프리서퍼

FreeSurfer
프리서퍼
Brainanim.gif
개발자마르티노스 생물의학영상센터
안정된 릴리스
7.1
저장소
운영 체제Linux 또는 Mac OS X
유형신경 영상 데이터 분석
면허증.FreeSurfer 소프트웨어[1] 라이선스
웹 사이트프리서퍼
FreeSurfer에 포함된 FreeView 응용 프로그램의 화면 캡처.

FreeSurfer는 원래 Bruce Fischl, Anders Dale, Martin Sereno 및 Doug [2]Greve에 의해 개발된 뇌 이미징 소프트웨어 패키지입니다.프리서퍼의 개발과 유지보수는 현재 아티눌라 A의 컴퓨터 신경영상 연구소에서 주로 담당하고 있습니다. 마르티노스 생물의학영상센터FreeSurfer에는 뇌 조직의 자기공명영상(MRI) 스캔 분석에 공통 초점을 맞춘 일련의 프로그램이 포함되어 있습니다.기능적 뇌 매핑에서 중요한 도구이며 볼륨 기반 [4]및 표면 기반 분석을 모두 수행할 수 있는 도구를 포함합니다.FreeSurfer에는 회색/흰색 및 피알 표면의 위상적으로 정확하고 기하학적으로 정확한 모델을 재구성하고 피질 두께, 표면적 및 접힘을 측정하며 피질 접힘 패턴을 기반으로 피질 간 등록을 계산하는 도구가 포함되어 있습니다.

FreeSurfer 소프트웨어 패키지는 2022년 4월[5] 현재 57,541부가 사용되도록 등록되었으며 Human Connectome Project,[6] UK Biobank,[7] 청소년 두뇌 인지 발달 연구,[8] 알츠하이머병 신경 영상화 [9]이니셔티브의 처리 파이프라인의 핵심 도구입니다.

FreeSurfer는 피질 표면을 구체로 변형하여 피질 간 비교를 지원합니다.

사용.

FreeSurfer 처리 스트림은 recon-all이라는 [10]셸 스크립트에 의해 제어됩니다.이 스크립트는 원시 MRI 이미지를 형태 측정 및 통계 분석에 쉽게 사용할 수 있는 형식으로 구성하는 구성 요소 프로그램을 호출합니다.FreeSurfer는 볼륨을 자동으로 분할하고 표면을 표준화된 관심 영역(ROI)으로 해석합니다.Freesurfer는 mri_glmfit 도구를 사용하여 통계(일반 선형 모델) 분석을 위해 모핑된 구형 방법을 사용하여 피실험자의 평균을 구합니다.FreeSurfer에는 다음과 같은 다양한 용도를 가능하게 하는 다양한 패키지가 포함되어 있습니다.

  • FreeView는 FreeSurfer 출력을 시각화하는 도구이며 일반적인 MRI 이미지 [12]형식을 표시할 수도 있습니다.
  • TRACULA, 확산 이미지에서 백질로트 데이터를 구성하는 도구
  • 기능성 MRI 데이터 분석 도구인 FSFAST
  • XHemi, 반구간 등록용[15]
  • LGI: 접힘 정도 또는 국소 [16]GI를 계산합니다.
  • 선형 혼합 효과[17] 모형을 위한 Matlab 도구 상자

상호 운용

FreeSurfer는 영국 옥스포드의 FMRIB(Functional MRIB) 그룹이 작성한 이미지 분석용 포괄적인 라이브러리인 FMRIB 소프트웨어 라이브러리(FSL)와 쉽게 상호 운용할 수 있습니다.FS-FAST(FreeSurfer Functional Analysis Stream) 또는 FSL 도구를 사용하여 얻은 기능 활성화 결과를 FreeSurfer를 사용하여 팽창, 스페이드 또는 평탄한 피질 표면에 중첩할 수 있습니다.SPM(Statistical Parametric Mapping)의 데이터는 FreeSurfer [18]패키지에 포함된 도구를 통해 FreeSurfer 데이터 세트에 통합할 수 있습니다.또한 FreeSurfer는 배포와 함께 제공되는 MNI MINC, VXL, Tcl/Tk/Tix/BLT, VTK, KWidget 및 Qt의 [19]툴킷을 사용합니다.Carlet, AFNI/SUMA, MNE 및 3D Slicer와 같은 다른 신경 이미징 프로그램도 FreeSurfer에서 처리된 데이터를 가져올 수 있습니다.

다운로드.

FreeSurfer는 Mac OS 및 Linux에서 실행됩니다.무료 등록 및 바이너리 설치는 무료로 제공되지만 FreeSurfer [20]바이너리를 실행하려면 라이센스 키(텍스트 파일)가 필요합니다.매뉴얼은 FreeSurfer[21] Wiki에서 찾을 수 있으며 개발자 및 커뮤니티에서 FreeSurfer 메일링 목록을 통해 제한된 지원을 받을 수 있습니다.

선택한 레퍼런스

다음은 FreeSurfer 팀이 FreeSurfer를 [22]통해 얻은 연구 결과를 발표할 때 추천하는 참고 자료 샘플입니다.인용 건수는 2019년 8월 현재 Google Scholar를 통해 획득되었습니다.

제목 연도 인용문
피질 표면 기반 분석.I. 분할 및 표면 재구성.[23] 1999 6469
피질 표면 기반 분석.II: 인플레이션, 평탄화 및 표면 기반 좌표계.[24] 1999 4507
피질 [25]표면에 대한 고해상도 피사체 간 평균화 및 좌표계. 1999 2339
자기공명영상으로부터 [26]인간 대뇌피질의 두께를 측정하는 것. 2000 3863
자동 다지관 수술: 기하학적으로 정확하고 토폴로지적으로 올바른 인간 [27]대뇌 피질 모델을 구축합니다. 2001 1258
뇌 전체의 분할: 인간 [28]뇌의 신경해부학적 구조에 대한 자동 라벨 부착. 2002 5066
MRI에서 [29]두개골 박리 문제에 대한 하이브리드 접근법. 2004 1584
인간의 [30]대뇌피질을 자동으로 파셀화시키는 거죠 2004 2731
MRI에서 인간의 대뇌피질을 세분화하기 위한 자동 라벨링 시스템은 Gyral 기반의 [31]관심 영역을 스캔합니다. 2006 4932

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ [1] FreeSurfer 소프트웨어 라이센스 페이지
  2. ^ Fischl, Bruce (15 August 2012). "FreeSurfer". NeuroImage. 62 (2): 774–781. doi:10.1016/j.neuroimage.2012.01.021. ISSN 1053-8119. PMC 3685476. PMID 22248573.
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  4. ^ Dale, Anders M.; Fischl, Bruce; Serenob, Martin I. (February 1999). "Cortical Surface-Based Analysis: I. Segmentation and Surface Reconstruction" (PDF). NeuroImage. 9 (2): 179–194. doi:10.1006/nimg.1998.0395. PMID 9931268. S2CID 2807360. Retrieved 29 August 2018.
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  19. ^ [4] 개발자 가이드
  20. ^ [5] 노트 다운로드
  21. ^ [6] 프리서퍼 Wiki
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  24. ^ Fischl, B.; Sereno, M. I.; Dale, A. M. (February 1999). "Cortical surface-based analysis. II: Inflation, flattening, and a surface-based coordinate system". NeuroImage. 9 (2): 195–207. doi:10.1006/nimg.1998.0396. ISSN 1053-8119. PMID 9931269. S2CID 3100335.
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외부 링크