GENERALITES

(INTRODUCTION A l’ANATOMIE PATHOLOGIQUE)

PLAN

Introduction

1. Place de l’anatomie-cytopathologique dans la médecine moderne

1.1. La démarche diagnostique
1.2. Les différents types de prélèvements
1.3. Techniques d'étude morphologique des prélèvements cellulaires et tissulaires
1.4. Techniques morphologiques particulières
1.5. Les résultats. Le compte-rendu anatomo-pathologique
1.6. Déontologie. Aspects législatifs

2. Place de l’anatomie-cytopathologique dans la recherche moderne

2.1. La prise en charge pluridisciplinaire du patient
2.2. La cryopréservation des tissus
2.3. Les techniques d’analyse
2.4. L’épidémiologie, les registres
2.5. L’Assurance Qualité

Conclusion

Objectifs:
1-Décrire la démarche diagnostique en anatomie pathologique
2-Citer les différents types de prélèvements cytologiques et histologiques
3-Décrire les différentes étapes de la prise en charge des prélèvements au
laboratoire d’anatomie pathologique
4-Décrire les techniques morphologiques suivantes :
- Extemporanée
- Colorations histologiques spéciales
- Histo-enzymologie
- Biologie moléculaire in Situ

5-citer dix techniques morphologiques en anatomie pathologique

6-Décrire les éléments du compte rendu en anatomie pathologique
7-Décrire les aspects déontologiques et législatifs de l’anatomie pathologique.
8-Décrire la place de l’anatomie pathologique dans la recherche moderne.

Prérequis :

1
Programme d’histologie et d’embryologie du premier cycle des études médicales.

Introduction
L'anatomo-cytopathologie (ou pathologie) est une discipline médicale qui
étudie les lésions provoquées par les maladies ou associées à celles-ci, sur les
organes, tissus ou cellules, en utilisant des techniques principalement basées sur la
morphologie macroscopique et microscopique.
Les lésions sont des altérations morphologiques des organes, décelables par tout
moyen d'observation. Les lésions sont des signes des maladies, au même titre que
les symptômes cliniques. Les lésions peuvent être le résultat de l’agression qui a
déclenché la maladie ou celui des réactions apparues au cours du déroulement du
processus morbide.
La lésion élémentaire correspond à l'altération morphologique d'une structure
analysée isolément. L'association de différentes lésions élémentaires constitue un
ensemble lésionnel. Il n'y a pas forcément une corrélation étroite entre l'importance
d'une lésion et son expression clinique ou biologique.
Les causes des lésions sont variées : anomalies génétiques constitutionnelles ou
acquises, agents infectieux (bactéries, virus, parasites, champignons prions), agents
chimiques (toxiques, caustiques, médicaments) agents physiques (agression
thermique, radiations, modifications de pression atmosphérique, traumatismes),
déséquilibres circulatoires, nutritionnels ou hormonaux, troubles immunitaires innés
ou acquis, sénescence.

1. PLACE DE L’ANATOMIE-CYTOPATHOLOGIQUE DANS LA MÉDECINE MODERNE

1.1. La démarche diagnostique

La démarche de l’anatomie pathologique est basée sur une analyse sémiologique

qui compare les tissus normaux et les tissus pathologiques. Les lésions sont
confrontées aux données cliniques, biologiques et d'imagerie : c’est la corrélation
anatomo-clinique qui est indispensable pour permettre une interprétation
synthétique qui aboutit à un diagnostic (certain, probable ou incertain).

Les buts de l'anatomie-cytopathologique dans la pratique médicale sont :

 de contribuer à l'élaboration du diagnostic par la démarche anatomo-
clinique : les lésions sont analysées et décrites dans un compte-rendu puis
l’anatomo-pathologiste doit intégrer l'ensemble des faits morphologiques et des

2
renseignements cliniques pour, en conclusion du compte-rendu, affirmer un
diagnostic ou proposer une hypothèse diagnostique,

 d’apporter des éléments utiles pour préciser le pronostic, en particulier

dans le domaine de la pathologie tumorale,

 de contribuer à évaluer l'effet des thérapeutiques : les examens

anatomo-cytopathologiques sont renouvelés au cours d’un traitement afin de juger
de la disparition, de la persistance ou de l’aggravation des lésions.
 Aider au suivi médical personnalisé (rôle théranostic dans les thérapies
ciblées)

1.2. Les différents types de prélèvements

1.2.1. Les prélèvements cytologiques

Les cellules isolées, ou les petits amas cellulaires, peuvent être obtenus de diverses
façons :
- Recueil des liquides spontanément émis (urine, expectoration, fistule, drain,
…),

- Raclage, brossage, écouvillonnage, aspiration de cellules desquamant

spontanément (col utérin, bulle cutanéo-muqueuse, bronches, voies biliaires,
aspiration après lavage broncho-alvéolaire),

- Ponction à l’aiguille d’un liquide (épanchement de séreuse ou articulaire,

liquide céphalo-rachidien, kyste, collection,…) avec ou sans contrôle écho ou
scannographique,

- Ponction à l’aiguille d’un organe ou d’une tumeur (ganglion, nodule

thyroïdien ou mammaire,…) avec ou sans contrôle échographique ou
scannographique,

- Apposition d’un organe (pièce opératoire, biopsie) sur une lame.

1.2.2. Les prélèvements tissulaires

Ils sont effectués selon trois modalités :

a) La biopsie consiste à prélever un fragment de tissu sur un être vivant en
vue d'un examen anatomo-pathologique. Par extension, ce terme peut désigner le
fragment tissulaire. La biopsie peut être effectuée selon plusieurs modalités :
 par ponction à l'aide d'une aiguille coupante ou d'un trocart (foie, rein, os...)
: on obtient des cylindres de tissu de quelques mm à quelques cm de long. Les
ponctions sont effectuées "à l'aveugle" lorsque l’ensemble de l’organe est malade ou
sous repérage (échographie, scanner) lorsque la ponction doit être dirigée sur une
lésion focale visible en imagerie,

 par biopsie chirurgicale après anesthésie locale ou générale et sous

contrôle de la vue : biopsie partielle, ou biopsie exérèse enlevant la totalité de la
lésion,

3
  au cours d'une endoscopie (pince montée sur l'endoscope) : fragments de
0,5 mm à 2 mm.

La valeur des biopsies repose sur :

 leur taille (exemple : pour la recherche d’une artérite de Horton où les
lésions sont segmentaires, une biopsie d'artère temporale représentative doit
mesurer au moins 1,5 cm),

 leur nombre : plus elles sont nombreuses, plus on a de chance de trouver

du tissu tumoral, de rendre compte de l'hétérogénéité d'une tumeur, d'observer une
lésion focale mais importante pour le diagnostic,

 le choix de la zone biopsiée : éviter les zones nécrotiques ou

hémorragiques ; sur la peau ou une muqueuse éviter les prélèvements trop
superficiels ; biopsier le ganglion ayant fait l'objet d'une ponction cytologique
motivant la biopsie ...

 la bonne préservation des tissus : ne pas étirer ou écraser les fragments,

éviter le bistouri électrique "grillant" les tissus,

 le repérage topographique de biopsies multiples (flacons différents

répertoriés).

b) Les pièces opératoires : exérèse partielle ou complète d'un ou de

plusieurs organes, séparés ou en monobloc.

c) L'autopsie (ou nécropsie) correspond à l'examen anatomo-pathologique

pratiqué sur un cadavre.
Les autopsies médicales sont distinctes des dissections anatomiques qui sont
pratiquées dans les Laboratoires d'Anatomie des Facultés de Médecine pour
l'enseignement des étudiants en anatomie et pour la recherche, sur des cadavres qui
sont des "dons de corps à la Science".
Les autopsies médico-légales sont pratiquées sur ordre de la justice (réquisition du
procureur ou ordonnance d’un juge d’instruction). Elles le sont habituellement par un
médecin expert inscrit sur les listes de la Cour d’Appel, mais tout médecin peut être
désigné. Il n’existe pas de réelles exigences de compétences techniques. Les
autopsies sont pratiquées dans tous les cas de mort suspecte, notamment lorsqu’il
n’y a pas eu délivrance de permis d’inhumer.
Les autopsies à but scientifique sont pratiquées dans les hôpitaux, généralement
par les médecins anatomo-pathologistes, à la demande des médecins qui ont soigné
le patient pendant son séjour à l'hôpital, éventuellement à la demande d'un médecin
traitant pour un patient décédé à son domicile.

→ EN SAVOIR PLUS : les autopsies

1.3. Techniques d'étude morphologique des prélèvements cellulaires et

tissulaires

4
La qualité des prélèvements conditionne la qualité de l'étude anatomo-pathologique.
Le médecin préleveur et prescripteur a une responsabilité dans l'acte anatomo-
pathologique en s'assurant de la bonne réalisation technique du prélèvement, de son
acheminement dans de bonnes conditions au laboratoire (dans des délais brefs, en
respectant les règles de fixation, accompagné d'une demande d'examen
correctement renseignée).

1.3.1. Enregistrement

Lorsqu'un prélèvement parvient au laboratoire, il est enregistré et reçoit un

numéro d’identification unique qui sera retranscrit sur les blocs et les lames qui
seront examinées au microscope après le traitement technique du prélèvement.
Chaque prélèvement doit être accompagné d'une fiche de renseignements remplie
par le médecin prescripteur qui doit mentionner :
 l'identité du patient : nom, prénom, date de naissance, sexe.

 le siège, la date (jour et heure) et la nature du prélèvement (biopsie ou

exérèse),

 les circonstances cliniques et para cliniques qui ont motivé le prélèvement,

éventuellement les hypothèses diagnostiques,

 l'aspect macroscopique ou endoscopique des lésions (un compte-rendu

opératoire peut être utilement joint) ; éventuellement l'aspect d'imagerie, en
particulier pour les tumeurs osseuses,

 les antécédents pathologiques du patient, en particulier, dans la mesure du

possible, les antécédents d’examens anatomo-pathologiques effectués dans
un autre laboratoire, la nature des traitements éventuellement administrés au
malade,

 le nom et coordonnées du médecin prescripteur et du préleveur, et

éventuellement des autres médecins correspondants.

1.3.2. Techniques d’étude des cellules

- Etalement des cellules sur des lames de verre : l'étalement est fait par le
préleveur lors des cytoponctions d'organes, des frottis, écouvillonnage, brossages ou
appositions ; ce geste simple doit être bien maîtrisé pour éviter un écrasement des
cellules ou des amas en plusieurs couches peu interprétables

- Etalement des cellules par cytocentrifugation sur lame de verre : le liquide

(naturel ou d'épanchement ou de lavage) est acheminé au laboratoire où il est
centrifugé directement sur une lame de verre, sous forme d’une pastille.

- La fixation des étalements se fait soit par simple séchage à l'air pour la
coloration de May-Grunwald-Giemsa, soit par immersion dans l'alcool-ether ou par
application d'un aérosol de laque fixante pour les colorations de Harris-Schorr ou de
Papanicolaou (frottis cervico-utérins notamment).

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Afin d’éviter l’altération des cellules par autolyse, la fixation, la cyto-centrifugation et
la coloration doivent être effectuées rapidement après l'obtention du prélèvement :
fixation des frottis cervico-utérins par le médecin préleveur, acheminement rapide
d’un liquide à l'état frais au laboratoire, coloration au MGG sans délai excessif de
lames séchées à l'air. En cas de besoin (par exemple, recueil d'un liquide en dehors
des heures d'ouverture d'un laboratoire) un liquide peut être provisoirement stocké
dans un réfrigérateur à +4°C.

- Etalement des cellules en monocouche : cette technique moins répandue

consiste à recueillir les cellules par ponction (séreuse, organe plein,…) ou frottis (col
utérin) et à les transmettre au laboratoire dans un liquide conservateur. Les cellules
présentes dans le flacon de fixateur sont ensuite remises en suspension (Vortex) et
éventuellement soumises à une dispersion par gradient de densité, puis s'effectue un
processus de concentration (par filtration et/ou centrifugation). Enfin, les cellules sont
transférées en couche mince sur une lame, sur une pastille de taille déterminée.

La technique de prise en charge d'un prélèvement cytologique étant rapide (environ

une heure de technique), un résultat urgent peut être donné au médecin prescripteur
de l’examen le jour même du prélèvement. Des colorations spéciales et des
réactions immuno-cytochimiques peuvent être également effectuées, à condition de
disposer du nombre de lames nécessaires (d'où l'importance des renseignements
cliniques fournis à la réception du prélèvement).
L’analyse d’un liquide peut également se faire après fixation et inclusion en paraffine
d’un culot de centrifugation, qui est alors techniqué de la même façon qu’un
prélèvement tissulaire (coupe au microtome…).

Un examen cytopathologique fournit des renseignements souvent partiels, voire sans

certitude. Par exemple, les anomalies cytoplasmiques et nucléaires observées dans
des cellules cancéreuses peuvent être difficiles à distinguer de modifications
cellulaires induites par des phénomènes inflammatoires ou régénératifs ; en outre,
lors de l’étude de cellules isolées, des critères importants du diagnostic d’un cancer
tels que l’architecture du tissu néoplasique et ses relations avec le tissu sain ne sont
pas analysables. L’examen cytopathologique est donc un examen de dépistage ou
d'orientation diagnostique. Un contrôle par biopsie est presque toujours
nécessaire avant toute thérapeutique.

1.3.3. Techniques d’étude des tissus

La technique de base comporte plusieurs étapes : la fixation, l’inclusion en

paraffine, la confection de coupes et leur coloration. Avant la fixation, il est possible
d’effectuer sur le tissu frais des appositions sur lames pour une étude
cytopathologique, et des prélèvements pour des techniques particulières :
congélation, fixation adaptée à la microscopie électronique, mise en culture pour
étude cytogénétique ou en suspension cellulaire pour étude par cytométrie en flux…
En ce qui concerne les pièces opératoires, une étape d'analyse macroscopique est
indispensable, avant (idéalement) ou après la fixation de la pièce.

1.3.3.1. Etude macroscopique

6
 L'examen macroscopique détaillé est une partie essentielle de l'étude d'une
pièce opératoire : la pièce est examinée, mesurée, pesée, palpée puis disséquée.

Chaque lésion est repérée sur un schéma et éventuellement photographiée. Ces

constatations sont confrontées aux documents cliniques et/ou radiologiques d’où
l’importance des renseignements écrits fournis par le médecin clinicien. En cas de
pièces opératoires complexes (exérèse monobloc de plusieurs organes ou pièce de
résection selon une méthode non conventionnelle), le chirurgien devra adresser la
pièce avec des indications de repérage topographique. Il peut être utile de marquer
les berges d'une pièce de résection de tumeur avec une encre indélébile : ceci ne
nuit pas à l'étude histologique et permet d'apprécier exactement la distance entre la
tumeur et la limite chirurgicale de la pièce.

L'examen macroscopique donne des indications pour le pronostic de la maladie

(notamment taille et localisation d’un cancer) et il permet de sélectionner les
territoires à prélever pour l'étude microscopique : zones lésées, zones d'aspect
macroscopique sain et limites d'exérèse.

Après le choix des prélèvements destinés à l'analyse microscopique, les restes de la

pièce opératoire sont conservés pendant quelques jours ou semaines afin de pouvoir
en cas de nécessité effectuer des prélèvements complémentaires.

1.3.3.2. Fixation

Indispensable pour conserver la morphologie cellulaire, elle doit être

immédiate ou au moins très rapidement débutée après l'obtention du prélèvement.
Toute fixation défectueuse rend l'étude anatomo-pathologique difficile voire
impossible (dessiccation et/ou autolyse du tissu).
Si le laboratoire est situé à proximité immédiate du lieu de prélèvement, celui-ci peut
être acheminé rapidement (moins d’une heure) et confié à l'anatomo-pathologiste qui
choisira les conditions de fixation les plus adaptées. Sinon, la fixation doit être
effectuée par le médecin préleveur.

Trois précautions doivent être prises : le volume du fixateur doit représenter

environ 10 fois le volume de la pièce. Le récipient doit être de taille suffisamment
grande pour prévenir les déformations des pièces opératoires volumineuses. Avant
fixation, les organes creux (tube digestif, vésicule biliaire, utérus..) doivent être
ouverts et si nécessaire lavés de leur contenu afin de prévenir l'autolyse des
muqueuses ; les organes pleins volumineux (foie, rate) doivent être coupés en
tranches pour faciliter la pénétration rapide et homogène du fixateur ; les poumons
peuvent être fixés par insufflation d’une solution de formol dans les bronches ou
coupés en tranches. Seuls les cerveaux de nécropsies seront plongés dans une
solution de formol sans être tranchés en raison de la fragilité de la substance
cérébrale.

La durée de la fixation dépend de la taille du prélèvement : au minimum 2 à 5

heures pour une biopsie et 48 heures pour une pièce opératoire.

Nature du fixateur : le fixateur le plus habituellement utilisé est le formol à 10%

tamponné. Pour les biopsies de petite taille, des fixateurs à base d'alcool peuvent

7
être utilisés (fixation encore plus rapide mais effet délétère sur certains antigènes ce
qui peut nuire à des techniques particulières d’immunohistochimie).
Cas particuliers des tissus calcifiés :
Les prélèvements calcifiés (os, certaines tumeurs) doivent être sciés, fixés, puis
plongés dans une solution décalcifiante (acide) avant d'être inclus dans la paraffine,
ce qui rallonge la durée de la technique.

1.3.3.3. Imprégnation et inclusion

Les prélèvements ayant achevé leur fixation sont déposés dans des cassettes
en plastique, directement s’il s’agit de biopsies ou, s’il s’agit de pièces opératoires,
après l’étape d’examen macroscopique au cours de laquelle sont prélevés des
fragments de petite taille (en moyenne 2 x 2 x 0,3 cm). Puis les tissus contenus dans
les cassettes sont déshydratés par passage dans des alcools, l'alcool est éliminé par
des solvants (xylène) puis la paraffine liquide à 56° imprègne les tissus et est
refroidie. Ces étapes sont automatisées dans des appareils à inclusion. L’étape
finale de l’inclusion est manuelle et consiste à réorienter convenablement le fragment
tissulaire dans le sens de la coupe dans un moule de paraffine.

1.3.3.4. Coupes et coloration.

Le bloc solide de paraffine contenant le tissu est coupé grâce à un microtome,

les coupes de 3 à 5 microns d'épaisseur sont étalées sur des lames.
Après dissolution de la paraffine, puis réhydratation, le tissu est coloré.

La coloration usuelle associe un colorant basique nucléaire (hématéine,

hématoxyline) et un colorant acide cytoplasmique (éosine, érythrosine, ou phloxine) ;
on y ajoute souvent du safran qui se fixe sur le collagène. La coupe colorée est
protégée par une lamelle de verre collée ou par un film plastique transparent. Elle est
analysée au microscope par un médecin anatomo-pathologiste (détection et
interprétation des lésions pour établir un diagnostic) ; celui-ci établit ensuite un
compte-rendu. Les blocs et les lames sont ensuite archivés.

1.4. Techniques morphologiques particulières

1.4.1. Examen histologique extemporané

Il s'agit d'un examen anatomo-pathologique pratiqué dès que le prélèvement

est effectué, non fixé, pendant une intervention chirurgicale, afin de fournir
rapidement au chirurgien un diagnostic susceptible de modifier le déroulement de
l’acte chirurgical.
La technique utilise la macroscopie et, le plus souvent, des coupes au microtome à
congélation et une coloration rapide, ce qui permet un résultat en moins de 30
minutes.

Mais la morphologie tissulaire n'est pas d'aussi bonne qualité qu'après une fixation et
inclusion en paraffine, en raison de la congélation qui altère la morphologie cellulaire.
En outre, pour respecter un délai de réponse court, il n'est pas possible d'examiner
en totalité une lésion volumineuse. Le diagnostic fourni par un examen extemporané

8
n’est donc pas aussi fiable qu’un diagnostic histologique conventionnel : il ne doit
être considéré que comme un diagnostic de présomption. Les tissus calcifiés ne
peuvent être coupés dans un cryostat et ne peuvent donc faire l'objet d'un examen
histologique extemporané.

1.4.2. Colorations histochimiques spéciales

Des colorations spéciales ont pour but de mettre en évidence des constituants
particuliers des cellules (glycogène, mucus, pigments…) ou de la matrice
extracellulaire (collagènes, fibres élastiques, amylose...) ainsi que des agents
infectieux (bactéries, parasites, champignons). Ces colorations sont très variées et
leur mise en œuvre, le plus souvent manuellement, rallonge le processus technique.

1.4.3. Histo-enzymologie

Certains enzymes peuvent être mis en évidence sur des coupes congelées ou
parfois après inclusion dans la paraffine. La coupe est incubée dans un substrat
spécifique de l'activité enzymatique recherchée. La réaction libère un produit coloré
ou colorable qui peut être visualisé au microscope optique. L'application la plus
courante est l'étude des biopsies musculaires pour myopathies.
Exemple : Histo-enzymologie sur une biopsie musculaire. Recherche des activités
enzymatiques NADH-TR (à gauche) et succinate déshydrogénase (à droite) dans
une myopathie congénitale à "central core". Le core excentré sans activité
enzymatique correspond à un amas de myofibrilles sans mitochondries

1.4.4. Immunohistochimie

Elle consiste à mettre en évidence divers antigènes (Ag) cellulaires ou extra-

cellulaires grâce à des anticorps (Ac) spécifiquement dirigés contre eux, sur des
préparations cytologiques (immunocytochimie) ou sur des coupes de tissus congelés
ou fixés et inclus en paraffine (immunohistochimie). Les Ag recherchés peuvent être
des Ag membranaires, cytoplasmiques ou nucléaires ou des protéines de la matrice
extracellulaire.

L'immunofluorescence directe est surtout utilisée pour mettre en évidence les

dépôts tissulaires d'immunoglobulines et de complément dans les biopsies cutanées
et dans les biopsies rénales congelées, observées grâce à un microscope à
fluorescence.
Exemple : Immunofluorescence sur une biopsie rénale : mise en évidence de dépôts
anormaux de chaînes légères kappa dans un glomérule et les membranes basales
des tubes (maladie des dépôts de chaînes légères d’immunoglobulines).

Dans les méthodes immunoenzymatiques indirectes, l'Ac spécifique primaire est

déposé sur le tissu, puis il est révélé par un 2ème Ac couplé à une enzyme à laquelle
on fournit son substrat. Le produit coloré de la réaction enzymatique apparaît au
niveau du site des complexes Ag-Ac.
Exemple : Immunohistochimie par méthode immunoenzymatique : marquage des
cellules à insuline dans un îlot de Langerhans (réaction de couleur brune donnée par
la diaminobenzidine, substrat de la peroxydase).

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L'immunohistochimie est très largement utilisée dans une majorité de laboratoires
d'anatomie pathologique avec de multiples indications parmi lesquelles :

 Intérêt diagnostique : classification précise de nombreuses tumeurs par la mise

en évidence d'antigènes de différenciation cellulaire ; mise en évidence de certains
agents infectieux
Exemples :
- Mise en évidence immunohistochimique de cytokératine témoignant d'une
différenciation épithéliale dans un carcinome à cellules fusiformes : marquage
cytoplasmique à l'aide de l'anticorps anti-pankératine KL1 (méthode
d'immunopéroxydase indirecte sur tissu déparaffiné).
- Mise en évidence immunohistochimique de l’antigène HBs dans des hépatocytes
infectés par le virus de l'hépatite virale B (méthode d'immunopéroxydase indirecte
sur tissu déparaffiné : coloration brune des cytoplasmes infectés par le virus).

 Intérêt pronostique : mise en évidence de protéines impliquées dans la

prolifération cellulaire, ou de produits d'oncogènes
Exemples :
- Mise en évidence immunohistochimique de l'antigène du cycle cellulaire Ki67
dans des cellules tumorales d'un lymphome non hodgkinien : marquage nucléaire
des cellules en cycle de prolifération par l'anticorps MIB1 (technique
d'immunoperoxydase sur tissu déparaffiné)
- Mise en évidence immunohistochimique des récepteurs nucléaires aux
œstrogènes dans un cancer invasif du sein (technique d'immunoperoxydase) :
marquage nucléaire de la majorité des cellules tumorales

 Intérêt thérapeutique : afin de déterminer le statut potentiellement hormono-

sensible des cancers du sein, la mise en évidence par immunohistochimie des
récepteurs nucléaires aux œstrogènes et à la progestérone a supplanté le dosage
biochimique de ces récepteurs dans ces tumeurs.

1.4.5. Techniques de biologie moléculaire in situ

Mise en évidence sur des coupes tissulaires (en congélation ou après

inclusion dans la paraffine) ou sur des étalements cellulaires, de séquences d'ARN
ou d'ADN grâce à des sondes d'acides nucléiques complémentaires et couplées à un
traceur radioactif (sondes chaudes) ou à une enzyme (sondes froides) ou un
fluorochrome (sondes fluorescentes). Le terme in situ indique que la détection
s'effectue au sein du chromosome en configuration native, à la différence des
techniques d'étude d'acides nucléiques extraits sur gels. L'hybridation in situ
classique a relativement peu d'indications car un grand nombre de copies de l'acide
nucléique doit être présent dans la cellule pour qu'une réaction positive soit obtenue.
Elle peut être utilisée pour mettre en évidence des acides nucléiques viraux (HPV,
EBV) ou des ARN de chaînes légères d'immunoglobulines. L'hybridation in situ
fluorescente (FISH) et la PCR in situ seront détaillées dans le chapitre suivant.

1.4.6. Autres techniques morphologiques

10
 Certaines techniques plus spécialisées (microscopie électronique,
histomorphométrie, microscopie confocale, cytométrie en flux) sont rarement
utilisées en routine.

1.5. Les résultats. Le compte-rendu anatomopathologique

Les résultats sont donnés sous la forme d'un compte-rendu écrit, dans lequel
les lésions sont décrites, puis interprétées, avec le cas échéant une description des
méthodes complémentaires utilisées (techniques immunohistochimiques par
exemple), pour aboutir à une conclusion synthétique: diagnostic lésionnel ou
hypothèses de diagnostic en fonction des renseignements fournis et des lésions
observées. Chaque fois que cela est nécessaire (en particulier pour des tumeurs)
des éléments de pronostic doivent être fournis. L'usage de terminologies et
classifications internationales est recommandé. Le diagnostic morphologique doit
toujours être confronté avec la clinique et, le cas échéant, la radiologie et l’imagerie.

Le délai de réponse nécessaire, en raison des diverses contraintes techniques peut

être variable. En cas de délai prolongé (examen en attente de techniques
complémentaires ou demande d'avis auprès d'un expert), un compte-rendu
provisoire peut être adressé, mais une décision thérapeutique ne peut s'appuyer que
sur le compte-rendu définitif.

1.6. Déontologie. Aspects législatifs

Le compte-rendu anatomo-cytopathologique est daté et signé par le médecin

habilité qui a effectué l'examen et est adressé au médecin prescripteur de l'examen,
éventuellement aux autres médecins en charge du patient. Le compte-rendu devient
un élément du dossier médical du patient et est couvert par le secret médical.

L’avis d’autres médecins anatomo-pathologistes peut être sollicité dans

diverses circonstances : cas de diagnostic difficile, désaccord sur le diagnostic entre
le pathologiste et le clinicien, avis d'un autre pathologiste sollicité à la demande du
clinicien ou du patient. Cela nécessite l’envoi de lames, de blocs ou des images
numériques (télépathologie). Le pathologiste consulté rédige un compte-rendu écrit
qui est adressé au pathologiste initial et est transmis au médecin en charge du
patient.
Les résidus de pièces opératoires ou de prélèvements nécropsiques sont détruits
après l'analyse anatomopathologique mais les blocs d’inclusion, les lames colorées
et les comptes-rendus sont conservés par le laboratoire dans des archives : il s'agit
d'une obligation légale.

2. PLACE DE L’ANATOMIE-CYTOPATHOLOGIQUE DANS LA RECHERCHE MODERNE

Le pathologiste doit continuer d'évoluer, en enrichissant la sémiologie

morphologique des nouvelles méthodes diagnostiques, mais il doit garder un

11
raisonnement précis basé sur la morphologie (tant macroscopique, que
microscopique), pour établir ou réviser les arbres décisionnels.

2.1. La prise en charge pluridisciplinaire du patient

Depuis toujours, les confrontations anatomo-cliniques régulières organisées

entre cliniciens et pathologistes permettent de confronter le diagnostic
morphologique aux données cliniques, d'imagerie ou de biologie moléculaire. Elles
ont été récemment formalisées au sein de réseaux cliniques pour la prise en charge
de pathologies ciblées (hépatite C…), ou en cancérologie où l’anatomopathologiste
participe aux confrontations pluridisciplinaires (radiologues, chirurgiens,
oncologues…). Seule une mise en commun des données permet d'assurer au
patient un diagnostic fiable, une prise en charge de qualité (recherche de facteurs
influençant le pronostic) et de proposer une stratégie thérapeutique.

2.2. La cryopréservation des tissus

A coté de l’archivage des blocs de tissus fixés, inclus en paraffine, le

pathologiste a, depuis longtemps, pris l'habitude de congeler et de conserver des
prélèvements tissulaires, souvent mais pas toujours, tumoraux. La congélation
d’échantillon est habituellement faite dans un but diagnostique (immédiat ou principe
de précaution pour donner au patient une chance supplémentaire, fonction de
l'évolution des connaissances), mais aussi pour la recherche et/ou la constitution
d’une collection (tissuthèques, tumorothèques, centres de ressources biologiques)….

Le développement spectaculaire des techniques de biologie moléculaire, de

génétique moléculaire a suscité un intérêt nouveau pour les prélèvements tissulaires
patiemment collectés et conservés par les pathologistes.

2.3. Les techniques d’analyse

Au cours des deux dernières décennies, les techniques d’investigation

morphologique se sont considérablement développées. Quel sera l'avenir de cette
discipline ? Sera-t-elle entièrement automatisée et robotisée, l'anatomopathologiste
sera-t-il remplacé par une station d'analyse morphométrique couplée à des
algorithmes sophistiqués permettant le diagnostic? L’analyse de l'ADN, de l'ARN
et/ou du protéome, remplacera-t-elle définitivement la lecture de la lame histologique
par le pathologiste ? L'analyse sémiologique et morphologique fine au microscope,
aura-t-elle encore cours face à la génétique moléculaire ? L'avenir le dira.
La mise au point d'une nouvelle technique d'analyse à grande échelle de l'expression
des gènes (génomique et transcriptomique) et de la distribution des protéines
(protéomique) n'a fait que renforcer cet intérêt. La liste des techniques
complémentaires pouvant être utilisée est longue et non exhaustive. Si certaines
techniques sont utilisées en routine dans certains laboratoires (microscopie
électronique, cytométrie en flux morphométrie, microscopie confocale, lame «
virtuelle »), d’autres restent actuellement du domaine de la recherche
(microdissection, analyse chromosomique in situ de type FISH ou CISH, tissue array,
techniques d'analyse du transcriptome ou du protéome…Pour toutes ces techniques

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développées et utilisées en recherche l’application en routine n’est pas toujours
évidente.

2.4. L’épidémiologie, les registres

Par l’utilisation du codage systématique des lésions, les bases de données

anatomo-pathologiques (système informatisé de gestion de laboratoire) constituent
une base fiable, facilement exploitable pour l’épidémiologie (fréquence, prévalence
des maladies). Ces données ne peuvent être exploitées que de manière anonyme.
Les pathologistes sont souvent sollicités pour participer à des enquêtes à l’échelon
national (institut de veille sanitaire) sur une pathologie donnée.

2.5. L’Assurance Qualité

La nécessité d’actualiser ses connaissances (formation continue) et la

démarche d’assurance qualité s'impose à tout médecin, au travers du code de
déontologie médicale. La recherche de la qualité et de la sécurité des résultats est
une préoccupation constante de tout pathologiste. La bonne exécution des actes est
une des conditions déterminantes de cette qualité.
Le recours aux bases de données informatisées (Pubmed, immunoquery) facilite
l’accès à l’information la plus pertinente.

Conclusion
L’anatomie pathologique est une discipline qui joue un rôle important dans le
diagnostic le pronostic et la prise en charge thérapeutique des pathologies,
tumorales, mais également certaines non tumorales.

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