Idi na sadržaj

ZC3HC1

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
ZC3HC1
Identifikatori
AliasiZC3HC1
Vanjski ID-jeviMGI: 1916023 HomoloGene: 32315 GeneCards: ZC3HC1
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 7 (čovjek)
Hrom.Hromosom 7 (čovjek)[1]
Hromosom 7 (čovjek)
Genomska lokacija za ZC3HC1
Genomska lokacija za ZC3HC1
Bend7q32.2Početak130,018,287 bp[1]
Kraj130,051,451 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 6 (miš)
Hrom.Hromosom 6 (miš)[2]
Hromosom 6 (miš)
Genomska lokacija za ZC3HC1
Genomska lokacija za ZC3HC1
Bend6|6 A3.3Početak30,366,379 bp[2]
Kraj30,391,027 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija• vezivanje iona cinka
• GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
• protein kinase binding
• vezivanje iona metala
Ćelijska komponenta• Jedarna membrana
• jedro
Biološki proces• ćelijski ciklus
• negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand
• protein ubiquitination
• Ćelijska dioba
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

51530

232679

Ensembl

ENSG00000091732

ENSMUSG00000039130

UniProt

Q86WB0

Q80YV2

RefSeq (mRNK)

NM_001282190
NM_001282191
NM_016478
NM_001363701

NM_172735
NM_001311086

RefSeq (bjelančevina)

NP_001269119
NP_001269120
NP_057562
NP_001350630

NP_001298015
NP_766323

Lokacija (UCSC)Chr 7: 130.02 – 130.05 MbChr 6: 30.37 – 30.39 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Antivirusni protein 1 cinkovog prsta tipa CCCH jest protein koji je kod ljudi kodiran genom ZC3HAV1.[5][6][7]

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 902 aminokiseline, а molekulska težina 101.431 Da.[8]

1020304050
MADPEVCCFITKILCAHGGRMALDALLQEIALSEPQLCEVLQVAGPDRFV
VLETGGEAGITRSVVATTRARVCRRKYCQRPCDNLHLCKLNLLGRCNYSQ
SERNLCKYSHEVLSEENFKVLKNHELSGLNKEELAVLLLQSDPFFMPEIC
KSYKGEGRQQICNQQPPCSRLHICDHFTRGNCRFPNCLRSHNLMDRKVLA
IMREHGLNPDVVQNIQDICNSKHMQKNPPGPRAPSSHRRNMAYRARSKSR
DRFFQGSQEFLASASASAERSCTPSPDQISHRASLEDAPVDDLTRKFTYL
GSQDRARPPSGSSKATDLGGTSQAGTSQRFLENGSQEDLLHGNPGSTYLA
SNSTSAPNWKSLTSWTNDQGARRKTVFSPTLPAARSSLGSLQTPEAVTTR
KGTGLLSSDYRIINGKSGTQDIQPGPLFNNNADGVATDITSTRSLNYKST
SSGHREISSPRIQDAGPASRDVQATGRIADDADPRVALVNDSLSDVTSTT
SSRVDDHDSEEICLDHLCKGCPLNGSCSKVHFHLPYRWQMLIGKTWTDFE
HMETIEKGYCNPGIHLCSVGSYTINFRVMSCDSFPIRRLSTPSSVTKPAN
SVFTTKWIWYWKNESGTWIQYGEEKDKRKNSNVDSSYLESLYQSCPRGVV
PFQAGSRNYELSFQGMIQTNIASKTQKDVIRRPTFVPQWYVQQMKRGPDH
QPAKTSSVSLTATFRPQEDFCFLSSKKYKLSEIHHLHPEYVRVSEHFKAS
MKNFKIEKIKKIENSELLDKFTWKKSQMKEEGKLLFYATSRAYVESICSN
NFDSFLHETHENKYGKGIYFAKDAIYSHKNCPYDAKNVVMFVAQVLVGKF
TEGNITYTSPPPQFDSCVDTRSNPSVFVIFQKDQVYPQYVIEYTEDKACV
IS

Struktura

[uredi | uredi izvor]

Gen

[uredi | uredi izvor]

Gen ZC3HC1 nalazi se na hromosomu 7 u pojasu 7q32.2 i uključuje 14 egzona.[7]

Protein

[uredi | uredi izvor]

NIPA je E3 ligaza od 60 kDa koja sadrži jednu C3HC tip cinkovog prsta i jednu regiju sličnu F-kutiji.[9][10][11] Štaviše, 50-aminokiselinska (aminokiseline 352-402) regija na svom C-terminalu služi kao [ signal jedarne translokacije (NLS sekvenca), dok se predlaže da regija s 96 ostataka (aminokiseline 306-402) služi kao domen koji veže fosfotirozin.[9][12] NIPA je jedna komponenti jedarnog kompleksa SCFNIPA, a pokazalo se da fosforilacija NIPA u tri serinska ostatka, Ser-354, Ser-359 i Ser-395 inaktivira kompleks u cjelini.[12]

Funkcija

[uredi | uredi izvor]

NIPA je široko eksprimiran u ljudskim tkivima, s najvećom ekspresijom u srcu, skeletnim mišićima i sjemenicima.[9] To je ljudski F-kutijski protein koji definira ubikvitinski E3-tip SCF, čija se forma regulira fosforilacijom ovisnom o ćelijskom ciklusu NIPA. Ciklin B1, bitan za ulazak u mitozu, cilja SCFNIPA u međufazi. Fosforilacija NIPA-e javlja se u G2 fazi, rezultira disocijacijom NIPA -e iz jedarnog SCF-a i dokazano je kritična za pravilan prijelaz G2/M.[13] Oscilirajuća ubikvitinacija jedarnog ciklina B1 pokretana kompleksom SCFNIPA doprinosi vremenu početka mitoze.[12][14] Prijavljeno je i da NIPA odgađa apoptozu, a lokalizacija NIPA -e je potrebna za ovu antiapoptotsku funkciju.[9]

Modelni organizmi

[uredi | uredi izvor]
Fenotip Zc3hc1 nokaut-miša
Svojstvo Fenotip
Vijabilnost homozigota Nenormalan
Studija letalne recesivnosti Normalan
Plodnost homozigota Nenormalan
Tjelesna težina Nenormalan[15]
Anksioznost otvorenog polja Nenormalan[16]
Neurološka procjena Nenormalan[17]
Snaga stiska Normalan
Test vruće ploče Normalan
Dismorfologija Nenormalan[18]
Indirektna kalorimetrija Nenormalan[19]
Test tolerancije glukoze Normalan
Slušni odgovor moždanog stabla Normalan
DEXA Nenormalan[20]
Radiografija Nenormalan[21]
Tjelesna temperatura Normalan
Morfologija oka Normalan
Klinička hemija Normalan
Hematologija Nenormalan[22]
Limfociti periferne krvi Nenormalan[23]
Težina srca Normalan
Salmonella infekcija Normalan[24]
Citrobacter infekcija Normalan[25]
Svi testovi i analize su prema:[26][27]

U studiji funkcije ZC3HC1 upotrebljeni su i modelni organizmi. Uvjetna linija nokaut-miševa zvana Zc3hc1tm1a(KOMP)Wtsi[28][29] generirana je kao dio programa Međunarodnog konzorcija za nokaut-miševe — visokopropusnog projekta mutagenezeze za generiranje i distribuciju mutiranih životinjskih bolesti zainteresiranim naučnicima.[30][31][32]

Mužjaci i ženke podvrgnuti su standardiziranom fenotipskom pregledu, kako bi se utvrdili efekti delecija.[26][33] Na mutantnim miševima provedena su 22 ispitivanja i uočeno je jedanaest značajnih abnormalnosti.[26] Manje od očekivanog, homozigotni mutantni miševi identificirani su pri odbijanju. Mutanti su bili subfertilni, sa smanjenom vertikalnom aktivnošću na otvorenom polju, smanjenom tjelesnom masom, smanjenim brojem rebara i smanjenim brojem ćelija. Mužjaci su također imali smanjenu tjelesnu težinu, abnormalno držanje i atipske nlaze indirektne kalorimetrije. Ženke su također imale abnormalno kratku njušku i atipiske krvne parametre.[26]

Klinički značaj

[uredi | uredi izvor]

Kod ljudi, NIPA je bila uključena u kardiovaskularne bolestiu, studijama povezane sa genomom (GWAS). Konkretno, pokazalo se da jednonukleotidni polimorfizam (SNP) u ZC3HC1 predviđa koronarnu bolest.[34][35] Ovo predviđanje neovisno o uobičajenim faktorima rizika za kardiovaskularne bolesti, poput visokog nivoa holesterola, visokog krvnog pritiska, gojaznosti, pušenja i šećerna bolest diabetes mellitus, koji su primarne mete postojećih tretmana za koronarnu bolest. Stoga bi proučavanje funkcije ovog gena moglo identificirati nove puteve koji doprinose koronarnoj arterijskoj bolesti koji rezultiraju razvojem novih terapeutika.

Klinički marker

[uredi | uredi izvor]

Na lokusu 7q32.2 povezanom s koronarnom arterijom samo je jedan SNP (rs11556924) povezan s rizikom od bolesti koronarne arterije, bez drugih varijanti u neravnoteži snažne veze. Rs11556924 SNP u genu ZC3HC1 dovodi do polimorfizma arginin-histidina na aminokiselinskom ostatku 363 u NIPA-i.[36] Nadalje, rs11556924 je također povezan s promijenjenom debljinom karotidne intime-medija u pacijenata s reumatoidnim artritisom[37] i s promijenjenim rizikom od atrijske fibrilacije.[38]

Dodatno, studija o genetičkom riziku s više lokusa zasnovana na kombinaciji 27 lokusa, uključujući gen ZC3HC1, identificirala je osobe s povećanim rizikom i za incidentne i za ponavljajuće događaje koronarne arterijske bolesti, kao i za poboljšanu kliničku korist od terapije statinima. Studija se temeljila na kohortnoj studiji zajednice (studija Malmo Diet and Cancer) i četiri dodatna randomizirana kontrolirana ispitivanja kohorti primarne prevencije (JUPITER i ASCOT) i sekundarne kohorte prevencije (CARE i PROVE IT-TIMI 22).

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000091732 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000039130 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Gao G, Guo X, Goff SP (Sep 2002). "Inhibition of retroviral RNA production by ZAP, a CCCH-type zinc finger protein". Science. 297 (5587): 1703–6. doi:10.1126/science.1074276. PMID 12215647. S2CID 42188205.
  6. ^ Katoh M, Katoh M (Jul 2003). "Identification and characterization of human TIPARP gene within the CCNL amplicon at human chromosome 3q25.31". Int J Oncol. 23 (2): 541–7. doi:10.3892/ijo.23.2.541. PMID 12851707.
  7. ^ a b "Entrez Gene: ZC3HAV1 zinc finger CCCH-type, antiviral 1".
  8. ^ "UniProt, Q7Z2W4" (jezik: engleski). Pristupljeno 30. 9. 2021.
  9. ^ a b c d Ouyang T, Bai RY, Bassermann F, von Klitzing C, Klumpen S, Miething C, Morris SW, Peschel C, Duyster J (august 2003). "Identification and characterization of a nuclear interacting partner of anaplastic lymphoma kinase (NIPA)". The Journal of Biological Chemistry. 278 (32): 30028–36. doi:10.1074/jbc.M300883200. PMID 12748172.
  10. ^ Kunnas T, Nikkari ST (august 2015). "Association of Zinc Finger, C3HC-Type Containing 1 (ZC3HC1) rs11556924 Genetic Variant With Hypertension in a Finnish Population, the TAMRISK Study". Medicine. 94 (32): e1221. doi:10.1097/MD.0000000000001221. PMC 4616712. PMID 26266351.
  11. ^ "ZC3HC1 - Nuclear-interacting partner of ALK - Homo sapiens (Human) - ZC3HC1 gene & protein". www.uniprot.org. Pristupljeno 11. 10. 2016.
  12. ^ a b c Bassermann F, von Klitzing C, Illert AL, Münch S, Morris SW, Pagano M, Peschel C, Duyster J (juni 2007). "Multisite phosphorylation of nuclear interaction partner of ALK (NIPA) at G2/M involves cyclin B1/Cdk1". The Journal of Biological Chemistry. 282 (22): 15965–72. doi:10.1074/jbc.M610819200. PMID 17389604.
  13. ^ Bassermann F, von Klitzing C, Münch S, Bai RY, Kawaguchi H, Morris SW, Peschel C, Duyster J (juli 2005). "NIPA defines an SCF-type mammalian E3 ligase that regulates mitotic entry". Cell. 122 (1): 45–57. doi:10.1016/j.cell.2005.04.034. PMID 16009132. S2CID 16122567.
  14. ^ Bassermann F, Peschel C, Duyster J (novembar 2005). "Mitotic entry: a matter of oscillating destruction". Cell Cycle. 4 (11): 1515–7. doi:10.4161/cc.4.11.2192. PMID 16258267.
  15. ^ "Body weight data for Zc3hc1". Wellcome Trust Sanger Institute.
  16. ^ "Anxiety data for Zc3hc1". Wellcome Trust Sanger Institute.
  17. ^ "Neurological assessment data for Zc3hc1". Wellcome Trust Sanger Institute.
  18. ^ "Dysmorphology data for Zc3hc1". Wellcome Trust Sanger Institute.
  19. ^ "Indirect calorimetry data for Zc3hc1". Wellcome Trust Sanger Institute.
  20. ^ "DEXA data for Zc3hc1". Wellcome Trust Sanger Institute.
  21. ^ "Radiography data for Zc3hc1". Wellcome Trust Sanger Institute.
  22. ^ "Haematology data for Zc3hc1". Wellcome Trust Sanger Institute.
  23. ^ "Peripheral blood lymphocytes data for Zc3hc1". Wellcome Trust Sanger Institute.
  24. ^ "Salmonella infection data for Zc3hc1". Wellcome Trust Sanger Institute.
  25. ^ "Citrobacter infection data for Zc3hc1". Wellcome Trust Sanger Institute.
  26. ^ a b c d Gerdin AK (2010). "The Sanger Mouse Genetics Programme: High throughput characterisation of knockout mice". Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. doi:10.1111/j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID 85911512.
  27. ^ Mouse Resources Portal, Wellcome Trust Sanger Institute.
  28. ^ "International Knockout Mouse Consortium". Arhivirano s originala, 2. 6. 2012. Pristupljeno 30. 9. 2021.
  29. ^ "Mouse Genome Informatics".
  30. ^ Skarnes WC, Rosen B, West AP, Koutsourakis M, Bushell W, Iyer V, Mujica AO, Thomas M, Harrow J, Cox T, Jackson D, Severin J, Biggs P, Fu J, Nefedov M, de Jong PJ, Stewart AF, Bradley A (juni 2011). "A conditional knockout resource for the genome-wide study of mouse gene function". Nature. 474 (7351): 337–42. doi:10.1038/nature10163. PMC 3572410. PMID 21677750.
  31. ^ Dolgin E (juni 2011). "Mouse library set to be knockout". Nature. 474 (7351): 262–3. doi:10.1038/474262a. PMID 21677718.
  32. ^ Collins FS, Rossant J, Wurst W (januar 2007). "A mouse for all reasons". Cell. 128 (1): 9–13. doi:10.1016/j.cell.2006.12.018. PMID 17218247. S2CID 18872015.
  33. ^ van der Weyden L, White JK, Adams DJ, Logan DW (2011). "The mouse genetics toolkit: revealing function and mechanism". Genome Biology. 12 (6): 224. doi:10.1186/gb-2011-12-6-224. PMC 3218837. PMID 21722353.
  34. ^ Jones PD, Kaiser MA, Ghaderi Najafabadi M, McVey DG, Beveridge AJ, Schofield CL, Samani NJ, Webb TR (juli 2016). "The Coronary Artery Disease-associated Coding Variant in Zinc Finger C3HC-type Containing 1 (ZC3HC1) Affects Cell Cycle Regulation". The Journal of Biological Chemistry. 291 (31): 16318–27. doi:10.1074/jbc.M116.734020. PMC 4965579. PMID 27226629.
  35. ^ Jones PD, Kaiser MA, Ghaderi Najafabadi M, McVey DG, Beveridge AJ, Schofield CL, Samani NJ, Webb TR (juli 2016). "The Coronary Artery Disease-associated Coding Variant in Zinc Finger C3HC-type Containing 1 (ZC3HC1) Affects Cell Cycle Regulation". The Journal of Biological Chemistry. 291 (31): 16318–27. doi:10.1074/jbc.M116.734020. PMC 4965579. PMID 27226629.
  36. ^ Bassermann F, von Klitzing C, Münch S, et al. (juli 2005). "NIPA defines an SCF-type mammalian E3 ligase that regulates mitotic entry". Cell. 122 (1): 45–57. doi:10.1016/j.cell.2005.04.034. PMID 16009132. S2CID 16122567.
  37. ^ López-Mejías R, Genre F, García-Bermúdez M, Corrales A, González-Juanatey C, Llorca J, Miranda-Filloy JA, Rueda-Gotor J, Blanco R, Castañeda S, Martín J, González-Gay MA (1. 1. 2013). "The ZC3HC1 rs11556924 polymorphism is associated with increased carotid intima-media thickness in patients with rheumatoid arthritis". Arthritis Research & Therapy. 15 (5): R152. doi:10.1186/ar4335. PMC 3978706. PMID 24286297.
  38. ^ Yamase Y, Kato K, Horibe H, Ueyama C, Fujimaki T, Oguri M, Arai M, Watanabe S, Murohara T, Yamada Y (februar 2016). "Association of genetic variants with atrial fibrillation". Biomedical Reports. 4 (2): 178–182. doi:10.3892/br.2015.551. PMC 4734142. PMID 26893834.

Dopunska literatura

[uredi | uredi izvor]
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=ZC3HC1&oldid=3511383"