Biochimie Structurale ESTBA
Biochimie Structurale ESTBA
Biochimie Structurale ESTBA
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INTRODUCTION A LA BIOCHIMIE
La biochimie est la science qui étudie la structure et la nature des diverses molécules, les
réactions chimiques qu’elles subissent chez la cellule et les organismes vivants. Elle
s’intéresse aussi à la base chimique de la vie. Puisque la cellule est l’unité structurale
unique des êtres vivants, la biochimie aborde indifféremment l’étude des constituants
des microorganismes (bactéries, mycètes et virus), des végétaux et des animaux.
La biochimie comprend deux composantes :
La biochimie métabolique qui est la branche de la biochimie qui étudie les
réactions chimiques de la cellule et de l’organisme vivant ainsi que les aspects
moléculaires de la vie. Le métabolisme peut donc être défini comme étant
l’ensemble des réactions biochimiques d’un organisme vivant. On définit deux
aspects du métabolisme : l’ensemble de réactions de biosynthèse que l’on
regroupe sous le terme d’anabolisme et l’ensemble des réactions de
dégradations ou d’oxydations cellulaires qu’on regroupe sous le terme de
catabolisme. Il est important de noter que de nos jours les bases moléculaires de
la vie constituent une entité autonome de la biochimie connue sous le nom de
biologie moléculaire.
La biochimie structurale qui se charge de décrire les différents composants
moléculaires des organismes vivants.
Dans le présent document il sera question de cette dernière partie de la biochimie.
Quatre grands groupes de composés seront abordés dans ce document :
Les glucides ou les sucres : avec comme éléments constitutifs de bases, les oses
Les protides : avec comme éléments constitutifs de bases, les acides aminés ou
aminoacides
Les lipides ou les corps gras : avec comme éléments constitutifs de bases, les
acides gras et les alcools gras
Les acides nucléiques : avec comme éléments constitutifs de bases, les bases
azotées, les sucres et les l’acide phosphorique.
Le tableau suivant donne une classification de ces composés.
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Tableau 1 : Classification des composés biochimiques
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LES GLUCIDES
Il sera question des sucres simples ou oses ou encore
monosaccharides qui seront abordés sous leur forme linéaire puis
sous leur forme cyclique. Ces sucres simples peuvent se combiner
pour donner des polymères qui en fonction du nombre d’oses
constitutifs seront subdivisés en oligosaccharides ou oligosides pour
n< 10 unités d’oses et en polysaccharides ou polyosides pour n très
grand.
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SEANCE N° 1 : LA STRUCTURE LINEAIRE
DES SUCRES
Objectifs : A la fin du cours, l’apprenant doit savoir :
GENERALITES
Les glucides ou saccharides sont des composés biochimiques qui se forment les
premiers dans les végétaux au cours de la photosynthèse. Ce sont les biomolécules les
plus abondantes de la matière vivante : 5% poids sec animaux, 70% poids sec végétaux.
Ils constituent une partie importante de l’alimentation (riz, maïs pain…). On les a
d’abord appelé hydrates de carbone car leur formule générale s’écrit Cn(H2O)n, mais
ceci n’est qu’une coïncidence sans signification particulière. La plupart des glucides sont
des composés ternaires (c’est à dire qui contiennent C, H et O), mais certains peuvent
contenir de l’azote, du phosphore ou du soufre.
Les glucides sont des polyalcools qui comportent une fonction aldéhyde ou cétone. On
les divise en trois groupes suivant le degré de complexité ou leur comportement en
milieu acide à chaud:
Les oses, qui sont les sucres simples non hydrolysables comme le glucose, le
galactose, le fructose, le mannose, le ribose, ….
Les oligosides ou oligosaccharides qui sont formés de l’union d’un petit
nombre d’oses, généralement inférieur à 10 unités oses. Ils sont hydrolysables.
Exemples : le saccharose, le maltose, le lactose, le raffinose…
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Les polyosides ou les polysaccharides formés de l’union de nombreux oses, ils
sont aussi hydrolysables. Exemples : le glycogène et l’amidon qui représentent les
formes de réserve énergétique des animaux et des végétaux respectivement.
Il convient de noter que l’on peut avoir aussi des hétérosides qui par hydrolyse donnent
une partie glucidique et une partie non glucidique appelé groupement aglycone.
Les glucides sont très importants du point de vue métabolique. On les rencontre chez
tous les êtres vivants :
Comme éléments de soutiens, ils participent à la structure des végétaux (la
cellulose), des arthropodes (la chitine), du tissu conjonctif des animaux
supérieurs et des parois bactériennes (peptidoglycane), …
Comme réserve énergétique : l’amidon, le glycogène, l’ATP,…
Comme constituants des métabolites variés et indispensables : les acides
nucléiques et les coenzymes
LES OSES
A l’état naturel, les oses sont des solides cristallisés blancs de saveur sucrée, très
solubles dans l’eau et insolubles dans les solvants organiques. Les oses sont limités par
un nombre de carbone de 3 à 7. Ce sont des composés non ramifiés dont tous les
carbones sauf un portent une fonction alcool. Ce carbone porte une fonction carbonyle
qui peut être aldéhyde ou cétone donnant respectivement un aldose ou un cétose. Les
oses peuvent aussi être classés suivant le nombre de carbone, ainsi parlera-t-on de
triose, tétrose, pentose, hexose et d’heptose pour les oses constitués de trois, quatre,
cinq, six et sept atomes de carbones respectivement.
1. Les aldoses
Glucose, galactose, mannose et ribose sont les plus importants, surtout à cause de
leur importance dans la nature et aussi à cause de leur participation dans de nombreux
processus et dans la constitution de molécules biochimiques.
L’aldose le plus simple est un triose appelé glycéraldéhyde. Ce composé comprend un
résidu alcool primaire et un résidu alcool secondaire. Le carbone porteur de la fonction
alcool secondaire est un carbone asymétrique. Un carbone asymétrique est un carbone
en état d’hybridation sp3 et dont chacune des quatre valences est attachée à un atome ou
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radical différent. Les valences entre les carbones forment un angle de 109°. Il s’agit d’un
centre de chiralité (aucun élément de symétrie). La molécule contenant ce carbone est
dite chirale, elle est non superposable à son image à travers un miroir plan.
Sur la molécule d’un aldose, les carbones sont numérotés en attribuant le numéro 1 au
carbone porteur de la fonction carbonyle puis viennent dans l’ordre les carbones
porteurs des alcools secondaires, le dernier numéro étant attribué au carbone porteur
de la fonction alcool primaire. Dans l’espace on écrira le composé de la manière
suivante :
Ces deux composés sont images l’un de l’autre à travers un miroir. Ils dévient tous la
lumière polarisée d’un angle égal mais dans des sens inverses. Le composé dont le
radical OH est tourné vers la droite dévie la lumière vers la droite, il est donc
dextrogyre, celui dont le OH est tourné vers la gauche dévie la lumière vers la gauche, il
est lévogyre.
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A = α.c.l
Lorsque les deux composés sont symétriques l’un de l’autre à travers un miroir, ils
dévient la lumière polarisée d’un angle égale en valeur absolue mais en sens inverses, on
dit que ce sont des énantiomères ou énantiomorphes. On symbolise les composés
dextrogyres par (d+) et les lévogyres par (l-). Le glycéraldéhyde existe donc sous deux
formes : le (d+) glycéraldéhyde et le (l-) glycéraldéhyde.
L'angle de déviation dépend de plusieurs facteurs, notamment le pH, la concentration et
la longueur du trajet optique (conditions standardisées), mais aussi de la nature du
glucide. L'activité optique d'une molécule est la somme algébrique des activités optiques
des C* qui la composent. Si l’on synthétise par voie chimique le glycéraldéhyde, on
s’aperçoit qu’il ne dévie pas la lumière. Ceci est dû au fait qu’on a un mélange en quantité
égale des deux formes, on parle de mélange racémique.
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Par la synthèse de Kiliani, on peut passer d'un glucide à (n) carbones à son homologue
supérieur à (n+1) carbones. Cette synthèse n'est pas stéréospécifique mais elle fournit
deux épimères. Il s’agit de deux isomères qui se différencient par la position d'un seul
groupement hydroxyle. L'addition d'un carbone supplémentaire est obtenue par
formation d'une cyanhydrine sous l'action de l’acide cyanhydrique (HCN) sur la fonction
aldéhyde. L'hydrolyse convertit la fonction nitrile en acide qui se lactonise avec l'alcool
du C3 du sucre initial. La lactone est réduite par l'amalgame de sodium en aldéhyde et en
alcool. Le bilan est donc l'allongement de la chaîne d'un carbone mais la réaction n'est
pas stéréospécifique la nouveau carbone asymétrique (ex C1) est formé sous les deux
configurations possibles.
En résumé, le d-glycéraldéhyde donne naissance à 8 hexoses au final. De même, à partir
du l-glycéraldéhyde on aura 8 hexoses de la série (l). Notons que dans la nature tous les
oses sont de la série (d) c'est-à-dire qu’ils ont le OH de l’avant dernier carbone tourné
vers la droite, mais il convient de remarquer que tous ces oses ne dévient pas la lumière
polarisée vers la droite. Certains oses de la série (d) sont donc lévogyres. De même, dans
la série (l) il y a des oses lévogyres et des oses dextrogyres. Ainsi a-t-on adopté d’appeler
les oses de la série D, tous les oses dérivant du d-glycéraldéhydes et les oses de la série
L, les oses dérivant du l-glycéraldéhyde. Il ne faut pas confondre la série D et
dextrogyre ainsi que la série L et lévogyre.
Exemples : D(+) sera un ose de la série D qui est dextrogyre, de même D(-) sera un oses
de la série D qui est lévogyre. L(+) sera un ose de la série L qui est dextrogyre et L(-) un
ose de la série L qui est lévogyre.
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CHO
H C OH
CH2OH
d-glycéraldéhyde
CHO CHO
HO C H H C OH
H C OH H C OH
CH2OH CH2OH
d-tréose d-érythrose
HO C H H C OH HO C H H C OH
HO C H HO C H H C OH H C OH
H C OH H C OH H C OH H C OH
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Exemple : le D-Glucose et le D-Galactose ont la même formule brute C6H12O6 et leurs
formules développées sont très proches, la seule différence porte sur la position du
groupement hydroxyle en C4.
Remarque : On appelle épimères deux oses qui ne diffèrent l’un de l’autre que par la
configuration d’un seul et même carbone.
Exemple : le glucose et le galactose sont épimères au C4, le glucose et le mannose sont
épimères en C2.
2. Les cétoses
Les cétoses sont les oses dont la fonction carbonyle est une cétone. Le plus simple est un
triose : le dihydroxyacétone.
Les cétoses les plus courants sont le D-fructose, le D-xylulose et la D-ribulose. Le plus
importants des cétoses est le fructose, un cétohexose. C’est un sucre abondant à l’état
libre dans les fruits et le miel, très répandu dans l’ensemble des végétaux à l’état
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combiné. Il présente une saveur très sucrée, surtout la forme β alors que certains oses
sont amers. Chez l’homme il est métabolisé facilement.
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SEANCE 2. FORMES CYCLIQUES DES OSES
Objectifs : A l’issue de la séance, l’apprenant doit :
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Ce composé est appelé oside. Avec le glucose on obtient un glucoside de même avec le
galactose on obtient un galactoside. De plus à partir d’un même ose et d’un même alcool
on obtient des hémi acétals différents par leur pouvoir rotatoire.
2. On peut préparer le D-glucose de différentes manières. On obtient des composés
de pouvoirs rotatoires différents. On a appelé α, celui dont le pouvoir rotatoire
est élevé et β, celui dont le pouvoir rotatoire est moindre. Si on dissout dans de
l’eau l’ α-D-glucose, [α] = +112,2° ou le β-D-glucose, [α] = +18,7°, on constate que
le pouvoir rotatoire varie avec le temps pour aboutir à la valeur finale de [α] =
+52,7°, on parle de mutarotation
3. Si on fait une méthylation d’un hexose suivie d’une hydrolyse acide, on constate
qu’il ne peut fixer que 4 méthyles sur les alcools, un des alcools n’étant pas
méthylé, soit le C4 ou le C5.
2. Formule de Tollens
Pour expliquer ces anomalies, Tollens va émettre une hypothèse pour les expliquer et
arriver à une représentation cyclique du glucose. Tollens admet que le radical aldéhyde
hydraté se combine avec le radical alcool du C4 ou du C5 avec perte d’une molécule d’eau,
la liaison se fait par l’intermédiaire d’un atome d’oxygène. Cette liaison est appelée pont
oxydique (à ne pas confondre avec pont osidique).
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H OH OH H OH
H C C
C OH
O
O
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1
H
HO C
OH 6
2 5
CH2OH OH
3
109° HO C
4 1 H
4
3 2
5
6
CH2OH
Pour qu’il y ait réaction entre le C1 et le C5 il faut une rotation de 90° des valences autour
du C5.
CH2OH
CH2OH
O
OH OH
HO OH
C
H H
Les hexoses sont rarement sous la forme furane, c’est par contre la forme habituelle des
pentoses. La série L non naturelle se retrouve en projetant la formule du composé
correspondant à travers un miroir.
CH2OH
O
α –D-glucopyranose
______________________________________
α –L-glucopyranose
O
CH2OH
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Les formes de Haworth ne sont qu’une approximation car la valeur des angles entre les
valences des carbones y est de 120°. En réalité le noyau pyrane n’est pas plan mais il
peut exister sous deux formes : les formes chaises et les formes bateaux.
Les formes chaises sont les plus stables, c’est sous cette forme qu’on retrouve
essentiellement les oses naturels. L’anomère β du D-glucopyranose est prépondérant
par rapport à l’anomère α car il est plus stable (ceci car ses 5 substituants sont en
position équatoriale).
5. L’équilibre de la mutarotation
On peut représenter l’équilibre qui se crée à l’état libre entre les différentes formes du
D-glucose, cet équilibre est appelé équilibre de mutarotation.
Le glucose existe aussi sous forme furanique (sous forme α et β). Cependant les formes
stables des oses à l’état libre sont les formes pyraniques.
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Les mêmes observations que précédemment ont conduit à proposer des formules
cycliques des cétoses. Dans le cas des cétoses, on admet que le pont oxydique se forme
entre le C2 et le C5 ou entre le C2 et le C6.
CH2OH
HO C CH2OH O
O
CH2OH
CH2OH -D-fructofuranose
CH2OH
C
O
O
CH2OH
CH2
-D-fructopyaranose
Le fructose Cristallise essentiellement sous forme pyranique β (70%), mais est toujours
combiné sous forme furanique.
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SEANCE 3 : PROPRIETES DES OSES ET
DERIVES DES OSES
Objectifs : à la fin de la séance, l’apprenant doit :
L’oxydation
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Les aldoses et en moindre mesure les cétoses sont oxydables pour donner des acides.
L’iode en milieu alcalin oxyde le glucose en acide gluconique. Les cétoses ne sont pas
oxydés dans ces conditions.
CHO COOH
I2/H2O
CH2OH CH2OH
glucose acide gluconique
Un oxydant plus puissant comme l’acide nitrique oxyde aussi l’alcool primaire donnant
ainsi des acides aldariques.
CHO COOH
HNO3
CH2OH COOH
galactose acide mucique
NB. L’acide mucique ne dévie pas la lumière polarisée car il présente un plan de
symétrie.
Si l’on protège la fonction aldéhyde, l’acide nitrique n’oxyde plus que l’alcool primaire
pour donner les acides uroniques.
CHO CHO
CH2OH COOH
glucose acide glucuronique
En milieu alcalin et à chaud, les oses et dans certaines conditions les polyholosides
peuvent s’oxyder et en même temps réduire des substances telles que les sels
métalliques (Cu+2, Ag+, Fe3+, Hg+) et certains composés organiques (l’acide picrique, le
bleu de méthylène et le DNS (acide DiNitroSalicylique) en milieu alcalin et à chaud.
Méthode également utilisée pour le dosage du glucose). On parle alors de pouvoir
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réducteur des sucres. Cette propriété est due à la présence des fonctions
hémiacétaliques libres, fonctions aldéhydiques ou cétoniques qui s’isomérisent en une
fonction ène-diol très réductrice. (Confère travaux pratiques)
La réduction
La réduction enzymatique ou la réduction chimique par le borohydrure de lithium
transforme les aldéhydes ou les cétones en alcools.
CHO CH2OH CH2OH
C O
Action de la Phénylhydrazine.
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Des procédés spécifiques aux sucres permettent de rallonger ou de raccourcir la chaîne
carbonée. Il s'agit de la dégradation de WOHL qui réduit le nombre de carbone et de la
méthode de KILIANI qui l'augmente
Dégradation de WOHL.
La première étape est la formation de l'oxime, sous l'action de l'hydroxylamine. L'oxime
est déshydratée en nitrile (en fait une cyanhydrine due à la présence de l'alcool
secondaire du carbone voisin), la cyanhydrine est coupée en acide cyanhydrique et en
aldéhyde par Ag2O.(réaction inverse de la formation des cyanhydrines).
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1.2.2. Propriétés due à la présence des fonctions alcools
Formation des éthers oxydes
Cette réaction se produit avec les autres alcools. On peut ainsi fixer les radicaux
méthyles aux fonctions alcools du sucre. Cette réaction est utilisée dans la détermination
de la structure des sucres.
C OH + ROH C OR + H2O
O
C OH + RCOOH C O C R + H2O
Les esters les plus importants en biochimie sont les esters de l’acide phosphorique. Ce
sont des intermédiaires métaboliques ou des constituants des acides nucléiques
O O O
CH2 C O
HO H2SO4 C
H H + 3H2O
HO OH
Ribose Furfural
OH
CH2 O OH
H2SO4 O
+ 3H2O
HO OH
HO O
OH
5-hydroxyméthyl furfiral
Glucose
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Ces dérivés furfuraliques ont la propriété de se condenser avec des phénols ou des
amines cycliques pour former des composés colorés dont la teinte est fonction de l’ose
de départ. Selon les conditions d’utilisation de ces réactions, elles permettront soit une
analyse qualitative (exemple: révélation de la présence d’oses sur une chromatographie
sur couche mince (CCM)), soit une analyse quantitative (exemple : sous forme d’un
dosage colorimétrique). Les réactions couramment utilisées :
- Réaction de Molish :
Elle permet la caractérisation de tous les glucides (à partir de 5 carbones). Le furfural
formé réagit avec l’a-naphtol en milieu sulfurique et à chaud pour donner un composé
coloré en brun violet se prêtant à une analyse qualitative (CCM par exemple :
chromatographie sur couche mince en gel de silice).
- Réaction de l’ortho-toluidine :
En milieu acétique concentré et à chaud, les aldohexoses sont furfuralisés et se
condensent à l’ortho-toluidine en donnant une coloration verte qui donne lieu à un
dosage.
- La réaction de Bial : l’orcinol qui donne une coloration bleu violacé avec les
pentoses
La méthylation
C’est une réaction très utilisée dans la détermination de la structure des oses. Elle peut
se faire en phase gazeuse ou en milieu aqueux.
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CH2OH CH2OCH3 CH2OCH3
O O H2O/H
+ O
ICH3/AgNO3
OCH3 OCH3
Phase gazeuse OCH3 OCH3 OCH3
CH3OH
OCH3 OCH3
L’oxydation périodique
La réaction consiste à couper les oses en petits morceaux à partir des carbones
consécutifs ayant leur hydroxyle libre. L’alcool primaire donne de l’aldéhyde formique,
les alcools secondaires de même que les fonctions carbonyles donnent l’acide formique.
H O
C HCOOH
+
-
5IO4 -
4 HCOOH + 5IO3
+
H
C O
CH2OH H
CH2OH
H O
O -
C OCH3
2IO4 O
H O -
O C + 2IO3
OCH3 C C O +
H H
H
CH2OH CH2OH
O 2IO4
-
O OCH3
C -
+ HCOOH + 2IO3
OCH3 H O C H
O
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Le D ribulose (cétose correspondant au D ribose), est un ose très important bien
qu’il ne soit jamais présent en quantité importante. Son ester 1,-5-diphosphorique, le
ribulose 1,5-diphosphate est un intermédiaire important de la voie des pentoses
phosphates et de la photosynthèse.
CHO
CH2
CH2OH
O
CH2OH
désoxyribose
2) Les osamines
Ils diffèrent des oses par le fait que sur le C2, l’hydroxyle a été remplacé par une fonction
amine.
CH3
O C O
NH COOH
CH2OH CH2OH
CH2OH O O
NH2 NH2
N-acétylneuraminique (NANA) galactosamine glucosamine
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2) L’acide N-Acétylmuramique.
Avec la N-acétyl-glucosamine, il entre pour une part importante dans la composition du
mucopeptide des parois bactériennes et est responsable de la rigidité des parois
bactériennes.
5) Le glycérol et le ribitol
Ce sont des polyalcools acycliques, qui dérivent respectivement de la réduction du
glycéraldéhyde et du ribose. Outre le fait que le glycérol tienne une place importante
dans les voies métaboliques, il est, avec le ribitol un constituant des acides teichoïques et
lipoteichoïques de la paroi des bactéries Gram +
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SEANCE 4 : LES OLIGOSACCHARIDES ET
LES POLYSACCHARIDES
Objectifs : à la fin de la séance, l’apprenant doit pouvoir:
maltose
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C'est le sucre du lait des mammifères (75g/l dans le lait de la femme et 45 g/l dans le lait
de vache). Il donne des solutions dextrogyres et peu sucrées. Au niveau chimique, c'est
une liaison osidique établie entre le carbone aldéhydique du galactose et un groupement
–OH du glucose. Il y a conservation du pouvoir réducteur et de l'anomérie.
CH2OH
CH2OH
O
O
O
lactose
O
CH2OH O
CH2OH
saccharose
29
CH2OH CH2OH
O O
O
tréhalose
cellobiose
30
- Polyosides hétérogènes : différents oses ou dérivés
31
Ces deux enzymes ont pour principal substrat l’amidon mais leur action est incomplète
car elles ne peuvent pas hydrolyser les liaisons α(1→6) présentes dans l’amylopectine.
Ces dernières liaisons sont rompues par des glucanases.
Outre l’action des enzymes, l’amidon peut aussi être hydrolysé par les acides forts à
chaud. Selon le temps d’action l’hydrolyse est plus ou moins complète ; il se forme toute
une gamme de composés intermédiaires; les dextrines.
Le glycogène
Polyglucose stocké dans le cytosol des hépatocytes pour les distribuer à tout l'organisme
si besoin est, le glycogène a une structure est comparable à celle de l'amylopectine, mais
elle comporte un nombre supérieur d'unités glucose condensées et des branchements
(tous les 8 à 12 résidus et 3 à 5 au centre de la molécule) avec une longueur moyenne
des chaînes latérales plus faible.
Les dextranes
Réserves des bactéries et des levures, Ce sont des polymères de D-glucopyranose avec
des liaisons (1→6) plus des branchements occasionnels au niveau des C3 et C4. Ils sont
un des composants de la plaque dentaire. Leur intérêt réside dans leur utilisation :
- comme substituts du plasma en thérapeutique
- comme supports pour la chromatographie liquide
La cellulose :
Constituant majeur des fibres des parois végétales, elle prend la forme de longues
chaînes linéaires de 5 à 15000 unités de D-glucopyranose unies par des liaisons (1→4).
La cellulose est cristalline, elle a des molécules linéaires qui s'agencent en un réseau
tridimensionnel construit par des liaisons hydrogènes intermoléculaires. La cellulose
n'est pas digestible sauf s'il y a production de cellulases (des hydrolases de liaisons β(1 à
32
4), que l'on trouve par exemple dans le flore intestinale des ruminants. Ces β-D-
glucosidases libèrent non pas le glucose, mais le cellobiose.
La chitine : utilisée par les invertébrés pour la confection d'un exosquelette rigide et
résistant. Elle ne diffère de la cellulose que par le C2 du glucose dont le groupement –OH
est remplacé par une acétylamine : —C2—NH—COCH3. La cellulose et la chitine ont des
masses moléculaires et des structures en fibres identiques, et ont les mêmes propriétés
d'insolubilité et de résistance. Elle n'est pas digestible, à moins de fabriquer de la
chitinase.
B. Les polyosides hétérogènes : L'acide hyaluronique des parois bactériennes mais
surtout des liquides synoviaux et des tissus conjonctifs, est comme l'amylase ou la
cellulose, est la répétition d'un diholoside de glucose mais modifié
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TRAVAUX DIRIGES
Exercice 1
Parmi les oses suivants, indiquez ceux qui peuvent donner des produits de réduction
identiques. Justifiez
B C E
Exercice 2
Etude de la structure d’un trisaccharide
On soumet à la perméthylation suivie d’hydrolyse trois diholosides isomères non
réducteurs, constitués de D-glucose et de D-galactose. Ils sont hydrolysables tous les
trois par la bétagalactosidase ou l’alpha-glucosidase.
On obtient dans un premier cas :
Un 2,3,4,6 tétraméthyl-glucose
Un 2,3,4,6 tétraméthyl-galactose
Dans le deuxième cas, on obtient :
Un 2,3,5,6 tétraméthyl-glucose
Un 2,3,4,6 tétraméthyl-galactose
Dans le troisième cas on obtient :
Un 2,3,4,6 tétraméthyl-glucose
Un 2,3,5,6 tétraméthyl-galactose
1. Quels sont les noms exacts et les formules de ces trois isomères ?
2. Comparer les produits de l’oxydation périodique pour le premier et le deuxième
cas.
Exercice 3
Etude d’un disaccharide
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L’hydrolyse d’un disaccharide, après perméthylation, conduit à deux dérivés méthylés :
2,3,4 triméthylé et 2,3,4,6 tétraméthylé. Quel est parmi les diholosides suivants :
Tréhalose, maltose, isomaltose, cellobiose, acide hyalobiuronique (β-D-glucuronosyl-1,3-
acétyl D-glucosamine) celui qui correspond au disaccharide étudié ?
Exercice 4
Par hydrolyse acide partielle de parois cellulaires de Mycobactérium tuberculosis, Vilkas
et Col ont isolé un disaccharide réducteur. En vue d’établir sa structure, les expériences
suivantes ont été réalisées :
1. un hydrolyse acide totale donne uniquement du D-galactose ((alpha) D= + 80°)
2. une chromatographie sur papier suivant une hydrolyse très douce(acide
sulfurique N/200 à 85°C pendant 1h30),montre la présence de D-galactose et de produit
de départ
3. le disaccharide est réduit au moyen de monohydrure de sodium en milieu aqueux
puis traité pendant un temps très court (4min par du périodate de sodium, puis de
nouveau réduit.après hydrolyse chlorhydrique, on a pu mettre en évidence un seul sucre
réducteur, le L-arabinose, ainsi que de l’éthylène glycol et une petite quantité de glycérol.
4. Une perméthylation du disaccharide(on rappellera brièvement les diverses
techniques de méthylations utilisables)suivie d’une hydrolyse acide,donne du 2,3,5,6
tétra-O-méthyl-D-galactose,ainsi que du 2,3,4 tri-O-méthyl-D-galactose.
5. Le disaccharide possède un pouvoir rotatoire spécifique dans l’eau (à l’équilibre)
= 26°.
Commenter avec soins tous les résultats et en déduire la formule structurale du
disaccharide.
Exercice 5
1. L’étude d’un spectre RMN permet de déduire que la liaison glycosidique du
disaccharide A est en position béta
2. l’hydrolyse de A conduit à un mélange équimolaire de D-glucose et de D-galactose
3. A peut dans certaines conditions donner lieu à des phénomènes de mutarotation
4. l’action de l’iode en milieu alcalin sur A suivie d’une hydrolyse acide conduit à un
mélange de D-galactose et d’acide gluconique
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5. A soumis à une perméthylation par du sulfate de diméthyle en milieu basique
donne A’. L’hydrolyse acide de A’ donne après analyse deux dérivés :
B = 2,3,4,6-tétra-O-méthyl-β-D-glucose
C = 2,3,4-tri-O-méthyl-D-glucose
D’après ces renseignements, donner avec la justification de chaque étape, la formule
structurale de A et sa nomination officielle
Exercice 6
Voici certains glucides en représentation de Fisher:
CHO
CHO CH2OH
CHO CH2OH C O
C O
CH2OH CH2OH
CH2OH CH2OH
(2) CH2OH (4)
(1) (5)
(3)
CH2OH
Exercice 7
Voici la formule du raffinose. Quelles sont les propositions exactes ?
a) Il est non réducteur b) Il est hydrolysé par une α-glucosidase c) Il est hydrolysé par
une β -galactosidase d) Le 2,3,4 triméthyl-galactopyranose est un des produits d’une
36
perméthylation suivie d’une hydrolyse e) C’est le D−galactopyranosyl α (1-6) D-
glucopyranosyl α (1-2) D-fructopyranoside β
CH2OH
O
O CH2
O
CH2OH
O
CH2OH
Exercice 8
Voici l’élément de base de l’acide hyaluronique (figure 3). Quelles sont les propositions
exactes ?
a) présence du D-glucose b) présence du N acétyl D galactosamine c) présence de l’acide
glucuronique d) présence d’une liaison β (1-3) e) dans le polymère présence d’un autre
type de liaison β (1-4)
CH2OH
COOH O
O
O
NH C CH3
O
Exercice 9
Soit le polyoside A suivant :
CH2OH
O
O CH2
O O CH2
(B) O
(C)
37
4.ce polyoside présente-t-il le phénomène de mutarotation ?
5.En présence des enzymes suivantes béta-D-galactosidase, alpha-D-glucosidase,
alpha-D-ribosidase ; peut-on obtenir une molécule ?
6.Après méthylation et hydrolyse acide de ce polyoside, y aura-t-il un dérivé tétra-O-
méthylé ? Justifier.
Exercice 10
On veut connaître le degré de ramification de l’amylopectine correspondant à des
liaisons α (1-6). Quel procédé peut-on employer ? Un échantillon de 258 mg
d’amylopectine fournit uniquement des dérivés méthylés du glucose dont 12,4 mg de 2-
3 diméthyl glucose. Quel est le pourcentage de résidus de glucose de l’amylopectine
possédant des ramifications α (1-6) ?
Exercice 11
On donne les pouvoirs rotatoires suivants : α-D-glucopyranose : 112°, β-D-
glucopyranose : 18,7°.
Calculez l’angle de déviation de la lumière polarisée d’une solution de α-D-
glucopyranose 0,5 M dans un tube de longueur 100 mm.
Quand on dissout une quantité de α-D-glucopyranose dans de l’eau distillée on observe
une diminution progressive du pouvoir rotatoire de 112° vers 52,7°. Expliquez la raison
de cette diminution.
Exercice 12
On ajoute 50 ml d’eau distillée à 25 ml d’une solution A d’un hexose (D-xylose) (pouvoir
rotatoire = +19) de concentration inconnue. 5 ml de ce mélange sont alors placés dans
un tube de polarimètre de longueur 10 cm. L’angle de déviation de la lumière polarisée
mesurée dans ces conditions est de +3°.
Calculez la concentration de la solution A avant le mélange en g/l et en molarité. 20 ml
de cette solution A sont additionnés à 20 ml d’une solution à 2,5% de fructose (pouvoir
rotatoire = -92°).
Calculez l’angle de déviation de la lumière polarisée par ce mélange (on utilise les
mêmes conditions de mesure).
38
Exercice 13
Une solution de D glucose présente après un certain temps de mise en solution un
pouvoir rotatoire spécifique de + 52,7 °. Calculer les pourcentages des formes α et β
sachant que : [α] (α D- glucose) = +113,4°, [α] (β D-glucose) = +18,7°
Exercice 14
Un diholoside réducteur est soumis à l'action de l'iodure de méthyle en présence
d'oxyde d'argent. Le dérivé méthylé obtenu est ensuite hydrolysé en milieu acide et
l'hydrolysat est alors soumis à une chromatographie en phase gazeuse. On identifie les
composés suivants en quantité égale :
-2,3,4,6-tétra-O-méthyl-D-glucopyranose
-2,3,6-tri-O-méthyl-D-glucopyranose
En déduire la formule du diholoside. Que manque-t-il comme information pour pouvoir
lui donner avec certitude un nom ?
Exercice 15
Préciser en écrivant les réactions et les noms des produits obtenus par action de l'iodure
de méthyle en présence d'un catalyseur (oxyde d'argent) sur les glucides suivants : le
lactose, le saccharose
Exercice 16
Deux polysaccharides X et Y sont hydrolysés et dans les deux cas on n’obtient que du D
glucose. La méthylation de ces deux polysaccharides suivie d'une hydrolyse acide donne:
pour X : 84 % de 2,3,6 triméthylglucose, 8 % de tétraméthylglucose, 8 % de
diméthylglucose et pour Y: 99,8 % de 2,3,6 triméthylglucose, 0,2% de
tétraméthylglucose. Les α amylases sont actives uniquement sur X. Que pouvez-vous
préciser à propos de ces deux polyholosides ?
Exercice 17
Après perméthylation d’un téra-holoside branché suivie d’une hydrolyse acide, on
obtient les composés suivants :
2,3,4,6 tetra-o-methy alpha-D-glucopyranose
2,3,4,6 tétra-o-methyl alpha –D-manopyranose
39
2,3 di-o-methyl- alpha-D galactopypranose
2,3,6 tri-o-methyl-alpha D- glucopyranose
Donner selon Haworth une structure de A qui satisfait le résultat ci-dessus. Dire si A est
réducteur ou nom. Justifier.
Exercice 18
Après méthylation exhaustive suivie d’hydrolyse acide de 34 g d’amylopectine on a
obtenu les quantités ci-dessous des produits suivants :
A: 16,6 mmole 2,3,4,6 tetra-o-methyl alpha-D- glucopyranose
B : 16,6 mmoles
C : x mmoles 2,3,6 tri-o-methy alpha-D-glucopyranose
Donner l’origine (position) de A dans la chaîne d’amylopectine.
Donner le nom générique de B.
Calculer la quantité x (en mmoles) de C.
*Note : PM d’un résidu glycosyl =162.
Exercice 19
Etude de la structure d’un triholoside
Déterminer la structure d’un trisaccharide A grâce à l’emploi d’un certains nombre de
techniques
1. on remarque que
A ne donne pas de phénylozazone par réaction avec un excès de phénylhydrazine
L’hydrolyse acide totale de A conduit à un mélange équimolaire de D-glucose, D-
galactose et de D-fructose
Une hydrolyse acide douce totale de A conduit à du D-fructose et à un
disaccharide B. ce dernier est mis en évidence par chromatographie sur papier et par
révélation au moyen du nitrate d’argent en milieu alcalin
Un traitement enzymatique de A par une béta galactosidase soigneusement
purifiée produit du D-galactose et un disaccharide C qui ne donne lieu à aucun
phénomène de mutarotation
Commenter ces premiers résultats et indiquer les conclusions qui peuvent en être tirées
2. Etude du disaccharide B
40
Son oxydation par l’eau de brome conduit à un acide aldonique qui, par hydrolyse
acide donne du D-galactose et de l’acide gluconnique. De plus l’action prolongée et
répétée du sulfate de méthyle en milieu alcalin donne un dérivé octaméthylé de B et
dont l’hydrolyse acide libère le 2,3,4,6-tétra-O méthyl-D-galactose et le 2,3-tri-O-méthyl-
D-glucose.
Après réduction au borohydrure de lithium, B est soumis à une oxydation
périodique qui consomme par mole de B 6 moles de périodate (4 moles étant utilisées
très rapidement) avec libération d’une mole de formaldéhyde et 4 moles d’acide
formique. Montrer que ces résultats permettent d’établir sans ambiguïté la structure de
B.
Cette structure peut être confirmée par une méthylation de tous les hydroxyles
de l’acide aldobionique envisagé plus haut, suivie d’une hydrolyse acide du composé
perméthylé. Quelle est la nature des produits d’hydrolyse ?
Montrer à l’aide d’un exemple, l’avantage (pour la détermination de la structure)
de cette dernière méthode sur celle consistant à perméthyler le sucre, sans l’oxyder au
préalable.
3. Etude du dissacharide C
Son hydrolyse acide ou enzymatique donne en quantité équimolaire du D-
glucose et D-fructose. Ce disaccharide est hydrolysé enzymatiquement par une alpha
glucosidase ainsi que par une invertase qui attaque sélectivement les liaisons bété-D-
fructosides.
Montrer que ces informations ne sont pas suffisantes pour établir la structure complète
sans ambiguïté de C.
Alors une perméthylation suivie d’une hydrolyse acide est effectuée sur C. Elle
conduit au 2,3,4,6-tétra-O-méthyl-D-glucopyranose (identifié par comparaison avec un
échantillon authentique) et à un téta-O-méthyl-D-fructose non identifié. La non
identification de ce dérivé laisse subsister une incertitude théorique au sujet de la
nature du cycle du fructose. Laquelle ?
Pour lever cette incertitude, C est soumis à une oxydation périodique : 3 moles de
périodate sont consommées, une mole d’acide formique et i=une mole d’un tétra
aldéhyde étant produites par mole de C. quelle est la structure de ce téta aldéhyde ?
Envisager ensuite l’oxydation de C par l’eau de brome puis l’hydrolyse acide du
composé oxydé. Donner la structure de C ?
41
4. Dessiner la structure du triholoside A
Exercice 20
L’hydrolyse acide d’un polysaccharide de PM moyen 106 aboutit à du D-glucose
exclusivement.
La méthylation totale de ce polymère suivie de son hydrolyse acide libère environ
84% de 2,3,6-triméthylglucose, 8% de 2,3,4,6-tétraméthylglucose et de 8% 2,3-
diméthylglucose.
Par action conjointe de l’alpha amylase et de la béta amylase l’on aboutit à la
formation d’un sucre de PM 340±10. Par oxydation périodique cette molécule
consomme 4 moles d’acide périodique et libère 20 moles d’acide formique.
1. Quel peut être ce polysaccharique ?
2. Quel est le sucre obtenu par action des amylases sur ce polysaccharique ?
3. Quelle est la longueur moyenne de la chaîne ?
Exercice 21
L’étude du spectre RMN de la substance extraite de l’humeur vitrée de l’œil de bovin
permet de déduire que les liaisons osidiques sont du type béta. Une hydrolyse acide
totale suivie de la chromatographie sur couche mince révèle deux tâches. L’action de
l’eau de brome suivie d’hydrolyse acide du disaccharide donne un acide N-acétyl-
hexonique et un acide hexa-uronique. Une perméthylation suivie de l’hydrolyse acide du
disaccharide donne un tri-O-méthyl-2,3,4,-D-glucuronique et un N-acétyl-di-O-méthyl-
4,6-D-glucosamine.
1. Commenter avec soin l’énoncé en complétant à chaque étape les réactifs utilisés
2. Donner la formule du disaccharide, sa nomenclature officielle et son nom usuel.
3. En déduire la formule de la substance extraite de l’humeur vitrée de l’œil de
bovin et la nommer.
4. A quelle famille appartient-elle ?
5. Donner ses propriétés physicochimiques et biologiques
6. Quelles sont les enzymes qui réagissent sur cette molécule ? donner les produits
obtenus.
42
LES ACIDES AMINES ET LES PROTEINES
1. Introduction
Le nom protéine vient du mot grec « prôtos » qui signifie premier. Ce nom a été donné par
Berzelius, un des pères fondateurs de la chimie moderne, à des composés thermolabiles comme
l’albumine contenue dans le blanc de l’œuf et dans le lait. Il supposait que ces composés jouaient
un rôle important parmi les composés biologiques. En effet, les protéines sont des composés
extrêmement importants tant sur le point de vue quantitatif (plus de 50% du poids sec de la
cellule) que sur le point de vue qualitatif (car à côté des protéines dites structurales se trouvent
des protéines jouant un rôle des rôles biologiques importants : les immunoglobulines assurent la
défense de l’organisme, les enzymes sont des biocatalyseurs, les hormones des médiateur d’une
information biologiques des organismes supérieurs).
Toutes les protéines contiennent 4 éléments principaux : le carbone, l’hydrogène, l’oxygène et
l’azote. Beaucoup contiennent le soufre, certaines du phosphore. La teneur moyenne en azote est
de l’ordre de 16%. Les protéines sont formées par la condensation d’un grand nombre d’unités
appelées acides aminés. On peut classer les protéines en deux grands groupes :
Les holoprotéines : elles sont constituées uniquement d’un enchaînement d’acides
aminés
Les hétéroprotéines : outre l’enchaînement d’acides aminés elles contiennent un
groupement dit prosthétique qui peut être de nature glucidique, lipidique, nucléique ou autre.
43
Les acides aminés
1. Introduction et classification
Comme leur nom l’indique, ils comportent une fonction carboxylique et une fonction amine
primaire en position α par rapport au carboxyle de sorte qu’ils répondent tous sauf la proline à
la formule générale suivante :
R CH COOH
NH2
Tout comme dans le cas des sucres on peut définir chez les acides aminés la configuration L/ D.
Les acides aminés de la série D ont leur fonction amine dirigée vers la droite tandis que les
acides aminés de la série L ont leur fonction amine dirigée vers la gauche. Les acides aminés
naturels sont de la série L, cependant il existe quelques exceptions. Exemple des peptides
cycliques à activité antibiotique et du peptidoglycanne des bactéries.
A la mort d’un organisme vivant les acides aminés, initialement de forme L se transforment
progressivement en forme D, c'est la racémisation. Cette évolution est très lente et dépend des
conditions physico-chimiques (pH, température...) du milieu. La racémisation des acides aminés
peut donc être utilisée comme méthode de datation relative des fossiles d’organismes vivants.
Elle consiste à déterminer la proportion des formes L et D des acides aminés présents dans ces
fossiles pour en déduire une datation.
La technique souvent utilisée est la chromatographie en phase gazeuse associée à spectrométrie
de masse (GC/SM). Cette méthode est utilisée, avec des succès variés, sur les ossements et dents
fossiles, les coraux, le bois, les graines, les mollusques, les foraminifères et sur la matière
organique des sédiments marins et lacustres.
Le fait que la vitesse de racémisation dépende des conditions du milieu de fossilisation cette
méthode ne permet pas d'effectuer des datations absolues. En revanche elle permet de comparer
44
l'âge de fossiles qui auraient évolué dans les mêmes conditions. Une des protéines les plus
utilisées est la dentine de la dent.
On trouve dans les protéines quel que soit leur origine une vingtaine d’acides aminés qui
diffèrent par le radical R. certains acides aminés ne peuvent pas être synthétisés par l’organisme
humain et doivent de ce fait être apportés par l’alimentation. Ce sont des acides aminés
indispensable, au nombre de 9 : le tryptophane, la lysine, la méthionine, la phénylalanine, la
thréonine, la valine, la leucine, l'isoleucine et l'histidine.
45
l'hémoglobine et dans la régulation de la
glycémie
Acides La sérine : Ser ou S, 105 Da Elle est très abondante dans la fibroïne de
aminés à * la soie, dans les phosphoprotéines comme
HOH2C CH COOH
radical NH2 la caséine, la phosvitine du jaune d’œuf.
hydroxyl Elle intervient dans la synthèse des purines,
é créatine, porphyrne et à participe à la
production d'anticorps
Les La cystéine : Cys ou C 121 Da Cet acide aminé joue un rôle important
acides HS
*
CH2 CH COOH
dans la structure secondaire des protéines
aminés à NH2 grâce à sa fonction thiol, SH. Deux
radical cystéine molécules de cystéines peuvent se
soufrés combiner avec perte d’hydrogène pour
HOOC CH CH2 S S CH2 CH COOH
donner la cystine. La cystéine intervient
NH2 NH2
cystine dans la détoxication, la production du
collagène, l’élasticité et la texture de la
peau, du glutathion, de la
46
La méthionine : Met ou M, 149 Da C’est un acide aminé indispensable, très
* peu abondant dans la nature. Son méthyle
H3C S CH2 CH2 CH COOH
NH2 est métaboliquement mobile. C’est l’acide
aminé d’initiation de la protéosynthèse.
Maintien le fonctionnement du foie,
antioxydant,
Les L’acide aspartique : Asp ou D, 133 Da Très répandu, c’est le plus acide des acides
acides * aminés son pHi est de 3. Il participe au
HOOC CH3 CH COOH
aminés à NH2 cycle de l'urée, formation des nucléotides,
radical production d'anticorps
carboxyl
ique
L’acide glutamique : Glu ou E, 147 Da Très répandu, dans les protéines il joue un
amide
La glutamine : Gln ou Q, 146 Da Elle dérive de l’acide glutamique. Elle
47
O intervient dans la détoxication de
* l'ammoniac, la formation des bases azotées
H2N C CH2 CH2 CH COOH
NH2 et dans le fonctionnement du cerveau
Les La phénylalanine : Phe ou F, 165 Da. C’est un acide aminé indispensable très
acides * répandu. Il est formé d’un noyau
CH2 CH COOH
aminés à NH2 benzénique et d’une alanine. Dans le
chaîne système nerveux, la phénylalanine aide
latérale intervient dans le fonctionnement de la
cyclique mémoire, c’est aussi un précurseurs
d'hormones thyroïdiennes et de la
48
mélanine
nicotinique
49
polypeptidique. A l’inverse des autres
acides aminés qui ont une amine primaire,
l’amine de la proline est secondaire. Un
acide aminé voisin se rencontre dans le
collagène, l’hydroxyproline. Elle se forme
après incorporation de la proline dans la
chaîne par hydroxylation.
HO O HO O
C C
C H C NH2
H2N H
CH3 CH3
L-alanine D-alanine
K1 - +
R' COOH R'COO + H
(anion)
+
K2 +
R'' NH2 + H R'' NH3
(cation)
Ces deux réactions sont des dissociations qui correspondent à des équilibres auxquels s’applique
la loi d’action de masse. Les deux constantes peuvent ainsi s’écrire :
- + + +
[RCOO ][H ] [R''NH3 ][H ]
K1 = (1) K2 = (2)
[RCOOH] [R''NH2]
K1 et K2 varient suivant les acides aminés, mais K1 pour un acide carboxylique est de l’ordre de
10-4 à 10-6 et K2 pour une amine de l’ordre de 10-8 à10-10. Connaissant K1 et K2 on peut pour
chaque pH calculer le pourcentage de molécules ionisées.
50
Exemple Si [R’COO-] = [RCOOH], K1 = [H+] alors pH = pK1, pK1 est le pH de demi dissociation.
- +
logK1 = log[RCOO ]+ log[H ] -log[R'COOH]
-
+ [RCOO ]
logK1 = log[H ] + log
[RCOOH]
-
[RCOO ]
pK1 = pH - log
[RCOOH]
-
[RCOO ]
pH = pK1 + log (Hasselbach)
[RCOOH]
supposons pH = pK1 - 2
- -
[RCOO ] [RCOO ] -2
log =2 = 10
[RCOOH] [RCOOH]
si pH = pK1 - 2, l'acide est dissocié au 100è
K1 indique la facilité avec laquelle cette dissociation a lieu de ce fait il mesure la force de
l’acide de même K2 mesure la force de la base. Lorsqu’on fait passer une solution d’acide
aminé d’un pH bas vers un pH élevé de pH2 à pH10 par exemple on a les transformations
suivantes :
pH = 2 pH = 10
+ + - -
H3N CH COOH H3N CH COO H2N CH COO
R R R
zw ittérion
Le pH auquel l’acide aminé est sous forme de zwittérion est le point isoélectrique ou
isoionique. A ce pH, la solubilité est maximale et l’acide aminé ne migre pas dans le champ
électrique. C’est sous cette forme qu’on retrouve les acides aminés cristallisés
3. Propriétés chimiques
Les α-COOH, les α-NH2 et le radical R confèrent aux acides aminés des propriétés chimiques
particulières.
51
Par décarboxylation, les acides aminés donnent des amines biogènes qui sont des composés
doués de propriétés pharmacologiques. L’histamine qui provient de la décarboxylation de
l’histidine est allergisante et hypotenseur.
La bétaïne est un composé qui stimule le muscle lisse pour accélérer la digestion.
- La N-arylation : c’est la substitution par des groupements aromatiques
- La N-acylation : c’est la réaction avec les acides organiques tels que l’acide acétique
- Action de l’acide nitreux : l’acide nitreux agit avec les acides aminés en libérant de
l’azote.
52
- La réaction à la ninhydrine : Elle est utilisée dans l’identification et le dosage des
acides aminés car c’est une réaction colorée.
O O
OH R OH R
+ H2N CH COOH + NH3 + CO2 + H C O
OH H
O acide aminé O
ninhydrine oxydée ninhydrine réduite
O O O O
OH H H
+ N H+ N
OH H OH
O O O O
ninhydrine oxydée ninhydrine réduite complexe bleu pourpre
Le groupement α-aminé d’un acide aminé est déshydraté en groupement imino. Celui-ci se
désintègre avec la perte d’un CO2 et d’un NH3 entraînant la formation d’un aldéhyde possédant
un carbone en moins. La ninhydrine réduite se condense avec une molécule de ninhydrine non
réduite pour former un composé bleu pourpre. Cette réaction est appliquée au dosage
colorimétrique et à la révélation des acides aminés en chromatographie
53
Structure tridimensionnelle des protéines
En fonction des différentes interactions entre les acides aminés composant les protéines, on
distingue 4 niveaux de structure : les structures primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire.
NH2
2O C H2N CONH CONH2 + NH3
NH2
urée biuret
C’est la raison principale pour laquelle les polypeptides donnent des réactions dites de biuret
caractérisées par une coloration violette après addition de sulfate de cuivre en milieu alcalin. La
liaison peptidique résulte donc de la combinaison entre le carboxyle d’un acide aminé (extrémité
N-terminale du peptide) et l’amine d’un autre acide aminé (extrémité C-terminale du peptide)
avec perte d’une molécule d’eau.
liaison aa C-ter
aa N-ter
peptidique
On parlera de di, tri, tetra, … peptide pour les composés formés de 2, 3, 4,… acides aminés.
Lorsque le nombre d’acides aminés est élevé on parlera de polypeptides. On appelle
généralement protéines, les polypeptides dont le Poids moléculaire est supérieur à 5000.
54
Lorsqu’on isole une protéine, on procède à la détermination de la nature des acides aminés
constitutifs ainsi que leur ordre d’enchaînement. C’est la détermination de la structure primaire.
La succession des acides aminés d’une protéine forme sa structure primaire. Les liaisons
peptidiques sont donc à la base de la structure primaire mais ce ne sont pas ces seules liaisons.
En effet, les protéines peuvent former plusieurs chaînes polypeptidiques unies par des liaisons
secondaires que sont les ponts disulfures qui se forment entre les résidus de cystéine pour
former un résidu de cystine.
Les autres liaisons sont rompues par les agents dénaturants. Les chaînes ainsi obtenues sont
séparées par chromatographie ou par électrophorèse et on travaille sur chaque chaîne
séparément.
55
Le DNFB se combine avec l’aa N-terminal avec départ de l’acide fluorhydrique, il se forme un
dinitrophényl-aa (DNP-aa)
Après hydrolyse, le DNP-aa reste intacte et peut être identifié par chromatographie.
Il se forme un PTH-aa de l’aa N-terminal que l’on peut identifier par chromatographie. À la
différence des autres méthodes, ici l’hydrolyse totale de la protéine n’est pas nécessaire, car la
chaîne est uniquement amputée de son aa N-terminal et la réaction est récurrente.
56
- La méthode enzymatique
Cette méthode utilise l’aminopeptidase qui est une enzyme qui détache l’aa N-terminal. Son
action doit être assez brève pour ne pas détacher de façon récurrente les aa suivants
L’absence d’un aa N-ter signifie que le peptide est circulaire ou l’aa N-ter est combiné à un
radical la détermination quantitative des aa N-ter permet de connaître le nombre de chaînes
peptidiques de la protéine
1.4. Nomenclature
Un aa incorporé dans la chaîne perd un H de son NH2 (aa C-ter) ou un OH de son COOH (aa N-ter)
ou les deux (aa intrachaîne). On les appelle les résidus d’aa et on les désigne en ajoutant le
suffixe « yl » au radical de leur nom. On désigne en premier l’aa N-ter et les autres viennent dans
l’ordre où ils se suivent, toujours après le suffixe « yl ». Seul l’aa C-ter est désigné par son nom
inchangé.
2. Structure secondaire
57
La chaine polypeptidique n’est pas une structure plane. On distingue deux structures :
Les hélices α : dans ce cas, la protéine est enroulée autour d’un cylindre imaginaire avec un pas à
gauche ou à droite. Le pas de vis est de 5,4 angstraem
58
SEANCE 5 : LES LIPIDES
Objectifs : à la fin de la séance, l’apprenant devra :
1. Présentation générale
Les lipides sont des produits naturels largement répandus dans le règne animal et
végétal. Ils forment une famille hétérogène au point de vue de la structure ou de
groupements fonctionnels mais possèdent des propriétés communes concernant leur
densité (inférieure à celle de l'eau) et leur solubilité. Les lipides sont tous insolubles
dans les solvants polaires (comme l'eau) mais très solubles dans les solvants non
polaires ou faiblement polaires (comme l'éther, le chloroforme, l'acétone).
Les lipides développent une large gamme de propriétés fonctionnelles : réserve
énergétique, transport de molécules liposolubles (vitamines, colorants), molécules
structurales (élaboration des membranes cellulaires), régulateurs métaboliques
(hormones stéroïdes), émulsifiants, texture.
Partant de leur caractère hydrophobe, on distingue deux groupes de lipides aux
fonctions biologiques distinctes. Certains lipides sont constitués de molécules
complètement apolaires : ce sont les lipides neutres. Au contraire, d’autres lipides ont
une molécule bipolaire dont une extrémité reste attirée par l’eau : lipides amphiphiles.
Sur le plan biologique, les lipides neutres sont des lipides de dépôt constituant des
réserves énergétiques dans la matière vivante. Par contre, les lipides amphiphiles sont
des lipides de constitution, permettant, par exemple, l’élaboration des membranes
biologiques.
La classification biochimique des lipides est la suivante :
les lipides simples ou homolipides sont des lipides ternaires uniquement
constitués de C, H, et O. Ce sont les lipides neutres. Les triacylglycérols (TAG) sont
très majoritaires sur le plan alimentaire.
59
les lipides complexes ou hétérolipides sont constitués de C, H et O auxquels
viennent s’adjoindre P et/ou N. Ces nouveaux atomes donnent des groupements
polaires sur la molécule, conduisant ainsi aux lipides amphiphiles. Les
glycérophospholipides (GPL) et les sphingolipides (SL) appartiennent à ce groupe
les lipides isopréniques et icosanoïdes constituent un ensemble de molécules
très diverses regroupées ici en raison de leur caractère hydrophobe : ce sont les
substances lipoïdes ou insaponifiables.
60
Tableau 1 : Classification des lipides
Classes Sous classes Description
Lipides simples Acylglycérols Glycérol+ acides gras
Cires (cérides) Alcool à longue chaîne carbonée+
acides gras à longue chaîne carbonée
Lipides Phosphocaylglycérols Glycérol + acides gras + phosphate +
complexes (glycérophospholipides) composé souvent azoté
Sphingomyélines Sphingosine + acides gras +
phosphate + choline
Cérébrosides Sphingosine + acides gras + sucre
simple
Gangliosides Sphingosine + acides gras +
carbohydrate complexe incluant
l’acide sialique
Lipoïdes ou Substances présentant certaines Exemples: caroténoïdes, stéroïdes,
insaponifiables propriétés des lipides sans être ni des vitamines liposolubles
lipides simples ni des lipides complexes
61
2.1. Les acides gras saturés (AGS)
Les acides gras saturés naturels constituent une série continue d’acides gras à nombre
pair de carbone allant de 4 à plus de 30. Les acides gras à chaînes courtes (de 4 à 10 C)
sont surtout présents dans le beurre où l’acide butyrique est très majoritaire. Les acides
gras à chaînes moyennes (de 12 à 18 C) et longues (20 C et plus) constituent les graisses
et huiles d’origine animale et végétale. Les acides palmitique et stéarique sont très
majoritaires et représentent les deux plus importants acides gras saturés alimentaires.
Les AGS naturels sont soit liquides, soit solides à la température ordinaire selon la
longueur de leur chaîne hydrocarbonée. Tous les acides gras à chaînes courtes sont
liquides à 37 °C alors que les autres acides gras sont solides.
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l’origine des huiles végétales. Les AGI naturels courants sont liquides à la température
ordinaire. On constate que la température de fusion d’un acide gras s’abaisse lorsque le
nombre de doubles liaisons augmente.
Les acides linoléique et linolénique sont des AGPI importants pour l’édification et le
fonctionnement de l’organisme humain : ils sont dits essentiels. Ces deux AGPI ne
peuvent être synthétisés par les cellules humaines et doivent être présents dans la
ration alimentaire : ils sont donc indispensables. Cette incapacité de synthèse est liée à
la mise en place des doubles liaisons réalisée grâce à l’intervention d’enzymes appelés «
désaturases » : il n’existe pas dans les cellules humaines de désaturases capables de
positionner des doubles liaisons ∆ au-delà du C9 alors qu’elles existent dans les cellules
végétales et en particulier chez les plantes oléagineuses.
En diététique on utilise une nomenclature dans laquelle, la position de la double liaison
est indiquée par ɷ n, où n est la position de la première double en partant du méthyl.
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2.3.2. Les acides gras ramifiés
Rencontrés dans les lipides bactériens. Exemple de l’acide tuberculostéarique ou acide
méthyl-10-stéarique.
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2.4. Propriétés physicochimiques des acides gras
2.4.1. Propriétés physiques
Le point de fusion/point d’ébullition
Tous les acides gras à n>10 sont solides à la température ordinaire. Le point de fusion
augmente avec le nombre de carbone et diminue avec le nombre de doubles liaisons.
Tous les AGI sont liquides à la température ordinaire. Le point d’ébullition augmente
avec le nombre de carbone mais, la présence des doubles liaisons n’a pas d’influence.
Densité
Les acides gras sont moins denses que l’eau.
La solubilité
L’hydrophibie (dissociation du groupement carboxyle) décroît avec le nombre de
carbone. L’hydrophobie de la chaîne carbonée l’emporte sur l’hydrophibie du
groupement carboxyle. Seuls les C4 et les C6 sont solubles dans l’eau. Le reste est soluble
dans les solvants organiques et cette solubilité augmente avec le nombre de carbone et
le nombre de doubles liaisons.
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L’estérification : c’est la réaction avec les alcools conduisant à des esters. On
définit l’indice d’ester IE comme étant la quantité en mg de potasse nécessaire
pour saponifier les esters contenus dans 1g de lipide.
La présence d’acides gras non estérifiés dans un corps gras matérialise son
acidité libre ainsi on définit un indice d’acide IA. C’est la quantité de potasse en
mg (déterminé à froid) nécessaire pour neutraliser l’acidité libre contenue dans 1
g de corps gras. La teneur en acides gras libres des corps gras augmente avec le
temps à cause de la lipolyse. La relation entre les trois indices est : IE= IS – IA
Ainsi on définit l’indice d’iode comme étant la quantité en g d’iode fixée par 100g
de matière grasse. Il sert à mesurer la qualité de la matière grasse et donne une
idée du degré d’insaturation.
66
L’oxydation : les AGI sont très sensibles à l’oxydation et les produits varient en
fonction des conditions d’oxydation.
1. Les peracides : elle aboutit à la formation des époxydes.
4. L’oxygène atmosphérique
En présence de l’oxygène atmosphérique à température élevée, les AGI s’oxydent
en peroxydes suivis de la rupture de la chaine carbonée et apparition de
composés volatiles. Ces réactions sont à la base du rancissement des corps gras
responsables des odeurs nauséabondes
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3.1. Le glycérol
Le glycérol est un trialcool dérivé du propane portant une fonction alcool sur chaque
carbone. A l’état pur, ce produit est un liquide plus dense que l’eau (densité de 1,26)
sirupeux et très soluble dans l’eau. C’est l’alcool de la plupart des matières grasses
alimentaires.
3.3.1. Le cholestérol
Le cholestérol dérive du noyau cholestane à C27. Le cholestérol est une structure
complexe du genre de la vitamine D et des hormones génitales et corticosurrénaliennes.
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Le cholestérol se trouve dans la plupart des tissus, de l’ordre de 5 à 10% du poids du
cerveau. On le trouve aussi dans le foie et dans le sang. Il provient des aliments riches en
cholestérol, le jaune d’œuf, les crèmes et les beurres. Il peut aussi provenir de la
synthèse effectuée au niveau du foie.
Le cholestérol a plusieurs rôles :
Avec la fonction alcool, il peut estérifier les acides gras, il entre ainsi dans la
constitution des membranes biologiques et des graisses tissulaires
Dans le sang, il assure le transport des acides gras des graisses de réserve vers le
foie où ils sont métabolisés et lui-même oxydé en sels biliaires
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Les TAG constituent l’essentiel des lipides neutres formant des dépôts et inclusions dans
le cytosol des cellules et représentant ainsi des réserves. On les rencontre en particulier
dans les fruits et graines oléagineuses (olive, tournesol, colza, arachide).
Les mammifères et l’homme réalisent leur stockage dans un tissu spécialisé, le tissu
adipeux ; outre son rôle de réserve énergétique, ce tissu joue un rôle de protection et
d’isolant thermique dû à sa localisation privilégiée dans la couche sous-cutanée de la
peau. La dénomination des corps gras alimentaires ne dépend pas de leur origine
(animale ou végétale) mais est établie sur la base de leur état (solide ou liquide) à la
température ordinaire (25 °C) :
Les graisses sont les corps gras concrets (solides) à la température ordinaire
(25 °C) : c’est le cas des graisses d’oie (Tf = 30 °C) et de porc (saindoux, Tf = 40 °C)
mais également le cas de corps gras végétaux appelés à tort « huiles » telle que l’huile
de coprah (végétaline)
Les huiles sont les corps gras fluides (liquides) à la température ordinaire
(25 °C) : les huiles courantes sont d’origine végétale (olive, arachide, tournesol) mais
il existe des huiles de poissons ;
Les beurres sont des corps gras dont la température de fusion est située aux
environs de 25 °C ; le beurre est un concentré à 82 % de matière grasse laitière, et le
beurre de cacao est également connu.
L’état concret ou fluide des corps gras dépend directement de la composition en acides
gras de ces produits. Il existe au moins 50 % d’AGS dans les graisses alors que les huiles
renferment plus de 80 % d’AGI.
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(2-MAG) sont produits lors de l’hydrolyse enzymatique des TAG par la lipase
pancréatique. Les MAG et DAG sont aussi des additifs alimentaires, agents émulsifiants
(E 471 et E 472) utilisés dans de nombreux produits : margarines, crèmes glacées,
matières grasses composées, etc.
5. Les cérides
Une cire est un monoester d'acide gras saturé ou insaturé et d'alcool gras. Les chaînes
carbonées sont en général longues. A titre d'exemple, le constituant principal de la cire
d'abeille qui s'appelle le triacontanylpalmitate est un ester de l'acide palmitique en C16
et d'un alcool en C30. Les cires sont des lipides neutres car ils n'ont aucune partie
hydrophile. Ils sont insolubles dans l'eau. Les cires sont des lipides hydrolysables. Le
point de fusion des cires est en général élevé, compris entre 60°C et 100°C. Les cires sont
surtout des composés de protection du fait de leur forte hydrophobicité et de leur état
solide à température ambiante. Les feuilles brillantes du houx, du rhododendron et de
nombreux autres végétaux sont recouvertes de cires. Ce sont également des composés
de stockage de carburants énergétiques chez certains organismes marins comme le
plancton. Les cires sont très utilisées dans l'industrie des cosmétiques (lanoline, blanc
de baleine) et des produits d'entretien (cire d'abeille.
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6. Les stérides
Ils forment une partie des lipides des membranes cellulaires. Ils sont aussi responsables
des dépôts dans les artères. Le cholestérol possède une fonction alcool qui lui confère un
très léger caractère amphiphile. Le cholestérol est estérifié par un acide gras ce qui
augmente encore son caractère hydrophobe. Le cholestérol véhiculé dans le sang par les
lipoprotéines 70% est sous forme estérifiée. Sa structure cyclique avec les cycles
fusionnés lui confère une configuration plane pour le noyau et une rigidité très
supérieure à celle des autres lipides membranaires. Sa présence dans la membrane a
donc tendance à diminuer la fluidité de la structure membranaire.
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O O
O CH2 O C R1 CH2 O C R1
CH2 O C R1 O H2O O
O H3PO4 R2 C O CH O R2 C O CH
-
O NH2
R2 C O CH -
CH2 O P O Sérine CH2 O P O CH2 CH
CH2OH -
O O COOH
1,2-diacylglycérol 1,2-diacylglérol-3-phosphate Phosphatidylsérine
(acide phosphatidique)
O O
CO2 O CH2 O C R1 O CH2 O C R1
- ICH3 -
R2 C O CH O R2 C O CH O CH3
+
CH2 O P O CH2 CH2 NH2 CH2 O P O CH2 CH2 N CH3
O O CH3
O
O CH2 O C R1
-
R2 C O CH O OH O
CH2 O P O CH2 CH CH2 O P O CH2 O
-
O O O CH O C R2
R1 C O CH2
Diphosphatidylglycérol
1
2 O
O CH2 O C R1
-
R2 C O CH O CH3
+
CH2 O P O CH2 CH2 N CH3
O CH3
3 4
73
1. C’est la phopholipase A1 qui élimine seulement l’AG en position . Elle est
présente dans les lysosomes.
2. La phospholipase A2, rencontrée dans le venin de certains serpents comme le
cobra, dans le suc pancréatique, elle est douée d’une activité hémolytique
3. La phopholipase C, c’est une phosphatase, elle coupe d’un seul côté du
phosphoryle
4. La phospholipase D, c’est une phophatase acide, très répandue chez les végétaux
comme le chou la carotte. Son action libère la choline et le phosphoryle.
NB : La phopholipase B agit aux endroits 1 et 2
Un phospholipide qui a perdu un résidu acyle (c'est à dire qui a été hydrolysé par une
phospholipase de type A) s'appelle un lysophospholipide.
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Exercices
Première partie
II. Cocher parmi les propriétés suivantes attribuées à l’acide stéarique les deux qui sont
incompatibles : - Il possède 18 atomes de C, il est insoluble dans l’eau, il fixe de l’iode, il
peut former des esters avec les alcools, il est saturé, il donne avec la soude des sels
(savons) soluble dans l’eau.
VI. Un triglycéride de poids moléculaire 800 présente un indice d’iode égal à 100.
Sachant que le poids atomique de l’iode est égal à 127, que peut-on déduire sur la
structure de ce triglycéride?
VIII. Un acide gras possédant une double liaison est oxydé par le permanganate de
potassium à chaud. L'analyse des produits obtenus montre qu'il y a 2 composés : un
acide : C9H18O2 et un diacide : C9H16O4. Retrouver la formule développée de l'acide gras
initial. Donner son nom ? (Nom usuel ou nom systématique)
IX. Quelle est la formule développée d’un acide gras à chaîne linéaire si on obtient les
indices expérimentaux suivants : Indice de saponification (IS) = 198,9 ; Indice d’iode (II)
= 89,93 Par oxydation permanganatique, on obtient un monoacide A et un diacide B
saturés et linéaires. 0,79 g de A sont neutralisés par 5 ml de soude 1N. 0.94 g de B sont
neutralisés par 10 ml de soude 1N.
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glycérol et 3 acides gras différents : acides palmitique, oléique et stéarique. Écrire la
formule semi développée du triglycéride.
Deuxième partie
Exercice 1.
Indice de saponification
Indice d’acide IA
On pèse m = 1,015 g d’huile de lin que l’on dissous dans de l’alcool. On ajoute 3 gouttes
de phénolphtaléine et l’on verse une solution de potasse alcoolique de concentration
C=9,5.10-3 mol.L-1. le virage de l’indicateur a lieu pour V = 7,4 mL.
1. D’où proviennent les acidités libres d’un corps gras ?
2. Justifier l’emploi de l’indicateur coloré phénolphtaléine ;
3. Écrire l’équation de la réaction chimique.
4. Donner l’expression littérale de IA en fonction de V, C et m. On donne la masse
molaire de la potasse : 56,1 g.mol-1.
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5. Calculer l’indice d’acide de l’huile de lin.
Exercice 3.
Exercice 4
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3. Déterminez la nature probable du composé azoté entrant dans la composition du
lipide et déduisez en une structure probable du lipide. A quelle classe de lipide
appartient-t-il?
Exercice 6
Les cardiolipines sont des lipides complexes présents dans les membranes bactériennes
mais aussi dans la membrane mitochondriale interne. Ils ont la structure générale
suivante:
O
R1 O O
C
R C O CH2
2
CH2
O C R3
C CH O OH CH
O O R4
O CH2 O P O CH2 CH CH2 O P O CH2
OH OH O
Une cardiolipine C a été extraite et purifiée; on désire déterminer aussi précisément que
possible sa structure. Des analyses montrent que la cardiolipine ne comporte en fait que
deux sortes d'acides gras A1 et A2 constitutifs. On a isolé ces deux acides gras et leurs
indices de saponification (respectivement IS1 et IS2) et d'iode (respectivement II1 et II2)
ont été déterminés:
A1 : IS1 = 219 et II1 = 0
A2 : IS2 = 200 et II2 = 181
1. Déterminez la nature des deux acides gras constitutifs.
D'autre part on a déterminé:
La masse molaire MC de la cardiolipine par spectrométrie de masse : MC = 1424
g.mol-1
Le contenu en phosphore de la cardiolipine, le dosage donne le résultat suivant:
43,54 mg de phosphore pour 1 g de cardiolipine
l'indice d'iode de la cardiolipine qui est: IIC = 107
2. Précisez autant que possible la structure de la cardiolipine.
Exercice 7
On considère les acides gras suivants :
1) Acide Stéarique 2) Acide Laurique 3) Acide Palmitique 4) Acide Oléique 5) Acide
Arachidique
1. Parmi cette liste d'acide gras, il y a un "intrus", lequel ?
2. Si l'on dispose de 5 solutions renfermant chacune un seul de ces 5 acides gras,
existe-t-il une technique chimique permettant de retrouver "l'intrus"?
3. Il existe une réaction chimique qui permet la transformation de "l'intrus" en un
des autres acides gras précités, quelle est cette réaction? Et quel en est le produit?
Un lipide A est constitué par un glycérol présentant sur le carbone n° 1 l'acide gras 1) ci-
dessus et sur le carbone n° 2 l'acide gras "intrus".
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4. A quelle famille appartient ce lipide et quel est son nom? Peut-on chimiquement
déterminer le nombre d'acides gras présents sur un glycérol?
5. Quelle(s) est(sont) le(s) modification(s) qu'il faut apporter à ce lipide pour
obtenir
l'acide phosphatidique ? Peut-on augmenter la complexité de cette molécule par
addition
d'autres constituants ? Si oui, lesquels et qu'obtient-on ?
6. Quel est l'effet de la phospholipase A sur l'acide phosphatidique ?
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