Introduction

La durabilité est devenue la nécessité primordiale de chaque événement

humain dans le temps d'aujourd'hui, qui peut initier de la maison et conduit

à cette planète Terre.

Le Sommet de la Terre organisé par les Nations Unies a joué un rôle

important dans la sensibilisation au développement durable pour répliquer

aux calamités, dues à la surexploitation des ressources naturelles et à la

croissance exponentielle la population humaine depuis des siècles. Pour la

quête de la durabilité, les microrganismes ont s'est imposé comme un bon

candidat.les bacteries et Les champignons jouent un rôle central dans les

procédés de biotechnologie. De nos jours, de nombreux processus tels que la

cuisson, le brassage et la synthèse d'alcools, d'antibiotiques, d'enzymes,

d'acides organiques ainsi que des produits pharmaceutiques sont réalisées à

l'aide de bioproduits fongiques. En raison de les progrès récents de la

génomique et de la technologie de l'ADNr, la levure et les champignons ont

atteint la position de premier plan en raison de leurs objectifs industriels

actuels.

En général les termes « bacteriotechnologie et mycotechnologie » sont

utilisé, qui énonce les différents rôles des champignons et des bacteries avec

en plus de son impact sur la biotechnologie ainsi que sur l'économie.

la Microrganismes et les pratiques Biotechnologiques

Introduction et définitions de la mycothechnologie
Les champignons appartiennent à la classe inférieure des eucaryotes selon le

biologiste contemporain et sont parfois également considérés comme le

cinquième règne sur la base du mode de nutrition. Les champignons

projettent différents types d'enzymes dans leur environnement et, après

l'action de ces enzymes, engloutissent les aliments prétraités. Avec une

morphologie, une écologie et une physiologie assorties, de nombreux

champignons éminents ont encore un effet néfaste sur le bien-être des

humains car ils sont impliqués dans différentes maladies des plantes (comme

les brûlures, les rouilles, les charbons et les flétrissures) et la biodétérioration

(comme les moisissures et les pourritures) comme ainsi que pathogène pour

l'animal (en produisant des mycoses et des toxines). La gamme de

champignons va des moisissures et levures de taille micro aux truffes de taille

macro ainsi qu'aux champignons. On pense qu'un grand nombre d'espèces de

champignons de taille macro sont délicates; ainsi, ils sont cultivés et

accumulés pour des usages humains tels que la nourriture ou ses suppléments,

alors qu'il existe des champignons de taille micro, comprenant des genres

comme Aspergillus, Penicillium et Saccharomyces, qui ont une influence

positive dans le contexte des activités humaines comme leur des

métabolismes régulés sont utilisés pour synthétiser des enzymes ainsi que des

métabolites.

Ces capacités ont fait des champignons l'une des pierres angulaires du

développement moderne.

biotechnologie. Il existe de nombreuses façons d'expliquer le terme

biotechnologie.

La Commission Spinks, Royaume-Uni, a été le premier groupe à donner une

explication formelle : « La biotechnologie est l'application d'organismes, de

systèmes ou de processus biologiques aux industries de fabrication et de

services ». D'autre part, la Fédération européenne a a cité la définition

similaire mais avec un large éventail d'aspects: "l'utilisation intégrée de la

biochimie, la microbiologie et les sciences de l'ingénieur pour atteindre des

objectifs technologiques application (industrielle) des capacités des micro-

organismes, des cellules tissulaires cultivées, et leurs parties ». En outre,

l'Institut national de la santé et de l'alimentation et des médicaments

Administration, États-Unis, a défini : "La biotechnologie est l'application de

systèmes biologiques et organismes aux procédés techniques et industriels. Les

technologies incluses dans ce domaine comprennent la sélection génétique, la

modification in vitro du matériel génétique, par ex. recombinant ADN,

épissage de gènes, fusion cellulaire, technologie des hybridomes etc." et autre.

Les micro-organismes et les produits microbiens jouent un rôle essentiel dans

une série de processus agro-industriels. Ils sont utilisés comme engrais

biologiques (aussi appelés bio-inoculant) et comme pesticides biologiques et

interviennent également dans la bioremédiation et la transformation

biologique des déchets organiques en produits à valeur ajoutée. on trouve

plusieurs exemples de l'utilisation et de la conservation des microorganismes

dans les processus agro-industriels. L'importance que revêt à cet égard la

diversité des micro-organismes y est également mesurée, de même que

l'intérêt des pratiques mises en œuvre pour la préserver.

· Un exemple de fertilisation biologique consiste dans l'application en

surface - sur les semences, les sols ou les plantes - de préparations à base de

cellules vivantes de souches microbiennes, obtenues par multiplication

artificielle. Il s'agit de coloniser ainsi la rhizosphère ou l'intérieur des plantes

pour accélérer la croissance des cultures grâce à un apport ou à une

disponibilité accrus d'éléments nutritifs sous une forme facilement assimilable

par les végétaux.

Formulation des biopesticides

Au cours des millénaires et avec l’expansion continue de la population

mondiale, l’agriculture a connu une forte intensification dans le monde

industrialisé, un peu avant la seconde guerre mondiale, puis, dix à vingt ans

plus tard, dans les pays en développement, donnant ainsi naissance à « La

révolution verte ».

Cette révolution agricole s’est caractérisée par l’adoption des méthodes

permettant :

1. d'économiser la main-d’oeuvre

2. l’usage des organismes notamment génétiquement modifiés (OGM)

3. l’usage des produits chimiques de fertilisation (fertilisants)

4. l’usage des protections des plantes contre les ravageurs des cultures

agricoles (pesticides)

Sachant que l’utilisation intensive de ces produits chimiques a provoqué :

1. de graves conséquences sur l’environnement

2. des graves conséquences sur la santé de l’homme.

Le contrôle d’usage des produits phytosanitaires chimiques reste toujours

limité dans tous les pays du monde, ce problème est plus accentué dans les

pays sous développés

Le monde donc face à cette situation, a adopté des politiques agraires

alternatives, parmi lesquelles, on note : l’agriculture intégrée et l’agriculture

biologique.

La gestion intégrée (IPM, integrated pest management) des cultures implique

l’adoption des techniques respectueuses de l’environnement qui vise à

minimiser l’usage des produits chimiques.

En revanche, la production biologique exclut l’utilisation des produits

phytosanitaires chimiques. Dans ce type d’agriculture, on utilise des produits

phytosanitaires naturels dits : Biopesticides

Il existe deux types de biopesticides sur le marché, en l’occurrence :

Les pesticides biochimiques qui sont des substances d’origine naturelle et/ou

des molécules synthétiques qui leur ressemblent (Thakor, 2006)

Les pesticides microbiens qui contiennent les microorganismes

bénéfiques, tels que les bactéries, les champignons, les levures, les virus ou les

protozoaires, comme matière active (BIA, 2013).

Les biopesticides bactériens représentent la majorité des biopesticides

microbiens et les bactéries du genre Bacillus sont les plus étudiées dans la
recherche scientifique et le plus exploité en agriculture.

En effet, le US Food and Drug Administration (USFDA) a confirmé

que toutes les espèces du groupe Bacillus subtilis sont non pathogènes à

l’homme. En outre, le genre Bacillus possède la possibilité de sporuler dans

des conditions défavorables ce qui facilite sa production industrielle et sa

formulation en un produit stable (Lolloo et al., 2010).

Par ailleurs, le genre Bacillus a la capacité d’échapper au phénomène de

résistance des ravageurs car il développe plusieurs mécanismes de biocontrôle,

de biofertilisation et de phytostimulation comme la plupart des PGPRs

(plant growth promoting rhizobacteria), pour augmenter le rendement des

cultures agricoles.

2.2- Dangers de l’emploi intensif des pesticides à usage agricole

2.2.1- Dangers liés à la santé humaine

La Révolution verte nous a enseigné que l'emploi intensif de pesticides et

d'engrais est nocif

pour les écosystèmes et par conséquent pour la santé de l’animal et de

l’homme. Plus de 150 études réalisées dans 61 pays et régions du monde

ont abouti à la constatation de présence des résidus de pesticides dans les

tissus adipeux, le cerveau, le sang, le lait maternel, le foie, le placenta, le

sperme et le sang du cordon ombilical (Rachel, 1962).

L’épidémiologie a ainsi montré que les personnes exposées aux pesticides

encourent plus de risque, de développer de nombreuses pathologies telles que:

le cancer (Pluygers et al., 1994), les problèmes neurologiques (Jamal, 1997),

les malformations congénitales (Bell et al., 2001), les problèmes d’infertilité

(Greenlee et al., 2003), ou encore le système immunitaire affaibli (Thomas

et al., 1988). Jeyaratnam. (1990) a notifié que deux millions de cas de

personnes ont été hospitalisées pour cause de tentatives de suicide avec des

pesticides et a conclu que les intoxications par les pesticides peuvent

constituer, dans certains pays en développement.

Selon un rapport de la Banque mondiale (WB, 2008), 355.000 personnes

dans le monde meurent chaque année d’empoisonnement involontaire dû à

des pesticides

2.2.2- Effet des pesticides sur la biodiversité

1 211 espèces d’oiseaux (12 % du total) sont considérées comme étant

menacées dans le monde, et 86 % de celles-ci sont menacées par la

destruction ou la dégradation de leur habitat.Pour 187 espèces d’oiseaux

menacées dans le monde, la première source de pression est la pollution

chimique, comprenant les engrais, les pesticides et les métaux lourds

pénétrant les eaux de surface et l’environnement terrestre (Berny et al.,

1997)

Les herbicides peuvent provoquer des changements de végétation et d’habitat

qui menacent les mammifères. En France, des renards ont été empoisonnés

par des résidus de bromadiolone contenu dans le tissu corporel de leurs

proies (Berny et al., 1997). Au moins 25-35% des petits mammifères

prédateurs (putois, hermines et belettes) échantillonnés ont été exposés aux

rodenticides, et ce chiffre est peut-être sous-estimé (Shore et al., 1999). Au

Royaume- Uni,suite au contrôle de la population de rats aux rodenticides,

les populations locales de mulots sylvestres, campagnols roussâtres et

campagnols agrestes ont décliné de manière significative (Brakes et Smith,

2005).

Le nombre de vers de terre était 1,3 à 3,2 fois supérieur dans les parcelles

biologiques comparées aux parcelles conventionnelles (M‫ن‬der et al., 2002).

Les insecticides à large spectre comme les carbamates, les organophosphorés

et les pyréthroïdes peuvent provoquer le déclin de population d’insectes

bénéfiques tels que les abeilles, les araignées et les coléoptères. Beaucoup de

ces espèces jouent un rôle important dans le réseau alimentaire ou comme

ennemis naturels des insectes nuisibles. Plusieurs hypothèses relient la

surmortalité des abeilles connue en Europe, depuis le début des années 2000,

à l'emploi de néonicotinoïdes. La Commission européenne a d’ailleurs proposé

aux Etats membres de suspendre pendant deux ans l'utilisation de trois

pesticides de la famille des néonicotinoïdes sur les semences, en granulés et

en pulvérisation, pour les plantations qui attirent les abeilles (colza, tournesol,

maïs et coton). D’après la FAO 71% des espèces cultivées qui fournissent 90%

des aliments mondiaux, sont polinisées par despar des abeilles (Arbach,

2012).

Plusieurs études ont montré que l’utilisation intensive des pesticides affecte la

fertilité du sol. La longueur des racines de plantes colonisées par les

mycorhizes était ainsi 40% plus élevé dans les systèmes biologiques que dans

les exploitations conventionnelles (M‫ن‬der et al.,2002)

Les insecticides à large spectre comme les carbamates, les organophosphorés

et les pyréthroïdes peuvent provoquer le déclin de population d’insectes

bénéfiques tels que les abeilles, les araignées et les coléoptères. Beaucoup de

ces espèces jouent un rôle important dans le réseau alimentaire ou comme

ennemis naturels des insectes nuisibles. Plusieurs hypothèses relient la

surmortalité des abeilles connue en Europe, depuis le début des années 2000,

à l'emploi de néonicotinoïdes.

Plusieurs études ont montré que l’utilisation intensive des pesticides affecte la

fertilité du sol. La longueur des racines de plantes colonisées par les

mycorhizes était ainsi 40% plus élevé dans les systèmes biologiques que dans

les exploitations conventionnelles (M‫ن‬der et al.,2002).

Boldt et Jacobsen. (2006) ont montré aussi que les herbicides sulfonylurées

metsulfuron et dans une moindre mesure le chlorsulfuron sont à l’origine

d’une réduction de la croissance des bactéries du sol Pseudomonas. Par

ailleurs, en Afrique du Sud, l’activité des organismes du sol était plus

importante dans les sols des vignobles biologiques que dans ceux des sites

traités conventionnellement (Reinecke et al., 2008). Le captane (un fongicide)

et l’herbicide (glyphosate) ont également causé un changement parmi les

espèces des communautés bactériennes du sol (Widenfalk et al., 2008).

Certains insecticides organophosphorés (le dimethoate par exemple) peuvent

réduire l’activité et la biomasse des micro-organismes de sol .

De la lutte chimique à la production intégrée

Bien que presque tous les gouvernements aient adopté des politiques pour

lutter contre les problèmes causés par les pesticides, le contrôle de leur usage

reste limité. Ce problème est encore plus accentué dans les pays en

développement où les ressources pour faire appliquer la réglementation sont

limitées, voire inexistantes, et où les conditions d’utilisation sont

inappropriées ou contre-indiquées (Goldenman et PozoVera, 2008). En plus,

malgré toutes les menaces que les pesticides présentent pour l’environnement

et la santé de l’homme, les pays en développement et les pays fortement

industrialisés continuent à utiliser de grandes quantités de ces produits

dangereux (Jack Weinberg, 2009). Ainsi, la valeur globale du marché

mondial des pesticides était d’approximativement

Les modèles de développement non durables nécessitent un usage intensif des

pesticides qui nuisent à l’environnement, menacent les écosystèmes et la

biodiversité, indispensables à notre sécurité alimentaire future.

Les pesticides biologiques, qui sont mis au point à partir d'organismes

vivants, y compris les micro-organismes, permettent de protéger les cultures

contre les maladies fongiques, bactériennes et virales et contre les insectes,

les nématodes et les adventices. Au cours des dernières décennies, des efforts

considérables ont été déployés afin d'encourager l'utilisation de pesticides

biologiques, de préférence aux pesticides chimiques dont l'usage très intensif

et souvent inconsidéré constitue une source de préoccupation majeure pour

la santé et l'environnement. Récemment, le statut commercial de pesticides

biologiques a été examiné et des progrès ont été accomplis vers l'élimination

des principaux obstacles techniques qui freinent le développement et la

production de ces produits.

Ø Les micro-organismes présents naturellement (bactéries, champignons,

algues) sont également utilisés dans le processus de bioremédiation pour

dégrader et détoxifier les substances dangereuses pour la santé humaine et

l'environnement. Les archées, les bactéries et les champignons ont, par

exemple, été utilisés pour le traitement des eaux usées de pressoirs à olives,

dont le déversement dans le sol ou dans les égouts engendre une pollution

importante du sol et de l'eau.

Ø Par ailleurs, des micro-organismes appartenant à des genres différents

interviennent dans la transformation biologique des déchets organiques

agro-industriels en des produits à valeur ajoutée. Les déchets, en particulier

les résidus de récolte et les déjections animales, sont convertis en engrais

biologiques (compost), en d'autres métabolites sous l'action des enzymes, en

additifs alimentaires, en acides organiques et pigments et en biocarburants.

Formulation de biofertilisant en agriculture

Rôle des champignons dans l'agriculture et la pédologie

Le rôle des champignons mycorhiziens arbusculaires dans Agro Écosystème

naturel

La symbiose est la clé qui détermine la croissance et le développement de la

plante. Les champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) sont la variété la

plus courante de mycorhiziens.

champignons. Les avantages de ces AMF sont qu'ils aident à la translocation

des nutriments du sol, en maintenant l'intégrité du sol, en protégeant la

plante du stress dû à la sécheresse et l'agent pathogène persistant dans le sol

et générant de la diversité dans le végétaux. Les AMF appartiennent à

l'ordre de la classe Glomales, qui englobe actuellement six genres. AMF

comprend la structure spéciale dans leur racine qui est nommée comme

arbuscules, qui les aident à transférer les nutriments entre les champignons

et plante (Dodd 2000).

Absorption des éléments nutritifs des plantes par l'AMF

Le phosphore, élément immobile dans le sol et nutriment important pour la

croissance et la prolifération des plantes, nécessite des mycorhizes. Sur

l'incorporation de l'AMF dans le mélange de culture de plantes, le système de

croissance des plantes est stimulé car il a été privé de inoculum indigène

comme dans un sol stérilisé. Le résultat peut être visualisé en évaluant le

système racinaire ramifié de la famille des Chénopodiacées et des

Brassicacées. En grandissant ces plantes en conteneur, la symbiose sera

efficace si l'équilibre nutritionnel et environnemental des conditions comme

la lumière sont correctement régulées (Dodd 2000).

Atténuation du stress environnemental par l'AMF

L'AMF aide à élever la résistance à la sécheresse non seulement chez les

plantes qui poussent dans les zones arides mais aussi dans les zones où sévit

la sécheresse de courte durée. La raison proposé est qu'il aide à l'absorption

des nutriments. Les AMF induisent également la tolérance contre différents

métaux lourds comme le Cd (cadmium). La souche AMF résistante aux

métaux isolé du site pollué par les métaux lourds prouve son adaptation

contre les métaux lourds (Dodd 2000).

Production durable utilisant l'AMF

Dans des conditions naturelles, les jeunes graines germent et se branchent

sur les hyphes d'AMF, qui possèdent la capacité d'aller sous le sol et

d'adhérer à différentes plantes.

En raison de cette capacité, l'AMF a attiré beaucoup d'attention. De plus,

l'AMF exige moins carbone par rapport aux plantes pour la photosynthèse

car il a le mycélium préexistant. Cependant, l'agriculture n'autorise que les

CMA qui ont le potentiel de synthétiser de nouveaux ERM pour leur survie

(Dodd 2000). Les microbes du sol forment des colonies sur la racine des

plantes supérieures et développent le

relation symbiotique. Les bactéries nodulatrices jouent un rôle important au

cours de l'azote fixation (comme les rhizobiums sur les légumineuses);

relation symbiotique entre la racine et champignon est appelé mycorhize, qui

est essentiel à l'absorption du phosphore. Mycorhizes sont omniprésents dans

la nature et peuvent être isolés de tout type de sol. Chénopodiacées, Les

crucifères, les cypéracées, les juncacées et les protéacées sont les quelques

principales familles qui forment le système vasculaire avec les champignons

(Bolan 1991). L'adaptation de plante avec des microbes environnants est

indiquée comme rhizosphère, qui est l'étroit région du sol à proximité des

racines (Johansson et al. 2004). Activité microbienne élevée est observé dans

la rhizosphère sous forme d'infiltration de constituants organiques de la

racine se déroule. Le concept de rhizosphère a été étendu à l'incorporation

de champignons constituants responsables de la symbiose, et on l'appelle «

mycorhizosphère ».

Ainsi, cette progression dans la nature nous a orientés vers le traditionnel

gestion concentrée à faible coût, culture durable (Johanssonet coll. 2004).

Effet des champignons AM sur les bactéries de la mycorhizosphère

Les champignons AM affectent directement et indirectement les bactéries

colonisant les racines des plantes. L'interaction directe implique le

changement de pH qui est stimulé par les champignons et crée la

compétition pour la consommation de nutriments. Cependant, l'interaction

indirecte influence

la croissance des plantes, la texture du sol ainsi que l'exsudation des racines

(Mishra et al.2016 ; Johanson et al. 2004).

Pertinence des interactions avec la mycorhizosphère

à l'agriculture durable L'AMF est considéré comme modifiant la nutrition en

phosphore, et parallèlement à cela, il improviser la résistance aux maladies

dans la plante cible. Ainsi, les champignons mycorhiziens sont essentiel pour

soutenir les terres agricoles où les apports en éléments nutritifs sont très

faibles.

Le mycélium AM en collaboration avec des bactéries/champignons aide à

mobiliser les nutriments (Johansson et al. 2004). Chez les légumineuses

nodulantes, les bactéries fixatrices d'azote et l'AMF travailler en synergie. Le

gène de fixation de N chez les espèces de Burkholderia qui est présent dans

les hyphes de l'AMF ont été déterminées et informées qu'elles peuvent

améliorer l'apport de N en fixant l'azote atmosphérique pour les plantes

mycorhizées.

Mécanismes de biodégradation des pesticides dans

l’environnement
La pollution causée par les activités agricoles et l’usage des produits

phytosanitaires représente un cas typique de pollution multiple et généralisés

de tous les compartiments de l’environnement. Elle constitue un sujet de

préocupation majeur et un problème d’actualité (Craven, 2005).

Depuis plusieurs décennies, les systèmes agricoles sont fondés sur le recours

aux pesticides de synthèses comme seul moyen permettant d’assurer une

protection rapide et efficace contre les différents ennemies des cultures

(Calvet et al., 2005). Toutefois, si le rôle des pesticides est d’abord apparu

essentiel, leurs effets secondaires nocifs ont été rapidement mis en évidence.

En effet, ces substances, peuvent en parallèle exercer un effet désastreux sur

l’environnement et sur de nombreux organismes particulièrement les

animaux et l’homme.
Le développement des systèmes de traitement des déchets phytosanitaires,

représente un intérêt croissant. L’enjeu est majeur, il s’agit d’éviter la

pollution de l’environnement par les pesticides d’une part et de proteger la

santé publique d’une autre part. Parmi les moyens de dépollution, celles qui

utilisent les techniques physico-chimiques sont considérées très couteuses et

nécessitent des moyens généralement lourds. On assiste ces dernières années

à l’émergence des techniques biologiques qui sont beaucoup moins onéreuses

et très efficaces (Loqman, 2009). Ces procédés font appel aux

microorganismes capables de biodégrader ces polluants très variés

Les actinomycètes peuvent représenter un moyen de lutte efficace, grâce à

leurs aptitudes physiologiques et métaboliques très avantageuses.

Spécialement grâce aux multiples enzymes extracellulaires produits par ces

bactéries et à la capacité de production de spores par la plus part de ces

bactéries, qui favorise leur propagation et persistance dans les sols (Ensign,

1978

2 Définition des pesticides

Le mot pesticide composé de deux parties: le suffixe « cide » qui a pour

origine le verbe latin «caeder» qui signifie « tuer ». On lui a adjoint la

racine anglaise « Pest » qui signifie animal ou plantes nuisibles à la culture

(Colin, 2000)

Il existe, parallèlement, de nombreuses autres appellations des pesticides

telles que produits phytosanitaires, produits agro-pharmaceutiques, produits

antiparasitaires, les produits phytopharmaceutique, ou encore produits agri

sanitaire (Belmonte)

Composition des pesticides

Un pesticide comprend une ou des substances actives (ou matières actives) et

des matières additives. Les substances actives ne sont pas utilisées telles

quelles mais elles sont formulées. Selon (Fournier et al., 2002), la

formulation des pesticides vise à assurer une efficacité optimale à la

substance active et à en faciliter l’application pour l’agriculture. Le produit

commercial est donc un mélange de plusieurs composants il contient/

1. la substance active associée à divers formulant

2. les diluants (solvants, charges)3

3. les additifs (matière colorante ou odorante).

4. les adjuvants (produits destinés à améliorer la performance de la

substance active) qui peuvent eux-mêmes présenter une certaine toxicité

pour la plante traitée et l’utilisateur

1-4 Formulation des pesticides

1-4-1 Les pesticides formulés sous forme solide

Les pesticides formulés sous forme liquide

Domaines d’utilisation des pesticides

Les pesticides sont utilisés en agriculture mais ont également de nombreux

autres

usages non agricoles.

Mode d’action des pesticides

1-8-1 Les herbicides

Peuvent agir sur les adventices se trouvant en concurrence avec une culture

donnée. Suivant leur dose et leur période d’utilisation, ces composés peuvent

être sélectifs ou non sélectifs en possédant différents modes d’actions sur les

plantes spontanées.

Les insecticides

Les insecticides agissent par contact, par inhalation ou par ingestion des

molécules par l’insecte. Ils interviennent en éliminant ou empêchant la

reproduction des insectes avec différentes manières :

Les fongicides

Ils peuvent agir différemment sur les plantes comme étant :

Des fongicides affectant les processus respiratoires (dithiocarbamates) ainsi

que la division cellulaire (benzilidazoles).

Des Inhibiteurs de la biosynthèse des stérols, des acides aminés ou des

protéines et le métabolisme des glucides.

Effets des pesticides

1-9-1 Effet sur la contamination des eaux et la faune aquatique

L’emploi des produits phytosanitaires et leurs dérivés peuvent provoquer un

risque élevé pour les communautés d’espèces aquatiques par la mortalité des

poissons, les mollusques, les petits crustacés, les algues et les plantes

aquatiques .

Effet des pesticides sur les sols

Les effets des pesticides sont très diverses et affectant plusieurs fonctions de

la microflore des sols (Clavet et al., 2005). En effet plusieurs études ont

montré que l’emploi massif de pesticides peut avoir des répercussions

majeures sur les autres invertébrés.

Les pesticides peuvent affecter la fertilité du sol a long-terme mais leurs

action est mal connue et elle dépend de plusieurs facteurs, ces substances

affectent aussi les vers de terre, le mycorhize symbiotique et d’autre

organisme. Le nombre, les caractères physiques et chimiques et la diversité

de la flore microbienne peuvent être aussi modifiées par les pesticides.

Effet des pesticides sur la microflore du sol

Effets des pesticides sur les plantes visées

Effets des pesticides sur la faune sauvage

Effets des pesticides sur les humains

Les pesticides peuvent se retrouver dans l’organisme humain directement

par ingestion, inhalation ou pénétration cutanée ou indirectement par

l’intermédiaire des sols, des poussières, d’eau ou d’aliments contaminés.

Les résidus de pesticides peuvent entrainer des désagréments pour la santé

comme : des troubles de la reproduction, le développement du système

nerveux. Une toxicité neurologique aigue, l’affaiblissement du développement

neurologique chronologique, un dysfonctionnement des systèmes

immunitaires de la reproduction et endocrinien ont également été rapportés.

Effets des pesticides sur la biodiversité

Les pesticides sont un facteur majeur d’incidence sur la diversité biologique,

de même

que la perte d’habitat et le changement climatique

Effets sur les aliments

L’utilisation en quantités excessives ou l’utilisation sans expérience des

pesticides, laissent inévitablement des résidus de la substance active ou de ces

métabolites dans nos fruits et légumes frais ou transformés (Bhanti, 2007).

En effet les aliments comme les viandes, les œufs et les produits laitiers

peuvent constituer une source importante de ces substances.

Comportement des pesticides dans l’environnement

Lors du traitement des cultures, la majeure partie des quantités de

pesticides apportées atteint le sol (Figure N° 01), soit parce que les pesticides

y sont directement appliqués, soit parce que la pluie a lessivé le feuillage des

plantes traitées. Le sol occupe donc une position centrale dans la régulation

du devenir des pesticides dans l’environnement et il aura un double rôle de

stockage et d’épuration.

Les mécanismes qui gouvernent ce devenir sont nombreux et encore

souvent mal connus.

Cependant, suivant un schéma classique, ils peuvent se classer en trois types

1-La rétention ou les pesticides reste piégé dans le sol (stockage)

2- La biodégradation (biotique et abiotique).

3- Le transfère (vers l’atmosphère, les eaux de surface, les eaux souterraines)

Figure N°01: Processus impliqués dans le devenir des pesticides dans les sols

1. La rétention

La rétention se réfère à la capacité du sol à retenir le pesticide et à limiter

son déplacement à l’intérieur ou à l’extérieur de la matrice du sol. Ce terme

englobe le processus d’adsorption sur le sol lui-même, mais aussi d’adsorption

dans la matrice et les organismes d u sol, les plantes et les microorganismes

(Barriuso et al., 1996). L’adsorption représente le phénomène majeur

d’immobilisation des composés dans le sol. Les sols à forte teneur en matière

organique absorbent les produits phytosanitaires et limitent ainsi leur

migration avec l’eau qui percole et circule en surface, d’où une protection des

milieux aquatiques. Plusieurs liaisons de natures différentes peuvent s’établir

entre les molécules de pesticides et les particules de sol : de vanderwals,

ioniques et celles de coordination

2. Dégradation des pesticides

La dégradation joue un rôle important dans le devenir des pesticides en ce

qu’elle assure

la transformation

2.1. La dégradation abiotique

Ø La photo-décomposition : Aussi bien dans l’air, à la surface du sol, dans

l’eau ou sur la plante, les liaisons chimiques entre les atomes des pesticides

peuvent être détruites par photodégradation parles rayons ultraviolets et les

rayons X
Ø La dégradation chimique

Dégradation chimique ou abiotique se produit par des réactions incluant

l’hydrolyse, l’oxydoréduction et l’ionisation .Les réactions d'hydrolyse sont

catalysées par la présence d'hydrogène ou d’ion hydroxyde, d'où un taux de

réaction fortement dépendant du pH .

2.2. La dégradation biotique des pesticides

La dégradation biotique des pesticides dans le sol et dans les eaux, est

réalisée par la microflore présente dans ces milieux et consiste en des

transformations chimiques dues à leurs systèmes enzymatiques. Les réactions

de dégradation des pesticides peuvent se dérouler à l'intérieur et/ou à

l'extérieur des microorganismes (Calvet et al., 2005).

Trois mécanismes sont considérés comme étant directement à l'origine de la

dégradation microbienne des pesticides: ce sont le métabolisme direct, le

cométabolisme et la conjugaison.

Ø Le métabolisme direct

Consiste en une utilisation des pesticides comme source d'énergie par les

microorganismes. En effet, ils ont besoin d'éléments nutritifs (C,N, P, S,

éléments traces) d'eau et d'énergie pour croître et maintenir leur activité.

Certains bactéries, sont capables d'assurer la minéralisation complète des

molécules de pesticide

Ø Le Co-métabolisme

La dégradation complète des pesticides et la production de métabolites par

ce processus requiert la participation de plusieurs souches. Les métabolites

formés ont des propriétés différentes de celles du pesticide initial, en

particulier celles relatives à leur transport et leur toxicité. Ils sont souvent

plus polaires et donc plus solubles dans l'eau et parfois plus toxiques .

Ø La conjugaison

Est un processus au cours duquel des pesticides interagissent entre eux ou

avec d'autres molécules présentes dans la solution du sol, les réactions

chimiques étant catalysées par des enzymes exocellulaires (Calvet et al.,

2005). Elle conduit à l'union de deux molécules par méthylation ou par

acétylation. Lorsque la conjugaison réunit plus de deux molécules on parle de

condensation.

2.3. La dégradation microbienne

Les populations microbiennes telluriques et aquatiques sont pour la plus part,

bien armées afin d’hydrolyser les molécules les plus divers présentes dans

leurs milieux environnent. Les investigations sur ces différentes aptitudes ont

permis de découvrir que certains microorganismes sont capables de tolérer

ou de croître en présence de fortes concentrations de pesticides. Ces isolats

microbiens ont la possibilité d'utiliser ces xénobiotiques dans leur nutrition

comme seule source de carbone, d'azote ou de phosphore

Cette découverte constitue une voie très intéressante pour l’élimination

biologique et le traitement de ces déchets très dangereux. D’ailleurs plusieurs

microorganismes du sol, ont montrés leurs capacités à biodégrader une

variété importante de pesticides. Ces capacités métaboliques se traduisent

généralement par la production d’enzymes extracellulaires. Ces biomolécules

catalytiques sont gérées par des gènes spécifiques dans le patrimoine

génétique de ces organismes. La liste de ces bactéries est très grande et les

chercheurs tentent de trouver le microorganisme le plus efficace, le plus

rapide et le plus adapté aux écosystèmes à dépolluer.

Les travaux de biodégradations des pesticides continuent d’affluer jour après

jour, dans l’espoir d’utiliser ces organismes dans la bioremédiation des sites

telluriques et aquatiques les plus variés. L’enjeu est très prometteur, car il

offre des possibilités économiques et environnementales très intéressantes.

2.3.1. La Biodégradation des pesticides par les actinomycètes

Au cours des dernières années, les actinobactéries ont attiré l'attention en

tant que candidats à l'application dans la bioremédiation des sols contaminés

(Fuentes etal., 2010). Ces bactéries omniprésentes, possèdent des possibilités

de résistances grâces aux spores produites par beaucoup d’entre elles. Cette

capacité leur permet une grande dissémination dans les différents

écosystèmes. Ces microorganismes sont très riches du point de vue

métabolique. Ils sont capables de s’adapter aux conditions les plus dures et les

plus extrêmes. Ce sont donc des candidats potentiels pour la bioremédiation

des écosystèmes les plus variés.

Ø Streptomyces sp

Un nombre important de Streptomyces sont des agents de biodégradation et

d’utilisation

de plusieurs composés organophosphosphorés. Certaines souches sont capables

de dégrader le glyphosate par clivage de la liaison C-P accompagnée par la

formation d’une autre molécule « la sarcosine » Certains Streptomyces ont

la capacité de dégrader l’alachlore, le diuron, le lindane, le chlordane,

méthoxychlore et la cypermethine. (Giri et al., 2005).

Ø Arthrobacter sp

Plusieurs travaux ont montrés que certaines espèces d’Arthrobacter ont un

rôle dans la dégradation de plusieurs pesticides et sont proposées pour le

traitement des eaux usées.

Ø Nocardioides sp

Nocardiodes simplex NRRL B-24074, possède un système d'enzymes capable

de la dégradation du coumaphos. L’utilisation de l’herbicide mono, di, et tri

chloro phenoxy acétate comme seul source de carbone et d’énergie est

démontrée chez des espèces de Nocardioides

Ø Flavobacterium sp

Le premier microorganisme capable de dégrader les composés

organophosphorés a été

isolé en 1973 il a été identifié comme étant Flavobacterium

3. Les micro-organismes et les produits microbiens jouent un rôle essentiel

dans une série de processus agro-industriels. Ils sont utilisés comme engrais

biologiques (aussi appelés bio-inoculant) et comme pesticides biologiques et

interviennent également dans la bioremédiation et la transformation

biologique des déchets organiques en produits à valeur ajoutée. on trouve

plusieurs exemples de l'utilisation et de la conservation des microorganismes

dans les processus agro-industriels. L'importance que revêt à cet égard la

diversité des micro-organismes y est également mesurée, de même que

l'intérêt des pratiques mises en œuvre pour la préserver.

Un exemple de fertilisation biologique consiste dans l'application en surface

- sur les semences, les sols ou les plantes - de préparations à base de cellules

vivantes de souches microbiennes, obtenues par multiplication artificielle. Il

s'agit de coloniser ainsi la rhizosphère ou l'intérieur des plantes pour

accélérer la croissance des cultures grâce à un apport ou à une disponibilité

accrus d'éléments nutritifs sous une forme facilement assimilable par les

végétaux.

4. Les pesticides biologiques, qui sont mis au point à partir d'organismes

vivants, y compris les micro-organismes, permettent de protéger les cultures

contre les maladies fongiques, bactériennes et virales et contre les insectes,

les nématodes et les adventices. Au cours des dernières décennies, des efforts

considérables ont été déployés afin d'encourager l'utilisation de pesticides

biologiques, de préférence aux pesticides chimiques dont l'usage très intensif

et souvent inconsidéré constitue une source de préoccupation majeure pour

la santé et l'environnement. Récemment, le statut commercial de pesticides

biologiques a été examiné et des progrès ont été accomplis vers l'élimination
des principaux obstacles techniques qui freinent le développement et la

production de ces produits.

Ø Les micro-organismes présents naturellement (bactéries, champignons,

algues) sont également utilisés dans le processus de bioremédiation pour

dégrader et détoxifier les substances dangereuses pour la santé humaine et

l'environnement. Les archées, les bactéries et les champignons ont, par

exemple, été utilisés pour le traitement des eaux usées de pressoirs à olives,

dont le déversement dans le sol ou dans les égouts engendre une pollution

importante du sol et de l'eau.

Ø Par ailleurs, des micro-organismes appartenant à des genres différents

interviennent dans la transformation biologique des déchets organiques

agro-industriels en des produits à valeur ajoutée. Les déchets, en particulier

les résidus de récolte et les déjections animales, sont convertis en engrais

biologiques (compost), en d'autres métabolites sous l'action des enzymes, en

additifs alimentaires, en acides organiques et pigments et en biocarburants.

Dégradation des pesticides par les champignons de la pourriture blanche et

ses

Relation avec le potentiel ligninolytique

Les champignons de la pourriture blanche comprennent les champignons qui

ont le potentiel de dégrader la lignine (polymère polyphénolique) présent

dans le substrat lignocellulosique. La pourriture blanche a obtenu son nom de

l'apparence du bois qui est infecté par des champignons et lessivé de substrat

lors de l'élimination de la lignine provoque l'apparition de la pourriture

blanche. Basidiomycètes sont les champignons de la pourriture blanche les

plus exploités [13].

Le système ligninolytique des champignons de la pourriture blanche

Les champignons de la pourriture blanche possèdent la capacité de sécréter

plus d'une enzyme extracellulaire, ayant le potentiel de dégrader la lignine.

Parallèlement à ces enzymes fusion de différents processus entraînera une

minéralisation de la lignine, donc également connue sous le nom de enzymes

modificatrices de la lignine (EML) (Orth et Tien 1995). Ces trois enzymes

sont

peroxydases glycosylées contenant de l'hème, lignine peroxydase (LiP, E.C.

1.11.1.14) et la peroxydase Mn-dépendante (MnP, E.C. 1.11.1.13) et une

phénoloxydase contenant du cuivre, laccase (Lac, E.C. 1.10.3.2) (Thurston

1994). L'enzyme peroxydase synthétisée lors de la pourriture blanche a la

capacité de dégrader différents xénobiotiques aromatiques, qui impliquent

des hydrocarbures polyaromatiques (HAP), biphényles polychlorés,

pentachlorophénol et groupe de pesticides

(Bending et al. 2002). L'enzyme ligninolytique a la capacité de désintégrer le

C-C ainsi que des liaisons C-O conduisant à la dépolymérisation de la lignine,

qui par la suite conduit au clivage des composants aliphatiques/aromatiques

(Hammell 1997).

La pourriture blanche a été associée à la dégradation du Poly R-478 en 3 à

5 anneaux de HAP.

La capacité de l'enzyme ligninolytique à dégrader les xénobiotiques mono-

aromatiques est encore peu clair (Bending et al. 2002). L'objectif principal

de cette expérimentation était de

évaluer la capacité des champignons de la pourriture blanche à désintégrer

les composés mono-aromatiques et d'établir la valeur caractéristique de

l'enzyme ligninolytique acquise à partir de champignons pour désintégrer les

pesticides. Neuf types différents de champignons, à savoir Agrocybe

semiorbicularis,Auricularia auricula, Coriolus versicolor, Dichomitus squalens,

Flammulina velutipes, Hypholoma fasciculare, Phanerochaete velutina,

Pleurotus ostreatus et Stereum hirsutum ayant les traits de la pourriture

blanche ont été sélectionnés pour l'investigation.

L'évaluation a été faite pour trouver la corrélation entre la puissance de

champignons dans la dégradation des pesticides. Même le mécanisme

responsable de la ligninolyse la capacité est encore inconnue (Bending et al.

2002).
Dégradation de l'atrazine par les champignons du sol pour un

Environnement

La désintégration microbienne est le processus principal qui donne un aperçu

du pesticide

comportement à l'intérieur du sol (Singh et al. 2017a, b; Singh et al. 2016;

Kumar et al.

2015). Diverses études ont été menées pour observer le potentiel des isolats

purs à dégradent l'atrazine marquée au 14C-éthylamino et au 14C (2-

chloro-4-éthylamino-

6-isopropylamino-s-triazine). L'objectif principal de l'expérimentation était

de découvrir le potentiel des champignons isolés du sol à dégrader l'atrazine.

Aspergillus fumigatus est signalé comme dégradant la simazine, qui, lors de

la désalkylation, conduit à la formation de 2-chloro-4-amino-6-

éthylamino-s-triazine. Catabolisation successive du molécule intermédiaire

par des processus tels que la désalkylation et la déshalogénation conduit à la

synthèse de l'ammelide (Kaufman et Blake 1970; Kearney et al. 1965). Un

essai biologique de semis d'avoine a été fait pour évaluer la capacité des

champignons isolés du sol à dégradent l'atrazine, la simazine et la propazine

en constituants non toxiques ou moyennement toxiques.

Dans une autre recherche, les cultures ont été inoculées dans du loam

sableux de Lakeland

achetés dans le pot non perforé. La solution de culture inoculée avait

différents temps de croissance comme suit : 0, 3, 6, 12, 36 ou 72 jours. La

composition de la solution de culture

était de 5 mg/l d'atrazine, de simazine ou de propazine dissous dans le

milieu de base. Le comparaison entre la solution de culture contenant de la

s-triazine et la s-triazine stérile a été fait pour chaque temps de culture.

Toute l'expérience a été exécutée en quatre répliques. Après 3 semaines de

période de croissance, les semis d'avoine ont été récoltés, et leur poids frais a

été évalué et illustré en pourcentage par rapport à celui du contrôle stérile.

Milieu de base comprenant de l'atrazine (14 C éthyl) marquée sur le cycle et

la chaîne avec la concentration de 5 ppm a été inoculé avec des microbes et

incubé à 24 °C à l'intérieur d'un flacon fermé.

Les résultats ont été représentés en pourcentage pour la radioactivité initiale

du 14C. Les cellules ont été recueillies, filtré et lavé avec du NaCl à 0,85 % à

la fin. A. fumigatus a été facilement purifié par la simazine, alors que la

détoxification partielle de l'atrazine et la détoxification minute ont pris place

dans le cas de la propazine. Différentes souches fongiques ont également

montré l'analogue résultat. En conclusion de cette étude, les microbes ont pu

désintégrer l'herbicide s-triazine. En associant le résultat de l'étude in vitro,

la méthode de N-désalkylation a été trouvé comme mécanisme efficace pour

la détoxification de la s-triazine

Les microorganismes et industrie pharmaceutique

Le rôle de la microbiologie dans les avancées de l’industrie pharmaceutique

et médicale ont conduit à de grandes découvertes, des vaccins aux appareils.

La croissance des industries cosmétiques a également été parallèle aux

innovations microbiologiques, qui ont en fait ouvert la voie à l’étude de la

microbiologie cosmétique.

Importance. Par nature, nos cellules luttent contre les microbes qui

pénètrent dans notre corps et ceci est fréquemment démontré par la

formation de pus et l’inflammation des plaies. Les macrophages jouent un

rôle important dans le système immunitaire, car ils sont capables d’ingérer

les microbes qui pénètrent dans notre corps par les plaies ouvertes.

Cependant, les microbes pourraient s’adapter et subissent des mutations

génétiques rapidement, ce qui entraîne des maladies infectieuses

opportunistes, telles que le VIH. Au contraire, les microbes peuvent

également nous aider de la manière dont les «bonnes bactéries» lactobacilles

fonctionnent dans notre système digestif. Industrie pharmaceutique. La

compréhension des principes de la microbiologie et des mécanismes des

cellules humaines permet aux pharmaciens de découvrir des médicaments

antimicrobiens qui seraient utilisés contre un nombre croissant de maladies

transmissibles. Les pharmaciens et les microbiologistes travaillent ensemble

pour s’assurer que les thérapies médicamenteuses ciblent les microbes

opportunistes sans nuire à l’hôte humain. Un autre rôle important dans les

produits pharmaceutiques est l’utilisation de microbes pour les études

médicalement importantes, telles que Bacteriorhodopsin, une protéine de la

membrane plasmique de Halobacterium salinarum. Équipement médical. La

microbiologie joue un rôle important dans les dispositifs médicaux, tels que la

fusion par fluorescence, qui sont utilisés pour la détection rapide et précise

des pathogènes dans les échantillons de tissus. C’est une technologie pour

effectuer des études d’immunofluorescence qui peuvent être appliquées pour

trouver des cellules spécifiques dans des systèmes biologiques complexes.

Microbiologie cosmétique. Selon International Microbiology, la contamination

microbienne des produits cosmétiques est très importante pour l’industrie et

peut devenir une cause majeure des pertes de produit et des pertes

économiques. De plus, la contamination des cosmétiques peut entraîner leur

conversion en produits dangereux pour les consommateurs. L’eau et les

nutriments présents dans les cosmétiques les rendent sensibles à la croissance

microbienne, bien que seulement quelques cas de blessures humaines dues à

des cosmétiques contaminés ont été rapportés. Plus souvent, les

microorganismes sont la cause d’altérations organoleptiques, telles que des

odeurs désagréables, et des changements de viscosité et de couleur.

L'industrie pharmaceutique utilise des agents biologiques (com-me les

bactéries et les virus) dans de nombreuses applications spéciales, telles que la

production de vaccins, les processus de fermentation, la préparation de

dérivés sanguins et la biotechnologie.

Les champignons médicinaux sont, parmi les espèces de Fungi, des

champignons qui produisent des métabolites ayant des propriétés

thérapeutiques significatives ou bien qui peuvent être utilisés pour produire

ces composés organiques intermédiaires par les méthodes de la biotechnologie

La gamme des composés actifs sur le plan médical qui ont été identifiés

comprend des antibiotiques, des médicaments anti-cancer, des inhibiteurs

du cholestéro des substances psychotropes, des médicaments

immunosuppresseurs et même des antifongiques. Après les premières

découvertes centrées sur des moisissures simples, du type de celles qui

dégradent les aliments, des travaux ont identifié des composés utiles chez de

nombreuses espèces de champignons

La mycothérapie, également appelée phytothérapie non verte, a été

exploitée depuis bien longtemps, probablement depuis la préhistoire. La

découverte en 1991 d'Ötzi révèle que cet homme préhistorique transportait

dans son sac des polypores du bouleau, probablement à usage médicinal

(consommés pour ses propriétés antibiotiques, vermifuges et vulnéraires).

Cependant, ce ne fut qu’au XXème siècle que les scientifiques ont commencé à

s’intéresser à cette science, notamment à la suite de la découverte de la

pénicilline par Alexander Fleming en 1928.

Avant l’identification de cette substance, les scientifiques avaient observé

une inhibition de la croissance des bactéries en présence du champignon du

genre Penicillium sans pouvoir en déterminer la cause. Fleming a été le

premier à isoler la pénicilline et à promouvoir sa découverte a plus grande

échelle3

Exemples de champignons médicinaux

Ganoderma lucidum
C’est l’un des champignons médicinaux les plus connus et exploités. Utilisé

par les chinois depuis 2000 ans, Il est reconnus pour :

· Stimuler l’appétit

· Calmant pour les nerfs

· Relaxant (remède contre l’insomnie)

· Capter les toxines (problèmes de foie)7

Reishi, le champignon miraculeux
La palme des champignons pourrait être accordée au Reishi (Ganoderma

lucidum), un champignon qui croît comme la polypore du bouleau, sur les

troncs des arbres. Présent dans tout l’hémisphère nord, il n’a pourtant fait

l’objet d’un usage médicinal répertorié qu’en Chine (les premiers écrits

Chinois qui le mentionnent, datent de plus de 2 000 ans !). Les Chinois l’ont

baptisé « le champignon miraculeux » ou encore « l’herbe porte-bonheur ».

Son analyse chimique a permis de mieux comprendre ses vertus si

importantes : les triterpènes qu’il contient (118 différents ont été identifiés)

sont responsables de son goût amer, mais ils sont aussi responsables d’une

activité anti-cancéreuse par action directe sur les cellules pathogènes. Les

polysaccharides du Reishi ont aussi confirmé son intérêt face aux cancers et

on a découvert, il y a peu une action combinée avec un groupe de protéines

spécifiques aux vertus immuno-modulantes. Enfin, un fort taux de stéroïdes

favorise des effets anti-athérosclérose.

Vendu en poudre, il est recommandé d’en consommer 1 à 2 g par jour en

infusion (ne pas boire la poudre qui est très amère).

Les microorganismes et industrie alimentaire

Les micro-organismes dans les processus agro-alimentaire

Différents groupes de bactéries peuvent être distingués qui ont des fonctions

différentes :

Ø Les bactéries lactiques : utiles dans la fabrication de yaourts et de

fromages mais aussi dans la fabrication d’une boisson le kéfir ou encore la

choucroute.

Ø Les bifidobactéries : sont-elles apportées dans les laits fermentés et elles

peuvent rester présentes Jusqu’à la date limite de consommation, elles sont

aussi à l’origine d’un arôme particulier.

Ø Les corynébactéries : sont présentes sur la croûte des fromages mais aussi

peuvent être utilisées dans la synthèse d’acides aminés.

Les bactéries acétiques permettent la fermentation acétique, on peut les

retrouver dans le vin ou Encore le cidre sous forme d’un léger voile qui se

forme à la surface.

Ø Les bactéries propioniques sont nécessaires à l’affinage des fromages à

pâte pressée cuite.

Elles sont responsables de la conservation de ces aliments mais leur donnent

aussi un goût Particulier.

Des microorganismes sont ajoutés lors du procédé de fabrication d’un

aliment car ils ont un intérêt pour le produit, notamment les

microorganismes utilisés pour la fermentation (Schneider, 2012-2013).

Dans le cadre de la fermentation, les microorganismes sont appelés des

ferments : il peut s’agir de moisissures, de bactéries ou de levures. Ils sont

nécessaires à la fabrication de produits spécifiques pour lesquels on recherche

un aspect organoleptique particulier.

En effet, les microorganismes utilisés pour effectuer une fermentation

métabolisent, en aérobiose

Ou en anaérobiose, des substrats de différentes natures (glucides, lipides,

protéines) et agissent ainsi sur les propriétés d’un aliment (Branger, 2004).

Le but de la fermentation est de modifier un ou plusieurs des caractères

suivants :

Aromatisation

Acidification

Texture

Aspect extérieur

Propriétés nutritionnelles

Stabilisation et conservation (Branger, 2004)

Techniques de sélection et de criblage des microorganisms
d’intérêt
CRIBLAGE ET SÉLECTION DE SOUCHES

La phase d’isolement de souches consiste à la mise en œuvre de milieux

gélosés spécifiques des micro-organismes d’intérêt. La confirmation de

l’appartenance à une espèce se fait à l’aide de méthodes biochimique et

moléculaire.

La sélection des souches est ensuite réalisée sur la base de différents critères

selon les applications envisagées et les exigences nutritionnelles

Ø Résistance aux stress technologiques ou environnementaux

Comportement après passage dans un modèle dynamique in vitro de

digesteur

(compartiment stomacale et intestinal)

Activités métaboliques

Production de molécules d’intérêt

Propriétés antagonistes

Capacités d’adhésion sur des supports

Nexidia développe et dispose d’outils innovants permettant d’estimer ou de

prédire la viabilité et la vitalité des cellules. Nexidia vous propose différentes

approches :

Estimation de l’état physiologique par des outils moléculaire et physiologique

(technologie brevetée)

Estimation des sous-populations (cellules altérées ou endommagées) par

cytométrie de flux

Estimation de l’état de la membrane (perméabilité de la membrane,

activités enzymatiques associées à la membrane

CARACTÉRISATION DE PRÉPARATIONS BACTÉRIENNES

a caractérisation de l’état des cellules au cours des process de production

peut apporter des informations cruciales pour optimiser les paramètres de

production et de formulation. Ces approches peuvent répondre à différents

objectifs technologiques tels que l’estimation de la capacité des cellules à

résister à un stress et à se maintenir sous une forme stable au cours de la

conservation. Ces outils peuvent ensuite être transférés dans une démarche

de contrôle qualité des préparations bactériennes.

Nexidia met à votre service son expertise scientifique et technique axé sur la

connaissance des mécanismes de résistance et d’adaptation au stress des

bactéries. Dans le cadre de démarches d’optimisation des conditions de

production, Nexidia vous propose différentes approches :

Essais de pré-adaptation en conditions laboratoire

Contrôle de la pré-adaptation sur les propriétés fonctionnelles des

préparations bactérienne.

Sélection et production de micro-organismes probiotiques frais

Avant de pouvoir être commercialisé, un produit contenant un micro-

organisme probiotique doit satisfaire à des critères scientifiques,

réglementaires et économiques. Ainsi, la souche probiotique doit bénéficier

d’un dossier scientifique valide résumant ses aptitudes, être conforme à la

réglementation en vigueur pour garantir la sécurité du consommateur, et

pouvoir être produite à large échelle au meilleur coût.

2.1. Critères de sélection

Tout d’abord, pour qu’un produit, contenant un ou plusieurs micro-

organisme(s) probiotique(s), puisse être commercialisé, il doit respecter les

critères de recommandation des autorités compétentes. En 2002, la FAO et

l’OMS ont établi les lignes directrices à suivre pour commercialiser un

produit contenant des probiotiques . La sélection des souches probiotiques

peut donc être divisée en quatre catégories distinctes :

Ø Bénéfice santé

Ø Innocuité

Ø Production industrielle

Ø Résistance aux stress du tractus gastro-intestinal

La première caractéristique d’une souche probiotique est d’avoir un effet

bénéfique sur la

santé de l’hôte. Pour bénéficier d’une allégation santé, une bactérie doit être

parfaitement

identifiée et caractérisée. Elle doit avoir le statut « Generally regarded as

safe » (GRAS) et

être déposée dans une collection internationale. Depuis 2007, l’autorité

européenne de sécurité des aliments (EFSA) a adopté l’approche « Qualified

Presumption of Safety » (QPS) pour l’évaluation des risqué spéciales, telles

que la production de vaccins, les processus de fermentation, la préparation

de dérivés sanguins et la biotechnologie.