Material Aminoácidos
Material Aminoácidos
Material Aminoácidos
LOS AMINOÁCIDOS
A. ESTRUCTURA
Los aminoácidos (AA) son biomoléculas anfóteras que poseen, al menos, una función
ácida carboxílica (a veces, sulfónica) y una función amina predominantemente primaria y
en posición α. En algunos AA el grupo amino aparece ubicado posiciones β, γ, δ, ó ε. La
mayoría de los AA que participan en estructuras y procesos bioquímicos son α-L-AA en
contraste con los monosacáridos que son mayoritariamente D. Con excepción de glicina,
los AA tienen el carbono α quiral, al cual se enlazan los grupos –NH2, -COOH y el grupo
variable R. Los AA se identifican por simbolismos de una y de tres letras (glicina: G ó Gli).
quiral COOH
(S)
H
R variable
H2N
1) NO POLAR
CH3
H -CH3 -CH(CH3)2 -CH2CH(CH3)2 -CHCH2CH3
Glicina Alanina Valina Leucina Isoleucina
Gli, G Ala, A Val, V Leu, L Ile, I
CH2
-CH2 COOH
-CH2CH2SCH3
N (S)
H N H
Fenilalanina Metionina H Prolina
Fen, F Triptófano Met, M
Trp, W Pro, P
Bioquímica
2
OH
-CH2SH -CH2 OH
-CH2OH -CHCH3
Serina Cisteína Treonina
Ser, S Cis, C Tre, T Tirosina
Tir, Y
O O
3) POLAR (-)
O O
-CH2 O -CH2CH2 O
4) POLAR (+)
CH2-
-CH2CH2CH2CH2NH3 -CH2CH2CH2 H
N NH2
Histidina
Lisina Arginina HN NH His, H
Lis, K NH2
Arg, R
B.- PROPIEDADES
1-. ÁCIDO-BASE
La función ácida y amina se ionizan conforme a su valor de pKa. Algunos grupos R son
ionizables. Las propiedades ácido-base de los AA influyen en las propiedades de todas
aquellas biomoléculas que los contienen. La estructura real de cada AA depende del pH
del medio (pHm) en que está disuelto: a pHm muy bajos los AA tienen carga positiva, a
pHm altos tiene carga negativa y a pHm intermedios pueden estar (+), (-) o neutros, según
los valores de pKa de cada función ionizable. El pHm al cual toda molécula tiene carga
neta de cero se le llama isoeléctrico (pHi ó pI). El valor teórico de pHi se aproxima al
promedio de los valores de pKa que están antes y después de la estructura isoeléctrica
Bioquímica
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(pHi = ½{pKax + pKay}. La magnitud de carga (∆P) de un AA se aproxima a pHi menos pHm.
A continuación algunos valores de pKa de ciertos AA. El resto de valores puede
consultarlos en el texto.
2.09
COOH COO COO COO
(S) 2.09 (S) 3.86
H CH2COOH H
(S) 9.82 (S)
CH2COOH H CH2COO H
3.86 CH2COO
H3N H3N 3.86
H3N H2N
9.82 9.82 9.82
Asp+ Asp o Asp1- Asp2-
Use la ecuación de Henderson y Hasselbalch y Excel para calcular el porcentaje de cada
especie de Asp a los siguientes pHm: 1.0, 2.09, (2.09+3.86)/2, 3.86, 4.5, (3.86+9.82)/2,
9.82 y 12. ¿Qué especies son ácidas, básicas o anfóteras? ¿Qué estructura es
zwitteriónica?.
El pHi es muy útil porque permite:
a) ejecutar valoraciones formol para cuantificar AA.
COO
COO
(S)
(S) + CH2O H CH2COOH + H+
H CH2COOH exceso N
H3N HOH2C
CH2OH
FF OH-std
H2O
b) Hacer precipitaciones fraccionadas por centrifugación a carga cero.
c) Modificar cargas para facilitar separaciones cromatográficas y electroforéticas.
2-. ESTEREOQUÍMICAS.
Con excepción de Gli, los AA son ópticamente activos (capaces de rotar el plano de la
luz polarizada) y su rotación depende del pHm y de la temperatura. A continuación la
actividad específica de algunos α-L-AA:
Bioquímica
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Ala (+1.8), Arg (+12.5), Leu (-11.0), Fen (-34.5), Lis (+13.5), Pro (-36.2) e His (-38.5)
todos a pHm 7 y 20°C. A medida que el pHm cambia, la actividad óptica específica
[α]D20 varía según se observa el comportamiento de histidina.
+10
0
rotación
-10
-20
-30
-40
2 4 6 8 10 12
pH
3.- ESPECTROSCÓPICAS
4-. QUÍMICAS
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a) REDUCCIÓN
Usando un agente reductor marcado con tritio permite monitorear el aminoalcohol
formado por métodos radioisotópicos. El LiB 3H4 introduce 3H en el producto el cual
emitirá partículas β- cuya energía liberada (0.0186 MeV) es medida por centelleo líquido.
(Recuerde que 1 MeV = 3.85X10-14 cal = 1.6X10-13J).
tritio
COOH CH2OH
R R
+ LiB3H4
NH2 NH2
AA Aminoalcohol
CO2
+ ONH4
NH2 O 3 H2O O
(Z)
N
(S) OH
+
R COOH OH O O
H 570 nm
O RCH=O
púrpura
O H2O O H2O
OH
(S)
COOH + N OH
OH
calor
N
H H O
O CO2 440 nm
amarillo-café
O O
ninhidrina/HOAc 560 nm
(Z) N (Z) N O
100°C púrpura
(E) (E)
O O
O
c) o-FTALALDEHIDO (10-12 – 10-15)
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6
NH2 SCH2CH2OH
CHO R
(S)
+ OH
+ HS N CHCOOH
R COOH CHO
H beta-mercaptoetanol
absorbe: 360 nm
emite: 455 nm
fluoresce
d) DANSILACIÓN
O
NH2 SO2Cl O S NHCHCOOH
(S)
R
+
absorbe: 235
R COOH
H emite: 578
N N
NH2 S
Py NH
(S)
+ N C S N (R)
H
R COOH
H O
R
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7
O
NH2 R
O HN O
(S) + R Py
H Cl O (S) +
HOOC H
R HOOC
R
Los AA pueden separarse de mezclas que los contienen recurriendo a técnicas cromatográficas y
electroforéticas. Este tema puede ampliarlo revisando “herramientas de la bioquímica” que
aparecen en el libro de texto.
La fase estacionaria puede fijarse en una matriz de “gel de sílice” o de “celulosa MN 300”. La fase
móvil es mixta y las condiciones del proceso se detallan a continuación:
D C D C
solvente 1
mezcla mezcla
giro 90°
A B A B
solvente 2
El revelado puede hacerse con ninhidrina o por fluorescencia.
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buffer de pH y
fuerza iónica
variable
mezcla de
AA resina de
intercambio
catiónico
receptor
de AA
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c) Electroforesis (EF).
AA pHi ∆P ()
Dada la siguiente placa electroforética y conforme a los datos que aparecen en el cuadro
anterior, ubique la posición relativa de cada AA considerando que la EF se suspende al
alcanzar un 90% del recorrido en la placa.
mezcla
cátodo ánodo
origen
D-. PARTICIPACIÓN EN PROTEÍNAS
La mayoría de los AA se encuentran formando parte de las estructuras de péptidos y de
proteínas. Aunque los péptidos tienen menos de 50 AA, las proteínas poseen muchos AA
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