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v=16V1q4nctdg
Son en la actualidad una poderosa herramienta de análisis de expresión de genes
debido al mayor número de secuencias que se pueden analizar por prueba y tienen
grandes ventajas sobre otras técnicas como la PCR convencional, la RTPCR y la PCR
en tiempo real, en las cuales sólo se pueden analizar un número muy limitado de
genes de manera simultánea, debido a que en la mayoría de los casos que se
requiere montar un ensayo por cada gen a analizar.
Microarreglo se encuentra integrado por dos partes, el
material biológico o sintético denominado como prueba y
el soporte sólido en el cual se inmovilizan o adsorbe el
material biológico; este material puede ser de distintas
naturalezas; entre los materiales más usados encontramos
plástico, vidrio, gel, silicón, membranas porosas y oro.
Los microarreglos pueden clasificarse en dos grandes
grupos:
▪ Los biomicroarreglos (biochips): están constituidos por
material biológico (ácidos nucleicos, enzimas,
anticuerpos, células, tejidos, etc.);
▪ Los microarreglos químicos; consisten en la inmovilización
de moléculas de origen sintético en el soporte.
▪ Los biochips pueden obtenerse de diferentes maneras, las más comunes consisten en la
adsorción o unión química del material obtenido de bibliotecas de genes o de material
aislado y tratado previamente como en el caso de las células, tejidos y proteínas;
▪ Por otra parte también pueden realizarse síntesis «in situ» de las secuencias de nucleótidos o
aminoácidos que quieren colocarse en el soporte.
▪ En la investigación clínica los microarreglos de DNA son los más usados debido a que las
aplicaciones son diversas y bien pueden ajustarse para explorar el perfil de expresión de
genes en un organismo en diferentes circunstancias biológicas y terapéuticas.
▪ Dadas las características de manufacturación de los microarreglos que usan proteínas y DNA,
podemos definirlos de manera operativa como: «una impresión ordenada de material
biológico en una superficie sólida cuya aplicación radica en la evaluación simultánea de
cientos de moléculas en una muestra obtenida a partir de los más diversos sistemas
biológicos».
Microarreglos de DNA

Es importante el tener presente que el trabajo con microarreglos de DNA inicia incluso antes de
tener la muestra problema, la selección de las secuencias, así como el tipo de microarreglo a
emplear, son importantes para que se obtenga el máximo de información posible de acuerdo al
tipo de problema que deseamos abordar.
El trabajo con microarreglos podemos dividirlo en cuatro etapas:
1. Selección del tipo de microarreglo y de las secuencias que se colocarán en el soporte.
2. Obtención de la muestra biológica.
2.1 Purificación del DNA o RNA.
3. Amplificación del material genético (PCR).
3.1 Marcaje de la muestra problema.
4. Hibridación del microarreglo.
4.1 Captura de resultados.
4.2 Análisis de resultados
Elección del blanco de hibridación (tamaño de las secuencias)
• Hablando específicamente de los microarreglos de DNA, se debe tener como principal criterio de
selección el tipo de prueba que se va realizar. Se debe recordar que en este tipo de pruebas se
fundamentan en la capacidad que tiene una cadena de DNA de acoplarse a su cadena complementaria
de DNA (hibridación) y como finalmente este proceso implica la interacción molecular mediante el
establecimiento de puentes de hidrógeno entre los nucleótidos de ambas cadenas, la especificidad de
unión de las cadenas, así también como la intensidad de la misma depende en gran medida de la longitud
que tengan dichas cadenas.
Marcaje de la muestra problema
• El marcaje de la muestra puede hacerse directamente o indirectamente, en el primer caso, se incorporan
durante la síntesis de cDNA (amplificación del material genético por PCR) bases químicamente
modificadas que llevan incorporadas moléculas que pueden ser detectadas por fluorescencia,
radiactividad.Las principales ventajas de emplear el marcaje directo, radica principalmente en que no se
necesitan reactivos adicionales para lograr la detección en el microarreglo, sin embargo las desventajas
más grandes que se han observado al utilizar este tipo de técnicas son varias, entre las que destacan el
bajo rendimiento en la obtención de los productos de amplificación. Los fluorocromos al ser moléculas de
gran tamaño que se encuentran unidas químicamente a los nucleótidos dificultan el proceso de
incorporación enzimática de los mismos a la cadena que se elonga durante el ciclo de amplificación de la
PCR, interrumpiendo la síntesis de algunas copias de la cadena original de DNA, lo que tiene como
consecuencia que se obtenga un menor número de copias que cuando se usan nucleótidos sin
fluorocromo.
En los métodos indirectos, de manera general se incorporan los marcadores después de que se ha
amplificado por PCR el material genético. Se pueden incorporar moléculas que por sí solas no
pueden ser detectadas y que requieren de un segundo paso en el cual se incorpora la molécula
que permitirá la detección por alguno de los métodos previamente mencionados o bien usar
nucleótidos químicamente modificados durante la PCR, a los cuales se les pueden unir los
marcadores mediante una reacción química. Entre los métodos indirectos más usados destacan el
sistema de indicadores como la biotina (la cual se incorpora a la sonda de hibridación) y
posteriormente es revelada con la adición de avidina o estreptavidina conjugadas a fluorocromos
o bien el uso de una molécula susceptible de ser reconocida por un anticuerpo monoclonal que a
su vez está unido a una enzima que puede catalizar una reacción en la que se produzca un
producto luminiscente (ejemplo: sistema digoxigenina (DIG)/ anti-DIG). Con el uso de los sistemas
de marcaje indirecto se gana sensibilidad al momento de realizar la detección, además se cuenta
con una amplia disponibilidad comercial de los sistemas de marcaje. Las principales desventajas
de estos sistemas se reflejan en lo económico, pues se requiere de equipos de detección de
mayor costo.
La hibridación, en relación con la genómica, es el proceso en el que dos moléculas complementarias
de una sola hebra de ADN y/o ARN se unen y forman una molécula de doble cadena. La unión
depende del apareamiento apropiado de las bases entre las dos moléculas de una sola hebra.
El análisis de los resultados de la hibridización de un microarreglo se puede dividir en dos: análisis
estadístico, para identificar los genes expresados diferecialmente en el experimento y análisis
bioinformático, donde los genes identificados se asocian con algún proceso biológico o función
molecular.
Análisis estadístico
Para el análisis estadístico, al igual que para el análisis de imágenes se puede conseguir
software libre o comercial e incluso diseñar una herramienta computacional adecuada al
experimento específico. El común de estas herramientas es que utilizan los valores
numéricos de intensidad y fondo para cada spot y con operaciones relativamente sencillas
deben ser capaces de identificar aquellos individuos expresados diferencialmente entre las
condiciones que se están comparando.
Análisis bioinformático
Es importante resaltar que este tipo de experimentos, generan resultados para cientos e
incluso miles de genes que modifican sus niveles de expresión en una condición
determinada. Por lo que la interpretación del resultado de un experimento requiere del
“Análisis Bioinformático”, que puede ser definido como la anotación de conjuntos de genes
en bases de datos para vías metabólicas, procesos biológicos, función molecular,
componente celular, ortología, etc.
APLICACIONES DE MICROARREGLOS EN LA INVESTIGACIÓN BIOMÉDICA.
Cada tipo de microarreglo ofrece ventajas y desventajas al momento de aplicarlo dentro del trabajo
de investigación. Los microarreglos de DNA en términos generales son empleados para detectar la
expresión diferencial de genes en dos condiciones experimentales: terapéuticas o fisiológicas
distintas.
Las diferencias en el nivel de expresión de cada gen se determina en función del número de copias
de mensajeros de RNA existentes en las muestras. Así podemos encontrar reportes en los cuales se
han empleado los microarreglos para cuantificar moléculas de RNA y medir el número de copias de
DNA presentes en un genoma y se ha demostrado que la aplicación de esta tecnología a la
cuantificación del nivel de expresión de un gen es equiparable en resultados a los que se pueden
alcanzar con técnicas como la PCR en tiempo real.
En microbiología se han usado para caracterizar cepas de microorganismos y establecer la presencia
de factores de virulencia en cepas de interés clínico.
También se han empleado para comparar los niveles de expresión de alelos con polimorfismos y
mutacion.
En oncología los microarreglos se han usado para identificar y diagnosticar algunos tipos de cáncer
que son difíciles de establecer de manera clínica y que muchas veces sólo se establecen por
patología, tal es el caso de varios tipos de linfoma de linfocitos B grandes y difusos, lo que ha
permitido que se establezcan nuevos subtipos de este linfoma, lo cual ha impactado en la
supervivencia de los pacientes diagnosticados.