Microsoft Word Cours CHIMIE BIOORGANIQUE - Master2 - Enregistre Automatiquement

Prof.
BEKRO Yves-Alain/Université Nangui Abrogoua/UFR-SFA/ Laboratoire de Chimie Bio organique et de

Substances Naturelles
HO
O
N -CH 3
HO
COURS DE CHIMIE BIOORGANIQUE (CHBO)

MASTER 2
1. Mécanismes réactionnels en CHBO
Groupes fonctionnelsen CHBO(GF)

GF= carte d’identité d’une molécule= ensemble d’atomes qui au sein d’une
molécule, présente des propriétés caractéristiques.
GF rencontrés dans les biomolécules
Structure Nom
Alcène
Arène
XH
X= O, Alcool
= S, Thiol
A= O, Ether
A = S, Sulfure
N Amine
Disulfure
S
S
Y Y= N, Imine
= O, carbonyle/Oxo
O Acide carboxylique
HO
Y= O, Ester
O = S, Thioester
Y
O Amide
N O
P O- Z= O, Monophosphate
= COO, Acylphosphate
Z O-
Acides et bases
1
Prof. BEKRO Yves-Alain/Université Nangui Abrogoua/UFR-SFA/ Laboratoire de Chimie Bio organique et de
Ce sont des entités très importantes tant en CHBO qu’en biochimie car elles
catalysent la plupart des transformations biologiques.
*Conception de Bronsted-Lowry
O
O
N
N O-
H
H
O
Base Base conjuguée Acide conjugué
Acide
*Conception de Lewis : Elle est plus générale que celle de Bronsted-Lowry
Orbitale pleine Orbitale vacante
B A B A
Base de Lewis Acide de Lewis
De nombreux cations métalliques tels que Mg2+, Zn2+ (très répandus), Fe3+ sont
des acides de Lewis qui sont impliqués dans de nombreuses réactions
biologiques, principalement en qualité de cofacteurs (ions métalliques ou
petites molécules organiques utiles pour la réaction)dans des réactions
enzymatiques. Des sites Fe-S peuvent aussi jouer le rôle d’acide de Lewis, par
exemple lors de la déshydratation du citrate en Z-aconitate.
CO2-
CO2- CO2-
Citrate CO2 - B CO2 -
CO2-
CO2- H
H CO2- Z-aconitate
Cys
OH
Cys CO2-
Cys
OH
S
S
S
Fe S OH2
Fe S OH2
S Fe Fe S OH
S Fe
S Fe S Fe
S Cys S Fe
-H2O
Fe S S Cys S Fe
Fe S S Cys
Fe S
S
S
S
Cys
Cys
Cys
Centre Fe-S
Cys= cystéine
2
Electrophiles et nucléophiles
Electrophile (E+)= acide de Lewis= substance qui adore les e -.Il est soit neutre
soit positivement chargé.
Nucléophile (Nu-)= base de Lewis= substance qui adore les sites appauvris en e-.
Il est soit neutre soit négativement chargé.
O O
S
+
+
O H +
B- Nu-
Nu- O
O
S Nu-CH3 Nu
+ BH
Réactions d’AE
Les réactions qui se déroulent dans les êtres vivants suivent les mêmes règlent
que celles effectuées en laboratoire. Cependant, le solvant, la température et
les catalyseurs sont souvent différents.
*AE sur une liaison C=C : hydratation acidocatalysée du 2-méthylpropène
OH2 OH2
H OH2
H OH2 OH
H H
H3O+
H H H
Complexe  C stable
Exemple : la biosynthèse de l’α-terpinéol (alcool monoterpénique naturel isolé

de l’huile de pin, ingrédient commun des parfums, cosmétiques) est une AE.
PPO
-PPO- -H3O+
OH2
OH
OH2
Linalyldiphosphate
OH2
O O
PPO= O P O P O *
O O
3
Réactions de SN
La SN est le remplacement d’un nucléofuge par un Nu- sur un C sp3. Elle peut
avoir lieu selon un mécanisme SN1 ou SN2 et ce, en fonction du pH, du solvant
et d’autres conditions réactionnelles. La SN1 a lieu généralement avec les
substrats tertiaires ou allyliques. La SN2 par contre, a lieu avec des substrats
primaires. Ces mécanismes interviennent dans de nombreux processus
biochimiques.
*SN1 – mécanisme en 2 étapes
H2O Br
Br OH2 OH
- Br -HBr
2-bromo-2-méthylpropane Stable
2-méthylpropan-2-ol
Exemple : Biotransformation du géranyldiphosphate en géraniol (alcool

odorant isolé des roses et employé en parfumerie.
H2O
C stable
OPP
Géranyldiphosphate
+ PPO-
OH2
H3O+ OH
H2O
Géraniol
*SN2 – mécanisme en 1 étape concertée

Mécanisme de l’hydrolyse en milieu alcalin du (2S)-2-bromobutane en (2R)-
butan-2-ol.
HO - -
Br OH Br OH
(S) -Br (R)
H H
H
Etat de transition activé
4
En SN2, il y a toujours inversion de configuration (géométrie) à ne pas

confondre avec la configuration absolue (R/S) du C* car l’ordre des 4
substituants peut être modifié par la réaction.
Ici l’inversion de configuration est accompagnée de l’inversion de configuration
absolue (inversion de Walden)
In vivo, les réactions de méthylation ont lieu par transfert de (CH 3-) de la
S-adénosylméthionine (SAM) (agent de méthylation biologique)
Exemple : Biotransformation (méthylation) de la norépinéphrine en

épinéphrine.
H2N
HO H
OH N
N
O2HC
S N
H2N N
O
OH NH3
H
Norépinéphrine
OH
HO
S-adénosylméthionine H2N
HO H
N
OH N
O2HC
S N
HN N
O
OH H NH3
Epinéphrine
(Adrénaline)
OH
HO
S-adénosylhomocystéine
(SAH)
Réactions d’AN sur C=O
La fonction C=O est présente dans la plupart des molécules biologiques et les
transformations liées à sa réactivité interviennent dans presque tous les
processus biochimiques.
O Incapables de stabiliser une charge négative, aucun nucléofuge n'est lié au CO
ce qui rend une SN difficile
R=H, aldéhyde
O =H, cétone
X= OH, acide carboxylique

= OR, ester Ces groupes présentent une CO liée à O, N ou S
= NR 2, amide qui peuvent stabiliser une charge négative et donc
sont de bons nucléofuges. la SN est donc possible.
= SR, thioester
= OPO32-, acylphosphate
-
O Site de nucléphilie et de basicité
+ Ce profil de réactivité se retrouve dans presque toutes

les réactions biochimiques.
Site électrophile
-
O O
Nu-
Nu Divers produits
+
Nu -= H-, RNH2, ROH,...
5
*Formation de OH in vivo
En laboratoire par exemple, la réduction de C=O se fait avec un donneur de H-
(ions hydrures) (NaBH4, LiAlH4,…). En revanche, au cours des processus
biologiques, H- est donné soit par NADH (forme réduite de Nicotinamide
Adénine Dinucléotide) soit par NADPH (forme réduite de Nicotinamide Adénine
Dinucléotide phosphate). Ce type de réaction intervient dans la voie de
synthèse des acides gras pendant laquelle l’acétoacétyl-ACP (Acyl Carrier
Protein=Protéine porteuse d’Acyle) est transformé en 3-hydroxybutyryl-ACP.
O
NH2
H H O
N
NH2
H H
H H
NADP+
SACP
N SACP
O O NADPH O H O
A-H -A
H H
SACP
HO H O
NADP+
NAD+
6
*Formation d’imine in vivo

La transformation d’une cétone en imine (cétimine) intervient dans de
nombreux processus biochimiques dont les voies de biosynthèse des acides
aminés.
CH2OPO32-
CH2OPO32-
NH2
O N CO2-
N
N
CO2 -
H
OH H2O
OH
H
Pyruvate
Pyridoxamine
phosphate Imine
Réactions de SN sur C=O

Les acides carboxyliques et leurs dérivés interviennent aisément dans ces
réactions.
Nu- O Y-
O
Nu
Y
Amide Ester Thioester Acylphosphate
Réactivité
Exemple : hydrolyse in vivo de la liaison amide en position C-terminale des

protéines par la carboxypeptidase
H
H
O H-A
O
O
OH
N
R1 N
O- R1
O-
O H R
O H R
O
OH
H2N
R1
O-
O H R
7
Réactions d’addition conjuguées 1,4-
Addition 1,2
OH
1 2 2. H+
O
Nu
Nu-
O
Addition
conjuguée 1,4-
(réaction de Michael) Nu
2 O
4 H+ O
Nu-
1 3

O
 Nu
Nu H
Au nombre des réactions d’addition conjuguée en biologie et en CHBO, l’on

peut citer l’hydratation du fumarate en malate qui est l’une des étapes du cycle
de l’acide citrique permettant la transformation de l’acétate en CO2.
OH
OH
H B
- -
H O2C H
O2C H A
O
H CO2- -
H CO2
CO2-
-
H-A H
O2C
Malate
H
Fumarate
Réactions de condensation de composés carbonylés

Les réactions de condensation résultent de la formation d’une liaison entre C
du C=O de l’un des substrats et Cα de l’autre substrat.
B O H-A O OH
O
O
H R  A
R
  R 
R
R
Produit
-hydroxylé
8
Aldéhyde + Aldéhyde= aldolisation

Cétone + Cétone= cétolisation
Ester + Ester= condensation de Claisen
Mécanisme de la condensation de Claisen
O O
B
O
H
OR
-BH OR
OR H
H
H + H
H
carbanion masqué H O
H
O
OR
O OR
O
-RO
-cétoester
OR
Les réactions de condensation entre dérivés carbonylés qui interviennent dans

les processus biochimiques sont à la base de création de la liaison C-C.
Exemple 1 (condensation de Claisen) : conversion de l’acétylCoA en

acétoacétylCoA lors de la 1ère étape de la biosynthèse des terpènes et
stéroïdes.
O O
O O
Claisen
HSCoA
SCoA SCoA
SCoA
Exemple 2 (aldolisation) : une des étapes de la synthèse du glucose à partir du

pyruvate est une réaction entre le glycéraldéhyde-3-phosphate et la
dihydroxyacétonephosphate (DHAP ou glycéronephosphate ancienne
appelation).
2-
O3POCH2CH(OH)CHO + (HO)CH2COCH2OPO32- = 2-O3POCH2CH(OH)CH(OH)-(HO)CHCOCH2OPO32-
Glycéraldéhyde-3-phosphate Dihydroxyacétonephosphate Fructose-1,6-bisphosphate
9
Réactions d’élimination
En chimie expérimentale, les 3 mécanismes d’élimination les plus courants sont
E1, E2 et E1cB (conjugate base) qui diffèrent par la chronologie de la rupture
de la liaison C-H, C-X.
E1 B
H
H
-X-
X
Stable
-BH
E2
B
H
-BH + X-
E1cB -X-
B
H
-BH
X X
Dans les voies métaboliques, E1cB est la plus fréquemment rencontrée. Le

substrat est en général un alcool (X=OH) ou un alcool protoné (X=OH2+).
Exemple : déshydratation in vivo d’un ß-hydroxythioester en thioester insaturé

au cours de la biosynthèse des acides gras.
HO O
HO O O

SR SR
SR
H
H -H2O
H
N N H
N N
Acide de Lewis
Histidine (His)
Base de Lewis
10
Oxydations et réductions
Expérimentalement, l’oxydation des alcools est possible avec des composés
oxygénés à métal à haut degré d’oxydation comme Cr(VI) ou Mn(VII). Le proton
de la liaison C-H est éliminé par une base et le carbonyle se forme alors par
élimination du métal porté à un degré d’oxydation moindre.
B
H H O Me O
HO
O
O
R O - Cr - OH R
R CrO3 O + H3O + Cr -
O HOH OH
H
OH
H H+ O
+ OH CrO3
R- C = OH H2O
O R - CH
H -H2O OH
O - Cr - OH OH
R
O R - C - OH + H+ + H2 O + O = Cr
HO H 2O =O
O H3O
H
In vivo, l’oxydation d’un alcool se déroule plutôt par transfert de H - impliquant

NAD+ ou NADP+ (formes oxydées).
B
N O N
O H
H BH
NAD+ H
CONH2 CONH2
NADH
L’élimination d’un H- en CHO est rare. En revanche, la réaction de Cannizzaro

en est le seul exemple.
OH
O
O O
HO O O
H
Ph H
Ph H Ph H
Ph OH Ph H
11
In vivo, la réduction est l’inverse de l’oxydation. NADH est celui qui transfère H -.
O O
H H
A-H
O NH2 HO NH2
H
N N
NADH NAD+
2. Biomolécules
Chiralité et chimie biologique

La quasi-totalité des biomolécules sont chirales. C’est ce qui semble expliquer
les interactions très caractéristiques entre molécules qui sont à la base de la
spécificité observée au cours des réactions catalysées par les enzymes.
La manifestation de la chiralité d’une molécule est la présence d’un C*.
C*
A
*
B D
C
*Enantiomères
2 molécules chirales non superposables et image de l’une de l’autre dans un
miroir sont des énantiomères. Ils peuvent être lévogyre (-)/(l) ou dextrogyre
(+)/(d).
CO2- CO2-
* *
H H
H3N NH3
(S)(+)-Alanine (R)(-)-Alanine
*Diastéréoisomères, épimères et composés méso

 Diastéréoisomère= stéréoisomères qui ne sont pas images l’un de
l’autre dans un miroir, de configuration absolue inverse au niveau
d’un ou quelques C*.
12
 Epimères= stéréoisomères qui ne sont pas images l’un de l’autre dans

un miroir, de configuration absolue inverse au niveau d’un C*.
 Composé méso= stéréoisomère superposable à son image dans un
miroir. Il est achiral.
H H
5
HO Epimères
S
H H
Cholestanol
H
H H *
5
HO R
H H
Coprostanol
Ces molécules sont éliminées dans les selles et ont 9 C* chacune.
*Notion de prochiralité
C’est l’aptitude qu’a un objet de ne pas être superposable à son image.
CO2 CO2
H3C CH3
H H
H3N NH3
(S) (+)-Alanine (R) (-) Alanine
Cette notion est aussi importante en chimie biologique car la quasi-totalité des
molécules biologiques sont chirales. Cette propriété explique les interactions
très spécifiques entre molécules au cours des réactions enzymatiques. Une
molécule achirale est dite prochirale si elle peut être transformée en un
composé chiral.
C sp2 OH
O
H
*
Butan-2-one H
Prochirale Butan-2-ol
Chiral
13
Face re(sens du déplacement

des aiguilles d'une montre) H
(S) OH
1
O
H ou
3
2
OH
(R)
Face si(sens contraire du déplacement H
des aiguilles d'une montre)
C sp3 OH
OH
* X
H
pro-R pro-S
H H D H
H D
(R) (S)
ou
OH OH
OH
site de prochiralité
De nombreuses molécules font intervenir des molécules prochirales. Ainsi, au

cours de l’une des étapes du cycle de l’acide citrique lors de l’hydratation du
fumarate pour donner le (S-)malate, l’addition de OH a lieu sur la face si de l’un
des carbones du fumarate.
re
H
CH2CO2-
- C CO2- - OC
2OC 2 H
C C
H
OH
si (S-)-Malate
L’oxydation catalysée par l’alcool déshydrogénase de levure de l’éthanol en

présence du NAD+, intervient seulement par l’arrachement de HR du substrat.
Au cours de cette réaction, l’addition de H - a lieu uniquement sur la face re du
NAD+.
si
HR N
N O
HS
C
OH
CONH2 CONH2
HS
H
re HS HR
NAD+
NADH
14
*Stéréochimie et réponse biologique
Le thalidomide (retiré du marché en 1961) est une molécule chirale.

L’énantiomère (R)(-) protège contre les nausées et a un effet sédatif (calmant)
alors que l’énantiomère (S)(+) a des effets tératogènes. Cette molécule est
tristement célèbre pour avoir causé de graves malformations congénitales aux
bébés des femmes enceintes qui l’ont utilisé sous prescription médicale dans les
années 1950-1960. Aujourd’hui il est à nouveau employé comme
immunomodulateur (qui stimule ou freine les réactions du système
immunitaire du corps («modulation »). On parle également
d'immunosuppresseur pour les médicaments qui empêchent la réponse
immunitaire de l'organisme, ce qui est nécessaire après une greffe d'organe)
et antitumoral.
O O
N H H N
O O
H H
R * S *
N N
O O O O
Sédatif Tératogène
(qui développe des masses cellulaires anormales au
cours de la croissance foetale provoquant des défauts
physiques sur le foetus)
15
Lipides
Un lipide (graisse, huile, cire, certaines vitamines et hormones,…) est une petite
molécule naturelle à hydrosolubilité limitée, qui est extraite à partir
d’organismes vivants par des solvants polaires.
*Triacylglycérols
Les graisses animales et végétales comptent parmi les lipides les plus répandus
et sont constituées de triglycérides ou triacylglycérols, des triesters de glycérol
avec 3 acides carboxyliques à longue chaîne appelée acides gras (non ramifiés
en général avec 12 ≤ C ≤ 20). Si des doubles liaisons existent, elles sont en
général de configuration (Z) ou (cis).
O
Acide stéarique
O
O
O
O Acide oléique
reste
glycérol O
Acide linoléique
Un triacylglycérol
*Terpènes
Issus des plantes, de bactéries ou de champignons, les terpènes sont une
catégorie de lipide à diversité structurale étendue. Ils dérivent de
l’isopentényldiphosphate (A) par des réactions biochimiques.
O O
O O O
P P
A O O
Quelques structures de terpènes
16
Le limonène C10H16 est un hydrocarbure terpénique présent dans de

nombreuses huiles essentielles à partir desquelles il peut être obtenu par
distillation. À température ambiante, c'est un liquide incolore à odeur brillante,
fraîche et propre d'orange, caractéristique des agrumes. Le limonène est
notamment utilisé en parfumerie.
* *
(R) (+)-Limonène (s) (-)-Limonène
orange citron
Le limonène est formé à partir de géranylpyrophosphate, via une cyclisation

d'un néryle carbocation ou son équivalent. L'ultime étape inclut la perte d'un
proton par le cation pour former l'alcène.
17
Camphre (Camphrier)
Monoterpène, C10 Humulène ou -caryophillène(Houblon)
Antiseptique Sesquiterpène, C15
Anti-inflammatoire
Lanostérol(précurseur des stéroïdes)

Triterpène, C30
-carotène(végétaux, fruits)
Tétraterpène, C40
Anti-oxydant
*Stéroïdes
Ce sont des lipides avec une carcasse carbonée tétracyclique dont un cycle
phénanthrène (A, B, C) totalement hydrogéné accolé en position 13, 14 à un
cyclopentane (D). Sur le cycle (A) en position 3, il ya toujours un OH ou C=O. Ils
présentent une grande diversité fonctionnelle et interviennent dans les
fonctions biologiques.
STERANE
13 17
C D
1
14
A B
3
Squelette carboné de base des stéroïdes
HO
Cholestérol
(membrane cellulaire)
HO
CO2H
HO
OH
Acide cholique
(Acides biliaires=émulsifient les nutriments non hydrolysables)
au cours de la digestion
18
OH
HO
Oestradiol
(hormone sexuelle)
contrôle croissance tissulaire, développement, reproduction
OH
OH
O
OH
O
Cortisol
(contrôle métabolisme du glucose et réactions
inflammatoires)
Les stéroïdes anabolisants, également connus sous le nom de stéroïdes

androgéniques anabolisants ou SAA, sont une classe d'hormones
stéroïdiennes liée à une hormone naturelle humaine : la testostérone. Ils
augmentent la synthèse des protéines dans les cellules, entraînant une
augmentation de tissus cellulaires (anabolisme), en particulier dans
les muscles. Les stéroïdes anabolisants ont également des propriétés
19
virilisantes notamment le développement et l'entretien des caractéristiques

masculines telles que la croissance des cordes vocales et la pilosité.
*Prostaglandines
Ce sont des acides carboxyliques en C 20 obtenus à partir de l’acide
arachidonique (acide eicosa-5,8,11,14-tétraènoïque). Ils diminuent la pression
sanguine, influent sur la coagulation sanguine et le fonctionnement des reins,
contrôle l’inflammation ou la stimulation des contractions utérines pendant
l’accouchement.
O
CO2H
OH OH
Prostaglandine E1 (PGE1)
Utilisée dans le traitement de l’impuissance sexuelle (vasodilatateur).
Glucides
Ce sont des sucres repartis en sucres simples (monosaccharides= aldoses,
cétoses) et complexes (saccharose, cellulose).
20
OH
O HOH2C
HO O O
HO
OH
HO CH2OH
Saccharose HO
(disaccharide)
Liaison acétale
HOH2 C
O HOH2C
O O O
O
HO
OH HO
OH
Cellulose
(polysaccharide)
*Stéréochimie des sucres

Les sucres naturels existent sous forme cyclique de stéréoisomères appelés
anomères.
O
H
H OH HO H
H OH H OH H OH
HO H HO H HO H
H OH H OH H OH
H O H OH H O
Anomère 
Anomère  CH2OH CH2OH
CH2OH
-D-glucopyranose D-glucose -D-glucopyranose

37,3% (aldohexose) 62,6%
0,002%
HOH2C HOH2C
Equilibre du D-glucose dans l'eau
O O
HO HO OH
HO HO
OH OH
OH équatorial
axial
Cet équilibre est appelé mutarotation : inter conversion des 2 anomères

(diastéréoisomères)
*Liaison glycosidique
Elle se crée entre unités monosaccharidiques et peut être α- ou ß- au niveau du
carbone anomère de l’hémiacétal ; et cette liaison peut se former avec
n’importe quel OH du second sucre.
21
Un glycoside est un acétal formé à partir d’un monosaccharide cyclique

(hémiacétal) ou encore une molécule dans laquelle un groupe sucre est lié par
son carbone anomère à un autre groupe par l’intermédiaire d’une liaison
glycosidique.
De nombreux glycosides végétaux sont utilisés comme médicaments.
Liaison -(1 4') glycosidique
6
HOH2C
5 O HOH2C
O O O
4' O
HO 1
OH HO 1'
OH
Cellulose
(polysaccharide)
*Désoxysucres
Ce sont des sucres dépourvus d’au moins un atome d’oxygène. Ils ont une
grande importance en CHBO : le 2-désoxyribose est un des constituants de
l’ADN.
O manquant
CHO
2
H H
CH2OH
O
H OH
H OH
OH
O
OH
CH2OH
OH -D-2-Désoxyribofuranose(13%)
HO
2-Désoxyribose +12% anomère 
OH
-D-2-Désoxyribopyranose(40%)constituant de l'ADN
+35% anomère  0,7%
Equilibre en solution aqueuse
*Aminosucres
Ce sont des monosaccharides dont l’un des OH- est remplacé par NH2. Ils sont
aussi présents dans certains antibiotiques (streptomycine) ;
22
et rentrent dans la composition des glycoprotéines (hétéroside dont le 1er motif

sucre est lié par liaison σ à une chaîne polypeptidique).
La glucosamine est un précurseur de la glycosilation des protéines et des
lipides. (réaction enzymatique consistant à lier de façon covalente un glucide à
une chaîne peptidique, une protéine, un lipide ou d'autre molécule).
C’est le constituant majeur de la chiite (composant externe du squelette) des
insectes, crustacées,…
HOH2C
O
OH -DGlucosamine
HO
HO
NH2
O
CH2OH
O Protéine
HO O
-D-N-acyl- NH
O CH2CHNH
galactosamine
O Sérine
Structure chimique d'une glycoprotéine

*Acides aminés (aminoacides)
O O
OH O
*
 
H2N H H3N H
-aminoacide Zwiterion
Alanine
COOH COOH
Les -aminoacides naturels sont se la
H NH2 H2N H série L.
CH3 CH3
D-(R)-alanine L-(S)-alanine
Les aminoacides ont d’importantes fonctions physiologiques.

23
NH3
H3N COO
HS COO
GABA
Acide Homocystéine (sang)
-aminobuturique maladies des artères coronaires
Neuromédiateur (cerveau)
I I
HO O CH2CHCOO
NH3
I I
Thyroxine
hormone des glandes thyroïdes
Thyroxine intervient dans la régulation du métabolisme : synthèse protéique,
fonctions cardiovasculaires, rénales et cérébrales.
Acides nucléiques
L’ADN (acide désoxyribonucléique) et l’ARN (acide ribonucléique) sont des

supports de l’information génétique. Ce sont des bio polymères constitués de
nucléotides (molécule organique composée de nucléobase), composés chacun
de nucléoside (glycosylamine constituée d’une nucléobase liée à un ribose ou
désoxyribose via une liaison glycosidique) rattachés à un groupe phosphate et
chaque nucléoside est constitué d’un aldopentose lié par son C anomère à l’N
d’une base cyclique.
CHO
Imidazol
H OH
N N N
H OH
H OH N N N
Pyrimidine
CH2OH H
D-Ribose (pentose) Purine
hétérocycle azoté le plus
répandu dans la nature
24
Structure chimique d’un nucléotide
Base Nucléoside Désoxynucléoside
Adénine Adénosine
Désoxyadénosine
A
dA
Guanine Guanosine Désoxyguanosine

G dG
Thymine
Ribothymidine Thymidine
m5U(5-méthyluridine) T
Uracile
Uridine Désoxyuridine
25
U dU
Cytosine
Cytidine Désoxycytidine
C dC
L’ADN =2 purines (adénine, guanine) + 2 pyrimidines (cytosine, thymine)

L'acide désoxyribonucléique (ADN) est une molécule présente dans
toutes les cellules vivantes et renferme l'ensemble des informations
nécessaires au développement et au fonctionnement d'un organisme.
C'est aussi le support de l'hérédité car il est transmis lors de
la reproduction, de manière intégrale ou non. Il porte l'information
génétique (génotype= ensemble des gènes qui caractérise un être
vivant) et constitue le génome (ensemble des gènes) des êtres vivants.
Ces nucléotides se regroupent par paires spéciales :
Aucune autre paire n'est possible (sauf dans le cas de mutations

génétiques)
26
L’ARN= 2 purines (adénine, guanine) + 2 pyrimidines (cytosine, uracile)

L'acide ribonucléique (ARN) est une molécule biologique présente
dans pratiquement tous les organismes vivants, y compris certains virus.
L'ARN est une molécule très proche chimiquement de l'ADN et il est
d'ailleurs en général synthétisé dans les cellules à partir d'une matrice
d'ADN dont il est une copie. Les cellules vivantes utilisent en particulier
l'ARN comme un support intermédiaire des gènes pour fabriquer
les protéines dont elles ont besoin. L'ARN peut remplir de nombreuses
autres fonctions et en particulier intervenir dans des réactions chimiques
de la cellule.
Structure chimique d’un brin d’ARN
Chimiquement, l'ARN est un polymère linéaire constitué d'un

enchaînement de nucléotides. Chaque nucléotide contient un
groupement phosphate, un sucre (le ribose) et une base azotée. Les
nucléotides sont liés les uns aux autres par des liaisons phosphodiester.
On trouve quatre bases azotées dans l'ARN : l'adénine, la guanine,
la cytosine et l'uracile. L'ARN a de nombreuses similarités avec l'ADN,
avec cependant quelques différences importantes : sur le plan de la
structure, l'ARN contient un ribose à la place du désoxyribose de l'ADN,
ce qui rend l'ARN chimiquement plus instable, et la thymine de l'ADN y
est remplacée par l'uracile.
27
Structure en 3D de l’ARN
*Enzymes
Une enzyme est un catalyseur biologique, généralement une protéine. Elle
fonctionne suivant un processus impliquant : (1) le complexe enzyme-substrat
E.S, (2) la transformation multi étapes du E.S en un complexe enzyme-produit
E.P et (3) le produit final libéré.
ES EP E+P

E+S
La fixation du substrat et le processus catalytique ont lieu dans une cavité de
l’enzyme appelée site actif, lequel contient aussi les cofacteurs (ions
métalliques ou petites molécules organiques utiles pour la réaction). Les
enzymes sont classées en 6 groupes en fonction du type de réactions qu’elles
catalysent :
 Oxydoréductases
 Déshydrogénases=formation d’une double liaison
 Oxydases
 réductases
 Transférases
 Kinases = transfert d’un groupe phosphate
 Transaminases=transfert d’un groupe aminé
 Hydrolases
 Lipases=hydrolyse d’un ester
 Nucléases=hydrolyse d’un phosphate
28
 Protéases=hydrolyse d’un amide

 Lyases (élimination ou addition de petites molécules comme l’H 2O)
 Décarboxylases=élimination de CO2
 Déshydratases=élimination d’H2O
 Isomérases
 Epimérases
 Ligases (couplage entre 2 molécules, processus souvent couplé à
l’hydrolyse de l’ATP)
 Carboxylases=addition de CO2
 Synthétases=formation d’une nouvelle liaison
*Coenzymes (coferments)
Un coenzyme est une petite molécule organique qui prend part à la réaction
lorsque cette dernière est catalysée par une enzyme. Un coenzyme n’est pas un
catalyseur car il est modifié au cours de la réaction.
Structures de quelques coenzymes
Adénosine triphosphate, ATP(phosphorylation) NH2
O N
O O
O O N
P
O
P O N
O P O N
O
O
OH
HO
ATP et AMP prennent part à de nombreux processus biochimiques au cours

desquels ils transfèrent des groupements phosphates. Ce sont des agents de
phosphorylation. Les réactions de phosphorylation se subdivisent en 2 groupes :
 Formation de liaison ester
 Formation de liaison anhydride
O O O
C O P OH C O P OH
OH OH
Ester Anhydride
29
La formation des esters (phosphates) est une réaction typique dans le

métabolisme des hydrates carbonés (glucides). Par exemple, tous les stades de
la glycolyse (transformation du glucose en pyruvate) se réalisent avec les
composés uniquement sous la forme phosphate. L’obtention des phosphates à
partir de composés renfermant OH peut être présentée selon le schéma
suivant :
O
ROH ATP RO P OH ADP
OH
Dans l’organisme, le processus d’activation de la fonction carboxyle se fait aussi
grâce à la formation d’acyladénilates.
O O
O
R ATP R
P O Ade
O O O
O
Ion
diphosphate
Acyladénilate
HO
OH
Un exemple typique fondamental du processus de l’activité vitale, dans lequel il

se produit la formation d’acyladénilates est la biosynthèse protéïque. L’acide α-
aminé est d’abord activé par l’ATP et ensuite interagit avec l’ARNt
correspondant.
O
O
H3N COO ATP
P O Ade
H3 N CO O
R
O
Ion
-aminoacide R diphosphate
Aminoacyladénilate
Groupe anhydride HO
OH
30
Nicotinamide adénine dinucléotide, NAD+ (oxydo-réduction)

(NADP+)
NH2
O N
O O
OHHO O N
P
O O
N P N
O O N
O
CONH2 OH (OPO 32- )

HO
Acide lipoïque (transfert d'un groupe acyle)

O
S S Biotine (carboxylation)
HN
NH
CO2-
H H
Pyridoxal phosphate H
(métabolisme des acides
aminés) CH2OPO32- S
CHO
CO2-
N
NH2
OH
N
NH3
N
5- S-Adénosylméthionine S
(SAM) (transfert de CH3) N
O O N
OH
HO
SAM est le donneur universel des groupements méthyles dans l’organisme.
Flavine adénine dinucléotide, FAD

(oxydo-redox)
OH NH2
O O
OH
HO P P N
N
O O O
O
O O
N
N
N N O
HO
OH
NH
N
FAD est la forme métaboliquement active de la Riboflavine (ou lactoflavine-

Vitamine B2). 3 parties composent sa structure :
31
 Fragment nucléotidique
 Partie sucre qui est le fragment du ribitol (aldonitol-pentose alcool)
 Système hétérocyclique- fragment isoaloxasine avec un fragment 2,4-
ptéridine(fusion pyrazine et pyrimidine).
Isoaloxasine est jaune-vif qui a reçu l’appellation flavine (latin- flavus-jaune)
Coenzyme A (CoA-SH) participe directement en tant qu’acyl-CoA

(RCH2COS-CoA) au métabolisme des graisses; et indirectement à celui des
glucides et protéines en tant qu’acétyl-CoA (CH3COS-CoA).
Dans le détail, le coenzyme A est composé:

1. de l'adénosine 3'-phosphate
2. du pyrophosphate
3. de l'acide pantoïque (3 + 4 = acide panthoténique)
4. de la β-alanine
5. de la cystéamine (2-aminoéthanethiol)
CoA-SH est le représentant le plus répandu des thiols dans l’organisme. Il

joue un rôle hautement important dans les processus métaboliques,
notamment dans l’activation des acides carboxyliques en les transformant en
thioesters plus réactifs.
3. Métabolisme des lipides, glucides et des aminoacides

Catabolisme des triacylglycérols: oxydation des acides gras
Catabolisme= ensemble des réactions de dégradations moléculaires de
l’organisme considéré.
Anabolisme= ensemble des réactions de synthèse= contraire du catabolisme.
Catabolisme + anabolisme= métabolisme
32
Les acides gras sont catabolisés dans les mitochondries (organites au sein d’une
cellule eucaryote) des cellules par une suite réactionnelle enzymatique appelée
ß-oxydation.
1. Activation de l’acide gras (thioestérification)
AMP= adénosine-5’-monophosphate
Pi= ion phosphate (PO34-)
PPi= ion diphosphate (pyrophosphate)
2. Déshydrogénation de l’acyl-CoA
3. Hydratation de la C=C
33
4. Coupure de la C-C (thiolyse) par rétrocondensation de Claisen

(étape clé)
Les acides gras sont dégradés dans les mitochondries sous forme d'acyl-CoA. Ces
derniers se forment sous l'action d'une acyl-CoA synthétase, qui catalyse la réaction :
+ ATP + CoA-SH → + AMP + PPi.
Dans les mitochondries, la dégradation des acides gras saturés par la β-oxydation
fait intervenir quatre réactions qui se déroulent dans la matrice mitochondriale.
34
Réaction Enzyme Description
Déshydrogénation par
le FAD.
La déshydrogénation, en
présence de FAD,
catalysée par une oxydo-
réductase, l'acyl-CoA
déshydrogénase, a lieu
Acyl-CoA entre les carbones β et
déshydrogénase α (carbones 2 et 3 dans

la nomenclature IUPAC).
Il y a formation de trans-
Δ2-énoyl-CoA en Cn.
Le FADH2 est oxydé par

la chaîne respiratoire avec
libération d'énergie sous
forme d'ATP.
Hydratation.
Cette réaction
d'addition est catalysée
par une crotonase du
groupe des lyases. Du fait
de la proximité
du groupe cétone,
la double liaison est
Énoyl-CoA polarisée (le carbone β
hydratase est δ+, lecarbone α est δ-
) : le groupe OH de l'eau
se lie au carbone β avec
formation deL-β-
hydroxyacyl-CoA en Cn.
Cette réaction réversible

est stéréospécifique et
aboutit à l'isomère L.
Oxydation par
le NAD+ avec formation
3-hydroxyacyl- de β-cétoacyl-CoA en Cn.
CoA
Le NADH est oxydé par
déshydrogénase
la chaîne respiratoire avec
libération d'énergie sous
forme d'ATP.
35
Thiolyse. Cette réaction

est catalysée par
une transférase, la β-
cétothiolase, en présence
decoenzyme A, et conduit
à la formation :
Acétyl-CoA C-
acyltransférase  d'acétyl-
CoA, dégradée par
cycle de Krebs ;
 d'acyl-CoA en Cn-2,
dégradée par β-
oxydation
La dégradation complète de l'acide gras se poursuit jusqu'à ce que la chaîne

carbonée soit complètement découpée en molécules d'acétyl-CoA : c'est l'hélice de
Lynen. Chaque tour de l'hélice raccourcit l'acyl-CoA de deux atomes de carbone et
libère une molécule d'acétyl-CoA, une molécule de FADH2 et une molécule
de NADH. Cette dégradation intervient par oxydations sur les carbones β successifs
(étapes hydratation et thiolyse ci-dessus), d'où le terme de « β-oxydation ».
O O
O Condensation
de Claisen HOR
OR (HSR)
 OR
2 (SR)
(SR) Rétro-condensation
H H H
H de Claisen
H
36
Mécanisme de la rétrocondensation de Claisen
405
Gly N H
125
O O Cys
375 O O
His S
R SCoA
R SCoA
N H H
S H H
125
H S
N
Cys H 403
Cys
O
125 O O
Cys 125 O
Cys
SCoA
S R R
Acétyl-CoA S R
SCoA
SCoA
Acétyl-CoA
S S
CoA H 403
Cys
Biosynthèse des terpènes et stéroïdes
*Biosynthèse de l’isopentényldiphosphate (IPP) par la voie du mévalonate et sa

transformation en terpènes
La voie du mévalonate permet de synthétiser l’IPP à partir de 3 molécules

d’acétate. L’IPP est l’intermédiaire classique de la biosynthèse des terpènes et
des stéroïdes. La voie du mévalonate est connue. Toutefois, une nouvelle voie
(Désoxyxylulose phosphate- DXP) de biosynthèse de l’IPP a été découverte en
1993 ; et de nombreuses études sont en cours pour mieux comprendre son
mécanisme.
37
HGM= 3-hydroxy-3-méthylglutaryle
Les statines sont une classe de médicaments utilisés pour diminuer le taux de
cholestérol par inhibition de l'enzyme HMG-CoA réductase, qui joue un rôle
central dans la production de cholestérol dans le foie, en produisant environ
70% du taux de cholestérol total dans le corps.
Mécanisme de l’isomérisation de l’IPP en DMAPP

L’isomérisation se fait en présence d’ions Mg2+ et Zn2+ et de l’IPP isomérase
38
OH
H
Cys S
CH2OPP CH2OPP
H
CH2OPP
HS
HR DMAPP
HS O
HR
IPP Glu
Explication détaillée d’ensemble
39
IPP + DMAPP GPP Monoterpènes, C10

IPP
PPi
OPP
Farnésyldiphosphate, FPP Sesquiterpènes, C15
Dimérisation
Squalène Triterpènes, C30
Mécanisme de formation du FPP
O O
OPP
O P P O HR HS
DMAPP IPP
O O
Mg2+
GPP FPP
OPP
HR HS
40
Exemple 1: biosynthèse d’un monoterpène (limonène= agrumes, parfumerie)
PPi
E OPP
OPP
GPP
Linallyldiphosphate
Z LPP
Limonène
Exemple 2: biosynthèse d’un sesquiterpène (épi-aristolochène)
FPP
OPP B
H-A H
Epi-aristolochène
41
Catabolisme du glucose : glycolyse

La glycolyse (greco-latin glykýs « sucré » et lýsis « dissolution ») ou voie
d'Embden-Meyerhof-Parnas est une voie métabolique d'assimilation du
glucose et de production d'énergie. Elle se déroule dans le cytoplasme (ou
cytosol= constituant interne de la cellule) de la cellule. Comme son nom
l'indique elle nécessite du glucose et a pour produit du pyruvate. Ce dernier
peut soit entrer dans le cycle de Krebs, qui se déroule dans
la mitochondrie des eucaryotes ou le cytoplasme des bactéries en aérobiose,
soit être métabolisé par fermentation en anaérobiose, pour produire par
exemple du lactate ou de l'éthanol.
2 2 Pi + 2 NAD+ 2
Pyruvate
ADP
D-Glucose 2 ATP + 2 (NADH+H+ ) + 2 H2O
Transformations du pyruvate
* Transformations du pyruvate en lactate

Le pyruvate est le métabolite du glucose catabolisé. En milieu anaérobie
(absence d’O2), il est réduit soit en lactate par le NADH soit en alcool dans le
cas de la levure.
Dans les muscles, au cours d’efforts très intenses, le pyruvate est transformé en (S)-
lactate (ou L(+)-lactate). La réaction est catalysée par la lactase déshydrogénase.
L'acide lactique est un acide organique qui joue un rôle dans divers
processus biochimiques. Un lactate est un sel de cet acide. Contrairement à ce
que peut laisser penser son nom, l'acide lactique n'est pas présent uniquement
dans le lait, mais également dans le vin, certains fruits et légumes, et dans
les muscles. C’est un agent bactériostatique singulièrement sur les bactéries
pathogènes (Salmonelle, par exemple). Les lactobacilles sont responsables de
42
l’apparition de l’acide lactique. Présent dans la bouche, l’acide lactique produit

entraîne des caries.
R
H
N
N 195
His
H2 N N
H OH
imidazolim
NADH H
O O
HR
CO2-
face re NAD+
(S)-Lactate
CO2- L-
Pyruvate
*Transformation du pyruvate en éthanol

En milieu anaérobie, les levures transforment le pyruvate en alcool et en CO 2.
C’est le processus de fermentation dans la production de boissons alcoolisées.
La réaction est catalysée par le pyruvate décarboxylase de la levure assistée du
cofacteur TPP.
R
Cofacteur
A-H N
O
O S Ylure de la Thiamie
diphosphate, TPP
R
R'
O R
N
OH
N
OH
S -CO2
O S
A-H Hydroxyéthylthiamine
R' diphosphate, HETPP
R'
O
R
H-A
N
O Ylure de TPP
H S
O H
HR
Acétaldéhyde
R' R N
B
NADH OH
O
NAD+
H2N
Ethanol
43
*Transformation du pyruvate en acétylCoA

L’acétylCoA est au centre du cycle de l’acide citrique qui est l’ultime étape du
catabolisme des biomolécules. En aérobie, le pyruvate est converti en
acétylCoA et CO2. La réaction est catalysée par le pyruvate déshydrogénase
comprenant 3 enzymes assistées par leurs cofacteurs.
R
A-H N
O Addition-décarboxylation
Pyruvate O S Ylure TPP
R' R
R O
H
N
OH B
N O
CO2
SN2 S
S
S HETPP SH
S R'
S R'
H-A
R"
Lipoamide R"
O Ylure de TPP
SCoA
S
SH SH
Acétyldihydrolipoamide HSCoA SH
O
R" Acétyl-CoA
R"
Transthioestérification
Lysine de l'enzyme
O
S
S
H
N
O HN
Acide lipoïque
Lipoamide
44
*Cycle de l’acide citrique (cycle de Krebs, 1937)

Le cycle de Krebs, ou plus rarement (mais plus justement) appelé cycle
de Szent-Györgyi et Krebs, ou cycle des acides tricarboxyliques, ou
encore cycle de l'acide citrique (citrate), est une série de réactions
biochimiques dont la finalité est de produire des intermédiaires énergétiques
qui serviront à la production d'ATP dans la chaîne respiratoire. Il s'agit d'un
cycle car le dernier métabolite, l'oxaloacétate, est aussi impliqué dans la
première réaction, lequel peut être assimilé à un catalyseur. Il est le point final
et commun du catabolisme des glucides (glycolyse, voie des pentoses
phosphates), des lipides (β-oxydation) et des acides aminés, car tous ces
catabolismes aboutissent à la formation d'acétylCoA. L'acétylCoA est une forme
de transport des groupes acétyle qui proviennent du pyruvate. On retiendra
tout simplement que le cycle de Krebs a pour raison essentielle l’oxydation
totale des unités à 2 atomes de carbone AcétylCoA en CO2.
45
Désamination des aminoacides
*Transamination des aminoacides

La 1ère phase de la dégradation métabolique des aminoacides est la
désamination qui correspond à l’élimination de la fonction NH 2-, remplacée par
un groupe –C=O. Cette réaction est le résultat d’une transamination au cours
de laquelle –NH2 de l’aminoacide est transférée sur le Cα de l’α-cétoglutarate
pour donner naissance à un α-cétoacide et du glutamate. Le processus est
catalysé par des aminotransférases assistées par le coenzyme pyridoxal
phosphate (PLP), un dérivé de la vit. B6 (pyridoxine).
OPO32- OH
H OH
HN HN
OH OH
PLP Vit B6
H2N H
OPO32-
OPO32-
-
R CO22- O2 C R
Lys
N
AN N H
HN H
N H
O H H2 N Lys
O
Imine Imine PLP-aminoacide
OPO32- H (Base de Schiff)
PLP-enzyme
-
O2C R H2 N Lys
OPO32-
-
O2 C R
N
N H N
H OH2
O
Imine d'un -cétoacide N H
H
O
OPO32- Imine d'un -cétoacide
-
O2C R
NH2
N H
H
O O
-Cétoacide
Pyridoxamide phosphate
PMP
46
Ensuite, la PMP est reconvertie en PLP et en glutamate à partir d’une

transamination.
2-
O3PO
H2N Lys
O
NH2
2-O CO22-
2C
N
Cétoglutarate
H O-
PMP
2-O PO
3
Lys
N H NH3+
H 2-
O2C CO22-
N
H O Glutamate
Imine
PLP-enzyme
*Désamination oxydative du glutamate

Après le transfert de –NH2 sur l’α-cétoglutarate, le glutamate, subit une
désamination oxydative catalysée par le glutarate déshydrogénase qui
régénère l’α-cétoglutarate en éliminant l’ammoniaque. La réaction débute par
oxydation suivie d’une hydrolyse.
47
H
H
N NAD
His N NADH
NH2
NH2
N
NH
H O H H
H O
H
H +
N H NH2
O2C CO2
O2C CO2
Glutamate
iminoglutarate
NH4 H2O
O2C CO2
Cétoglutarate
4. Quelques transformations biochimiques
* Hydrolyse, estérification, thioestérification, amidation

L’hydrolyse des esters et des amides passe toujours par la formation d’un
intermédiaire acyl-enzyme qui se forme grâce à une triade d’acides aminés
du site actif. L’ester (ou l’amide) réagit avec un reste sérine de l’enzyme au
cours d’une SN, suivie de l’hydrolyse de l’acyl-enzyme formé.
48
263
His 152
176
Asp Ser
N O
N
O O- H O
H
Enzyme
RO
R'
Ester
263
His
176 152
Asp Ser
N O
N
O O- O
H
H
R'
O Acyl-enzyme
263
His 152
176
Asp Ser
O
N O
N
O O- H HO R'
H Acide
*Condensation entre composés carbonylés
Condensation de Claisen entre 2 thioesters

Etape 1 de la voie du mévalonate
O
Acétyl-CoA Cys CoASH
O H A S
O
SCoA
Cys
S Cys SCoA
S
H H
B
O O
SCoA
Acétoacétyl-CoA
La condensation de Claisen est une réaction réversible. Cette réversibilité est la

rétro-condensation de Claisen; et constitue l’étape 4 de la ß-oxydation des
acides gras. Aussi les ß-cétoesters(ou ß-thioesters) peuvent-ils être fragmentés
par rétro-condensation de Claisen.
49
Rétro-condensation de Claisen
O
O O
SCoA
R SCoA
Cétoacyl-CoA O
B S Cys
H Cys R S
S S
Cys
CoA H
R SCoA
Acyl-CoA
50
Aldolisation
1ère étape du cycle de l'acide citrique H
O B
B O
SCoA
SCoA
H
SCoA HO
H O
Acétyl-CoA A O
-
-
O2C O2C
SCoA
CO2-
Oxaloacétate (S)-Citryl-CoA
*Carboxylation, décarboxylation
Les carboxylations en α du C=O chez les bactéries et les animaux sont le fait de
la carboxybiotine.
O O
H
-
O N N
S N Lys
N-Carboxybiotine
O O
CoAS O
B
Acétyl-CoA O O
O
O
CoAS O-
CoAS
Malonyl-CoA
Chez les végétaux, les concentrations en CO2 très élevées engendrent la

décarboxylation directe du substrat.
51
-
O2C
CO2- -
O2C CO2-
-
O O CO2
O O-
Oxalosuccinate H-A
-
O2C CO2-
-Cétoglutarate
O
*Amination, désamination
Dans le cas d’une amination, un α-cétoacide réagit avec le PMP pour donner un
acide aminé. Au cours d’une désamination, c’est un aminoacide et le PLP qui
interagissent.
2-
O3PO R
H CO22-
NH2
H
N
R CO2-
-aminoacide B
N H
H O
Imine PLP-acide aminé
2-
O3PO R
CO22-
N H
H O
Imine PLP--cétoacide
H2 O
2-
O3PO
R
NH2
CO22-
N H
H O O -Cétoacide
PMP
*Réaction de transfert d’un atome de carbone

Dans la chimie du vivant, la méthylation est le fait de S-adénosylméthionine
(SAM). C’est une SN2.
52
Synthèse de S-adénosylméthionine à partir de la méthionine NH3+
S COO-
O O O Méthionine
-
O O O O +
P P P
Adénine
O
O- O- O-
ATP
HO OH
O O O
NH3+
-
O O O O
Adénine
P P P
O
S COO-
O- O- O-
Ion Triphosphate
S-Adénosylméthionine
HO
OH
In vivo, SAM est le réactif universel de méthylation. Il est responsable de la

méthylation des amines.
CONH2
Nicotinamide
Groupe vit B CONH2
NH3+
Adénine +
N
O
S COO-
N-Méthylnicotinamide
S-Adénosylméthionine NH3+
HO Adénine
OH2
O
S COO-
S-Adénosylhomocystéine
HO
OH
*Réarrangements
Les réarrangements (transpositions) ont lieu au cours des processus
métaboliques. Par exemple, le réarrangement de Claisen est la conversion d’un
53
oxyde allyle et de vinyle en cétone insaturée. C’est le cas du réarrangement du

chorismate en préphénate au cours de la biosynthèse de la tyrosine*.
CO2-
CO2-
CO2-
H
H
O
HO
O HO
H Préphénate
CO2-
Chorismate
*Oxydation et réduction
L’oxydation d’un aldéhyde en acide carboxylique ou en ester s’effectue grâce à
un hydrate ou un hémithioacétal intermédiaire qui est oxydé par le NAD +. C’est
l’étape 6 de la glycolyse.
Cys
H
Cys
S Cys S
O S
H
HO H NADH/H+
NAD+ O
H OH H OH
H OH
CH2OPO32- CH2OPO32-
CH2OPO32-
Glycéraldéhyde-3-phosphate Hémithioacétal Thioester
5. Familles de composés polyfonctionnels bio-

importants
 Polyols
*Ethylène glycol : liquide à haute température d’ébullition et hautement
toxique. Il est utilisé en technique pour la fabrication d’antigel (liquide de
54
refroidissement des moteurs). Chauffé en présence de H2SO4 dil, donne

naissance au dioxane(ou 1,4-dioxane) par élimination intermoléculaire d’H2O.
O
OH HO H2SO4 dilué
OH HO 
Ethylène glycol O
Dioxane
2,3,7,8-Tétrachlorodibenzo-p-dioxine (dioxine) est un dérivé de la dioxane qui
est hautement toxique. L’intoxication à la dioxine même à très faibles
concentrations, provoque de graves pathologies du système immunitaire,
sanguin, hépatique,… L’emploi des herbicides qui en contiennent même à
faibles concentrations, crée à la longue un sérieux problème d’environnent car
la dioxine est difficilement biodégradable.
10
Cl O Cl
Cl O Cl
5
Dioxine
55
*Glycérine : liquide atoxique visqueux incolore et légèrement sucrée
OH
to O
OH C
- 2 H2O H
OH O H
Glycérine Acroléine
(Action lacrymogène)
3 HNO3/H2SO4 H3PO4
-3 H2O
ONO2 O
H 2O
ONO2 O P OH OH O
ONO2 OH OH O P OH
Trinitrate glycérine
(Nitroglycérine) OH OH OH
-Glycérophosphate -Glycérophosphate
Nitroglycérine- explosif et relativement toxique. Toutefois, en faibles

concentrations (1% en solution éthanolique), il est utilisé comme
vasodilatateur en usage médical dans certaines affections cardiaques (angine
de poitrine par exemple).
Glycérophosphates- éléments structuraux des phospholipides. Ils sont
employés comme toniques généraux. Les glycérophosphates naturels ont la
même configuration et sont des dérivés du L-glycéro-3-phosphate ; lui-même
formé à partir du métabolisme du dihydroxyacétone phosphate, catalysé par
les glycérophosphate déshydrogénases.
OH OH
2H
O O HO H O
O
O OH O OH
OH OH
Dihydroxyacétone phosphate
L-glycéro-3-phosphate $
*Inositol: alcool à 6 OH de la série cyclohexanique. Il présente 9 stéréoisomères

possibles au nombre desquels le plus important est myo-inositol.
56
OH OH OH
OH
HO OH
OH HO OH
HO OH
OH OH
HO OH HO
OH
OH Méso-inositol
Inositol (Myo-inositol)
Myo-inositol- est synthétisé par l’organisme. Toutefois, il s’apparente aux
vitamines du groupe B. L’acide phytique (ou acide myo-inositol
hexaphosphorique) est largement répandu dans le monde végétal. Il inhibe
l’absorption de quelques cations métalliques (Zn, Cu, Co, Mn, Fe) en formant
des sels insolubles appelés phytates. Le phytate de Ca ou de Ca-Mg stimule la
circulation sanguine, améliore l’activité nerveuse dans des cas de pathologies
liées à l’insuffisance de phosphore dans l’organisme.
Structure chimique de l’acide phytique

Dérivés amines d’oses biologiques
• Deux osamines ont un intérêt biologique : la Glucosamine et la
Galactosamine [-OH en 2 remplacé par -NH2]
• Le -NH2 est souvent acétylé pour donner une N-acétylglucosamine ou une
N-acétylgalactosamine
• Les osamines sont des constituants des glycolipides, des glycosaminoglycanes
et des glycoprotéines.
57
Dérivés acides d’oses biologiques
Acides aldoniques
On les obtient par oxydation de la fonction hémiacétalique des aldoses par les
halogènes (les cétoses ne réagissent pas).
58
Acides uroniques
• On les obtient par oxydation de la fonction alcool primaire sur le C6. Ce sont
des constituants des Glycosaminoglycanes
• Leur rôle biologique est essentiel dans la détoxification hépatique.
Acide sialique = Acide N-acétylneuraminique (NANA)
• L’acide neuraminique est le produit de condensation de : Acide pyruvique + D

mannosamine.
• Ce sont des constituants des glycoprotéines et glycolipides de la paroi des
cellules eucaryotes.
• L’acide sialique est l’acide N-acétylneuraminique (NANA).
59
Acide ascorbique = vitamine C

• Les vitamines ne sont pas synthétisées par l’organisme et sont nécessaires en
faible quantité.
• La vitamine C est indispensable car elle n’est pas synthétisée par l’organisme
chez l’homme. Sa carence conduit au scorbut.
• C’est une vitamine hydrosoluble. Seule la forme L est active
• C’est un monoacide car elle a un seul H mobile. Sa fonction ène-diol est
caractéristique.
• Elle possède un pouvoir très réducteur. Elle est donc facilement oxydable en
acide déhydroascorbique qui est aussi biologiquement actif.
Rôle biologique : c’est le coenzyme de la prolylhydroxylase qui intervient dans
la synthèse d’hydroxyproline. Elle intervient aussi dans la synthèse des
stéroïdes. Sa carence entraîne des anomalies de la synthèse du collagène, la
fragilité des parois vasculaires.
 Phénols diatomiques
Pyrocatéchol, résorcine, hydroquinone sont des phénols diatomiques qui
entrent dans la composition de nombreuses substances naturelles. Ils donnent
tous une coloration caractéristique avec FeCl3.
OH OH OH
OH
OH
Pyrocatéchol Résorcine
OH
Hydroquinone
60
*Pyrocatéchol (o-dihydroxybenzène, catéchol) est l’élément structural de

nombreuses substances bioctives, notamment les catécholamines. Ce sont les
représentants des amines biogéniques, c’est-à-dire formées dans l’organisme
au terme des processus métaboliques. Le principal chemin de biosynthèse des
catécholamines se fait à partir de la phénylalanine.
COOH
NH2
Phénylalanine
Hydroxylase
COOH
NH2
Tyrosine
HO
Hydroxylase
COOH
HO
NH2
3,4-Dihydroxyphénylalanine (DOPA)
HO
Reste de catéchol
Décarboxylase
HO
NH2
Dopamine
HO
Dopamine--oxydase Catécholamines
OH
HO
NH2
Noradrénaline
HO
OH
HO
N-Méthyltransférase H
N
Adrénaline
HO
Adrénaline (latin ad renes= près du rein) ou épinéphrine (grec = au-dessus du

rein) est employée par les Américains. Elle est sécrétée par le système nerveux
central et aussi par les glandes surrénales en réponse à un état de stress, au
cours d’une activité physique intense provoquant une accélération du rythme
cardiaque. En outre, elle prend part au métabolisme des glucides.
Noradrénaline et Dopamine sont ses précurseurs.
L’activité biologique de l’adrénaline est liée à la configuration de son centre
chiral qui détermine l’interaction avec le récepteur.
61
H H CH3
CH3
H H
1 N 1 N
HO H H OH
1 1
OH OH
1 1
OH OH
D-(-)adrénaline L-(+)adrénaline
Récepteur
Interaction des énantiomères de l’adrénaline avec le récepteur

Au nombre des 2 antipodes de l’adrénaline, seule D-(-)adrénaline manifeste
une très bonne activité pharmacologique. L’activité pharmacologique est
absente chez L-(+)adrénaline parce que OH dans l’espace est orienté
autrement par conséquent n’interagit pas avec le récepteur.
Le même effet est caractéristique et observé chez la série de substances
médicamenteuses, apparentées à l’adrénaline de par la structure.
Biosynthèse de la phénylalanine et de Tyrosine
La phénylalanine est un acide aminé aromatique non polaire dont sont issus,
notamment, la tyrosine et l'aspartame. Elle se présente sous la forme de
deux énantiomères. Chez l'homme, c'est un acide aminé essentiel, c'est-à-dire
qu'elle doit être apportée par l'alimentation, car l'organisme est incapable de la
synthétiser.
L'action de la phénylalanine hydroxylase la transforme en un autre acide aminé :
la tyrosine, qui n'est de ce fait pas un acide aminé essentiel.
La phénylalanine est également un précurseur de l'adrénaline, de
la noradrénaline et de la mélanine.
La tyrosine (en abrégé, Tyr ou Y) est l'un des 20 acides aminés participant à
la synthèse des protéines. C'est un acide aminé aromatique, polaire du fait de la
présence du groupement hydroxylphénolique qui est faiblement acide.
La tyrosine participe à la synthèse des catécholamines : l'adrénaline,
la noradrénaline, la dopamine et la DOPA. Elle est aussi précurseur de
la mélanine (pigment qui colore la peau, les poils, l'iris) et des hormones
thyroïdiennes (formation de thyronine à partir de deux tyrosines).
62
(+)-Isopropyladrénaline (Isadrine)
63
HO HO
N N
* H * H
HO HO
OH OH
Isadrine
Adrénaline
est un bronchodilatateur 800 fois plus puissant que son énantiomère levogyre.
Sarcolisin est un anti cancéreux.

COOH
Cl *
N
NH2
Cl
L’action pharmacologique est manifestée par l’énantiomère levogyre.

L’énantiomère dextrogyre est inactif.
Ainsi, l’on conclut que, l’action biologique des biorégulateurs (hormones,
vitamines, antibiotiques,…) et des médicaments est principalement liée à la
structure spatiale de leurs molécules.
A partir de la structure proche des catécholamines, des substances bioactives

naturelles et de synthèse sont utilisées comme médicaments. Par exemple :
OH
N
H N
H
Ephédrine,
OH
alcaloïde naturel OH
Mézaton, synthétique (Vasodilatateur)
(hypertenseur) Asthme
64
*Gaïacol est l’éther monométhylique du catéchol. Il est utilisé dans le

traitement du catarrhe (sécrétion anormalement abondante produite par les
muqueuses des voies respiratoires supérieures).
HO
*Vitamines du groupe E encore appelés tocophérols (α-, ß-, δ-) sont contenus
dans les huiles végétales. Leur fonction n’est pas totalement élucidée.
Toutefois, ils semblent être des antioxydants vis-à-vis des lipides insaturés en
inhibant le processus de leur oxydation péroxydique (responsable du
rancissement des aliments).
Au nombre des tocophérols, la vitamine E (α-tocophérol) est la plus

importante. L’activité anti oxydante des tocophérols se définit par leur capacité
à piéger les radicaux libres actifs qui se forment dans les cellules au cours par
exemple de l’oxydation péroxydique des lipides au terme de laquelle, les
radicaux phénoxydes hautement stables qui naissent sont incapables de
continuer la réaction.
65
O
H
Vitamine E 3
O
R O
R
RH
Radical phénoxyde
très stable
inactif
 Aminoalcools
*2-Aminoéthanol (ß-éthanolamine ou cholamine), composant structural des

lipides complexes.
 
HO NH2
Son dérivé Dimedrol est un somnifère antihistaminique.
Ph
O N
Ph
*Choline (Triméthyl-2-hydroxyéthylammonium) (grec-kholê- bile), élément

structural de base des lipides complexes (phospholipides). C’est un
nutriment essentiel rangé dans la catégorie des vitamines B. Elle régule le
métabolisme des lipides. In vivo, elle est formée à partir de la sérine (acide
aminé) qui subit une décarboxylation pour former la cholamine qui est à son
tour méthylée par SAM.
66
HO COOH
3 SAM
Choline
HO NH2
Sérine NH2 CO2
Cholamine
Les phosphates substitués de la choline sont des éléments structuraux de

base des phospholipides, matériaux indispensables qui composent la
structure des membranes cellulaires.
*Acétylcholine (Ach) (ester de la choline et l’acide acétique),

neuromédiateur le plus répandu. Il est localisé dans le SNC et le SNP. In vivo,
la choline est synthétisée par acétylation de la choline par CH 3COSCoA.
Documentation conseillée
 Tioukavkina N. A., Baoukov Y. I. Bioorganischeskaya khimia. Moskva Médicina 1991 (traduit du russe)
 John McMurry, Tadhg Begley. The organic chemistry of biological pathways. Roberts and company publishers,
USA 2005.
 https://fr.wikipedia.org/wiki/Cycle_de_Krebs
 Sites web,…
67

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Prof.

BEKRO Yves-Alain/Université Nangui Abrogoua/UFR-SFA/ Laboratoire de Chimie Bio organique et de

COURS DE CHIMIE BIOORGANIQUE (CHBO)

1. Mécanismes réactionnels en CHBO

Groupes fonctionnelsen CHBO(GF)

GF rencontrés dans les biomolécules

*Conception de Lewis : Elle est plus générale que celle de Bronsted-Lowry

Orbitale pleine Orbitale vacante

*AE sur une liaison C=C : hydratation acidocatalysée du 2-méthylpropène

Exemple : la biosynthèse de l’α-terpinéol (alcool monoterpénique naturel isolé

Exemple : Biotransformation du géranyldiphosphate en géraniol (alcool

*SN2 – mécanisme en 1 étape concertée

En SN2, il y a toujours inversion de configuration (géométrie) à ne pas

Exemple : Biotransformation (méthylation) de la norépinéphrine en

X= OH, acide carboxylique

+ Ce profil de réactivité se retrouve dans presque toutes

Nu -= H-, RNH2, ROH,...

*Formation d’imine in vivo

Réactions de SN sur C=O

Amide Ester Thioester Acylphosphate

Exemple : hydrolyse in vivo de la liaison amide en position C-terminale des

Réactions d’addition conjuguées 1,4-

Au nombre des réactions d’addition conjuguée en biologie et en CHBO, l’on

Réactions de condensation de composés carbonylés

Aldéhyde + Aldéhyde= aldolisation

Les réactions de condensation entre dérivés carbonylés qui interviennent dans

Exemple 1 (condensation de Claisen) : conversion de l’acétylCoA en

Exemple 2 (aldolisation) : une des étapes de la synthèse du glucose à partir du

Dans les voies métaboliques, E1cB est la plus fréquemment rencontrée. Le

Exemple : déshydratation in vivo d’un ß-hydroxythioester en thioester insaturé

In vivo, l’oxydation d’un alcool se déroule plutôt par transfert de H - impliquant

L’élimination d’un H- en CHO est rare. En revanche, la réaction de Cannizzaro

Chiralité et chimie biologique

*Diastéréoisomères, épimères et composés méso

 Epimères= stéréoisomères qui ne sont pas images l’un de l’autre dans

Face re(sens du déplacement

De nombreuses molécules font intervenir des molécules prochirales. Ainsi, au

L’oxydation catalysée par l’alcool déshydrogénase de levure de l’éthanol en

*Stéréochimie et réponse biologique

Le thalidomide (retiré du marché en 1961) est une molécule chirale.

Quelques structures de terpènes

Le limonène C10H16 est un hydrocarbure terpénique présent dans de

(R) (+)-Limonène (s) (-)-Limonène

Le limonène est formé à partir de géranylpyrophosphate, via une cyclisation

Lanostérol(précurseur des stéroïdes)

Squelette carboné de base des stéroïdes

Les stéroïdes anabolisants, également connus sous le nom de stéroïdes

virilisantes notamment le développement et l'entretien des caractéristiques

*Stéréochimie des sucres

-D-glucopyranose D-glucose -D-glucopyranose

Cet équilibre est appelé mutarotation : inter conversion des 2 anomères

Un glycoside est un acétal formé à partir d’un monosaccharide cyclique

Liaison -(1 4') glycosidique

et rentrent dans la composition des glycoprotéines (hétéroside dont le 1er motif

Structure chimique d'une glycoprotéine

Les aminoacides ont d’importantes fonctions physiologiques.

L’ADN (acide désoxyribonucléique) et l’ARN (acide ribonucléique) sont des

Structure chimique d’un nucléotide

Base Nucléoside Désoxynucléoside