumab; personas con Síndrome de Down de edad superior a los 40 años.
PDIA: prueba diagnóstica de infección activa. Incluye pruebas basadas en la detección de antígenos y
pruebas basadas en la detección de ARN viral mediante una RT-PCR o una técnica molecular equivalente.
Persona con clínica compatible: persona con síntomas respiratorios agudos consistentes en inicio súbito
en los últimos 10 días de cualquiera de los siguientes síntomas: tos, disnea, dolor de garganta o rinorrea,
con o sin fiebre. Otros síntomas como anosmia, ageusia, diarreas, dolor torácico o cefalea, entre otros,
pueden ser considerados también síntomas de sospecha de infección por SARS-CoV-2 según criterio
clínico.
Caso grave: a efectos de la vigilancia, en este procedimiento, se considerarán casos graves aquellos que
requieran ingreso hospitalario debido a la infección por COVID-19.
Caso confirmado: personas con PDIA positiva. A efectos de vigilancia y notificación a nivel nacional no
se tendrán en cuenta los resultados de los test de autodiagnóstico.
Caso confirmado de reinfección: persona que presenta una nueva PDIA positiva tras una infección
confirmada si han transcurrido al menos 90 días desde la infección previa.
Podrán considerarse también casos de reinfección aquellos en que habiendo transcurrido al menos 30
días desde la infección previa, el resultado de la PDIA sea compatible con una carga viral alta (detección
de antígeno positiva o PCR compatible con carga viral elevada a juicio del laboratorio que realiza la
prueba) o en los que haya evidencia de que se debe a una variante diferente.
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Brote: a efectos de notificación a nivel nacional se considera un brote una agrupación de 3 o más casos
vinculados a ámbitos vulnerables. Se considera brote abierto aquel que ha tenido casos en los últimos
20 días, y cerrado aquel sin casos en los últimos 20 días. Se considera brote activo aquel que haya tenido
casos en los últimos 10 días. La notificación a nivel nacional se realizará cuando se den 3 o más casos
vinculados.
Contacto estrecho: cualquier persona que haya proporcionado cuidados a un caso o haya estado en
contacto con sus secreciones y fluidos: personal sanitario o socio-sanitario que NO haya utilizado las
medidas de protección adecuadas, convivientes o personas que tengan otro tipo de contacto físico
similar o cualquier persona que haya manipulado muestras biológicas sin las debidas medidas de
protección.
De forma general, a nivel comunitario, se considerará contacto estrecho a cualquier persona que haya
estado en el mismo lugar que un caso, a una distancia menor de 2 metros y durante un tiempo total
acumulado de más de 15 minutos en 24 horas. En entornos en los que se pueda hacer una valoración
del seguimiento de las medidas de prevención podrá realizarse una valoración individualizada por el
servicio de prevención de riesgos laborales o el responsable que sea designado para ese fin. A la hora
de establecer el riesgo, se tendrán en cuenta determinadas circunstancias como espacios en que haya
riesgo elevado de generación de aerosoles u otras características personales o sociales del entorno en
que se evalúe la posible transmisión. Para definir contacto estrecho se tendrá en cuenta el último
contacto con un caso confirmado incluyendo los dos días anteriores al inicio de síntomas o a la toma de
muestra si el caso es asintomático.
C. OBJETIVOS
Los objetivos de esta Estrategia son:
- Vigilancia, prevención y control de la infección activa por SARS-CoV-2 y con especial seguimiento de
la evolución epidemiológica en ámbitos y grupos vulnerables.
- Evaluación del impacto de la COVID-19 a partir del análisis de los casos graves y fallecidos.
- Vigilar los cambios de patrones epidemiológicos de la enfermedad así como la aparición de nuevas
variantes que puedan condicionar una peor evolución de la epidemia, para poder tomar medidas de
forma precoz.
- Establecer indicadores de seguimiento que permitan instaurar las medidas de control oportunas en
caso necesario.
- Favorecer la normalización de la asistencia sanitaria tras la fase aguda de la pandemia minimizando
los riesgos.
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D. SISTEMAS DE VIGILANCIA DE LA COVID-19
 Notificación individualizada de casos confirmados de SARS-CoV-2
Los servicios de vigilancia epidemiológica de Salud Pública de las CC.AA. notificarán todos los casos
confirmados tanto en atención primaria como en hospitalaria del sistema público y privado así como de
los servicios de prevención y de los laboratorios de diagnóstico públicos y privados.
Los casos confirmados son de declaración obligatoria en todos los niveles. Desde las unidades de salud
pública de las CC.AA. se notificarán al nivel estatal incluyendo las variables recogidas en el Anexo 1 (en
la notificación de los casos confirmados que no cumplan los criterios de indicación de prueba diagnóstica
del apartado E, será suficiente con incluir las variables básicas de edad y sexo y fecha de diagnóstico).
Del mismo modo, los casos de reinfección son de declaración obligatoria y deben notificarse de nuevo
con los mismos criterios que el resto de casos confirmados.
Se reforzará la secuenciación genómica y su integración en la vigilancia ya que ésta es necesaria para

poder detectar, caracterizar y monitorizar las variantes del SARS-CoV-2. Las especificaciones de esta
vigilancia se encuentran en el Anexo 2.
 Información del SIVIRA (Sistema de Vigilancia de Infecciones Respiratorias Agudas)

Información sobre casos de infección respitatoria aguda en Atención Primaria
Como indicador de la tendencia de casos leves en población general, se utilizará la información derivada
de los códigos de IRAS obtenida de forma automática de los registros de atención primaria (OMI-AP y
otras aplicaciones) de los Servicios de Salud de las CCAA.
El resto de la información derivada del sistema centinela de Infecciones Respiratorias Agudas (IRAS) e
Infecciones Respiratorias Agudas Graves (IRAG) será clave también para el seguimiento de la epidemia.
Este sistema se seguirá desarrollando y será la base de la vigilancia de los virus respiratorios.
 Notificación de brotes de SARS-CoV-2
Las CC.AA. notificarán a nivel central únicamente aquellos brotes con 3 o más casos vinculados a ámbitos
vulnerables, incluyendo: centros sanitarios asistenciales hospitalarios, centros sociosanitarios y centros
de día, centros penitenciarios, entornos de exclusión social y otras instituciones cerradas. Se notificarán
con una periodicidad semanal.
 Sistema Estatal de Resultados de Laboratorio para pruebas diagnósticas de SARS-CoV-2 (SERLAB)
Los laboratorios, públicos y privados, así como los centros, servicios y establecimientos sanitarios que
realicen las pruebas de diagnóstico COVID-19 mediante PCR u otras técnicas de diagnóstico de infección,
continuarán remitiendo diariamente a la autoridad sanitaria de la comunidad autónoma los datos de
todas las pruebas realizadas a través del Sistema de Información establecido por la administración
respectiva. Las Consejerías con competencias en materia sanitaria de las comunidades autónomas
9
recogerán los datos de las pruebas diagnósticas COVID-19 indicadas en su ámbito territorial y remitirán
los mismos al Ministerio de Sanidad a través del sistema de información establecido al efecto.
 Sistema de Información de Capacidad Asistencial Hospitalaria (SICAH)
Se continuará con la recogida de información diaria sobre la actividad hospitalaria utilizando como
fuente de datos los enviados por los hospitales .
Otras fuentes de información
El estudio de los procesos de incapacidad temporal (IT) por COVID-19 y la monitorización del estudio de
aguas residuales se utilizarán como fuentes de información complementarias para la vigilancia del
COVID-19. Este último sistema puede aportar información de utilidad para la identificación y
seguimiento de variantes de interés.
El impacto en la mortalidad de la población se seguirá estudiando en base a la información de mortalidad

diaria por todas las causas que se incluye en el Sistema de Monitorización de la Mortalidad diaria
(MoMo).
E. ACTUACIONES ANTE PERSONAS CON SÍNTOMAS COMPATIBLES
Se indicará la realización de una PDIA en las siguientes situaciones:
Persona con clínica compatible y que cumpla alguno de los siguientes criterios:
- Tenga criterios de vulnerabilidad: 60 años o más, inmunodeprimidos por causa intrínseca o
extrínseca1 y embarazadas.
- Personas relacionadas con ámbitos vulnerables: Personas que residen, acuden, están ingresadas o
trabajan en ámbitos vulnerables (centros sanitarios asistenciales, centros sociosanitarios y centros
de día, centros penitenciarios y otros centros con personas institucionalizadas), así como
trabajadores/as que prestan apoyo y cuidado a personas vulnerables.
- Presentar un cuadro de infección respiratoria aguda de vías bajas que requiera ingreso hospitalario
(preferiblemente diagnosticado por PCR).
1
Receptores de trasplante de progenitores hematopoyéticos o CAR-T, en los dos años tras el trasplante/tratamiento, en tratamiento
inmunosupresor o que tengan una enfermedad del injerto contra el huésped (EICH), independientemente del tiempo desde el trasplante;
receptores de trasplante de órgano sólido (menos de dos años o con tratamiento inmunosupresor para eventos de rechazo);
inmunodeficiencias primarias: combinadas y de células B en las que se haya demostrado ausencia de respuesta vacunal; personas que han
recibido en los tres meses anteriores (seis meses en caso de rituximab) fármacos anti CD20 o belimumab; Síndrome de Down de edad superior
a los 40 años.
10
- Que se tenga constancia de que haya estado en los últimos 14 días en una región en la que esté
circulando una variante de interés o de preocupación que no haya mostrado circulación
comunitaria en nuestro territorio2 y población migrante irregular de reciente llegada a España3.
 Si tras un resultado negativo de una PDIA se produjese un emperoramiento del cuadro clínico se
realizará una segunda PDIA, al menos con una separación de 48 horas desde la anterior.
 Las personas que presenten síntomas leves y que no cumplan criterios de indicación de realización
de una prueba diagnóstica deben extremar las precauciones y reducir todo lo posible las
interacciones sociales utilizando de forma constante la mascarilla y manteniendo una adecuada
higiene de manos durante los 10 días posteriores al inicio de síntomas. Se evitará especialmente el
contacto con personas vulnerables y la participación en eventos multitudinarios. Siempre que sea
posible y en caso de que no sea susceptible de una incapacidad temporal por su sintomatología, se
recomienda el teletrabajo.
 Se recomienda que la persona que presente síntomas leves y que cumpla criterios de indicación de
realización de una prueba diagnóstica, se ponga en contacto con el sistema sanitario de su
comunidad o ciudad autónoma y extreme las precauciones reduciendo todo lo posible las
interacciones sociales, utilizando de forma constante la mascarilla y manteniendo una adecuada
higiene de manos hasta que obtenga el resultado de la PDIA.
o Si este fuese positivo, será considerado caso confirmado y se procedería como se indica en
el apartado F.
o Si el resultado fuese negativo, se considera que los síntomas no se deben a la COVID-19 y
ha de seguir las instrucciones que le indiquen desde los servicios sanitarios asistenciales.
 En caso de presentar criterios de gravedad o mala evolución (disnea, fiebre > 38ºC mantenida más
de tres días…) deberá contactar con su médico/a o con el sistema sanitario observando en todo caso
todas las medidas personales de control de la transmisión y utilizando, si es posible, un medio de
transporte privado en el supuesto de desplazamiento.
Además de las indicaciones de realización de prueba diagnóstica descritas, el/la profesional sanitario
que atienda a un caso con clínica compatible, podrá indicar la realización de una PDIA bajo criterio
clínico. No está indicado realizar una PDIA a las personas que tienen un resultado positivo en un test de
autodiagnóstico si no cumplen alguno de los criterios indicados al inicio de este apartado.
2
El Comité de Coordinación de la Red de laboratorios de secuenciación definirá estas regiones.
3La población migrante irregular se considera también susceptible de realizar PCR no por ser vulnerables en términos de salud, sino por
proceder de países con coberturas de vacunación desconocidas o bajas y desconocer la situación de la circulación de variantes. Esta prueba
formará parte de la Vigilancia de Salud del Migrante en el protocolo inicial de atención sanitaria, vigilancia que incluye el cribado de otras
enfermedades tales como TBC, VIH, hepatitis, etc. En relación a la COVID-19, la gestión de un caso confirmado y de los contactos estrechos
será la misma que para la población general.
11
F. ACTUACIONES ANTE CASOS CONFIRMADOS
 Los casos confirmados deben extremar las precauciones y reducir todo lo posible las interacciones
sociales utilizando de forma constante la mascarilla y manteniendo una adecuada higiene de manos
durante los 10 días posteriores al inicio de síntomas o a la toma de muestra en el caso de las
personas asintomáticas. Se evitará especialmente el contacto con personas vulnerables y la
participación en eventos multitudinarios. Siempre que sea posible y en caso de que no sea
susceptible de una incapacidad temporal, se recomienda el teletrabajo
 Las personas que trabajan en ámbitos vulnerables y los/as trabajadores/as que prestan apoyo y
cuidados a personas vulnerables, no acudirán a su centro de trabajo durante los primeros 5 días
desde el inicio de síntomas o de la toma de muestra en caso de personas asintomáticas. Pasado este
tiempo, y siempre que hayan transcurrido 24 horas de la desaparición de los síntomas, se realizará
una prueba de Ag y si el resultado es negativo podrá volver a incorporarse a su lugar de trabajo. Si
el resultado es positivo podrá repetirse la realización de la misma cada 48 horas hasta obtener un
resultado negativo para poder incorporarse a su lugar de trabajo.
 Los casos hospitalizados deberán estar aislados durante su estancia en el hospital hasta la obtención
de un resultado negativo en una PDIA o una PCR positiva compatible con cargas virales bajas según
establezca el laboratorio que realiza la prueba. En cualquier caso, los/as profesionales responsables
del control de la infección a nivel hospitalario podrán adaptar estas recomendaciones tras la
valoración de cada situación. Si continúa presentando clínica tras el alta hospitalaria, extremará las
precauciones hasta su resolución, reduciendo todo lo posible las interacciones sociales, utilizando
de forma constante la mascarilla y manteniendo una adecuada higiene de manos.
 La indicación de aislamiento hospitalario en absoluto se puede interpretar como prohibición de

acompañamiento, que solo estará limitado en caso de brote en la planta donde se encuentra
ingresada la persona, y nunca en los siguientes supuestos:
a. Parto/Puerperio.
b. Acompañamiento a menores de edad.
c. Final de la vida.
d. Personas con dependencia para las actividades básicas de la vida diaria o personas que
requieran soporte familiar.
e. Pacientes con síndrome confusional y/o agitación.
Las personas acompañantes deberán seguir en todo momento los protocolos establecidos para el
acompañamiento de pacientes COVID-19 de cada centro sanitario.
En lo que respecta a los Equipos de Protección Individual, se seguirán las indicaciones establecidas por
los servicios de prevención de riesgos laborales correspondientes.
12
 Los casos confirmados deberán informar a sus contactos estrechos de su diagnóstico positivo para
que estos observen las medidas de prevención recomendadas en el apartado G.
 En caso de presentar criterios de gravedad o mala evolución (disnea, fiebre > 38ºC mantenida más
de tres días…) deberá contactar con su sistema sanitario, donde se le indicará la conducta a seguir.
 Respecto al manejo de los cadáveres de los casos confirmados, éste se realizará del mismo modo
que el resto de cadáveres de grupo III según la Guía de Consenso sobre Sanidad Mortuoria.
Las autoridades de salud pública podrán establecer actuaciones adicionales respecto al manejo de casos
confirmados cuando así lo consideren necesario en situaciones o ámbitos específicos.
G. ESTUDIO Y ACTUACIONES ANTE CONTACTOS ESTRECHOS

Únicamente se realizará la identificación de contactos estrechos en los ámbitos considerados
vulnerables de acuerdo con la definición establecida en el apartado B. El objetivo es la protección de las
personas pertenecientes a grupos vulnerables y el diagnóstico precoz para el control de la transmisión,
tanto entre las personas vulnerables como a partir de otras personas relacionadas con estos ámbitos.
A los contactos estrechos en estos ámbitos se les indicará la realización de PDIA a los 3-5 días del
seguimiento.
Los contactos estrechos no realizarán cuarentena. Sin embargo, durante los 10 días posteriores a la
última exposición deben extremar las precauciones y reducir todo lo posible las interacciones sociales
utilizando de forma constante la mascarilla y manteniendo una adecuada higiene de manos.
Especialmente se debe evitar el contacto con personas vulnerables. En caso de aparición de síntomas
actuará según se indica en el apartado E.
Las autoridades de salud pública podrán establecer actuaciones adicionales respecto al manejo de
contactos estrechos cuando así lo consideren necesario en situaciones o ámbitos específicos.
H. ACTUACIONES EN ÁMBITOS ESPECÍFICOS
Residencias para mayores y otros centros sociosanitarios

Este apartado es de aplicación en residencias de mayores (incluyendo las congregaciones religiosas en
las que vivan más de 10 personas mayores), y en residencias de personas con gran discapacidad. En
centros de día de personas mayores solo se aplicarán las cuestiones relativas a tiempos de exclusión de
asistencia al recurso de los casos positivos, las relativas a pruebas a personas usuarias que hayan sido
contactos estrechos y las del personal a su vuelta al trabajo tras la infección.
En el caso de otros recursos socio-sanitarios, se seguirán aquellas indicaciones que estén dirigidas a
ámbitos vulnerables.
En el contexto actual, se eliminan las restricciones a las visitas de familiares a los residentes tanto en el
interior como en el exterior del centro. Sí que se deberá realizar un uso adecuado de la mascarilla
durante las mismas. Además de en las visitas, también se recomienda el uso de la mascarilla en los
centros de día y en las residencias cuando en estas últimas se realizan actividades conjuntas en interiores
con diferentes unidades convivenciales.
13
 Actuación ante un caso

Ante la aparición de un/a residente con clínica compatible, se procederá a su aislamiento hasta la
obtención del resultado de la PDIA. Si el resultado es positivo se mantendrá el aislamiento y se procederá
a estudiar los contactos estrechos. Los casos confirmados realizarán un aislamiento de 5 días desde el
inicio de síntomas, o desde la toma de muestra en los casos asintomáticos, finalizando el aislamiento
siempre que hayan transcurrido 24 horas tras la resolución de los síntomas. Tras el fin del aislamiento,
los casos confirmados deben extremar las precauciones en las zonas comunes utilizando la mascarilla
durante los 10 días posteriores al inicio de síntomas o a la toma de muestra en el caso de las personas
asintomáticas. Para aquellas personas con enfermedad grave o inmunosupresión el periodo de
aislamiento se adaptará en función del curso clínico.
Durante su aislamiento, la persona usuaria podrá estar acompañada por sus personas referentes
principales, sin limitación horaria (de acuerdo a las necesidades de organización del centro), debiendo
proporcionar la residencia el EPI necesario.
La sectorización por cohortes, sigue siendo de utilidad en la situación actual, cuando se declara un brote
en un centro sociosanitario dado que ayuda a cortar las transmisión del virus.
 Manejo de contactos
Ante la aparición de un caso en personas residentes o trabajadoras se realizará la identificación de
contactos estrechos. Las personas usuarias que sean contacto estrecho no realizarán cuarentena, pero
se les realizarán dos PDIAS. La primera en el momento de ser identificadas, será un antígeno cuyo
objetivo es descartar el foco de contagio. La segunda PDIA será una PCR y se realizará el 4º día tras el
último contacto de riesgo con el caso positivo. Las personas usuarias que hayan sido contacto estrecho
deberán hacer uso de mascarilla, mantener la distancia en lugares comunes y estar en espacios bien
ventilados durante los 7 días posteriores al último contacto. Durante estos 7 días, los contactos
estrechos podrán recibir visitas de sus familiares en los centros, preferiblemente en el exterior, pero
también podrán realizarse en el interior del centro. A los trabajadores contacto estrecho se les realizará
una PDIA a los 3-5 días de la exposición.
 Personas trabajadoras
El personal socio-sanitario en el que se confirme la infección no acudirá a su centro de trabajo durante
los primeros 5 días desde el inicio de síntomas o de la fecha de la toma de muestra en caso de personas
asintomáticas. Pasado este tiempo, y siempre que hayan transcurrido 24 horas de la desaparición de los
síntomas, al personal que tiene contacto directo con los residentes se le realizará una prueba de Ag y si
el resultado es negativo podrá volver a incorporarse a su lugar de trabajo. Si el resultado es positivo se
podrá repetir la realización de la misma cada 48 horas. El resto del personal se podrá incorporar a partir
del quinto día si han desaparecido los síntomas.
En lo que respecta a los Equipos de Protección Individual, se seguirán las indicaciones establecidas por
los servicios de prevención de riesgos laborales correspondientes. De cara a evitar la posible trasmisión
de la enfermedad COVID-19 a personas vulnerables por parte de personas infectadas asintomáticas, las
personas trabajadoras de instituciones del ámbito sociosanitario utilizarán durante la atención una
mascarilla quirúrgica de tipo IIR y extremarán la higiene de manos en su práctica de trabajo diario.
14
La protección respiratoria recomendada para los profesionales que pueda estar en contacto a menos de
2 metros con usuarios casos probables o confirmados de COVID-19 es una mascarilla autofiltrante tipo
FFP2 y, si hay contacto directo con el paciente, el equipo de protección individual incluirá también,
guantes y bata impermeable. Si se prevén salpicaduras se utilizará además, gafas o pantalla facial. Por
otro lado, se recuerda que la colocación de la mascarilla quirúrgica a un usuario con sintomatología
respiratoria supone la primera medida de protección para la persona trabajadora.
 Nuevos ingresos
Cuando se produzca el ingreso de una nueva persona usuaria en una residencia, se le hará previamente
una PCR. En caso de que esto no sea posible, se realizará una prueba de antígeno en el propio centro. Si
la PDIA es negativa, la persona usuaria se incorporará a la vida normalizada del centro.
Centros penitenciarios y otras instituciones cerradas.
Se seguirá lo establecido en el protocolo específico.

Centros educativos
En el ámbito educativo no se establecerá ninguna actuación ni medidas específicas dirigidas a casos o
contactos diferentes a las definidas en esta estrategia. Los aspectos organizativos de los centros
educativos se describen en el documento “Protocolo general. Medidas preventivas frente a Covid-19 en
centros educativos de la CAPV para el curso 2021-2022”
Otros centros de trabajo
En el resto de lugares de trabajo no se establecerá ninguna actuación ni medidas específicas dirigidas a
casos o contactos diferentes a las definidas en esta estrategia. Las medidas de prevención se describen
en el “Procedimiento para los servicios de prevención de riesgos laborales frente a la exposición al SARS-
CoV-2”.
Centros sanitarios:
No se considera necesaria, de manera general, la realización de cribados previos al ingreso o a
determinadas actuaciones asistenciales. En cualquier caso, los centros hospitalarios podrán considerar
el uso de cribados en situaciones específicas y con el objetivo de proteger a los pacientes vulnerables a
criterio de los responsables de control de la infección.
15
Figura 1. Algoritmo de manejo de casos leves.
16
I. INDICADORES PARA LA VALORACIÓN DEL RIESGO
El objetivo de los indicadores comunes y los criterios para su interpretación en el Sistema Nacional de
Salud es que permitan realizar una evaluación homogénea dirigida a detectar cambios en la situación
epidemiológica con un impacto en el sistema asistencial, que hagan necesaria la implementación de
medidas de vigilancia o de control específicas.
La decisión de escalar o desescalar en la intensidad de las actuaciones de respuesta debe venir guiada
por una evaluación del riesgo en el contexto del Sistema de Alerta Precoz y Respuesta Rápida. Esta
evaluación de riesgo debe ser un proceso continuo que determine en qué escenario se encuentra el
territorio evaluado y detecte de forma temprana señales de que el escenario puede estar cambiando.
La evaluación de riesgo debe considerar las características específicas de la unidad territorial que se
está evaluando: comunidad autónoma, provincia, isla, municipio, departamento, área de salud, zona
básica de salud o equivalente, teniendo en cuenta la concurrencia de circunstancias específicas. En dicha
evaluación se tendrán en cuenta los indicadores relativos a la situación epidemiológica y la capacidad
asistencial, las características y vulnerabilidad de la población susceptible expuesta, y la posibilidad de
adoptar medidas de prevención y control. Las altas coberturas de vacunación que se están alcanzando
deben, además, ayudar a definir con más precisión el nivel de riesgo, sobre todo en periodos en que la
tendencia es descendente.
En la tabla 1 se definen los indicadores principales para la evaluación del riesgo y se establecen umbrales
para determinar si el riesgo es bajo, medio, alto o muy alto en base a cada uno de ellos. Es importante
recalcar que ningún indicador por sí solo es capaz de dar una visión completa de la situación. Además
de estos indicadores, las comunidades autónomas utilizarán todos aquellos que en su contexto
consideren relevantes para realizar esta evaluación. Es fundamental poner estos indicadores en
contexto dependiendo del territorio y las características de la población que se está evaluando, así
como disponer de información detallada de los casos que permita interpretar las dinámicas de
transmisión. En este sentido, en el anexo 3 se incluyen un grupo de indicadores complementarios a los
principales de la tabla 1 que ayudan a valorar y caracterizar la situación.
Además de los indicadores planteados, para evaluar el riesgo de un determinado territorio, se hará una
valoración individualizada de la situación de dicho territorio y se tendrán en cuenta otros posibles
indicadores, incluidos aspectos cualitativos y referentes a equidad en salud y vulnerabilidad social. Para
determinar el nivel de riesgo de un territorio los indicadores deben interpretarse siempre de forma
dinámica y tanto la tendencia como la velocidad de cambio deben tener un peso específico en esta
valoración.
Las comunidades autónomas, en coordinación con el Ministerio, revisarán de manera periódica la

situación epidemiológica en grupos vulnerables para valorar la necesidad de proponer medidas de
control específicas.
17
Tabla 1. Indicadores para la valoración del riesgo
Valoración de riesgo
Fuente de
Indicadores Fórmula de cálculo
Circulación Muy información
Bajo Medio Alto
controlada alto
Evaluación del nivel de transmisión
Casos ≥ 60 años
Incidencia acumulada Declaración
confirmados (por fecha de
de casos con 60 o más >500 a >1500 a individualizada
T2
años diagnosticados
diagnóstico) en 14 días ≤250 >250 a ≤500 >2500 obligatoria
*100.000 / número de ≤1500 ≤2500
en 14 días 1 (SIVIES)
habitantes ≥ 60 años
Casos ≥ 60 años
Incidencia acumulada Declaración
confirmados (por fecha de
de casos con 60 o más individualizada
T4
años diagnosticados
diagnóstico) en 7 días ≤100 >100 a ≤250 >250 a ≤750 >750 a ≤1250 >1250 obligatoria
*100.000 / número de
en 7 días1 (SIVIES)
habitantes ≥ 60 años
Nivel de utilización de servicios asistenciales por COVID-19
Número de camas de
hospitalización ocupadas Declaración al
Ocupación de camas
por casos de COVID / Ministerio de
A1 de hospitalización por ≤2% >2% a ≤5% >5% a ≤10% >10% a ≤15% >15%
2 Número total de camas de Sanidad por las
casos de COVID-19
hospitalización en CC.AA.
funcionamiento
Número de nuevos ingresos
Tasa de nuevas Declaración al
hospitalarios por COVID en
hospitalizaciones por Ministerio de
A1’ 7 días *100.000/ Número ≤5 >5 a ≤15 >15 a ≤30 >30 a ≤50 >50
COVID, por 100.000 Sanidad por las
de habitantes en el
habitantes en 7 días CC.AA.
territorio
Número de camas de
hospitalización ocupadas Declaración al
Tasa de ocupación
por casos de Ministerio de
A1’’ hospitalaria por
COVID*100.000 / Número
≤10 >10 a ≤20 >20 a ≤30 >30 a ≤40 >40 Sanidad por las
100.000 habitantes
de habitantes en el CC.AA.
territorio
Número de camas de
Ocupación de camas cuidados críticos ocupadas Declaración al
de cuidados críticos por casos de COVID / >10% a Ministerio de
A2
por casos de COVID- Número de camas de
≤5% >5% a ≤10% >15% a ≤25% >25% Sanidad por las
≤15%
192 cuidados críticos totales en CC.AA.
funcionamiento
Tasa de nuevas
Número de nuevos ingresos Declaración al
hospitalizaciones en
en UCI por COVID en 7 días Ministerio de
A2’ UCI por COVID, por
*100.000/ Número de
≤0,5 >0,5 a ≤1,5 >1,5 a ≤2,5 >2,5 a ≤3 >3 Sanidad por las
100.000 habitantes en
habitantes en el territorio CC.AA.
7 días
Número de camas de UCI
Declaración al
Tasa de ocupación ocupadas por casos de
Ministerio de
A2’’ UCI por 100.000 COVID*100.000 / Número ≤1 >1 a ≤2 >2 a ≤4 >4 a ≤6 >6 Sanidad por las
habitantes de habitantes en el
CC.AA.
territorio
1Estas IA deberán calcularse con datos consolidados, sustrayendo los días en los que dicha consolidación se considere insuficiente. Para la fecha
de diagnóstico se utilizará la fecha del resultado positivo de la PDIA.

2La Unidad Territorial para este indicador será la provincia, isla o comunidad autónoma según se establezca en cada territorio. Para el cálculo
de camas en funcionamiento se tendrán en cuenta exclusivamente las camas de hospitalización y UCI estructurales y operativas para uso
inmediato por pacientes COVID-19 en el momento de la evaluación tal y como se comunican al Ministerio según la Resolución de 19 de junio
de 2020 por la que se establece la información sobre capacidad asistencial y de necesidades de recursos materiales del sistema sanitario.
Los umbrales de los niveles de riesgo se revisarán periódicamente de acuerdo con la evolución epidemiológica de
la epidemia.
18
Definición de los niveles de alerta
El seguimiento de estos indicadores permitirá valorar los cambios en la situación epidemiológica que
puedan tener un impacto en el sistema asistencial y requieran, en ese caso, establecer nuevas medidas de
vigilancia y control.
Los indicadores del bloque I, complementados con los indicadores del Anexo 3, se utilizarán para el
seguimiento de la evolución de la epidemia. El nivel de alerta se establecerá con los indicadores del
bloque II de la siguiente manera:
Se establecen 5 niveles de alerta (Nivel de alerta 0, 1, 2, 3 y 4) basados en los indicadores de utilización

de los servicios asistenciales. El nivel de alerta estará definido por el indicador de este bloque que tenga
el mayor nivel de riesgo.
19
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https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/guidance-representative-and-targeted-
genomic-sars-cov-2-monitoring
22
ANEXO 1. ENCUESTA PARA NOTIFICACIÓN DE CASOS CONFIRMADOS DE COVID-19 A NIVEL

ESTATAL
Se rellenará un cuestionario por cada infección ocurrida en una persona
1. Infección:
Primera infección confirmada
Reinfección
2. Datos identificativos de la infección:

Identificador de la infección para la comunidad autónoma: ________________
Fecha Clave: _ _ / _ _ / _ _ _ _
3. Datos comunes de la persona:

Identificador personal:_____________________________ (se describe en el metadata)
Sexo: Hombre Mujer
Fecha nacimiento: __ __ / __ __ / __ __ __ __ Edad: ____
4. Lugar de residencia
País______ CC.AA.: __________ Provincia: _________ Código postal: ______
Municipio:_______
5. Datos clínicos
Síntomas SÍ NO
En caso afirmativo indicar la fecha de inicio de síntomas (día, mes, año) __/__/____
6. Especificar la(s) indicación (es) para la realización de la PDIA

Paciente ≥ 60 años ....................................................................................................................
Inmunodeprimido .....................................................................................................................
Embarazada...............................................................................................................................
Trabajadores de ámbitos vulnerables4 ......................................................................................
Residente de Residencia de mayores ........................................................................................
Otros institucionalizados ...........................................................................................................
Persona procedente de país con posible circulación de VOC/VOI no presente en España ......
Otros criterios distintos de los incluidos en la estrategia/Criterio médico
(Excluye todas las demás)
Desconocido (excluye todas las demás)……………………………………………………………………………….
7. Asociado a brote SÍ NO Desconocido
8. Fecha de diagnóstico5 _ _ / _ _ / _ _ _
9. Pruebas diagnósticas positivas

PCR/Técnicas moleculares
4Trabajadores de ámbitos vulnerables: centros sanitarios asistenciales, centros sociosanitarios y centros de día, centros penitenciarios y otros
centros con personas institucionalizada, y otros trabajadores que prestan apoyo y cuidado a personas vulnerables.
5
La fecha de diagnóstico se refiere a la fecha de resultado de la prueba. En caso de disponer de varias fechas se refiere a la
primera fecha de resultado que defina el caso como confirmado.
23
Prueba rápida de antígeno
10. Identificador de la muestra en GISAID ____________________________
11. Tipo de linaje por secuenciación (se describe en el metadata y se revisa de forma continua)
12. Secuenciación asociada a muestreo aleatorio:

SÍ NO
13. Evolución clínica

Ingreso Hospital SÍ NO F. ingreso hospital _ _ / _ _ / _ _ _ _ Fecha de alta_ _ / _ _ / _ _ _ _
Ingreso en UCI SÍ NO F. ingreso UCI __/__/____ Fecha de alta UCI_ _ / _ _ / _ _ _ _
14. Fallecimiento
Fallecimiento por COVID
Fallecimiento por otra causa
Fallecimiento por causa desconocida
Fecha de fallecimiento __/__/____
15. Vacunación:
SÍ NO Desc
En caso afirmativo:
Marca Fecha vacunación
Primera Dosis __/__/____
Segunda Dosis __/__/____
Tercera Dosis __/__/____
Cuarta Dosis __/__/____
Quinta Dosis __/__/____
24
ANEXO 2. IDENTIFICACIÓN DE VARIANTES CIRCULANTES DEL SARS-COV-2: INTEGRACIÓN DE

LA SECUENCIACIÓN GENÓMICA EN LA VIGILANCIA
1. Objetivos (28)
- Identificación precoz de nuevas variantes de SARS-CoV-2 de interés para la salud pública.
- Caracterización genómico-virológica y epidemiológica de las variantes.
- Estimación de la incidencia de las variantes de interés para la salud pública en la población.
2. Fuentes de información
La Red de laboratorios de Secuenciación del SARS-CoV-2 proporciona información sobre la
secuenciación de aislamientos clínicos del virus.
La información obtenida por la Red es complementaria a la generada por otros sistemas de vigilancia
como la vigilancia ambiental del SARS-CoV-2 en aguas residuales (17).
Los sistemas centinela de infección respiratoria aguda en atención primaria (IRAs) y de infección
respiratoria aguda grave (IRAG) de la Red Nacional de Vigilancia Epidemiológica aportan también
información relevante para los objetivos señalados (18).
Además de los resultados de la secuenciación, la información derivada de la realización de pruebas de
PCR específicas para determinadas variantes puede ser de gran utilidad para la toma de decisiones en
salud pública, especialmente al inicio de la circulación de una nueva variante (18).
3. Selección de muestras
Con el fin de tener una muestra representativa de los casos graves y casos en población especialmente
vulnerable se realizará un muestreo aleatorio entre las muestras positivas por PCR en estos grupos.
La proporción de casos secuenciados debería variar en función de la circulación del virus, desde un
mínimo de alrededor del 30% en periodos de alta circulación hasta aproximarse al 100% en periodos
circulación muy baja (18,28).
Además, para detectar la aparición de nuevas variantes y de caracterizar las variantes ya conocidas, se
considerará prioritario realizar secuenciación en los casos que cumplan alguno de estos criterios (18,28):
- Sospecha clínica de implicación de una variante con características fenotípicas diferentes a las
variantes circulantes: de acuerdo con el criterio clínico podrá incluir, por ejemplo, casos graves
en personas sin factores de riesgo.
- Sospecha epidemiológica de implicación de una variante con características fenotípicas
diferentes a las variantes circulantes: de acuerdo con el criterio epidemiológico se podrán
secuenciar casos pertenecientes a brotes con una transmisibilidad o virulencia
extraordinariamente elevadas. En estas situaciones no será necesario secuenciar la totalidad de
los casos, sino los necesarios para establecer la implicación de la nueva variante en el brote (de
forma aproximada, un 10% de las muestras o 4 o 5 casos en el estudio de brotes.
- Casos con vínculos epidemiológicos en los 14 días previos con una región en la que circule una
variante de interés o de preocupación que no muestre transmisión comunitaria en nuestro
territorio y casos en población migrante irregular de reciente llegada a España.
- Sospecha de fallo de los métodos diagnósticos: casos en los que se confirme un resultado
positivo con una técnica de amplificación de ácidos nucleicos (TAAN) que sugiera una carga viral
elevada y resultado negativo mediante otra TAAN o técnicas de detección de antígenos.
- Infecciones prolongadas en pacientes inmunodeprimidos.
25
- Reinfección con último o episodio previo hace menos de 90 días.

4. Notificación de los resultados
Los resultados de los casos secuenciados deberán notificarse al sistema de vigilancia. A efectos de dicha
notificación se tendrán en cuenta los siguientes aspectos:
Las variantes de preocupación (VOC) y las variantes de interés (VOI) serán propuestas y revisadas
permanentemente por el Comité Coordinador de la red de laboratorios de secuenciación y serán
incluidas en SiViEs y difundidas a las CC.AA mediante el metadata correspondiente.
Además del tipo de variante o la mutación, se indicará si la secuenciación se realizó como parte de un
muestreo aleatorio.
26
ANEXO 3. OTROS INDICADORES EPIDEMIOLÓGICOS Y DE CAPACIDAD
Valoración de riesgo
Indicador Fórmula de cálculo Circulación Fuente de información
Bajo Medio Alto Muy alto
controlada
Evaluación del nivel de transmisión
Número de casos confirmados
Tendencia de casos en los días 1 a 7 antes de la Incrementos Incrementos
diagnosticados(interpretar fecha - número de casos Descendente
Oscila sin Incrementos sostenidos sostenidos elevados
siempre en el contexto de confirmados en los días 8 al 14 o estable las Declaración individualizada
la incidencia en el antes de la fecha * 100 /
incrementos sostenidos de bajo intermedios (20-40%) (>40%) o incremento obligatoria (SIVIES)
últimas 4
territorio) en mayores de Número de casos confirmados sostenidos nivel (<20%) o incremento puntual puntual muy
semanas
60 años los días 8 al 14 antes de la importante (>50%) importante (>100%)
fecha
Evaluación de la capacidad de diagnóstico precoz de casos
Número total de pruebas
Tasa de pruebas* Notificación de laboratorios
realizadas
realizadas *100.000 / Número ≥1.500 <1.500 a ≥1.000 <1.000 a ≥800 <800 a ≥600 <600 (SERLAB)
total de habitantes
Número de pruebas con
Positividad de las PDIA por resultados positivo en 7 días en
Notificación de laboratorios
semana en mayores de ≥ 60 años *100 / Número ≤5% > 5 a ≤10% >10 a ≤20% >20 a ≤30% ≥30% (SERLAB)
60 años purebas realizadas en 7 días en
≥ 60 años
Evaluación del nivel de gravedad
Número de ingresos Declaración al Ministerio de
Proporción de ingresos hospitalarios debidos a COVID Sanidad por las CC.AA.
debidos a COVID en 7 días*100/Total de ingresos
≤1% >1% a ≤5% >5% a ≤10% >10% a ≤20% ≥20%
hospitalarios en 7 días
Porcentaje de casos que han ingresado en UCI Declaración individualizada
hospitalizados que *100/ total de casos ≤5% > 5% a ≤10% >10% a ≤20% >20% a ≤30% ≥30% obligatoria (SIVIES).
ingresan en UCI hospitalizados por COVID Información de las CC.AA.
(valorada a los 7 días)
Casos de COVID confirmados
Tasa de mortalidad
por PCR que han fallecido en 7 Declaración individualizada
acumulada en 7 días por
días * 1.000.000 / Número de
≤5 >5 a ≤10 >10 a ≤30 >30 a ≤50 >50 obligatoria (SIVIES)
millón de habitantes
habitantes en el territorio
*Se considera cualquier día de
exceso de mortalidad por todas
Exceso mortalidad por las causas identificado en las
Sistema de monitorización de
todas las causas en las últimas 2 semanas, que pueda ≤1% >1% a ≤3% >3% a ≤13% >13% a ≤25% >25% la mortalidad diaria (MoMo)
últimas 2 semanas* estar incluido en un periodo de
exceso de mortalidad según los
criterios MoMo
27
Centros sociosanitarios
Centros sociosanitarios con
Centros sociosanitarios
brotes nuevos en los últimos 7 Información semanal de
con brotes nuevos los
días *100/ número de centros
≤1% >1% a ≤3% >3% a ≤5% >5% a ≤10% >10% brotes, información ad hoc
últimos 7 días
sociosanitarios
Casos por brote en
de residentes / número de Información semanal de
centros socio-sanitario
brotes en centros
≤5 >5 a ≤10 > 10 a ≤15 > 15 a ≤20 >20 brotes, información ad hoc
últimos 7 días
sociosanitarios últimos 7 días
* Pruebas para el diagnóstico de infección activa (PDIA, incluidas en estrategia diagnóstico) como PCR o pruebas de antígenos
28
ANEXO 4. MANEJO DE LOS MOVIMIENTOS DE LOS PACIENTES DE “ÁREAS COVID” A “ÁREAS
NO COVID” EN EL HOSPITAL
Las pautas de aislamiento serán las siguientes:

 Pacientes no inmunodeprimidos, ingresados en área COVID por otro proceso diferente y
asintomáticos desde el punto de vista de COVID.
 Se puede levantar el aislamiento tras 10 días de la toma de muestra de la primera PDIA positiva,
con traslado a área no COVID sin necesidad de una PDIA negativa.
 Pacientes no inmunodeprimidos, sintomáticos con COVID 19 leve o moderada que no pueden ser
dados de alta o que precisan ingreso.
 Mantener aislamiento durante 10 días desde el inicio de síntomas.
 Se puede levantar el aislamiento siempre que el paciente lleve más de tres días sin fiebre y sin
antitérmicos y con mejoría clínica de los síntomas.
 Sin necesidad de una PDIA negativa.
 Pacientes no inmunodeprimidos con COVID grave no críticos1

 Aislamiento mínimo hasta el día 14 del inicio de la clínica, siempre que lleve al menos tres días
sin fiebre y con mejoría clínica de los síntomas.
 Valorar la realización de una PCR.
 Como norma general, el aislamiento no deberá durar más de 21 días desde el inicio de la clínica.
Los resultados positivos de PCR en días posteriores del mismo ingreso, no supondrán una
prolongación o reinicio del aislamiento
 Pacientes no inmunodeprimidos con COVID 19 críticos6

 Aislamiento mínimo hasta el día 14 de inicio de síntomas, siempre que lleve al menos tres días
sin fiebre y con mejoría clínica de los síntomas
 Y una PCR negativa para traslado a área no COVID
 Como norma general, el aislamiento no deberá durar más de 21 días desde el inicio de la clínica.
Los resultados positivos de PCR en días posteriores del mismo ingreso, no supondrán una
prolongación o reinicio del aislamiento.
 Paciente gravemente inmunodeprimido7 con COVID 19, sintomáticos o asintomáticos

 El manejo de estos pacientes será individualizado y como norma general, será necesario una
PCR negativa para levantar el aislamiento.
Para cualquier duda o aclaración sobre el manejo o las recomendaciones a seguir contactar con el
Servicio de Medicina Preventiva.
6
Según criterio clínico
7
Gravemente inmunodeprimido:
 Hematológicos
 Oncológicos en tratamiento activo
 Trasplantados con tratamiento inmunosupresor
 Tratamiento con corticoides > 20 mg durante 3 semanas o más
 Otros
29
ANEXO 5. PRUEBAS DIAGNÓSTICAS PARA LA DETECCIÓN DE SARS-COV-2
1. Pruebas moleculares: PCR (reacción en cadena de la polimerasa). Es el estándar oro. Detectan el

genoma ARN del virus.
a. Muestra: frotis nasofaríngeo u orofaríngeo. En niños aspirado nasofaríngeo.
b. En caso de resultado positivo podemos estar ante virus completos y por tanto infecciosos o
bien ante la presencia de fragmentos de ARN víricos y por tanto no infecciosos.
c. Elevada especificidad, es decir, pocos falsos positivos.
d. Laboriosa y compleja, se realiza en los laboratorios de microbiología.
2. Pruebas de detección de antígeno. Se basan en la detección de proteínas víricas específicas de SARS-

CoV-2 en la muestra.
a. Muestra: frotis nasofaríngeo
b. En caso de resultado positivo podemos estar ante virus completos y por tanto infectivos o bien
ante la presencia de restos proteicos del virus y por tanto no infectivos.
c. La sensibilidad es generalmente menor que la PCR. La carga viral elevada aumenta la
sensibilidad de la prueba; por este motivo las pruebas de detección de antígenos tienen más
validez en los primeros días que el paciente presenta síntomas.
d. Elevada especificidad, es decir, pocos falsos positivos.
e. Rápidos (<15-20 minutos), no requieren instrumentación, lectura visual, se pueden realizar en
ámbitos fuera del laboratorio de microbiología, siempre bajo supervisión del mismo.
3. Pruebas serológicas: detección de anticuerpos. Detectan la respuesta inmunitaria del organismo

frente al virus.
a. Muestra: sangre
b. La detección de anticuerpos demuestra que la persona ha estado en contacto con el virus y su
sistema inmunitario ha reaccionado produciendo anticuerpos
c. No equivale siempre a infección activa.
d. Se realizan en los laboratorios de microbiología.
En todo caso, el diagnóstico de la infección no solo se basa en una o varias pruebas microbiológicas y el
criterio médico debe integrarlas con la clínica y el contexto epidemiológico del paciente.
30

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PROTOCOLOS DE VIGILANCIA EPIDEMIOLÓGICA

PROTOCOLOS DE VIGILANCIA EPIDEMIOLÓGICA

ADAPTACIÓN DE LOS PROTOCOLOS DE LA RED NACIONAL DE

Este protocolo está en revisión permanente en función de la evolución y nueva

información que se disponga sobre la infección por el nuevo coronavirus (SARS-CoV-2)

PUNTOS CLAVE EN LA ACTUALIZACIÓN DE LA ESTRATEGIA

La alta cobertura de vacunación, las características de Ómicron, y la mayor realización de pruebas

Con el aumento de la cobertura de vacunación y la inmunidad generada a partir de infecciones naturales,

La disminución observada en la gravedad de los casos notificados y la necesidad de garantizar una

En esta etapa de transición, la estrategia diagnóstica estará dirigida a la realización de pruebas en

medidas de control de COVID-19 y la disminución observada en la gravedad de la enfermedad de COVID-

Puesta en marcha de la estrategia

A efectos de esta estrategia, se considerarán las siguientes definiciones:

Inmunodeprimidos por causa intrínseca o extrínseca: receptores de trasplante de progenitores

Los objetivos de esta Estrategia son:

D. SISTEMAS DE VIGILANCIA DE LA COVID-19

 Notificación individualizada de casos confirmados de SARS-CoV-2

Se reforzará la secuenciación genómica y su integración en la vigilancia ya que ésta es necesaria para

 Información del SIVIRA (Sistema de Vigilancia de Infecciones Respiratorias Agudas)

 Notificación de brotes de SARS-CoV-2

 Sistema Estatal de Resultados de Laboratorio para pruebas diagnósticas de SARS-CoV-2 (SERLAB)

 Sistema de Información de Capacidad Asistencial Hospitalaria (SICAH)

Otras fuentes de información

El impacto en la mortalidad de la población se seguirá estudiando en base a la información de mortalidad

E. ACTUACIONES ANTE PERSONAS CON SÍNTOMAS COMPATIBLES

Se indicará la realización de una PDIA en las siguientes situaciones:

F. ACTUACIONES ANTE CASOS CONFIRMADOS

 La indicación de aislamiento hospitalario en absoluto se puede interpretar como prohibición de

G. ESTUDIO Y ACTUACIONES ANTE CONTACTOS ESTRECHOS

H. ACTUACIONES EN ÁMBITOS ESPECÍFICOS

Residencias para mayores y otros centros sociosanitarios

 Actuación ante un caso

Se seguirá lo establecido en el protocolo específico.

Las comunidades autónomas, en coordinación con el Ministerio, revisarán de manera periódica la

Tabla 1. Indicadores para la valoración del riesgo

de diagnóstico se utilizará la fecha del resultado positivo de la PDIA.

Definición de los niveles de alerta

Se establecen 5 niveles de alerta (Nivel de alerta 0, 1, 2, 3 y 4) basados en los indicadores de utilización

2. Socio-economic impact of COVID-19 | United Nations Development Programme [Internet]. UNDP.

5. World Health Organization. Enhancing response to Omicron (COVID-19 variant B.1.1.529):

6. Ministerio de Sanidad. Circulación de variantes de SARS-CoV-2 de mayor impacto e interés para la

7. Informes COVID-19 [Internet]. [citado 16 de febrero de 2022]. Disponible en:

8. Ministerio de Sanidad - Professionals - Situación actual Coronavirus [Internet]. [citado 16 de

9. Ministerio de Sanidad - Profesionales - Estrategia de vacunación COVID-19 en España [Internet].

15. seimc-dc-2022-Posicionamiento_SEIMC_COVID19.pdf [Internet]. [citado 15 de febrero de 2022].

16. COMUNICADO: Cambio de estrategia en la gestión de la enfermedad COVID-19 [Internet].

17. COMMISSION RECOMMENDATION of 17.3.2021 on a common approach to establish a systematic

21. Du W, Yu J, Wang H, Zhang X, Zhang S, Li Q, et al. Clinical characteristics of COVID-19 in children

23. Hoang A, Chorath K, Moreira A, Evans M, Burmeister-Morton F, Burmeister F, et al. COVID-19 in

25. Bussières E-L, Malboeuf-Hurtubise C, Meilleur A, Mastine T, Hérault E, Chadi N, et al.

ANEXO 1. ENCUESTA PARA NOTIFICACIÓN DE CASOS CONFIRMADOS DE COVID-19 A NIVEL

Se rellenará un cuestionario por cada infección ocurrida en una persona

2. Datos identificativos de la infección:

3. Datos comunes de la persona:

6. Especificar la(s) indicación (es) para la realización de la PDIA

7. Asociado a brote SÍ NO Desconocido

9. Pruebas diagnósticas positivas

Prueba rápida de antígeno

10. Identificador de la muestra en GISAID ____________________________

Fecha de fallecimiento //____