ISOLASI DAN ANALISIS DNA MUKOSA (FINGERPRINT)

ANGGRAINI PUTRI UTAMI

P051190061

PROGRAM STUDI BIOTEKNOLOGI

SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2019
 1

PENDAHULUAN

Latar Belakang

DNA merupakan molekul seluler yang paling sulit dianalisis, karena

strukturnya yang panjang dan secara kimiawi monoton.Sebagai materi genetik
suatu organisme, nukleotida hanya dapat dianalisis secaratidak langsung melalui
analisis urutan protein dan RNA melalui analsis genetik.Kini menjadi hal yang
mungkin untuk mengisolasi suatu region spesifik dari suatugenome, yaitu total
informasi genetik yang dimiliki oleh suatu organisme; danuntuk memproduksi
jumlah kopi yang tidak terbatas dari region tersebut, atauuntuk mendeterminasi
urutan nukleotida dari region tersebut hanya dalamsemalam, dengan kecepatan
pembacaan 1000 nukleotida per detik.
Berbagai teknologi analisis DNA diawali dengan tahapan utama yaitu
isolasi DNA (Fatchiyah, 2011). Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk
memisahkan DNA dari bahan lain seperti protein, lemak, dan karbohidrat. Prinsip
utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis), ektraksi atau
pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta pemurnian
DNA (Donata, 2007).
Pemeriksaan DNA yang dikenal sebagai DNA profiling atau DNA
fingerprinting yaitu pemeriksaan pada sampel jaringan atau cairan tubuh untuk
mengidentifikasi individu, telah terbukti sebagai metode yang baik dan sangat tajam
dalam membedakan individu karena dapat mengidentifikasi karakter dari satu atau
lebih fitur unik pada genom individu.1 Selama dua setengah dekade terakhir
penggunaan DNA telah berkembang pesat dalam penyidikan. Kini sekitar 200
laboratorium forensik mampu mengerjakan ratusan ribu tes DNA per tahun di
Amerika Utara. Selain itu, mayoritas negara Eropa, Amerika Selatan, Asia, serta
Australia, Selandia Baru, dan beberapa negara di Afrika, telah memiliki program
DNA forensik. Jumlah laboratorium di seluruh dunia yang dapat melakukan tes
DNA akan terus bertambah seiring pengakuan komunitas hukum terhadap teknik
pemeriksaan DNA (Dea dkk, 2017).
Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan teknik sintesis dan amplifikasi
DNA secara in vitro. Adapun komponen PCR terdiri dari dNTPs, DNA template,
oligonukleotida primer, DNA polimerase, serta buffer PCR (Watson et al., 2004).
Tahapan utama dalam reaksi PCR yaitu denaturasi, annealing, dan elongasi
(Weaver, 2001). Perkembangan terkini dari penggunaan marka SSR ini adalah
pembacaan ukuran alel SSR secara semi-otomatik menggunakan primer berlabel
fluoresens menggunakan alat genetic analyzer (Jain et al., 2004).
Estimasi keragaman genetik dengan menggunakan marka morfologi banyak
digunakan dikarenakan praktis, cepat, dan mudah, pengamatan dilakukan dengan
cara visual dan bersifat kuantitatif. Marka molekular adalah pelengkap yang
bermanfaat bagi karakter morfologi dan fenologi karena tidak dipengaruhi oleh
lingkungan (Solmaz et al., 2010). Marka mikrosatelit atau Simpel sequence repeats
(SSR) banyak digunakan dalam pembelajaran taksonomi dan keragaman (Jatoi et
al., 2006) karena marker ini dapat mengidentifikasi alel dengan reabilitas tinggi dan
reproduktifitas (Guiterrez et al., 2005) dan telah terbukti sebagai salah satu marker
yang paling tepat untuk keragaman genetik (Lee et al., 2007). Primer yang
 2

digunakan pada praktikum ini adalah S1D80. Primer ini sebagai situs untuk melihat
panjang ny situs tersebut pada DNA mukosa yang kita isolasi. Lokus D1S80
merupakan suatu lokus Variable Number of Tandem Repeats (VNTR) yang terletak
pada kromosom 1 dan terdiri atas urutanurutan DNA dengan ulangan (repeat) dan
panjang yang bervariasi untuk setiap orang.
Pada praktikum kali ini DNA fingerprint yang diisolasi berasal dari sel epitel
mukosa setiap perwakilan kelompok. Sel epitel mukosa termasuk dari DNA
autosom. DNA autosom yaitu dimana terjadinya pewarisan sifat dari kedua orang
tua, ayah dan ibu ke anak turunannya adalah akibat terjadinya peleburan kromosom
dari sel sperma dan sel telur. Masing- masing sel kelamin memiliki 22 autosom dan
satu gonosom yaitu X atau Y. Peleburan dua set sel kelamin sekaligus menyatukan
kromosom pada sel sperma dan sel telur. Sel telur yang telah dibuahi, bakal calon
anak atau zigot, mengandung dua set gen dalam kromosom dengan demikian untuk
setiap pasangan kromosom yang bersesuaian, kita mewarisi satu kromosom dari
ayah dan satu kromosom dari ibu.

Tujuan

Tujuan dari praktikum ini adalah untuk melakukan isolasi DNA manusia yang
diambil dari sel epetil mukosa dan melakukan analisis sidik jari DNA berbasis
penanda molekuler locus D1S80 dengan menggunakan PCR.

METODE

Waktu dan Tempat

Praktikum ini dilaksanakan pada tanggal 7 sampai 21 November 2019. Praktikum

ini berlokasi di laboratorium Biorin lantai IV gedung Pendidikan Antar Universitas,
Jurusan Bioteknolgi Fakultas Mutltidisiplin Institut Pertanian Bogor

Alat

Alat-alat yang digunakan dalam praktikum ini adalah tabung mikro steril 1.5
mL, pipet mikro (100 µL, 200 µL, dan 1000 µL), MaxiMix®II vortex mixer
(Thermo Scientific, Jerman), microlitre centrifuges Z 216 MK (HERMLE
Labortechnik GmbH, Jerman), perangkat elektroforesis Mupid®exU (Eurogentec,
Belgia), spin down, inkubator, Gel-doc system, cawan petri, spektrofotometer,
incubator shaker, heat block, dan AB 2720 Thermal Cycler (Applied Biosystems,
USA) dan PCR (Polymerase Chain Reaction).

Bahan

Bahan-bahan yang digunakan untuk adalah air mineral, kantung plastik klip,
buffer lisis, buffer KAC, Isopropanol, Etanol 70%, ddH2O steril, master mix PCR,
primer D1S80-F dan D1S80-R, serbuk agarosa, λ DNA konsentrasi 100 ng µL-1,
Marker 100 bp, loading dye, 1× buffer TAE, Ethidium Bromida (EtBr).
 3

Prosedur

Isolasi DNA Mukosa

Masing-masing probandus diberikan air minum untuk berkumur, dan air hasil
kumur disimpan dialam kantung plastik klip, lalu air tersebut diambil sebanyak 1.5
mL. Sampel disentrifugasi 5000 rpm selama 3 menit dan supernatan hasil
sentrifugasi dibuang. Hal tersebut dilakukan sebanyak 3 kali. Pelet yang didapat,
ditambahkan dengan buffer lisis sebanyak 500 µL lalu diresuspensi dan
ditambahkan 8M kalium asetat sebanyak 100 µL. Sampel dibolak-balik lalu
disimpan di es selama 5 menit. Selanjutnya, sampel di sentrifugasi 10000 rpm pada
suhu 20 ºC selama 15 menit. Supernatan diambil sebanyak 400 µL dan ditambahkan
dengan isopropanol sebanyak 360 µL, lalu dibolak-balik dan disimpan dalam
freezer selama 1 malam.
Selanjutnya, sampel disentrifugasi 10000 rpm pada suhu 4 ºC selama 20
menit. Supernatan dibuang dan pelet hasil sentrifugasi ditambahkan dengan etanol
70% sebanyak 500 µL, lalu disentrifugasi kembali 10000 rpm pada suhu 4 ºC
selama 5 menit. Supernatan dibuang dan pelet dikeringkan dengan mesin vakum
selama 20-25 menit. Pelet ditambahkan dengan ddH2O sebanyak 15-20 µL dan
diresuspensi.

Uji Kualitas DNA Mukosa dengan Elektroforesis Gel Agarosa 1%

Metode elektroforesis digunakan untuk mengetahui kuantitas DNA mukosa .
Sampel DNA hasil isolasi dielektroforesis. Gel agarose yang dibuat dengan
konsentrasi 1% (b/v). Pada praktikum ini digunakan 2 marker yang berukuran 1kb
dengan konsentrasi masing masing 1 µl dan 3 µl. Sebanyak 0.35 gram agarosa
dilarutkan dalam bufer TAE 1× sebanyak 35 mL. Lalu dihomogenisasi dengan
microwave selama 1-2 menit. Kemudian dituang ke dalam cetakan dan gel
dibiarkan mengeras. Setelah gel mengeras dimasukkan ke dalam tangki
elektroforesis berisi bufer TAE 1×. Sebanyak 5 µL sampel DNA genom yang telah
dicampur dengan 1 µL loading dye dimasukkan ke dalam sumur gel agarosa. Lalu
mesin dijalankan selama 28 menit dengan tegangan 100 volt. Hasil elektroforesis
berupa gel agarose direndam dengan pewarna DNA berupa larutan EtBr (Etidhium
Bromida) selama 10 – 20 menit dan hasil divisualisasikan menggunakan Gel
Documentation. Pita DNA yang tergambar menjadi indikasi berhasil atau tidaknya
proses isolasi dna Cendawan.

Uji Kuantitas DNA dengan Spektrofotometer Uv-Vis

Metode spektrofotomettri digunakan untuk mengukur kuantitas DNA mukosa
yang telah berhasil diisolasi. Pada uji spektrofotometri ini dilakukan dengan dua
panjang gelombang yaitu λ 260 n
m dan λ 280 nm. Larutan blanko yang digunakan berupa aquades sebanyak
700 µl dan sampel DNA yang digunakan sebanyak 3 µl yang ditambahkan dengan
pelarut ddH2O sebanyak 697 µl. Setelah itu akan didapatkan angka absorbansi
masing masing sampel yang kemudia dimasukan dalam rumus perhitungan
kemurnian dan konsentrasi DNA dibawah ini :
 4

Kemurnian DNA : Absorbansi DNA λ 260

Absorbansi DNA λ 280

Jumlah Volume Total

Konsentrasi DNA : ×50× Absorbansi λ 260
3

Analisis Sidik Jari (Fingerprint) dengan Primer D1S80

DNA hasil isolasi kemudian diamplifikasi menggunakan teknik PCR dengan
primer yang digunakan ada adalah D1S80. Amplifikasi DNA direaksikan dalam
volume 10 μL yang terdiri atas 3.5 µL ddH2O steril, 5 µL master mix, primer SSR
D1S80 forward dan reverse masing masing 0.25 μL, serta 1 µL DNA cetakan.
Tahapan reaksi PCR dilakukan dengan denaturasi awal pada suhu 95 ºC selama 5
menit, dilanjutkan dengan 35 kali siklus denaturasi pada suhu 9 ºC selama 1 menit,
annealing (penempelan primer) pada suhu 63 ºC selama 1 menit, dan ekstension
pada suhu 72 ºC selama 1 menit. Selanjutnya ekstension akhir pada suhu 72 ºC
selama 5 menit dan pendinginan pada suhu 25 ºC selama 10 menit. Hasil amplifikasi
dielekroforesis menggunakan gel agarosa 2 % dengan tegangan 50 volt selama 45
menit.

HASIL DAN PEMBAHASAN

Pada praktikum isolasi DNA mukosa, yang diisolasi adalah sel epitel.
Pemecahan sel (lisis) merupakan tahapan dari awal isolasi DNA yang bertujuan
untuk mengeluarkan isi sel. Isolasi DNA tanaman ini digunakan daun yang masih
muda hal ini dikarenakan dipucuk daun dapat menekan senyawa polifenol dan
polisakarida sehingga dapat memperbesar kemungkinan keberhasilan untuk
melakukan isolasi DNA yang diinginkan. Tulang daun tidak ikut ditumbuk karena
DNA tanaman tidak ada pada tulang daun, melainkan pada jaringan klorofil daun.
Tahap penghancuran sel atau jaringan memiliki beberapa cara yakni dengan cara
fisik seperti menggerus sampel dengan menggunakan mortar dan pestle dalam
nitrogen cair atau dengan menggunakan metode freezing-thawing dan iradiasi.
Tahap ekstrasi bertujuan untuk memisahkan asam nukleat dari komponen penyusun
sel lainnya.
Pada praktikum ini dilakukan isolasi DNA genom pada mukosa mulut,
prinsipnya adalah jaringan mukosa dihancurkan sehingga membentuk sel, dan sel
dipecah sehingga dibebaskan DNAnya.Sel-sel epitel mukosa mulut terdiri dari
empat lapisan berturut-turut dari yang palingdalam ke permukaan yaitu lapisan
germinativum/basalis, lapisan spinosum, lapisangranulosum dan lapisan corneum.
Stratum basalis terdiri dari selapis sel berbentuk kubusyang berbatasan
dengan lamina propia dan mengandung sel-sel induk yang secara
kontinyubermitosis dan anak selnya dikirimkan ke lapisan yang lebih superfisial.
Stratum spinosumterdiri dari beberapa lapis sel berbentuk bulat atau oval dan
mempunyai karakteristik sel yangmulai matang. Stratum granulosum terdiri dari
beberapa lapis sel yang lebih gepeng dan lebihmatang dari stratum spinosum dan
mengandung banyak granula keratohyalin yangmerupakan bakal sel keratin.
 5

Isolasi DNA dilakukan dengan cara mengambil DNA dari kromosom sel
tubuh (autosom) yang mengandung area STR (short tandem repeats), suatu area ini
tidak memberi kode untuk melakukan sesuatu. STR inilah yang bersifat unik karena
berbeda pada setiap orang. Perbedaannya terletak pada urutan pasang basa yang
dihasilkan dan urutan pengulangan STR. Pola STR ini diwariskan dari orang tua
Pemecahan sel atau lisis sel menggunakan buffer lilis. Buffer lisis adalah
solusi buffer yang digunakan untuk tujuan memecahkan sel terbuka untuk
digunakan dalam eksperimen biologi molekuler yang menganalisis makromolekul
labil sel (misalnya western blot untuk protein, atau untuk ekstraksi DNA).
Kebanyakan buffer lisis mengandung garam penyangga (misalnya Tris-HCl) dan
garam ionik (misalnya NaCl) untuk mengatur pH dan osmolaritas lisat. Buffer lisis
biasanya ditambahkan dengan detergen yang berguna untuk memecah struktur
membrane. Jenis detergen yang digunakan pada praktikum kali ini adalah sodium
dodecyl sulphate (SDS). SDS ini berperan dalam melisiskan membran sel dan juga
dapat berperan dalam mengurangi aktivitas enzim nuklease yang merupakan enzim
pendegradasi (Surzycki, 2000).
Penambahan bahan selanjutnya yaitu buffer KAC yang berfungsi sebagai
presipitasi protein Setelah proses ekstraksi, DNA yang didapat dapat dipekatkan
melalui presipitasi. Pada umumnya digunakan etanol atau isopropanol dalam
tahapan presipitasi. Pada praktikum kali ini menggunakan isopropanol, senyawa ini
akan mempresipitasi DNA pada fase aquoeus sehingga DNA menggumpal
membentuk struktur fiber dan terbentuk pellet setelah dilakukan sentrifugasi.
Presipitasi juga berfungsi untuk menghilangkan residu-residu kloroform yang
berasal dari tahapan ekstraksi.
Prinsip-prinsip presipitasi antara lain yaitu yang pertama, menurunkan
kelarutan asam nukleat dalam air. Hal ini dikarenakan molekul air yang polar
mengelilingi molekul DNA di larutan aquoeus. Muatan dipole positif dari air
berinteraksi dengan muatan negatif pada gugus fosfodiester DNA. Interaksi ini
meningkatkan kelarutan DNA dalam air. Isopropanol dapat bercampur dengan air,
namun kurang polar dibandingkan air. Kedua, molekul isopropanol tidak dapat
berinteraksi dengan gugus polar dari asam nukleat sehingga isopropanol adalah
pelarut yang lemah bagi asam nukleat, penambahan isopropanol akan
menghilangkan molekul air dalam larutan DNA sehingga DNA akan terpresipitasi
dan ketiga yaitu penggunaan isopropanol dingin akan menurunkan aktivitas
molekul air sehingga memudahkan presipitasi DNA (Surzycki, 2000).
Pada perlakuan sentrifugasi, hasil menunjukkan dua macam fraksi yang
terpisah, yaitusupernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Campbell
dkk. 2002). Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan
suatukomponen dari campuran. Tahap akhir dari isolasi DNA adalah pemurnian
DNA, pada praktikum kali ini larutan yang digunakan untuk pemurnian adalah
ETOH 70%. Garam-garam yang terlibat dalam proses ekstraksi bersifat kurang
larut dalam isopropanol sehingga dapat terpresipitasi bersama DNA, oleh sebab itu
dibutuhkan presipitasi kembali dengan etanol setelah presipitasi dengan
isopropanol untuk menghilangkan residu garam. ETOH 70% untuk membersihkan
sisa-sisa larutan yang digunakan untuk mengendapkan DNA sebelumnya sehingga
dapat diperoleh DNA yang murni dengan cara mengeluarkan endapan garam karena
Na+ bermuatan positif dan DNA bermuatan negatif (Lewiston, 2002). Penambahan
 6

ddH2O yang ditambahkan berfungsi agar endapan DNA yang dihasilkan didapat
dengan konsentrasi yang cukup tinggi.
Pada praktikum ini uji kualitatif dianalisis dengan metode elektroforesis.
Elektroforesis adalah suatu teknik pemisahan molekul DNA berdasarkan ukuran
dan konformasinya dengan bantuan arus listrik. Prinsip kerja dari elektroforesis
adalah molekul DNA pada pH netral akan bermuatan negatif sehingga jika
diletakkan pada medan listrik akan bergerak ke kutub positif. Molekul DNA yang
dipisahkan diletakkan pada suatu matriks berpori yang menyebabkan migrasi DNA
akan ditentukan oleh ukuran dan topografi DNA. Matriks yang digunakan pada
praktikum ini adalah gel agarose. Marker merupakan segmen DNA spesifik yang
telah diketahui ukurannya yang berfungsi untuk mengetahui ukuran DNA hasil
amplifikasi. Marker yang digunakan praktikum ini adalah marker lambda 1 ng/ µL
dan 3 ng/ µL. Penggunaan ETBR pada praktikum ini sebagai pewarna yang
menyisip pada pasang basa yang akan menunjukkan fragmen- fragmen dengan
ukuran berbeda. Loading dye sebagai penanda jalannya elektroforesis, dan buffer
TAX sebagai penyeimbang pH.

M1 M2 1 2 3 4 5 6 7 8

Gambar 1. Uji kualitatif elektroforesis DNA mukosa

DNA fingerprint yang diisolasi dari sel epitel mukosa pada praktikum
analisis kualitas DNA genom tanaman dianalisis secara kualitatif dengan metode
elektroforesis, setelah itu divisualisasikan dengan geldoc. Berdasarkan hasil
elektroforesis DNA genom tanaman, pada kelompok 3 yaitu dilihat pada (Gambar
1), terlihat adanya pita DNA walaupun tidak terlalu jelas karena disbebakan masih
adanya pengotor. Pengotor ini dapat disebabkan kemungkinan pada saat pemurnian
DNA yang dilakukang kurang murni . Marker yang digunakan praktikum ini adalah
marker lambda 1 ng/ µL dan 3 ng/ µL.
 7

Tabel 1 Uji kuantitatif DNA mukosa

Panjang Gelombang Konsentrasi
Sampel Kemurnian
λ 260 λ 280 DNA (ng/µL)
1 0.014 0.021 0.67 163.33
2 0.031 0.028 1.107 361.67
3 0.043 0.042 1.023 702.33
4 0.038 0.036 1.055 443.33
5 0.131 0.107 1.224 1528.33
6 0.050 0.045 1.111 583.33
7 0.086 0.076 1.131 1003.33
8 0.035 0.030 1.167 408.33
Keterangan :
λ 260 0.043
Kemurnian : = =1.023
λ 280 0.042

700 700
Konsentrasi DNA : ×50 × λ 260 = ×50 × 0.043
3 3
= 702.33 ng/ µL

Analisis kuantitatif DNA epitel mukosa menggunakan metode

spektrofotometri. Spektrofotometri adalah metode pengukuran yang berdasarkan
absorbansi cahaya pada panjang gelombang tertentu melalui suatu larutan
mengandung kontaminan yang akan ditentukan konsentrasinya. Prinsip kerja dari
metode spektrofotometri adalah jumlah cahaya yang di absorbansi oleh larutan
sebanding dengan konsentrasi kontaminan dalam larutan. Alat yang digunakan
untuk metode spektrofotometri adalah spektrofotometer. Spektrofotometer
merupakan alat untuk mengukur absorbansi dengan cara melewatkan cahaya
dengan panjang gelombang tertentuk pada kuvet.
Pada praktikum ini untuk mengetahui kuantitas dari DNA epitel mukosa
yang diisolasi , maka dilakukan pengukuran dengan metode spektrofotometri.
Panjang gelombang yang digunakan pada spektrofotometer di praktikum ini adalah
260 nm dan 280 nm. Air digunakan sebagai larutan kontrol. Hasil spektrofotometri
yang didapatkan pada kelompok 3, dapat dilihat pada (Tabel 1) absorbansi yang
didapatkan pada DNA genom Tanaman yaitu pada panjang gelombang 260 nm
sebesar 0.043 dan pada panjang gelombang 280 nm yaitu 0.042. Setelah
mendapatkan absorbansi maka dihitung kemurniannya dan didapatkan 1.023 dan
konsentrasi DNA genom tanaman yang didapat pada kelompok 3 adalah 702.33
ng/µL. Secara kuantitas hasil isolasi DNA genom tanaman pada kelompok 3
menunjukkan tingkat kemurnian yang tidak terlalu baik. Nilai kemurnian DNA
yang baik ada pada kisaran 1.8 -2.00. Nilai kemurniaan yang kecil bisa disebabkan
oleh adanya kontaminan oleh mikroorganisme lain atau jumlah sampel yang
digunakan sedikit sehingga menyebabkan nilai kemurnian kecil.
DNA mukosa yang telah diiuji kualitatif dan kuantitatif, kemudian
dilanjutkan dengan proses PCR (Polymerase Chain Reaction). Polymerase chain
reaction (PCR) digunakan untuk membuat jutaan kopi DNA dari sampel biologis.
Amplifikasi DNA dengan menggunakan PCR menyebabkan analisis DNA pada
 8

sampel biologis hanya membutuhkan sedikit sampel dan dapat diperoleh dari
sampel yang halus seperti rambut. Kemampuan PCR untuk mengamplifikasi
sejumlah kecil DNA memungkinkan untuk menganalisa sampel yang sudah
terdegradasi sekalipun. Namun, tetap saja harus dicegah kontaminasi dengan materi
biologis yang lain selama melakukan identifikasi, koleksi dan menyiapkan
sampelnya.
Tes DNA dilakukan dengan cara mengambil DNA dari kromosom sel tubuh
(autosom) yang mengandung area STR (short tandem repeats), suatu area ini tidak
memberi kode untuk melakukan sesuatu. STR inilah yang bersifat unik karena
berbeda pada setiap orang. Perbedaannya terletak pada urutan pasang basa yang
dihasilkan dan urutan pengulangan STR. Pola STR ini diwariskan dari orang tua
Primer yang digunakan pada praktikum adalah D1S80. Secara global, lokus
D1S80 sudah digunakan secara luas untuk studi populasi di seluruh dunia. Lokus
ini juga dilaporkan mempunyai polimorfisme yang tinggi dan jumlah alel yang
ditemukan di berbagai populasi cukup besar. Berdasarkan analisis terhadap sampel
dari 33 populasi yang berasal dari berbagai regio dunia yang berbeda, disimpulkan
bahwa hanya dengan menggunakan lokus D1S80, dapat dibedakan beberapa grup
etnis dan grup populasi geografis yang berbeda.

M 1 2 3 4 5 6 7 8

Gambar 2. Hasil elektroforesis PCR DNA mukosa

Hasil visualisai amplifikasi PCR dengan menngunakan primer D1S80,
dilihat pada setiap kelompok hasilnya berbeda beda (Gambar 2). Hal ini
menunjukkan bahwa DNA mukosa dapat digunakan selayaknya DNA fingerprint,
yaitu pembeda antara satu individu dengan individu lainnya. Sel epitel jika
dibandingkan dengan sel darah, sel epitel mukosa menawarkan sumber bahan yang
non-invasif dan lebih mudah dikumpulkan (Zayats et al. 2009). Primer D1S80
merupakan lokus yang terdapat dalam satu kromosom, dengan kromosom manusia
terbesar pada posisi 1p36-p35 (Roslan et al. 2009).
 9

KESIMPULAN
Pada praktikum ini hasil yang didapatkan adalah isolasi DNA mukosa berhasil
dilakukan dan dilhat dari hasil ampifikasi PCR setiap kelompok memiliki DNA
mukosa yang berbeda beda. Namun pada DNA yang diisolasi masih memiliki
pengotor.

DAFTAR PUSTAKA

Campbell, N.A., Reece, J.B., Mitchell, L.G. 2002. Biologi. Alih bahasa lestari, R,
Safitri, A. Simarmata, L. Hardani, H.W. Erlangga. JakartaDonata. 2007.
Komunikasi pribadi. Ciri-ciri DNA murni dan penyebab keberhasilan serta
kegagalan dalam PCR dan elektroforesis. Erlangga. Jakarta.

Dea, D. E., D. Tuntas and Saebani. 2017. Perbedaan kuantitas DNA yang
diekstraksi dari buccal swab dengan jumlah usapan yang berbeda. Jurnal
Kedokteran Dipenogoro, 6 (2)

Gutierrez MV, MC Vaz Patto, T Huguet, JI Cubero, MT Moreno, dan AM Torres.

2005. Crossspecies amplification of Medicago truncatula microsatellites
across three major pulse crops. Theoretical and Applied Genetik 110: 1210–
1217.

Fatchiyah, Estri L. Arumingtyas, Sri Widyarti, & Sri Rahayu. (2011). Biologi
Molekuler: Prinsip Dasar Analisis. Jakarta: Erlangga.

Lee SY, WK Fai, M Zakaria, H Ibrahim, RY Othman, JG Gwag, VR Rao, and YP

Jin YP. 2007. Characterization of polymorphic microsatellite markers,
isolated from ginger (Zingiber officinale Rosc.). Molecular Ecology Notes
7: 1009-1011.

Roslan HA, Azizan NH, Saat R. 2009. DNA polymorphism of D1S80 locus in
modern malay sample population of Sarawak. Sains Malaysiana 38:143–147.

Solmaz I, N Sari, Y Aka-Kacar, and Y Yalcin-Mendi. 2010. The genetic

characterization of Turkish watermelon (Citrullus lanatus) accessions using
RAPD markers. Genet Resour Crop Ev 57: 763-771

Suryo. 2004. Genetika Strata 1. Yogyakarta: UGM Press.

Surzycki, S. 2000. Basic Techniques in Molecular Biology. Springer-Verlag,

Berlin, Heidelberg, New York.

Watson, James D., Baker, Tania A., Bell, Stephen P., Gann, Alexander., Levine,
Michael., Losick, Richard. 2004. Molecular Biology of the Gene Fifth
Edition. USA: Pearson Education Benjamin Cummings. Weaver, Robert
F. 2001. Molecular Biology Fifth Edition. USA: The McGrawHill.
 10

Weaver, Robert F. 2001. Molecular Biology Fifth Edition. USA: The McGrawHill.

Zayats T, Young TL, Mackey DA, Malecaze F, Calvas P, et al. (2009) Quality of
DNA extracted from mouthwashes. PLoS ONE 4(7): e6165. doi:10.1371/
journal.pone.0006165.