3D 슬라이서

3D Slicer
3D 슬라이서
3DSlicerLogo.png
원저작자슬라이서 커뮤니티
안정된 릴리스
5.0.3 / 2022년 7월 8일; 26일 전(2022-07-08)
기입처C++, Python, Qt
운영 체제Linux, macOS, Windows
크기200 MB
이용가능기간:영어
유형과학적 시각화 및 이미지 컴퓨팅
면허증.BSD 스타일의
웹 사이트www.slicer.org

3D 슬라이서(Slicer)는 이미지[1][2] 분석 및 과학적 시각화를 위한 무료 오픈 소스 소프트웨어 패키지입니다.슬라이서는 자폐증, 다발성 경화증, 전신 홍반성 루푸스, 전립선암, 폐암, 유방암, 정신분열증, 정형외과 생체역학, COPD, 심혈관 질환 [3]및 신경외과 등 다양한 의료 분야에 사용됩니다.

대해서

3D Slicer는 이미지 분석 및 시각화를 위한 유연한 모듈러 플랫폼인 무료 오픈소스 소프트웨어(BSD 스타일 라이선스)로, 다양한 애플리케이션에 [4]대한 인터랙티브 및 배치 처리 도구 개발이 가능하도록 확장되었습니다.

3D Slicer는 이미지 등록, DTI(Diffusion Trackography) 처리, 이미지 가이던스 지원을 위한 외부 디바이스 인터페이스, GPU 지원 볼륨 렌더링 등의 기능을 제공합니다.모듈러 구조로 되어 있어 신기능을 추가할 수 있으며 컴포넌트에서는 이용할 수 없는 다양한 범용 기능을 갖추고 있습니다.에팅 [citation needed]툴

3DSlicer의 상호 작용적 시각화 능력 능력, 이미지 라벨에서 표면 모형을 짓고, 하드웨어 가속 볼륨 렌더링 자의적으로 지향적 이미지 조각들을 표시할 수도 있다.[표창 필요한]3DSlicer 또한(fiducials과 측정 위해 위젯들을 맞춤형 색 지도)주석 기능의 풍부한 세트를 지원한다.[표창 필요한]

Slicer의 기능은 다음과 같습니다.[5]

  • DICOM 영상 처리 및 기타 다양한 형식 읽기/쓰기
  • 볼륨 감지 Voxel 영상, 폴리곤 메시 및 볼륨 렌더링의 대화형 시각화
  • 수동 편집
  • 강성 및 비강성 알고리즘을 사용한 데이터 융합 및 공동 등록
  • 자동 이미지 분할
  • 확산텐서 이미징 데이터 분석 및 시각화
  • 이미지 가이드 절차를 위한 장치 추적.

슬라이서는 Windows, Linux 및 MacOS를 포함한 여러 컴퓨팅 플랫폼에서 사용할 수 있도록 컴파일되어 있습니다.

슬라이서는 BSD 스타일의 무료 오픈 소스 라이센스로 배포됩니다.이 라이선스는 학술적 또는 상업적 프로젝트에서 소프트웨어를 사용하는 데 제한이 없습니다.그러나 특정 작업에 유용한 소프트웨어에 대한 클레임은 없습니다.현지 규칙 및 규정을 준수하도록 보장하는 것은 전적으로 사용자의 책임입니다.슬라이서는 미국 FDA나 다른 규제 기관에 의해 임상 사용이 공식적으로 승인되지 않았다.

이미지 갤러리

  • Hardware accelerated volume rendering with OpenGL.

    OpenGL을 통한 하드웨어 고속 볼륨 렌더링.

  • ProstateNav Module for MRI guided robot assisted biopsy of the prostate.

    전립선에 대한 MRI 유도 로봇 보조 조직 검사를 위한 전립선 항법 모듈.

  • Left: 3D rendering. Right: Open MR system

    왼쪽: 3D 렌더링.오른쪽: MR 시스템을 엽니다.

  • Visualization of some atlas-based ROIs which correspond to major anatomical fiber tracts. The atlas was provided as part of a download of DTI studio.

    주요 해부학적 섬유 부위에 해당하는 일부 Atlas 기반 ROI 시각화.이 지도책은 DTI 스튜디오 다운로드의 일부로 제공되었습니다.

  • High resolution data acquired on 3-Tesla magnet and post-processed using automated tracking procedure.

    3-Tesla 마그넷으로 취득하여 자동 추적 절차를 사용하여 후처리한 고해상도 데이터.

  • High-dimensional white matter atlas generation and group analysis: result of automatic segmentation of novel subjects.

    고차원 백질 지도책 생성 및 그룹 분석: 새로운 피사체의 자동 분할 결과.

  • Patient-specific modeling in a patient with congenital heart disease.

    선천성 심장병 환자의 환자별 모델링.

  • Left: Three-dimensional model of levator ani subdivisions including the pubic bone and pelvic viscera. Right: The same model without the pubic bone.

    왼쪽: 치골과 골반 내장을 포함한 부위의 3차원 모델.오른쪽: 치골 없이 같은 모델입니다.

  • Cortical parcellations derived from SPGR images obtained from a tumor patient.

    종양 환자로부터 얻은 SPGR 영상에서 도출된 피질 파셀화.

  • Intraoperative colocalization using iMRI images and 3-D Slicer software.

    iMRI 영상 및 3-D Slicer 소프트웨어를 사용한 수술 중 혈소 조절.

역사

슬라이서는 1998년 [6]브리검 여성병원 외과기획연구소와 MIT 인공지능연구소의 석사논문 프로젝트로 시작돼 수천 차례 다운로드됐다.2007년에 Slicer의 완전히 개선된 버전이 출시되었습니다.Slicer의 다음 주요 리팩터링은 2009년에 시작되었으며, Slicer의 GUI를 KWWidgets 사용에서 Qt로 전환했습니다.Qt 대응 슬라이서 버전4는 2011년에 [7]출시되었습니다.슬라이서4는 2022년 현재 전 [8]세계 이용자가 100만 건 이상 다운로드했다.

슬라이서 소프트웨어는 이미지 분석 개선을 목적으로 한 다양한 연구 출판물을 가능하게 했습니다.[9]

이 중요한 소프트웨어 프로젝트는 NA-MIC, NAC, BIRN, CIMIT, Harvard Catalyst 및 NCIGT 커뮤니티를 포함한 여러 대규모 NIH 지원 노력에 의해 실현되었습니다.자금 지원은 NCRR, NIBIB, NIH 로드맵, NCI, NSF 및 DOD를 포함한 여러 연방 자금원에서 이루어진다.

사용자

Slicer의 플랫폼은 확산 텐서 이미징, 기능성 자기 공명 이미징 및 이미지 유도 방사선 치료를 위한 고급 이미지 분석 알고리즘뿐만 아니라 멀티모달 이미지 데이터의 분할, 등록 및 3차원 시각화를 위한 기능을 제공합니다.표준 이미지 파일 형식이 지원되며 응용 프로그램은 생체 의학 연구 소프트웨어에 인터페이스 기능을 통합합니다.

Slicer 임상 연구의 다양한로 사용되어 왔다.시술 치료 연구에서, Slicer고 자주 모습을 상상하는 사전 및 intra-operatively 공간 좌표의 도구 추적을 위해 그 acquiring을 허용하기 위해 사용할 수 있는 MRI데이터의 모음을 생성하는 데 사용하다.[10]사실, Slicer 이미 혈관 치료에는 200개가 넘는 출판물 1998년부터 Slicer을 참조할 때의 중추적인 역할을, 저 땅과 함께 성장으로 간주될 수 있었다.[11]

기존의 MRI부터 3D모델을 만들어 내는 것 외에, Slicer 또한 선물 정보를 fMRI(MRI는 뇌 척추 신경 코드 활동과 관련된 혈액 흐름을 평가하기 위해 사용)[12]DTI(MRIimaged 조직에 물의 제한된 확산을 측정하는 방법)[13]과 흐름을에서 파생되는 데 사용되었다.[14]예를 들어, Slicer의 DTI패키지 DTI이미지의 전환 및 분석을 허용한다.이러한 분석의 결과는 형태론적 MRI분석, MRangiograms과 fMRI의 결과에 통합될 수 있다.Slicer의 또 다른 이용 paleontology[15]과 신경 외과 수술 계획을 포함한다.[16]

에는 Slicer의 분과 서버에 적극적 사회다.[17]

개발자

그 Slicer 개발자 오리엔테이션을 개발자들이 플랫폼으로 새로운 자원들을 제공한다.Slicer 발전은 Slicer적 담론 포럼에, 개발 통계 자료의 요약 Ohloh에서 이용 가능하다 조정됩니다.[18]

3DSlicer VTK, 여러 과학적 시각화와 ITK, 프레임워크는 널리 영상 분할과 이미지 등록의 발전에 사용되는에서 사용되는pipeline-based 그래픽 도서관 위에 지어졌다.버전 4에서는 핵심 응용 프로그램 C++에서, API파이선 래퍼를 통해 포함되어 파이선 콘솔에 신속하고 반복 개발과 시각화 기술을 이용할 수는 구현됩니다.사용자 인터페이스 Qt에서, C++또는 파이선을 사용 연장할 수도 있구현됩니다.[19]

Slicer 모듈형 개발 중 몇 유형을 지원합니다.완전하게 상호 협동적으로, 사용자 지정 인터페이스 C++또는 Python으로 쓸 수 있다.어떤 언어로든진 명령줄 프로그램을 그래픽 인터페이스 자동으로 생성된 경량 XML규격을 사용하여 포장될 것입니다.

Slicer 코어 어플리케이션에서 배포되지 않은 모듈의 경우 Slicer 내에서 선택적으로 다운로드 할 수 있도록 자동으로 구축 및 배포하는 시스템을 사용할 수 있습니다.이 메커니즘은 Slicer 코어에 사용되는 허용 BSD 스타일의 라이센스와 다른 라이센스 요건을 가진 코드를 쉽게 통합할 수 있도록 합니다.

슬라이서 빌드 프로세스에서는 CMake를 사용하여 전제조건 및 옵션 라이브러리(Qt 제외)를 자동으로 빌드합니다.핵심 개발 사이클에는 온라인 대시보드를 사용하여 모니터링되는 모든 플랫폼에서 자동 테스트와 증분 빌드 및 야간 빌드가 포함됩니다.

Slicer의 개발은 주로 GitHub [20]저장소를 통해 관리된다.

외부 의존 관계

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ Golby, Alexandra J. (2015-05-05). Image-Guided Neurosurgery. Academic Press. ISBN 9780128011898.
  2. ^ Piper S., Halle M., Kikinis R. 3D 슬라이서.제1회 IEEE 국제 생물의학 영상 심포지엄 진행:Nano에서 Macro 2004로, 1:632~635.
  3. ^ Adriaan, Germain (2011-08-16). 3dslicer. Brev Publishing. ISBN 9786136666464.
  4. ^ "3D Slicer". www.slicer.org. Retrieved 2017-09-20.
  5. ^ 피퍼 S, 로렌센 B, 슈로더 W, 키키니 R.NA-MIC 키트: 의료 이미지 컴퓨팅 커뮤니티를 위한 개방형 플랫폼으로서의 ITK, VTK, 파이프라인, 그리드 및 3D 슬라이서.제3회 IEEE 국제 생물의학 영상 심포지엄 진행:Nano에서 Macro 2006으로, 1:698-701.
  6. ^ Hirayasu, Y; Shenton, ME; Salisbury, DF; Dickey, CC; Fischer, IA; Mazzoni, P; Kisler, T; Arakaki, H; Kwon, JS; Anderson, JE; Yurgelun-Todd, D; Tohen, M; McCarley, RW (1998). "Lower left temporal lobe MRI volumes in patients with first-episode schizophrenia compared with psychotic patients with first-episode affective disorder and normal subjects". The American Journal of Psychiatry. 155 (10): 1384–91. doi:10.1176/ajp.155.10.1384. PMID 9766770. S2CID 14136755.
  7. ^ Fedorov; Beichel; Kalpathy-Cramer; Finet; Fillion-Robin; Pujol; Bauer; Jennings; Fennessy; Sonka; Buatti; Aylward; Miller; Pieper; Kikinis (2012). "3D Slicer as an image computing platform for the Quantitative Imaging Network". Magnetic Resonance Imaging. 30 (9): 1323–41. doi:10.1016/j.mri.2012.05.001. PMC 3466397. PMID 22770690.
  8. ^ "Slicer 4 reaches 1 million downloads". 10 March 2022.
  9. ^ "Literature Search showing over 14,500 publications that reference 3D Slicer on Google Scholar". Retrieved 2019-12-09.
  10. ^ Hata, N; Piper, S; Jolesz, FA; Tempany, CM; Black, PM; Morikawa, S; Iseki, H; Hashizume, M; Kikinis, R (2007). "Application of open source image guided therapy software in MR-guided therapies". Medical Image Computing and Computer-assisted Intervention. 10 (Pt 1): 491–8. doi:10.1007/978-3-540-75757-3_60. PMID 18051095.
  11. ^ 1998년 이후의 슬라이서 사용을 인용한 출판물 목록은 http://www.slicer.org/publications/pages/display/?collectionid=11을 참조하십시오.
  12. ^ Archip, N; Clatz, O; Whalen, S; Kacher, D; Fedorov, A; Kot, A; Chrisochoides, N; Jolesz, F; Golby, A; Black, PM; Warfield, SK (2007). "Non-rigid alignment of pre-operative MRI, fMRI, and DT-MRI with intra-operative MRI for enhanced visualization and navigation in image-guided neurosurgery". NeuroImage. 35 (2): 609–24. doi:10.1016/j.neuroimage.2006.11.060. PMC 3358788. PMID 17289403.
  13. ^ Ziyan, U; Tuch, D; Westin, CF (2006). "Segmentation of thalamic nuclei from DTI using spectral clustering". Medical Image Computing and Computer-assisted Intervention. 9 (Pt 2): 807–14. doi:10.1007/11866763_99. PMID 17354847.
  14. ^ Verhey, JF; Nathan, NS; Rienhoff, O; Kikinis, R; Rakebrandt, F; D'ambra, MN (2006). "Finite-element-method (FEM) model generation of time-resolved 3D echocardiographic geometry data for mitral-valve volumetry". BioMedical Engineering OnLine. 5: 17. doi:10.1186/1475-925X-5-17. PMC 1421418. PMID 16512925.
  15. ^ "The Open Source Paleontologist: 3D Slicer: The Tutorial Part VI". 5 March 2009.
  16. ^ http://picasaweb.google.com/107065747472066371420
  17. ^ "3D Slicer Forum". 3D Slicer.{{cite web}}: CS1 maint :url-status (링크)
  18. ^ "marching cubes biomedical optics". stef2cnrs.wordpress.com (in French). Retrieved 2017-09-20.
  19. ^ Detection and Quantification of Small Changes in MRI Volumes. 2014. p. 18.
  20. ^ "Slicer/Slicer". GitHub. 4 June 2022.

외부 링크

Wikimedia Commons에는 3DSlicer 관련 미디어가 있습니다.