1 Chap 1 Monde Microbien PR
1 Chap 1 Monde Microbien PR
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Plan
• Monde microbien
• Structure de la cellule procaryote
• Métabolisme et nutrition bactériens MONDE MICROBIEN
• Croissance bactérienne
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Prions
sont des versions anormales d'une protéine normale qui existe naturellement dans Virus
l'organisme. Lorsque ces protéines normales subissent une modification Les virus sont des agents infectieux microscopiques (10 à 400 nm) nécessitant
conformationnelle (changement de forme tridimensionnelle), elles se transforment une microscope électronique pour être visualisés.
en prions. sont non considérés comme des organismes vivants au sens traditionnel, car ils
s'accumule et forme des dépôts à l'intérieur et à l'extérieur des cellules du cerveau, ne possèdent pas de cellules ni de métabolisme indépendant.
qui causent des encéphalopathies spongiformes (neurodégénératives) la tremblante Au lieu de cela, les virus sont constitués d'une petite quantité d'acide nucléique
qui touchent certaines espèces animales (bovins, ovins, caprins) (ADN ou ARN) entouré d'une coque de protéines.
Les prions sont exceptionnellement résistants aux méthodes habituelles de Ils se reproduisent en infectant les cellules hôtes et en utilisant la machinerie
stérilisation, telles que la chaleur, les radiations ou les produits chimiques, ce qui
les rend difficiles à éliminer des instruments médicaux ou des matériaux
cellulaire de l'hôte pour se répliquer et produire de nouvelles particules
contaminés. virales.Les virus infectent une grande variété d'organismes, y compris les
La variante de la maladie de Creutzfeldt-Jakob (vMCJ) chez les humains est bactéries (bactériophages), les animaux, les plantes et même d'autres virus.
associée à la consommation de viande contaminée par la maladie de la vache folle. Ils sont responsables de nombreuses maladies infectieuses chez les humains,
Les maladies prion sont rares chez l'homme, mais elles sont graves et souvent les animaux et les plantes..
mortelles S'ils provoquent des maladies, les virus peuvent être considérés comme des
germes pathogènes..
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Viroïdes
- agents infectieux (particule virale simple) infectent uniquement l'intérieur
des cellules des plantes composés d’un ARN monocaténaire circulaire
sans capside ni enveloppe, qu'on différencie des virus acapsidés par sa Virusoïdes
séquence nucléotidique qui ne code aucune protéine (pas de gènes). Entités infectieuses des plantes et sont plus petites que les viroïdes.
- appartient au règne des virus car il se fait répliquer en infectant une cellule Ils sont composés d'ARN (acide ribonucléique) circulaire, non codant, tout
hôte, tout en ayant des effets pathogènes comparables à ceux des virus comme les viroïdes
codant des protéines. et incapables de se répliquer sans l’aide de virus (assistant) spécifiques qui
- plus petites que les virus (environ 50 nm de long) infectent la cellule hôte.
- contient très peu de nucléotides (250 à 400), leur génome s’organise en
bâtonnet (70% apparié)
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Le monde microbien
I- Historique
Microbiologie : sous-discipline de la biologie basée sur l'étude des
microorganismes de taille microscopique, invisibles à l’œil nu, et des relations
avec leur environnement et on cite :
- Procaryotes (noyau primitif ou nucléoïde) :
- Archéobactéries : sont les premières à coloniser les roches nues car
elles survivent avec le minimum de ressources (méthanogènes, halophiles et
thermoacidophiles)
- Eubactéries ( vraie-bactérie) sont les plus proches des bactéries actuelles
(bactéries contemporaines, bactérie mycoplasmes et cyanobactéries)
- Eucaryotes (vrai noyau) :
- protozoaires, (plasmodium : paludisme ou malaria)
- algues microscopiques,
- champignons microscopiques
- Acaryotes (sans noyau : virus)
Cependant, certains microorganismes eucaryotes, sont visibles sans microscope,
(moisissures du pain, algues filamenteuses).
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Figure .2 L'arbre phylogénique universel.
1- Bactéries (Bacteria ) :
Organismes unicellulaires dont la plupart ont des parois contenant le peptidoglycane.
Bien que :
- Grande majorité des bactéries aient une structure procaryotique typique 2- Archées (Archaea) :
caractérisée par faux noyaux, se distinguent des Bacteria par plusieurs traits comme :
- Quelques espèces du planctomycètes ont un vrai noyau. - Séquences particulières des ARNr.
Les bactéries : - dépourvues de peptidoglycane pariétal
- sont abondantes dans le sol, l’eau et l’air et sont également les principaux - Pourvues de lipides membranaires particuliers.
habitants de notre peau, de notre bouche et de nos intestins. Certaines ont des caractéristiques métaboliques inhabituelles, comme
- certaines bactéries vivent dans des environnements extrêmes (temp, pH, salinité). les méthanogènes qui produisent du méthane.
- certaines provoquent des maladies, et d’autres ont des rôles bénéfiques tels De nombreuses archées vivent dans des environnements extrêmes :
que le recyclage des éléments dans la biosphère, la dégradation des matières - température élevée (thermophiles)
végétales et animales et la production de vitamines. - forte concentration en sel (halophiles).
Les cyanobactéries ou cyanophycées sont des bactéries photosynthétiques (autrefois Bien que certaines archées appartiennent à des communautés de microbes
appelées algues bleu ou bleu-vert) produisent des quantités importantes d’oxygène impliquées dans les gingivites humaines (inflammation de la gencive),
par la photosynthèse. le caractère pathogène des archées n’a pas été clairement établi.
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cyanobactéries
thalle plasmode
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2- Champignons ( Fungi )
Groupe varié de microorganismes allant de levures unicellulaires jusqu’aux
moisissures et champignons multicellulaires qui produisent de fines structures
filamenteuses appelées hyphes.
Ils absorbent les nutriments de leur environnement, y compris les molécules
organiques qu’ils utilisent comme source de carbone et d’énergie.
En raison de leurs capacités métaboliques, de nombreux champignons jouent
un rôle bénéfique, en intervenant par exemple dans :
- levée de la pâte à pain,
- production d’antibiotiques
- décomposition des organismes morts.
D’autres champignons causent des maladies chez :
- végétaux (telles que la rouille, le charbon du blé ou le mildiou),
- animaux et humains le charbon du blé le mildiou
la rouille
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3- Virus (Acaryote)
₋ Entités acellulaires qui doivent envahir une cellule hôte pour se répliquer. Depuis longtemps, les microorganismes ont été utilisés expérimentalement
₋ ne contiennent qu’un seul type d’acide nucléique (ADN ou ARN, simple ou pour produire et conserver des produits alimentaires,
double brin) qui constitue le génome viral. toutefois la microbiologie est la plus jeune des sciences naturelles puisque les
₋ se reproduisent à partir de leur matériel génétique et par réplication microorganismes se sont montrés le matériel de choix pour l'analyse de
₋ sont plus petits de tous les microorganismes sa taille est entre 10 et 400nm nombreux problèmes fondamentaux de la biologie moderne.
(10 à 10000 fois plus petits qu’une bactérie typique). Escherichia coli est actuellement la plus connu et la plus simplement
₋ provoquent de nombreuses maladies végétales et animales, comme : manipulable de tous les êtres vivants.
la variole, la rage, la grippe, le sida, le rhume et certains cancers. Les travaux sur E. coli et autres organismes similaires ont permis les plus
₋ Jouent aussi un rôle important dans les environnements aquatiques, importantes découvertes en :
₋ leur rôle dans la structuration des communautés microbiennes aquatiques - Biologie moléculaire
fait l’objet actuellement d’actives recherches. - Génétique
- Immunologie.
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Génération spontanée
Anthony Van Leeuwenhoek (1632-1723), un marchand hollandais et grand
amateur d’instruments d'optique, découvrit et décrivit pour la première fois
le monde microbien, Il observa :
- Eau de pluie,
- Sa propre matière fécale,
- Matière prélevée de ses dents.
il a été le premier à consigner ses observations dans des descriptions et des
dessins précis qui actuellement permettent l'identification
Figure 1: Antony Van Leeuwenhoek et son microscope. Russell and Russell. (1958).
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Pour chaque expérience, on supposait que les bactéries étaient transportées Pasteur (1861) filtre l'air au travers d'un coton et observe le contenu du coton.
sur des poussières en suspension dans l’air. Il constate la présence de nombreuses particules ressemblant à des spores de
Si on traitait l’air pour enlever ou tuer les microorganismes avant que l’air végétaux piégés par l’ouate, En prenant ce coton et en le déposant sur un
ne pénètre dans une solution nutritive, on n’observe aucune croissance de milieu nutritif il a remarqué une croissance de microorganismes.
microorganismes. En chauffant le goulot d’un flacon contenant une solution nutritive, il lui donne
A : les microorganismes de l’air sont tués par un acide une forme dite en col de cygne, il ne ferme pas l’extrémité afin que l’air puisse
B : les microorganismes sont détruits par la chaleur entrer. Il le fait bouillir pour stériliser la solution et le laisse refroidir.
C : les microorganismes sont éliminés par filtration (passage de l’air dans du coton)
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Résultats :
Il ne se passe rien même si le flacon est laissé à l'air libre.
S'il incline le flacon une croissance est observée.
Il émet alors l'hypothèse que les micro-organismes s'étaient localisés sur les
bords étirés de ce flacon.
En effet, en cassant les cols il y a de nouveau contamination.
Louis Pasteur démontre ainsi que l’air contient des germes capables de se
développer dès qu’ils trouveront un milieu favorable.
George Tyndall (1893) démontre que la poussière porte réellement les germes.
Il enlève les microorganismes de l’air, en laissant la poussière se déposer au
fond des serpentins.
Tant que l’air de la boîte demeure sans poussière, le bouillon reste stérile.
Figure 3 : Flacon à col de cygne utilisé par Pasteur pour achever la théorie
de la génération spontanée.
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Depuis des longues périodes, les gens ont cherché à améliorer la qualité de
leurs produits de fermentation sans se croire qu'une préférable qualité résultait
de l'amélioration des modalités de croissance des microorganismes.
Il a fallu attendre les études de Pasteur sur le rôle des microorganismes dans
la préparation du vin pour accepter que tous les processus fermentaires étaient
le résultat d'une activité microbienne.
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Pasteur montra également que tout type de fermentation était conduit par
la croissance d'un type caractéristique de microorganisme. Koch énonce les fameuses règles connues sous le nom de postulats de Koch.
Et ainsi il découvrit que pour écarter les souches microbiennes indésirables, Pour démontrer qu’un micro-organisme est responsable d’une maladie,
il suffait de chauffer le vin à une température de 60°C pendant 30min. il faut qu’il :
Ce procédé universellement connu sous le nom de pasteurisation. - soit retrouvé dans tous les cas de maladies semblables;
C'est également au cours de ces études sur la fermentation qu'il découvrit - soit isolé en cultures pures;
la vie anaérobie. - reproduise la maladie expérimentalement
Louis Pasteur et Robert Koch (1843-1910) sont les véritables fondateurs de - soit récupéré à partir d’animaux infectés expérimentalement
la bactériologie médicale
(où la théorie des germes trouve une nouvelle forme en même temps qu’une
nouvelle vigueur).
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- Pasteur a réussit à protéger les moutons contre le charbon par des vaccins
contenant des bactéries Bacillus anthracis atténuées par la chaleur.
Pasteur a d’abord inoculé des poules avec de vieilles cultures de bactéries du - Il a fabriqué le vaccin contre rhabdovirus responsable de la rage à partir de
choléra des poules, ces poules demeurèrent en santé. la moelle épinière séchée, prélevée chez les animaux morts de rage.
Plusieurs semaines après, il les inocule de nouveau avec une culture Les travaux de cette époque sont aussi à l'origine de l’immunologie, science
bactérienne fraiche, cette culture ne les rendit pas malades, mais elle tue les nouvelle où
poules qui n’avaient pas été inoculées avec la culture atténuée. - Metchnikoff (1845-1916) établit les bases de l’immunité cellulaire en
- C- Cette expérience démontra qu’une vieille culture de bactéries du choléra découvrant la phagocytose lorsque certains leucocytes (phagocytes) du
développait dans le sang des poules, sans causer la maladie, la production de sang pouvaient engloutir des bactéries pathogènes
substances protectrices (anticorps), L’étude du choléra des poules lui donne - Behring et Kitasato, à la même époque montrent que l’organisme dispose
l’occasion de cultiver l’agent responsable et de l’atténuer. C’est ainsi que la d’autres moyens de défense : c'est l’immunité humorale (Substances
vaccination est née. solubles dans le sang)
Chimiothérapie : Ensuite il appariaient les sulfamides, les antibiotiques et les
agents chimiques de plus en plus raffinés et spécifiques.
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Spécialités de la microbiologie
la microbiologie moderne porte de nombreuses spécialités - Écologie microbienne : aborde la place et le rôle des microorganismes
- Microbiologie médicale : branche de la médecine s'attelant à la dans un habitat (environnement, écosystème) ainsi que les interactions des
recherche des microbes dans les prélèvements d'origine humaine dans le micro-organismes entre eux et avec leur milieu.
but à diagnostiquer des pathologies infectieuses associées - Microbiologie alimentaire : étude des micro-organismes qui habitent,
- Immunologie : branche de la médecine qui a pour spécificité forment ou contaminent les aliments
l'étude de l'immunité, l'immunité correspond à la capacité naturelle ou - Microbiologie industrielle : traite de l'utilisation de microorganismes à des
acquise par le corps humain à lutter contre un agent pathogène, appelé fins industrielles
antigène, grâce à la mise en place de défenses immunitaires adaptées. - Génétique microbienne et la biologie moléculaire : se concentrent sur la
- Microbiologie agronomique : s’intéresse à l’impact des microorganismes nature de l’information génétique et sur la façon dont elle régule le
sur l’agriculture. développement et le fonctionnement des cellules et des organismes
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Place des microorganismes dans le monde vivant. Domaines d’application des microorganismes
Un microorganisme est un être vivant. - Alimentaires :
- Yaourt (Streptococcus thermophilus),
Atome (H) → Molécule (H20) → Cellule (musculaire)→ Tissu (musculaire) →
- Vinaigre (Acetobacter)
Organe (cœur)→ Organisme (être humain)→ Population (population de
personnes vivant dans une ville donnée)→ Communauté (plusieurs populations - Fromage (Penicillium roquefortii)
vivant dans une même région expl : populations de personnes, d'animaux - Pain (Saccharomyces cerevisiae)
domestiques et de plantes) → Ecosystème : écosystème forestier, peut comprendre - coagulation du lait (Lactobacillus bulgaricus)
Homme des arbres, des animaux, des insectes et des microorganismes vivant dans - Chimiques et pharmaceutiques :
une forêt→ Biosphère (représente l'ensemble de la Terre où la vie existe) - Vitamine B12, (Streptomyces, Pseudomonas)
- Enzymes, (Bacillus)
Acaryote - Acides organiques,
- virus - Antibiotiques… (Streptomyces)
Procaryotes - hormones (génie génétique)
- bactéries microorganismes - Environnement :
- Archée - Traitement de l’eau,
Eucaryotes - compostage, (Thermophile : Hisenia andrei)
- levures - biogaz…(Methanothrix thermophila)
- champignons filamenteux - Cycle biogéochimiques
- cellules végétales organismes supérieurs - Cycle de l'azote - Cycle du carbone - Cycle du soufre
- cellules animales - Cycle du phosphore - Cycle de l'oxygène - Cycle de l'eau
55 - Cycle de fer 56
Cycle d’Azote
Cycles biogéochimiques Fixation de l'azote :
Les cycles biogéochimiques sont des processus naturels par lesquels différents L'azote atmosphérique (N2) est une forme d'azote très stable et peu réactive.
éléments chimiques circulent à travers les différents compartiments de la Cependant, certains microorganismes ont la capacité de le convertir en
biosphère, tels que l'atmosphère, la lithosphère, la biosphère et l'hydrosphère. ammoniac (NH3) ou en ammonium (NH4+), une forme que les plantes
Les microorganismes jouent souvent un rôle clé dans ces cycles en participant à peuvent utiliser. Il existe deux types de fixateurs d'azote :
des réactions chimiques qui transforment et recyclent les éléments.
la justification de l'importance des microorganismes dans les cycles de la matière et a. Bactéries fixatrices d'azote libre :
le port de la fertilité des sols est justifiée par :
- Winogradsky (1890) a isolé, les premières bactéries nitrifiantes Comme genres Azotobacter et Clostridium. Ces bactéries vivent dans le sol et
- Beijerinck (1885 ) a isolé, le premier rhizobium Bacillus radicicola convertissent l'azote atmosphérique en ammonium, qui est ensuite disponible
Voici les plus importants et le rôle des microorganismes dans chacun d'eux : pour les plantes.
Cycle de l'azote
cycle du carbone b. Rhizobium et légumineuses (symbiose) :
Cycle du soufre Les légumineuses, telles que les haricots, les pois et les trèfles, établissent une
Cycle du phosphore relation symbiotique avec les bactéries du genre Rhizobium.
Cycle de l'oxygène
Cycle de l'eau
Ces bactéries vivent dans les nodules des racines des légumineuses et
Cycle de fer convertissent l'azote atmosphérique en ammonium pour les plantes hôtes.
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Nitrification : Ammonification :
Les bactéries nitrifiantes transforment l'ammonium (NH4+) en nitrites (NO2-)
puis en nitrates (NO3-). Lorsque les plantes et les animaux meurent, des bactéries saprophytes
Cela se produit en deux étapes : décomposeuses, genre (Bacillus, Pseudomonas, Clostridium) décomposent les
a- Bactéries nitrosomonas : composés azotés de leurs tissus en ammonium. Cela rend l'azote à nouveau
Elles convertissent l'ammonium en nitrites (NO2-). disponible dans le sol.
b. Bactéries nitrobacter : Dénitrification :
Elles convertissent les nitrites en nitrates (NO3-). Certaines bactéries dénitrifiantes, genres Pseudomonas et Paracoccus,
Assimilation de l'azote : convertissent les nitrates en azote gazeux (N2), le renvoyant ainsi dans
Les plantes absorbent les nitrates et les ammoniums par leurs racines pour les l'atmosphère. Cela ferme la boucle du cycle de l'azote.
incorporer dans leurs protéines et autres composés azotés.
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Décomposition :
Les microorganismes décomposeurs : (bactéries saprophytes et champignons),
Respiration : jouent un rôle essentiel dans la décomposition de la matière organique morte :
Tous les organismes, y compris les microorganismes, respirent pour libérer de (feuilles, animaux morts et déchets organiques).
l'énergie. Ils dégradent ces matières organiques en utilisant des enzymes pour libérer du
Le glucose et d'autres composés organiques sont oxydés pour produire de CO2 et d'autres composés.
l'énergie, libérant ainsi du CO2 dans l'atmosphère. Les microorganismes sont responsables de la majeure partie de la
Escherichia coli. décomposition de la matière organique sur Terre.
Pseudomonas aeruginosa - Bacillus subtilis : bactérie commune trouvée dans le sol et capable de
Bacillus subtilis décomposer diverses matières organiques.
Mycobacterium tuberculosis - Pseudomonas putida : bactérie reconnue pour sa capacité à dégrader des
composés organiques tels que les hydrocarbures.
- Lactobacillus acidophilus : bactérie lactique trouvée dans le tube digestif,
où elle décompose les composés organiques et contribue à la digestion.
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Échanges océaniques :
Les microorganismes marins jouent également un rôle important dans le cycle Cycle du soufre
du carbone, tels que : C’est un processus biogéochimique complexe dans lequel le soufre circule
les phytoplanctons, sont impliqués dans la photosynthèse (Diatomées, entre différentes formes chimiques, notamment le soufre inorganique et les
Dinoflagellés, Cyanobactéries … ), composés organiques, dans les environnements terrestres et aquatiques.
Autres microorganismes décomposent la matière organique dans les océans Les microorganismes, en particulier les bactéries, jouent un rôle essentiel dans
(Bacteroidetes Protozoaires, Copépodes, Vers polychètes, Zooplancton … ). ce cycle en catalysant différentes réactions chimiques.
stockant une quantité importante de carbone sous forme de bicarbonate de Voici les principales étapes du cycle du soufre et le rôle des microorganismes
calcium Ca(HCO3)2 et d'acides dissous comme l’acide carbonique (H2CO3),
qui se dissocie en ions bicarbonate (HCO3-)
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Oxydation du soufre :
Formation de composés organosoufrés : Certaines bactéries, telles que les bactéries sulfuriques, effectuent l'oxydation
Les bactéries sulfurogènes, telles que les Thiobacillus, utilisent le sulfure (S2- ) du soufre inorganique, y compris le sulfure (S2-), pour produire des sulfates
pour convertir les composés organiques en composés organosoufrés, (SO42-).
notamment les thiols, les sulfones et les sulfates organiques. Ces bactéries jouent un rôle clé dans la régénération des sulfates inorganiques
Ces composés organosoufrés peuvent être utilisés par d'autres dans l'environnement.
microorganismes ou libérés dans l'environnement. Production de gaz sulfuré :
Les bactéries sulfato-réductrices produisent souvent du sulfure d'hydrogène
(H2S), un gaz malodorant, lors de la réduction des sulfates et peut avoir un
impact sur la qualité de l'air et de l'eau.
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Cycle du phosphore :
Le phosphore est essentiel pour la formation de l'ADN, de l'ARN et des
Utilisation par les plantes et les animaux : membranes cellulaires.
Les plantes et les animaux ont besoin de soufre pour produire des acides Les microorganismes décomposent la matière organique et libèrent le
aminés et d'autres composés essentiels. phosphore sous forme de phosphate, qui peut être absorbé par les plantes et
Ils absorbent les sulfates inorganiques du sol ou les ingèrent sous forme de intégré dans la chaîne alimentaire.
composés organosoufrés présents dans leur alimentation. - Bacillus : Certaines espèces de bactéries du genre Bacillus sont connues
Sédimentation : pour leur capacité à solubiliser le phosphore à partir de composés
Les sulfates, les sulfures et d'autres composés soufrés peuvent être entraînés organiques et inorganiques, le transformant en phosphate assimilable par
dans les sédiments aquatiques ou terrestres, où ils sont stockés pendant de les plantes.
longues périodes géologiques. - Pseudomonas : Les bactéries du genre Pseudomonas comprennent plusieurs
espèces capables de libérer le phosphore sous forme de phosphate.
Elles sont souvent utilisées dans la bioremédiation pour améliorer la
disponibilité du phosphore dans les sols.
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Rhizobium : Bien que Rhizobium soit plus connu pour sa capacité à fixer Minéralisation de la matière organique :
l'azote atmosphérique dans les nodosités des légumineuses, il peut également Le cycle du phosphore commence lorsque la matière organique contenant du
libérer du phosphore sous forme de phosphate, aidant ainsi les plantes hôtes. phosphore, telle que les débris végétaux et animaux, est décomposée par des
microorganismes décomposeurs.
Mycobacterium : Certaines espèces de Mycobacterium ont la capacité de Ces microorganismes, tels que les bactéries saprophytes et les champignons,
solubiliser le phosphore, contribuant ainsi à sa disponibilité pour les plantes. libèrent le phosphore sous forme de composés organophosphorés présents dans
Clostridium : Certaines espèces de Clostridium peuvent être associées à la la matière organique en décomposition.
décomposition de la matière organique, ce qui peut indirectement influencer la Bacillus subtilis
disponibilité du phosphore dans le sol. Clostridium perfringens
Pseudomonas putida
Penicillium
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Photosynthèse :
L'oxygène est produit lors du processus de photosynthèse réalisé Respiration :
principalement par les plantes, les algues et certaines bactéries Tous les organismes respirent pour produire de l'énergie, consommant de
photosynthétiques, notamment les cyanobactéries (ou cyanobactéries). l'oxygène et libérant du dioxyde de carbone (CO2) lors du processus de
Lors de la photosynthèse, ces organismes convertissent le dioxyde de carbone respiration cellulaire. Cette étape du cycle de l'oxygène est essentielle pour
(CO2) en glucose et libèrent de l'oxygène comme sous-produit. tous les êtres vivants, y compris les microorganismes, qui réalisent la
Les cyanobactéries, par exemple, sont responsables de la production d'une respiration cellulaire pour obtenir de l'énergie.
grande quantité d'oxygène dans les environnements aquatiques.
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Décomposition anaérobie :
Décomposition : Dans des environnements anaérobies (en l'absence d'oxygène), certains
Les microorganismes décomposeurs, tels que les bactéries saprophytes et les microorganismes réalisent la décomposition anaérobie de la matière organique.
champignons, jouent un rôle clé dans la décomposition de la matière organique Au cours de ce processus, ces microorganismes décomposent la matière
morte, comme les feuilles, les animaux morts et les déchets organiques. organique en utilisant d'autres accepteurs d'électrons que l'oxygène, produisant
Lors de ce processus de décomposition, les microorganismes consomment de ainsi des gaz tels que le méthane (CH4) et le sulfure d'hydrogène (H2S).
l'oxygène pour dégrader la matière organique en composés plus simples, Certaines bactéries anaérobies, telles que les bactéries méthanogènes, jouent
produisant ainsi du CO2. un rôle clé dans la production de méthane.
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Évaporation : L'eau s'évapore des surfaces liquides, principalement des océans, Condensation : L'eau s'élevant dans l'atmosphère sous forme de vapeur d'eau
des rivières, des lacs et des sols humides. Les microorganismes aquatiques, tels se condense pour former des nuages. Les microorganismes atmosphériques,
que les cyanobactéries et les algues, contribuent à la production de gaz comme tels que les bactéries aéroportées, peuvent agir comme noyaux de
le dioxygène (O2) et le dioxyde de carbone (CO2), qui sont impliqués dans les condensation, facilitant la formation de gouttelettes d'eau.
processus d'évaporation.
Précipitations : Les nuages se condensent davantage jusqu'à ce que les
Transpiration : Les plantes absorbent de l'eau du sol par leurs racines et la gouttelettes d'eau deviennent suffisamment lourdes pour tomber au sol sous
libèrent dans l'atmosphère par un processus appelé transpiration. Les bactéries forme de précipitations, telles que la pluie, la neige et la grêle. Les
rhizosphériques, qui vivent dans la zone racinaire des plantes, peuvent microorganismes dans l'atmosphère peuvent également être entraînés vers le
influencer la disponibilité de l'eau en modifiant les propriétés du sol et en sol pendant les précipitations.
favorisant la croissance des plantes.
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Cycle du fer : Solubilisation du fer : Le cycle du fer commence lorsque les minéraux de fer
Le fer est un élément important pour de nombreuses réactions chimiques et inorganique présents dans les sols, tels que les oxydes de fer, sont solubilisés
biologiques. Les microorganismes, notamment les bactéries ferrogènes et les pour former des ions ferreux (Fe²⁺) grâce à l'action de bactéries solubilisatrices
bactéries ferreuses, sont impliqués dans la transformation du fer inorganique et de fer, telles que Acidithiobacillus ferrooxidans. Ces bactéries oxydent le fer
contribuent à son cycle. inorganique pour le rendre soluble.
Oxydation du fer : Les ions ferreux (Fe²⁺) ainsi libérés sont ensuite oxydés en
ions ferriques (Fe³⁺) par des bactéries oxydantes du fer, comme
Acidithiobacillus ferrooxidans. Cette oxydation peut avoir lieu dans les sols,
les eaux douces ou les milieux aquatiques, libérant du fer précipité sous forme
de précipités ferriques.
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Cycle d’azote
Cycle de carbone
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Microbiologie alimentaire.
Certains microorganismes peuvent changer la nature des denrées alimentaires
comme :
- bactérie lactique : Fermentation lactique
- champignon Botrytis cinerea : Putréfaction (protéolyse)
- Pseudomonas fluorescens : Rancissement (lipolyse)
D’autres :
- causent des maladies ex : salmonelloses causée par la bactérie slmonella
- élaborent des toxines qui causent les intoxications alimentaires ex : botulisme
causée par la bactérie clostridium botulinum
Aussi les microbiologistes essayent d’empêcher la contamination microbienne
des aliments.
Un certain nombre de microorganismes sont utilisés pour la fabrication
de denrées alimentaires comme :
pain (Saccharomyces cerevisiae) ,
Fromages (Penicillium camemberti et Penicillium roqueforti),
yaourts (Streptococcus thermophilus et lactobacilles) ,
Et ….
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Sécurité alimentaire
La sécurité alimentaire est un axe majeur de la microbiologie alimentaire.
Les bactéries pathogènes, virus et toxines produites par Bactériophages : virus qui n'infectent que des bactéries, peuvent être
des microorganismes sont des sources possibles de contamination alimentaire. utilisés pour tuer des bactéries pathogènes.
Certains microorganismes peuvent aussi être utilisés pour combattre ces Une préparation alimentaire rigoureuse avec cuisson correcte, élimine la
microbes pathogènes. plupart des bactéries et virus.
Les bactéries probiotiques, et notamment celles produisant des bactériocines, Les toxines produites par des contaminants alimentaires ne perdent pas
peuvent tuer et inhiber des pathogènes. nécessairement leur caractère toxique du fait de la cuisson d'aliments
Par ailleurs, des bactériocines purifiées telles que la nisine produite contaminés.
Lactococcus lactis (naturellement présent dans de nombreux produits laitiers Il est donc nécessaire de veiller à ce que leur production ne soit pas
fermentés) peuvent être directement ajoutés à des produits alimentairespour ses suffisamment importante au point que l'aliment constitue un danger.
propriétés antimicrobiennes .
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Levures et Moisissures
Les champignons microscopiques (mycètes) se divisent en deux groupes :
- hormones (insuline hormone vitale pour la régulation de la glycémie, peut - Levures (unicellulaires)
être produite grâce à la technologie de l'ADN recombinant, qui utilise des - Moisissures (champignons filamenteux)
microorganismes génétiquement modifiés pour produire des protéines Mycètes :
humaines.), - Eucaryotes (possédant un noyau bien individualisé, entouré d’une
- production de bio gaz : bactéries méthanogènes utilisées dans la digestion membrane nucléaire) Uni ou pluricellulaires
anaérobie pour produire du biogaz à partir de matières organiques telles - se développent par des thalles (système de filaments plus ou moins
que les déchets agricoles et les eaux usées. ramifiés).
- insecticides microbiens : Bacillus thuringiensis (Bt), produisent des toxines - Sont très abondant, dans la nature et jouent un rôle essentiel dans le
qui sont utilisées comme insecticides biologiques pour lutter contre les recyclage des matières organiques, en tirant leur énergie à partir des
ravageurs agricoles sources carbonées externes (hétérotrophie).
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a b c
Figure 3:
(a) Levure (Saccharomyces serevisiae) unicellulaire microscopique.
(b) Moisissure (Penicillium expansum) multicellulaire se développant sur une
pomme : pourriture verte
Figure 2 : Siphomycètes (Mycélium non Septé) (c) Champignons vesse de loup (Lycoperdon perlatum) poussant sur une buche
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Paroi
Rigide représente près 20% du poids sec de la cellule, donnant à la cellule sa
Levures
forme caractéristique constituée de :
Champignons microscopiques unicellulaires présentant dans leur cycle
- 80% de polysaccharides antigéniques dont les mannanes, glucanes et
biologique une phase unicellulaire prépondérante.
chitines sont les représentants les plus importants
Elles occupent une place essentielle dans l’industrie alimentaire, contribuent à
- 10 à 20% de protéines.
la revalorisation des déchets agricoles et industriels et à la production des
Formée de 3 couches :
protéines.
- couche interne de β (1-3) glucane insoluble en milieu basique, assure le
Cependant certaines sont pathogènes pour l’homme ou les animaux.
maintien et la rigidité de la paroi;
La taille de la cellule est très variable selon les espèces : de 1 à 10 µm de
- couche interne moyenne, de β (1-3) glucane soluble ramifié qui confère
large pour 2-3 ou 20-50 µm de longueur.
une certaine élasticité à la paroi, est aussi le lieu d’encrage des
La forme de la cellule végétative peut être sphérique, ovoïde, allongée ou
mannoprotéines;
cylindrique.
- couche externe, de mannanes phosphorylés;
Dans certaines conditions de culture, les levures peuvent donner des formes
mycéliennes.
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Membrane cytoplasmique
- Riche en stérols constitue de protéines et de phospholipides et se compose
de trois feuilles :
- Un feuillet médian constitué de lipides et de phospholipides
- β (1-3) glucane : assure le lien entre les différentes couches. - Les deux autres étant constitués de protéines
- chitine : - localisée au niveau de la zone de cicatrisation lors du Cytoplasme
bourgeonnement - Hydrogel à pH voisin de 5,
- permet ainsi le maintien de l’intégrité de la paroi et, donc, la - contient des enzymes notamment celles de la glycolyse et de fermentation
survie de la cellule. alcoolique,
- paroi : séparée de la membrane cytoplasmique par un espace - glycogène et des organites équivalentes à ceux des cellules eucaryotes
périplasmique où sont localisées des enzymes. comme :
- Ribosomes
- Reticulum endoplasmiques
- Mitochondries (environ 50 par cellules)
Et contenant leurs propres ADN et ARN
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Noyau :
très petit est en général unique.
on dénombre 17 chromosomes et on identifier 200 gènes, chez
Saccharomyces cerevisiae.
La structure de ces chromosomes est semblable à celle des autres eucaryotes
avec un enroulement de l’ADN
Reproduction
Elles se reproduisent soit :
- Mode asexué par bourgeonnement et division transverse,
- Mode sexué par formation de spores.
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Moisissures
Champignons filamenteux hétérotrophes :
- certains vivent en symbiose avec des végétaux,
- d’autres sont des parasites des végétaux ou des animaux,
- d’autres encore sont des saprophytes qui se développent sur des déchets
organiques ou contaminent les produits alimentaires.
Ils sont souvent dotés de :
- propriétés lytiques importantes (cellulolytiques, pectinolytiques.
amylolytiques, protéolytiques, lipolytiques...) qui en font des agents de
dégradation dangereux mais aussi parfois des
- alliés utiles (affinage des fromages, production d’enzymes).
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Reproduction
- Asexuée chez les mycètes consiste souvent en la production de type
spécifique de spores.
- Sexuée se fait par fusion d’hyphes des souches de sexes différents.
Chez :
- certains mycètes, les noyaux des hyphes fusionnés se combinent
immédiatement pour former le zygote.
- d’autres, les deux noyaux génétiquement distincts restent séparés, formant
des paires qui se divisent de façon synchrone et finalement certains de ces
noyaux fusionnent.
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