ยูนิโปรต
ฐานข้อมูลลำดับโปรตีนและข้อมูลการทำงาน
ยูนิโปรต
เนื้อหา
คำอธิบายUniProtคือ แหล่งข้อมูล โปรตีนแบบสากลซึ่ง เป็นที่เก็บข้อมูล โปรตีนส่วนกลาง ที่สร้างขึ้นโดยการรวม ฐานข้อมูล Swiss -Prot, TrEMBL และ PIR-PSD เข้าด้วยกัน
ประเภทข้อมูล
ที่ถูกจับ		คำอธิบายโปรตีน
สิ่งมีชีวิตทั้งหมด
ติดต่อ
ศูนย์วิจัยEMBL-EBI , สหราชอาณาจักร; SIB , สวิตเซอร์แลนด์; พีไออาร์ , สหรัฐอเมริกา
การอ้างอิงหลักคอนโซเชียม ยูนิโปรต[1]
เข้าถึง
รูปแบบข้อมูลไฟล์แบนที่กำหนดเองFASTA , GFF , RDF , XML
เว็บไซต์www.uniprot.org
www.uniprot.org/news/
ดาวน์โหลด URLwww.uniprot.org/downloadsและสำหรับการดาวน์โหลดชุดข้อมูลทั้งหมดftp.uniprot.org
URL บริการเว็บไซต์ใช่ – JAVA APIดูข้อมูลที่นี่และRESTดูข้อมูลที่นี่
เครื่องมือ
เว็บไซต์การค้นหาขั้นสูง, BLAST , Clustal O, การดึงข้อมูล/ดาวน์โหลดจำนวนมาก, การแมป ID
เบ็ดเตล็ด
ใบอนุญาตครีเอทีฟคอมมอนส์แสดงที่มา-ห้ามดัดแปลง
การกำหนดเวอร์ชันใช่

ความถี่ในการเผยแพร่ข้อมูล		8 สัปดาห์
นโยบายการดูแลระบบใช่ – ด้วยตนเองและอัตโนมัติ กฎสำหรับคำอธิบายประกอบอัตโนมัติที่สร้างโดยผู้ดูแลฐานข้อมูลและอัลกอริทึมการคำนวณ

หน่วยงานที่สามารถสร้างบุ๊กมาร์กได้		ใช่ – ทั้งรายการโปรตีนแต่ละรายการและการค้นหา

UniProtคือฐานข้อมูลลำดับโปรตีนและข้อมูลฟังก์ชันที่เข้าถึงได้ฟรี โดยข้อมูลจำนวนมากได้มาจากโครงการจัดลำดับจีโนม ฐานข้อมูลนี้มีข้อมูลจำนวนมากเกี่ยวกับหน้าที่ทางชีววิทยาของโปรตีนที่ได้มาจากเอกสารวิจัย ฐานข้อมูลนี้ได้รับการดูแลโดยกลุ่ม UniProt ซึ่งประกอบด้วย องค์กร ชีวสารสนเทศ หลายแห่งในยุโรป และมูลนิธิจากวอชิงตัน ดี.ซี.สหรัฐอเมริกา

กลุ่มพันธมิตร UniProt

กลุ่ม UniProt ประกอบด้วยEuropean Bioinformatics Institute (EBI) Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) และProtein Information Resource (PIR) EBI ซึ่งตั้งอยู่ในWellcome Trust Genome Campusใน Hinxton สหราชอาณาจักร เป็นเจ้าภาพฐานข้อมูลและบริการด้านชีวสารสนเทศขนาดใหญ่ SIB ซึ่งตั้งอยู่ในเจนีวา สวิตเซอร์แลนด์ ดูแล เซิร์ฟเวอร์ ExPASy (Expert Protein Analysis System) ซึ่งเป็นทรัพยากรส่วนกลางสำหรับเครื่องมือและฐานข้อมูลด้านโปรตีโอมิกส์ PIR ซึ่งเป็นเจ้าภาพโดย National Biomedical Research Foundation (NBRF) ที่ Georgetown University Medical Center ในวอชิงตัน ดี.ซี. สหรัฐอเมริกา เป็นทายาทของฐานข้อมูลลำดับโปรตีนที่เก่าแก่ที่สุด นั่นคือAtlas of Protein Sequence and Structure ของMargaret Dayhoff ซึ่งตีพิมพ์ครั้งแรกในปี 1965 [2]ในปี 2002 EBI, SIB และ PIR ได้ร่วมมือกันเป็นกลุ่ม UniProt [3]

รากฐานของฐานข้อมูล UniProt

สมาชิกกลุ่มแต่ละกลุ่มมีส่วนร่วมอย่างมากในการบำรุงรักษาและบันทึกข้อมูลฐานข้อมูลโปรตีน จนกระทั่งเมื่อไม่นานนี้ EBI และ SIB ร่วมกันผลิตฐานข้อมูล Swiss-Prot และ TrEMBL ในขณะที่ PIR ผลิตฐานข้อมูลลำดับโปรตีน (PIR-PSD) [4] [5] [6] ฐานข้อมูลเหล่านี้มีอยู่ร่วมกันโดยมี ลำดับโปรตีนที่ครอบคลุมและลำดับความสำคัญของบันทึกข้อมูล ที่แตกต่างกัน

Swiss-Prot ก่อตั้งขึ้นในปี 1986 โดยAmos Bairochในระหว่างที่เขาเรียนปริญญาเอก และพัฒนาโดยSwiss Institute of Bioinformaticsและต่อมาได้รับการพัฒนาโดยRolf Apweilerที่European Bioinformatics Institute [ 7] [8] [9] Swiss-Prot มุ่งหวังที่จะจัดทำลำดับโปรตีนที่เชื่อถือได้ซึ่งเกี่ยวข้องกับคำอธิบายประกอบระดับสูง (เช่น คำอธิบายของฟังก์ชันของโปรตีนโครงสร้างโดเมนการดัดแปลงหลังการแปลตัวแปร ฯลฯ) ระดับความซ้ำซ้อน ขั้นต่ำ และระดับการบูรณาการสูงกับฐานข้อมูลอื่นๆ เมื่อตระหนักว่าข้อมูลลำดับถูกสร้างขึ้นด้วยความเร็วที่เกินความสามารถของ Swiss-Prot ที่จะตามทัน TrEMBL (Translated EMBL Nucleotide Sequence Data Library) จึงถูกสร้างขึ้นเพื่อให้คำอธิบายประกอบอัตโนมัติสำหรับโปรตีนเหล่านั้นที่ไม่อยู่ใน Swiss-Prot ในขณะเดียวกัน PIR ยังคงรักษา PIR-PSD และฐานข้อมูลที่เกี่ยวข้อง รวมถึง iProClass ซึ่งเป็นฐานข้อมูลของลำดับโปรตีนและตระกูลที่ดูแล

สมาชิกกลุ่มได้รวมทรัพยากรและความเชี่ยวชาญที่ทับซ้อนกันเข้าด้วยกัน และเปิดตัว UniProt ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2546 [10]

การจัดระเบียบฐานข้อมูล UniProt

UniProt มีฐานข้อมูลหลักสี่แห่ง ได้แก่ UniProtKB (พร้อมส่วนย่อย Swiss-Prot และ TrEMBL), UniParc, UniRef และ Proteome

ยูนิโปรตเคบี

ฐานความรู้ UniProt (UniProtKB) เป็นฐานข้อมูลโปรตีนที่ผู้เชี่ยวชาญคัดสรรมาบางส่วน ประกอบด้วยสองส่วน: UniProtKB/Swiss-Prot (ประกอบด้วยรายการที่ตรวจสอบและใส่คำอธิบายประกอบด้วยตนเอง) และ UniProtKB/TrEMBL (ประกอบด้วยรายการที่ยังไม่ได้ตรวจสอบและใส่คำอธิบายประกอบโดยอัตโนมัติ) [11]ณ วันที่ 22 กุมภาพันธ์ 2023 [อัปเดต]รุ่น "2023_01" ของ UniProtKB/Swiss-Prot ประกอบด้วยรายการลำดับ 569,213 รายการ (ประกอบด้วยกรดอะมิโน 205,728,242 รายการที่แยกจากการอ้างอิง 291,046 รายการ) และรุ่น "2023_01" ของ UniProtKB/TrEMBL ประกอบด้วยรายการลำดับ 245,871,724 รายการ (ประกอบด้วยกรดอะมิโน 85,739,380,194 รายการ) [12]

UniProtKB/สวิส-โปรต

UniProtKB/Swiss-Prot คือฐานข้อมูลลำดับโปรตีนที่ไม่ซ้ำซ้อนและมีการใส่คำอธิบายประกอบด้วยตนเอง โดยฐานข้อมูลนี้รวบรวมข้อมูลที่สกัดมาจากเอกสารทางวิทยาศาสตร์และ การวิเคราะห์ ด้วยคอมพิวเตอร์ที่ประเมินโดยไบโอคิวเรเตอร์จุดมุ่งหมายของ UniProtKB/Swiss-Prot คือเพื่อให้ข้อมูลที่เกี่ยวข้องทั้งหมดที่ทราบเกี่ยวกับโปรตีนชนิดใดชนิดหนึ่ง โดยจะมีการตรวจสอบคำอธิบายประกอบเป็นประจำเพื่อให้ทันกับผลการวิจัยทางวิทยาศาสตร์ล่าสุด การใส่คำอธิบายประกอบด้วยตนเองนั้นเกี่ยวข้องกับการวิเคราะห์ลำดับโปรตีนและเอกสารทางวิทยาศาสตร์อย่างละเอียด[13]

ลำดับจาก ยีนเดียวกัน และ สปีชีส์เดียวกันจะถูกรวมเข้าในรายการฐานข้อมูลเดียวกัน ความแตกต่างระหว่างลำดับจะถูกระบุและบันทึกสาเหตุของความแตกต่าง (ตัวอย่างเช่นการตัดต่อทางเลือกการแปรผันตามธรรมชาติไซต์เริ่มต้นที่ไม่ถูกต้องขอบเขตของเอ็กซอน ที่ไม่ถูกต้อง การเลื่อนเฟรมความขัดแย้งที่ไม่สามารถระบุได้) เครื่องมือวิเคราะห์ลำดับต่างๆ จะถูกใช้ในการอธิบายรายการ UniProtKB/Swiss-Prot การทำนายด้วยคอมพิวเตอร์จะถูกประเมินด้วยตนเอง และผลลัพธ์ที่เกี่ยวข้องจะถูกเลือกเพื่อรวมไว้ในรายการ การทำนายเหล่านี้รวมถึงการดัดแปลงหลังการแปลโดเมนและโทโพโลยีของเยื่อหุ้มเซลล์ เปปไทด์สัญญาณ การระบุโดเมน และการจำแนกกลุ่มโปรตีน[13] [14]

สิ่งพิมพ์ที่เกี่ยวข้องจะถูกระบุโดยการค้นหาฐานข้อมูล เช่นPubMedอ่านข้อความเต็มของเอกสารแต่ละฉบับ จากนั้นดึงข้อมูลและเพิ่มลงในรายการ คำอธิบายประกอบที่เกิดจากเอกสารทางวิทยาศาสตร์ ได้แก่ แต่ไม่จำกัดเพียง: [10] [13] [14]

รายการที่มีคำอธิบายจะต้องผ่านการตรวจสอบคุณภาพก่อนจะรวมเข้าใน UniProtKB/Swiss-Prot เมื่อมีข้อมูลใหม่เข้ามา รายการต่างๆ จะได้รับการอัพเดต

ยูนิโปรตเคบี/เทร็มเบล

UniProtKB/TrEMBL ประกอบด้วยบันทึกที่วิเคราะห์ด้วยคอมพิวเตอร์คุณภาพสูง ซึ่งเสริมด้วยคำอธิบายประกอบอัตโนมัติ ซึ่งนำมาใช้เพื่อตอบสนองต่อการไหลของข้อมูลที่เพิ่มขึ้นอันเป็นผลมาจากโครงการจีโนม เนื่องจากกระบวนการคำอธิบายประกอบด้วยมือที่ใช้เวลานานและแรงงานของ UniProtKB/Swiss-Prot ไม่สามารถขยายให้ครอบคลุมลำดับโปรตีนที่มีอยู่ทั้งหมดได้[10]การแปลลำดับการเข้ารหัสพร้อมคำอธิบาย ประกอบใน ฐานข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ EMBL-Bank/GenBank/DDBJจะได้รับการประมวลผลและป้อนลงใน UniProtKB/TrEMBL โดยอัตโนมัติ UniProtKB/TrEMBL ยังมีลำดับจากPDB และจากการทำนายยีน รวมถึงEnsembl , RefSeqและCCDS [15]ตั้งแต่วันที่ 22 กรกฎาคม 2021 เป็นต้นไป ยังรวมถึงโครงสร้างที่ทำนายด้วยAlphaFold2ด้วย[16]

ยูนิพาร์ค

UniProt Archive (UniParc) เป็นฐานข้อมูลที่ครอบคลุมและไม่ซ้ำซ้อน ซึ่งประกอบด้วยลำดับโปรตีนทั้งหมดจากฐานข้อมูลลำดับโปรตีนหลักที่เปิดให้สาธารณชนเข้าถึงได้[17]โปรตีนอาจมีอยู่ในฐานข้อมูลต้นทางที่แตกต่างกันหลายฐานข้อมูล และอยู่ในสำเนาหลายชุดในฐานข้อมูลเดียวกัน เพื่อหลีกเลี่ยงความซ้ำซ้อน UniParc จะจัดเก็บลำดับที่ไม่ซ้ำกันแต่ละลำดับเพียงครั้งเดียว ลำดับที่เหมือนกันจะถูกผสานเข้าด้วยกันโดยไม่คำนึงว่าจะมาจากสปีชีส์เดียวกันหรือต่างกัน ลำดับแต่ละลำดับจะได้รับตัวระบุที่เสถียรและไม่ซ้ำกัน (UPI) ทำให้สามารถระบุโปรตีนเดียวกันจากฐานข้อมูลต้นทางที่แตกต่างกันได้ UniParc มีเฉพาะลำดับโปรตีนเท่านั้น โดยไม่มีคำอธิบายประกอบ การอ้างอิงแบบไขว้ของฐานข้อมูลในรายการ UniParc ช่วยให้สามารถเรียกค้นข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับโปรตีนจากฐานข้อมูลต้นทางได้ เมื่อลำดับในฐานข้อมูลต้นทางเปลี่ยนแปลง UniParc จะติดตามการเปลี่ยนแปลงเหล่านี้และเก็บประวัติการเปลี่ยนแปลงทั้งหมดไว้

ฐานข้อมูลแหล่งที่มา

ปัจจุบัน UniParc ประกอบด้วยลำดับโปรตีนจากฐานข้อมูลที่สามารถเข้าถึงได้สาธารณะดังต่อไปนี้:

ยูนิเรฟ

คลัสเตอร์อ้างอิง UniProt (UniRef) ประกอบด้วยฐานข้อมูลสามชุดที่จัดกลุ่มของลำดับโปรตีนจาก UniProtKB และบันทึก UniParc ที่เลือก[20]ฐานข้อมูล UniRef100 จะรวมลำดับที่เหมือนกันและชิ้นส่วนของลำดับ (จากสิ่งมีชีวิต ใดๆ ) เข้าเป็นรายการ UniRef รายการเดียว ลำดับของโปรตีนตัวแทนหมายเลขเข้าถึงของรายการที่ผสานกันทั้งหมด และลิงก์ไปยังบันทึก UniProtKB และ UniParc ที่เกี่ยวข้องจะถูกแสดง ลำดับ UniRef100 จะถูกจัดกลุ่มโดยใช้อัลกอริทึม CD-HIT เพื่อสร้าง UniRef90 และ UniRef50 [20] [21]แต่ละคลัสเตอร์ประกอบด้วยลำดับที่มีความเหมือนกันของลำดับอย่างน้อย 90% หรือ 50% ตามลำดับ โดยเป็นลำดับที่ยาวที่สุด การจัดกลุ่มลำดับช่วยลดขนาดฐานข้อมูลได้อย่างมาก ทำให้สามารถค้นหาลำดับได้เร็วขึ้น

สามารถเข้าถึง UniRef ได้จากไซต์ FTP ของ UniProt

การระดมทุน

UniProt ได้รับทุนจากสถาบันวิจัยจีโนมมนุษย์แห่งชาติสถาบันสุขภาพแห่งชาติ (NIH) คณะกรรมาธิการยุโรปรัฐบาลกลางสวิสผ่านสำนักงานการศึกษาและวิทยาศาสตร์กลางNCI-caBIGและกระทรวงกลาโหมสหรัฐฯ[11]

อ้างอิง

  1. ^ UniProt, Consortium. (มกราคม 2015). "UniProt: ศูนย์กลางข้อมูลโปรตีน". Nucleic Acids Research . 43 (ปัญหาฐานข้อมูล): D204–12. doi :10.1093/nar/gku989. PMC  4384041 . PMID  25348405.
  2. ^ Dayhoff, Margaret O. (1965). Atlas of protein sequence and structure . ซิลเวอร์สปริง, แมริแลนด์: มูลนิธิวิจัยชีวการแพทย์แห่งชาติ
  3. ^ "2002 Release: NHGRI Funds Global Protein Database". National Human Genome Research Institute (NHGRI) . เก็บถาวรจากแหล่งเดิมเมื่อ 24 กันยายน 2015 . สืบค้นเมื่อ 14 เมษายน 2018 .
  4. ^ O'Donovan, C.; Martin, MJ; Gattiker, A.; Gasteiger, E.; Bairoch, A.; Apweiler, R. (2002). "แหล่งข้อมูลความรู้เกี่ยวกับโปรตีนคุณภาพสูง: SWISS-PROT และ TrEMBL" Briefings in Bioinformatics . 3 (3): 275–284. doi : 10.1093/bib/3.3.275 . PMID  12230036
  5. ↑ วู, CH; ใช่ LS; หวาง เอช.; อาร์มินสกี้, ล.; คาสโตร-อัลเวียร์ เจ.; เฉิน ย.; หูซ.; คอร์เทซิส, พี.; เลดลีย์ อาร์เอส; ซูเซค พ.ศ. ; วินายกะ, CR; จางเจ.; บาร์คเกอร์ สุขา (2003) "แหล่งข้อมูลโปรตีน". การวิจัยกรดนิวคลีอิก31 (1): 345–347. ดอย :10.1093/nar/gkg040. พีเอ็มซี165487 . PMID  12520019. 
  6. ^ Boeckmann, B.; Bairoch, A.; Apweiler, R.; Blatter, MC; Estreicher, A.; Gasteiger, E.; Martin, MJ; Michoud, K.; O'Donovan, C.; Phan, I.; Pilbout, S.; Schneider, M. (2003). "ฐานความรู้เกี่ยวกับโปรตีน SWISS-PROT และอาหารเสริม TrEMBL ในปี 2003" Nucleic Acids Research . 31 (1): 365–370. doi :10.1093/nar/gkg095. PMC 165542 . PMID  12520024 
  7. ^ Bairoch, A.; Apweiler, R. (1996). "ธนาคารข้อมูลลำดับโปรตีน SWISS-PROT และอาหารเสริมใหม่ TREMBL" Nucleic Acids Research . 24 (1): 21–25. doi :10.1093/nar/24.1.21. PMC 145613 . PMID  8594581. 
  8. ^ Bairoch, A. (2000). "ความบังเอิญในชีวสารสนเทศศาสตร์ ความทุกข์ยากของนักชีวสารสนเทศชาวสวิสในช่วงเวลาที่น่าตื่นเต้น!" Bioinformatics . 16 (1): 48–64. doi : 10.1093/bioinformatics/16.1.48 . PMID  10812477
  9. ↑ เซเวอรีน อัลไตรัก, "Naissance d'une banque de données: บทสัมภาษณ์ของศาสตราจารย์ อามอส ไบโรช" Protéines à la Uneสิงหาคม 2549 ISSN  1660-9824
  10. ^ abc Apweiler, R.; Bairoch, A.; Wu, CH (2004). "ฐานข้อมูลลำดับโปรตีน". Current Opinion in Chemical Biology . 8 (1): 76–80. doi :10.1016/j.cbpa.2003.12.004. PMID  15036160.
  11. ^ ab Uniprot, C. (2009). "The Universal Protein Resource (UniProt) in 2010". Nucleic Acids Research . 38 (ปัญหาฐานข้อมูล): D142–D148. doi :10.1093/nar/gkp846. PMC 2808944 . PMID  19843607. 
  12. ^ "สถิติ UniProtKB/Swiss-Prot Release 2023_01". web.expasy.org . สืบค้นเมื่อ31 มีนาคม 2023 .
  13. ^ abc "เราจะใส่คำอธิบายรายการ UniProtKB ด้วยตนเองได้อย่างไร" UniProt . 21 กันยายน 2011. เก็บถาวรจากแหล่งเดิมเมื่อ 13 ธันวาคม 2013 . สืบค้นเมื่อ14 เมษายน 2018 .
  14. ↑ อับ แอปไวเลอร์, ร.; ไบโรช, อ.; วู, CH; บาร์คเกอร์ สุขา; บอคมันน์ บ.; เฟอร์โร ส.; กัสไทเกอร์ อี.; หวาง เอช.; โลเปซร.; แม็กราเน, ม.; มาร์ติน เอ็มเจ; นาตาลี ดา; โอโดโนแวน, C.; เรดาสชี น.; ใช่ LS (2004) "UniProt: ฐานความรู้โปรตีนสากล" การวิจัยกรดนิวคลีอิก32 (90001): 115D–1119. ดอย : 10.1093/nar/gkh131 . พีเอ็มซี308865 . PMID14681372  . 
  15. ^ "ลำดับโปรตีน UniProtKB มาจากไหน" UniProt . 21 กันยายน 2011. เก็บถาวรจากแหล่งเดิมเมื่อ 15 ธันวาคม 2013 . สืบค้นเมื่อ14 เมษายน 2018 .
  16. ^ Hassabis, Demis (22 กรกฎาคม 2022). "Putting the power of AlphaFold into the world's hands". Deepmind . เก็บถาวรจากแหล่งเดิมเมื่อ 24 กรกฎาคม 2021. สืบค้นเมื่อ 24 กรกฎาคม 2021 .
  17. ^ Leinonen, R.; Diez, FG; Binns, D.; Fleischmann, W.; Lopez, R.; Apweiler, R. (2004). "UniProt archive". Bioinformatics . 20 (17): 3236–3237. doi : 10.1093/bioinformatics/bth191 . PMID  15044231. Archived (PDF) from the original on มีนาคม 30, 2024.
  18. ^ "มูลนิธิวิจัยโปรตีน".
  19. ^ ftp://ftp.isrec.isb-sib.ch/pub/databases/trome [ ลิงก์เสียถาวร ]
  20. ^ ab Suzek, BE; Huang, H.; McGarvey, P.; Mazumder, R.; Wu, CH (2007). "UniRef: คลัสเตอร์อ้างอิง UniProt ที่ครอบคลุมและไม่ซ้ำซ้อน" Bioinformatics . 23 (10): 1282–1288. doi :10.1093/bioinformatics/btm098. PMID  17379688
  21. ^ Li, W.; Jaroszewski, L.; Godzik, A. (2001). "การจัดกลุ่มลำดับที่มีความคล้ายคลึงกันสูงเพื่อลดขนาดฐานข้อมูลโปรตีนขนาดใหญ่" Bioinformatics . 17 (3): 282–283. doi :10.1093/bioinformatics/17.3.282. PMID  11294794
วิกิเดตามีคุณสมบัติดังนี้:
  • รหัสโปรตีน UniProt (P352) (ดูการใช้งาน )
  • ยูนิโปรต
ดึงข้อมูลจาก "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=ยูนิโปรต&oldid=1240686857"