แชมบีแอล
 | |
| เนื้อหา | |
|---|---|
| คำอธิบาย | ฐานข้อมูลด้านชีววิทยา |
| ประเภทข้อมูล ที่ถูกจับ | โมเลกุลที่มีคุณสมบัติคล้ายยาและมีกิจกรรมทางชีวภาพ |
| ติดต่อ | |
| ศูนย์วิจัย | ห้องปฏิบัติการชีววิทยาโมเลกุลแห่งยุโรป |
| ห้องปฏิบัติการ |  สถาบันชีวสารสนเทศแห่งยุโรป |
| ผู้เขียน | Andrew Leach หัวหน้าทีม 2016-ปัจจุบัน John Overington หัวหน้าทีม 2008-2015 |
| การอ้างอิงหลัก | หมายเลข PMID 21948594 |
| วันที่วางจำหน่าย | 2009 |
| เข้าถึง | |
| เว็บไซต์ | แชมบีแอล |
| ดาวน์โหลด URL | ดาวน์โหลด |
| URL บริการเว็บไซต์ | บริการเว็บ ChEMBL |
| จุดสิ้นสุดSparql | แพลตฟอร์ม ChEMBL EBI-RDF |
| เบ็ดเตล็ด | |
| ใบอนุญาต | ข้อมูล ChEMBL เผยแพร่ภายใต้ใบอนุญาตครีเอทีฟคอมมอนส์แสดงที่มา-อนุญาตแบบเดียวกัน 3.0 ที่ไม่ได้โอนสิทธิ์ |
| การกำหนดเวอร์ชัน | แชมบีแอล_28 |
ChEMBLหรือChEMBLdbคือฐานข้อมูลสารเคมีของโมเลกุลชีวภาพ ที่จัดทำขึ้นด้วยตนเองซึ่งมีคุณสมบัติในการชักนำให้เกิดยา [1] โดยได้รับการดูแลโดยEuropean Bioinformatics Institute (EBI) ของ European Molecular Biology Laboratory ( EMBL ) ซึ่งตั้งอยู่ที่Wellcome Trust Genome Campusเมืองฮิงซ์ตัน สหราชอาณาจักร
ฐานข้อมูลที่เดิมเรียกว่า StARlite ได้รับการพัฒนาโดยบริษัทเทคโนโลยีชีวภาพชื่อ Inpharmatica Ltd. ซึ่งต่อมาถูกซื้อกิจการโดยGalapagos NVข้อมูลดังกล่าวได้รับการจัดหาให้กับ EMBL ในปี 2008 โดยได้รับรางวัลจาก The Wellcome Trust [ 2]ส่งผลให้มีการจัดตั้ง กลุ่ม เคมีจีโนมิกส์ ChEMBL ที่ EMBL-EBI ซึ่งนำโดย John Overington [3] [4]
ขอบเขตและการเข้าถึง
ฐานข้อมูล ChEMBL มีข้อมูลฤทธิ์ทางชีวภาพของสารประกอบต่อเป้าหมายของยา ฤทธิ์ทางชีวภาพจะรายงานเป็น Ki, Kd, IC50 และ EC50 [5]สามารถกรองและวิเคราะห์ข้อมูลเพื่อพัฒนาคลังข้อมูลการคัดกรองสารประกอบสำหรับการระบุสารนำในระหว่างการค้นพบยา[6]
ChEMBL เวอร์ชัน 2 (ChEMBL_02) เปิดตัวในเดือนมกราคม 2010 ซึ่งรวมถึง การวัด ค่าชีวมวล 2.4 ล้านครั้ง ครอบคลุมสารประกอบ 622,824 ชนิด รวมถึงผลิตภัณฑ์จากธรรมชาติ 24,000 รายการ ข้อมูลนี้ได้รับจากการรวบรวมสิ่งพิมพ์มากกว่า 34,000 รายการใน วารสาร เคมีการแพทย์ 12 ฉบับ ข้อมูลกิจกรรมชีวภาพที่มีอยู่ของ ChEMBL ได้เติบโตจนกลายเป็น "ข้อมูลที่ครอบคลุมที่สุดเท่าที่เคยมีมาในฐานข้อมูลสาธารณะ" [3]ในเดือนตุลาคม 2010 ChEMBL เวอร์ชัน 8 (ChEMBL_08) เปิดตัว โดยมีการวัดค่าชีวมวลมากกว่า 2.97 ล้านครั้ง ครอบคลุมสารประกอบ 636,269 ชนิด[7]
ChEMBL_10 ได้เห็นการเพิ่มการทดสอบยืนยันPubChemเพื่อบูรณาการข้อมูลที่เปรียบเทียบได้กับประเภทและคลาสของข้อมูลที่มีอยู่ใน ChEMBL [8]
สามารถเข้าถึง ChEMBLdb ได้ผ่านอินเทอร์เฟซเว็บหรือดาวน์โหลดโดยFile Transfer Protocolซึ่งได้รับการจัดรูปแบบในลักษณะที่เอื้อต่อการขุดข้อมูล ด้วยคอมพิวเตอร์ และพยายามทำให้กิจกรรมระหว่างสิ่งพิมพ์ต่างๆ เป็นมาตรฐานเพื่อให้สามารถวิเคราะห์เชิงเปรียบเทียบได้[1] ChEMBL ยังถูกรวมเข้ากับแหล่งข้อมูลเคมีขนาดใหญ่อื่นๆ รวมถึงPubChemและ ระบบ ChemSpiderของRoyal Society of Chemistry
แหล่งข้อมูลที่เกี่ยวข้อง
นอกเหนือจากฐานข้อมูลแล้ว กลุ่ม ChEMBL ยังได้พัฒนาเครื่องมือและทรัพยากรสำหรับการขุดข้อมูล[9]ซึ่งรวมถึง Kinase SARfari ซึ่งเป็นเวิร์กเบนช์เคมีจีโนมิกส์แบบบูรณาการที่เน้นที่ไคเนสระบบนี้รวมและเชื่อมโยงลำดับ โครงสร้าง สารประกอบ และข้อมูลการคัดกรอง
GPCR SARfari เป็นเวิร์กเบนช์ที่คล้ายกันซึ่งเน้นที่GPCRและ ChEMBL-Neglected Tropical Diseases (ChEMBL-NTD) เป็นคลังข้อมูลสำหรับ การคัดกรองเบื้องต้น แบบ Open Accessและข้อมูลเคมีทางการแพทย์ที่มุ่งเป้าไปที่โรคเขตร้อนประจำ ถิ่นในภูมิภาคกำลังพัฒนาของแอฟริกา เอเชีย และอเมริกา วัตถุประสงค์หลักของ ChEMBL-NTD คือเพื่อจัดทำคลังข้อมูลและศูนย์แจกจ่ายข้อมูลที่ฝากไว้ซึ่งเข้าถึงได้ฟรีและถาวร[3]
เดือนกรกฎาคม 2012 มีการเปิดตัวบริการข้อมูลมาเลเรียใหม่ซึ่งเก็บถาวรเมื่อวันที่ 30 กรกฎาคม 2016 ที่Wayback Machineซึ่งได้รับการสนับสนุนโดย Medicines for Malaria Venture (MMV) โดยมุ่งเป้าไปที่นักวิจัยทั่วโลก ข้อมูลในบริการนี้รวมถึงสารประกอบจากชุดคัดกรอง Malaria Box รวมถึงข้อมูลมาเลเรียที่บริจาคอื่นๆ ที่พบใน ChEMBL-NTD
myChEMBL เครื่องเสมือน ChEMBL เปิดตัวในเดือนตุลาคม 2556 เพื่อให้ผู้ใช้สามารถเข้าถึงโครงสร้างพื้นฐานด้านเคมีสารสนเทศที่สมบูรณ์และติดตั้งง่าย ฟรี
ในเดือนธันวาคม 2556 การดำเนินงานของฐานข้อมูลข้อมูลสิทธิบัตร SureChem ได้ถูกโอนไปยัง EMBL-EBI โดยใช้คำผสม SureChem เปลี่ยนชื่อเป็น SureChEMBL
ปี 2014 ได้มีการเปิดตัวทรัพยากรใหม่ ADME SARfari ซึ่งเป็นเครื่องมือสำหรับทำนายและเปรียบเทียบเป้าหมาย ADME ระหว่างสปีชีส์[10]
ดูเพิ่มเติม
อ้างอิง
- ^ ab Gaulton, A; et al. (2011). "ChEMBL: ฐานข้อมูลชีวภาพขนาดใหญ่เพื่อการค้นพบยา" Nucleic Acids Research . 40 (ปัญหาฐานข้อมูล): D1100-7 doi :10.1093/nar/gkr777 PMC 3245175 . PMID 21948594
- ^ "Open access drug discovery database launches with half a million compounds | Wellcome". wellcome.ac.uk . 18 มกราคม 2010. สืบค้นเมื่อ31 สิงหาคม 2019 .
- ^ abc Bender, A (2010). "ฐานข้อมูล: สารประกอบชีวภาพเผยแพร่สู่สาธารณะ" Nature Chemical Biology . 6 (5): 309. doi : 10.1038/nchembio.354 .
- ^ Overington J (เมษายน 2009). "ChEMBL. การสัมภาษณ์กับ John Overington หัวหน้าทีมเคมีจีโนมิกส์ที่สถานีนอกสถาบันชีวสารสนเทศยุโรปของห้องปฏิบัติการชีววิทยาโมเลกุลยุโรป (EMBL-EBI). การสัมภาษณ์โดย Wendy A. Warr". J. Comput.-Aided Mol. Des . 23 (4): 195–8. Bibcode :2009JCAMD..23..195W. doi :10.1007/s10822-009-9260-9. PMID 19194660. S2CID 2946417.
- ^ Mok, N. Yi; Brenk, Ruth (24 ตุลาคม 2011). "การขุดฐานข้อมูล ChEMBL: เวิร์กโฟลว์ Chemoinformatics ที่มีประสิทธิภาพสำหรับการประกอบห้องสมุดคัดกรองที่เน้นช่องไอออน" J. Chem. Inf. Model. 51 (10): 2449–2454. doi :10.1021/ci200260t. PMC 3200031 . PMID 21978256
- ^ Brenk, R; Schinpani, A; James, D; Krasowski, A (มีนาคม 2008). "บทเรียนที่เรียนรู้จากการรวบรวมห้องสมุดคัดกรองเพื่อการค้นพบยาสำหรับโรคที่ถูกละเลย" ChemMedChem . 3 (3): 435–44. doi :10.1002/cmdc.200700139. PMC 2628535 . PMID 18064617.
- ↑ ChEMBL-og (15 พฤศจิกายน 2553), ChEMBL_08 Released ดึงข้อมูลเมื่อ15 พฤศจิกายน 2553
- ^ ChEMBL-og (6 มิถุนายน 2554), ChEMBL_10 เผยแพร่, สืบค้นเมื่อ9 มิถุนายน 2554
- ^ Bellis, LJ; et al. (2011). "การเทียบเคียงและการขุดข้อมูลของข้อมูลชีวภาพในวรรณกรรมเพื่อการค้นพบยา" Biochemical Society Transactions . 39 (5): 1365–1370. doi :10.1042/BST0391365. PMID 21936816
- ^ Davies, M; et al. (2015). "ADME SARfari: การเปรียบเทียบจีโนมิกส์ของระบบการเผาผลาญยา" Bioinformatics . 31 (10): 1695–1697. doi :10.1093/bioinformatics/btv010. PMC 4426839 . PMID 25964657
ลิงค์ภายนอก
ChEMBL ID (P592) (ดูการใช้งาน )
- เชมเบลดบี
- Kinase SARfari เก็บถาวร 2016-05-15 ที่เวย์แบ็กแมชชีน
- ChEMBL-โรคเขตร้อนที่ถูกละเลย
- จีพีซีอาร์ ซาร์ฟารี
- บล็อกเปิดข้อมูลและการค้นพบยา ChEMBL-og ดำเนินการโดยทีมงาน ChEMBL