Biologia Molecular TM 5, 6 y 7
Biologia Molecular TM 5, 6 y 7
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INTRODUCCIÓN
La ingeniería genética es el área de la genética aplicada donde se llevan a cabo métodos, técnicas y
procedimientos de manipulación de ácidos nucleicos (tanto ADN como ARN), destinados al
aislamiento y la caracterización de dichas moléculas, subrayando que la clonación y secuenciación
se consideran esenciales en dicha ciencia.
Literalmente, clonar es el acto de obtener dos copias genéticamente idénticas, es decir, es el proceso
mediante el cual se obtiene un clon. De acuerdo con Alberts, B., et al. (2008), en Biología
Molecular el término clonación de ADN puede ser usado en dos sentidos.
En su primera acepción se trataría de copiar ADN para dar como resultado dos moléculas de
material genético completamente iguales. En el segundo caso, el concepto clonación de ADN o de
genes posee connotaciones puramente procedimentales, ya que todo lo referente a ello indica los
métodos usados en el laboratorio para generar copias idénticas de un determinado segmento de
ácido nucleico. Concretamente se trata de la inserción de un segmento polinucleotídico en otro
fragmento de ácido nucleico que posee ciertas particularidades.
Las moléculas de ácido nucleico resultantes son denominadas moléculas de ADN recombinante. Por
tanto, la tecnología del ADN recombinante alberga las técnicas que periten aislar un gen de un
organismo para posteriormente insertarlo en otro diferente donde se lleva a cabo la copia de dicho
material.
Para concluir el estudio del material genético, tras la clonación de los fragmentos diana de ADN es
posible llevar a cabo el análisis de la secuencia de nucleótidos que lo constituyen. La llamada
secuenciación es el proceso experimental donde se determina el orden preciso de
nucleótidos que forman parte de una molécula de ADN y/o ARN, es decir, se determina la
estructura primaria de un polinucleótido.
Finalmente, hay que destacar que desde el desarrollo y la evolución en las últimas décadas de
dichos métodos moleculares se vislumbran multitud de aplicaciones prácticas en campos como el
diagnóstico de enfermedades y la medicina legal.
1. CLONACIÓN
La clonación molecular es un proceso de amplificación in vivo de secuencias de ADN basada en la
tecnología del ADN recombinante. Esta tecnología permite crear moléculas de ADN recombinante
que serán introducidas en una célula huésped. Posteriormente, estas células en cultivo se
multiplicarán y se obtendrá multitud de copias del ADN recombinante y en consecuencia del
fragmento amplificado de interés. Los participantes en este proceso son:
ADN exógeno (gen). También se denomina inserto. Es la molécula o segmento
polinucleotídico que se desea clonar. Su origen es variopinto, desde síntesis química, hasta
simplemente aislamiento de ADN genómico.
Vector de clonación. Molécula de ácido nucleico usada para transportar el ADN exógeno
hasta la célula huésped (ej. plásmido) .Esta se une al ADN exógeno para que se pueda
producir la transferencia e inserción en el ADN de la célula huésped. La molécula resultante
de la unión del ADN exógeno con el vector de clonación se denomina ADN recombinante.
Célula huésped: Célula eucariota o procariota
encargada de recibir el ADN recombinante y
conservarlo, además de llevar a cabo su amplificación
y expresión mediante el uso de su maquinaria
molecular, es decir, sus propios sistemas bioquímicos
y genéticos. Si se hace efectiva la replicación del
ADN inserto esta célula es denominada célula recombinante.
1.1. Vectores de clonación
Un vector de clonación es una molécula de ADN, a la cual se une el ADN exógeno para que se
pueda producir la transferencia e inserción en el ADN de la célula huésped, es decir, es la vía usada
para la inserción. Además, se encarga de facilitar la replicación del ADN exógeno y su posterior
propagación.
Las propiedades de los vectores para que el proceso de clonación
sea exitoso son:
Capacidad de replicación activa en la célula huésped.
Tamaño adecuado para la manipulación.
No modifica el ADN de la célula huésped.
Posee lugares de restricción, es decir, secuencias de corte
reconocidas por endonucleasas
Posee marcadores de selección que permiten la selección
positiva de las bacterias transformantes en medios de
cultivo específicos.
En la actualidad existen multitud de vectores de clonación. Los
más utilizados en ingeniería genética son:
2. SECUENCIACIÓN GENÓMICA
La secuenciación genómica es el proceso mediante el cual se establece el orden exacto de los
nucleótidos que forman una secuencia concreta de ADN o ARN, se representa por las bases
nitrogenadas que portan. Éste, permite:
Conocer los sitios exactos de corte de las enzimas de restricción.
Estudiar las diferentes variantes nucleotídicas normales de un determinado gen, así como las
secuencias mutacionales del mismo, pudiendo determinar así la naturaleza de la alteración
en la cadena de ácido nucleico.
Identificar los exones y los intrones de los genes, es decir, regiones codificantes o no
codificantes.
Predecir la proteína codificada por cada gen.
2.1. Métodos de secuenciación de ADN
Se identifican diferentes métodos para la secuenciación del ADN, éstos son:
Métodos de Maxam y gilbert de secuenciación química del ADN
Modificación de las bases nitrogenadas mediante reacciones químicas específicas, a continuación,
se produce la rotura química específica del ADN.
Tiene como ventaja el permitir secuenciar fragmentos cortos de ADN, pero requiere cantidades
elevadas de la molécula de ADN purificada, presenta elevada complejidad técnica y los reactivos
son peligrosos. Etapas generales:
1. Marcaje radiactivo en los extremos del ADN con isótopo 32P (fósforo 32). Normalmente el
extremo 5´
2. Reacciones de modificación química de las bases nitrogenadas. Se marca específicamente
cada una de las bases. La muestra se divide en cuatro alícuotas y en cada una de ellas se
lleva a cabo una reacción química distinta:
Tubo 1: modificación de guanina por la acción de dimetil sulfato (DMS)
Tubo 2: modificación de adeninas y guaninas por acción del ácido fórmico.
Tubo 3: modificación de citosina y timina con hidracina
Tubo 4: modificación de citocinas con hidrazina + sales.
3. Adición de piperidina que rompe la cadena a nivel de las bases modificadas.
4. Electroforesis en gel de poliacrilamida: se separan los fragmentos por tamaños presentes en
cada tubo.
5. Autoradiografía del gel y análisis: se obtiene un patrón de bandas oscuras que permite
descifrar la secuencia de la molécula. La lectura se inicia por el extremo inferior de la
autoradiografía, que corresponde al extremo 5’ de la molécula secuenciada
Método de Sanger y Coulsan o de secuenciación enzimática del ADN
La muestra se divide en cuatro alícuotas para la realización de cuatro reacciones de polimerización,
una por cada base nitrogenada. Cada tubo de reacción contiene los siguientes componentes:
Hebra molde monocatenaria de ADN, que es la que se quiere secuenciar.
Un cebador marcado en extremo 5´con 32P y complementario al 3´de la hebra molde.
ADN polimerasa.
Los 4 dNTP.
Uno de los cuatro ddNTP posibles, que es el que marca la especificidad de cada reacción, en
una concentración mucho menor que los dNTP
Los ddNTP son desoxinucleótidos que carecen del grupo 3´OH necesario para formar un
nuevo enlace fosfodiéster, por lo que cuando se unen a la cadena impide que otros
nucleotidos se unan. Actúan como terminadores de cadena y detienen la síntesis. Se
genera una monocadena de ADN de un tamaño determinado cuyo extremo es un ddNTP.
Durante la reacción de polimerización, la ADN polimerasa extiende el cebador marcado,
sintetizando una cadena de ADN complementaria a la hebra molde, hasta que, por azar, incorpora
un ddNTP, lo que detiene la elongación de la cadena. Todos los fragmentos están marcados
radiactivamente por el marcaje del cebador.
ETAPAS GENERALES:
1. Preparación de cuatro reacciones independientes donde se añaden dNTP y ddNTP.
2. Reacción de síntesis.
3. Electroforesis de los productos de las reacciones de síntesis ocurridas en cada tubo.
4. Lectura de resultados mediante fluorescencia o autoradiografía.
Por ejemplo, en el tubo de la Adenina, habrá dATP y ddATP. Por ello, en la electroforesis se
observarán fragmentos de distintos tamaños finalizados siempre en Adenina.
En cada calle el último nucleótido (en posición 3´) del fragmento que representa a cada banda es el
ddNTP que se añadió en el tubo correspondiente. En consecuencia, se puede determinar la
secuencia completa según el orden escalonado de las bandas en las cuatro calles del gel, realizando
la lectura de abajo arriba de la auto radiografía (los fragmentos más cortos migran más rápidamente
que los largos). Hay que tener en cuenta que la secuencia que se lee directamente de la
autoradiografía corresponde a la cadena de nueva síntesis en dirección 5´→ 3´, por lo que la
secuencia de la hebra molde será la complementaria e irá en sentido contrario
Métodos automáticos de secuenciación del ADN
Los métodos de secuenciación automáticos se basan en el método
enzimático de Sanger y en el uso de cuatro fluoróforos como
marcadores. En esta técnica se utilizan los secuenciadores
automáticos de 1ª generación en los que se automatizan las fases
de electroforesis, la detección de las bandas de fluorescencia y el
análisis de los resultados. Se realizan 4 PCR en tubos separados:
En todas ellas se utiliza el mismo cebador, pero marcado
con un fluoróforo distinto por tubo.
En cada tubo se añade a la mezcla de reacción un ddNTP
distinto en la proporción adecuada, de manera que se
asocia un color fluorescente distinto a cada ddNTP
Al terminar las PCR, cada tubo contiene todos los fragmentos
posibles que terminan en un mismo nucleótido, marcados con el
mismo fluoróforo en el extremo 5’ del cebador. Finalmente, los
productos de las cuatro PCR se mezclan en un único tubo y se
cargan en el secuenciador
Secuenciación Masiva
La necesidad de secuenciar genomas completos individuales en poco tiempo y a bajo coste ha
impulsado el desarrollo de plataformas automáticas de secuenciación basadas en diferentes
tecnologías es la llamada secuenciación masiva de concesión de segunda generación o en GPS. son
tecnologías de alto rendimiento que generan un volumen enorme de datos e información ya que
generan cientos de miles de reacciones de secuenciación diferentes en paralelo y simultáneamente.
Secuenciación de ARN
Para la secuenciación del ARN se usan métodos similares a los explicados anteriormente. Estos se
clasifican en dos tipos:
Los métodos directos sólo se utilizara cuando es complicado secuenciar la molécula de
ARN deseado con el método indirecto. Son métodos de determinación como el método
de Sanger para secuenciar ADN.
Los métodos indirectos se basan en la obtención previa de un ADN mediante
transcripción inversa, El ADN es luego secuenciado por de manera automática y la
secuencia obtenida se traduce a ARN teniendo en cuenta la complementariedad de base
Proyecto del genoma humano
Nació en el año 1986, cuando desde el Departamento de Energía de los Estados Unidos se lideró
una tanda de contactos y reuniones, con el propósito de desarrollar el mayor proyecto biomédico de
la historia de la Humanidad, el cual consistía en conseguir secuenciar el genoma humano completo
en el 2005.
3. FORMAS DE CRECIMIENTO
El crecimiento de las células en el cultivo puede ser:
Crecimiento en monocapa
◦ En él las células crecen adheridas sobre una superficie sólida de plástico o vidrio.
◦ Este tipo de células de son dependientes anclaje: necesitan adherirse a una superficie
sólida para poder crecer.
◦ Es el método utilizado para el cultivo de la mayoría de las células.
◦ Se pueden distinguir diferentes momentos de desarrollo:
1. Adhesión a una superficie: período durante el cual las células se adhieren al
soporte. Coincide con el período de latencia de la curva de crecimiento.
2. Proliferación y formación de colonias: cuando las células se han pegado a la pared
del frasco de cultivo, empiezan a proliferar expandiéndose por toda la superficie y
formando colonias celulares. Corresponde con la fase exponencial de crecimiento.
3. Inhibición por contacto: con el paso del tiempo las células ocupan toda la
superficie disponible y entran en confluencia estableciendo contactos entre ellas. En
este momento se produce un fenómeno denominado inhibición por contacto en el
que las células detienen su crecimiento, se mantienen vivas. Inicio fase estacionaria.
Para que las células reanuden su crecimiento se necesita hacer un subcultivo o “pase” de
parte de las células en el nuevo frasco de cultivo. El momento ideal para hacerlo es al final
de la fase exponencial.
Crecimiento en suspensión
◦ En este caso las células no necesitan adherirse a una superficie para crecer, por lo que se
mantienen dispersas en el seno del medio de cultivo y proliferando.
◦ Crecimiento característico de: células sanguíneas circulantes, células hematopoyéticas,
células madre, algunas líneas tumorales. Podemos distinguir las siguientes fases:
1. Adaptación al medio de cultivo (f.latencia)
2. Proliferación en suspensión (f. exponencial)
3. Inhibición por densidad. Momento en el que se alcanza un número de celular crítico en relación
con el volumen del medio de cultivo y de los nutrientes que quedan en él. En este momento es
necesario hacer un pase para que el crecimiento se reanude (f. estacionaria)
5. MEDIOS DE CULTIVO
El cultivo celular se realiza en medios artificiales preparados que contienen una mezcla de
componentes purificados, o soluciones complejas. Se realizan en el interior de instrumentos que
mantienen las condiciones fisicoquímicas adecuadas, y sobre soportes que los contienen y aíslan del
medio. Los factores que hay que tener en cuenta son:
a) Soporte físico
b) Composición y propiedades fisicoquímicas del medio de cultivo.
c) La atmósfera gaseosa.
d) Las condiciones de incubación.
a- Soporte físico
Recipientes de vidrio. Fáciles de limpiar y esterilizar y es posible la observación directa al
microscopio a través de ellos. Además, el coste es relativamente bajo.
Recipientes de plástico. Tienen la ventaja de ser desechables y coste bajo. Buena calidad
óptica, es el soporte más común. Los más comunes son: placas multipocillo, place de Petri,
frascos o botellas roux (frascos planos con tapón de rosca), botellas incubadoras tipo roller.
Otros: poliacrialmida, metales, matrices tridimensionales (colágeno, celulosa)
b-Composición y propiedades fisicoquimicas del medio de cultivo
Los componentes de un medio de cultivo dependen principalmente del tipo celular que se quiera
cultivar, además de la finalidad u objetivo del experimento. Por ejemplo, en un medio agar-sangre
sólo crecerán organismos hemolíticos.
Composición del medio de cultivo
Los medios de cultivo están formados fundamentalmente por los siguientes elementos.
◦ Soluciones salinas equilibradas. Son una mezcla de sales inorgánicas como NaCl, KCl,
NaHCO 3 , CaCl 2 , MgCl 2 , etc.
◦ Aminoácidos. suplementar con los aa esenciales y añadir otros que requiera el cultivo.
◦ Vitaminas. Como la biotina y la riboflavina. Son factores limitantes para el
crecimiento del cultivo.
◦ Glucosa. fuente de energía, como componente único o con otros hidratos de carbono.
◦ Hormonas y factores de crecimiento. Lo más común es utilizar suero fetal bovino,
necesario para la proliferación celular.
◦ Inhibidores del crecimiento de microorganismos contaminantes
antibióticos/antimicóticos
◦ Solución tampón (bicarbonato sódico). El medio tiene que estar muy tamponado para
evitar los cambios bruscos de ph.
◦ Indicador de pH (rojo fenol).
Características fisico-quimicas del medio de cultivo
ATMÓSFERA GASEOSA: mezcla de gases en que se mantienen los cultivos, sus dos
componentes principales son el O2 y el CO2.
◦ Concentración de 02. Descrita como la concentración de oxígeno necesaria para que un
cultivo se desarrolle y prolifere correctamente, dependerá del tipo celular cultivado.
Generalmente, la concentración de oxígeno usada es la atmosférica, aunque existen
cultivos, como los de órganos completos, que debido a la dificultad de difusión del
oxígeno al interior del órgano, requieren un ambiente de saturación de oxígeno, es decir,
una concentración superior a la atmosférica.
◦ Concentración de CO2: influye en el ph, puesto que la fracción disuelta en el medio está
en equilibrio con el ión bicarbonato.
TEMPERATURA. gran influencia en la tasa de crecimiento de las células. La Tº óptima de
crecimiento suele ser la misma a la que las células están sometidas fisiológicamente en los
individuos. Así, las células de mamíferos crecen bien a 37ºC.
pH. El pH fisiológico (pH=7,4) es el valor óptimo para el crecimiento de la mayoría de los
tipos celulares en cultivo. Por ello, el medio debe estar tamponado para evitar cambios
bruscos, siendo el carbonato-bicarbonato el tampón más usado. Además, se utiliza rojo fenol
como indicador de pH incorporado en el propio medio de cultivo. Este cambia su coloración
ante variaciones del valor de pH.
OSMOLARIDAD. Para controlarla se emplean medios ligeramente hipotónicos o isotónicos,
lo que compensa la pérdida de agua por evaporación durante la incubación del cultivo. Con
ello, se consigue que las células sean hipertónicas con respecto al medio de cultivo, y así el
agua del medio de cultivo entre dentro de las células por ósmosis, manteniendo las células
hidratadas. Por tanto, se compensa la pérdida de agua por evaporación y las células
cultivadas no se deshidratan.
HUMEDAD: debe se suficientemente elevada para evitar las pérdidas por evaporación.
Otros: viscosidad
Poliploidias
Las poliploidías son euploidias, en la cuales el número de cromosomas presentes en el individuo es
un múltiplo exacto de la carga haploide superior a 2, es decir, que serían individuos triploides,
tetraploides, etc. Según tuvieran 3 ó 4 copias del numero haploide de cromosomas encontramos
◦ Triploide → Individuos con el triple de cromosomas que la configuración haploide
normal, por lo que presentan 69 cromosomas (3n). La formación de triploides ocurre
porque un mismo óvulo es fecundado por dos espermatozoides a la vez, en el proceso
denominado dispermia, o bien, porque se producen fallos de segregación de cromosomas
homólogos durante el proceso de meiosis, para la formación de los gametos.
La dotación cromosómica de estos individuos sería 69,XXX, 69,XXY, 69,XYY ó
69,YYY.. Algunas son compatibles con la vida.
◦ Tetraploide → Individuos con cuatro veces más cromosomas que la configuración
haploide normal, por lo que presentan 92 cromosomas. Su formación ocurre porque se
produce un fallo durante el proceso de finalización de la división temprana del cigoto,
quedando todo el material genético duplicado en una misma célula. La dotación
cromosómica de los tetraplodes siempre va a ser 92, XXXX o bien 92, XXYY. Es letal
para el embrión.
8. CITOGENÉTICA Y CÁNCER
Con el estudio citogenético molecular de células tumorales a través del seguimiento clínico de los
marcadores citogenéticos, se ha demostrado que aparecen alteraciones cromosómicas en más de
30000 neoplasias en humanos. Por lo que conocer qué tipo de alteración cromosómica se asocia con
un determinado tipo de cáncer, es una herramienta muy valiosa tanto para el diagnóstico de la
enfermedad como para el seguimiento de la evolución de la misma. Todo en base a que con estas
técnicas se puede valorar la respuesta de la enfermedad al tratamiento y detectar y cuantificar la
presencia de células tumorales en un organismo, por muy escasa o residual que sea.
Además, es posible la localización y detección de los genes implicados en la formación de tumores,
siendo este aspecto de gran importancia para el diagnóstico preventivo o en las primeras etapas de
neoplasia.
El campo donde mayor evolución se ha producido es en el de las neoplasias hematológicas,
ya que es muy fácil obtener extensiones cromosómicas de calidad a partir de cultivos de muestras
tomadas de la médula ósea.
Por lo que el análisis citogenético molecular, así como la elaboración de cariotipos en células
tumorales hematopoyéticas son técnicas de rutina en el diagnóstico y seguimiento de muchos
tumores hematológicos. Sin embargo, en los tumores sólidos, existen varios factores que
no han permitido la incorporación del análisis citogenético a la rutina diagnóstica de los mismos.
Entre algunos de estos factores, cabe mencionar, por su importancia, la dificultad de obtener
extensiones cromosómicas con metafases de calidad. Esta dificultad es debida a la baja variabilidad
celular que presentan los tumores sólidos, ya que la necrosis celular y la concentración de
contaminantes son altamente significativos
No obstante, en los últimos años, y gracias a la incorporación de técnicas de citogenética molecular
al diagnóstico oncológico, como la hibridación in situ fluorescente (FISH) es posible identificar
reordenamientos cromosómicos que no pueden ser detectados con las técnicas de bandeo
convencionales, además del estudio de reordenamientos cromosómicos en células que están en
continua división, como son las tumorales. Por su parte, el desarrollo de técnicas de hibridación
genómica comparada con arrays (CGH), ha permitido identificar de manera rápida la pérdida o
ganancia de material genético de una célula aunque para determinar de manera aún más
precisa las alteraciones con base genética implicadas en procesos tumorales, es necesario el
desarrollo de marcadores cromosómicos aún en desarrollo.