CCDC47
| CCDC47 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | CCDC47 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 618260 MGI: 1914413 HomoloGene: 41351 GeneCards: CCDC47 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 17: 63.75 – 63.78 Mb | Chr 11: 106.09 – 106.11 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Domen upredene zavojnice 47 (CCDC47) je gen na hromosomu 17, lokus 17q23.3 koji kodira protein CCDC47. Gen ima nekoliko alijasa, uključujući GK001 i MSTP041. Sam protein sadrži domene sa upredenom zavojnicom, superporodice SEEEED, domen nepoznate funkcije (DUF1682) i transmembranski domen. Funkcija proteina je nepoznata, ali predloženo je da je CCDC47 uključen u homeostazu iona kalcija i odgovor na preopterećenje endoplazmatskog retikuluma.[5]
Gen
[uredi | uredi izvor]Sam gen CCDC47 nalazi se na minus lancu ljudskog hromosoma 17 i sadrži 13 egzonskih mjesta prerade i 14 različitih introna. Nakon uklanjanja egzona, gen je dugačak 3.445 baznih parova. Nisu pronađeni dokazi za mikro RNK ili pseudogenima .Gen nema razne izoforme, postoji samo varijanta transkripta 1X. [[slika:Chromosome 17 Diagram.jpg|thumb|400px|left|Genske lokacije CCDC47 na
Protein
[uredi | uredi izvor]Struktura
[uredi | uredi izvor]Dužina polipeptidnog lanca je 483 aminokiseline, sa molekulskom težinom od 55.874,[6].
Aminokiselinska sekvenca
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MKAFHTFCVV | LLVFGSVSEA | KFDDFEDEED | IVEYDDNDFA | EFEDVMEDSV | ||||
| TESPQRVIIT | EDDEDETTVE | LEGQDENQEG | DFEDADTQEG | DTESEPYDDE | ||||
| EFEGYEDKPD | TSSSKNKDPI | TIVDVPAHLQ | NSWESYYLEI | LMVTGLLAYI | ||||
| MNYIIGKNKN | SRLAQAWFNT | HRELLESNFT | LVGDDGTNKE | ATSTGKLNQE | ||||
| NEHIYNLWCS | GRVCCEGMLI | QLRFLKRQDL | LNVLARMMRP | VSDQVQIKVT | ||||
| MNDEDMDTYV | FAVGTRKALV | RLQKEMQDLS | EFCSDKPKSG | AKYGLPDSLA | ||||
| ILSEMGEVTD | GMMDTKMVHF | LTHYADKIES | VHFSDQFSGP | KIMQEEGQPL | ||||
| KLPDTKRTLL | FTFNVPGSGN | TYPKDMEALL | PLMNMVIYSI | DKAKKFRLNR | ||||
| EGKQKADKNR | ARVEENFLKL | THVQRQEAAQ | SRREEKKRAE | KERIMNEEDP | ||||
| EKQRRLEEAA | LRREQKKLEK | KQMKMKQIKV | KAM |
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Protein kiji je kodiran CCDC47-om ima dužinu od 483 aminokiseline i sadrži signalni peptid i transmembranski domen. Bogat je negativno nabijenim aminokiselinama, kao što su asparaginska i glutaminska kiselina, dajući mu kiselu izoelektričnu tačku od 4,56.[7] Protein je također bogat metioninom. Ukupno je težak 55,9 kDa, što se konzervira kroz razne ortologe. CCDC47 također sadrži SEEEED superporodicu i domen nepoznate funkcije 1682 (DUF1682). Superporodica SEEEED je kratko, malo složeno područje, koje se uglavnom sastoji od serina. Porodica rutinski leži na kompleksu klatrinskog adaptera 3 proteinske beta-1 podjedinice.[8] Tačna funkcija DUF 1682 nije jasna, ali jedan član porodice opisan je kao protein specifičan za adipocite.[9] [[slika:C Terminus CCDC47.png|thumb|Progrtam PHYRE je sa 76,1% pouzdanosti mogao predvidjeti strukturu C-kraja CCDC47 iz aminokiselina 396-473. Ova alfa-heliks na struktura je prikazana gore.]]
U strukturi CCDC47, postoje dvije predviđene disulfidne veze, kod cisteina 209 do 214 i cisteina 215 do 283.[10] C-terminalni dio proteina je visoko nabijen i predviđa se da je njegova sekundarna struktura regija alfa-heliksnog područja.[11] Ovo područje također sadrži domene upredenih zavojnica, koji su strukturni motivi u kojima se zajedno savijaju 2-7 alfa-heliksi i potom uključuju u biološku ekspresiju. Ovi domeni obično slijede obrazac HxxHCxC, gdje je H hidrofobna aminokiselina, C je nabijena aminokiselina, a x je bilo koja aminokiselina.[12] Mnoge aminokiselinskr sekvence koje slijede ovaj obrazac vide se u C-terminalnom području CCDC47, gdje je zastupljeno najveće konzerviranje putem ortologa.
Regulacijai translacija
[uredi | uredi izvor]CCDC47 je reguliran promotor GXP43413.[13] Promotor je dug 819 baznih parova i izuzetno je konzerviran kod sisara. Konzervirana mjesta vezanja kod sisara koja se nalaze na ovom promotoru uključuju jedarnini respiratorni faktor 1 (NFR1), cAMP-reagujući element koji veže element (CREB), PAR b ZIP porodicu i Sp4 transkripcijski faktor. NRF1 kodira protein homodimerizacije i aktiviranja ekspresije ključnih metaboličkih gena. CREB se veže na elemente odgovora na cAMP, povećavajući ili smanjujući transkripciju gena nizvodno[14] dok je porodica PAR b ZIP uključena u regulaciju cirkadijskih ritmova.[15]
Što se tiče iRNK, transkacija počinje u baznom paru 337 i završava sa 1728. Postoji snažna matična petlja koja se nalazi u 5 'UTR regionu, od baza 289-318, koji je vjerovatno uključen u regulaciju iRNK, zbog njegove neposredne blizine startnom kodonu.[16]
Ćelijska distribucija
[uredi | uredi izvor]Smatra se da se konačni protein prenosi iz endoplazmatskog retikuluma (ER) u ćelijsku citoplazmu. Protein je usidren u membrani ER na transmembranskom domenu koji se nalazi od aminokiseline 137 do 165.[17] Predviđa se da je dio proteina koji se proteže u citosol vrlo fosforiliran, jer su mjesta fosforilacije proteina konzrvirana u ortolozima košljoriba.[18] Istraživanje je pokazalo da se CCDC47 eksprimira u odgovoru na preopterećenje ER, što čini ovu blizinu ER važnom.[19]
Posttranslacijska modifikacija
[uredi | uredi izvor]Pored visokog nivoa fosforilacija viđenog u CCDC47, predviđaju se i konzerviraju tri mjesta za sulfiniranje kod sisara, gmizavaca i ptica, ali ne i kod riba, vodozemaca i beskičmenjaka.[20] Također se uočava et potencijalnih mjesta sumoilacija i konzervira u prošlost, sve do košljoriba.[21] Ne postoji glikozilacija proteina jer se ne predviđa da će se proširiti u vanćelijski dio ćelije.
Ekspresija
[uredi | uredi izvor]Obrasci mikromreža ekspresije tkiva iz GEO analizirani su i pokazali su da se čini da je CCDC47 sveprisutno izražen u umjerenim nivoima u mnogim različitim ljudskim tkivima.[22] Iako je protein sveprisutan, najveći nivo ekspresije zabilježen je u neuronskim tkivima kao što su gornja cerviksna ganglija, moždana amigdala i cilijarna ganglija. Povišena ekspresija se takođe vidi u štitnjači i CD34 + ćelijama.
Homologija
[uredi | uredi izvor]CCDC47 nema poznate paraloge putem tekstualnih upita, BLAST i BLAT. Gen ima mnogo ortologa, koji se protežu natrag do beskičmenjaka kao što je C. elegans i vrlo je konzerviran kod sisara sa procentom identiteta većim od 95%. CCDC47 sekvenciran je u širokoj taksonomiji organizama, uključujući sisare, ptice, gmizavce, vodozemce, košljoribe i beskičmenjake. Procenat identiteta ljudskog CCDC47 određenom ortologu opada sa porastom godina divergencije, kako se očekivalo. Homologni geni CCDC47 također su prisutni kod komarca, gljiva, arabidopsa i azijskoe riže. Ovi homolozi sadrže isti DUF1682 koji se nalazi u CCDC47. Ne postoji glikozilacija proteina jer se ne predviđa da će se proširiti u vanćelijski dio ćelije.
| Rod
Vrsta |
Uobičajeno ime organizma | Divergencija od ljudi
(milioni godina)[23] |
Pristuoni broj proteina u NCBI | Identitet sekvence prema ljudskoj [24] | Dužina sekvence
(AA) |
|---|---|---|---|---|---|
| Mus musculus | Miš | 92,3 | NP_080285.2 | 97,90% | 483 |
| Myotis davidii | Mišouhi šišmiš | 94,2 | XP_006776781.1 | 97,50% | 483 |
| Elephantulus edwardii | Slonovska rovka | 98,7 | XP_006886355.1 | 95,00% | 483 |
| Alligator mississippiensis | Američki aligator | 296 | XP_006271625.1 | 91,00% | 482 |
| Falco cherrug | Stepski soko | 296 | XP_005439470.1 | 90,10% | 482 |
| Ophiophagus hannah | Kraljevska kobra | 296 | ETE73955 | 78,90% | 516 |
| Xenopus laevis | Afrička kandžasta žaba | 3712 | NP_001087058.1 | 78,70% | 489 |
| Danio rerio | Zebrica | 400,1 | NP_001004551.1 | 76,20% | 486 |
| Latimeria chalumnae | Latimerija | 414,9 | XP_00599466.3 | 83,50% | 478 |
| Saccoglossus kowalevskii | Žirnjak | 661,2 | XP_006822108 | 50,50% | 496 |
| Pediculus humanus corporis | Uholadža | 782,7 | XP_002424359 | 46,10% | 447 |
| Acyrthosiphon pison | Biljna uš | 782,7 | NP_001162147 | 43,50% | 449 |
| Caenorhabditis elegans | Obla glista | 937,5 | NP_497788.1 | 35,10% | 442 |
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000108588 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000078622 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "AceView". NCBI. Pristupljeno 1. 3. 2014.[trajno mrtav link]
- ^ "UniProt, Q96A33". Pristupljeno 12. 9. 2017.
- ^ "SAPS Anaysis". SDSC Workbench. Pristupljeno 14. 4. 2014.
- ^ "NCBI BLAST". National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 7. 3. 2014.[trajno mrtav link]
- ^ "Genecards". The Human Gene Compendium. Pristupljeno 7. 3. 2014.
- ^ "Sulfinator". ExPASy. Pristupljeno 7. 4. 2014.
- ^ "PHYRE 2 Protein Recognition Software". Pristupljeno 14. 4. 2014.
- ^ Mason JM, Arndt KM (2004). "Coiled coil domains: stability, specificity, and biological implications". ChemBioChem. 5 (2): 170–6. doi:10.1002/cbic.200300781. PMID 14760737. S2CID 39252601.
- ^ "El Dorado". Genomatix. Pristupljeno 3. 4. 2014.[trajno mrtav link]
- ^ "Protein One". Transcription Factors. Arhivirano s originala, 5. 6. 2014. Pristupljeno 29. 3. 2014.
- ^ "Protein Spotlight, The PAR b ZIP Family". Pristupljeno 28. 3. 2014.
- ^ "The mfold Web Server". Pristupljeno 3. 4. 2014.
- ^ "DAS-TM Filter Server". ExPASy. Arhivirano s originala, 5. 2. 2018. Pristupljeno 17. 4. 2014.
- ^ "NetPhos Server 2.0". ExPASy. Pristupljeno 20. 4. 2014.
- ^ Viguerie, Nathalie; Picard, Flora; Hul, Gabby; Roussel, Balbine; Barbe, Pierre; Iacovoni, Jason S.; Valle, Carine; Langin, Dominique; Saris, Wim H. M. (2012). "Multiple effects of a short-term dexamethasone treatment in human skeletal muscle and adipose tissue". Physiological Genomics. 44 (2): 141–151. doi:10.1152/physiolgenomics.00032.2011. ISSN 1094-8341. PMID 22108209.
- ^ "Sulfinator". ExPASy. Pristupljeno 20. 4. 2014.
- ^ "SumoPLOT". ExPASy. Pristupljeno 20. 4. 2014.[trajno mrtav link]
- ^ [https: // www.ncbi.nlm.nih.gov/geo "GEO Profiles"] Provjerite vrijednost parametra
|url=(pomoć). NCBI. Pristupljeno 20. mart 2014. - ^ "Time Tree: The Timescale of Life". Pristupljeno 13. 3. 2014.
- ^ "BLAST". NCBI. Pristupljeno 13. 3. 2014.
Vanjski linkovi
[uredi | uredi izvor]- Lokacija ljudskog genoma CCDC47 i stranica sa detaljima o genu CCDC47 u UCSC Genome Browseru.