BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah molekul utama yang mengode

semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap
organisme. DNA tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribusa, basa
nitrogen dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida. Molekul DNA ini
terikat membentuk kromosom, dan ditemukan di nukleus, mitokondria dan
kloroplas (Agus dan Sjafaraenan, 2014).

DNA yang menyusun kromosom ini merupakan nukleotida rangkap yang

terususn helix Ganda (double helix), yang basa nitrogen dan kedua “benang”
polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang tetap melali ikatan
hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan yang lain dihubungkan dengan
ikatan fosfat. DNA terdapat di dalam setiap sek makhluk hidup dan disebut
sebagai “cetak biru kehidupan” karena molekul ini berperan penting sebagai
pembawa informasi hereditas yang menentukan struktur protein dan proses
metabolisme lain (Agus dan Sjafaraenan, 2014).

DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Selain itu, DNA juga
bisa diisolasi. Isolasi DNA adalah suatu teknik dimana hasil akhirnya strand-
strand DNA dapat terpisah dalam bentuk kumpulan strand berwujud benang-
benang putih. Tujuan isolasi DNA adalah mendapatkan ekstrak DNA pada
jaringan atau sel yang diinginkan (Agus dan Sjafaraenan, 2014).

Molekul DNA dalam suatu sel dapat diekstraksi atau diisolasi untuk berbagai
macam keperluan seperti amplifikasi dan analisis DNA melalui elektroforesis.
Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain
seperti protein, lemak, dan karbohidrat. Prisnsip utama dalam isolasi DNA ada
tiga yakni penghancuran (lisis), ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat

1
 seperti selulosa dan protein, serta pemurnian DNA (Corkill dan Rapley, 2008;
Dolphin, 2008). Menurut Surzycki (2000), ada beberapa hal yang perlu
diperhatikan dalam proses isolasi DNA antara lain harus menghasilkan DNA
tanpa adanya kontaminan seperti protein dan RNA; metodenya harus efektif dan
bisa dilakukan untuk semua spesies metode yang dilakukan tidak boleh mengubah
struktur dan fungsi molekul DNA; dan metodenya harus sederhana dan cepat.

1.2 Rumusan Masalah

1. Bagaimana prosedur dan metode dalam isolasi DNA?
2. Bagaiman hasil isolasi DNA pada daun beringin tua dan muda , kulit, hati,
serta usus ayam?

1.3 Tujuan
1. Mengetahui dan memahami prosedur dan metode dalam isolasi DNA
2. Mengetahui hasil isolasi DNA pada daun beringin tua dan muda , kulit, hati,
serta usus ayam
1.4 Manfaat
Mahasiswa dapat mengetahui dan melakukan proses-proses yang berkaitan
langsung untuk melakukan isolasi DNA.

2
 BAB II

KAJIAN PUSTAKA

DNA merupakan persenyawaan kimia yang paling penting pada makhluk

hidup, yang membawa keterangan genetik dari sel khususnya atau dari makhluk dalam
keseluruhannya dari satu generasi ke generasi berikutnya. Molekul DNA terdapat pada
nukleus, mitokondria, plastida dan sentriol. Molekul DNA pada nucleus memiliki
bentuk sebagai benang lurus dan tidak bercabang, sedangkan DNA yang terletak pada
mitokondria dan plastida berbentuk lingkaran (Suryo, 2012 : 59).

Struktur DNA pertama kali dijelaskan oleh James Watson dan Francis Crick.
Mereka memperoleh model DNA dari hasil foto difraksi sinar X yang dibuat oleh
Rosalind Franklin dan Maurice Wilkins. Watson dan Crick menyimpulkan bahwa
struktur DNA merupakan rantai ganda (double helix). Untai ganda tersusun dari dua
rantai polinukelotida yang terpilin. Kedua rantai memiliki susunan antiparalel, yaitu
satu rantai berorientasi dari ujung 5’ ke 3’sedangkan yang lain berorientasi ujung 3’ ke
5’. Ujung 5’ merupakan ujung yang berakhir dengan gugus 5-fosfat dan ujung 3’
berakhir dengan gugus OH. Kedua rantai dihubungkan dengan ikatan hidrogen yang
memghubungkan kedua basa nitrogen (Sadava dkk.2004:218--220).

DNA pada makhluk hidup dapat diisolasi secara sederhana. Pengisolasian DNA
secara sederhana dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran plasma
dan membran inti baik secara mekanik maupun secara kimiawi. Isolasi DNA
merupakan suatu teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA murni, yaitu tanpa
protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan. Pemecahan dinding sel secara mekanik
dapat dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan mortar dan pistil.
Sedangkan secara kimiawi dapat dilakukan dengan pemberian detergen. Penambahan
sabun cair dan garam dapur adalah untuk melisiskan membran inti untuk mengeluarkan
isi inti sel yang berisi DNA.

3
 Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA.
Prinsipnya ada dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi merupakan teknik
untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang
mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul
ringan akan berada pada bagian atas tabung.

Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu
supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Campbell dkk. 2002: 115).
Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen
dari campuran (Alberts dkk. 1994: 254).

Setelah menunggu beberapa saat terjadi presipitasi pada lapisan atas bukan
lapisan bawah, yang menunjukkan bahwa DNA tidak larut dalam etanol tetapi larut
dalam air. Ketika molekul DNA terlarut, mereka tersebar dalam larutan sehingga tidak
terlihat. Ketika molekul tersebut berpindah kedalam larutan yang bukan pelarut meraka
akan berkumpul/ menggumpal sehingga dapat dilihat. Presipitat DNA terlihat seperti
serabut-serabut putih yang terkumpul diatas permukaan larutan karena masa jenis
etanol lebih kecil dari pada masa jenis air. Etanol yang digunakan harus benar-benar
dingin dan berasal dari lemari pendingin, hal ini bertujuan untuk menyempurnakan
presipitasi. Apabila etanol yang digunakan kurang dingin, maka mengakibatkan
pembentukan presipitat kurang sempurna.

DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah master molecul (molekul utama)

yang mengkode semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam
setiap organisme (Jamilah, 2005). DNA ini tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula
deoksiribosa, basa nitrogen dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida (Istanti,
1999). Molekul DNA ini terikat membentuk kromosom, dan ditemukan di nukleus,
mitokondria dan kloroplas. DNA yang menyusun kromosom ini merupakan nukleotida
rangkap yang tersusun heliks ganda (double helix), dimana basa nitrogen dan kedua
”benang” polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui ikatan
hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan nukleotida yang lain dihubungkan
dengan ikatan fosfat. DNA terdapat di dalam setiap sel makhluk hidup dan disebut

4
sebagai ”cetak biru kehidupan” karena molekul ini berperan penting sebagai pembawa
informasi hereditas yang menentukan struktur protein dan proses metabolisme lain
(Jamilah, 2005).

DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Selain itu DNA juga bisa
diisolasi. Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa isolasi DNA dapat
dilakukan melauli tahapan-tahapan antara lain: preparasi esktrak sel, pemurnian DNA
dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan
berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan
hasil yang berbeda, hal ini karena adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam
konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA
dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air yang pada masing-masing buah
berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda pula. Buah dengan kadar air tinggi akan
menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan dengan buah berkadar air rendah.
Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit,
sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit. Proses isolasi DNA diawali
dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan untuk memisahkan DNA dengan
partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini harus dilakukan dengan hati-hati,
sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada DNA. Untuk mengeluarkan DNA dari
sel, dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran
inti baik dengan cara mekanik maupun secara kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan
dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan
secara kimiawi dapat dengan pemberian yang dapat merusak membran sel dan
membran inti, salah satunya adalah deterjen.

Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena deterjen dapat
menyebabkan rusaknya mebran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi
hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa
”lipid protein-deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein
dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen,
sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia (Machmud, 2006).

5
 BAB III

METODE PENELITIAN

3.1 Waktu dan Tempat Pelaksanaan

Waktu pelaksanaan : 9 November 2018
Tempat pelaksanaan : Laboratorium struktur dan perkembangan
3.2 Alat dan Bahan

1. Mortal dan alu

2. Tabung reaksi dan rak
3. Kertas saring
4. Gelas beker
5. Gelas ukur
6. Pipet tetes
7. Spatula
8. Air mineral
9. Air kran
10. Daun beringin tua
11. Daun beringin muda
12. Kulit ayam
13. Hati ayam
14. Garam
15. gula
16. Deterjen
17. Sabun pencuci piring
18. Sabun cair
19. Alcohol

6
3.3 Cara Kerja

1. Sampel sebanyak 100 gram (usus, kulit, hati) dan 25 gram (beringin muda,
beringin tua) dimasukkan kedalam mortal steril , ditambahkan buffer fisiologis
sebanyak 5 ml dan digerus
2. Homogenate selanjutnya disaring dengan kertas saring dan filtrat dimasukkan
kedalam tabung sentrifus steril
3. Filtrat selanjutnya disuspensikan dengan 5 ml SDS 20% dan 5 ml NaCL 5M
dan divorteks sampai homogen
4. Suspensi tersebut selanjutnya disentifugasi untuk memisahkan komponen
selular dengan debris sel
5. Supernatant dipindah ke ddalam tabung sentrifus baru
6. Etanol 96% dingin ditambahkan ke dalam tabung sentrifus berisi supernatant
secara perlahan lahan melalui dinding tabung
7. Amati pembentukan benang benang berwarna transparan atau putih pada
permukaan suspense

7
 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Hasil
Table 1. Isolasi DNA dari berbagai bahan

Waktu Kecepatan Bentuk Warna Jumlah

No. Sampel vortex Vortex benang benang benang
(menit) (rpm) DNA DNA DNA
1. 2 benang
pendek +
Lurus
Kulit ayam 30 2500 Transparan potongan
pendek
benang kecil-
kecil
2. Lurus 5 benang
Usus ayam 30 2500 Transparan
pendek tidak utuh
3. Lurus 7 benang
Hati ayam 30 2500 Transparan
pendek tidak utuh
4. Daun
tumbuhan Lurus 3 benang
30 2500 Transparan
beringin pendek utuh
tua
5. Daun 1 benang
tumbuhan Lurus utuh dan 1
30 2500 Transparan
beringin pendek benang tidak
muda utuh

4.2 Analisis Percobaan

Dari tabel hasil pengamatan di atas, maka dapat dianilis dari beberapa
bahan uji untuk isolasi DNA. Sampel kulit ayam setelah divortex selama 30 menit
dengan kecepatan 2500 Rpm terbentuk 2 benang DNA lurus pendek, berwarna
transparan dan potongan benang kecil-kecil. Sampel usus ayam setelah divortex
selama 30 menit dengan kecepatan 2500 rpm terbentuk benang DNA lurus pendek
dengan jumlah 5 dan tidak utuh. Sampel hati ayam setelah divortex selama 30
menit dengan kecepatan 2500 rpm terbentuk benang DNA lurus pendek berwarna
transparan dengan jumlah 7 dan tidak utuh. Sampel daun tumbuhan beringin tua
setelah divortex selama 30 menit dengan kecepatan 2500 rpm terbentuk benang

8
 DNA lurus pendek berwarna transparan dengan jumlah 3 dan utuh. Sampel daun
tumbuhan beringin muda setelah divortex selama 30 menit dengan kecepatan 2500
rpm terbentuk benang DNA lurus pendek berwarna transparan dengan jumlah 3
dan utuh.

4.3 Pembahasan
Prinsip isolasi DNA ada tiga yaitu ekstraksi, purifikasi dan
presipitasi. Pada praktikum kali ini yang pertama-tama dilakukan ialah
menghancurkan sampel sel tanaman dan organ hewan dengan cara mekanik untuk
melisiskan/ merusak dinding sel. Kemudian sampel yang telah halus dan telah
disaring ditambahkan dengan larutan detergen. Penambahan larutan
detergen berfungsi untuk melisis dinding sel tumbuhan yang terdapat dalam
larutan sampel. Ini disebabkan karena sifat dari detergen sama dengan sifat
dinding sel yang hidrofobik, sehingga terjadi ikatan diantara keduanya dan
menyebabkan dinding sel lisis.

Pada tahap ekstraksi juga dilakukan penambahan garam

dapur. Pengisolasian DNA menggunakan garam dapur dengan tujuan untuk
memekatkan DNA. Hal ini dapat terjadi karena ion Na+ yang dikandung oleh
garam mampu membentuk ikatan dengan kutub negative pada ikatan fosfat DNA.
Saat ion Na+ garam berikatan dengan fosfat, pada saat itulah DNA akan
berkumpul.

Tahap purifikasi dilakukan dengan proses sentrifugasi selama 30 menit

dengan kecepatan 3000 rpm untuk memisahkan senyawa kontaminan seperti
debris sel, lemak, protein, dan RNA dari DNA. Setelah disentrifugasi terbentuk
3 fase, yakni fase atas yang terdapat DNA di dalamnya, lalu ada fase tengah
berupa gumpalan protein, dan fase bawah berupa debris sel.

Molekul DNA yang telah diisolasi tersebut kemudian dimurnikan dengan

etanol 96% dingin pada tahap presipitasi etanol 96 % dingin berfungsi
membantu proses pengendapan terhadap organel-organel yang sudah keluar dari

9
sel atau memisahkan bagian-bagian yang terurai tersebut berdasarkan berat
molekul. Ethanol berperan dalam pengumpulan dan penggumpalan DNA karena
sifatnya yang dingin.

Melalui ketiga tahap tersebut, diperoleh jumlah dan karakter yang

berbeda-beda pada tiap sampel uji. Pada sampel kulit ayam didapatkan jumlah
benang DNA sejumlah dua utuh, berukuran pendek, dan berwarna transparan.
Pada sampel usus ayam didapatkan jumlah benang DNA sejumlah dua , namun
tidak utuh, berukuran pendek, dan berwarna transparan. Pada sampel hati ayam
didapatkan jumlah benang DNA sejumlah 7, namun tidak utuh, berkuruan pendek
dan berwarna transparan. Pada sampel daun tanaman beringin muda didapatkan
3 benang DNA utuh, berukuran pendek, dan berwarna transparan. Pada sampel
daun beringin tua didapatkan 1 benang DNA utuh dan 1 tidak utuh, berukuran
pendek, dan berwarna transparan.

Hasil yang didapatkan berupa benang DNA yang utuh dan tidak utuh.
Benang DNA yang utuh adalah benang DNA double helix yang tidak terpotong
akibat penggerusan sel pada tahap ekstraksi, sedangkan yang tidak utuh berupa
double helix namun tepotong menjadi benang yang lebih pendek karena
kerusakan mekanik akibat penggerusan yang terlalu kuat sehingga didapat
benang DNA yang tidak utuh.

Jumlah benang DNA yang diperoleh dari sel hewan dan tumbuhan
adalah berbeda. Pada sel hewan rata-rata didapatkan benang DNA yang lebih
banyak daripada sel tumbuhan. Hal tersebut dikarenakan sel tumbuhan memiliki
dinding sel yang relative sulit untuk dihancurkan dan pada praktikum ini tidak
dibedakan perlakuan anatara sel tumbuhan dan sel hewan pada tahap-tahap isolasi
DNA. Struktur dinding sel semakin sulit dihancurkan seiring bertambahnya umur
tumbuhan. Dibuktikan dengan adanya tabel hasil pengamatan isolasi DNA pada
sel tumbuhan beringin tua dan beringin muda diperoleh hasil benang DNA yang
lebih banyak pada beringin muda. Hal tersebut karena sulitnya memisahkan

10
debris sel dengan DNA karena dinding sel pada organ daun tanaman yang tua
lebih tebal.

11
 BAB V

SIMPULAN

Dari hasil praktikum yang telah dilaksanakan dapat disimpulkan bahwa:

1. Metode isolasi DNA ada tiga mecakup tigas tahapan utama yaitu, ekstraksi,
purifikasi dan presipitasi.
2. Melalui ketiga tahap tersebut, diperoleh jumlah DNA yang berbeda- berbeda
pada tiap sampel uji. Yakni pada Pada sampel kulit ayam didapatkan jumlah
benang DNA sejumlah dua utuh. Pada sampel usus ayam didapatkan jumlah
benang DNA sejumlah lima , namun tidak utuh. Pada sampel hati ayam
didapatkan jumlah benang DNA sejumlah 7, namun tidak utuh. Pada sampel
daun tanaman beringin muda didapatkan 3 benang DNA utuh Pada sampel daun
beringin tua didapatkan 1 benang DNA utuh dan 1 tidak utuh. Kelima bahan uji
tersebut memiliki bentuk DNA yang pendek dan berwarna transparan

12
 DAFTAR PUSTAKA

Arrizandy, A. 2013. Laporan Isolasi DNA. Laporan isolasi DNA pada buah
https://www.academia.edu/9225773/Laporan_Isolasi_DNA_Buah

Wibawa, A. 2014. Laporan Isolasi DNA. Laporan isolasi DNA Tanaman dan
Elektroforesis DNA. https://www.academia.edu/6610678/Laporan_isolasi_DNA

Mafiana, B. 2013. Laporan Isolasi DNA.

http://www.academia.edu/19608268/TUGAS_MATA_KULIAH_BIOLOGI_JURNA
L_ISOLASI_DNA

Hotimah, H. 2017. KERAGAMAN SECARA MOLEKULER BAKTERI ASAM LAKTAT

PADA ILEUM DAN SEKUM AYAM BROILER YANG DIBERI PERLAKUAN PAKAN
HASIL FERMENTASI Chrysonilia.
https://ejournal3.undip.ac.id/index.php/biologi/article/viewFile/19600/18591. Vol 6
no 4

13
 LAMPIRAN

No. Gambar Keterangan

Hasil isolasi DNA pada usus

1.
ayam

Hasil isolasi DNA pada kulit

2.
ayam

Hasil isolasi DNA pada hati

3.
ayam

14
No. Gambar Keterangan

Hasil isolasi DNA pada daun

4.
beringin tua

Hasil isolasi DNA pada daun

5.
beringin muda

Sampel yang telah dihaluskan dan

6.
telah ditambahkan detergen

15
No. Gambar Keterangan

7. Filtrasi sampel

8. Filtrate sampel

16