Structura Proteinelor
Structura Proteinelor
Structura Proteinelor
Elucidarea structurii proteinelor a reprezentat si continua sa reprezinte una din problemele principale ale biochimiei aplicate. Fiecare proteina nativa reprezinta un edificiu tridimensional complex a carui conformatie depinde de dispozitia spatiala a catenelor polipeptidice din care este formata. Orientarea n spatiu a catenelor polipeptidice componente poarta denumirea de conformatie. Comparativ cu celelalte biomolecule, proteinele prezinta o structura chimica mult mai complexa de care depind n mod direct functiile lor biologice si care se caracterizeaza prin existenta a patru nivele de organizare numite structura primara, secundara, tertiara si respectiv cuaternara. I.4.1. Structura primara a proteinelor Este data de numarul, natura si succesiunea resturilor de aminoacizi n catenele polipeptidice ce intra n structura acestora. n structura primara, resturile de aminoacizi sunt unite prin legaturi peptidice identice cu cele ntlnite n structura peptidelor
!tudiul peptidelor sintetice cu a"utorul metodei difractiei de raze # prin cristale pure a permis determinarea distantelor interatomice ntr$o catena polipeptidica, precum si a unghiurilor dintre atomii componenti. %ceste determinari au demonstrat existenta unei perioade de identitate de &,'( pentru fiecare doua resturi de aminoacizi. )otodata s$a observat ca distanta interatomica C $ * este mai mica, iar distanta C + O este mai mare dect cele normal ntlnite n alti compusi.
Fig.1. Reprezentarea schematica a distantelor interatomice si unghiurilor de valenta n catenele polipeptidice %ceste rezultate indica prezenta unei stari de rezonanta a legaturii peptidice ntre doua forme limita
Forma reala va fi deci cea intermediara ntre cele doua forme limita instabile
%ceasta nseamna ca legatura peptidica C $ * nu este simpla ci partial dubla, fiind astfel mpiedicata rotatia libera a substituentilor. %cest caracter de legatura partial dubla are o importanta deosebita pentru structurile de ordin superior ale proteinelor. ,a nivelul legaturilor peptidice se ntlneste izomeria de tip trans, iar rotatia libera este permisa numai la nivelul celorlalte legaturi covalente. Orientarea spatiala a catenelor polipeptidice este datorata, n principal, acestor rotatii libere n "urul legaturilor mentionate -./-.e01n
2roteinele formate din mai multe catene polipeptidice se numesc proteine oligomere, iar polipeptidele componente se numesc protomeri3. 2rotomerii se unesc ntr$o molecula oligomera prin legaturi covalente, dar nu de natura peptidica. Cel mai adesea, protomerii se leaga prin punti disulfidice intercatenare, adica realizate de resturi de cisteina localizate n catene polipeptidice diferite. 2rima proteina careia i s$a determinat structura primara 4n -5//3 a fost insulina care are o masa moleculara de 6.777 8a. Ctiva ani mai trziu s$a stabilit structura primara a ribonucleazei 49 + -..777 8a3, iar n prezent sunt cunoscute structurile primare ale multor proteine cu mase moleculare mult mai mari si care sunt formate din sute sau chiar mii de resturi de aminoacizi.
9olecula insulinei contine doua catene polipeptidice catena % cu '- resturi de aminoacizi ce contine o punte disulfidica intracatenara formata de resturile C:s 6 si C:s-- si catena ; alcatuita din .7 resturi de aminoacizi. Cele doua catene polipeptidice sunt legate ntre ele prin doua punti disulfidice formate de resturile de cisteina % & $ ;& si respectiv %'7 $ ;-5
2untea disulfidica intracatenara din catena % este deosebit de importanta deoarece secventa aminoacizilor din bucla formata de aceasta reaminteste succesiunea resturilor de aminoacizi din ocitocina si vasopresina. %minoacizii din pozitiile 1, 5 si -7 ale catenei % 4)hr, !er si <le3 sunt esentiali pentru caracterizarea insulinelor de la diferite specii
insulina de bou: ..- Ala - Ser - Val - .. insulina de oaie: ..- Ala - Gly - Val - .. insulina de cal: ..- Thr - Gly - Ile - ..
Fig. 2. Reprezentarea schematica a punctelor de clivare n catena polipeptidica a proinsulinei, n procesul conversiei acesteea n insulina !tudiile asupra structurii si proprietatilor insulinelor din diferite surse biologice au fost "ustificate de importanta acestui hormon pentru practica medicala n tratamentul diabetului zaharat. =n exemplu semnificativ n spri"inul afirmatiei ca structura primara a proteinelor este esentiala pentru asigurarea proprietatilor lor biologice l constituie hormonul >$ lipotrop sau lipotropina. El a fost izolat prima data n -56/ din hipofiza de oaie, dovedindu$se a fi o polipeptida alcatuita din 57 resturi de aminoacizi. =lterior, s$a izolat din hipofiza de bou, porc si berbec un hormon de natura polipeptidica ce a fost denumit lipotropina, remarcndu$se apoi ca preparatele hormonale izolate din diferite surse nu se deosebesc ntre ele structural si functional. !tructura primara a acestui hormon a fost descifrata n -561 dupa purificarea sa prin cromatografie pe coloana cu C9$celuloza.
Fig. 3. Reprezentarea schematica a structurii primare a insulinei umane (Kucerenko, N.E. - 1988 I.4.2. Structura secundara a proteinelor. Modelul helicoidal. !tudiul proteinelor fibrilare din clasa scleroproteinelor prin metoda difractiei razelor # a evidentiat faptul ca acestea se caracterizeaza prin prezenta unor regularitati structurale ale moleculei, prin unitati care se repeta si care sunt dispuse de$a lungul unui ax imaginar al moleculei. %ceste regularitati n structura moleculei au fost numite perioade de identitate si ele difera de la o proteina la alta. n functie de marimea perioadelor lor de identitate, proteinele se mpart n . grupe $ grupa -keratinei, miozinei si fibrinogenului $ grupa -keratinei si fibroinei $ grupa colagenului Efectund experimente pe cristale peptidice, 2auling si Core: au stabilit cu rigurozitate conditiile formarii catenelor polipeptidice si au constituit modele experimentale care sa ilustreze modul n care catenele polipeptidice sunt orientate n spatiu n functie de natura si numarul legaturilor peptidice, precum si de dimensiunile lor. %utorii au stabilit de asemenea, urmatoarele criterii care stau la baza formarii catenelor polipeptidice
$ aminoacizii constituenti trebuie sa prezinte configuratie , si au n structura proteinelor aceeasi valoare, deoarece catenele lor laterale nu influenteaza structura secundara? $ distantele interatomice si unghiurile de valenta trebuie sa prezinte aceleasi valori, indiferent de marimea catenei polipeptidice? $ atomii participanti la legatura peptidica trebuie sa fie coplanari, aceasta asezare fiind favorizata energetic? $ modelul experimental elaborat pe baza datelor de laborator trebuie sa permita formarea unui numar maxim posibil de legaturi de hidrogen. 2e baza acestor postulate, 2auling si Core: gasesc ca cel mai simplu aran"ament corespunzator acestor cerinte este modelul helicoidal sau spiralat, denumit -heli . %cesta rezulta prin spiralizarea catenei polipeptidice n "urul unui cilindru imaginar. n functie de directia de spiralizare, @$helixul poate sa apara teoretic sub doua forme $ -helixul de dreapta are sensul unui surub cu pasul spre dreapta? $ -helixul de stnga are sensul unui surub cu pasul spre stnga.
Fig. !. Reprezentarea schematica a mo"elului #-helicoi"al al structurii secun"are a proteinelor ($entner,%. - 198&
$helixului si pot interactiona ntre ele sau cu solventul n care este dizolvata proteina.Catenele laterale ale resturilor de aminoacizi ies n afara corpului propriu$zis al $helixului.8intre toti aminoacizii proteinogeni, prolina, hidroxiprolina si chiar glicocolul nu se ncadreaza perfect n @$helix, determinnd o deran"are a structurii regulate a %ceasta structura helicoidala a macromoleculelor proteice a fost postulata cu -6 ani naintea lui 2auling si Core: de catre biochimistul romn Aaralamb Basiliu. %ceasta asezare spatiala, care confera moleculei o arhitectura structurala speciala, este mentinuta datorita formarii unui mare numar de punti de hidrogen intracatenare la care participa oxigenul carbonilic din vecinatatea unei legaturi peptidice si hidrogenul iminic din vecinatatea alteia, situata la o distanta de 0 resturi de aminoacizi. %ceste punti de hidrogen sunt aproape paralele cu axul moleculei, iar ntr$o spira intra .,6 resturi de aminoacizi. 8istanta dintre doua spire succesive este de /,0- (, iar diametrul lor este de 7,-7- (. 8upa un interval al @$helixului care cuprinde -1 resturi de aminoacizi, adica '& (, @$helixul este superpozabil, adica se repeta identic dupa fiecare / spire. %cest interval reprezinta asa$numita perioada mare de identitate 4perioada mica de identitate fiind reprezentata de secventa $ *A $ CA $ CO $3. 9odelul helicoidal a fost apoi confirmat experimental si reprezinta una din variantele structurii secundare a proteinelor. 9ulte date experimentale demonstreaza nsa faptul ca proteinele native nu prezinta o structura secundara total sau perfect spiralata. Cele mai multe proteine prezinta o organizare structurala partial helicoidala, n sensul ca regiuni cu structura de @$helix pot alterna cu regiuni ce prezinta alt tip de structura secundara. 2rocentul de @$helix n structura proteinelor oscileaza ntre 7 $ -7C n cazeina, actina si @$globulina, ntre -7 $ '7C n ribonucleaza, ntre '7 $ .7C la pepsina si histone, ntre .7 $ 0/C la ovalbumina, muramidaza si fibrinogen, ntre 67 $ 17C la mioglobina si hemoglobina si respectiv ntre 17 $ -77C n tropomiozina. Modelul straturilor pliate. 8atorita structurii lor chimice, prolina si hidroxiprolina nu se nscriu n structura @$helicoidala. %cesti doi aminoacizi heterociclici, dar si glicocolul, tind sa confere catenelor polipeptidice un alt tip de structura secundara, denumita -conformatie, care corespunde modelului straturilor pliate. Conform acestui model, doua sau mai multe catene polipeptidice, sau fragmente ale aceleiasi catene se orienteaza spatial sub forma pliata, n zig$zag. 9odelul straturilor pliate se poate prezenta n doua variante $ modelul straturilor pliate paralele 4caracteristic de exemplu pentru >$ Deratina3 se ntlneste atunci cnd la o extremitate a moleculei sunt orientate capetele C$terminale, iar la cealalta capetele *$terminale ale catenelor polipeptidice?
Fig. 5. Reprezentarea schematica a modelului straturilor -pliate ale structurii secundare a proteinelor $ modelul straturilor pliate antiparalele 4ntlnit de exemplu la fibroina3 se caracterizeaza prin faptul ca la ambele extremitati ale moleculei capetele C$terminale ale catenelor polipeptidice alterneaza cu cele *$terminale. n mod automat, atunci cnd structura >$pliata este formata de diferite fragmente ale aceleiasi catene polipeptidice, aceasta va fi de tip antiparalel. !tructura >$pliata este stabilizata de punti de hidrogen care se formeaza n mod similar ca n cazul structurii helicoidale, dar care sunt intercatenare si perpendiculare pe axul moleculei. 8aca la @$helix radicalii laterali ai resturilor de aminoacizi sunt orientati spre exterior, n structura >$pliata ei se orienteaza de o parte si de alta a planului legaturii peptidice, perpendicular pe acesta. 8e regula, punctele de trecere de la fragmentele helicoidale la cele pliate si invers sunt reprezentate de resturile de prolina si hidroxiprolina si uneori de cele de glicina. $ odelul tropocolagenului. !tructurile @$helicoidala si >$pliata sunt caracteristice marii ma"oritati a proteinelor. Exista nsa unele proteine, dintre care cea mai importanta este colagenul, care prezinta o structura secundara caracteristica ce a fost denumita modelul structural al colagenului . !tudiile de difractie a razelor # indica n colagen o structura secundara cu o perioada de identitate de ',16 (, paralela cu axul fibrei. 2onderea mare a resturilor de prolina si hidroxiprolina 4pna la '/C3 din molecula colagenului fac imposibila structura helicoidala sau pliata, acesti aminoacizi formnd un numar mic de punti de hidrogen. 9olecula colagenului este alcatuita din . catene polipeptidice, fiecare avnd o masa moleculara de 5/.777 8a si cte -.777 resturi de aminoacizi. Cele . catene ale colagenului sunt strns legate ntre ele prin punti de hidrogen, dnd nasteretropocolagenului 4fig. 63.
I.4.!. Structura tertiara a proteinelor 9a"oritatea proteinelor native au o structura spatiala compacta determinata de dimensiunile si polaritatea resturilor de aminoacizi precum si de succesiunea acestora n catenele polipeptidice componente. %cest nivel de organizare structurala reprezinta deci rezultatul interactiunilor dintre resturile aminoacizilor din catenele polipeptidice. !tructura tertiara este definita ca fiind forma structurala ce rezulta prin superspiralizarea a doua sau mai multe catene polipeptidice ce contin fragmente @$helicoidale si >$pliate ntr$o arhitectura spatiala complexa sub forma de ghem sau globula. Formarea unei structuri globulare native, caracteristica pentru o proteina data este un proces complex ce are la baza formarea unei multitudini de legaturi slabe, necovalente. 2rincipalele proteine ale caror structuri tertiare au fost bine studiate sunt hemoglobina, mioglobina, muramidaza, ribonucleaza, papaina, chimotripsinogenul, carboxipeptidaza %, subtilizina si altele. 9entinerea si stabilizarea structurii tertiare se realizeaza prin fortele de atractie ce apar ntre radicalii aminoacizilor componenti care se pot orienta n asa fel nct sa a"unga n pozitii favorabile formarii diferitelor tipuri de legaturi. 8intre acestea, cele mai importante sunt urmatoarele $ legaturile de hidrogen se formeaza ntre gruparile fenolice ale resturilor de tirozina si respectiv grupele $COOA apartinnd resturilor de acid aspartic si glutamic, sau ntre nucleul imidazolic al histidinei si grupa $OA a serinei? $ legaturile ionice se formeaza ntre grupele $COOA ale acizilor aspartic si glutamic si grupele $*A' ale lizinei si argininei. *umarul legaturilor ionice este relativ mic, deoarece ma"oritatea grupelor functionale ionizate interactioneaza cu dipolii apei. Conformatia proteinelor n solutie este de asa natura nct un numar ct mai mare de grupari polare sa fie expuse la suprafata arhitecturii moleculare, iar gruparile hidrofobe sunt orientate de regula spre interiorul moleculei? $ legaturile !an der "aals se formeaza ntre resturile hidrocarbonate ale aminoacizilor. %ceste interactiuni sunt date, n principal, de resturile de alanina, fenilalanina, leucina, valina, izoleucina etc. 9a"oritatea radicalilor nepolari, hidrofobi ai acestor aminoacizi se orienteaza spre interiorul moleculei asigurnd stabilitatea structurii acestora. Eadicalii polari, ionizati, ai unor aminoacizi 4n primul rnd cei de arginina, lizina, acid aspartic si acid glutamic3 sunt orientati spre exteriorul moleculei proteice unde interactioneaza cu dipolii apei din mediu.
8atorita aparitiei interactiunilor enumerate mai sus este asigurata pe de o parte nu numai stabilitatea structurii tridimensionale ci si conformatia optima din punct de vedere termodinamic. 2e de alta parte, diversitatea tipurilor de legaturi ntlnite n structura tertiara a proteinelor, precum si valorile energiilor de legatura, explica marea labilitate a proteinelor sub actiunea diversilor factori fizico$chimici cum ar fi pA$ul mediului, temperatura, presiunea osmotica, prezenta sau absenta unor substante chimice etc. 8ezorganizarea structurii tertiare, care este foarte complexa si variata, determina pierderea proprietatilor biologice ale proteinelorF 8eseori se pot produce modificari foarte mici n conformatia determinata de structura tertiara prin legarea ntr$un mod oarecare 4de exemplu adsorbtie3 a unui compus chimic cu masa moleculara mica. %ceste modificari conformationale poarta numele de efect alosteric si "oaca un rol extrem de important n reglarea activitatii enzimelor. n ceea ce priveste forma moleculelor proteice care este data de structura secundara si tertiara a acestora, se cunosc doua tipuri extreme 4proteine fibrilare si respectiv proteine globulare3, ma"oritatea proteinelor avnd nsa structuri intermediare. Forma moleculelor proteice nu depinde numai de factorii ce tin de nsasi structura proteinelor ci si de factorii de mediu. Eeplierea si superspiralizarea catenelor polipeptidice depind de pA$ul mediului, de salinitatea acestuia, de prezenta sau absenta anumitor compusi chimici, de presiune osmotica de temperatura etc., ceea ce explica marea variabilitate functionala a proteinelor n raport cu mediul de reactie, precum si faptul ca unele proteine fibrilare pot trece n forma globulara si invers, odata cu modificarea caracteristicilor mediului. I.4.4.Structura cuaternara a proteinelor %ceasta reprezinta nivelul de organizare cel mai nalt al proteinelor si este rezultatul interactiunilor dintre catenele polipeptidice independente, fiecare cu structura sa primara, secundara si tertiara caracteristica. %cest tip de structura nu se ntlneste la toate proteinele. El este caracteristic, n principal, proteinelor globulare a caror masa moleculara este mai mare de /7.777 8a si sunt proteine oligomere, adica au molecula formata din mai multi protomeri. !ubunitatile proteinelor oligomere pot fi foarte diferite n functie de complexitatea structurilor primara, secundara si tertiara. =nele proteine oligomere formeaza structuri cuaternare prin asocierea subunitatilor globulare 4cum se ntmpla n cazul hemoglobinei3 sau a unor subunitati spiralate, filiforme 4ca de exemplu la proteina virusului mozaicului tutunului $ B9)3. =n exemplu concret de proteina oligomera cu structura cuaternara este insulina, n formarea careia, un rol extrem de important l "oaca diferiti parametri fizico$chimici. !tructura primara a insulinei este cunoscuta, cea secundara este de tip @$helix, iar structura tertiara nu este nca pe deplin elucidata. !tructura cuaternara rezulta prin polimerizare si depinde de pA, temperatura, concentratia insulinei n mediu si de prezenta ionilor de Gn'H. n conditii obisnuite, insulina este un tetramer cu masa moleculara de '0.777 8a. <nsulina cristalizata poate exista sub forma de dimer dau hexamer, nsa uneori este prezenta exclusiv sub forma de monomer.
8e exemplu, insulina de cobai nu dimerizeaza n prezenta ionilor de Gn'H deoarece n pozitia ;'', restul de arginina existent la insulinele altor animale este nlocuit cu un rest de acid aspartic. !tudii asupra insulinei bovine n ceea ce priveste dinamica legarii zincului au aratat ca nu exista o legatura directa ntre legarea ionilor de Gn 'H si activitatea hormonala a insulinei deoarece fragmentele din molecula implicate n activitatea sa biologica sunt diferite de cele care participa la legarea zincului. Formarea dimerilor insulinei prin participarea ionilor de zinc are loc datorita existentei resturilor de histidina n catenele % 4fig. &3. %socierea moleculelor de insulina cu formare de trimeri si tetrameri are si o importanta practica deoarece preparatele de insulina utilizate pentru tratamentul diabetului zaharat difera dupa compozitia lor chimica si tipul de actiune astfel $ insulina obisnuita sau clasica este un preparat de insulina cristalizata care are o actiune rapida, efectele manifestndu$se dupa '7 $ .7 minute de la administrare, iar durata medie de actiune este de aproximativ 6 ore? $ #inc-globin-insulina este un preparat cu actiune mai lenta, efectele aparnd dupa - $ -,/ ore, cu un efect maxim dupa 6 $ 1 ore si o durata de actiune de cca -0 $ -6 ore?
Fig. %. Reprezentarea schematica a &ormarii dimerilor insulinei $ insulina $%& este un preparat de insulina a carei actiune se declanseaza dupa .,/ $ 0 ore de la administrare si ramne activa timp de '' $ '0 de ore? $ #inc-protamin-insulina 4sau insulina retard3 este un preparat cu actiune lenta ce se manifesta dupa / $ 6 ore de la administrare, timpul de actiune fiind de .7 $ .' de ore.
2roteinele oligomere pot avea o ierarhie complexa a subunitatilor din care sunt alcatuite. 8e exemplu,glutamat-dehidrogenaza din ficatul de bou are molecula formata din 1 subunitati identice, fiecare avnd o masa moleculara de '17.777 8a. ,a rndul ei, fiecare subunitate este constituita din cte / catene polipeptidice cu masa moleculara de aproximativ //.777 8a. n asemenea cazuri, notiunea de protomer se utilizeaza pentru a desemna catenele polipeptidice, iar pentru unitatea functionala se foloseste termenul de subunitate. !tructura cuaternara poate fi dezorganizata cu usurinta cu obtinerea protomerilor sau subunitatilor constitutive, mai ales prin diluarea solutiilor, modificarea pA$ului, adaugarea de uree, guanidina si unele saruri. n urma nlaturarii agentului care a determinat disocierea proteinelor oligomere, se constata auto$reasamblarea rapida cu formarea suprastructurilor cuaternare. 8upa cum s$a vazut mai sus, n proteine iau nastere mai multe tipuri de legaturi si interactiuni care explica marea complexitate si diversitate structurala ale acestor biomolecule. n proteinele native se formeaza deci att legaturi puternice, covalente, ct si legaturi si interactiuni slabe, fiecare dintre acestea ndeplinind anumite functii care asigura exercitarea rolului biologic specific fiecarei proteine n parte. a3 "egaturile co#alente. n structura tuturor proteinelor native exista doua tipuri de legaturi covalente legaturi peptidice si legaturi 4punti3 disulfidice. ,egaturile peptidice sunt identice cu cele de la peptide, avnd acelasi caracter partial de legatura dubla si servesc la ncatenarea resturilor de aminoacizi cu formarea cetenelor polipeptidice si a proteinelor, iar puntile disulfidice iau nastere prin oxidarea enzimatica a resturilor de cisteina cu formarea cistinei ,egaturile disulfidice "oaca un rol extrem de important n stabilizarea structurii spatiale a proteinelor. %tunci cnd resturile de cisteina implicate apartin aceleiasi catene polipeptidice se formeaza punti disulfidice intracatenare, dar daca resturile de cisteina sunt situate n catene diferite ele formeaza puntile disulfidice intercatenare. b3 "egaturile neco#alente "oaca, de asemenea, un rol important n stabilizarea conformatiei macromoleculelor proteice. 8intre acestea, cele mai importante sunt interactiunile hidrofobe, puntile de hidrogen, legaturile ionice etc. $ <nteractiunile hidrofobe iau nastere ntre resturile alchil sau aril cu caracter hidrofob ale diferitilor aminoacizi 4alanina, valina, leucina, izoleucina, fenilalanina si triptofan3. 2rocesul de formare a interactiunilor hidrofobe se poate reprezenta ca fiind rezultatul deplasarii radicalilor nepolari 4metil, etil, fenil etc.3 ai catenelor polipeptidice din mediul apos ntr$o zona hidrofoba formata ca urmare a interactiunii dintre aceste grupari. %sa se explica faptul ca la proteinele globulare, solubile, suprafata moleculelor este preponderent hidrofila, iar interiorul are n general caracter hidrofob.
Fig. #. Reprezentarea schematica a tipurilor de interactiuni ce se sta'ilesc n moleculele proteinelor a - legatura peptidica ' - legatura ionica c - punti de hidrogen d - interactiuni hidro&o'e e - punti disul&idice $ ,egaturile de hidrogen se formeaza ntre atomi de hidrogen legati covalent de atomi ce au o pereche de electroni neparticipanti si diversi atomi cu caracter electronegativ cum a fi atomii de oxigen, azot etc. n polipeptide si proteine, puntile de hidrogen pot fi att intercatenare 4asa cum se ntmpla de exemplu n @$helix3 ct si intracatenare 4ca n structura >$pliata3. $ ,egaturile ionice se formeaza preponderent ntre grupele carboxilice libere ale resturilor de acid aspartic si glutamic si respectiv grupele aminice libere ale resturilor de lizina si arginina.