Figlio di Eddy Merckx, grande campione del ciclismo degli anni sessanta e settanta, debuttò nel ciclismo nel 1993 con la Motorola. Nel corso della carriera vinse competizioni a tappe come il Tour de Wallonie ed il Tour de l'Ain, ed alcune gare in linea. Tra queste spicca il campionato nazionale belga nel 2000 e, nel corso dello stesso anno, l'ottava tappa del Giro d'Italia, ottenuta il 22 maggio nella Corinaldo-Prato grazie ad una fuga da lontano.
Il 14 agosto 2004 si aggiudicò inoltre la medaglia di bronzo nella prova individuale su strada ai Giochi Olimpici di Atene. Il 9 agosto 2007 annunciò il ritiro dal ciclismo professionistico[1].
Dopo il ritiro si è trasferito negli Stati Uniti: qui dal 2009 svolge il ruolo di general manager e direttore sportivo per il team Hagens Berman Axeon (già noto in passato come Trek-Livestrong, Bontrager, Bissell e Axeon).