Nella stagione 1962-1963 il Como disputa il campionato di Serie B, un torneo che prevede tre promozioni e tre retrocessioni, con 31 punti in classifica retrocede in Serie C, con Sambenedettese a 30 punti e Lucchese con 21 punti. Salgono in Serie A il Messina con 50 punti e la coppia formata da Lazio e Bari con 48 punti.
Questo campionato cadetto è stato per il Como il più travagliato, per avvenimenti extrasportivi che ne causarono la retrocessione. Sono stati ceduti i giovani gioielli Luigi Meroni al Genoa e Antonio Ghelfi e Franco Landri al Messina, gli ultimi due in cambio di Italo Carminati, l'acquisto più importante è stato quello di Giuseppe Longoni dall'Inter, avrà una lunga carriera in Serie A, altri rinforzi sono gli arrivi di Corrado Teneggi dal Savona e Roberto Derlin dallo Spezia. Dal Livorno arrivò il giovane Paolo Bessi un ragazzo che suo malgrado ha segnato la stagione lariana. Il campionato con i suoi alti e bassi portano il Como stabilmente a metà classifica, il 13 gennaio in Como-Verona (0-1) nel rientrare negli spogliatoi l'arbitro Angelini venne ferito da un sasso lanciato in campo, a seguito di ciò arriva la giusta la squalifica del Sinigaglia. A febbraio con la squadra quint'ultima viene esonerato l'allenatore danese Frank Pedersen sostituito dall'allenatore delle giovanili Giovanni Zanollo, proprio in quei giorni scoppia il caso del giocatore Bessi. La stagione precedente in Serie D nell'Altopascio aveva subito una squalifica dal Comitato regionale toscano fino al 31 ottobre 1962. Quando arriva al Como non ha la comunicazione della squalifica da scontare. Il 6 aprile 1963 la Commissione giudicante della Lega Nazionale Calcio sospese Bessi da ogni attività agonistica e deliberò la sconfitta a tavolino per il Como nelle cinque partite giocate da Bessi, nelle quali i lariani avevano ottenuto tre sconfitte con Foggia, Lazio e Padova, un pareggio con il Catanzaro ed una vittoria con il Cosenza. I tre punti persi a tavolino fanno precipitare il Como al penultimo posto con poche possibilità di salvezza. Nelle ultime sei partite la squadra lariana ottenne sette punti che non bastarono a salvarsi. In Coppa Italia subito fuori al primo turno con l'Atalanta (2-4) dopo i supplementari, la squadra bergamasca inizia da Como il percorso che la porta a vincere il prestigioso trofeo.
^Risultato assegnato (0-2) a tavolino dalla Commissione Giudicante della Lega, per la posizione irregolare del calciatore Paolo Bessi del Como, sul campo terminata (4-1).
^Partita assegnata (0-2) a tavolino dalla Commissione Giudicante della Lega, per la posizione irregolare del calciatore Paolo Bessi del Como, sul campo terminata (0-0).
^Partita assegnata (2-0) a tavolino dalla Commissione Giudicante della Lega, per la posizione irregolare del calciatore Paolo Bessi del Como, sul campo terminata (2-1).
^Partita assegnata (2-0) a tavolino dalla Commissione Giudicante della Lega, per la posizione irregolare del calciatore Paolo Bessi del Como, anche sul campo era terminata (2-0).
^Partita assegnata (0-2) a tavolino dalla Commissione Giudicante della Lega, per la posizione irregolare del calciatore Paolo Bessi del Como, sul campo era terminata (1-2).
^Nel rientrare negli spogliatoi al termine dell'incontro un sasso colpì l'arbitro al volto.
^Partita disputata sul campo neutro di Bergamo per squalifica del campo lariano.