M.K.

BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER

Tugas Individu 1A Guiding Questions

Topik : Central Dogma and Gene Expression

Nama : Zahira Fasha Syafrizal

NPM : 150510210047

Kelas : B

Part One

1. What is Central Dogma?

Central Dogma adalah segala proses pembentukan materi genetik dimulai dari tersusunnya
DNA, kemudian menjadi RNA (transkripsi) lalu menjadi protein/ asam amino (translasi) yang
merupakan produk akhir dari central dogma. Pembentukan protein ini terjadi setelah melewati
berbagai proses, mulanya DNA melakukan proses replikasi kemudian rantai DNA akan
membelah dan terjadi proses transkripsi yang membentuk mRNA. Kemudian, kode genetik
yang berada pada mRNA akan ditranslasi/ diterjemahkan menjadi polipeptida. Dapt dikatakan
dogma sentral adalah penjelasan mengenai keseluruhan proses perubahan gen yang berasal dari
DNA menjadi RNA kemudian RNA menjadi protein.

2. What are the differences between DNA and RNA?

- DNA atau Deoxyribose Nucleic Acid merupakan asam nukleotida yang berbentuk double
helix mengandung gula deoksiribosa dengan kadar yang tetap dan berfungsi sebagai
pembawa sifat dengan basa nitrogen berupa Purin (adenin dan guanin) serta Pirimidin
(sitosin dan timin). DNA juga dapat ditemukan di dalam nucleus, mitokondria, dan
kloroplas.
- RNA mengandung gula ribosa berbentuk pita ganda atau pita tidak berpilin, RNA memiliki
kadar yang tidak tetap dan berperan dalam proses sintesis protein dengan basa nitrogen
berupa Purin (adenin dan guanin) dan Pirimidin (sitosin dan urasil). RNA dapat ditemukan
dalam sitoplasma, nucleus, kloroplas, dan mitokondria.
3. What is the relationship between genes, proteins, and RNAs?

Gen, protein, dan RNA saling berhubungan. Gen merupakan unit hereditas suatu organisme
hidup. Gen terdiri dari DNA yang terpintal oleh protein histon dan tersusun dalam satu deret
secara linear di dalam lokus kromosom. Gen juga tersimpan dalam kedudukan tertentu pada
kromosom yang juga bagian dari DNA yang mengkode suatu informasi genetik. Ekspresi gen
merupakan proses dimana kode informasi pada gen diubah menjadi protein, kemudian
memindahkannya ke protein ribosom. Informasi genetik pada DNA diwariskan ke sel anakan
melalui sintesis protein, DNA terletak di nukleus tetapi menyintesis protein di sitoplasma. Maka
dari itu DNA terlebih dahulu diputus rantainya membentuk RNA yang berperan membawa
informasi genetik yang dibawa DNA dan bergerak menuju ribosom. Proses pembuatan salinan
RNA dan translasi, proses sintesis polipeptida yang spesifik dalam ribosom. Protein sendiri
merupakan polimer asam-asam amino (polisakarida).

4. What types of RNA that involved in transcription and translation processes? Please
explain the function of each type of RNA!

Untuk RNA yang terlibat dalam proses translasi adalah RNA transfer (tRNA) dan untuk
proses transkripsi melibatkan RNA messanger (mRNA) atau RNA duta. Macam-macam RNA
yaitu:

- RNA messanger (mRNA atau RNA duta) berperan dalam membawa kode genetik (kodon)
dari DNA ke tRNA dan berperan dalam proses transkripsi. RNA duta disebut dengan kodon
karena urutan basa N penyusunnya adalah kode genetik untuk proses sintesis protein.
Mengangkat kode genetic dari nukleus yaitu saat DNA menuju sitoplasma pada ribosom

- RNA transfer (tRNA) terletak di dalam sitoplasma dengan rantai tunggal pendek yang
berperan dalam menerjemahkan kodon dari mRNA dan disebut juga sebagai anticodon
karena memiliki urutan basa nitrogennya berlawanan dengan mRNA. tRNA akan
membawa asam amino ke ribosom yaitu tempat sintesis protein melalui penerjemahan
kode-kode yang dibawa mRNA. Mengangkut asam amino ke ribosom lalu menerjemahkan
kodon dari mRNA

- RNA ribosom (rRNA) terletak di dalam sitoplasma pada bagian ribosom juga berperan
dalam proses sintesis protein dengan mengatur urutan asam amino yang sudah
 diterjemahkan oleh t-RNA menjadi rantai polipeptida yang bergerak ke satu arah sepanjang
RNA duta. Membuat polipeptida yang bergerak searah sepanjang RNA duta.

Jenis RNA yang terlibat pada proses transkripsi adalah mRNA yang dimana akan dicetak atau
dibentuk berdasarkan template DNA di nukleus. Selain menyediakan cetakan bagi biosintesis
protein, mol RNA juga sebagai pembawa informasi genetic untuk asam amino serta melengkapi
tempat tautan sintesis protein. Kemudian snRNA (small nuclear RNA) yang terlibat dalam
penentuan hasil akhir dan IncRNA (long non coding RNA) sebagai regulator. Sedangkan pada
proses translasi, ketiga jenis RNA terlibat dalam proses ini.

5. What enzymes are involved in transcription and translation processes? Please explain
the function of each enzyme!
- Enzim transkripsi atau RNA polymerase: Enzim yang membantu mempercepat proses
pembentukan RNA. Pada organisme prokariot hanya ada satu jenis untuk mengkatalis
sintesis semua jenis RNA. Pada organisme eukariot terdapat tiga jenis:
o RNA Polimerase I berfungsi untuk mengkatalis pembentukan rRNA
o RNA Polimerase II berfungsi dalam sintesis tRNA dan beberapa molekul rRNA
o RNA Polimerase III berfungsi mengkatalisis proses sintesis mRNA
- Pada translasi terdapat enzim tRNA-aminoasil yang berperan untuk menempelkan asam
amino yang sesuai ke tRNA.
- Enzim ligase berperan sebagai lem yang menjadi penyambung antar DNA yang terpotong
sehingga dapat menjadi DNA fungsional
- RNA splicing berperan dalam pemotongan intron kemudian ekson disatukan dengan enzim
ligase menjadi mRNA
- Pada proses translasi, enzim protein ribosom subunit besarnya berperan sebagai katalisator.
DNA helicase berperan dalam membuka rantai ganda induk
- Enzim helicase untuk melepaskan ikatan pada hydrogen juga basa yang terdapat pada
rangkaian DNA
- Enzim primase dalam pembentukkan primer tempat terjadinya sintesis protein

6. Please explain how gene expression is regulated!

Proses penentuan sifat dari suatu organisme hidup oleh gen. Sifat yang dimiliki suatu
organisme merupakan hasil dari metabolisme yang dialami di dalam sel. Proses metabolisme
terjadi karena adanya enzim yang menjadi katalisator pada proses biokimia. Enzim dan protein
lainnya diterjemahkan dari urutan nukleotida pada molekul mRNA yang disintesis berdasarkan
cetakan DNA.
Proses ekspresi gen sendiri terdiri dari dua tahap yaitu transkripsi dan juga translasi. Proses
transkripsi terjadi di dalam inti sel dan proses translasi berlangsung pada sitoplasma sehingga
RNA harus dikelaurkan dari inti sel ke sitoplasma untuk menjalin translasi dan kemudian akan
membentuk gugus-gugus asam amino.
Regulasi ekspresi gen merupakan sarana bagi sel dalam mengontrol fungsi dan struktur sel
juga menjadi dasar dalam diferensiasi sel, fleksibilitas, morfogenesis, dan adatabilitas antar
organisme. Secar asingkat ekspresi gen diatur dalam beberapa tahap yaitu:

• Transkripsi control, transcription regulator protein

• RNA procecing control, intron ada yang dipotong dengan RNA splicing
• mRNA meninggalkan nucleous
• Translasi
• Rantai Polipeptida
• kontrol aktivitas enzim atau protein terdapat degradasi protein
• Protein activity control, penambahan atau pengurangan gugus metil

7. Protein has many general functions in the living organism, like enzymes, gene
regulatory, signals, and receptor proteins. Please describe and give examples about
them!
- Protein enzim: Protein berperan sebagai pembentuk enzim yang berfungsi mempercepat
reaksi kimia. Contohnya enzim helicase pemisah ikatan hydrogen antar basa nitrogen pada
DNA
- Protein pengatur gen: Protein menjadi bahan dalam pembentukan gen. Contohnya saat
proses ekspresi gen
- Protein sinyal dan reseptor: Protein akan memberikan sinyal molekul terhadap rangsangan
dalam bentuk respon.

8. How do the transcription and translation processes determine plant growth and
development?
 Proses sintesis protein terbagi menjadi transkripsi dan translasi. Saat menjelang proses
transkripsi berjalan, biasanya didahului oleh signal dari luar mengenai kebutuhan suatu protein
atau molekul lain yang dibutuhkan untuk proses pertumbuhan, perkembangan, metabolisme,
dan fungsi lain di tingkat sel maupun jaringan. Dengan adanya perbanyakan atau penggandaan
materi genetic yang disebut replikasi, hal ini merupakan proses penggandaan DNA atau RNA
dari molekul bahan materi genetic tersebut yang melibatkan beberapa proses di dalamnya.

Part Two

1. The nucleotide sequence of one DNA strand of a DNA double helix

is: 5’- GGATTTCCCAAATTC-3’
What is the sequence of the complementary strand?
3’–CCTAAAGGGTTTAAG-5’

2. Use the genetic code to identify the following nucleotide sequences :

(a) 5’-AGA-GGA GAU-3’ ;

AGA : Arginine

GGA : Glycine

GAU : Aspartate

(b) 5’-ACA-CCC-ACU-3’ ;

ACA : Threonin

CCC : Proline

ACU : Threonin

(c) 5’-GGG-AAA-UUU-3’

GGG : Glycine

AAA : Lysine

UUU : Phenylalanine
Part Three

Please define the words :

1. Nucleotide: Ikatan dari basa nitrogen/ gugus basa heterosiklik yang terikat secara kovalen
dengan gula (ribose atau deoksiribosa) dan juga gugus fosfat.
2. Deoxyribonucleic acid: Sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama yang
menyimpan intruksi genetika dalam inti sel pada setiap organisme dan beberapa virus.
DNA terbentuk dari dua untai polinukleotida/double helix
3. Ribonucleic acid: Sejenis asam nukleat yang tersusun dari molekul hasil intruksi DNA
yang disintesis melalui mekanisme transkripsi DNA lalu di transfer keluar dari inti sel ke
dalam sitoplasma. Sebagai pembawa informasi gen dan diterjemaskan dalam sintesis
protein. RNA juga merupakan molekul polimer yang terlibat dalam berbagai peran biologis
dalam mengkode, decode, regulasi, dan ekspresi gen.
4. Amino acid: Sebuah senyawa organic yang mengandung gugus amino (NH2) dan gugus
asam karboksilat (kelompok -COOH) merupakan unsur dasar hidup karena sejumlah asam
amino dirakit untuk membentuk satu molekul protein terutama dari kelompok 20 senyawa
yang memiliki rumus dasar NH2CHRCOOH.
5. Chromosome: Sebuah molekul DNA panjang berbentuk benang yang mengandung
sebagian atau seluruh materi genetik suatu organisme sebagai pembawa faktor penentu
keturunan.
6. Genes: Unit pewaris sifat dalam organisme hidup bagian dari kromosom dan terbentuk
oleh sejumlah asam nukleat yang tersusun dalam DNA untuk membentuk protein.
Keberadaannya dapat diketahui melalui sifat fenotipnya dalam pewarisan sifat (hereditas).
7. Protein: senyawa molekul organic tinggi dan merupakan polimer dari monomer asam
amino yang dihubungkan dengan ikatan peptide. Makromolekul yang terbentuk dari asam
amino berfungsi sebagai katalisator, pengangkut, dan penyimpan molekul lain seperti atom
karbon, nitrogen, dan oksigen.
8. Genome: satu set DNA komplet dari suatu organisme, gen termasuk di dalamnya. Genom
mengandung semua informasi yang diperlukan untuk membentuk serta menjalankan
metabolisme dan fungsi organisme lainnya. Genome juga merupakan total keseluruhan
informasi genetika yang disimpan di dalam kromosom.
9. Gene expression: Proses penentuan sifat suatu organisme hidup oleh gen. Suatu sifat yang
dipunyai oleh suatu organisme hasil dari proses metabolisme yang terjadi di dalam sel.
10. Replication origins: Urutan nukleotida sebagai tempat replikasi DNA dimulai dan
 merupakan unique sequence yang akan dikenali oleh suatu protein inisiator. Dalam genom
dimana replikasi/penggandaan DNA menjadi dua DNA identic dimulai.
11. Lagging strand: untaian DNA yang terletak pada sisi yang berseberangan dengan leading
strand pada garpu replikasi juga tempat kromosom akan menyintesis RNA primer. Untai
DNA yang disintesis secara terputus berlawanan arah sehingga menjadi 3’ ke 5’
12. Leading strand: untaian yang disintesis oleh DNA polymerase dengan arah 5’ → 3’ secara
kontinu dan sangat cepat.
13. Okazaki fragments: DNA pendek berbentuk fragmen/segmen pada proses replikasi DNA
di bagian untaian Lagging Strand lambat.
14. Transcription: Sebuah proses dalam pembentukan RNA dari salah satu DNA yang dicetak
(DNA sense) atau disalin sebagai hasil dari produksi yang dilakukan dalam sitoplasma
untuk memulai dari proses membuka rangkap yang dipegang oleh DNA dan enzim RNA
polimerase
15. Translation: Proses penerjemahan urutan nukleotida yang ada pada molekul mRNA
menjadi rangkaian asam-asam amino yang menyusun protein.
16. RNA polymerase: Inti dari suatu kompleks enzim yang bekerja dalam proses transkripsi
untuk membantu mempercepat proses pembentukan RNA.
17. Promoter: Sebagai tempat pelekatan RNA polymerase dengan untai DNA dan
menginisiasi transkripsi, menentukan waktu, tingkat dan tempat ekspresi gen.
18. Terminator or stop site : Urutan DNA yang berfungsi untuk mengakhiri (terminasi) pada
proses transkripsi dengan memberi sinyal pada enzim RNA polymerase.
19. Intron: Setiap urutan nukleotida di dalam gen (intragenic region) yang dibuang dalam
penjalinan RNA selama pematangan produk RNA akhir. Rangkaian DNA yang tidak
membawa informasi genetik dan tidak di translasi
20. Exon: bagian dari gen penyandi RNA matang akhir setelah intron dihilangkan oleh
penjalinan RNA (RNA splicing) untuk menghasilkan protein. Exon akan dipertahankan di
mRNA dewasa dan di ekspresikan
21. RNA Splicing: Mekanisme pemotongan intron dan penyambungan ekson RNA setelah
transkripsi untuk menghasilkan sejumlah RNA fungsional atau protein dari satu transkrip.
22. Anticodon: Urutan tiga nukleotida (basa nitrogen) yang ada dalam molekul RNA transfer
(tRNA) yang berfungsi untuk mengenali urutan lain dari tiga nukleotida yang ada dalam
molekul RNA kurir (mRNA).
23. Codon: deret nukleotida pada mRNA yang terdiri dari suatu kode aturan penamaan asam
amino yang berdasar pada triplet nukleotida (A,C,G,U/T) yang terdapat pada untai DNA.
 DAFTAR PUSTAKA

Agoes, S., Solihah, B., & Pakpahan, A. (2016). Analisis Kinerja Model Pengontrol Ekson DNA
Menggunakan Metode Model Hidden Markov. Setrum : Sistem Kendali-Tenaga-
Elektronika-Telekomunikasi-Komputer, 3(2), 69.
https://doi.org/10.36055/setrum.v3i2.500
Chairul, A. (2016). Perancangan Aplikasi Pembelajaran Sintesis Protein Proses Turunan
Transkripsi dan Translasi Genetika. UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.
Crick, F. (1970). Central dogma of molecular biology. Nature, 227(5258), 561-563.
Dela, F. (2016). Makalah Sentral Dogma. Fakultas Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam
Universitas Andalas.
Grummt, I., Kuhn, A., Bartsch, I., & Rosenbauer, H. (1986). A transcription terminator located
upstream of the mouse rDNA initiation site affects rRNA synthesis. Cell, 47(6), 901-
911.
Nusantari, E. (2011). Analisis dan Penyebab Miskonsepsi pada Materi Genetika Buku SMA
Kelas XII. Bioedukasi: Jurnal Pendidikan Biologi, 4(2), 72-85.
Roini, C., Ahmad, Z., Biologi, P. P., Khairun, U., Bandara, J., & Ternate, B. (2012).
SERTIFIKASI GURU DALAM JABATAN TAHUN 2012 Misconception Analysis of
Genetics Concept In Question Sheet of Teacher Competency Testing 2012. 1039–1044.
Scherrer, K., Spohr, G., Granboulan, N., Morel, C., Grosclaude, J., & Chezzi, C. (1970,
January). Nuclear and cytoplasmic messenger-like RNA and their relation to the active
messenger RNA in polyribosomes of HeLa cells. In Cold Spring Harbor Symposia on
Quantitative Biology (Vol. 35, pp. 539-554). Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Suharsono.(2020). Struktur dan Ekspresi Gen. Diakses pada 1 Maret 2022, dari
http://web.ipb.ac.id/~tpb/files/materi/genetika/strukturekspresi/strukturtextpdf.pdf
Supriyatno, Eddy dan Titik Dwi Sulistiyati. (2017). Metabolisme Protein. Malang: UB Press.
Diakses pada 1 Maret 2022, dari
https://books.google.co.id/books?id=iXZODwAAQBAJ&printsec=frontcover&dq=as
am+amino+adalah&hl=en&sa=X&ved=2ahUKEwjDhILmsJPvAhXX7XMBHcEfBR
oQ6AEwAHoECAEQAg#v=onepage&q=asam%20amino%20adalah&f=false
Timotius, Kris H, Ivan Kurniadi, dan Ika Rahayu. (2019). Metabolisme Purin dan Pirimidin-
Gangguan dan Dampaknya bagi Kesehatan. Yogyakarta: Penerbit ANDI (Anggota
IKAPI). Diakses pada 1 Maret 2022, dari
http://repository.ukrida.ac.id/bitstream/123456789/267/1/Buku%20Purin%20Pirimidin
_compressed.pdf
Utami, Silmi Nurul. 2020. Sintesis Protein: Proses Transkripsi dan Translasi. Diakses 1 Maret
2022, dari https://www.kompas.com/skola/read/2020/11/05/204645269/sintesis-
protein-proses-transkripsi-dan-translasi?page=all
Windiatmoko, Y., Carnia, E., & Aisah, I. (2020). Representasi Himpunan Barisan Kodon ke
dalam Struktur Modul. Jurnal Matematika Integratif, 10(1), 49.
 https://doi.org/10.24198/jmi.v10i1.10184
Zillig, W., Zechel, K., Rabussay, D., Schachner, M., Sethi, V. S., Palm, P., ... & Seifert, W.
(1970, January). On the rule of different subunits of DNA-dependent RNA polymerase
from E. coli in the transcription process. In Cold Spring Harbor Symposia on
Quantitative Biology (Vol. 35, pp. 47-58). Cold Spring Harbor Laboratory Press.