Sinteza Proteica PDF
Sinteza Proteica PDF
Sinteza Proteica PDF
Translatia
condensarea treptata a aminoacizilor de la capatul
N- la C-terminal
Creste eficienta translatiei; in cazul mRNA (circa 500 nucleotide) unei catene a
hemoglobinei (circa 145 resturi aminoacizi) 5 ribozomi - un ribozom la circa 80
nucleotide
4
Codul genetic
5
-UCA-3
.Ser
5
-ACU-3
...Thr
Codul genetic degenerat
CGU CGC-CGA, CGG
codifica Arg (semnificatie)
Codul genetic universal
exceptii
5
-A-B-C-3
Interactii Wobble
Inozina = Citidina
Inozina = Uridina
Inozina = Adenozina
Guanozina = Uridina
tRNA
10
Structura
Exista 2 segmente dublu helix de
cca 10 perechi de baze, perpendiculare care dau forma literei L
Majoritatea bazelor din regiunile
nehelicale participa la legaturi de
hidrogen non-Watson/ Crick ex
GG, AA si AC
Majoritatea bazelor sunt stivuite,
stabilizeaza arhitectura moleculei
(interactii hidrofobe)
Capatul 3' (CCA) pozitionat opus
buclei anti-codon, intre aminoacid
si anticodon cca 80
CCA degajat de restul moleculei
Buclele T
C si DHU in coltul literei L
11
Interactia codon-anticodon
Bucla anticodon are 7 nucleotide:
5
Py-Py-X-Y-Z-Pumodif-Bazavariabila-3
mRNA
12
Activarea aminoacizilor
Formarea legaturii peptidice necesita aport energetic
Forma activa a aminoacidului
Aminoacil~ tRNA
Aminoacil-CO~O-A-C-C-tRNA
Aminoacil tRNA sintetaze aminoacizii cu
mai multi tRNA sunt activati de aceeasi
enzima
Aminoacid + tRNA + ATP
Aminoacil~tRNA + AMP + PP
PPaza
2 Pi
13
AA-COOH + ATP
AA-CO~AMP + PP
AA-CO~AMP + tRNA
PP + H2O
AA-CO~tRNA + AMP
2 Pi
pirofosfataza
14
16
17
18
Clasa I, 2, M
47 kDa
Secventa N-terminala [1
320] este
implicata in formarea aminoacil~AMP
Secventa de 99 resturi aminoacizi
C-terminali este implicata in legarea
tRNA si formarea tirozil-tRNA
tRNA este legat la enzima prin 12 punti
de hidrogen
Resturile Thr-40 si His-45 leaga restul
-fosfat din ATP in cadrul etapei de
formare a Tyr-AMP rol critic
sunt
inalt
selective
in
recunoasterea
19
Ile-tRNAIle sintetaza
Unele enzime nu discrimineaza perfect intre aminoacizi similari.
Deoarece nivelul valinei in vivo este circa 5 ori mai mare decat nivelul izoleucinei
au loc incorporari gresite ale valinei in locul izoleucinei datorita incapacitatii IletRNAIle sintetazei de a discrimina intre cei doi aminoacizi
Totusi Ile-tRNAIle sintetaza introduce o eroare (Val Ile) cu o frecventa de 1: 3000,
ceea ce sugereaza un mecanism de corectare (proofreading) care mareste gradul de
fidelitate a activitatii enzimatice
Enzime de tipul Ile-tRNAIle sintetazei au un situs de sinteza a aminoaciltRNA si un situs de corectare (hidroliza) a unui aminoacil-tRNA sintetizat
gresit
21
AMP + 2Pi
tRNACys
CH2
SH
-CH-CO~tRNACys
NH2
H2
Ni Raney
CH3-CH-CO~tRNACys
NH2
Ala-tRNACys
Odata format Ala-tRNACys va insera Ala in loc de
Cys sistemul translational nu mai recunoaste decat
bucla anti-codon a tRNACys (rol adaptor)
22
23
BIOSINTEZA PROTEICA LA
PROCARIOTE
24
25
necesitati
mRNA policistronic codifica cel putin 2 proteine
Ribozomi 70 S (L 50 S S 30 S)
Aminoacid de initiere formil-Met
tRNA initiator (tRNAf diferit de tRNAm)
Aminoacil tRNA de initiere (fMet-tRNAf diferit de Met-tRNAm)
3 factori de initiere (IF1, IF2, IF3)
Mg2+
GTP
Met + tRNAf
sintetaza
CH3-S-CH2-CH2-CH-CO-O-tRNAf
NH2
Met-tRNAf
transformilaza
N10 formil
THFA
THFA
CH3-S-CH2-CH2-CH-CO-O-tRNAf
fMet-tRNAf
NH-CHO
26
27
Recunoasterea mRNA de
catre ribozom se realizea
za de catre 16 S rRNA din
30 S, mRNA se leaga la
subunitatea mica a
ribozomului
Urmeaza
legarea aminoacil-tRNA de initiere
legarea subunitatii mari 50 S si formarea
complexului de initiere ;
legarea fMet-tRNAf la codonul AUG de pe mRNA
proces care necesita hidroliza GTP si factorii de initiere
28
29
31
32
Forma inactiva
EF-Tu. EF-Ts.GDP
33
34
35
Translocarea
au loc 3 deplasari : 1) iesirea tRNA dezacilat din situsul P ; 2) deplasarea dipeptidil-tRNA
din situsul A n situsul P si 3) deplasarea ribozomului pe mRNA cu 3 nucleotide,
plasarea
urmatorului codon n cadrul de citire a
aparatului translational.
P
E
A
Dupa translocare, situsul A este gol, gata sa lege AA2-tRNA2. Ocuparea situsului A induce
eliberarea tRNA deacilat din situsul E situsurile A si E nu pot fi ocupate simultan
36
37
38
39
40
41
42
43
Antibiotic
Actiune
Streptomicina
Tetraciclina
Cloramfenicol
Cicloheximida
Eritromicina
Puromicina
44
45
BIOSINTEZA PROTEICA LA
EUCARIOTE
principial, decurge prin aceleasi etape
dar exista deosebiri calitative si cantiative
46
Ribozomii eucariotelor
un ribozom tipic de 80 S
47
-terminala contribuie la
O structura cap 5
stabilitatea mRNA protejand capatul 5
contra
actiunii unor fosfataze si nucleaze, cresterea
vitezei de translatie a mRNA
O structura poli A 3
-terminala are roluri similare
cu structura cap - stabilizant si cresterea eficientei
mRNA de a functiona ca tipar in sinteza proteica
Regiuni netranslabile
mRNA este monocistronic
48CH3
tRNA initiator
Metionina
Activat de tRNAi (de initiere)
Semnal start
AUG
mRNA fiind monocistronic, nu necesita secventa Shine Dalgarno
Subunitatile 40 S se ataseaza la structura cap si cauta
codonul AUG deplasandu-se
in directia 3
(proces scanning sustinut de hidroliza ATP)
Stabilirea puntilor de hidrogen intre anticodonul Met-tRNAi si codonul AUG de pe
mRNA semnalizeaza ca tinta a fost gasita
.
Complexe de initiere
Eucariotele contin mai multi factori de initiere decat procariotele, mecanismul mult
mai complex. De ex., forma GTP a eIF2 (1000 kDa) aduce tRNAi la subunit 40 S.
Proteinele CBP (Cap-binding proteins) se leaga la regiunea Cap din mRNA sub
actiunea eIF3 care permite gasirea codonului AUG; eIF5 induce eliberarea eIF2 si
eIF3 urmata de legarea Met-tRNAi la AUG; eIF5 induce hidroliza GTP legat la eIF2;
urmeaza legarea subunit 60 S la complexul de initiere 40 S (Met. tRNAi. mRNA.40 S)
cu formarea complexului de initiere 80 S.
49
eIF1
1
complexes
eIF1A
eIF2B
eIF3
11
scaffold for the cap binding complex, binds 40S subunit; stabilizing
Met-tRNAi and preventing association with 60S subunit
eIF4A
eIF4B
eIF4E
eIF4F
eIF4G
eIF4H
similar to eIF4B
eIF5
eIF5B
50
51
52
Alungirea
Factorii de elongare eucariotici EF1
si EF1
sunt contra-partenerii factorilor
EF-Tu si EF-Ts procariotici.
Forma GTP a EF1
elibereaza aminoacil-tRNA la situsul A al ribozomului, iar
EF1
catalizeaza schimbul GTP/GDP.
Factorul EF2 eucariotic mediaza translocarea indusa de GTP, similar cu EF-G
Peptida atasata la tRNA din situsul P este transferata la gruparea amino a aminoaciltRNA din situsul A. Reactia este catalizata de peptidil transferaza si se numeste
transpeptidare. Peptida alungita legata covalent la tRNA este acum in situsul A.
Situsul A trebuie sa fie liber pentru a accepta un nou aminoacil-tRNA. Procesul de
deplasare a peptidil-tRNA din situsul A in situsul P se numeste translocare si este
catalizat de eEF-2 cuplat cu hidroliza GTP. Ribozomul este deplasat de-a lungul
mRNA astfel ca urmatorul codon din mRNA ajunge in situsul A.
In urma translocarii eEF-2 este eliberat de pe ribozom.
Ciclul poate incepe din nou.
54
55
Terminarea
Etapa necesita prezenta unui singur factor proteic specific etapei de terminare eRF
(eukaryotic releasing factor) care actioneaza intr-o maniera dependenta de hidroliza GTP.
RF se leaga la situsul A si induce hidroliza peptidil-tRNA conducand la eliberarea proteinei
Eliberarea proteinei induce disocierea ribozomilor
56
57
Modificari post-translationale
A. Proteine secretate si proteine asociate membranei
Proteinele legate la membrane sau destinate secretiei sunt sintetizate de ribozomi
asociati RE rugos (RER)
Aceste proteine au o secventa semnal N-terminala - 13-36 resturi aminoacizi
predominant hidrofobi recunoscuta de un complex multi-proteic SRP (signal
recognition particle). Secventa semnal este indepartata la trecerea prin membrana
RE sub actiunea unei signal peptidaze.
Proteinele care contin o peptida signal se numesc preproteine pentru a le distinge de
proproteine. Proteinele destinate secretiei si apoi proteolizei ca urmare a secretiei preproproteine.
58
Particula de recunoastere a
semnalului SRP este un
complex
RNA-proteine,
citosolic, care recunoaste si
transporta proteine specifice
la RE al eucariotelor si la
membrana plasmatica a
procariotelor.
SRP eucariotica este compusa din 6 polipeptide distincte,
o molecula de RNA 7SL si are o activ GTPazica.
In stare activa (cu GTP legat), SRP recunoaste secvente semnal pentru RE din proteine nascente. SRP se leaga la 1) secventa semnal; 2) subunitat 60 S ribozomala si la 3) receptorul SRP.
Legarea SRP opreste translatia, are loc
transportul proteinei nascente in RE.
Hidroliza GTP permite reluarea translatiei
59
60
62
63
64
65
B. Scindari proteolitice
Scindarea Met N-terminale (eucariote)
Scindarea formil- sau formil-Met N-terminale (procariote)
Scindarea altor resturi, a secventelor semnal de catre peptidaze specifice
66
C. Glicozilarea
Forma majora de modificare post-translationala ce are loc in RE si aparatul Golgi
Partea glucidica (monozaharid sau derivat al lui, oligozaharid) se leaga covalent la
atomul de O (Ser, Thr)
sau la atomul de N (Asn)
din structura proteinelor
In celulele mamaliene
predomina legaturile Nglicozidice
Sinteza N-glicoproteinelor
necesita prezenta unui
intermediar lipidic dolicol
fosfat si presupune 3
etape: 1) constituirea unui
miez zaharidic; 2) atasa
rea lui la restul Asn din
proteina; 3) modelarea
partii glucidice
67
69
70
71
Sulfatarea proteinelor
72
Acetilarea
73
Acilarea proteinelor
74
75
76
77
Fosforilarea
Modificare
covalenta
care
permite
controlul hormonal al activitatii biologice a
unor proteine reglatoare
78
79
Seleno-cisteina
Se-Cys exista in cateva Se-proteine si este incorporat in structura lor in timpul
translatiei. Initial se formeaza Ser-tRNA care sufera un proces de selenizare ce
conduce la Se-Cys-tRNA care se leaga la un codon stop (UGA)
de pe mRNA in loc de codonul Ser. Codonul UCA nu mai
functioneaza ca un semnal stop si codifica Se-Cys in prezenta
unui element SECIS (SelenoCysteine Insertion Sequence) din
structura regiunea 3 -netranslata a mRNA pentru Seproteine: glutation peroxidaza, tioredoxin reductaza, etc
In aceste transformari este implicat un tRNA particular tRNASec
80