Universit Cadi Ayyad Anne universitaire 2013 - 2014

Facult des Sciences Semlalia

Dpartement de Biologie


TD 2 de Biochimie Structurale




Exercice n1

Un mlange dacide glutamique et dhistidine pH 5 est soumis une lectrophorse sur
papier et une chromatographie sur rsine changeuse danions.
Quels sont respectivement le profil lectrophortique et lordre dlution obtenu ?


Exercice n2

Soit un tetrapeptide T dont la squence est : Glu-Met-Ser-Lys.

1- Dterminer le pHi de T connaissant les pK suivants :

Fonction ionisable
Acide amin
COOH NH2 R
Glu 2,19 9,67 4,25
Met 2,23 9,21 -----
Ser 2,21 9,15 -----
Lys 2,18 8,95 10,53

2- Trait par le CNBr, T est ensuite soumis une lectrophorse pH 7.
Reprsenter schmatiquement la migration du (ou des) compos (s) obtenus en
prcisant la forme ionique.

3- On fait agir la trypsine sur T, puis on procde une lectrophorse dans les mmes
conditions que prcdemment. Reprsenter la migration en prcisant la forme ionique
ce pH.


Exercice n3

Le tripeptide T Glu-Val-Ala, prsente les pK suivants : 3,12 ; 4,25 et 9,32.
1- Attribuer aux diffrentes fonctions ionisables de T les pK correspondants.
2- Ecrire les diffrentes formes de T aux pH remarquables puis dterminer son pHi
3- Sachant quune solution molaire de T est 20% neutre, calculer le(s) pH(s) qui
permet(tent) dobtenir ce pourcentage.




Exercice n4

La composition globale en acides amins dun peptide P, obtenue par hydrolyse totale (HCl
6N 100C pendant 24 72 heures), est : Arg 1, Asx 1, Cys 1, Lys 1, Thr 1, Val 1.
Asx signifie quon ne peut savoir si le peptide contient Asp ou Asn, car dans les conditions
dhydrolyse totale, Asn est transform en Asp et NH3.

1- Le traitement de P par le ractif dEdman donne le PTH-Cys et par la carboxypeptidse
(en mlange A et B) donne lArg.

2- La trypsine catalyse lhydrolyse de P en 2 peptides T1 et T2.
a- T1 absorbe fortement la lumire 280 nm. Aprs hydrolyse chlorhydrique
totale, il donne 3 acides amins, et aprs hydrolyse alcaline totale (NaOH 5N
100C pendant 4 8 heures), il donne 4 acides amins. Aprs traitement de T1
par le chlorure de dansyl, suivi dune hydrolyse totale, on isole 2 composs et
on identifie lun deux la dansyl-Cys par chromatographie sur paapier.
b- T2 donne 3 acides amins aprs hydrolyse chlorhydrique ou alcaline totale. Le
traitement de T2 par le chlorure de dnsyl suivi dhydrolyse acide totale donne
la dansyl-Thr.

3- La chymotripsine hydrolyse P en 2 peptides. Le traitemant de lun de ces 2 peptides
par le DNFB, suivi dhydrolyse totale, donne la DNP-Val et la DNP-Lys.
Quelle est la squence de P ?

4- T2 est lu avant T1 quand on lve le pH au cours dune chromatographie sur rsine
changeuse de cations. Peut on en dduire la nature de Asx ?


Exercice n5

Soit un oligopeptide O constitu de 10 acides amins. Donner sa squence sachant que :
1- Son hydrolyse acide totale donne la composition suivante en acides amins : Ala, Arg,
Glu, Met, Ser, Thr, Tyr.
2- Son traitement par les carboxypeptidses A et B libre successivement Ala puis Tyr.
3- Le ractif dEdman libre respectivement PTH-Tyr et PTH-Ala.
4- Laction de la trypsine donne un tetrapeptide A et un hexapeptide B.
a- Ltude de A montre quil absorbe fortement la lumire 280 nm. Avec le
DNFB on obtient DNP Glu. Enfin, A trait avec la chymotrypsine libre Tyr,
Ala et un dipeptide acide.
b- Le traitement de B par le DNFB donne DNP-Tyr. Avec le CNBr, B se scinde
en un dipeptide basique et un tetrapeptide.
5- Laction de la chymotrypsine sur O libre 2 Tyr, 1 Ala et un heptapeptide C. Ce
dernier donne avec le ractif dEdman, PTH-Ala puis PTH-Thr. Avec le CNBr, C se
scinde en un tripeptide et un ttrapeptide.






Exercice n6

Une solution protique est compose de 3 protines A, B et C. B et C sont des monomres
alors que A est compose de 2 sous units A1 et A2 de mme masse molculaire. A et C ont
le mme pHi 4,2. Celui de B est de 8,3.
A, B et C ont la mme masse molculaire mais des proprits antigniques diffrentes.

Quel sera lordre dlution des protines de la solution lorsquelle est soumise :
1- une chromatographie changeuse danions ?
2- une chromatographie dexclusion (limite dexclusion : 300 000) ?
3- une chromatographie dexclusion aprs traitement des 3 protines par lure 8 M ?

Reprsenter le profil de migration de ces protines quand on procde :
4- une lectrophorse sur gel en prsence de SDS.
5- une lectrophorse sur gel se prsence de SDS de la solution pralablement traite au
-mercaptothanol.
6- Citer la ou les techniques qui permettent de sparer le plus efficacement les 3
protines en mme temps. Justifier la rponse.


Exercice n7

Pour lensemble de la molcule dhmoglobine normale HbA, on ne trouve que la valine en
rsidu N terminal. Pour 100 g dHbA, on a 0,73 g de valine.

1- Sachant que la MM dHbA est de 64000 et celle de la valine est de 117, combien y a-t-il
de chanes polypeptidiques par molcules de HbA ?

Par ailleurs, on sait qu pH 4, les chanes polypeptidiques de lhmoglobine se dissocient en
2 et 2, alors qu pH 7, lhmoglobine reprend sa structure associe. Une hmoglobine
anormale HbC diffre de HbA par la prsence sur lune des chanes dun rsidu lysyl la
place dun glutamyl. Une autre hmoglobine HbI diffre galement de HbA par le
remplacement dun acide amin par un autre.
Une solution contenant HbC et HbI est ramene pH4. Aprs neutralit on trouve que la
solution contient 4 types dhmoglobine HbC, HbI, HbA et un nouveau type HbX.

2- Quelle est la chane mute dans HbI ?
3- Quelle est la formule du nouveau type dhmoglobine ?


Exercice n8

Une protine A contient du fer (MA = 56) dans une proportion de 0,35 %
Pour dterminer sa MM, on mlange A une protine B de MM 50 000 et une protine C de
MM 75 000. Le mlange des 3 protines est dpos sur colonne pour chromatographie
dexclusion. La protine A est lue dans une fraction intermdiaire entre B et C.

1- Combien datomes de fer, la protine A contient-elle ?
2- Quelle est la MM de la protine A ?
3- Quel est lordre dlution des protines A, B et C ?

Lultracentrifugation de la protine dans un milieu contenant de lure 8M montre lexistence
dun seul pic, correspondant une MM gale au quart de celle de A. On obtient le mme
rsultat en prsence dure 8M et de -mercaptothanol.
Llectrophorse de la protine A en prsence dure 8M montre 2 bandes de mme intensit
et de charges diffrentes.

4- Quel est le nombre de sous-units de la protine A ?
5- Sont-elles identiques ou non ?
6- Quels types de liaisons existent entre les sous-units ?


Exercice n9

On veut dterminer quelques caractristiques physiques et chimiques de la protine Histone T
bovine (P).
On a ainsi dtermin le pourcentage pondral de 3 acides amins entrant dans la composition
de P. Glu : 8,3 % ; Lys : 24,1 % ; Tyr : 2 %. Les MM respectives sont : 147, 146 et 181

1- Quels renseignements apportent ces pourcentages sur la nature chimique de P ?
2- Dterminer sa masse molculaire minimale.
3- Dduire le nombre minimal de ces trois rsidus acides amins dans P.

Soumis une chromatographie dexclusion, P est lu entre deux protines globulaires A et B
de MM respectives 5700 et 12600.

4- Prciser lordre dlution de ces 3 protines.
5- En dduire la MM de P.
6- La protine P est soumise une lectrophorse pH 7. Migrera-t-elle vers lanode ou
vers la cathode. Justifier votre
7- Soit une protine P diffrente de P par deux acides amins. Citer une technique
approprie pour mettre en vidence ces diffrences.
8- Compte tenu de la nature de P, quelle zone de pH faut-il choisir pour prcipiter cette
protine en solution