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LOS AMINOÁCIDOS
A. ESTRUCTURA

Los aminoácidos (AA) son biomoléculas anfóteras que poseen, al menos, una función
ácida carboxílica (a veces, sulfónica) y una función amina predominantemente primaria y
en posición α. En algunos AA el grupo amino aparece ubicado posiciones β, γ, δ, ó ε. La
mayoría de los AA que participan en estructuras y procesos bioquímicos son α-L-AA en
contraste con los monosacáridos que son mayoritariamente D. Con excepción de glicina,
los AA tienen el carbono α quiral, al cual se enlazan los grupos –NH2, -COOH y el grupo
variable R. Los AA se identifican por simbolismos de una y de tres letras (glicina: G ó Gli).

quiral COOH

(S)
H
R variable
H2N

Según las propiedades fisicoquímicas del grupo R, los AA comunes o estándar se

distribuyen en cuatro grupos. Para escribir la estructura completa del AA, enlace el grupo
R al carbono α, por el carbono cuya valencia está disponible. A pH entre 6 y 7, el grupo
ácido está desprotonado, el amino está protonado y los R se ionizan según se muestra en
los siguientes grupos:

1) NO POLAR

CH3
H -CH3 -CH(CH3)2 -CH2CH(CH3)2 -CHCH2CH3
Glicina Alanina Valina Leucina Isoleucina
Gli, G Ala, A Val, V Leu, L Ile, I
CH2

-CH2 COOH
-CH2CH2SCH3
N (S)
H N H
Fenilalanina Metionina H Prolina
Fen, F Triptófano Met, M
Trp, W Pro, P

Nota: la prolina se presenta con su estructura completa, no encaja en la estructura

general.

2) POLAR (sin carga)

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OH
-CH2SH -CH2 OH
-CH2OH -CHCH3
Serina Cisteína Treonina
Ser, S Cis, C Tre, T Tirosina
Tir, Y
O O

-CH2 -CH2CH2 NH2

NH2
Asparagina Glutamina
Asn, N Gln, Q

3) POLAR (-)

O O

-CH2 O -CH2CH2 O

Ácido aspártico Ácido glutámico

Asp, D Glu, E

4) POLAR (+)

CH2-
-CH2CH2CH2CH2NH3 -CH2CH2CH2 H
N NH2
Histidina
Lisina Arginina HN NH His, H
Lis, K NH2
Arg, R

Algunos AA actúan como neurotransmisores (ácido gamma-aminobutírico o GABA,

serotonina, melatonina), como hormonas (tiroxina, ácido indolacético) o como
intermediarios metabólicos (ornitina, citrulina). Investigue sus estructuras y compárelas
con algunos AA estándar.

B.- PROPIEDADES

1-. ÁCIDO-BASE

La función ácida y amina se ionizan conforme a su valor de pKa. Algunos grupos R son
ionizables. Las propiedades ácido-base de los AA influyen en las propiedades de todas
aquellas biomoléculas que los contienen. La estructura real de cada AA depende del pH
del medio (pHm) en que está disuelto: a pHm muy bajos los AA tienen carga positiva, a
pHm altos tiene carga negativa y a pHm intermedios pueden estar (+), (-) o neutros, según
los valores de pKa de cada función ionizable. El pHm al cual toda molécula tiene carga
neta de cero se le llama isoeléctrico (pHi ó pI). El valor teórico de pHi se aproxima al
promedio de los valores de pKa que están antes y después de la estructura isoeléctrica

Bioquímica
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(pHi = ½{pKax + pKay}. La magnitud de carga (∆P) de un AA se aproxima a pHi menos pHm.
A continuación algunos valores de pKa de ciertos AA. El resto de valores puede
consultarlos en el texto.

L-α-AA -COOH -NH3 -R pI

Ala 2.34 9.69 - 6.02
Arg 2.17 9.04 12.48 10.76
Asp 2.09 9.82 3.86 2.98
Asn 2.10 8.84 - 5.47
Cis 1.71 10.78 8.33 5.27
His 1.82 9.17 6.02 7.60

A medida que el pHm varía, el AA alcanza un equilibrio multisimultáneo con

predominancia de unas estructura sobre otras. Véase el caso de ácido aspártico:

2.09
COOH COO COO COO
(S) 2.09 (S) 3.86
H CH2COOH H
(S) 9.82 (S)
CH2COOH H CH2COO H
3.86 CH2COO
H3N H3N 3.86
H3N H2N
9.82 9.82 9.82
Asp+ Asp o Asp1- Asp2-
Use la ecuación de Henderson y Hasselbalch y Excel para calcular el porcentaje de cada
especie de Asp a los siguientes pHm: 1.0, 2.09, (2.09+3.86)/2, 3.86, 4.5, (3.86+9.82)/2,
9.82 y 12. ¿Qué especies son ácidas, básicas o anfóteras? ¿Qué estructura es
zwitteriónica?.
El pHi es muy útil porque permite:
a) ejecutar valoraciones formol para cuantificar AA.

COO
COO
(S)
(S) + CH2O H CH2COOH + H+
H CH2COOH exceso N
H3N HOH2C
CH2OH
FF OH-std

H2O
b) Hacer precipitaciones fraccionadas por centrifugación a carga cero.
c) Modificar cargas para facilitar separaciones cromatográficas y electroforéticas.
2-. ESTEREOQUÍMICAS.

Con excepción de Gli, los AA son ópticamente activos (capaces de rotar el plano de la
luz polarizada) y su rotación depende del pHm y de la temperatura. A continuación la
actividad específica de algunos α-L-AA:

Bioquímica
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Ala (+1.8), Arg (+12.5), Leu (-11.0), Fen (-34.5), Lis (+13.5), Pro (-36.2) e His (-38.5)
todos a pHm 7 y 20°C. A medida que el pHm cambia, la actividad óptica específica
[α]D20 varía según se observa el comportamiento de histidina.

+10
0

rotación
-10
-20
-30
-40

2 4 6 8 10 12
pH

3.- ESPECTROSCÓPICAS

Ningún AA absorbe significativamente en el rango visible (400 – 700 nm)

Todos los AA absorben intensamente en el UV lejano (< 220 nm) con señal difícil de
atenuar. Algunos AA absorben en el UV cercano y aquellas biomoléculas que
contienen estos AA pueden detectarse y cuantificarse.

220 240 258 260 276 280 400 nm A280/A260

todos ninguno 0.8 1.7

Ci-Ci Fen Tir Trp ácido
(d) (d) (m) (f) nucleico debe puri- proteína
ficarse
ácidos pépt/prot
nucleicos
Si la A260/A280 se acerca a 1.80 puede tratarse de ADN y si se aproxima a 1.95 podría ser
ARN.

4-. QUÍMICAS

El comportamiento químico de los AA es variado y complejo ya que poseen variedad de

funciones orgánicas: aminas. alcoholes, fenoles, imidazoles, tioles, sulfuros, guanidinios,
índoles, ácidos, amidas, otros. Sin embargo, algunas reacciones son de importancia

Bioquímica
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bioquímica ya que permiten no sólo detectarlos sino cuantificarlos y a veces, protegerlos

de reacciones colaterales. He aquí algunas reacciones:

a) REDUCCIÓN
Usando un agente reductor marcado con tritio permite monitorear el aminoalcohol
formado por métodos radioisotópicos. El LiB 3H4 introduce 3H en el producto el cual
emitirá partículas β- cuya energía liberada (0.0186 MeV) es medida por centelleo líquido.
(Recuerde que 1 MeV = 3.85X10-14 cal = 1.6X10-13J).

tritio

COOH CH2OH
R R
+ LiB3H4
NH2 NH2
AA Aminoalcohol

b) DESCARBOXILACIÓN OXIDATIVA (NINHIDRINA): pH 5 y 100°C

CO2
+ ONH4
NH2 O 3 H2O O
(Z)
N
(S) OH
+
R COOH OH O O
H 570 nm
O RCH=O
púrpura
O H2O O H2O
OH
(S)
COOH + N OH
OH
calor
N
H H O
O CO2 440 nm
amarillo-café
O O
ninhidrina/HOAc 560 nm
(Z) N (Z) N O
100°C púrpura
(E) (E)
O O
O
c) o-FTALALDEHIDO (10-12 – 10-15)

Bioquímica
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NH2 SCH2CH2OH
CHO R
(S)
+ OH
+ HS N CHCOOH
R COOH CHO
H beta-mercaptoetanol
absorbe: 360 nm
emite: 455 nm
fluoresce

d) DANSILACIÓN

O
NH2 SO2Cl O S NHCHCOOH

(S)
R
+
absorbe: 235
R COOH
H emite: 578
N N

e) REACCIÓN DE EDMAN (Isotiocianato de fenilo: ITF)

NH2 S
Py NH
(S)
+ N C S N (R)
H
R COOH
H O
R

f) N-ACILACIÓN (para proteger grupo amino)

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O
NH2 R
O HN O
(S) + R Py
H Cl O (S) +
HOOC H
R HOOC
R

C-. SEPARACIÓN DE MEZCLAS

Los AA pueden separarse de mezclas que los contienen recurriendo a técnicas cromatográficas y
electroforéticas. Este tema puede ampliarlo revisando “herramientas de la bioquímica” que
aparecen en el libro de texto.

a) Cromatografía en capa fina (TLC, ccf, ccd) 2-D.

La fase estacionaria puede fijarse en una matriz de “gel de sílice” o de “celulosa MN 300”. La fase
móvil es mixta y las condiciones del proceso se detallan a continuación:

MATRIZ FASE MÓVIL PROPORCIÓN v/v pH

1: CHCl3/MeOH(17%)/NH3 2:2:1
GEL DE SÍLICE
2: fenol/H2O 75:25
1: n-BuOH/Me2CO/Et2NH/H2O 10:10:2:5 12
CELULOSA MN 300
2-. i-PrOH/HCOOH(99%)/ H2O 20:1:5 2.5

El siguiente esquema muestra el proceso a seguir.

D C D C
solvente 1

mezcla mezcla

giro 90°
A B A B
solvente 2
El revelado puede hacerse con ninhidrina o por fluorescencia.

b) Cromatografía de intercambio iónico (cii).

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Se realiza a 50°Ccon las siguientes condiciones y resultados. Ver cuadro de datos.

pH Columna (cm) Citrato Na (N) Orden de salida Ve (mL)

3.25 150 0.2 Asp, Tre, Ser, Glu, Pro 225
4.25 150 0.2 Gln,Ala,Cis,Val,Met,Ile,Leu,Tir,Fen 440
5.28 15 0.35 Trp, Lis, His, NH3, Arg 125

Los AA se separan dentro de la columna en función de la atracción o repulsión por parte de la

resina y del arrastre de la fase móvil. Los AA más negativos salen primero dejando a los más
positivos por último, cuando la resina es catiónica. Dentro de cada grupo, la separación
depende de la polaridad, solubilidad y forma molecular de cada AA. Aunque esta
cromatografía se realiza manualmente, el proceso automatizado y programable ha cobrado
popularidad.
La versión de HPLC (High Performance Liquid Chromatography) y UPLC se utilizan con mucha
frecuencia por ser más resolutivas, rápidas, eficaces y sensibles (5 – 10 pmol de AA), aunque
más costosas. La matriz está conformada por partículas más pequeñas, tamaño uniforme y el
empaquetamiento es más fuerte. A su salida de la columna, los AA son transformados en
derivados que después de su detección son cuantificados por métodos que utilizan ITF,
cloruro de dansilo, cloruro de DABS, o-ftalaldehído/β-ME y ninhidrina, entre otros.

buffer de pH y
fuerza iónica
variable

mezcla de
AA resina de
intercambio
catiónico

receptor
de AA

Bioquímica
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c) Electroforesis (EF).

Es el movimiento de especies químicas cargadas cuando son sometidas a un campo eléctrico.

Se utiliza porque posee dos ventajas sobresalientes sobre la cromatografía: no afecta la
estructura nativa de la molécula y es muy sensible a pequeñas diferencias en carga eléctrica,
masa y forma molecular. La EF puede realizarse en papel (celulosa o acetato de celulosa; para
moléculas cuyo PM < 10,000), en capa fina, en gel (de almidón, agarosa y poliacrilamida). El
campo electro aplicado varía desde ≈ 20 V/cm hasta 300 V/cm durante 30 – 90 min.
Indistintamente de la versión de EF que se tenga, el principio es el mismo: las moléculas son
atraídas hacia el electrodo con carga opuesta. La magnitud de carga de la molécula (AA,
péptido o proteína) es ∆P ≈ pHi – pHm. La movilidad electroforética (), o sea, cuánto se
desplaza desde el origen hasta el electrodo correspondiente es:  = -∆P/PM. Si se realizara
una EF a pH 6 para una mezcla que contiene Cis, Glu, Gli y Lis, se observaría lo siguiente:

AA pHi ∆P ()

Lis 9.74 + 3.74 - 0.026

Gli 5.97 - 0.03 + 0.0004

Glu 3.22 - 2.78 + 0.019

Cis 6.02 + 0.02 - 0.00008

Dada la siguiente placa electroforética y conforme a los datos que aparecen en el cuadro
anterior, ubique la posición relativa de cada AA considerando que la EF se suspende al
alcanzar un 90% del recorrido en la placa.

mezcla

cátodo ánodo
origen
D-. PARTICIPACIÓN EN PROTEÍNAS
La mayoría de los AA se encuentran formando parte de las estructuras de péptidos y de
proteínas. Aunque los péptidos tienen menos de 50 AA, las proteínas poseen muchos AA

Bioquímica
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distribuidos en una (monoméricas) ó más (oligoméricas y poliméricas) cadenas peptídicas o

proteicas. La ubicación de cada AA en estas cadenas está determinada por la secuencia de
nucleótidos en los genes de ADN. La diversidad de distribución de AA en proteínas se muestra
en el siguiente cuadro:

Proteína PM # AA # CAD AA/CAD ORGANIZAC.

Insulina 5733 51 2 α(21) αβ
β(30)
Ribonucleasa 12,640 124 1 α(124) α
α(13)
Quimotripsina 22,600 242 3 β(132) αβγ
γ(97)
Glutamina sintetasa 600,000 5616 12 α(468) α12
VMT > 106 332,280 2130 α(156) α2130

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