CONICET Digital Nro. A
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Química Orgánica: de la arquitectura molecular a la función biológica: curso de química orgánica para
carreras del área de las ciencias biológicas / María Enriqueta Adela Díaz de Vivar; Miriam Edith Solís;
Marisa Gladis Avaro. - 1a edición para el alumno - Comodoro Rivadavia: Universitaria de la Patagonia -
EDUPA, 2018.
ISBN 978-987-1937-92-9
1. Química Orgánica. I. Solís, Miriam Edith II. Avaro, Marisa Gladis III. Título
CDD 547
Esta obra se encuentra bajo Licencia Creative Commons Atribucion 4.0 Internacional. Esta licencia permite
copiar, distribuir, exhibir e interpretar este texto, siempre que se respete la autoría y se indique la procedencia.
2
QUÍMICA ORGÁNICA: DE LA ARQUITECTURA
MOLECULAR A LA FUNCIÓN BIOLÓGICA
CURSO DE QUÍMICA ORGÁNICA PARA CARRERAS DEL
ÁREA DE LAS CIENCIAS BIOLÓGICAS
3
ÍNDICE
Prólogo 8
Introducción 10
CAPÍTULO 1 14
Sección 3. Estereoisomería 37
Bibliografía 46
CAPÍTULO 2 47
Sección 1. Introducción 47
Bibliografía 75
CAPÍTULO 3 77
Sección 1. Introducción 77
Bibliografía 92
CAPÍTULO 4 93
4
Sección 3. Compuestos aromáticos 103
Bibliografía 109
CAPITULO 5 110
Sección 2. Relación entre la estructura, las interacciones no enlazantes y las propiedades físicas
113
Sección 4. Los alcoholes, tioles y halogenuros de alquilo como sustratos de sustitución nucleofílica
117
Bibliografía 121
CAPÍTULO 6 122
Sección 6. Reacciones de reducción del grupo carbonilo por adición nucleofílica de ion hidruro 135
Bibliografía 136
CAPÍTULO 7 137
Sección 1. Ácidos carboxílicos y derivados de ácidos carboxílicos. Tioésteres. Ésteres del ácido
fosfórico: su presencia en moléculas de interés biológico 137
Bibliografía 150
CAPÍTULO 8 151
5
Sección 3. Métodos espectroscópicos basados en absorción de REM 156
Bibliografía 172
CAPÍTULO 9 173
Seccion 3. Constituyentes de los lípidos hidrolizables simples con unión éster 176
Bibliografía 201
CAPÍTULO 10 202
Bibliografía 229
CAPÍTULO 11 230
Bibliografía 244
CAPÍTULO 12 245
Bibliografía 263
6
CAPÍTULO 13 265
Bibliografía 290
EPÍLOGO 292
7
Prólogo
Los libros de texto de química, y entre ellos los de química orgánica, han sufrido un importante
cambio en las últimas décadas. El mayor conocimiento adquirido de la estructura molecular hizo que
los textos, fundamentalmente descriptivos en el pasado, pasen a tener un enfoque más vinculado
con lo conceptual y estructural. El desarrollo de los métodos espectroscópicos y la difracción de
rayos X han permitido un conocimiento detallado de la estructura tridimensional no sólo de las
pequeñas moléculas, sino también de las macromoléculas y con ello, establecer la conexión
existente entre estructura espacial y propiedades. Así, se puede satisfacer el objetivo principal para
que el alumno comprenda que la composición química determina la estructura y que la estructura
determina la función.
En los textos de las primeras asignaturas universitarias no sólo son importantes los contenidos
abordados, sino también la metodología de enseñanza utilizada. Siempre es bueno recordar el viejo
proverbio ―Olvido lo que oigo, recuerdo lo que veo, entiendo lo que hago‖. Por eso el hacer es
fundamental.
El libro que hoy nos convoca, Química Orgánica: de la arquitectura molecular a la función biológica
de María Enriqueta A. Díaz de Vivar, con la colaboración de Miriam E. Solís y Marisa G. Avaro,
representa un soplo de aire fresco en la enseñanza de la química orgánica para las carreras de
ciencias biológicas y afines, desde el punto de vista de los contenidos y metodología de la
enseñanza.
En este libro se abordan los contenidos necesarios para el aprendizaje significativo de la química
orgánica con una fuerte orientación hacia la comprensión de la arquitectura molecular de las
biomoléculas. Este texto pretende servir de base o fundamento para que los alumnos de carreras
como Licenciatura en Ciencias Biológicas, Agronomía, Bioquímica y otras afines, puedan
comprender la estructura química de los compuestos orgánicos simples y de los compuestos de
importancia fundamental para el metabolismo primario: lípidos, carbohidratos, proteínas y ácidos
nucleicos. En los libros de texto que se encuentran en el mercado, es destacable la ausencia de un
tema, que como las interacciones moleculares no covalentes, son relevantes para la comprensión de
las propiedades fisicoquímicas de las biomoléculas. El libro que aquí presentamos hace un
exhaustivo análisis de las mismas, fundadas en la arquitectura molecular. El texto, a diferencia de la
mayoría de los libros de química orgánica, no aborda el tema de la síntesis orgánica, ya que éste no
parece pertinente para las carreras a las cuales está dirigido.
Pedagógicamente, el libro hace un aporte no sólo por la orientación mencionada en los contenidos,
sino por la metodología empleada como medio de aprendizaje: se emplea la metodología del Aula-
Taller: todos los contenidos se presentan a partir de conceptos relacionados con la biología como
motivación introductoria y con el desarrollo de ejercicios y estudios de casos para involucrar
activamente al alumno en su aprendizaje. Los resultados alcanzados en cuanto al rendimiento de los
alumnos en el uso de una versión preliminar de partes del texto en la Sede Puerto Madryn de la
8
Universidad Nacional de la Patagonia San Juan Bosco -según reportan las autoras en diferentes
presentaciones a congresos de la especialidad- han sido muy positivos, tal como lo reflejan
encuestas anónimas y libres, realizadas por sus alumnos. Esto las ha impulsado a concretar esta
edición formal del libro, en una primera instancia, en formato digital.
9
Introducción
Presentamos este libro de química orgánica como una invitación a viajar: constituye un desafío en la
construcción del propio conocimiento, para alumnos de las carreras del área de las ciencias
biológicas. Es una invitación a comenzar a explorar las bases moleculares de la vida. El desafío es
llegar a comprender las bases estructurales del comportamiento fisicoquímico de las biomoléculas
que intervienen en el metabolismo primario, bajo este axioma: la estructura de las moléculas
determina la forma y la forma, determina la función biológica.
Hemos acuñado este axioma a lo largo de más de veinte años dedicados a la docencia en la cátedra
de Química Orgánica de la Sede Puerto Madryn de la Facultad de Ciencias Naturales de la
Universidad Nacional de la Patagonia San Juan Bosco y hemos guiado nuestra práctica docente
hacia la comprensión de ese principio que constituye el eje fundamental del desarrollo de contenidos
en la materia. ¿Por qué hablamos de viaje? Porque planteamos un recorrido a través del cual el
alumno (sirviéndose del lenguaje y sistemas de representación de la química orgánica) pueda iniciar
el estudio de esta disciplina teniendo en claro cuál es el final del camino. Se presentan ante el
alumno desde el inicio, las estructuras químicas de las principales biomoléculas que sostienen el
metabolismo primario: ácidos nucleicos, proteínas, lípidos y carbohidratos. El principal objetivo es
llegar a manejar con soltura todos los aspectos estructurales de esas biomoléculas, que permitan
comprender los aspectos fisicoquímicos que determinan su comportamiento biológico.
Así, conociendo, como motivación inicial, cuál es el final del camino, se emprende en los primeros
Capítulos del libro, el estudio sistemático de todos los temas que se requiere dominar, para lograr
ese objetivo final.
El desafío del recorrido presenta distintos niveles de abordaje: ¿Cómo representar la complejidad de
la arquitectura tridimensional de esas moléculas en sistemas de representación bidimensionales?
¿Cómo designar esos compuestos mediante el uso de un lenguaje específico y común a toda la
comunidad científica?
Una vez dominados los sistemas de nomenclatura y de representación de las abstractas estructuras
moleculares, ¿cómo analizar su comportamiento a nivel celular?
Para continuar en el tránsito hacia el objetivo principal, se recorre el itinerario en etapas: desde el
estudio de las funciones orgánicas simples, hasta el análisis de la estructura química de las
complejas biomoléculas. Asimismo, es constante el abordaje desde la estructura molecular individual,
hacia la constitución de la que denominamos ―población de moléculas‖, esto es, el análisis de las
interacciones que vinculan a las moléculas entre sí, para constituir agregados que determinan su
comportamiento fisicoquímico a nivel celular.
De este modo se realiza a lo largo del texto un triple abordaje: el nivel de la ―población de moléculas‖
(la arquitectura tridimensional que adopta la población y sus interacciones entre sí y con el medio
acuoso circundante); el nivel molecular (la geometría que se deriva de la particular estructura química
de cada compuesto estudiado, que, a su vez, depende de su composición química) y el nivel
simbólico (sistemas de representación que permiten la visualización y la comunicación de los
contenidos).
Dada nuestra práctica docente de tantos años, estamos convencidas de que el rol del docente es
primordialmente el de un interlocutor, que, planteando los interrogantes adecuados, despierta la
curiosidad y la inquietud por conocer, fomenta la indagación y estimula la argumentación y el análisis
10
crítico de los argumentos expuestos. Para poder llevar a cabo esta tarea, elegimos un marco teórico:
1
el modelo del Entorno Constructivista de Aprendizaje de Jonassen . Este modelo exige la
presentación de cada nuevo concepto a partir de situaciones problemáticas atractivas para el
alumno. Ese marco teórico ha sido incorporado en la construcción de este libro: cada nuevo tema se
presenta bajo la forma de un interrogante o de un ejemplo relacionado directamente con la función
biológica, para luego, mediante actividades y preguntas pertinentes, llegar a explicar, con los
conceptos de química orgánica, todos los comportamientos visualizados. Es un principio de la teoría
constructivista el axioma ―tómese lo que el alumno sabe, y opérese en consecuencia‖ (Ausubel,
2
Novak y Hanesian ). De este abordaje metodológico estamos convencidas. Hemos comprobado a lo
largo de nuestra práctica docente universitaria, que esta didáctica interpela e involucra al alumno y lo
hace sujeto, artífice de la construcción de su propio aprendizaje, que resulta así, realmente
significativo (en la acepción constructivista del término).
Otra inclusión que creemos ordenadora e importante, es el tema de las teorías ácido-base, que se
aborda en el Capítulo 3. Así como el tema de las interacciones intermoleculares (estudiado en el
Capítulo 2) permite comprender los aspectos fisicoquímicos de las propiedades observables de los
sistemas moleculares de importancia biológica, la teoría ácido-base de Lewis constituye el eje
vertebrador del estudio del comportamiento químico de los compuestos orgánicos. Esta teoría brinda
las herramientas básicas para poder analizar todas las reacciones entre las funciones orgánicas,
considerándolas como interacciones ácido (electrófilo)/base (nucleófilo). Asimismo, para un buen
manejo de los equilibrios ácido-base de las proteínas y aminoácidos en solución acuosa, es
imprescindible el estudio de la teoría ácido-base de Brönsted y Lowry, que también se aborda en el
Capítulo 3.
El eje vertebrador del estudio de las funciones orgánicas simples es el del orden creciente de
oxidación. Se estudian los compuestos desde los más reducidos (hidrocarburos) hasta los más
oxidados (ácidos y derivados de ácidos), seleccionando siempre aquellos que integran las
biomoléculas ya mencionadas. Se incluye una sección en el Capítulo 6, sobre criterios para
establecer el grado de oxidación de un compuesto orgánico y el mecanismo de reducción a través de
nucleótidos dadores de hidruro, de indudable importancia metabólica.
Hemos privilegiado la unicidad en el trayecto cognitivo, para lograr un texto que constituya un camino
claro desde los conceptos iniciales hasta el objetivo final, ya mencionado. En aras de esa unicidad,
debemos mencionar dos importantes y deliberadas exclusiones: se ha evitado el estudio de la
síntesis orgánica, dado que este texto está dirigido a futuros profesionales del área de la biología y
carreras afines, que difícilmente encontrarán entre sus incumbencias el desarrollo de nuevos
compuestos.
Por otra parte, se ha excluido el estudio de los métodos espectroscópicos de análisis estructural,
tales como Resonancia Magnética Nuclear y Espectrometría de Masas, porque en los planes de
estudios de las carreras de Licenciatura en Ciencias Biológicas, la asignatura Química Orgánica es
una asignatura cuatrimestral, de primer año, de cien horas de clase. Así, se decidió, en función del
tiempo disponible, privilegiar la sencilla espectrofotometría UV-visible, de uso rutinario en todos los
laboratorios químico-biológicos.
Finalmente, se aborda en los últimos Capítulos el estudio de cada una de las clases de biomoléculas
fundamentales: lípidos, hidratos de carbono, proteínas y ácidos nucleicos. En cada uno de ellos se
hace uso de las herramientas más modernas disponibles para la comprensión de sus estructuras
químicas, tales como las bases de datos LIPID MAPS, Protein Data Bank, Nucleic Acid Database y
similares. En estos Capítulos se aborda el estudio sistemático de las principales estructuras químicas
de esas biomoléculas, su construcción a partir de las funciones orgánicas simples ya estudiadas en
el curso y principalmente, su arquitectura molecular tridimensional, basada en su estructura química
y en las interacciones intermoleculares que la estructura química determina.
El viaje culmina con el fascinante mundo del genoma. Cierra el texto, cumpliendo el ciclo: se partió
del dibujo del ADN y se termina con su estudio químico integral. Se ha recorrido el camino, que se ha
―construído al andar‖, parafraseando al poeta.
Esperamos que este texto sea el punto de partida para un aprendizaje profundo, reflexivo y, por qué
no, feliz, de la química orgánica para los estudiantes del área de las ciencias biológicas.
1
Jonassen, D. (2000) El diseño de entornos constructivistas de aprendizaje. En Ch. Reigeluth (Ed): Diseño de la instrucción. Teoría y
modelos (225-250). Madrid: Aula XXI Santillana.
2
Ausubel, D., Novak, J. and Hanesian, H. (1978). Educational Psychology: A Cognitive View (2nd Ed.). New York: Holt, Rinehart &
Winston.
12
13
CAPÍTULO 1
Química orgánica: la química de los seres vivos. Estructura y
nomenclatura de compuestos orgánicos
Conceptos introductorios. Arquitectura Molecular: Estereoquímica. Isomería. Química del Carbono. Grupos
funcionales más importantes para la Biología. Nomenclatura. Geometría del átomo de carbono: orbitales
atómicos híbridos. Isomería estructural: de cadena, de posición, de función. Estereoquímica. Isomería en el
espacio: isomería cis/trans en alquenos y en ciclos. Quiralidad. C quiral. Enantiómeros. Diastereoisómeros.
Forma Meso. Sistemas de nomenclatura de estereoisómeros: sistemas E/Z, R/S, D/L.
Desde el punto de vista de la composición química, este complejo sistema (la célula), está
constituído mayoritariamente por agua (alrededor del 70%-85% en peso), por lo cual se puede decir
que la química de la célula es la química de las soluciones acuosas. En el medio acuoso se
encuentran suspendidas o disueltas numerosas especies químicas, desde simples iones metálicos
hasta moléculas complejas, como las proteínas. Entre los iones metálicos más importantes, se
+ + 2+, 2+
encuentran el ion potasio K , el ion sodio Na , el ion calcio Ca el ion magnesio Mg , (algunos
predominan en el líquido intracelular, como el potasio, y otros, en el líquido extracelular, como el
sodio). Sin embargo, aun cuando a estos cationes inorgánicos se los puede considerar como
especies químicas muy simples, es preciso recordar que, por ejemplo, iones como el sodio o el calcio
en solución acuosa, se encuentran hidratados, formando compuestos de coordinación (Figuras
1.a. y 1.b.).
H2O OH2
H2O OH2
+ OH2
Na H2O OH2
H2O 2+
Ca
OH2 OH2
H2O H2O
OH2
a-
b-
Otras especies químicas que se encuentran en la célula son aniones inorgánicos, como el ion cloruro
- -
Cl y el ion bicarbonato HCO3 . Iones minoritarios en cuanto a su concentración son: el ion sulfato
2- - 2-
SO4 y los iones del ácido fosfórico, H2PO4 y HPO4 .
Algunos elementos químicos inorgánicos se encuentran en baja proporción y se denominan por ello
2+ 2+ 3+ 2+ 2+
oligoelementos, como Cu , Co , Fe , Mn , Zn .
14
Sin embargo, el mayor porcentaje en peso seco de una célula está compuesto por materia orgánica.
¿Qué se entiende por materia orgánica? Es el conjunto de especies químicas que poseen el
-
elemento carbono (C) en su composición (excepto el CO2, el ion bicarbonato, HCO3 y el ion
2-
carbonato, CO3 ). Se puede decir que la química orgánica es la química del C. Sin embargo, debido
a la alta capacidad del C para formar uniones químicas estables entre átomos del mismo elemento (o
con otros, como H, O, N, P y S), se forman especies químicas más complejas, que son las que
sustentan la vida. Justamente, la denominación de química orgánica está relacionada con el hecho
de que los primeros compuestos del C que se estudiaron fueron de origen natural. En la civilización
actual, son muchos más los compuestos de C que se producen por síntesis en la industria, por lo
cual, el término química del C es mucho más amplio que el de química orgánica. En este texto se
abarcará el estudio de los compuestos orgánicos que se encuentran en los seres vivos y sostienen el
metabolismo primario.
Entre los compuestos orgánicos presentes en la célula, dos clases de biomoléculas ocupan un lugar
fundamental: los ácidos nucleicos y las proteínas. Los primeros son compuestos de C, H, N, O y P
y las segundas, compuestos de C, H, N, O y S, que, por sus importantes funciones metabólicas,
pueden considerarse como esenciales para el sostenimiento de la vida. Todos los organismos vivos
(y esto es una prueba de la Teoría de la Evolución) están constituidos por las mismas clases de
biomoléculas: los hidratos de carbono, los lípidos, las proteínas y los ácidos nucleicos. Estos
compuestos son metabolitos primarios, biomoléculas esenciales sin las cuales no puede ocurrir
normalmente el metabolismo celular.
Ejemplo 1
Fig. 2. Estructura química del ADN. Imagen tomada de NUCLEIC ACID DATABASE- EDUCATION.
http://ndbserver.rutgers.edu/ndbmodule/education/education.html
15
Fig. 3. Nucleosoma. Complejo entre la proteína (en violeta) y un fragmento de ADN. Tomado de
PROTEIN DATA BANK http://www.rcsb.org/pdb/explore/images.do?structureId=1AOI
El ADN está integrado, como se observa en la Figura 2, por dos hebras enrolladas entre sí
formando la estructura tridimensional conocida como doble hélice. Ambas hebras se mantienen
vinculadas entre sí mediante una clase de interacciones intermoleculares no enlazantes
llamada puente de hidrógeno. A su vez, cada hebra mantiene su forma espacial de hélice debido
a que las bases nitrogenadas que la integran, siendo totalmente planares, se colocan
paralelamente entre sí, interactuando mediante otra clase de interacciones no enlazantes
llamadas interacciones areno-areno o π -π .
NH2
OH N
N
-
O P O
N N
O OH
O HO
O
H H
H H
OH OH
OH
a- b-
16
Ejemplo 2
Las proteínas son macromoléculas constituidas por unidades fundamentales: los aminoácidos.
Existen unos veinte a veintidós aminoácidos que forman las proteínas. Éstos se vinculan entre sí
mediante una reacción química, formando uniones entre los aminoácidos que se denominan
uniones peptídicas. Los aminoácidos así vinculados forman largas cadenas polipeptídicas, que
constituyen la estructura primaria de las proteínas. En la Figura 5 se observa la vinculación
química entre dos aminoácidos (alanina y glutamina), mediante una unión peptídica (recuadrada
en la figura 5):
NH2
O
O
NH
H2N OH
O
Alanina Glutamina
Fig. 5. Péptido alanilglutamina
Parte de la molécula de cada aminoácido queda sin intervenir en esas uniones y determina,
mediante las interacciones no enlazantes entre ellas, los plegamientos de las largas cadenas de
aminoácidos, que determinan la forma tridimensional de las proteínas, que es la base de su
función biológica. En la Figura 6 se observa una representación de la estructura tridimensional de
una proteína globular, como la albúmina (Figura 6.a) y de la una proteína fibrosa, como el
colágeno (Figura 6.b.)
Fig. 6.a. Estructura tridimensional de ovoalbúmina (Código 1OVA, Protein Data Bank) b. Estructura
tridimensional de colágeno (Código 1CAG, Protein Data Bank)
17
Ejemplo 3
La célula eucariota está delimitada por una membrana. Esta membrana está constituida por una
doble capa de lípidos polares, en la que se insertan ciertas proteínas y carbohidratos. Un típico
lípido de membrana es la fosfatidilcolina (lecitina), cuya estructura química se observa en la
Figura 7.
O O
P +
O O N
- O
O O
H
Esta clase de moléculas está formada por dos largas cadenas hidrocarbonadas y por un ion
fosfato vinculado a un compuesto nitrogenado. Tanto el ion fosfato como el compuesto
nitrogenado se encuentran cargados eléctricamente (con carga negativa el fosfato y positiva el
compuesto nitrogenado) en las condiciones de acidez del medio celular. Estas cargas le confieren
una particular afinidad con el agua, mientras que las cadenas hidrocarbonadas son hidrofóbicas.
Estas propiedades explican el ordenamiento espacial de la bicapa lipídica, limitando ambas fases
acuosas, la del medio extracelular y la del medio intracelular.
18
Ejemplo 4
Los polisacáridos son moléculas formadas por unidades de monosacáridos, azúcares simples
que se vinculan entre sí mediante reacciones químicas, originando largas cadenas, como en el caso
de la celulosa o glóbulos, como en el caso de glucógeno o del almidón.
OH OH OH
H OH H OH H OH
H H H
OH H OH H OH H
O O O O
H OH H OH H OH n
Si bien ambos compuestos están formados por D-glucopiranosa, existen dos clases de glucosa
que se diferencian en la orientación espacial del OH del primer C. En la Figura 9 se observan las
estructuras de Haworth de α -D-glucopiranosa y de β -D-glucopiranosa.
OH OH
H OH H O OH
H H
OH H OH H
HO OH HO H
H OH H OH
a- b-
De estos ejemplos se traduce que, para explorar el desafiante mundo de las biomoléculas, es
preciso reconocer que las biomoléculas son moléculas complejas, formadas por unidades más
simples y que esas unidades más simples tienen su estructura molecular característica.
A lo largo del curso se verá que la particular estructura química (constitución) de las moléculas
posibilita sus arreglos espaciales (conformación y configuración) y esta arquitectura espacial
determina su función biológica. La arquitectura tridimensional molecular está sostenida por
interacciones inter- o intramoleculares no enlazantes, que estabilizan determinadas
conformaciones. La estabilidad producida se debe a que el sistema (macromolécula en este caso)
19
libera la energía de cada una de las interacciones no enlazantes que se producen, quedando con un
nivel menor de energía potencial. Es un principio fundamental que las moléculas se estabilizan en la
conformación de menor energía y este principio explica muchos comportamientos a nivel bioquímico.
A partir de los ejemplos, se puede generalizar una metodología de estudio de las moléculas de
interés biológico en el ámbito de la química orgánica: se analizará la constitución de cada
biomolécula bajo estudio y se detectarán los grupos funcionales presentes. Los grupos
funcionales son arreglos particulares de átomos, con estructura química y geometría definida, que
caracterizan a cada familia de compuestos orgánicos. Estos grupos funcionales confieren a la
molécula que integran, propiedades características, tanto físicas como químicas. En cuanto al
comportamiento químico, es posible racionalizar las propiedades químicas de las moléculas
orgánicas con base en los grupos funcionales que las integran.
Básicamente, todas las moléculas de interés biológico están formadas por cadenas
hidrocarbonadas y uno o más grupos funcionales característicos, como se observó en el Ejemplo
3.
Las cadenas hidrocarbonadas están constituidas por átomos de C vinculados entre sí por enlaces
covalentes. Cada átomo de C completa sus cuatro valencias mediante uniones covalentes simples
con átomos de H.
Ejemplo 5
La Figura 10 representa una molécula del ácido palmítico, un importante constituyente de los
lípidos. Este compuesto está constituido por dieciséis átomos de C, quince de los cuales integran
una cadena hidrocarbonada, y el otro átomo de C forma, con O e H, el grupo funcional
carboxilo.
H H H H H H O
H H
H H H H H H
H H
O
H H H H H H H
H H Grupo
H H H H H H
H funcional Ácido
Cadena hidrocarbonada carboxílico
Fig. 10. Ácido palmítico. Cadena hidrocarbonada y grupo funcional ácido carboxílico
20
Para poder manejar con soltura todos los conceptos químico-biológicos involucrados en el estudio de
las biomoléculas, es necesario utilizar un lenguaje específico de la química orgánica y de la química
biológica, que está constituido por una serie de sistemas de representación y de nomenclatura de
compuestos orgánicos.
Se mencionó más arriba que el funcionamiento celular no sólo involucra procesos químicos, sino que
a éstos se le asocian requerimientos energéticos. Para que se produzca un cambio químico, es
decir, para que unos compuestos se transformen en otros, como sucede continuamente en el
metabolismo celular, algunos enlaces covalentes se rompen, y esta ruptura requiere un aporte de
energía y se forman otros enlaces covalentes nuevos, lo que provoca una liberación de energía.
Estos intercambios energéticos se estudiarán en el Capítulo 4. Cada átomo contribuye a la formación
del enlace covalente poniendo en juego electrones de valencia en determinadas y únicas
orientaciones en el espacio, que determinan la geometría molecular de cada compuesto formado.
En consecuencia, la estructura de un compuesto determinará su reactividad, es decir, su
comportamiento químico.
Actividad 1
21
-1
b. Sabiendo que la densidad del gas metano es 0,717 g.L en CNPT, determine su masa molar
relativa.
g. Considere la estructura electrónica del estado fundamental del átomo de C, elemento del
segundo período y del Grupo IV (14 A) de la Tabla Periódica. ¿Cuántos electrones desapareados
presenta el átomo de C en su estado fundamental?
Dado que la estructura electrónica del estado fundamental del átomo de C no explica la estructura y
geometría del metano (ni de ningún otro compuesto carbonado), se utiliza la teoría de Combinación
Lineal de Orbitales Atómicos, para explicar estos hechos. De acuerdo a esta teoría, aplicada al
átomo de C, se produce un reordenamiento de los orbitales atómicos del estado fundamental,
recombinándose un orbital atómico 2s con tres orbitales atómicos 2p, para formar nuevos cuatro
nuevos orbitales atómicos, todos de igual energía, que responden a la geometría real observada
3
para la molécula, y se denominan orbitales híbridos atómicos sp (Figura 11).
+ + + =
2px 2py 2pz
2s 4 orbitales atómicos híbridos
sp3
3
Fig. 11. Formación de orbitales atómicos híbridos sp
Cada uno de esos orbitales híbridos contiene un electrón de valencia. De este modo, el átomo de
C pone en juego sus cuatro electrones de valencia. Cada uno de ellos puede integrar un enlace
covalente simple al aparearse con un electrón de otro átomo (Figura 12),
22
H 1s1
H 1s1
C 4 orbitales sp3
H 1s1
METANO CH4
H 1s1
Cada enlace covalente constituye un orbital molecular, Estos orbitales moleculares se denominan
orbitales sigma o enlaces tipo sigma y son los enlaces simples que vinculan los átomos entre sí.
Desde el punto de vista biológico, la importancia de este tema radica en la geometría del átomo de C,
producida por esta distribución electrónica, cuando éste está enlazado a otros cuatro átomos.
Ejemplo 6
Fig. 13. Estructura tridimensional del ácido palmítico. (Mercury 3.3 Tomado de
https://www.ccdc.cam.ac.uk/.../FreeSoftware.aspx)
23
Actividad 2
a. Observe, utilizando Mercury o Jmol, las geometrías en estilo esferas y palillos para compuestos
con largas cadenas hidrocarbonadas:
¿Por qué los ángulos alrededor de cualquier C que integra las cadenas hidrocarbonadas observadas
antes, son siempre mayores que 90º? ¿Por qué los átomos de C y sus cuatro átomos vecinos no se
ubican en un plano?
Las respuestas a estas preguntas están dadas por la Teoría de Repulsión de Pares Electrónicos
de Valencia (TRePEV). Esta teoría explica la geometría alrededor de un átomo central, con base
en las regiones con alta densidad electrónica que se encuentran presentes a su alrededor. Esas
regiones de alta densidad electrónica se denominan dominios.
• Los dominios deben repelerse, dado que son zonas de alta densidad electrónica, es decir, de carga
del mismo signo (negativo).
Al repelerse los dominios, se da origen a particulares geometrías alrededor del átomo sobre el que se
analizan los dominios, pudiendo darse una distribución de dominios en el plano o fuera de éste. La
repulsión minimiza la energía potencial del sistema. Una medida de la repulsión se puede estimar
mediante el registro del valor de los ángulos alrededor del átomo central. La máxima repulsión, que
origina la mínima energía potencial, se da cuanto mayor es el ángulo formado por los dominios
analizados, alrededor del átomo central que se considera.
24
Actividad 3
a. Se visualizó en los Ejemplos 5 y 6 la estructura tridimensional del ácido palmítico, que posee
una cadena hidrocarbonada alargada o cadena lineal.
c. Conservando el mismo grupo funcional ácido carboxílico, escriba la estructura de líneas del
ácido 14-metilpentadecanoico.
Un ácido como el último, pertenece a la familia de los ácidos grasos ramificados, que son
característicos de los lípidos de las bacterias y pueden utilizarse como biomarcadores para
estudios de ecología trófica.
Actividad 4
Como puede observarse, una misma fórmula condensada es compartida por varios compuestos.
Los compuestos que tienen igual fórmula molecular pero distinta estructura se denominan
isómeros. Los compuestos que comparten la misma fórmula molecular tienen, obviamente, igual
composición química, en cuanto al porcentaje de cada elemento que forma la molécula.
Actividad 5
a. Complete la siguiente Tabla construyendo las estructuras de los alcanos con la cantidad de
átomos de C que indica la primera columna y considerando que cada átomo de C debe estar
formando cuatro enlaces covalentes. Utilizando el Anexo II, dé el nombre IUPAC de cada
compuesto.
b. Indique cuál de las formas en que se escriben las estructuras se asemeja más a la estructura de
Lewis del compuesto e indique si aparecen pares de electrones libres.
Número
de átomos Nomenclatura Estructura semidesarrollada Estructura de líneas
de C
1C
2C
3C
4C
5C
9C
10 C
Si en una cadena hidrocarbonada se reemplaza un H por otra cadena hidrocarbonada más corta,
ésta última se denomina sustituyente. Las cadenas que actúan como sustituyentes se denominan
grupos o radicales alquilo y se denotan con genéricamente con la letra R. Para conocer más
sobre la estructura y nomenclatura de radicales alquilo, consulte el Anexo II.
26
Actividad 6
a. Con ayuda del Anexo II, indique el nombre de los siguientes compuestos:
Cada átomo de C de una cadena carbonada se puede clasificar según la cantidad de otros átomos
de C a los que se enlaza, como
• Carbono Primario (C1°): C unido a un único C
Actividad 7
Clasifique cada uno de los átomos de carbonos de los compuestos de la Actividad 6, según
sean C1°, C2°, C3° o C4°.
Actividad 8
Como se vio en el Ejemplo 3, entre las moléculas de importancia biológica se encuentran los
compuestos que conforman la estructura de la membrana celular de los eucariotas. Estos
compuestos son los lípidos de membrana (fosfolípidos).
27
Actividad 9
Se ha estudiado ya el caso del átomo de C que forma cuatro enlaces covalentes simples con
otros cuatro átomos. Considere ahora la molécula de eteno o etileno, cuyas fórmulas
condensada y semidesarrollada son:
C2H4 H2C=CH2
Visualice este compuesto en Jmol y observe la geometría alrededor de cada átomo de C.
Los compuestos más sencillos que presentan cadenas hidrocarbonadas insaturadas son los
hidrocarburos llamados alquenos. Tienen como característica común el poseer uno o más
enlaces dobles C=C dentro de su estructura molecular, por lo que tienen menos átomos de H que el
alcano correspondiente. Cuando el compuesto tiene un solo doble enlace, su fórmula general es
CnH2n. En este caso, y en todos los grupos funcionales donde el C presente un enlace doble con
otro átomo (sea con otro átomo de C o de algún otro elemento), el C pone en juego tres orbitales
atómicos híbridos, formados por la combinación lineal de un orbital 2s con dos orbitales 2p.
2
Cada orbital así formado se denomina orbital sp , y contiene un electrón. Esos orbitales se ponen
en juego en la formación de cada uno de los enlaces simples entre el C y los átomos vecinos,
formando orbitales moleculares de tipo sigma.
2
En la formación de los tres orbitales híbridos sp , queda sin hibridizar un orbital 2pz, conteniendo un
electrón. Este orbital, con orientación perpendicular con respecto al plano formado por los orbitales
2
híbridos sp , se utiliza para formar un enlace con otro átomo que tenga un electrón disponible en la
misma orientación espacial. De este modo, se conforma un enlace doble entre ambos átomos: un
2
enlace simple, formado por la combinación de un orbital atómico híbrido sp de cada átomo, dando
como resultado un orbital molecular sigma de enlace, que posee toda la densidad electrónica en la
zona entre ambos núcleos atómicos y el otro enlace, formado por la combinación de los orbitales
atómicos 2pz de cada átomo, resultando en la formación de un orbital molecular denominado π. Los
electrones que se encuentran formando este enlace se denominan electrones π y la máxima
densidad electrónica se encuentra por encima y por debajo del plano que contiene el enlace
sigma y ambos núcleos atómicos, como se observa en la Figura 14.
Orbital PI
Orbital sigma
2pz 2pz
2
Fig. 14. Estructura de orbitales del C con hibridación sp
28
Los compuestos que presentan enlaces dobles en las cadenas hidrocarbonadas o grupos
funcionales con dobles enlaces entre el C y otros átomos (generalmente O y N), tienen átomos de C
2
con hibridación sp .
Para analizar la geometría de estos grupos funcionales, considere el grupo funcional carbonilo.
Actividad 10
Al formar un enlace doble con uno de los átomos vecinos, el átomo de C se ve rodeado de un
número menor de átomos de H que en el caso de las cadenas constituidas únicamente por enlaces
simples.
Actividad 11
Utilizando la Tabla 3 de prioridades de grupos funcionales del Anexo II, analice cada grupo
funcional considerando si se trata de un grupo funcional saturado o insaturado.
Las insaturaciones pueden ser causadas por la presencia de enlaces dobles o triples, ciclos o
anillos aromáticos Existen fórmulas que permiten calcular el grado de insaturación de un
compuesto, conociendo su fórmula condensada.
a. Hidrocarburos:
I = (2 x n° C + 2 - n° H) / 2
Ej: C4H8
I = (2 x 4 + 2 - 8) / 2 = 1
I = (2 x n° C + 2 - n° H) / 2
4
Ej.: C2H O
I = (2 x 2 + 2 - 4) / 2 = 1
I = (2 x n° C + 2 - n° H - n° X) / 2
Ej.: C3H7Cl
I = (2 x 3 + 2 - 7 - 1) / 2 = 0
29
d. Compuestos con N:
I = (2 x n° C + 2 - n° H + n° N) / 2
Ej.: C2H7N
I = (2 x 2 + 2 - 7 + 1) / 2 = 0
Actividad 12
a. Con los grupos funcionales analizados en la Actividad 11, escriba la fórmula desarrollada de un
compuesto que contenga cada grupo funcional y calcule su índice de insaturación, utilizando las
fórmulas precedentes.
b. Recuerde que un ciclo implica una insaturación. Compruébelo con el cálculo del índice de
insaturación para el ciclohexano y para el ciclohexeno.
2.c. Resonancia
Cuando se trata de grupos funcionales insaturados, es posible representarlos mediante distintas
estructuras que corresponden al mismo compuesto. Estas estructuras no corresponden a isómeros
de posición, puesto que no presentan diferente conectividad entre los átomos, sino que se
diferencian únicamente en la ubicación de los electrones π. Como los electrones π están
ubicados fuera del plano que vincula los núcleos atómicos, se pueden deslocalizar entre los átomos
del enlace, hacia uno u otro átomo, y por ello se habla de electrones deslocalizables. Los dibujos
que representan estas diversas posiciones de electrones en una estructura con electrones π se
denominan estructuras de resonancia.
Si el enlace doble se da entre un átomo de C y otro con mayor electronegatividad (generalmente O),
los electrones del doble enlace se desplazan preferentemente hacia el átomo más electronegativo.
Es importante señalar que ninguno de los dibujos representa exclusivamente a la molécula real, sino
que ésta es un híbrido de resonancia de todas las representaciones posibles. Cuando se estudien
los comportamientos químicos de los diversos grupos funcionales se utilizarán las estructuras
resonantes, por ejemplo, para explicar el comportamiento ácido-base del grupo ácido carboxílico.
Actividad 13
• grupo carbonilo
• grupo ácido carboxílico
• ion fosfato
• grupo carboxilato
30
2.d. Isomería de posición
Actividad 14
Dos ácidos grasos ampliamente distribuidos en los lípidos de organismos marinos y terrestres son
el ácido alfa-linolénico (alpha-linolenic acid) y el ácido gamma-linolénico (gamma-linolenic
acid).
b. Numere los átomos de C desde el C del grupo carboxilo (C-1) hacia el final de la cadena.
Estos compuestos son entre sí isómeros de posición: pertenecen a una misma familia y poseen la
misma cadena carbonada pero difieren en la posición de al menos un grupo funcional. La
conectividad de los átomos es distinta.
Actividad 15
En la Actividad 4 se trabajó con los aminoácidos leucina e isoleucina. Los aminoácidos son los
constituyentes básicos de las proteínas. Las proteínas son macromoléculas formadas por la unión
química (mediante el grupo funcional amida) entre aminoácidos. Los aminoácidos que forman
parte de las proteínas se denominan α -aminoácidos, pues presentan un grupo amino en el
carbono vecino al grupo ácido carboxílico, que es la posición 2 de la cadena carbonada. En
cambio, otros aminoácidos presentan el grupo amino en otros lugares de la cadena
hidrocarbonada. Por ejemplo, la β -alanina, que se utiliza como suplemento alimentario,
presenta el grupo amino en posición 3 de la cadena carbonada.
b. Busque en la Tabla 10 del Apéndice, un aminoácido que sea isómero de posición con la β -
alanina, Escriba su nombre IUPAC, su estructura semidesarrollada y de líneas.
Continuando con el análisis de las cadenas hidrocarbonadas y de los grupos funcionales que
pueden encontrarse en química orgánica, se observa que, además de presentarse enlaces dobles en
algunas cadenas hidrocarbonadas y en algunos grupos funcionales, también es posible que dos
átomos (usualmente dos átomos de C o uno de C y uno de N) se vinculen químicamente entre sí por
medio de enlaces triples.
31
Actividad 16
Los hidrocarburos que poseen al menos un enlace triple entre dos átomos de C se denominan
alquinos. Cuando el compuesto tiene un solo triple enlace, su fórmula general es CnH2n-2
Los átomos de C que se vinculan con sólo dos átomos vecinos utilizan un orbital 2s y un orbital
2p para formar dos orbitales híbridos atómicos denominados sp, cada uno con un electrón. Estos
orbitales se utilizan para la formación de dos enlaces covalentes simples con los átomos vecinos,
constituyendo así orbitales moleculares de tipo sigma. De esta manera, quedan sin utilizar dos
orbitales 2p del átomo de C, cada uno con un electrón, ubicados perpendicularmente al orbital
molecular sigma y orientados según los ejes y y z. Estos orbitales del átomo de C se combinan con
orbitales p de uno de los átomos vecinos para conformar dos enlaces tipo π, constituyendo así el
enlace triple (Figura 15). Son grupos funcionales con enlace triple el grupo alquino (-C≡C-) y el
grupo ciano o nitrilo (-C≡N-).
Orbital PI
Orbital sigma
Orbital PI
2pz 2pz
2py 2p y
Actividad 17
c. Contabilice los dominios alrededor de cada átomo de C (el grupo funcional alquino está
constituído por dos átomos de C vinculados entre sí mediante un triple enlace).
d. Registre el valor de los ángulos entre los dominios, tomando como átomo central a uno de los
átomos de C.
La geometría lineal se da cuando hay dos dominios de electrones alrededor del átomo considerado.
32
2.e. Isomería de función
Actividad 18
El isopreno y el compuesto que escribió en el ejercicio anterior tienen distinto grupo funcional, es
decir, pertenecen a familias diferentes y son entre sí isómeros de función.
Los isómeros de función son compuestos de igual fórmula molecular y diferentes grupos
funcionales.
Ejemplo 7
a. Utilizando las Tablas 8 y 9 del Apéndice, busque y transcriba las estructuras de Fischer de la D-
glucosa y de la D-fructosa. Estos compuestos son carbohidratos de la clase de los
monosacáridos.
b. Señale en cada estructura, el grupo funcional prioritario y dé el nombre de cada grupo
funcional.
c. Calcule la fórmula molecular de los dos monosacáridos. ¿La D-glucosa y la D-fructosa son
isómeros entre sí?
Actividad 19
Utilizando la Tabla 3 de prioridades de grupos funcionales del Anexo II, escoja tres pares de
grupos funcionales que, si están vinculados a la misma cadena hidrocarbonada, sean isómeros de
función entre los integrantes de cada par.
33
Las tres clases de isómeros vistas hasta ahora tienen una característica en común: son compuestos
que difieren entre sí en la conectividad de sus átomos. Por ejemplo, en el caso de los isómeros de
cadena, uno o más grupos alquilo están en diferentes lugares de una cadena hidrocarbonada. En el
caso de los isómeros de posición, uno o más grupos funcionales están en distintos lugares de la
cadena hidrocarbonada. En el caso de los isómeros de función, los compuestos presentan distintas
asociaciones de los mismos átomos, constituyendo así distintos grupos funcionales. Las tres clases
de isómeros que presentan diferencia en la conectividad de los átomos se denominan isómeros
estructurales, porque al variar la conectividad entre los átomos, cambia la estructura química
del compuesto.
2. Escriba las estructuras de líneas y desarrolladas de tres ejemplos de compuestos que contengan
más de un grupo funcional, y dé sus nombres IUPAC.
3. Las biomoléculas mencionadas al inicio del Capítulo están constituidas por estructuras simples
vinculadas entre sí mediante reacciones químicas, que dan lugar a la formación de grupos
funcionales característicos. Para aprender a detectar esos grupos funcionales en las moléculas
complejas, resuelva el siguiente ejercicio:
Señale y nombre los grupos funcionales presentes y su geometría. Las estructuras I a III son lípidos
o compuestos relacionados con ellos; IV es un carbohidrato (sacarosa); V y VI son aminoácidos y VII
es un péptido (fragmento de proteína).
34
O
O OH
i- HO H
OH
HO OH
ii- O
OH
iii-
OH
H OH
H
OH H
HO
H OH O OH
O
HO H
H
HO
H OH
iv-
O O
HS OH OH
NH2 NH2
v- vi-
NH2
HS
NH
H2N
O
O
OH
vii.
4. Las siguientes estructuras representan moléculas de dos monosacáridos (una clase de hidratos de
carbono): a. D-ribosa (constituyente del ARN, Ácido Ribonucleico) y b. D-ribulosa. Explique qué
relación de isomería se encuentra entre ambos:
H O OH
H OH O
H OH H OH
H OH H OH
CH2OH CH2OH
a- b-
a. 1-cloroheptano
b. 3-metil-3-hexanotiol
c. 3,4-dimetil-2-pentanol
d. 1-cloro-3-metilhexano
e. heptanol
f. 3,4-dimetil-2-pentanona
g. butilisopropil éter
h. 2-cloro-3,4-dimetilpentano
i. 3,4-dimetilpentanal
j. 3-metil-2-hexanotiol
6.c Complete la siguiente tabla, indicando para cada par de compuestos, si son isómeros o no y de
qué clase de isomería se trata.
A B C D E F G H I J
A -
B - -
C - - -
D - - - -
E - - - -
F - - - - -
G - - - - - - -
H - - - - - - - -
I - - - - - - - - -
J - - - - - - - - - -
36
Sección 3. Estereoisomería
3.a Isomería conformacional
Los isómeros conformacionales o confórmeros son estereoisómeros que se caracterizan por
poder interconvertirse, (es decir, modificar su orientación espacial, transformándose en otro isómero
de la misma molécula) por rotación en torno a enlaces simples, adoptando disposiciones
espaciales diferentes. Estas disposiciones espaciales tienen distintas denominaciones según se
trate de compuestos lineales o cíclicos.
Isomería conformacional en compuestos de cadena lineal (alifáticos):
Actividad 20
b. Observe la forma en el espacio del compuesto armado y modifíquela por rotación de los
distintos enlaces C-C, sin romper ningún enlace.
37
Isomería conformacional en compuestos cíclicos: conformación SILLA o BOTE
Actividad 21
a- b-
Actividad 22
Examine etiquetas de alimentos con cierto contenido graso, y observe si se indica algo relativo a la
presencia de grasas trans.
La Figura 19 muestra una molécula de ácido elaídico, un componente de las grasas trans.
38
Fig. 20. Ácido oleico
Escriba la fórmula condensada de ambos ácidos y su nombre IUPAC ¿Presentan sus átomos
distinta conectividad?¿Son isómeros estructurales?
Actividad 23
Estos compuestos no son isómeros de cadena, ni de posición ni de función. Sin embargo, son un par
de isómeros. Surge así la necesidad de considerar, además de la conectividad entre los átomos
(isomería estructural), la ubicación espacial de los átomos en la molécula. Si esta ubicación no
es interconvertible, aparecen compuestos diferentes, con sus propiedades características, y son
isómeros entre sí. Como esta isomería se relaciona con la arquitectura espacial de las moléculas,
se denomina estereoisomería (del griego stereos: espacio).
Los estereoisómeros son compuestos de igual fórmula molecular e igual conectividad de sus
átomos, pero con diferente orientación de esos átomos o grupos de átomos en el espacio.
39
3.b.I Isomería geométrica
Actividad 24
b. Construya un modelo de bolas y palillos usando bolillas plásticas y palillos de madera, para
representar cada dibujo escrito.
c. Compare entre sí los modelos y trate de modificar, sin romper ningún enlace, uno de los
modelos para hacerlo coincidir con el otro.
d. ¿Cree Ud. que hay libre rotación del doble enlace C=C?
e. Los compuestos de este ejercicio son un par de isómeros, no son el mismo compuesto. Sin
embargo, la conectividad entre sus átomos constituyentes es la misma. ¿En qué se diferencian?
La isomería geométrica se origina por la restricción de rotación de los enlaces C-C en cadenas
con enlace doble o en los compuestos cíclicos. La imposibilidad de rotación alrededor del enlace
C=C o dentro de un ciclo provoca que existan dos compuestos con diferente disposición espacial.
Estos son estereoisómeros, llamados isómeros geométricos.
Actividad 25
c. Modifique el modelo y el dibujo convenientemente, para obtener otro compuesto, que será
isómero geométrico del primero.
Los isómeros geométricos tienen diferentes propiedades físicas (distintos puntos de ebullición y de
fusión, índices de refracción, solubilidades, densidades, etc.). Ya se ha mencionado que las
propiedades físicas son propiedades emergentes de una población de moléculas y que se deben a
las interacciones intermoleculares no enlazantes que se dan entre las moléculas que integran la
población. Esas interacciones, como se verá más adelante, dependen de la geometría de las
moléculas, es decir, de su arquitectura espacial. Por eso, los estereoisómeros, que presentan
justamente diferencias en cuanto a la orientación en el espacio, tienen diferentes propiedades físicas.
Dado que tienen los mismos grupos funcionales, ¿qué ocurre con las propiedades químicas?
Para diferenciar adecuadamente la configuración de los isómeros geométricos existen dos sistemas
de nomenclatura: el sistema cis/trans y el sistema E/Z. (Anexo II).
40
H O H O
H OH HO H
HO H H OH
H OH HO H
H OH HO H
OH OH
a- b-
Actividad 26
b. Compare las figuras y detecte las diferencias entre ambas. ¿Existe diferencia de conectividad
entre los átomos?
Cuando se presentan casos como el precedente, es necesario analizar otra clase de isomería, que
se da sólo a nivel espacial, es decir, atendiendo a la forma tridimensional de la molécula.
Para ello, es necesario considerar algunos conceptos:
Actividad 27
c. Arme un par de modelos de la molécula de modo que un modelo sea la imagen especular del
otro. (Como ejemplo, una mano es la imagen especular de la otra). Para ello, imagine un espejo
entre ambos modelos, y observe que cada uno de los átomos se refleje en su correspondiente
imagen.
Cuando una molécula no puede superponerse con su imagen especular, se dice que es una
molécula quiral.
41
Una molécula puede ser quiral si presenta al menos un centro quiral. Se dice que un átomo de C
es un centro quiral si cumple los siguientes requisitos:
3
• Tiene geometría tetraédrica (hibridación sp )
Actividad 28
Vuelva a las estructuras de la Figura 21 y analice qué átomos de C cumplen con los requisitos para
ser C quirales. Señálelos en las estructuras con un asterisco.
Enantiómeros
Una molécula quiral tiene una imagen especular que no se superpone con ella perfectamente por lo
que son imágenes especulares no superponibles. Un par de isómeros así relacionados recibe el
nombre de par de enantiómeros.
Estas moléculas contienen al menos un carbono sp3 (tetraédrico) unido a cuatro sustituyentes
* distintos.
* Numerosas moléculas biológicas, como el ADN, aminoácidos e hidratos de carbono, son moléculas
quirales y esto es de fundamental importancia debido a que en numerosas ocasiones, uno solo de
los enantiómeros puede cumplir con determinada función biológica, generalmente, porque sólo una
de las formas se adapta a la forma tridimensional de la enzima correspondiente, en forma similar a
como no es cómodo colocarse el guante izquierdo en la mano derecha.
Actividad 29
c. Invierta la configuración del C-2, cambiando entre sí la ubicación de los dos sustituyentes del C-
2 en el primer compuesto.
Si una molécula tiene un único carbono quiral, sólo puede existir un par de enantiómeros. Si hay
más de un centro quiral, surgen otras posibilidades. Los otros estereoisómeros que se presentan
se denominan entre sí diastereómeros o diastereoisómeros.
42
Es posible calcular el número máximo de estereoisómeros que existen en las moléculas con más de
un centro quiral:
n
Cantidad máxima de Estereoisómeros: 2 donde n es la cantidad de C quirales
El número de estereoisómeros de un compuesto depende del número de centros quirales que
posee.
Actividad 30
c. Chequee si en la tabla dada figura el enantiómero del compuesto que tomó en primer lugar, y
escriba su estructura de Fischer. Asigne la configuración de todos sus C quirales con el sistema
R/S.
Actividad 31
Utilizando la Tabla 7 del Apéndice, determine cuáles monosacáridos de seis C son epímeros entre
sí, indicando en qué C.
Actividad 32
Para el 2-metil-3-hidroxipentanal
a. Escriba su estructura semidesarrollada. Determine cuáles son los C quirales y señálelos con un
asterisco.
c. Con líneas y cuñas, dibuje la fórmula de todos los esteroisómeros posibles. Marque en ellos los
carbonos quirales y asigne su configuración R/S. Justifique.
d. Agrupe los esteroisómeros por pares e indique qué relación de esteroisomería existe entre
ellos.
43
Actividad 33
OH
H OH
H OH
H OH
OH
a. Analice los carbonos C-2, C-3 y C-4 y determine si son centros quirales. Explique.
d. Compare todos los isómeros y observe si son todos realmente diferentes entre sí.
Forma meso
Una molécula que es una forma meso, es un único compuesto con plano de simetría interno. Son
compuestos superponibles a su imagen especular, a pesar de poseer centros quirales. Las dos
estructuras meso representadas son una sola y única estructura.
Existen enzimas que se activan con la entrada de alguna molécula a su centro activo y sólo lo hará
si la molécula es el enantiómero correcto. Este fenómeno se denomina modelo de llave-cerradura.
El cuerpo humano puede llegar a asimilar solamente uno de los estereoisómeros de un compuesto
dado y es por eso que hay que prestarle especial atención a la estereoespecificidad. Por ejemplo,
el ibuprofeno es una mezcla racémica de dos enantiómeros y se utiliza como antiinflamatorio muy
conocido de venta libre. No obstante la parte efectiva del ibuprofeno es su enantiómero (S)-
44
Ibuprofeno (dexibuprofeno), por lo que en realidad sólo el 50 % de la droga es la que surte efecto en
nuestro cuerpo. De esta manera si se ingieren 400 mg de ibuprofeno, equivale a consumir 200 mg de
dexibuprofeno.
Otro caso conocido es de los efectos teratogénicos de la talidomida, una droga usada para calmar
mareos durante el embarazo. Uno de los isómeros es el responsable de la toxicidad que produce
malformaciones en los fetos sometidos a una pequeña dosis.
OH OH
O O
a- b-
O O
O O
HN HN
N N
O O
CH4 CH4
c- d-
45
Bibliografía
Ege, S. (1998). Química Orgánica. Estructura y reactividad. Tomos 1 y 2. 3° edición. Editorial
Reverté, S.A.
Hart, H., Craine, L. y Hart, D.J. (1999). Química Orgánica. 9° edición. Editorial Mc. Graw-Hill.
http://chemwiki.ucdavis.edu/Organic_Chemistry/Organic_Chemistry_With_a_Biological_Emphasis
http://chemwiki.ucdavis.edu/Organic_Chemistry/Chirality/Fundamentals_of_Chirality
46
CAPÍTULO 2
Estructura y propiedades físicas. Interacciones no enlazantes
Polaridad de enlace y polaridad molecular: momento dipolar. Introducción a las interacciones no enlazantes
entre moléculas: fuerzas de van der Waals: dipolo-dipolo; ion-dipolo; dipolo-dipolo inducido, areno-areno;
fuerzas de London; puente de hidrógeno. Relación entre las propiedades físicas y la estructura molecular.
Sección 1. Introducción
Algunos procesos biológicos de fundamental importancia en el mantenimiento de la vida, como la
replicación del ADN, el plegamiento de proteínas en arquitecturas tridimensionales complejas, el
reconocimiento específico entre sustrato y enzima y la detección de señales moleculares, dependen
de interacciones no covalentes o no enlazantes, cuya característica es que son rápidamente
reversibles. Todas las estructuras y procesos dependen del juego de interacciones no covalentes, así
como de las covalentes (enlaces químicos) (Stryer et al., 2013).
Fig. 1. Bicapa lipídica de la membrana celular (Modificado a partir de Hurwitz et al., 2006)
Fig. 2. a. Representación de las zonas polares (violeta) y apolares (gris) de la proteína Ferritina. b.
Representación de la estructura de la Ferritina y las moléculas de agua que la rodean. (Código
Protein Data Bank 1R03. http://www.rcsb.org/pdb)
Estos pocos ejemplos pretenden ilustrar acerca de la importancia del rol que juegan las interacciones
no enlazantes en el medio celular, en la fisiología celular y en el estudio de sustratos de origen
biológico.
Este Capítulo está dedicado al estudio de las principales clases de interacciones no enlazantes.
48
Sección 2. Polaridad de enlace y polaridad molecular
2.a. Enlace covalente polar
Actividad 1
a. En las Hojas de Seguridad de cada uno de ellos, busque información acerca de la toxicidad de
estos compuestos y el manejo seguro en laboratorio.
b. Escriba la estructura de Lewis de cada uno y no olvide considerar todos los pares de electrones
libres alrededor de cada átomo.
c. Considere los dominios de electrones alrededor del átomo de carbono central y explique la
geometría de ese carbono y su hibridación.
Actividad 2
Considere ahora sólo las estructuras tridimensionales del diclorometano y del tetracloruro de
carbono.
a. Busque en tablas los datos de electronegatividad de los átomos que las constituyen.
b. Explique si los enlaces covalentes, dentro de la molécula, presentan polaridad. Si así fuera,
indique con los símbolos δ + y δ -, la ubicación de las cargas parciales originadas por la diferencia
de electronegatividad en cada enlace.
Cuando los átomos vinculados mediante electrones compartidos (enlace covalente) tienen diferente
atracción por los electrones del enlace (diferente electronegatividad), surge un dipolo. Si la
diferencia de electronegatividad entre los átomos unidos por enlace covalente está entre 0,4 y 1,7
(Escala de Pauling), el enlace se considera covalente polar. La intensidad del dipolo se mide
mediante la propiedad llamada momento dipolar de enlace (µ) y es el producto de la fracción de
carga presente sobre cada átomo (δ q: expresada en unidades electrostáticas) por la distancia que
las separa (d: expresada en Ångström): µ = δ q x d.
-30
La unidad de momento dipolar es el debye (D). 1 D = 3,34 x 10 culombio x m.
49
¿De qué depende la polaridad de un enlace?
Si se consideran dos átomos A y B, vinculados entre sí mediante enlace covalente, la polaridad del
enlace depende de la ubicación de A y B en la Tabla Periódica, es decir:
Actividad 3
Complete la siguiente tabla y explique los valores de momento dipolar de enlace C-X:
N 0,22
O 0,86
S Cercano a cero
F 1,51
Cl 1,56
Br 1,48
I 1,29
La presencia de pares de electrones libres (no enlazantes) sobre alguno de los átomos influye en el
momento dipolar. Así, los enlaces C-N y C-Cl tienen igual diferencia de electronegatividad, pero
diferente µ debido a los pares de electrones no enlazantes del Cl.
Actividad 4
b. Analice cómo contribuyen los momentos dipolares de enlace y los pares de electrones no
compartidos, al momento dipolar molecular. Indique si algún caso presenta momento dipolar
molecular nulo y justifique.
50
2.b Polaridad molecular
Existen moléculas con una distribución simétrica de sus enlaces de modo tal que los momentos
dipolares se anulan entre sí. Por ejemplo, en el CO2, los enlaces polares C-O se disponen a 180º y
en los tetrahalocarbonos, como el tetraclorometano los enlaces polares C-X se hallan en disposición
tetraédrica. Estas moléculas, si bien tienen enlaces polares, poseen momento dipolar molecular
nulo.
Una molécula con momento dipolar no nulo, puede interaccionar con un ion o bien con otra
molécula polar.
La polaridad de cada molécula como un todo, medida por su momento dipolar molecular,
determinará sus posibilidades de interacción con las moléculas vecinas: sean éstas del mismo
compuesto (si se trata de una muestra de un compuesto puro) o de compuestos diferentes (entre un
dado compuesto y otro que actúa como solvente, en el caso de una solución). Así, la forma de cada
molécula va a determinar, mediante la presencia o ausencia de dipolos, la vinculación entre todas
las moléculas de una muestra macroscópica. Esta vinculación intermolecular provocará diferencias
en las propiedades observables del compuesto, como el punto de ebullición, de fusión y la
solubilidad, entre las más importantes. Como se ha mencionado más arriba, estas interacciones son
las responsables de la disposición espacial de las biomoléculas a nivel celular.
Por otra parte, existe un límite a la compresibilidad de las sustancias, es decir, éstas tienen un
mínimo radio alrededor del cual no pueden interpenetrarse. Esto implica la existencia de fuerzas
repulsivas que evitan que la materia colapse.
Dado que estas interacciones se dan entre moléculas o iones que constituyen las diversas
especies químicas, se denominan genéricamente interacciones intermoleculares no enlazantes.
Sin embargo, a veces se presentan entre grupos dentro de una misma molécula o entre grupos
dentro de una macromolécula. Para considerar esta clase de interacciones, se debe tener en
cuenta que se dan entre átomos no contiguos, ya sea dentro de una misma molécula o entre
moléculas vecinas. Como un ejemplo de interacción no enlazante dentro de una misma molécula,
se puede observar la Figura 3, donde se visualiza la interacción de puente de hidrógeno entre un
grupo nitro y un grupo oxhidrilo en la molécula de o-nitrofenol.
-
O O
N+
H
O
51
Idealmente, estas interacciones no constituyen una interacción de tipo químico, es decir, cuando
estas interacciones se dan, no hay cambio en la identidad de las sustancias. Sin embargo,
existen zonas grises, como la formación de enlaces covalentes coordinados, que pueden
considerarse tanto interacciones atractivas ion-dipolo, como una real unión química covalente
coordinada. El ion calcio hidratado (Figura 4) es un importante mensajero celular, que puede unirse a
ciertas proteínas y activar la actividad de algunas enzimas.
H2O OH2
H2O OH2
H2O
+ OH2
Na H2O 2+
OH2 Ca
OH2
H2O H2O
OH2 OH2
H2O
H
Cl
Fig. 5. Puente de H entre H2O y HCl
La interacción de puente de hidrógeno entre HCl y H2O (Figura 5), también puede ser considerada
+
una reacción ácido-base de Brönsted-Lowry, es decir, una transferencia de ion H entre el ácido H-Cl
y la base H2O, para dar sus respectivos conjugados, como se observa en siguiente ecuación
química:
Actividad 5
a. Busque en la Tabla 3 del Apéndice, el valor de la energía del enlace simple C-H, expresada en
-1
kJ.mol .
b. Se sabe que la energía de agitación térmica para un mol de partículas es E= NA.Kb.T donde NA
es el número de Avogadro, T es la temperatura absoluta y K b es la constante de Bolztmann, cuyo
-23 -1
valor es 1,381 x 10 J.K . Calcule el valor de la energía de agitación térmica a una temperatura
ambiente de 25ºC.
c. Compare ambos valores y explique si el enlace C-H se romperá simplemente por choques entre
moléculas a esa temperatura.
52
Las interacciones enlazantes (uniones químicas) se dan entre átomos vecinos dentro de la
molécula. Un típico orden de magnitud para la energía de un enlace covalente es de 150-600
-1
kJ.mol . El enlace covalente es de corto alcance (0.1 - 0.2 nm = 1 – 2 Å) y altamente direccional,
ya que depende de los orbitales que cada átomo enlazado ponga en juego para la formación del
enlace. En el Capítulo 4, se analizarán los cambios de energía asociados a las transformaciones
químicas, que implican ruptura y formación de enlaces covalentes.
Según la IUPAC, las interacciones no enlazantes son las atracciones o las repulsiones entre
átomos que no están directamente vinculados entre sí, afectando la estabilidad termodinámica de
las especies químicas involucradas. Las interacciones no enlazantes pueden ser atractivas y
repulsivas.
Las fuerzas repulsivas son las responsables de que la materia no colapse, ya que al acercarse entre
sí las partículas, toman relevancia estas interacciones.
En este Capítulo se estudiarán las fuerzas no enlazantes atractivas, que son las responsables de
que no toda la materia se presente bajo el comportamiento de un gas ideal. En el caso de sustancias
puras, estas fuerzas atractivas son las que permiten la formación de los llamados estados
condensados: líquido y sólido. En el caso de las soluciones, son las responsables de la solubilidad
de los solutos en un solvente determinado.
Actividad 6
b. Averigüe el punto de fusión del NaCl y explique porqué es necesaria una temperatura tan alta
para lograr el cambio de estado involucrado en la fusión, considerando los modelos de los
estados de agregación.
Este ejemplo constituye una interacción, más conocida como unión iónica, que se da en las redes
cristalinas (sólidas) de los compuestos iónicos. El valor de energía típico para la interacción entre
-1,
iones en una red cristalina es de 100-350 kJ.mol Un ejemplo claro sería el del NaCl y análogos.
Por otra parte, desde el punto de vista de las interacciones no enlazantes, la fuerza atractiva o
repulsiva entre grupos funcionales con carga neta son las de mayor interés biológico. Estas
interacciones se dan en las biomoléculas que poseen grupos funcionales que presentan carga
positiva o negativa neta en solución acuosa, a pH fisiológico, es decir, en el medio celular. Estas
interacciones pueden ser tanto de atracción, si los iones tienen cargas opuestas como de
repulsión, si presentan cargas del mismo signo.
Fig. 6. Interacciones ion-ion entre grupos con carga neta en un fragmento de proteína. Tomado
de http://biomodel.uah.es/
La energía de la interacción ion-ion varía con la distancia (r) de separación entre los iones y
-1
depende del factor r . En general, se puede admitir que estas energías presentan un valor de 10 a
-1
70 kJ.mol para grupos funcionales iónicos en solución acuosa, teniendo este último valor en
condiciones excepcionales.
A pesar que la presencia de agua y otros iones apantalla las interacciones iónicas, éstas son las
únicas que se transmiten a cierta distancia, aunque sea corta. Los restantes tipos de interacciones
no-covalentes requieren prácticamente el contacto directo entre los grupos que interactúan. Además,
la distribución de cargas en la superficie de las macromoléculas puede crear campos eléctricos de
importancia para la orientación y acercamiento de otras moléculas sobre su superficie.
• Dependencia con la distancia entre los iones: La energía de la interacción disminuye en función
inversa a la distancia que separa las cargas, haya o no apantallamiento. El apantallamiento hace que
la energía de la interacción disminuya más rápidamente con la distancia.
• Dependencia con el pH (para grupos funcionales ácidos o bases de Brönsted-Lowry, que pueden
+
aceptar o donar iones H al agua) (Figura 7). Los grupos iónicos de las biomoléculas son
generalmente ácidos o bases débiles, cuyo grado de ionización depende del pH. En el Capítulo 3
se revisará la teoría Ácido-Base de Brönsted-Lowry (ya estudiada en el primer curso de Química),
con aplicación a los grupos funcionales orgánicos.
O O
- O
O
NH
NH2
NH
CH3
O
+ O
H3 N
NH
NH2
Actividad 7
b. Averigüe la composición salina promedio del agua de mar, y diga cuáles son las sales más
abundantes.
c. Dibuje la estructura de Lewis del agua. Determine sus dipolos de enlace y molecular y señale las
cargas parciales.
d. Observe en la Figura 4, las interacciones entre el catión sodio y el agua. Dibuje las interacciones
entre el ion cloruro y el agua.
Las sales disueltas en el agua de mar están presentes como iones disueltos en el agua. El agua es
un compuesto de alta permitividad relativa porque separa las cargas de signo opuesto,
disminuyendo su mutua atracción. ¿Cómo ejerce el agua esta separación de cargas de los iones
55
-
de las sales? Si se considera como ejemplo el ion cloruro (Cl ), su carga neta negativa atrae las
moléculas polares de agua por la zona de las cargas parciales positivas de ésta y se vinculan así
mediante interacciones electrostáticas denominadas ion-dipolo.
O O
P
O O - O +
O N
O H
Fig. 8. Fosfatidilcolina. Un fosfolípido de membrana celular. Grupos con carga neta. Tomado de
http://www.lipidmaps.org/
Actividad 8
Considerando las Figuras 7 y 8, dibuje alrededor de cada grupo iónico algunas moléculas de agua,
mostrando las interacciones ion-dipolo entre estos grupos iónicos y el agua.
-1
Estas interacciones tienen un valor de energía de 50-200 kJ.mol , es decir, se libera esa cantidad de
energía cada vez que se establecen las interacciones ion-dipolo en una población que contiene un
mol de iones.
La energía de la interacción ion-dipolo varía respecto la distancia (r) entre el ion y el dipolo en
-2
función de r .
La capa de agua de hidratación que se forma en torno a ciertas proteínas, que constituye la
atmósfera de solvatación y que resulta tan importante para las funciones de estas últimas, también
se forma gracias a estas interacciones. Como ejemplo, véase la Figura 9, donde se observa una
representación de una molécula de oxihemoglobina humana En ella las moléculas de agua se
visualizan como esferas rojas y las zonas polares o con carga eléctrica neta de la proteína, se
visualizan en color violeta.
Fig. 9. Oxihemoglobina humana: superficie de la molécula y capa de hidratación Código Protein Data
Bank 2DN1 (http://www.rcsb.org/pdb)
56
3.a.III Interacciones ion-dipolo inducido
Actividad 9
Estas interacciones tienen lugar entre un ion y una molécula apolar. La proximidad del ion provoca
una distorsión en la nube electrónica de la molécula apolar que se convierte, bajo la influencia del
ion y de modo transitorio, en una molécula polarizada, y entonces ambos, se atraen. Es decir, el
ion induce la formación de un dipolo en una molécula inicialmente apolar.
Según la IUPAC (1997) se denominan fuerzas de van der Waals a las fuerzas atractivas o repulsivas
entre entidades moleculares o entre grupos dentro de una entidad molecular, que no se deban a la
formación de un enlace, ni a la interacción electrostática entre iones, o entre grupos iónicos entre sí,
o con moléculas neutras. El término incluye a las fuerzas dipolo-dipolo; dipolo-dipolo inducido y
las fuerzas de London (dipolos inducidos instantáneos-dipolos inducidos instantáneos).
Actividad 10
a. Escriba la estructura de líneas del éter etílico y de la acetona (2-propanona) y señale los
momentos dipolares de enlace en cada una.
b. Busque en la Tabla 2 del Apéndice, el valor del momento dipolar de cada compuesto y explique
el mismo, en función de su geometría molecular.
c. Busque los puntos de ebullición de ambos compuestos y explique la relación entre esos valores
en función de sus momentos dipolares, considerando los modelos de los estados de agregación
involucrados.
57
H
O
H
H H H
O O O
H H H
Actividad 11
d. De acuerdo al análisis del ítem c, determine si cada uno de esos grupos funcionales posee
momento dipolar resultante.
e. Busque en tablas el valor del momento dipolar de cada una de esas clases de compuestos.
-1
Las interacciones dipolo-dipolo son medianamente fuertes, su energía es de 5-50 kJ.mol . En el
caso que la orientación de los dipolos esté fija (por ejemplo, si forman parte de la estructura de una
-3
macromolécula), la energía de la interacción es función de r . Si las moléculas se encuentran en
solución o en estado líquido o gaseoso (en todos estos casos las moléculas están en movimiento), la
-6
dependencia de la energía con la distancia es función de r . Es decir, estas interacciones son
importantes sólo cuando los dipolos están prácticamente en contacto. En general, este tipo de
interacciones son significativas sólo a muy cortas distancias o en medios apolares.
Actividad 12
a. Escriba la estructura de líneas del pentano, cuyo punto de ebullición es 36ºC. Este valor es
similar al punto de ebullición del éter etílico, que tiene momento dipolar permanente, mientras
que el pentano es una molécula apolar.
b. ¿Qué interacciones pueden ocurrir entre las moléculas del pentano, que permitan explicar el
valor de su punto de ebullición?
Las fuerzas de London, también llamadas fuerzas de dispersión, son interacciones atractivas
debidas a la polarizabilidad entre moléculas. La IUPAC define como polarizabilidad (α) a la
facilidad de distorsión de la nube de electrones de una entidad molecular, causada por la presencia
de un campo eléctrico (tal como el que se produce por la proximidad de un reactivo cargado).
Recordando conceptos de química general, un catión es polarizante si tiene poco volumen (radio
3+
iónico pequeño) y alta carga eléctrica, por ejemplo, catión Al . Por otra parte, una especie es
58
polarizable si presenta electrones alejados del núcleo, es decir, en niveles altos, y si los átomos
tienen un volumen grande, es decir, radio atómico grande. Así, por ejemplo, es más polarizable un
grupo tiol (-SH) que un grupo alcohol (-OH), pues el S tiene mayor radio que el O y sus orbitales de
valencia son más fácilmente deformables por la atracción de un catión polarizante, pues están más
alejados del núcleo del átomo.
Si se considera que un orbital es un volumen alrededor del átomo que encierra una determinada
probabilidad de encontrar a los electrones, en promedio, la distribución de carga electrónica coincide
con el orbital de que se trate. Sin embargo, en un momento determinado, los electrones se pueden
encontrar en cualquier lugar del espacio definido por el orbital, así a tiempos suficientemente cortos,
se puede considerar que la nube electrónica fluctúa alrededor de una posición promedio.
Si dos partículas (átomos o moléculas) están suficientemente cercanas, las fluctuaciones de las
nubes electrónicas se pueden influír mutuamente, oscilando en sincronía y creándose una
atracción entre las partículas. Este tipo de interacción siempre está presente en todas las especies
químicas, debido a la presencia de electrones y es siempre una fuerza atractiva.
De hecho, es la fuerza responsable de que se pueda obtener por ejemplo, helio, hidrógeno o
nitrógeno líquidos o, en su caso, sólidos. Las moléculas diatómicas de estos gases (en el caso de los
gases nobles, las moléculas son monoatómicas), sin momento dipolar neto, se asocian entre sí a
temperaturas suficientemente bajas debido a la aparición de estas fuerzas de dispersión. Sin
embargo, no es necesario ir a temperaturas criogénicas: los hidrocarburos alifáticos de más de
cuatro carbonos son líquidos o sólidos (parafinas) a temperatura ambiente debido a que sus
moléculas se asocian por esta clase de interacciones.
Actividad 13
La siguiente figura representa el punto de ebullición de los primeros alcanos de estructura lineal.
59
-1
La energía de estas interacciones es muy débil, del orden 1,5 kJ.mol y, aproximadamente el 0,5%
de la energía media de un enlace covalente. De hecho, es inferior a la energía térmica media de las
-1
moléculas a temperatura ambiente, que es del orden de 2,5 kJ.mol .
Son fuerzas de corto alcance: la dependencia de la energía con la distancia (r) entre las moléculas
-6
es función de r .
Sin embargo, si el número de estas interacciones atractivas que se establecen entre dos moléculas
es suficientemente elevado, pueden llegar a tener una importancia significativa como ocurre en el
caso de los hidrocarburos saturados. La única fuerza intermolecular que pueden experimentar son
estas fuerzas de dispersión, pero, a partir de un número pequeño de átomos de carbono, son
suficientemente intensas como para que estos compuestos sean líquidos a temperatura ambiente (lo
que, entre otras cosas, favorece su empleo como combustibles y como solventes).
La energía total de la atracción intermolecular de tipo fuerzas de London depende del número total
de enlaces covalentes presentes en la molécula. Cada uno de los enlaces covalentes presenta
dipolos transitorios, que inducen dipolos transitorios en los demás enlaces, y así la interacción total
está dada por el número de enlaces que contribuyen.
Estas fuerzas de dispersión pueden ser muy importantes donde se encuentren átomos
estrechamente empaquetados, como es el interior de las bicapas lipídicas o el interior de las
proteínas.
Actividad 14
n-hexano 68,0
2,2-dimetilbutano 49,7
b. Arme modelos con bolas y palillos y trate de superponer o acercar las moléculas de hexano
entre sí, y las de 2,2-dimetilbutano entre sí. Determine en cuál de los dos casos es más fácil la
aproximación entre las moléculas vecinas.
d. Relacione el punto de ebullición de cada compuesto con lo razonado en los ítems anteriores.
60
Actividad 15
Las fuerzas de London son importantes sólo a distancias muy cortas y su energía (E) disminuye
6
rápidamente al aumentar la distancia (r) entre las moléculas que interactúan (E=f(1/r )).
Actividad 16
H
N N
N
N N
N
a- b-
a. Pirimidina b. Purina
c. Arme modelos moleculares con bolillas y palillos para el benceno y la pirimidina, respetando lo
deducido en el ítem anterior.
d. Visualice estas bases en Jmol y compare su geometría con la de sus modelos armados.
61
-1
del orden de 4-10 kJ.mol . Se pueden denominar también interacciones de apilamiento (stacking
interactions).
La influencia de estas interacciones hace que los hidrocarburos aromáticos tengan una temperatura
de ebullición superior a la de los hidrocarburos alifáticos de igual número de átomos de carbono, a
pesar que su masa molar relativa es inferior. Por ejemplo, el punto de ebullición del benceno (C 6H6)
es 80,1ºC mientras que el correspondiente al n-hexano (C6H14) es 68ºC.
Fig. 11. Apilamiento de las bases nitrogenadas en una hebra de ácido nucleico por interacciones
areno-areno
Actividad 17
d. Busque los puntos de ebullición y compárelos. ¿Es suficiente la presencia de dipolos para
explicar esos valores?
62
En el caso de los puentes de hidrógeno más fuertes, se trata de una interacción fuertemente
direccional, es decir, se distingue de otras interacciones por su geometría definida.
El puente de hidrógeno se puede clasificar como fuerte, moderado y débil (Tabla 1), según la
energía de la interacción, pero también es importante considerar su geometría.
H H
- H
O H OH +
O H O
H H
Fig.12. Ejemplos de puentes de hidrógeno fuertes (Steiner, 2002)
63
HS
O
NH O
N
H -
O
O
H2N
OH
Fig. 14. Hoja plegada. Puente de hidrógeno entre grupos carbonilo y amino. Modificado a partir
de http://www.biorom.uma.es/
Tiene carácter electrostático y no es direccional. Los grupos que actúan como D-H en estos casos,
2
son grupos C-H donde el C tiene hibridación sp o sp y los grupos que actúan como A son sistemas
aromáticos (con electrones π deslocalizados) o átomos grandes, fuertemente polarizables, como Br,
Se, S.
-1
Dado que la dependencia de la energía con la distancia es función de r , y por lo tanto, no decae tan
fuertemente con la separación de D y A, es frecuente extender el rango de r entre D y A hasta los 4Å.
Además, los ángulos son muy variables.
Las interacciones tipo C-H...A aportan gran parte de la entalpía de estabilización de las estructuras
macromoleculares.
64
DH A a-
A
DH b-.
A
DH
c-
A
DH d-
A
Existe una clasificación propuesta por Gilli y Gilli (2000) y Gilli y Gilli (2010) que permite clasificar los
puentes de hidrógeno como:
• Puentes de hidrógeno no asistidos: son puentes de hidrógeno simples y débiles que se dan entre
grupos D-H y A sin carga neta en ninguno de ellos. Por ejemplo, los puentes de hidrógeno que se
dan en las proteínas (Figuras 13 y 14).
• Puentes de hidrógeno asistidos por carga: ocurren, ya sea porque D está cargado
positivamente o A, cargado negativamente, lo que hace que el puente sea más intenso. Sería
equivalente a una interacción ion-dipolo. Estas interacciones se encuentran entre las cadenas
laterales de aminoácidos en una cadena de proteína. Se observa un ejemplo en la Figura 16, el
puente de hidrógeno entre el grupo tiol de un residuo del aminoácido cisteína, y el grupo
carboxilato de un residuo de aspartato.
SH
H2N OH
O
-
O O -
O
H2N
O
Fig. 16. Puente de hidrógeno asistido por carga
65
beta) y la doble hélice del ADN y su replicación, dependen de la formación de puentes de
hidrógeno.
Fig. 17. Apareamiento de las bases en el ADN por puente de hidrógeno. A: adenina, T: timina, C:
citosina, G: guanina.
Actividad 18
a. Utilizando la Tabla 3 del Anexo II, escriba la estructura semidesarrollada y el nombre IUPAC de
un ejemplo de compuesto, para cada grupo funcional, que pueda dar interacciones de puente de
hidrógeno entre moléculas del mismo compuesto. Dibuje las interacciones.
b. Elija tres de esos compuestos que puedan dar interacciones de puente de hidrógeno actuando
como D-H frente a la molécula de agua como aceptora (A).
c. Elija tres compuestos, de todos los que figuran en la Tabla 3 del Anexo II, que puedan actuar
como aceptores (A) pero no como dadores de H, en una interacción de puente de hidrógeno con
el agua como dador (D-H).
En ocasiones, el valor de energía liberada por cada interacción no es sensiblemente alto, pero se
da en un número tan elevado dentro de una población de moléculas (recuérdese que en un mol de
23
partículas existe el número de Avogadro de las mismas: 6,02 x 10 partículas), que la energía total
liberada por las interacciones en la población, es suficiente para hacer una contribución decisiva a su
estabilización.
66
Sección 5. Propiedades físicas y estructura molecular. Influencia de la
geometría molecular sobre las propiedades de las sustancias
Como se mencionó en el Capítulo anterior, existen propiedades observables, macroscópicas, como
el punto de ebullición, el punto de fusión y la solubilidad, entre otras, que dependen de las
interacciones no enlazantes que puedan producirse entre las partículas (moléculas o iones) que
constituyen una población.
En este punto, es fundamental tener claro el modelo molecular de cada estado de agregación.
El modelo del estado gaseoso más simple, que es el modelo de gas ideal, considera nulas las
interacciones intermoleculares, las partículas se mueven en línea recta al azar, los choques entre las
moléculas y contra las paredes del recipiente son elásticos (sin pérdida de energía). Propiedades
observables, como la presión y la temperatura surgen del movimiento molecular así modelado. La
temperatura es una expresión de la energía cinética media de las moléculas de la población. La
presión es la expresión macroscópica de los choques de las moléculas del gas sobre las paredes del
recipiente que lo contiene.
El modelo del estado sólido es el que considera las interacciones no enlazantes (o entre partículas,
a menudo, iones) más intensas. Las partículas no se trasladan, sino que sólo vibran alrededor de sus
posiciones de equilibrio.
Así, si se visualiza cada estado desde el punto de vista de las interacciones no enlazantes, es
posible dar cuenta de las necesidades energéticas implicadas en cada cambio de estado. Si se pasa
del estado gaseoso a cualquiera de las fases condensadas, las partículas son forzadas a acercarse,
y al disminuir la distancia r que las separa, las interacciones se dan con mayor energía, siendo esta
liberada desde el sistema, produciendo su estabilización. Por ello, para pasar a fases
condensadas, se requiere quitar energía del sistema, lo que generalmente se realiza provocando
un descenso de la temperatura del sistema. Es importante notar que durante el cambio de
estado, si bien se continúa enfriando el sistema desde el exterior, la temperatura permanece
constante, mientras haya coexistencia entre las dos fases que implican el cambio de estado (por
ejemplo, mientras coexistan gas y líquido durante la condensación). La energía liberada por las
interacciones intermoleculares, que se hacen más y más intensas al acercarse las partículas,
compensa la pérdida de calor por el enfriamiento producido desde el exterior del sistema, y la
temperatura no varía durante el cambio de estado de agregación.
67
En química orgánica es de interés predecir estos comportamientos. Desde el punto de vista
estructural, que es el utilizado en este curso, la posibilidad de aparición de interacciones
intermoleculares en una población de partículas se debe a la estructura química y espacial de las
moléculas individuales, como se ha visto anteriormente. La presencia de cargas totales o parciales
en una molécula depende en primer lugar, de su composición química y en segundo lugar, de su
forma espacial. Si ambas permiten la aparición de cargas netas (iones) o parciales (dipolos), éstas se
traducen en interacciones no enlazantes de diversas clases, como las estudiadas en este Capítulo.
Del mismo modo se puede analizar la posibilidad que una sustancia pura pueda disolverse
adecuadamente en un solvente dado. Todo factor que permita establecer interacciones no
enlazantes favorables entre el soluto y el solvente, favorecerá la solubilización, y dará un alto
valor de solubilidad para ese soluto, en ese determinado solvente.
Es importante recalcar que todos estos comportamientos no solo interesan en relación a los
compuestos discretos, como son las distintas familias de compuestos orgánicos que se estudiarán a
lo largo de este curso, sino también (lo que es mucho más importante desde el punto de vista
biológico) interesan para explicar los comportamientos funcionales de las biomoléculas. Estos
comportamientos dependen fuertemente de sus arquitecturas tridimensionales y de su estabilización
en el seno del medio acuoso, que es el medio celular. Como se ha visto hasta ahora, la arquitectura
tridimensional de las macromoléculas y su vinculación favorable o desfavorable con el medio
acuoso dependen de las interacciones no enlazantes que puedan establecerse entre grupos
funcionales dentro de cada macromolécula, y entre ésta y la fase acuosa circundante.
Para adquirir destreza en relacionar las propiedades físicas observables, macroscópicas y medibles
experimentalmente, como el punto de fusión, el punto de ebullición y la solubilidad, con la estructura
molecular, se proponen las siguientes actividades:
Actividad 19
b. Para cada grupo funcional, analice la polaridad de cada enlace alrededor del C funcional
c. Con base en lo realizado en el ítem anterior, analice la polaridad resultante para cada molécula.
d. En cada serie, determine todas las clases de fuerzas intermoleculares que pueden intervenir en
cada compuesto.
e. Dentro de cada serie, ordene los compuestos por punto de ebullición creciente. Justifique.
i-
ii-
O
HO O
iii-
O O O
OH OH OH
68
5.a Punto de ebullición
Es la temperatura a la cual se produce el cambio de estado líquido-vapor y, por supuesto, es la
misma para la transición inversa vapor-líquido (condensación).
Presión externa aplicada: El punto de ebullición es la temperatura a la cual la presión de vapor del
líquido iguala a la presión exterior, por lo tanto, está fuertemente influenciado por la presión. El punto
de ebullición normal es el punto de ebullición cuando el cambio de estado se produce a la presión
de una atmósfera.
Actividad 20
a. Dados los siguientes datos de presión de vapor – temperatura para la acetona, determine a qué
presión se trabajará si la temperatura del sistema no puede superar los 40ºC:
(ºC) (torr)
-2 60
69
7,7 100
39,5 400
56,5 760
6,60 40
20,10 200
29,15 300
41,35 500
46,00 600
50,00 700
53,56 800
c. Consulte las hojas de seguridad de esos solventes para su manejo seguro en el laboratorio.
Para una serie homóloga (una serie con número creciente de carbonos, en una familia de
compuestos orgánicos con idéntico grupo funcional, por ejemplo, alcoholes de 1 a 10 C) el punto de
ebullición aumenta con el número de carbonos.
Para igual cadena hidrocarbonada en una misma familia de compuestos, el punto de ebullición
disminuye con la ramificación de la cadena (por ejemplo: 2,2-dimetil-2-butanol y 1-hexanol).
Actividad 21
Considerando que estos últimos factores se relacionan con las cadenas hidrocarbonadas de los
compuestos, ¿qué tipo de interacción será la que determina la diferencia de puntos de ebullición
en esos casos? Explique.
70
Actividad 22
OH
OH
v- vi- vii- SH viii-
OH O S
ix- x-
NH2
N
b. Complete en la siguiente tabla, para cada uno de los compuestos dados, todas las interacciones
no enlazantes que puedan observarse dentro de una población de moléculas de cada compuesto.
Justifique y dibuje las interacciones sobre las estructuras de los compuestos.
DIPOLO-
COMPUESTO PUENTE de H LONDON
DIPOLO
II
III
IV
VI
VII
VIII
IX
71
Serie C= compuestos VII y VIII.
Sin usar tablas de propiedades físicas, ordene los compuestos de cada serie según puntos de
ebullición creciente. Justifique.
Actividad 23
d. Analice cuáles de esos compuestos pueden dar puentes de hidrógeno entre moléculas del
mismo compuesto.
5.b Solubilidad
Es frecuente, en el trabajo de laboratorio químico-biológico, encontrarse con muestras ambientales
tales como agua de mar, agua dulce, sedimentos o tejidos de organismos marinos, de las cuales
deben aislarse compuestos de interés, ya sea porque son contaminantes y es necesaria su
identificación y cuantificación, o porque son nutrientes específicos y es necesaria su evaluación
periódica (Rubilar et al., 2008; Pastor de Ward et al., 2006; Villares et al., 2011; Parra et al. 2015).
Para poder aislar los grupos de compuestos de interés a partir de esos sustratos complejos, se
realizan procedimientos de extracción con solventes. Este procedimiento consiste en el tratamiento
del sustrato con un solvente adecuado para la solubilización preferencial de los compuestos que se
busca aislar. Posteriormente se efectúa la eliminación del solvente, para obtener el extracto y
proceder a la identificación y/o cuantificación de los compuestos, con otros procedimientos de
laboratorio adecuados.
• solubilizar preferencialmente los compuestos que se desean aislar a partir del sustrato
• ser fácilmente eliminables por destilación, principalmente para que al evaporar el solvente de
extracción, la temperatura no deteriore los compuestos extraídos
Para lograr una adecuada solubilización de los compuestos que se desean aislar en el solvente
elegido, se necesita analizar la estructura química de los compuestos a extraer y del solvente a
72
utilizar, para evaluar su mutua solubilidad. Para ello, se debe tener en claro el modelo molecular
del proceso de solubilización. Si se considera por una parte, una población de moléculas de
solvente y por otra, la población de moléculas de compuestos a extraer, para que ocurra una efectiva
solubilización de esos compuestos en el solvente propuesto, se deben producir suficientes
interacciones no enlazantes entre las moléculas de los compuestos a extraer y las del solvente, para
que la energía liberada al producirse esas interacciones estabilice el sistema. Es una antigua frase
de la historia de la química ―lo semejante disuelve a lo semejante‖, que podría traducirse, con una
visión estructural molecular, en que compuestos de estructura similar se disuelven mutuamente.
Para aplicar estos conceptos a un ejemplo práctico, se propone la siguiente Actividad:
Actividad 24
Si considera como ejemplo un sustrato consistente en una muestra de agua de mar en la que
están emulsionados/suspendidos hidrocarburos alcanos de cadena hidrocarbonada larga (de trece
a veintiun átomos de C) (Gil et al,1996; Ahumada et al, 2008) de origen natural y antropogénico:
Evalúe los siguientes compuestos para analizar la posibilidad de utilizarlos como solventes de
extracción.
Etanol, diclorometano, cloruro de metilo, dimetiléter, hexano, dietiléter, ciclohexano,
cloroformo, benceno y acetato de etilo.
a. Escriba sus estructuras de líneas.
b. Utilizando la Tabla 7 del Apéndice, busque las propiedades físicas de solventes orgánicos y
determine cuáles no serían apropiados como solventes de extracción.
c. Con los solventes apropiados, confeccione un listado de mayor a menor preferencia de
utilización. Justifique.
d. Además de las propiedades físicas ¿Qué otros factores debería tener en cuenta para la
selección?
Actividad 25
a. Considere el modelo molecular del estado sólido y del estado líquido, y explique porqué para
lograr la fusión es necesario entregar energía al sistema.
b. Explique porqué la transición se produce a temperatura constante (para una sustancia pura) o
aproximadamente constante (para soluciones), a pesar que continuamente se entrega calor al
sistema durante la fusión.
Todo factor que contribuya a mejorar el empaquetamiento de las partículas en una red cristalina
sólida, incrementa la intensidad de las interacciones intermoleculares no enlazantes en la población
de moléculas y estabiliza la fase sólida. En cambio, un sistema en el cual las interacciones se vean
debilitadas, tenderá a pasar a la fase líquida a menor temperatura.
73
Actividad 26
a. Analizando sus estructuras químicas, explique cuáles son las interacciones intermoleculares no
enlazantes presentes en una población de moléculas de cada compuesto.
c. Explique, con base en lo analizado en los ítems anteriores, porqué las grasas son sólidas a
temperatura ambiente, mientras que los aceites son líquidos.
74
Bibliografía
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sedimento de procesos naturales y contaminación. Ciencia y tecnología del mar, vol. 31, núm. 1, pp.
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76
CAPÍTULO 3
ÁCIDOS Y BASES
Teoría de Bronsted-Lowry Pares conjugados. Equilibrios de disociación. Uso de tablas de pKa. Factores que
influyen en la acidez y en la basicidad. Relaciones termodinámicas basadas en el pKa. Teoría de Lewis:
definición de ácidos y bases de Lewis.
Sección 1. Introducción
El metabolismo celular es un complejo sistema de reacciones químicas acopladas, que funcionan en
condiciones ajustadas de temperatura, concentración y de acidez del medio celular. Como ejemplos
de la influencia de la acidez del medio, se puede mencionar que la acidez del medio celular
condiciona la arquitectura tridimensional de las proteínas, que, a su vez, determina su adecuado
funcionamiento. Asimismo, la acidez del agua o del suelo determina qué organismos pueden
adaptarse a esas condiciones de hábitat y un cambio de la acidez, afecta la diversidad de
organismos vivientes en un ecosistema dado.
Una medida de la acidez del medio es la función denominada pH, que se define así:
pH= -log[H+]
+ +
donde la expresión [H ] significa concentración molar de iones H .
Se mencionó más arriba que la acidez del medio celular condiciona la arquitectura molecular de las
proteínas y, como se ha mencionado varias veces en los Capítulos anteriores, la función que éstas
cumplen está directamente relacionada con su arquitectura molecular. Pero, ¿cómo es que el valor
de acidez (pH) puede determinar la arquitectura molecular de las proteínas?
77
O O
- O
O
NH
NH2
NH
CH3
O
+ O
H3N
NH
NH2
Fig. 1. Formación de grupos con carga eléctrica por protonación o desprotonación de residuos de
aminoácidos en el agua
O O
H C30H61 C30H61
CH3(CH2)14 OH + H2O + O
:O CH3(CH2)14
:
78
Estas reacciones se interpretan correctamente mediante el estudio de la Teoría de Ácidos y Bases
de Lewis.
Actividad 1
a. Para cada uno de los siguientes compuestos, escriba las estructuras de Lewis (incluyendo los
pares de electrones no enlazantes) e identifique en la estructura los sitios que les pueden permitir
comportarse como ácidos de BL.
b. Repita el análisis identificando los sitios que les permitan actuar como bases de BL.
b.1. 2-metil-2-propanol
b.3. Metilamina
b.4. Propanamida
Una reacción ácido-base de BL tiene lugar cuando ocurre la transferencia de un protón desde la
especie que tiene la capacidad de cederlo hacia otra que tiene la capacidad de aceptarlo. La especie
que se desprotona, se convierte en base conjugada y la especie que lo acepta, se transforma en el
ácido conjugado (Figura 3)
H-A + :B H-B+ + A-
ácido 1 base 2 ácido conjugado 2 base conjugada 1
En esta reacción se identifican los pares ácido-base conjugados y con flechas curvas se señala el
flujo de electrones. Por convención, estas flechas se dibujan desde los electrones hacia el átomo que
los recibe.
79
Actividad 2
HCl + H2O
CH3COOH + CH3O-
NH3 + H3O+
H2O + H2O
H3PO4 + H2O
CH3OH + NH2-
Ejemplo 1
Los alfa-aminoácidos son las unidades estructurales que forman las cadenas proteicas. Poseen ese
nombre pues en la misma molécula se encuentra un grupo ácido (-CO2H) y un grupo amino (-NH2),
este último ubicado en el carbono ―α‖ que es el adyacente al grupo ácido. El grupo –NH2, en realidad,
en el medio celular se encuentra protonado como grupo -NH3+ (alquilamonio). Debido a esta
80
protonación, los aminoácidos son ácidos polipróticos, que pueden desprotonarse en el agua dando
+
equilibrios de BL por pérdida sucesiva de un ion H del grupo carboxilo; de uno del grupo
alquilamonio (como se observa en el siguiente ejemplo, para el aminoácido alanina) o incluso,
pueden tener otros grupos como sustituyentes en la cadena hidrocarbonada, que tengan
comportamiento ácido y se desprotonen en solución acuosa.
Ejemplo 2
O O
- +
OH + H2O O + H3O
+ +
NH3 NH3
O O
- - +
O + H2O O + H3O
+
NH3 NH2
En el Ciclo de Krebs o Ciclo de los ácidos carboxílicos -una importante vía metabólica- intervienen
varios ácidos orgánicos polipróticos (son ácidos di- o tri-carboxílicos).
Actividad 3
a. En la siguiente imagen del Ciclo de Krebs se visualizan los principales ácidos que integran el Ciclo:
81
Ciclo de Krebs. Tomado de Creative Commons. http://www.fotosimagenes.org/ciclo-dekrebs
b. Identifique los grupos carboxilo o carboxilato en cada uno, e indique si se trata de ácidos mono,
di o tricarboxílicos.
c. Tome uno de ellos como ejemplo, y escriba los equilibrios sucesivos de BL en solución acuosa.
Especies anfóteras
Actividad 4
Complete el siguiente cuadro con el par conjugado de cada compuesto. En todas las fórmulas
indique los pares de electrones no enlazantes.
Ion metanotiolato
Ácido dodecanoico
Ácido dodecanoico
Propanol
Metilamina
Metilamina
Etanamida
Actividad 5
En el cuadro anterior, observe si hay especies que pueden comportarse tanto ácidos o como
bases. A las especies que presentan esa característica se las denomina anfóteras.
Actividad 6
Los aminoácidos, al poseer sitios ácidos y básicos dentro de la misma molécula, en solución
acuosa, pueden experimentar una reacción ácido-base interna.
82
nombre IUPAC y dibuje todos los pares de electrones no enlazantes.
b. Observe entre qué grupos funcionales de la molécula se puede dar una reacción ácido-
base interna.
H
O
H2N
OH
Actividad 7
Las siguientes reacciones, que se plantean tomando como ejemplo nuevamente a la alanina,
serán muy importantes en el Capítulo referido al estudio de los alfa-aminoácidos que
constituyen las proteínas. A pH inferior a 2, la alanina se encontrará mayoritariamente en su
forma protonada y a pH superior a 10, predominará la forma desprotonada.
Analice según BL, ambas reacciones, observe si existen estructuras anfóteras y cómo son esas
especies desde el punto de vista de su carga.
H
H +
H O O
O
+ O + H H H3N
+
-
+ H H
H3N O
OH
H
H +
H O O
O +
H3N
+ O + H H H2N
-
H H
- O
O
83
Actividad 8
[A-].[H3O+]
Ka = Keq * [H2O] = ----------------------
[HA]
Los valores que puede tomar Ka varían en un intervalo muy amplio. Los ácidos muy fuertes se
15
disocian totalmente en agua y las respectivas Ka alcanzan valores muy altos (~ 1 x 10 ) mientras
-60
que los valores de Ka para los ácidos muy débiles pueden llegar a ser muy bajos (~ 1 x 10 ).
La capacidad o fuerza de un ácido para donar su protón en solución acuosa se expresa por el
valor de pKa.
Actividad 9
Teniendo en cuenta la definición del pKa, ¿cómo se espera que sean las magnitudes de pKa de un
ácido débil?
En los sistemas biológicos, los ácidos y bases de mayor interés en los procesos metabólicos y su
regulación, son ácidos moderados o débiles (ejs: ácido pirúvico, ácido láctico, ácido acético,
ácido cítrico).
84
Actividad 10
a. Escriba las estructuras de Lewis de ácido acético, etilamina y etanol (incluyendo los pares de
electrones no enlazantes) e identifique en cada molécula todos los sitios que podrían actuar como
ácidos de BL.
b. Repita el análisis anterior pero ahora identificando los sitios que podrían actuar como bases de
BL.
c. Escriba la ecuación de equilibrio que corresponde a la disociación acuosa de cada uno de los
compuestos y busque el valor de pKa.
d. Utilizando los valores de pKa (Tablas 5 y 6) ordene esos compuestos en orden de acidez
creciente e identifique si se trata de ácidos fuertes, moderados o débiles.
Así como se observó que los ácidos poseen diferente habilidad para ceder un protón, las bases
también poseen diferente habilidad para captarlo y en función de esa capacidad, las bases pueden
ser fuertes o débiles.
En una reacción ácido-base de Brönsted-Lowry, cuanto más fuerte sea el ácido, más débil es la
1+
base conjugada en la que se transforma cuando cede su H . Así, un ácido fuerte da lugar a una
base conjugada débil y un ácido débil, da lugar a una base conjugada fuerte. Esto se deduce
teniendo en cuenta que se trata de equilibrios químicos. Un ácido relativamente fuerte, forma parte
de un equilibrio desplazado hacia los productos (su base conjugada). Es decir, ésta predominará en
+
el equilibrio, y no tendrá igual tendencia a recapturar el H , para volver a dar el ácido sin disociar.
Actividad 11
Ordene, según basicidad decreciente, las bases obtenidas en las ecuaciones planteadas en la
Actividad 10 para la disociación en agua de ácido acético, etilamina y etanol, actuando cada uno
de ellos como ácidos.
Actividad 12
Como ya se mencionó, en las reacciones ácido-base el protón siempre va a ser transferido desde
el ácido más fuerte hacia la base más fuerte. De acuerdo a la siguiente ecuación, analice si se
podrá obtener acetato de sodio haciendo reaccionar ácido acético con hidróxido de sodio.
Para ello identifique los ácidos intervinientes, busque el valor de pKa de cada uno de ellos (Tablas
5 y 6 del Apéndice) y determine cuál será el ácido más fuerte ¿Hacia dónde estará desplazada la
reacción en el equilibrio?
85
La conclusión obtenida en el ejercicio anterior puede ser corroborada mediante el cálculo del valor de
°
la variación de energía libre estándar (∆G ) mediante la ecuación:
Donde:
-1 -1
R= Constante universal de los gases = 8,314 Joule. K . mol
El pKeq de la reacción se puede obtener a partir de los valores de pKa de cada uno de los ácidos
intervinientes en la reacción. Si se identifica como Ácido 1 al ácido ubicado en el lado izquierdo de la
ecuación química (lado de los reactivos, en este caso: CH3COOH) y como Ácido 2 al ácido ubicado
en el lado derecho de la ecuación (lado de los productos, en este caso: H2O):
Actividad 13
a. Determine si las siguientes reacciones ocurrirán tal como están escritas o en sentido contrario.
b. Exprese las posiciones de equilibrio por medio de las longitudes de las flechas y utilizando los
valores de pKa.
[A-].[H3O+]
Ka = ----------------------
[HA]
86
[A-]
- log Ka = - log ------------- + (- log [H3O+])
[HA]
[A-]
pH = pKa + log -------------
[HA]
Esta ecuación permite observar, que, cuando un ácido en solución acuosa está desprotonado en un
- -
50 % (es decir que la concentración de la especie A es igual a la de la especie HA, [A ] = [HA] ) el
valor de pH es igual al del pKa. Para este porcentaje de desprotonación, si el ácido HA es débil, se
está en presencia de un buffer o solución amortiguadora. Esa solución tenderá a resistir los
+ -
cambios de pH ante el agregado de H u OH . En la química biológica, las reacciones ocurren en
solución acuosa y a un pH óptimo cercano a 7. Este valor de pH se mantiene estabilizado, por la
2- - -
presencia de soluciones amortiguadoras formadas por los pares conjugados CO 3 /HCO3 ; H2PO4
2-
/HPO4 entre otros.
Actividad 14
- 2-
Aplique la ecuación de Henderson-Hasselbalch y analice porqué el par H2PO4 /HPO4 puede ser
un buffer biológico a pH 7.
Actividad 15
b. Escriba el equilibrio de BL del ácido láctico en solución acuosa. Indique los pares conjugados.
Nombre la base conjugada del ácido láctico.
c. El pKa del ácido láctico es 3,5. Calcule la relación de concentraciones entre el ácido láctico y su
base conjugada a pH = 7,4. Justifique porqué, en el contexto fisiológico, se suele designar al ácido
por el nombre de su base conjugada.
87
Sección 3. Factores que afectan la acidez
3.a. Efecto de la electronegatividad del átomo unido al H ácido
Actividad 16
b. Busque el valor de pKa para cada compuesto (Tablas 5 y 6 del Apéndice) y ordénelos en función
de acidez creciente. Observe en cada caso, cuál es el átomo al que se encuentra unido el H, que se
transforma en el protón que transfiere el ácido. ¿Cuál es la electronegatividad del átomo unido al
H, en cada caso analizado?
+
La electronegatividad del elemento al cual está unido el H que se intercambia influye porque un
elemento más electronegativo atrae más el par de electrones del enlace que lo vincula al H, y por lo
+
tanto, el H tiende a salir con mayor facilidad.
Actividad 17
a. Busque en la tabla de pKa (Tablas 5 y 6 del Apéndice) los valores de pKa para la disociación
acuosa de los grupos funcionales alcohol (considere un alcohol primario) y tiol.
c. ¿Hacia dónde se incrementa la acidez dentro de un mismo Grupo de la Tabla Periódica? (Puede
corroborarlo comparando la acidez de los ácidos binarios de los halógenos: HX).
d. Busque en la Tabla 11 del Apéndice, un aminoácido con cadena lateral tiol y uno con cadena
lateral análoga pero con grupo funcional alcohol. Observe los valores de pKa para cada
aminoácido (Tabla 10 del Apéndice).
Los aniones que se forman al ceder un protón, serán más estables cuanto menos concentrada (o
más dispersa) esté la carga negativa sobre el átomo y esto ocurre a medida que los átomos tienen
mayor volumen. Es por esto que en un mismo Grupo de la Tabla Periódica, la acidez de los
compuestos crece hacia abajo. Esto tiene una gran importancia en lo que respecta al
comportamiento fisicoquímico de las proteínas en solución acuosa: aquellas que presentan grupos
ácidos en la cadena lateral de sus aminoácidos tendrán capacidad de desprotonarse a pH fisiológico,
mientras que las que poseen grupos neutros, no se ionizarán. Cada comportamiento trae aparejada
distinta interacción con el agua y con los demás aminoácidos, como se verá con mayor detalle en los
Capítulos 11 y 12.
y analice el efecto de la presencia del grupo –NH2 en el valor de pKa y el efecto de la distancia
entre el grupo –NH2 y el –COOH.
Actividad 19
c. Analice en todas las bases conjugadas, cómo se distribuyen las cargas negativas y sobre qué
átomos.
Ya se observó que si una base presenta una carga negativa sobre un átomo electronegativo, la base
estará estabilizada, tenderá a ser débil y el ácido conjugado fuerte. Pero si además la carga negativa
puede estar deslocalizada sobre más de un átomo, habrá también estabilización por resonancia.
+
Los grupos funcionales que aceptan un H , dando cationes, son ácidos de BL muy fuertes y sólo en
medio muy ácido (por ejemplo, por adición de HCl(aq)), se pueden mantener protonados. Tienen
importancia como especies transitorias en el inicio de alguna reacción que requiere catálisis ácida,
como se observa en el Ejemplo 3:
Ejemplo 3
+
:
O OH OH
+ H-X
-
C
+
+X
R R' R R' R R'
+
El grupo carbonilo de una cetona (o de un aldehído) actúa como base de BL, captando el ion H de
89
un ácido fuerte (HX). Esto produce un catión, cuya carga positiva oscila entre el O y el C. De este
modo, el C funcional queda más electrofílico que en el compuesto original, y es, por ende, más
susceptible de poder ser atacado, posteriormente, por un reactivo nucleofílico. Esta clase de
reacciones ocurre durante la formación del anillo de los carbohidratos (monosacáridos), que se
estudiará en el Capítulo 10.
Actividad 20
La siguiente es una reacción ácido-base. Observe si es posible analizarla bajo la óptica de BL.
Explique la carga negativa y positiva que se observan en el producto de la reacción.
O -
O
H3C C CH3 + H3C OH H3C C CH3
+
O
H CH3
Cuando las reacciones ácido-base se efectúan sin intercambio de protones, el análisis se efectúa
según la definición de ácidos y bases dada por Lewis. Los ácidos de Lewis son especies que
pueden aceptar electrones y las bases de Lewis, son especies que poseen electrones no
enlazantes que pueden ser cedidos.
Actividad 21
O O
Br OH
O
90
Actividad 22
Observe:
• La estructura de un mismo compuesto puede ser analizada tanto desde la óptica de BL, como de
Lewis.
• Según el átomo que se considere, un compuesto determinado se puede comportar como ácido o
base de BL o como ácido o base de Lewis.
Una reacción ácido-base de Lewis ocurre con transferencia de electrones desde una base y en
presencia de un ácido que los recibe, con la formación de un único producto, denominado aducto,
porque se forma por adición de la base al ácido.
O -
O
H3C C CH3 + H3C OH H3C C CH3
+
O
Acido Base H CH3
Aducto
Actividad 23
a. Reescriba las siguientes ecuaciones, reemplazando los nombres por las correspondientes
fórmulas, y complételas con la estructura del aducto formado en cada caso. En todas las
estructuras dibujadas, incluya los pares de electrones no enlazantes:
a.1. Carbocatión terbutilo + anión cloruro
a.2. Etanal + metanol
b. Señale en cada ecuación el ácido y la base de Lewis, mostrando con flechas curvas los
desplazamientos de electrones.
91
Como aplicación, realice la Actividad 24:
Actividad 24
El estudio de las reacciones ácido-base tanto desde la óptica de BL como de Lewis se podrá aplicar
a reacciones de la química orgánica en general y a aquellas de formación de estructuras de interés
biológico, en particular. Las siguientes ecuaciones son parte del mecanismo para la obtención de
hemiacetales, que serán de gran importancia en el tema Carbohidratos:
O OH
H-X X-
+ +
R R' R R'
OH OH
+ +
:
R R' R"-OH R OR "
R' H
a. Analice las ecuaciones de acuerdo a la teoría ácido-base que sea más conveniente.
b. Realice el análisis de manera completa: para el análisis según BL, identifique pares ácido/base
conjugada y base/ácido conjugado.
c. Para el análisis según Lewis, identifique ácido, base, aducto, nucléofilo y electrófilo. En
ambos casos, marque con flechas el flujo de electrones y coloque las cargas netas en los átomos
en los que aparezcan debido a cada reacción.
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92
CAPÍTULO 4
Hidrocarburos. Compuestos aromáticos
Conceptos básicos de cinética química y termodinámica aplicados a Química Orgánica. Hidrocarburos.
Reacciones químicas de interés biológico. Hidrocarburos alifáticos saturados e insaturados. Compuestos
aromáticos. Energía de enlace. Ruptura y formación de enlace covalente. Propiedades químicas. Rupturas
homolíticas y heterolíticas de enlace. Reacciones por mecanismo de radicales libres de importancia biológica.
Mecanismos heterolíticos: adición electrofílica de agua a alquenos y alquinos. Hidrocarburos insaturados:
alquenos y alquinos. Hidrocarburos aromáticos. Concepto de aromaticidad.
93
funcionales por acción del C10 Hidrólisis de unión glicosídica
agua
C9 Hidrólisis de lípidos
Un ejemplo de secuencia de reacciones químicas que ocurren a nivel celular es el Ciclo de Krebs o
Ciclo de los ácidos tricarboxílicos. En los organismos aerobios este ciclo, que se produce en todas
las células que utilizan O2 para la respiración celular, comunica varias rutas metabólicas entre sí,
como la degradación de carbohidratos, lípidos y proteínas para producir energía, además de CO 2 y
H2O. Un esquema de esta secuencia de reacciones se observa en la Figura 1. Puede visualizar una
animación de la secuencia de reacciones del Ciclo de Krebs en:
http://biomodel.uah.es/metab/Krebs/reacciones.htm.
94
Fig. 1. Ciclo de Krebs. Tomado de Creative Commons. http://www.fotosimagenes.org/ciclo-de-
krebs
Actividad 1
O O
OH OH
HO + H2O HO OH
O O
ácido fumárico ácido málico
a. Analice los grupos funcionales presentes en el ácido fumárico y en el ácido málico y decida
qué grupo funcional cambió debido a la reacción.
b. Analice qué enlaces de los reactivos (ácido Fumárico y agua) se deben romper para conducir a
la formación de productos.
c. Analice qué nuevos enlaces se forman, comparando las estructuras de los reactivos y
productos.
95
En los procesos químicos, se denomina sustrato al compuesto que provee el C funcional para el
cambio químico. Se denomina reactivo al compuesto que ataca al C funcional del sustrato. En el
ejemplo anterior, el sustrato es el ácido fumárico, específicamente, el doble enlace C=C, y el
reactivo, el agua.
Una manera de estimar el cambio de energía neto de la reacción, que se expresa como ∆H de la
reacción (cambio de entalpía, si la reacción ocurre a presión constante), es considerar los valores
de energía de enlace de las uniones covalentes involucradas. Como cada ruptura de enlace
implica absorción de energía por parte del sistema reaccionante, se consideran los valores con
signo positivo (proceso endotérmico). Para la formación de enlaces, por el contrario, se
considera el valor de la energía de cada enlace formado con signo negativo (proceso exotérmico).
El ∆H de la reacción se estima así como un balance entre ambos procesos, como se observa en la
Ecuación (1). El signo negativo surge del signo de la energía de los enlaces formados, como se
acaba de explicar. Si los datos se encuentran tabulados a 298K, se habla de ∆H⁰. En los datos
biológicos, la T estándar es 37ºC, y las variables en ese estado se denotan ∆H⁰’. Este procedimiento
es válido siempre que entre los enlaces rotos o formados no existan enlaces que forman parte de
estructuras de resonancia. Se trata de una aproximación, válida para efectuar comparaciones entre
posibles vías de reacción, dentro de familias de compuestos similares.
∑ ∑ Ecuación (1)
Para aplicar estos conceptos, utilizando las Tablas 3 y 4 del Apéndice, resuelva la siguiente
Actividad:
Actividad 2
-1
Calcule el ∆ H⁰ de la reacción de la Actividad 1 expresando el resultado en kJ mol .
Actividad 3
b. Determine la presencia de enlaces polares y marque sobre las estructuras, los momentos
dipolares de enlace encontrados.
Cuando existen momentos dipolares de enlace en una molécula, es probable que la molécula
reaccione químicamente por ruptura de esos enlaces.
96
Actividad 4
Utilizando los compuestos de la Actividad 3, dibuje, cuando sea posible, las rupturas de enlaces
polares, escribiendo las estructuras de los productos formados por esas rupturas, incluyendo los
pares de electrones. ¿Aparecen cargas eléctricas netas?
Estas rupturas de enlace se denominan rupturas heterolíticas, porque producen como resultado
dos partículas con cargas distintas. Son características de los grupos funcionales que contienen
heteroátomos unidos al átomo de C. Por ejemplo, reaccionan por rupturas heterolíticas los
halogenuros de alquilo, los alcoholes y los tioles.
Actividad 5
a. Con la Tabla 3 de prioridades de grupos funcionales del Anexo II, escriba la estructura de líneas
y el nombre de un ejemplo de cada uno de los grupos funcionales mencionados en el párrafo
anterior.
c. Considere los enlaces polares simples, plantee las posibles rupturas heterolíticas, marcando
sobre cada estructura por dónde ocurrirá la ruptura.
d. Escriba las estructuras semidesarrolladas de los iones formados, con su carga localizada en el
átomo que corresponda.
e. Busque la energía involucrada en cada una de las rupturas planteadas, en las Tablas 3 y 4 del
Apéndice.
Si las rupturas de enlaces covalentes polares son necesarias para que ocurra el cambio químico,
¿qué sucede en el caso de las moléculas apolares?
Las moléculas apolares reaccionan mediante rupturas homolíticas, donde cada uno de los átomos
que integra el enlace covalente se lleva un electrón.
Las rupturas homolíticas requieren menos energía que las rupturas heterolíticas, pues en el caso
de las rupturas heterolíticas, además de la energía necesaria para deshacer el enlace covalente, es
necesario el aporte de energía para la separación de los iones con cargas de signo opuesto que
se producen. Normalmente, esta energía es aportada por la interacción entre los iones formados y un
solvente adecuado, por esta razón, las reacciones que involucran rupturas heterolíticas ocurren en
solución, mientras que las rupturas homolíticas ocurren en fase gas o en solución, mediadas por
moléculas capaces de transportar un electrón desapareado. Son las reacciones llamadas de
radicales libres. Los radicales libres son fragmentos sin carga, con un electrón desapareado.
Actividad 6
Considere las moléculas de los compuestos I. y II. de la Actividad 3. Escriba las estructuras
desarrolladas de los radicales libres que pueden formarse por rupturas homolíticas C-C en esas
moléculas y analice si el átomo de C central en estos radicales presenta el octeto completo.
97
Actividad 7
c. Usando Tablas 3 y 4 del Apéndice, calcule el ∆ Hº de la reacción del compuesto I. con 2 moles
de HCl para dar II.
f. Analice si las rupturas de los enlaces serán homolíticas o heterolíticas. Justifique la respuesta
La función protectora del ozono se debe a la posibilidad de absorber radiación ultravioleta de alta
energía, para producir la siguiente reacción:
uv 260 nm
O3 O. + O
2
O. + O3 2 O2
uv 140 nm 2 O.
O2
O. + O2 O3
luz uv
Cl3FC . + Cl.
Cl2FC
O3 + Cl . ClO . + O2
ClO . + O. O2 + Cl .
Fig. 4. Reacción de los freones con el ozono
La molécula de freón se rompe homolíticamente, dando dos radicales libres. Como son partículas
inestables, por no tener el octeto completo de electrones de valencia, los radicales libres son
particularmente reactivos. Al chocar contra las moléculas de ozono, abstraen un átomo de O a partir
del ozono, y lo convierten en O2, produciendo así un déficit de ozono, pues el ciclo de
formación/regeneración que se observa en las Figuras 3 y 4, se ve interrumpido por el consumo de
ozono en esta reacción competitiva.
Otras reacciones por radicales libres son importantes a nivel celular. Por ejemplo, en la fotosíntesis,
3+ 2+
la reducción del ion Fe a Fe se produce por la cesión de un electrón aportado por una molécula
compleja, llamada dihidroubiquinona, que se oxida, liberando un electrón, y produciendo un
radical libre: semiquinona, como se observa en la Figura 5. Estos procesos de óxido-reducción se
analizarán en el Capítulo 6.
OH O.
CH3O CH3O
CH3O CH3O
R R
OH OH
Radical libre Semiquinona
Otra reacción mediada por radicales libres es el proceso de enranciamiento de los aceites expuestos
al aire. Éste ocurre mediante reacciones de radicales libres producidas por el ataque del O2(g) a las
cadenas hidrocarbonadas insaturadas de los aceites vegetales. El proceso degenerativo causado por
la exposición a la radiación ultravioleta ocurre debido a la formación de radicales libres a nivel del
ADN, que se propagan por su alta inestabilidad. Los radicales libres son responsables de procesos
degenerativos y de exacerbada proliferación celular, como algunos procesos cancerígenos.
99
2.c. Mecanismos de reacción heterolíticos. Adición electrofílica
Remarcados en la Figura 1 se encuentran los ácidos fumárico y málico que se utilizaron como
base de la Actividad 1.
En la Actividad 2 se calculó el ∆H⁰ de la reacción global. Sin embargo, este cálculo sólo da cuenta de
un aspecto termodinámico de la reacción: la cantidad de energía intercambiada a presión
constante. Este cálculo nada dice acerca de la manera en que puede ocurrir la reacción. A nivel
celular, la mayor parte de las reacciones ocurren mediadas por enzimas, a través de mecanismos
específicos. Sin embargo, a nivel teórico, es posible postular una ruta de reacción considerando los
conceptos de química vistos hasta ahora. El análisis de la ruta que siguen los reactivos para
convertirse en productos es uno de los aspectos que se encuadra dentro de la Cinética Química.
Como se estudió en el curso de Química General, para que ocurra una reacción química las
moléculas de los reactivos deben chocar entre sí y hacerlo con determinada energía (que permita la
ruptura de enlaces) y con determinada orientación en el espacio. La Teoría del Complejo Activado
postula un mecanismo de reacción basado en la formación hipotética de un complejo activado, es
decir, un arreglo particular teórico entre de las moléculas de reactivos y el catalizador. Este complejo
posee la máxima energía potencial debido a que los enlaces que deben romperse para la
desaparición de los reactivos no se compensa totalmente por la incipiente formación de enlaces
nuevos en los productos. Desde el punto de vista entrópico, además, este es un estado de mínima
entropía, es decir, desfavorable, puesto que el complejo activado se forma con todos los
compuestos involucrados en determinadas posiciones en el espacio, lo que restringe el desorden.
Todos estos factores están resumidos en la ecuación de Arrhenius (2):
Ecuación (2)
Esta ecuación permite visualizar que la velocidad específica de la reacción aumenta cuando
aumentan el factor de frecuencia y la temperatura, y cuando disminuye la Energía de activación.
Tanto el factor de frecuencia (A) como la energía de activación (Ea) son independientes de la
temperatura. Como ejemplo de aplicación, resuelva la Actividad 8:
La conversión del ácido fumárico a ácido málico y también la reacción inversa, son ejemplos de
reacciones que ocurren a través de un mecanismo heterolitico.
Actividad 8
100
explique el primer paso de la reacción que se observa en la siguiente Figura:
O
O H
+ OH
H C
OH
+ H-OH HO + HO1-
HO C H H
H O
O
c. Analice esa etapa de la reacción y determine, sin hacer cálculos, si se tratará de un paso endo o
exotérmico. Utilizando la Tablas 3 y 4 del Apéndice, calcule el ∆ H⁰ .
d. La siguiente Figura muestra cuáles son los puntos de partida para la segunda y última etapa de
la reacción. Complete el producto final.
O
H OH
+
C
HO + HO1-
H H
O
e. Calcule el ∆ H⁰ de la segunda etapa de la reacción.
f. La velocidad de una etapa de reacción es más baja cuanto mayor sea su Ea. El valor del ∆ H⁰ de
esa etapa de reacción puede utilizarse como parámetro estimativo de su Ea. Explique,
considerando las dos etapas de reacción analizadas, cuál será la etapa lenta.
101
Actividad 9
E
R R R R
+
C +
+ E-Nu -Nu
R R
R R
Carbocatión
Según se trate de un átomo de C primario, secundario o terciario, los respectivos carbocationes son
también primarios, secundarios o terciarios.
Actividad 10
Escriba con estructuras semidesarrolladas las siguientes ecuaciones, marcando con una flecha
curva el movimiento de los electrones. Explique porqué los carbocationes son ácidos de Lewis.
-
a. 1-buteno + agua carbocatión butilo + HO
-
b. 1-buteno + agua carbocation sec-butilo + HO
-
c. 2-metil-2-buteno + agua carbocatión terbutilo + HO
Una vez formado el carbocatión, éste reacciona rápidamente con la parte nucleofílica del reactivo,
para dar el producto final (Figura 8).
102
E E Nu
R R R
R +
C + -Nu
R R R
R
Carbocatión
• El grupo C=C del sustrato es una base de Lewis, actúa como nucleófilo.
• El nucleófilo atrae al electrófilo del reactivo, y, mediante una reacción ácido-base de Lewis se
forma un producto intermedio, llamado aducto (es el producto de una adición), que además, es un
carbocatión (tiene carga positiva en un átomo de C).
• La segunda y última etapa es otra reacción ácido-base de Lewis entre el ácido de Lewis
carbocatión (que actúa como electrófilo) y la parte nucleofílica del reactivo.
E R
R R R R
+ E-Nu
R R
R Nu
Fig. 9. Reacción de adición electrofílica al doble enlace
103
CH3 H
N H O
H H O N
N
N N N H N N
H NH
N H
N
N
N O O H N
N H
H H
A-T C-G
Fig. 10. Apareamiento de bases aromáticas en nucleótidos del ADN mediante puente de
hidrógeno
Los compuestos aromáticos son también integrantes de otras moléculas de alta importancia biológica
que pueden observarse en el Ejemplo 1:
Ejemplo 1
La Figura 11 muestra las estructuras del ATP, que actúa como repositorio de energía para el
+
metabolismo y del NAD , que actúa en procesos redox. Estas biomoléculas son nucleótidos (se
estudiarán en el Capítulo 13), constituidos por un heterociclo aromático (recuadrado), un hidrato
de carbono (en estos casos, β -D-ribofuranosa) y uno o varios grupos fosfato.
NH2
N
N
O O O
HO P O P O P O N N
O
OH OH OH
OH OH
a.
H2N
O N N
H2N N
O N
+ O
N -
O P O P O O
O -
- O
O
O OH OH OH
H
b.
+
Fig. 11.a. ATP, b. NAD
104
3.b. Aromaticidad. Características de los compuestos aromáticos
• Son planos
Actividad 11
OH
NH2
HO
a. Señale la porción aromática de la molécula.
b. Calcule el índice de insaturación de la parte aromática (considere la unión C-C como una unión
C-H, como si el anillo aromático fuese un compuesto en sí mismo).
c. Analice la geometría de cada átomo de C integrante del anillo aromático y justifique con base en
TRePEV.
El anillo aromático más sencillo es el benceno, que puede representarse mediante dos estructuras
similares (llamadas formas canónicas) (Figura 12):
En realidad, el benceno y, en general, todos los anillos aromáticos presentan resonancia. Como se
mencionó en el Capítulo 1: ninguno de los dibujos representa exclusivamente a la molécula real, sino
que ésta es un híbrido de resonancia de todas las representaciones posibles.
105
Es preciso señalar que la resonancia no es un mero caso de representación de un determinado
grupo funcional, sino que afecta determinadas características, observables a nivel experimental,
como por ejemplo, la longitud de los enlaces, la energía de la molécula, etc.
Actividad 12
b. En ambos casos, determine la longitud de todos los enlaces C-C de los anillos aromáticos.
c. Repita estos pasos con las moléculas de ciclohexeno y de ciclohexano, y complete la siguiente
tabla (en cada casillero Ci-Cj complete con el valor de la longitud de ese enlace).
Benceno
Tirosina
Ciclohexano
Ciclohexeno
d. Compare las longitudes de enlace entre los enlaces C-C simples, C=C localizado y C-C en anillos
aromáticos.
Actividad 13
a. Construya modelos de bolas y palillos y visualice en Jmol los siguientes compuestos aromáticos:
106
aromático y la geometría global del anillo.
c. Con base en la geometría, explique porqué los enlaces dobles pueden considerarse
deslocalizados, formando la nube π .
Las características de los anillos aromáticos son de suma importancia a la hora de analizar las
estructuras de las biomoléculas integradas por los heterocíclicos aromáticos. Su planaridad confiere
una arquitectura molecular determinada, y su excepcional falta de reactividad permite la necesaria
estabilidad para que moléculas como ADN y ARN sean los depositarios de la información genética.
Por el contrario, en la industria química los anillos aromáticos tienen alta importancia como
precursores químicos de muchos polímeros y pigmentos sintéticos. Sin embargo, dado que no
ocurren estas reacciones a nivel celular, no serán estudiadas en este curso.
107
Un ejemplo de esta reacción se observa en las Figuras 14 y 15. Como se mencionó antes, el tema
oxido-reducción se estudiará en el Capítulo 6.
O H
H NH2
H2N N
N
O O
N O P O P O N N
O O
OH OH
OH OH
NADH
H H
O H
O
H2N H2N
1-
-H
Oxidación +
N N
Reducción
1- Anillo aromático
NADH +H
NAD+
Fig. 15. NADPH. Cesión de ion hidruro y formación del anillo aromático
108
Actividad 14
+
Fig. 17. Absorción de radiación ultravioleta por el NAD y el NADH Tomado de © COENZIMA
.COM. Guillermo Pérez. Publicado bajo licencia CC BY-SA 3.0.
Bibliografía
Ege, S. (1998). Química Orgánica. Estructura y reactividad. Tomos 1 y 2. 3° edición. Editorial
Reverté, S.A.
Hart, H.; Craine, L. y Hart, D.J. (1999). Química Orgánica. 9° edición. Editorial Mc. Graw-Hill.
Pérez, G. http://www.coenzima.com/coenzimas_nad_y_nadh#menu
109
CAPITULO 5
GRUPOS FUNCIONALES DE IMPORTANCIA BIOLÓGICA I
FUNCIONES ALIFÁTICAS I. Aminas. Alcoholes. Éteres. Halogenuros de alquilo. Sulfuros (antes, tioéteres). Tioles.
Estructura y propiedades físicas. Estructura y reActividad. Alcoholes de larga cadena vinculados a los lípidos. La
función alcohol en los carbohidratos. La función tiol y tioéter en los aminoácidos. Comportamiento como
nucleófilos. Comportamiento como sustrato de reacciones de sustitución nucleofílica.
H O
OH
H OH
H O OH
HO H H
H OH OH H
H OH HO H
H OH
OH
Fig. 1. D-glucosa y β -D-glucopiranosa
110
Actividad 1
Los alcoholes también son importantes constituyentes de los lípidos. Los llamados glicerolípidos
están constituidos por la reacción entre la glicerina o glicerol, y ácidos grasos y /o grupos fosfato y/o
carbohidratos, entre otros.
Actividad 2
Actividad 3
a. Busque en la Tabla 10 del Apéndice, los aminoácidos con azufre en la cadena lateral y escriba
sus estructuras desarrolladas.
Además de encontrarse en la cadena lateral de ciertos aminoácidos, la función tiol es parte de una
molécula de alta importancia biológica: la Coenzima A, como se observa en la Figura 2.
111
Fig. 2. Coenzima A.
Tomada de http://adan-embl.ibmc.umh.es/biorom/contenido/biomodel/model2/lip/inicio.htm
Actividad 4
c. En todos los compuestos de este ejercicio, señale los grupos funcionales e indique la geometría
del átomo de C funcional.
Actividad 5
c. Analice si el compuesto presenta polaridad molecular. Busque en tablas el momento dipolar del
éter etílico.
Los compuestos que contienen N unido a cadenas hidrocarbonadas se denominan aminas. El grupo
amino está presente en todos los aminoácidos. Además, este grupo funcional puede estar presente
en la cadena lateral de los aminoácidos.
112
Actividad 6
Busque en la Tabla 10 del Apéndice, un ejemplo de aminoácido con grupo amino en la cadena
lateral y escriba su estructura desarrollada.
Considerando los grupos funcionales presentes en las estructuras de los compuestos analizados en
las Actividades precedentes, se puede observar que todos tienen en común:
• Átomos de C tetraédricos
Estos factores comunes son los causantes de sus propiedades físicas y de su comportamiento
químico, que se analizarán a continuación.
Actividad 7
a. Escriba los nombres IUPAC de los siguientes compuestos e indique a qué familia de
compuestos pertenecen.
b. Indique cuáles serán las interacciones no enlazantes presentes entre moléculas de cada
compuesto. ¿Por qué se consideran para este ejercicio moléculas de similar masa molar relativa?
c. Explique los valores de los puntos de ebullición con base en las interacciones no enlazantes que
se presentan en cada uno.
d. Repita el análisis, pero considerando las interacciones posibles entre moléculas de cada
compuesto y moléculas de agua.
O Cl OH
SH
i- ii- iii- iv- v-
NH2 N
vi- vii-
i 72 36,1
113
ii 74 34,6
iii 78 46,6
iv 76 67
v 74 117,7
vi 73 77,8
vii 73 36,5
El uso más frecuente de los compuestos clorados, de los alcoholes y de algunos éteres en el
laboratorio químico-biológico es su empleo como solventes de extracción.
Frecuentemente, una extracción se realiza directamente aplicando los solventes sobre el sustrato. Un
ejemplo de esto lo constituye el método de extracción de lípidos de Bligh y Dyer (1959), que aún
sigue siendo una técnica ampliamente utilizada en el estudio de lípidos sobre diversos sustratos. En
este método, el solvente de extracción es originalmente una mezcla de cloroformo y metanol, que,
con el agua contenida en la muestra, en determinadas proporciones, produce un sistema monofásico
(sistema homogéneo de una sola fase) que disuelve diversas familias de lípidos. Este sistema
monofásico se transforma en una mezcla bifásica (sistema heterogéneo de dos fases) por el
agregado de más agua y de cloroformo. El sistema bifásico está constituido por una fase acuosa-
metanólica, y otra fase clorofórmica.
Actividad 8
Una vez revisadas las propiedades físicas de los compuestos, se analizará a continuación su
comportamiento químico.
Actividad 9
a. En cada uno de los compuestos de la Actividad 7 (excepto el i. y el iii.), señale los sitios que
+
pueden actuar como bases de Brönsted-Lowry, aceptando un ion H de un ácido fuerte. Escriba
la estructura del ácido conjugado que se formaría.
b. Utilizando la Tabla 5 del Apéndice, calcule el ∆ Gº de la reacción entre cada uno de esos
114
compuestos (excepto el i. y el iii.) y el HCl y determine si esas reacciones son espontáneas.
c. En el alcohol, el tiol y la aminas primaria, de la Actividad 7, señale los sitios que pueden actuar
como ácidos de Brönsted-Lowry y escriba la estructura de la base conjugada que se formaría.
Todos los grupos funcionales que se analizan en este Capítulo poseen heteroátomos con pares de
electrones no enlazantes. Excepto el caso de los halógenos, los demás heteroátomos (N, O, S)
+
pueden actuar como bases de Brônsted-Lowry, tomando un ion H de un ácido fuerte.
Actividad 10
Para los compuestos de la Actividad 7, analice los sitios ácidos o básicos en cada molécula, de
acuerdo a la teoría ácido-base de Lewis. Recordando que los ácidos de Lewis se comportan
como electrófilos y que las bases de Lewis se comportan como nucleófilos, señale los sitios
electrofílicos y nucleofílicos en los compuestos analizados.
Las aminas, los alcoholes, tioles, éteres y sulfuros (antes, tioéteres), y sus bases conjugadas
(aniones), pueden actuar como reactivos nucleofílicos frente a sustratos electrofílicos debido a
la presencia del heteroátomo con diferencial de carga negativa.
Actividad 11
a. Analice las estructuras de la D-glucosa que se muestran en la figura siguiente. Para formar la
estructura cíclica, el grupo OH del C-5 de la D-glucosa ataca al C-1 (carbonilo).
115
desplaza hacia el O (átomo más electronegativo) y éste, a través de un par de electrones libres,
capta el H del grupo OH atacante (en azul).
De este modo se genera la última estructura, donde se observa un nuevo grupo OH (en rojo), que se
formó cuando el O del grupo carbonilo captó el H del grupo OH atacante (azul), y también se observa
que la estructura aparece cerrada como un anillo de seis átomos. El cierre del anillo ocurrió debido al
ataque del par de electrones del grupo OH (azul) sobre el C-1 (carbonilo).
Actividad 12
Actividad 13
HS
HS
O O
:
CoA-SH + CoA-S +
CH3 HS
H3C S R R
H H
Coenzima A Acetillipoamida AcetilCoenzima A
Explique qué rol desempeña el grupo tiol de la Coenzima A y dibuje los desplazamientos de
electrones usando flechas curvas.
Las reacciones en las cuales las aminas, los alcoholes y los tioles actúan como nucleófilos frente
a sustratos fuertemente electrofílicos son muy frecuentes a nivel celular. Se estudiarán en los
Capítulos 6 y 7.
Todos los grupos funcionales que se estudian en el presente Capítulo (aminas, alcoholes, éteres,
tioles, sulfuros (antes, tioéteres), halogenuros de alquilo) poseen un C funcional ácido de Lewis
moderado. Esos átomos de C funcionales no presentan carga positiva ni el octeto incompleto,
pero presentan un diferencial de carga positiva, es decir, un déficit de electrones, debido a la
presencia del heteroátomo al que está unido. El momento dipolar del enlace se establece debido a la
mayor electronegatividad de algunos de esos heteroátomos con respecto a la del C, y además,
debido a la presencia de pares de electrones no enlazantes en los heteroátomos. De acuerdo con
esa característica, pueden actuar como sustratos electrofílicos de ataques por reactivos
nucleofílicos.
Actividad 14
b. Analice el compuesto desde el punto de vista ácido-base de Lewis, señalando los sitios
nucleofílicos y electrofílicos.
c. Considere que el compuesto actúa como sustrato en la reacción para obtener el l alcohol de
igual cadena hidrocarbonada: sugiera un reactivo adecuado y escriba la ecuación química de la
reacción.
Para la formación del alcohol, ha debido sustituirse el grupo funcional cloro por un grupo
funcional oxhidrilo, en el C funcional. En estas reacciones, el C funcional ha actuado como
sustrato de una reacción de sustitución. El grupo funcional presente ha sido sustituido por otro,
proveniente del reactivo. El grupo que ha sido sustituido, se denomina grupo saliente y se
simbolizará como G.
El reactivo ha actuado como un nucleófilo. Por estos detalles, la reacción se denomina Sustitución
Nucleofílica (Figura 3).
R1 R1
R3 R3
R2 + Nu: R2 + G:
G Nu
117
Actividad 15
Sobre la figura anterior, complete con flechas curvas los desplazamientos de electrones, y marque
los momentos dipolares de enlace en el sustrato.
Las especies formadas por rupturas heterolíticas sobre los sustratos dados son carbocationes.
Según la carga positiva aparezca sobre un átomo de C primario, secundario o terciario, se pueden
clasificar respectivamente, como carbocationes primarios, secundarios o terciarios.
Como se vio en el Capítulo 4, es posible determinar que las reacciones químicas ocurren a través de
pasos sucesivos. El conjunto de pasos o etapas a través de los que ocurren las reacciones se
denomina mecanismo de la reacción. En el caso de la reacción planteada en la Actividad 14, escrito
de manera genérica, el paso inicial de la reacción se observa en la Figura 4:
Actividad 16
b. Busque en la Tabla 4 del Apéndice, el valor de la ruptura del enlace C-Cl para este sustrato.
¿Esta etapa será endo o exotérmica?
d. Continúe la reacción, escribiendo un paso que explique cómo se llega al producto final a partir
del carbocatión formado en la primera etapa.
Como se vio en el Capítulo 4, la etapa más lenta de una serie de pasos en una reacción química, es
la de mayor Energía de Activación. En la Energía de activación entran en juego los costos
energéticos de la ruptura de los enlaces en el sustrato y/o en el reactivo atacante, que pueden
estimarse mediante las Tablas de Entalpías de Enlace.
Los dos pasos de reacción (la formación del carbocatión y la reacción de éste con el nucleófilo)
constituyen el mecanismo de la reacción denominada Sustitución Nucleofílica Unimolecular, que
se abrevia SN1.
118
Actividad 17
d. Busque en la Tabla 4 del Apéndice, el valor de la ruptura del enlace C-Cl en el 1-cloropropano
y compárelo con el valor hallado en la Actividad 16. Explique cuál de los sustratos es más
adecuado para la formación de un carbocatión.
La estabilidad de los carbocationes terciarios puede explicarse por la mayor dispersión de la carga
positiva que puede darse a través de los enlaces C-C y C-H de los grupos directamente unidos al C
que sostiene la carga positiva. La explicación de la dispersión de la carga (que se debe a efectos
inductivos y de hiperconjugación) cae fuera de los alcances de este texto.
La ruptura heterolítica de los compuestos analizados en este Capítulo no siempre se produce como
etapa inicial para producir un carbocatión. Esto sólo ocurre si el carbocatión es medianamente
estable (especialmente sobre sustratos que pueden dar carbocationes terciarios). Los sustratos que
conducirían a formar carbocatión metilo o carbocationes primarios, por el contrario, no reaccionan
apreciablemente por esa vía. En cambio, ocurre un mecanismo concertado, que se denomina
Sustitución Nucleofílica Bimolecular y se abrevia SN2 (Figura 5).
G R3 R2
R2 Nu
R3 R2
R3
+ Nu: G.......... ..........Nu + G:
R1 R1
R1
Revisando el análisis efectuado en la Actividad 10, se observa que todos los grupos funcionales G
son bases de Lewis, zonas ricas en electrones. Las bases de Lewis son los sitios de alta densidad
electrónica que tienden a ceder un par de electrones a sitios con deficiencia de carga electrónica.
Así, la tendencia es a compartir el par de electrones del enlace con el átomo de C funcional, en
lugar de ―salir‖ del compuesto llevándose su par de electrones de enlace. Obviamente, cuanto mejor
base de Lewis sea el grupo G, mayor será su tendencia a compartir sus electrones con el C, y menor
será su tendencia a salir. Es decir, más básico, peor grupo saliente.
119
Otro factor que influye en la posibilidad de que G se comporte como buen grupo saliente, es la
capacidad de sustentar el exceso de carga negativa al llevarse el par de electrones de enlace. Si
- -
el grupo está integrado por un heteroátomo voluminoso (ion I , ion SH ) o bien si la carga negativa
puede estabilizarse por resonancia, el grupo G puede salir llevándose el par de electrones dando una
especie estable. Por ejemplo, el grupo fosfato unido a la glucosa en la glucosa-6-fosfato puede ser
fácilmente desalojado porque el ion fosfato saliente se estabiliza por resonancia. Si el grupo saliente
contiene un átomo de S, voluminoso, la carga negativa aportada por el par de electrones se
estabiliza con facilidad. Así, tanto el grupo fosfato como los tioles y sulfuros (antes, tioéteres) son
buenos grupos salientes frente a la sustitución por un nucleófilo.
El grupo funcional alcohol, como se ha visto al inicio de este Capítulo, es un grupo muy presente en
las biomoléculas. Una manera frecuente de reacción de los alcoholes para integrar las biomoléculas
es su rol como nucleófilos, como se vio en las Actividades 11 y 12. Sin embargo, el rol del grupo
funcional alcohol como sustrato de una reacción de sustitución nucleofílica no se da a nivel celular.
Generalmente, cuando debe sustituirse un grupo funcional OH, éste es previamente activado. La
activación consiste en su previa conversión a éster fosfórico, como se vio en la Actividad 12 y se
observa en la Figura 6:
OH OH
OH O O
H H OH
H + P ADP H
OH H -
O - O OH H - P
O
- + ADP
HO OH O HO O -
O
H OH H OH
alfa-D-glucopiranosa ATP alfa-D.glucopiranosa-1-fosfato
Actividad 18
Una vez activado, el éster fosfórico formado puede ser fácilmente sustituido por un nucleófilo,
permitiendo así la ruptura del enlace C-O, que de otro modo, no ocurre. Como aplicación, realice la
Actividad 19:
Actividad 19
120
OH
OH
H OH O
H H OH
OH H H
P - + OH H
HO O
-O HO OH
H OH O
H OH
alfa-D.glucopiranosa-1-fosfato alfa-D.glucopiranosa-
OH OH
OH OH O
H H H -
H
OH H OH H + P - OH
O
HO O OH O
H OH maltosa H OH
a. Señale sustrato, reactivo y grupo saliente. Dibuje con flechas curvas el desplazamiento de los
electrones.
c. Compare el grupo saliente con el grupo OH sin activar. Explique la necesidad de la activación
del sustrato.
Bibliografía
Ege, S. (1998). Química Orgánica. Estructura y reactividad. Tomos 1 y 2. 3° edición. Editorial
Reverté S.A.
Hart, H.; Craine, L. y Hart, D.J. (1999). Química Orgánica. 9° edición. Mc. Graw-Hill.
Stryer, L., Berg, J. M. y Tymoczko, J. L. (2013). Bioquímica. 7º edición. Editorial Reverté S.A.
121
CAPÍTULO 6
FUNCIONES ALIFÁTICAS: FUNCIONES ORGÁNICAS
OXIGENADAS II- GRUPO CARBONILO: ALDEHIDOS Y CETONAS
Presencia del grupo carbonilo en la Naturaleza. Compuestos carbonílicos. Aldehídos y Cetonas. Reacciones de
adición nucleofílica al carbonilo: formación de hemi(a)cetales: relación con la estructura de carbohidratos si
mples. Oxidación-reducción en compuestos orgánicos. Reducción de grupos carbonilo por adición de hidruro.
Sección 1. Introducción
Numerosas moléculas de importancia biológica contienen grupos funcionales oxigenados. En el
Capítulo 5 se han estudiado las funciones alifáticas oxigenadas con C saturados (alcoholes). En este
Capítulo y en el Capítulo 7 se analizarán las funciones orgánicas oxigenadas con grupo funcional
insaturado. Todas ellas tendrán en común el grupo funcional carbonilo, que se observa dibujado en
color rojo en la Figura 1. El grupo recuadrado en verde se denomina genéricamente grupo acilo.
R O
G
Fig. 1. Grupo carbonilo
Para visualizar la amplia distribución del grupo carbonilo en la Naturaleza, realice la Actividad 1.
Actividad 1
b. Indique cuál es el nombre del grupo funcional integrado por cada uno de los grupos carbonilo
que marcó en cada figura.
122
NH2
O O
NH
H2N OH
O
i-
O O
P +
O O N
- O
O O
H
ii-
O
O
OH
iii-
H O OH
H OH O
H OH H OH
H OH H OH
CH2OH CH2OH
iv-
NH2
N N
O O -
- N
O O O O N
S O O
P P
NH NH
OH
O O O
v- HO OH
La Figura 3 permite observar las funciones orgánicas integradas por el grupo carbonilo:
123
R O G= GRUPO FUNCIONAL
C O
H Aldehído
G R H
O
R
Cetona
R R
O
OH
R OH Ácido carboxílico
O
OR´ R
R O Éster
O
R
R N Amida
NR2 R= H o grupos alquilo
R
SR´ O
Tioéster
R
R S
X (halógenos) O
Halogenuro de Acilo
R Cl
O O
O R Anhidrido
O R O R
El grupo carbonilo está integrado por la unión doble entre un átomo de C y un átomo de O. Esta
doble unión está constituida por una unión tipo ζ (enlace simple C-O) y una unión tipo π. Como
existen tres dominios de alta densidad de electrones alrededor del C funcional, la geometría de todos
los grupos funcionales con grupo carbonilo es trigonal planar en el C funcional.
124
canónica, con la mayor cantidad de octetos de electrones completos y con la mayor cantidad de
enlaces formados; la otra (Figura 5.b.), es la estructura menos estable, más energética, pero que es
útil a la hora de analizar la reactividad química y las propiedades físicas de los compuestos que
presentan este grupo.
:
:
: : :
O O
+
C
R R
G R RG
a b
Todos los compuestos que presentan el grupo carbonilo presentan alta polaridad molecular.
Actividad 2
c. Señale en cada estructura de líneas, la polaridad de los enlaces alrededor del C funcional.
Actividad 3
a. Para los compuestos que escribió en la Actividad 2, dibuje dos moléculas de cada compuesto y
marque las interacciones que pueden darse entre sí.
b. Analice de igual manera las posibles interacciones con moléculas de agua. Analice cómo
influirán esas interacciones en la solubilidad en agua de esos compuestos (considere partes
hidrobóficas e hidrofílicas de las moléculas).
Analice las estructuras de líneas de los compuestos escritos en la Actividad 2 y marque en cada
ejemplo los sitios ácidos y básicos según la teoría de Lewis.
-
O O BASE DE LEWIS
+
C
R GR R R
G
a b ÁCIDO DE LEWIS
-
O O
+ Nu C
C R R
R G
CH G
3
Nu+
Esta reacción puede ser considerada una reacción ácido-base de Lewis, como se estudió en el
Capítulo 3. El compuesto carbonílico actúa como sustrato (provee el C funcional para el
producto). Por ataque del reactivo nucleofílico, se forma un aducto que, por su geometría en el
átomo de C funcional, se denomina intermediario tetraédrico. Cabe aclarar que en la Figura 7,
como se trata de una representación genérica, el nucleófilo (Nu:) se considera inicialmente neutro
(por ejemplo, agua, alcohol) y al compartir un par de electrones con el sustrato, adquiere carga
-
positiva. Si se tratase de un nucleófilo inicialmente aniónico (por ejemplo, ion HO ), al atacar al
sustrato, quedaría sin carga neta.
Aunque la reacción representada en la Figura 7 es válida para todos los compuestos carbonílicos,
hay diferencia de comportamiento entre las diferentes clases de grupos funcionales que están
incluidos entre estos compuestos y esta diferencia radica en el grupo G ¿Por qué el aducto es un
intermediario y no es simplemente el producto final de la reacción? Este intermediario no es el
producto final de la reacción.
126
Entonces, ¿cómo podrá completarse entonces la reacción química planteada en la Figura 7?
Para ello, es preciso considerar qué puede ocurrir con el grupo G. Si el grupo G puede ser
desplazado por el nucleófilo, deberá salir llevándose el par de electrones del enlace que lo vincula
al C funcional. Se trataría, claro, de una ruptura heterolítica, en la que el átomo del grupo G
directamente unido al C funcional quedaría cargado negativamente. Es válido preguntarse entonces
si esta ruptura es igualmente posible en todos los compuestos carbonílicos.
Actividad 5
Considere los ejemplos que escribió en la Actividad 2, y analice en cada caso, si el grupo G podría
ser capaz de recibir y estabilizar una carga negativa. Para ello, considere la polaridad del enlace C-
G y el tamaño del átomo vinculado al C funcional.
De este modo, la reacción entre los aldehídos o las cetonas (actuando como sustratos) y un
reactivo nucleofílico, debe ser una reacción en dos etapas. La primera es la que se representa en
la Figura 7. La segunda, implicará la estabilización del intermediario tetraédrico para dar el producto
final.
Si se observa Figura 6.b., el oxígeno del grupo carbonilo cargado negativamente es un sitio básico.
Por lo tanto, se puede considerar la posibilidad de que el intermediario tetraédrico formado en el
primer paso de la reacción representada en la Figura 7 pueda estabilizarse mediante una reacción
+
ácido-base de Brönsted-Lowry, tomando H , como se representa en la Figura 8.
127
H+
:
O -
R Nu
G
Fig. 8. Estabilización del intermediario tetraédrico
Actividad 6
128
Hasta aquí se analizó el comportamiento químico de aldehídos y cetonas. En el caso de los demás
compuestos carbonílicos, en los que el grupo G pueda ser desplazado por el nucleófilo (que
saldría como un anión, mediante una ruptura heterolítica), la segunda etapa del mecanismo será
diferente y se estudiará en el Capítulo 7.
H O H O
H OH H OH
H OH HO H
H OH H OH
H OH
OH
a-
OH
b-
OH
HO O
O OH H OH
H H H H
H H HO
HO H
OH OH OH
H
d-
c-
Fig. 10. a. b. Estructura abierta (de Fischer) c. y d. cíclica (hemiacetálica) de los monosacáridos
Actividad 7
Cuando un compuesto orgánico actúa como sustrato de una reacción química, provee el C
funcional para el nuevo producto a formarse.
b. II. Señale:
129
b. II. i. Sustrato electrofílico.
+
H OH H OH
H
H
H OH H
H OH HO -
O
HO
OH
HO
HO
H O
OH
+ H
H H H
H + H2O H
H
HO -
HO OH
O
HO HO
El nuevo grupo funcional (en este ejemplo, en el C-1) en el producto final se denomina hemiacetal.
Esta es la estructura estable de los carbohidratos, compuestos que se estudiarán en el Capítulo 10.
130
nivel industrial implican una reacción exotérmica de oxidación en una etapa, instantánea y violenta,
en la que toda la materia orgánica es oxidada a principalmente CO 2 y H2O con producción de
energía. En cambio, a nivel celular, las oxidaciones se producen en etapas sucesivas, que van
produciendo cambios graduales en el estado de oxidación de los átomos de C de las biomoléculas
que se utilizan como sustrato.
La oxidación puede definirse como un proceso mediante el cual se liberan electrones a partir del
sustrato, produciéndose en consecuencia un aumento en el número de oxidación de los elementos
que participan. Al ser un proceso de liberación de electrones, no es en sí misma una reacción que
pueda ocurrir por sí sola, sino que debe necesariamente ir acompañada del proceso de reducción
simultáneo, constituyendo ambos procesos lo que se reconoce como una reacción de óxido-
reducción o reacción redox. La reducción es el proceso mediante el cual el sustrato capta
electrones, produciéndose en consecuencia una disminución en el número de oxidación de los
elementos que participan. Cada uno de esos procesos individuales se denomina hemirreacción. La
reacción redox total es la suma de ambas hemirreacciones.
Ahora bien, es sencillo atribuir estados de oxidación a los elementos en compuestos inorgánicos: el
proceso de oxidación del Fe(II) en medio ácido, producida por una solución acuosa de KMnO4
(permanganato de potasio), se puede representar así:
MnO 4 - + 5e- + 8H + -------M n +2+ 4H 2 O REDUCCIÓN
+2 +3
Fe ----- Fe + e- OXIDACIÓN
-
El elemento Mn en el MnO4 pasa de estado de oxidación +7 a +2 al reducirse, captando 5
2+
electrones, mientras que el ion Fe aumenta su estado de oxidación a +3, cediendo un electrón.
En el caso de los compuestos orgánicos, el C funcional siempre aparece vinculado mediante cuatro
enlaces covalentes a los demás elementos, lo que dificulta la asignación de estados de oxidación en
los diversos grupos funcionales de C. Es por ello que es necesario utilizar algunos criterios para
poder decidir si un proceso que involucre sustratos orgánicos es una hemirreacción de oxidación o
de reducción.
3. Considerar que el átomo más electronegativo de cada enlace C-elemento, se lleva un electrón
por enlace (se estaría ―llevando‖ el electrón aportado por el elemento menos electronegativo).
131
Ejemplo 1
En la acetona
En cada enlace C-C no hay cargas netas para asignar. En cada enlace C-O, se asigna un electrón por
enlace al O.
Actividad 8
c. Ordene los tres compuestos escritos, según orden creciente de estado de oxidación.
Además del criterio ya estudiado, se puede utilizar como el número de átomos de O vinculados al C
funcional para decidir si un compuesto orgánico está más oxidado o más reducido que otro.
Actividad 9
Aplique el criterio del número de átomos de O vinculados al C funcional a los casos en que pueda
ser utilizado para determinar el estado de oxidación, utilizando los compuestos escritos en la
Actividad 8.
132
Como se pudo ver en la Actividad 8, los alcoholes y los aldehídos poseen diferente estado de
oxidación. Sin embargo, el criterio del número de átomos de O unidos al C funcional no es útil para
detectar la diferencia. Para estos casos, se puede aplicar el siguiente criterio:
Actividad 10
Aplique el criterio del número de H para diferenciar el estado de oxidación del ejemplo de alcohol
y del ejemplo del aldehído que escribió en la Actividad 8.
Como una aplicación más general de los criterios vistos, realice la Actividad 11:
Actividad 11
OH O
i- ii- iii-
O
O O
iv- v- vi-
H OH OH
HO O
vii- viii-
OH ix-
OH
a. Dé su nombre IUPAC.
ii
iii
iv
133
vi
vii
viii
ix
c. Calcule el estado de oxidación total para el compuesto y complete la columna Total, sumando
algebraicamente los estados de oxidación de cada átomo de C.
d. Dé un número de orden (de 1 a 9), considerando estado total de oxidación creciente para la
serie de compuestos i a ix.
e. Aplique el criterio del número de átomos de O para diferenciar entre los compuestos i, iv y ix.
f. Aplique el criterio del número de átomos de H para diferenciar entre los compuestos i y iv.
Como se puede observar, es posible considerar una serie de compuestos (todos de igual esqueleto
hidrocarbonado) como vinculados entre sí a través de una serie de reacciones redox. Un ejemplo
biológico de estos conceptos puede observarse en el Ciclo de Krebs (ejemplo ya visto en el Capítulo
4 como aplicación de reacciones de adición de agua a la función alqueno).
Ejemplo 2
134
Sección 6. Reacciones de reducción del grupo carbonilo por adición
nucleofílica de ion hidruro
En la sección anterior se pudo reconocer que existen secuencias de compuestos que se vinculan
entre sí mediante reacciones redox. Pues bien, es válido preguntarse ahora ¿cómo se producen las
reacciones redox en el medio celular?
Sin embargo, el ion hidruro es el dador de electrones más ampliamente utilizado en los procesos
de reducción metabólicos ¿De dónde proviene?
El ion hidruro que se intercambia en los procesos redox biológicos es proporcionado por una
clase de biomoléculas complejas denominadas nucleótidos (se estudiarán en el Capítulo 13). El ion
hidruro puede desprenderse de estas moléculas debido al proceso de estabilización que se
produce en éstas cuando un ciclo no aromático se transforma en aromático (Capítulo 4). Uno de
los nucleótidos más ampliamente distribuidos es el NADH (nicotinamida adenina dinucleótido
reducido), que se observa en la Figura 13.
O NH2
H H
H2N N
N
O O
N O P N
O
P O O N
O
- -
O O
OH OH OH OH
Como se estudió en la Sección 2.b., los aldehídos y cetonas reaccionan con reactivos nucleofílicos
mediante el mecanismo de Adición Nucleofílica. En la Figura 14 se observan las hemirreacciones
de oxidación (mediante la cual el NADH libera un ion hidruro formándose un anillo aromático a partir
de un ciclo que no lo es) y de reducción (captación del ion hidruro por el sustrato).
135
O H H O H
H2N H2N +H -
a-
+
N N
-
O O
R + R
H- R
R
b-
H
Actividad 12
Bibliografía
Ege, S. (1998). Química Orgánica. Estructura y reactividad. Tomos 1 y 2. 3° edición. Editorial
Reverté, S.A.
Hart, H., Craine, L. y Hart, D.J. (1999). Química Orgánica. 9° edición. Editorial Mc. Graw-Hill.
http://chemwiki.ucdavis.edu/Organic_Chemistry/Organic_Chemistry_With_a_Biological_Emphasis
136
CAPÍTULO 7
Funciones alifáticas: Funciones oxigenadas III- Ácidos carboxílicos y derivados. Tioésteres y ésteres del ácido
fosfórico. Acidez del grupo COOH. Resonancia. Influencia de la estructura en la acidez. Derivados de ácidos.
Comparación de estabilidades. Esterificación / hidrólisis. Mecanismo de sustitución nucleofílica en el acilo.
Las proteínas son macromoléculas formadas por la vinculación química entre aminoácidos. Éstos
son ácidos carboxílicos con un grupo amino en el C-2. La vinculación entre los aminoácidos se
da por reacción química entre el grupo α-carboxílico de un aminoácido y el grupo α-amino de otro,
formándose el grupo funcional amida (Figura 1). En el campo de las proteínas, la vinculación
química entre aminoácidos se denomina unión peptídica.
HO
O O
O
H2N
:
H2N +H2N
OH NH
O + H2O
OH
Fig. 1. Formación de la unión peptídica (amida) entre dos aminoácidos
Los lípidos son importantes biomoléculas que cumplen básicamente dos funciones a nivel celular:
como función estructural, constituyen el armazón de la membrana celular y como función energética,
son moléculas de reserva energética de largo plazo. La estructura básica de los lípidos está
constituida como mínimo por un ácido carboxílico (de larga cadena hidrocarbonada) vinculado a un
alcohol (generalmente, glicerina o glicerol: 1,2,3-propanotriol) o a una amina de larga cadena
(generalmente esfingosina). Al vincularse químicamente el ácido carboxílico y el alcohol, se forma
el grupo funcional éster. En el otro caso, se forma el grupo funcional amida (Figura 2).
137
a- O
OH
+ HO OH
OH
:
O
O OH + H2O
OH
b- O OH
HO
R OH + NH2
:
O
R NH
HO + H2 O
OH
Fig. 2.a. Formación de la unión éster entre un ácido graso y la glicerina b. Formación de la unión
amida entre un ácido graso y la esfingosina
NH2
N
N O
O O O OH
P NH NH
N N O O P -OP -
- S
O O O O O O
HO HO
Los ácidos nucleicos son macromoléculas poliméricas formadas por una secuencia de
nucleótidos. Los nucleótidos, a su vez, son moléculas complejas, formadas por varias unidades
estructurales simples: una unidad de monosacárido (β-D-ribofuranosa o β-D-2-desoxi-
ribofuranosa), una unidad de una base nitrogenada aromática y una unidad de ion fosfato. La
vinculación química entre la unidad de ion fosfato y la de monosacárido se da mediante la
formación de un éster del ácido fosfórico (Figura 4.a). En algunos casos, cuando se presenta más
de una unidad de fosfato, éstas suelen vincularse entre sí formando anhídrido fosfórico (Figura
138
4.b). En los lípidos que contienen P (fosfolípidos), se vincula un alcohol (generalmente glicerina)
con una unidad de ion fosfato, formándose también un éster fosfórico (Figura 4.c).
NH2 NH
a-
2
b-
N N N
O N
O O O
HO P O N N HO P O P O P O N
O O N
OH OH OH OH
OH OH OH
O O
c-
P
O O - O +
O N
O H
Como se estudió en el Capítulo 6, los compuestos carbonílicos abarcan una amplia diversidad de
grupos funcionales que pueden considerarse constituidos por un grupo acilo y un grupo que
genéricamente se ha denominado G, que causa la diferencia entre los diversos grupos funcionales
R O G= GRUPO FUNCIONAL
C O
H Aldehído
G R H
O
R
Cetona
R R
O
OH
R OH Ácido carboxílico
O
OR´ R
R O Éster
O
R
R N Amida
NR2 R= H o grupos alquilo
R
SR´ O
Tioéster
R
R S
X (halógenos) O
Halogenuro de Acilo
R Cl
O O
O R Anhidrido
O R O R
139
En este Capítulo se estudiarán los ácidos carboxílicos y sus derivados de interés biológico:
ésteres, tioésteres y amidas, así como los ésteres del ácido fosfórico.
O -
O
R -
O R O
O
O
- +
O H + H O: O + H3O
2
NH2
NH2
140
O -
O
C + Nu C
R CH
G 3 RG
R
Nu
¿Cómo continúa esta reacción a partir de la formación del intermediario tetraédrico? Para
responder, es preciso considerar qué puede ocurrir con el grupo G. Si el grupo G puede ser
desplazado por el nucleófilo, deberá salir llevándose el par de electrones del enlace que lo vincula
al C funcional. Se trataría, claro, de una ruptura heterolítica, en la que el átomo del grupo G
directamente unido al C funcional quedaría cargado negativamente. En el Capítulo 6 se estudió que
los aldehídos y cetonas no pueden perder los grupos H o R vinculados al carbonilo, pues estos
grupos no tienen tendencia a salir llevándose el par de electrones: el enlace que los vincula al C
funcional no está polarizado. Si estos grupos salieran llevándose el par de electrones del enlace, se
- -
convertirían en iones fuertemente básicos (ion hidruro – H - o grupos alquiluro –R -), con fuerte
tendencia a volver a compartir sus electrones con el C funcional. Así, aldehídos y cetonas
reaccionan mediante un mecanismo de Adición Nucleofílica (Capítulo 6).
En cambio, en el caso de los ácidos carboxílicos y sus derivados (ésteres, amidas y tioésteres),
el grupo G contiene un átomo electronegativo (O, N) o bien un átomo voluminoso (S), que pueden
estabilizar la carga negativa que adquieren al llevarse el par de electrones del enlace. Además, estos
grupos están vinculados al C funcional mediante enlaces polares, lo que favorece la ruptura
heterolítica. Así, luego de formado el intermediario tetraédrico, se produce la eliminación del grupo
G (Figura 9):
:
O
O
-
+ G
:
R Nu R Nu
Actividad 1
a. Escriba la estructura de líneas de: i-ácido propanoico ii- propanoato de metilo iii- N,N-
dimetiletanamida iv- N-etiletanamida v- propanamida vi- propanoato de S- metilo
c. Considere que se elimina el grupo G en cada caso, mediante ruptura heterolítica. Escriba los
iones que se producirán a partir del intermediario tetraédrico.
141
La reacción que ocurre cuando los ácidos carboxílicos se convierten en sus derivados o viceversa,
transcurre por el mecanismo descripto en las Figuras 8 y 9. Ese mecanismo recibe el nombre de
Sustitución Nucleofílica en el Acilo.
Actividad 2
A partir de las etapas dibujadas en las Figuras 8 y 9, explique el nombre del mecanismo de
Sustitución Nucleofílica en el Acilo.
Actividad 3
a. A partir de las etapas dibujadas en las Figuras 8 y 9, escriba los pasos del mecanismo de
obtención de propanoato de metilo a partir de ácido propanoico y metanol.
b. Explique cuál es el sitio electrofílico, cuál es el nucleófilo, qué compuesto actúa como
sustrato y cuál como reactivo.
Los ésteres, a su vez, pueden descomponerse en los compuestos que les dieron origen: ácido
carboxílico y alcohol, mediante una reacción que es la inversa de la esterificación: la reacción de
hidrólisis.
En esta reacción, el reactivo atacante es el agua. Como se trata de un nucleófilo débil, la reacción
lleva catálisis ácida o alcalina. Si hay catálisis ácida, se utiliza un ácido fuerte como catalizador (por
ejemplo, HCl(aq)). Éste actúa incrementando la electrofilicidad del C funcional del ácido carboxílico:
al protonar el O del grupo carbonilo, fija la carga positiva sobre el C.
Actividad 4
i-
O OH
H-X
+ X-
+ +
R OR' R OR'
142
Actividad 5
ii- OH OH
H2O
+ +
R OR'
R OR'
+ OH
H
Actividad 6
iii-
OH
+ OH
R OR' + R'OH
R OH
+OH
H
Actividad 7
iv- O
+OH
:
+ H2O + H3O+
R OH
R OH
Un catalizador básico actúa reemplazando el nucleófilo débil agua, por uno más fuerte: el ion
-
hidróxido (HO ). Si se trabaja en medio alcalino, se obtiene la sal del ácido carboxílico y el
alcohol (Figura 14). Esa reacción se denomina saponificación, porque cuando se aplica sobre una
grasa, se obtienen las sales de ácidos carboxílicos de cadena hidrocarbonada larga (ácidos grasos).
143
Estas sales son jabones: debido a que poseen una cadena hidrocarbonada larga, hidrofóbica y un
grupo iónico (carboxilato), hidrofílico, se comportan como moléculas anfifílicas y producen
emulsiones con el agua.
O O
R + HO- + ROH
R O -
R O
Actividad 8
b. Ordene en orden de basicidad creciente, los iones G- que se producen por ruptura del enlace
entre el C funcional y el grupo G, usando los datos de pKa de sus ácidos conjugados (H-G) (Tabla 5
del Apéndice).
:
Fig.15. Resonancia en el grupo éster
Como consecuencia de esta resonancia, cuando ésta es efectiva, se establece un carácter de doble
enlace parcial entre todos los átomos que constituyen el grupo funcional: por ejemplo, en el caso de
las amidas, N-C-O se encuentran en un mismo plano, enlazados entre sí por un enlace covalente
doble parcial (Figura 16):
O O
HO
:
R NH2 R NH2
En resumen ¿cuál es el orden de estabilidad de los ácidos y derivados de ácido con respecto a la
reacción de Sustitución Nucleofílica en el Acilo?
En el caso de las amidas se conjugan todos los factores como para producir una estabilidad
excepcional: la resonancia dentro del grupo funcional es efectiva, debido a la similitud de tamaño
entre C y N (los orbitales de valencia están en el mismo nivel (n=2), lo que permite el solapamiento
de orbitales y facilita la resonancia).
Por otra parte, el N no es tan electronegativo como el O, de modo que puede compartir sus
electrones con el C con mayor facilidad y esto favorece la resonancia y el carácter de doble enlace
parcial del enlace C-N. Asimismo, al ser el N menos electronegativo que el O, el enlace C-N es
menos polar que el enlace C-O, y la ruptura heterolítica es más costosa energéticamente en el
caso de las amidas que en el caso de los ésteres y de los ácidos carboxílicos.
-
Si se considera el grupo saliente posible, éste sería –NR2 (ion amiduro o alquilamiduro). Este ion
es la base conjugada del amoníaco o de las aminas, que tienen un pKa=33-34. Esto indica que el ion
amiduro es una base fortísima (es la base conjugada de un ácido extremadamente débil). Las bases
tienden a compartir sus electrones, no a llevárselos, por lo cual el anión amiduro no es un grupo
saliente bueno.
Por último, el anión amiduro debe soportar la carga negativa en un átomo relativamente pequeño,
por lo cual no hay posibilidad extra de dispersar la carga negativa en un átomo voluminoso.
Todos estos factores llevan a una estabilidad extraordinaria para las amidas, frente a la reacción
de Sustitución Nucleofílica en el Acilo. Así, las amidas son extraordinariamente estables frente a
la hidrólisis. Como dato ilustrativo, se puede tomar en cuenta que la hidrólisis ácida en laboratorio
lleva unas doce horas de calentamiento a reflujo. Este hecho es la base de la estabilidad de la
145
estructura primaria de las proteínas, que, como se ha mencionado en la Sección 1, es una cadena
basada en la formación de amidas (uniones peptídicas) entre los aminoácidos que se vinculan. La
estabilidad de la unión peptídica es fundamental para la conservación de la arquitectura
tridimensional de las proteínas, que determina su función. Asimismo, por su estabilidad, las
proteínas no son utilizadas por los organismos como reserva energética, salvo en condiciones de
desnutrición.
En el caso de los compuestos oxigenados, la electronegatividad más alta del O con respecto al N
de las amidas favorece la ruptura heterolítica y dificulta la resonancia entre C-O. Por otra parte,
- -
tanto el anión HO o el anión RO (alcóxido) que se producen al expulsarse el grupo G en los ácidos
carboxílicos o en los ésteres, son bases moderadamente fuertes comparadas con el ion amiduro
(son las bases conjugadas de agua –pKa=16 o de los alcoholes – pKa=16-18). Por todas esas
causas, los ácidos carboxílicos y los ésteres son menos estables frente a la reacción de
Sustitución Nucleofílica en el Acilo. La esterificación de los ácidos carboxílicos y la hidrólisis
de ésteres ocurren con mayor facilidad que la hidrólisis de amidas.
Finalmente, se considerará el caso de los tioésteres: la diferencia más importante del grupo –SR de
los tioésteres con respecto a los demás grupos G radica en el radio atómico del átomo de S, que
duplica el valor de N y de O. Este elemento pertenece al período 3, por lo cual sus orbitales de
valencia están en el nivel n=3. Esto dificulta el solapamiento de los orbitales con los del átomo de C,
y la resonancia será menos efectiva.
Por otra parte, al ser un átomo voluminoso, el S puede estabilizar mejor la carga negativa que
-
adquiere cuando el grupo –SR sale como anión tiolato (SR ). Este anión es la base conjugada del tiol
(pKa=12). Comparada con las otras bases (amiduro, hidróxido, alcóxido), el anión tiolato es la
base más débil. Así, tiene menor tendencia a ceder sus electrones al átomo de C, y la unión C-S
será más débil.
Como ejemplo de la facilidad de reacción de los tioésteres a nivel celular, observe el siguiente
Ejemplo:
146
Ejemplo 1
La reacción es una Sustitucion Nucleofílica en el Acilo. El tioéster actúa como sustrato, la colina es
el nucleófilo atacante, que desaloja al grupo tiolato, que es un buen grupo saliente. Como
resultado, la colina queda vinculada al grupo acetilo, y por eso en Bioquímica se denomina a esta
reacción transferencia de acetilo.
NH2
N N
O O - -
OO N
S O OO O N
P P
NH NH
OH
O O O
HO OH
O
O
+
N ENZ
OH + CoA S N
+
+ CoA SH
O
:
147
Actividad 9
a. Escriba las estructuras semidesarrolladas (cuidando la geometría del grupo funcional) de un par
de moléculas de cada uno de los compuestos que figuran en la tabla siguiente:
PROPANAMIDA 73 213 79
2-BUTANONA 72 80 -86
BUTANAL 72 75 -99
b. Analice la polaridad de los enlaces en cada grupo funcional y las posibilidades de resonancia.
Marque las cargas eléctricas en cada átomo.
c. Analice las interacciones no enlazantes entre cada par de moléculas. Clasifique los compuestos
en dos grupos: los que presentan posibilidad de interacción de puente de hidrógeno entre sus
moléculas y los que no.
d. Utilice el análisis efectuado en el ítem anterior para explicar los puntos de ebullición de los
compuestos. Observe que todos tienen similar masa molar relativa, de modo de equiparar la
influencia del número de enlaces (por lo tanto, de equiparar la infuencia de las interacciones de
London).
Los ésteres y anhídridos del ácido fosfórico se incluyen en este Capítulo debido a la similitud
entre el carácter electrofílico del C funcional de los ácidos carboxílicos y derivados, y el
carácter fuertemente electrofílico del P en el ion fosfato. Este carácter lo convierte en
148
sustrato de ataque nucleofílico de un alcohol, que da origen a la formación de ésteres del
ácido fosfórico (Figura 18).
NH2
N
N
O O O ANHÍDRIDO FOSFÓRICO
N N O P O P O P OH
O - - -
O O O
Asimismo, un grupo –OH de una molécula de ácido fosfórico puede actuar como nucleófilo
atacante frente al P electrofílico de otra, formándose un anhídrido del ácido fosfórico (Figuras 18
y 19).
O O O O
P P P P
HO OH + HO OH HO O OH + H2O
HO HO OH
OH
149
Ejemplo 2
HO
O -
H O
H HO O
H H + P ADP
HO
HO OH OH
O
H
ATP
O
NH2
P O N
O N
O - OH
O -
- P P
O N N
O - O
O + O
H H O O
H H
HO
HO OH OH ADP HO OH
H
glucosa-6-fosfato
La reacción procede con el ATP actuando como sustrato, con el P como sitio electrofílico y la
glucosa actuando como reactivo atacante. En este caso, un grupo –OH de la glucosa (en el C-6)
actúa como nucleófilo. El ADP es expulsado y es un buen grupo saliente porque el fosfato es la
base conjugada de un ácido fuerte (fosfórico). Una base débil es un buen grupo saliente.
Es importante destacar que a pH fisiológico, el ácido fosfórico no existe como tal, sino que se
encuentran desprotonados dos de los grupos OH (pKa1=2,50; pKa2= 7,20). El grupo fosfato confiere
carga negativa a las estructuras de las biomoléculas que integra y se vincula fuertemente con las
moléculas de agua mediante puente H asistido por carga (o interacciones ion-dipolo).
Bibliografía
Ege, S. (1998). Química Orgánica. Estructura y reactividad. Tomos 1 y 2. 3° edición. Editorial
Reverté, S.A.
Hart, H.; Craine, L. y Hart, D.J. (1999). Química Orgánica. 9° edición. Editorial Mc. Graw-Hill.
http://chemwiki.ucdavis.edu/Organic_Chemistry/Organic_Chemistry_With_a_Biological_Emphasis
150
CAPÍTULO 8
Espectroscopía UV-VISIBLE
Regiones del espectro electromagnético. Interacción de las radiaciones electromagnéticas y la materia.
Espectroscopía U.V-visible. Espectros de absorción molecular. Teoría del color. Relación entre color y estructura
electrónica. Ley de Beer. Métodos espectrofotométricos UV-visible de medida de concentración de soluciones.
Sección 1. Introducción
La energía radiante proveniente del Sol se almacena en los organismos fotosintéticos (que poseen
pigmentos tales como la clorofila y otros pigmentos asociados), actúan como moléculas captoras de
la energía radiante ultravioleta y visible. Los organismos capaces de realizar esta asimilación,
llamados productores primarios (plantas, algas verdes y algunas bacterias) son organismos
autótrofos que convierten la energía lumínica en energía química, a través del proceso de
fotosíntesis y representan la base de la cadena trófica en cualquier ambiente. La relación entre la
radiación ultravioleta y visible proveniente del Sol se basa en una interacción entre la radiación (que
provee la energía) y ciertos compuestos que pueden absorberla y almacenarla. Estos compuestos
son denominados pigmentos fotosintéticos y presentan una estructura química determinada que
permite esa absorción de energía radiante.
Por otra parte, a raíz de cambios como la presencia del agujero de ozono en la Antártida, la mayor
carga de radiación ultravioleta determina cambios en diversos aspectos de los ecosistemas marinos
(Helbling, http://www.efpu.org.ar/). En la provincia de Chubut existe un importante centro de
investigación dedicado a la Fotobiología: la Estación de Fotobiología Playa Unión (EFPU), que
realiza estudios científicos sobre los efectos de la radiación solar en diversos organismos. Como se
indica en el portal de la Estación de Fotobiología de Playa Unión: ―La Fotobiología es una rama de la
Biología. Sin embargo, a menudo utilizamos muchos conceptos básicos del campo de la Física,
referidos principalmente a las características y tipos de radiación electromagnética, y de la química,
referidos a la interacción de las estructuras químicas con las distintas radiaciones
electromagnéticas.‖ (Helbling, http://www.efpu.org.ar/).
151
Energía Frecuencia Radiación Longitud de Efecto sobre
Electromagnética onda (nm) la Materia
(kcal) (MHz)
Rayos Gamma
106 1014 10-3
Transiciones de
spin molecular
Micro Onda
Radar
Radio y TV
152
Actividad 1
8 -1
Las diversas clases de REM viajan a la misma velocidad (3.10 m.s en el vacío), pero se
diferencian en sus propiedades, debido a que poseen distinta longitud de onda (λ ) y frecuencia
() y, por lo tanto, poseen distinta energía. En la figura siguiente, compare las ondas de oscilación
de una determinada REM (esquemas i a v) y señale aquella onda que represente:
a. Mayor λ
b. Menor λ
c. Mayor amplitud
d. Menor
e. Mayor
i-
ii-
iii-
iv-
Actividad 2
153
-1.
c. La escala de energía, en kJ.mol
Longitud de Onda (λ): distancia entre dos picos consecutivos, donde λ es la letra griega lambda.
Frecuencia (): número de veces por segundo que una cresta de la onda pasa por un punto dado, (
es la letra griega nu). También puede contabilizarse el número de ondas completas por unidad de
tiempo (segundo). En algún caso, en lugar de la frecuencia, se utiliza el número de ondas, que se
-1
simboliza como .
154
Si se representa el tiempo, se cuenta el número de ondas que se completan en la unidad de
tiempo (segundo) y ese parámetro será la frecuencia.
Debido a que la REM se traslada a una velocidad constante, a cada longitud de onda le corresponde
una frecuencia dada. Cuando se habla de las ondas electromagnéticas, se hace referencia ya sea a
la longitud de onda o a la frecuencia, los dos valores se interconvierten usando la expresión:
λ• = c (Ecuación 1)
Del espectro de REM, las siguientes radiaciones se utilizan como base de métodos espectroscópicos
o de determinación estructural en química:
IR Espectroscopía de IR
Observe en la Figura 1 que el espectro de REM se extiende desde ondas de frecuencias muy
elevadas (longitudes de onda pequeñas) hasta frecuencias muy bajas (longitudes de onda altas).
Aunque se consideran divisiones arbitrarias en el mismo, el espectro es continuo y la radiación
visible comprende sólo una pequeñísima parte de éste.
Actividad 3
Registre, utilizando la Figura 1, cuáles son los límites en longitud de onda y en frecuencia, de la
REM UV y de la visible.
La noción de que cada REM contiene una cantidad cuantificable de energía se puede comprender
mejor si se habla de la REM como una corriente de fotones, además de comportarse como una
onda. Este es el comportamiento denominado comportamiento dual de la REM o dualidad onda-
partícula.
De acuerdo a la IUPAC (Iupac Gold Book), el fotón es una partícula sin carga ni masa que
transporta la energía electromagnética y es cuantificable mediante la ecuación de Planck:
E= h. (Ecuación 1)
Si se describe la REM como una corriente de fotones, la energía de un mol de fotones de cualquier
REM se puede expresar como:
E = h’c/λ (Ecuación 2)
155
-1
E = energía en kJ.mol de fotones.
Actividad 4
Dado que las REM transportan energía, al interactuar con la materia producen en ésta diversos
efectos. En general, los efectos consisten en incrementar la energía de las moléculas, que pasan de
un estado fundamental o básico, a un estado excitado, de mayor energía. Para cada REM, el nivel
de energía molecular que es afectado, depende de la energía de la propia REM.
Actividad 5
b. ¿Alcanza la energía transportada por la REM UV cercana para producir una ruptura de enlaces
covalentes? Responda a esta pregunta utilizando datos de la Figura 1 y de las Tablas 3 y 4 del
Apéndice, para un enlace simple C-C y para un enlace C-H.
La magnitud de estas energías disminuye según: Eelectrónica > Evibracional > Erotacional. Según cuál sea la
REM utilizada, serán afectados niveles de energía electrónica (espectroscopía UV-Visible) o
vibracional (espectroscopía de infrarrojo). Como se mencionó antes, al producirse la absorción,
las moléculas pasan de un estado de energía fundamental a uno superior, llamado excitado. En el
caso de que la asobrción se produzca en las zonas de REM IR, UV y visible, esta absorción es
156
reversible, y cesada la misma, las moléculas vuelven al estado fundamental, emitiendo la energía
perdida en forma de calor, entre otras posibilidades. Esta reversibilidad del proceso hace que estos
métodos sean en general, no destructivos.
157
Cuando cada molécula interactúa con REM UV o visible, sus electrones de valencia absorben esa
energía y se promueven a un orbital molecular de antienlace. Como la energía de un orbital
molecular de antienlace es mayor que la de uno no enlazante (n) o de un orbital de enlace, cada
molécula que sufrió la absorción de energía UV-visible, pasó a un estado de energía más alta
(estado excitado). Las transiciones electrónicas se producen desde los orbitales enlazantes y no
enlazantes hacia los antienlazantes
Actividad 6
Complete el diagrama de energía de la Figura 3, dibujando las flechas que representen las
posibles transiciones electrónicas que podría experimentar un electrón que en el estado
fundamental se encuentre en:
• el nivel ζ
• el nivel π
• el nivel n
ΔE = hc/λ = hV (Ecuación 4)
Actividad 7
Este registro se denomina espectro de absorción, es una característica física de cada compuesto y
se representa en la Figura 5.
159
Ejemplo 1
En el estudio de pigmentos del alga invasora Undaria pinnatifida en Golfo Nuevo (Vera Piombo et
al., 2015) se aislaron mediante técnicas cromatográficas, pigmentos de baja polaridad y pigmentos
de mayor polaridad. Ambas familias de pigmentos pudieron identificarse como pigmentos
carotenoides de tipo fucoxantina y como clorofilas, respectivamente, mediante la realización de la
técnica de barrido espectral a las distintas fracciones de soluciones de pigmentos obtenidas por
cromatografía, como se observa en la figura siguiente:
La variable que mide la intensidad de la absorción se denomina absorbancia (A). Cuando se quiere
independizar el valor de la intensidad de radiación absorbida de la concentración del compuesto
absorbente, se utiliza la absortividad. Esta variable puede expresarse en términos molares como
absortividad molar que es la intensidad de la energía absorbida por mol de compuesto (ε) o
específicos: absortividad específica es la intensidad de la energía absorbida por gramo de
compuesto (aλ). Es frecuente utilizar el logaritmo de la absortividad molar para tabular las
intensidades de absorción (log ε).
160
Actividad 8
161
La presencia de grupos cromóforos aislados no garantiza la absorción en el UV cercano o en el
visible, rangos de REM con las que se trabaja en los instrumentos estándar. Compuestos que
contienen grupos cromóforos π aislados, absorben en el ultravioleta lejano, sin tener absorción
en el ultravioleta cercano (por ejemplo: etileno, acetileno, acetona). Así, existen compuestos que, aún
teniendo electrones π, son transparentes en la región del UV cercano y visible.
Existen otros grupos de átomos que por sí solos no absorben radiación pero hacen que se
modifiquen algunas de las características de absorción de los grupos cromóforos. Estos grupos se
denominan auxocromos y se definen como el grupo saturado de la molécula que, cuando se
encuentra unido a un cromóforo, altera tanto la longitud de onda como la intensidad del
máximo de absorción. Por ejemplo, el grupo hidroxilo de un alcohol (-OH), el grupo amino (-NH2) o
el halógeno Cl.
Compuesto λ máxima ε
(nm)
203,5 7400
Benceno
254,0 204
230,0 8600
Anilina
280,0 1430
Hidrocarburos saturados (alcanos): estos compuestos solo contienen enlaces simples, es decir,
orbitales moleculares del tipo sigma (ζ) y son muy estables. La energía requerida para ser absorbida
-1
por los electrones en estos enlaces para lograr una transición ζ – ζ* es del orden de 774,04 kJ.mol .
Este valor de energía lo provee una REM de longitud de onda de aproximadamente 150 nm, que
pertenece a la región del ultravioleta lejano. Por este motivo se dice que los hidrocarburos
saturados son transparentes en la región del ultravioleta cercano y el visible. Por ejemplo, en el
-1
caso del etano la transición ζ→ζ* se da a 135 nm (869,02 kJ.mol ).
162
Alquenos (enlaces dobles) y alquinos (enlaces triples) con una o más insaturaciones aisladas:
estos compuestos, además de presentar enlaces simples (orbitales moleculares ), presentan
orbitales moleculares π, por lo que podrán presentar transiciones π→π*. Los electrones ubicados en
orbitales π tienen mayor energía que los de orbitales , y así, la transición hacia los orbitales de
antienlace requiere menos energía. Por ejemplo, la transición π → π* del etileno requiere absorción
-1
de luz a 171 nm (686,18 kJ mol ). De todos modos, esa REM pertenece al UV lejano y queda fuera
del alcance de la mayoría de los espectrofotómetros de laboratorio.
Alquenos con dobles enlaces conjugados: se denomina sistema de dobles enlaces conjugados o
sistema conjugado π a un sistema de dobles enlaces separados entre sí por un enlace simple
(como ejemplo, observe la estructura a. en la Actividad 9). El salto de energía que deben dar los
electrones pertenecientes al sistema conjugado π para llegar a orbitales π* (de antienlace), es menor
que el salto de energía necesario para la transición ζ→ζ* y que la de las transiciones π → π* en
alquenos y alquinos.
Por lo tanto, las transiciones electrónicas para sistemas conjugados π, requieren radiaciones de
menor energía, es decir, de mayor longitud de onda que en el caso de enlaces dobles aislados.
Cuanto mayor sea el número de enlaces dobles conjugados, la λ máxima se desplazará hacia
mayores longitudes de onda, es decir, hacia menores valores de energía de la radiación absorbida
(efecto batocrómico). Si el sistema de dobles enlaces presentes no es conjugado, cada doble
enlace actúa absorbiendo como un enlace simple.
Aromáticos: con los aromáticos policíclicos sucede algo similar a lo explicado para alquenos
conjugados. La conjugación desplaza las absorciones a zonas del espectro de menor energía
(mayor λ) que pueden registrarse con un espectrofotómetro común.
Aldehídos y cetonas: en estos compuestos las absorciones más fuertes en el espectro ultravioleta
son debidas a las transiciones electrónicas π→π*. Al igual que en los alquenos, estas absorciones
son observables sólo si el doble enlace carbonílico está conjugado con otro doble enlace. En dichos
espectros también se observa una banda adicional de absorciones debida a la transición n→π*
producida por el salto de electrones n del O a un orbital antienlazante π*. Como la transición n→π*
requiere menor energía que una transición π→π*, la frecuencia de absorción es menor (mayor
longitud de onda, aproximadamente entre 280 y 300 nm). A pesar que las transiciones n→π* entran
dentro del espectro UV-Visible la intensidad de su absorción es muy baja.
Ácidos carboxílicos: estos ácidos saturados presentan una transición débil π→π* que absorbe
entre 200 y 215 nm, con una intensidad de absorción (30< ε< 100) tan pequeña que con frecuencia
pasa desapercibida.
Alcoholes y éteres: la transición electrónica n→π* de los electrones no enlazantes del oxígeno en
alcoholes y éteres absorbe a longitud de onda menor que 180 nm, por lo que se pueden usar como
solventes para estudios espectroscópicos.
163
Actividad 9
a-
b-
OH
c-
d-
Aunque el ser humano perciba la luz solar o de una lámpara de luz blanca como uniforme y
homogénea en color, en realidad, la luz blanca está compuesta por radiaciones de un amplio rango
de longitudes de onda pertenecientes a diferentes porciones del espectro que van desde el
ultravioleta (UV), visible (VIS) al infrarrojo (IR).
Cuando se observa una luz emitida por una fuente, como puede ser una lámpara, lo que ve es el
color correspondiente a la longitud de onda de la REM emitida por la fuente. Así, por ejemplo, si la
lámpara emite en la zona de baja energía del espectro visible (longitud de onda más larga, límite con
el IR), el ojo humano percibirá luz roja.
El color de lo que el ser humano percibe depende de la fuente de luz, es decir, de la iluminación. A
fines del S. XIX surgió en Francia un movimiento pictórico que comenzó a interpretar la relación entre
la iluminación y los objetos que se pintaban, llamado Impresionismo. En la Figura 7 se observa el
164
mismo objeto (Catedral de Rouen, Francia), pintado por el pintor impresionista Claude Monet a
distintas horas del día, es decir, sujeto a distinta iluminación.
Si un objeto es opaco (no transparente) e incide sobre él luz blanca, parte de esa radiación
electromagnética es absorbida y el resto es reflejada. El ojo humano capta la radiación reflejada.
Si un objeto es transparente y coloreado, e incide sobre él la luz blanca, parte de la radiación es
absorbida, y parte es trasmitida. El ojo humano capta la radiación trasmitida. Los colores de la
radiación absorbida y el de la radiación trasmitida (observada) son complementarios, como se
observa en la Tabla 4.
165
Actividad 10
Los pigmentos vegetales tienen importancia en la absorción de REM ya que permiten captar la
energía radiante proveniente del sol.
a. Una solución metanólica de clorofila es de color verde. Indique cuál será el valor aproximado
de la longitud de onda de la REM absorbida por la solución.
b. Una solución acuosa de antocianinas absorbe REM de longitud de onda 540 nm. ¿cuál será el
color de la solución? ¿Cuál será el color de la radiación absorbida?
OH
OH
+
HO O
OH
HO
Su espectro de absorción, en ácido clorhídrico etanólico, presenta un pico de absorción a 277 nm y
otro a 535 nm. La intensidad de este pico de absorción es el doble de la del primer pico.
1. b. Dibuje el mismo espectro considerando que se obtiene con una solución de la misma sustancia
pero diluida a la mitad. ¿La absorbancia de los picos máximos en este caso, es necesariamente, la
mitad de altura que la representada en el inciso a?
1. d. Analice las clases de orbitales presentes y señale qué transiciones electrónicas explican las
absorciones.
2. El pigmento del ejercicio anterior pertenece a la familia de las antocianidinas. Éstas son
hidroxiderivados de las sales de flavilio:
+
O
166
Cuando se unen a moléculas de azúcares, constituyen las antocianas, muy difundidas como
pigmentos vegetales. En cuanto a sus propiedades espectroscópicas, las antocianidinas presentan
las siguientes características (Pomilio, 1971) en solución ácida, los datos espectrales son los del
ejercicio anterior: en solución alcalina, presentan color azul.
2. a. Indique cuál será el máx en ese medio, y justifique basándose en la estructura de la cianidina.
(Señale cromóforo/s, auxocromo/s).
2. b. Dibuje el espectro del pigmento en solución alcalina, en el mismo sistema de ejes del dibujo
anterior y compárelos.
-1 -1
Sustancia λ (nm) ε (M cm ) Log ε
287 4500
-1 -1
3. a. ε(M cm ) en función de λ(nm)
3. c. Explique que magnitud es más conveniente usar en el eje de ordenadas y cuáles serán las
unidades en que se expresen.
3. d. ¿Se puede usar la absorbancia A, como eje de ordenadas? Justifique su respuesta y en caso de
ser afirmativo indique las unidades en que se expresa.
3. f. ¿En qué rangos de longitud de onda (en nm) se trabaja con radiación UV y visible?
4. a. Justifique los colores de los compuestos en base a las absorciones que se observan en el
espectro.
4. c. Estos colorantes ¿poseen grupos cromóforos? en tal caso, ¿qué efecto producen?
167
O
HO OH
OH
O
5. a. Señale el o los cromóforos y el o los auxocromos.
5. b. El compuesto es un pigmento rojo. Explique en qué zona del espectro se produce la absorción y
justifique sobre la base de la estructura de orbitales que presenta.
Fuente de radiación: consiste en una lámpara, que debe emitir REM UV y/o visible.
Para trabajar en la región del espectro visible, la fuente es una lámpara de tungsteno. Para la zona
del ultravioleta se necesitan lámparas de hidrógeno o deuterio. También existen equipos provistos
con lámpara de xenón que emiten tanto en el visible como en el ultravioleta.
Selector de longitud de onda de trabajo (λ): consiste en un sistema óptico para seleccionar la λ
de interés. El dispositivo puede estar constituido por filtros, prismas o redes de difracción.
variar las longitudes de onda de forma continua y en un amplio rango para hacer un barrido
del espectro (barrido espectral) o bien
aislar, solamente, una porción deseada del espectro (seleccionar valor de λ determinado)
168
región del visible, las celdas son de vidrio o plásticas y en la región del espectro ultravioleta la celda
de lectura requerida será de cuarzo o sílice fundida porque el vidrio no transmite la radiación UV.
Dispositivo de lectura: las señales eléctricas provenientes del detector de radiación, que
atravesaron la muestra, son amplificadas y presentadas en una pantalla del equipo, mediante
sistemas de indicación digital o en la pantalla de una computadora, pudiendo ofrecer también una
salida impresa, en la mayoría de los casos.
Para ello, se define la transmitancia (T), como la relación entre la intensidad de la energía radiante
que incide en la muestra (I0) y la intensidad de la energía radiante que emerge de la muestra (I). Esta
relación se expresa como porcentaje, mediante la Ecuación 5.
T = (I/I0)*100 (Ecuación 5)
Actividad 11
a. ¿Qué valor toma T si la solución colocada en la celda es transparente a la REM utilizada como
radiación incidente? Por ejemplo, cuando se utiliza agua o alcoholes, para el rango visible.
b. ¿Qué valor toma T si la solución colocada en la celda es opaca? Esto sucede cuando se trabaja
con soluciones demasiado concentradas, que pueden ser oscuras.
c. ¿Entre qué valores se encontrará T cuando se trabaja con una solución de una muestra que
absorbe REM incidente?
A= log(1/T) (Ecuación 6)
La absorbancia (A) es un concepto relacionado directamente con la muestra pues indica la cantidad
de radiación electromagnética absorbida por la misma.
La ley de Lambert – Beer relaciona la Absorbancia (A), el espesor de la celda o cubeta que
contiene la muestra y la concentración de las especies absorbentes, según la ecuación 7:
A= abC (Ecuación 7)
169
A = absorbancia
A= εbC (Ecuación 8)
Tanto la absorbancia (A) como la absortividad molar (ε) (o el logaritmo de ε) se utilizan para
representar los espectros de absorción.
Se desea determinar la concentración de anilina de dos muestras incógnitas. Para tal fin se adjuntan
los datos para obtener la curva de calibración.
170
-1
Concentración de Anilina (mg.mL ) Absorbancia
0,028 0,300
0,050 0,497
0,070 0,710
0,102 1,050
4. Se dispone de glucosa pura, y se desea preparar una curva de calibrado con tres estándares,
cuyos datos están en la siguiente tabla, preparando 50 mL de cada estándar.
i. Pesar la cantidad de glucosa necesaria para cada estándar, disolver y llevar a 50 mL cada uno.
ii. Preparar una solución madre pesando 100 mg de glucosa pura y llevándola a 100 mL con agua
destilada. Usar luego esa solución para preparar cada estándar por dilución.
1 0,010 0,086
2 0,020 0,174
3 0,050 0,394
4 0,075 0,930
171
Bibliografía
Atkins, P.; Jones, L. (2006). Principios de la Química. Los caminos del descubrimiento. 3° edición
Médica Panamericana.
Dubois, M.; Gilles, K.A.; Hamilton, J.K.; Rebers, P.t. and Smith, F. (1956). Colorimetric method for
determination of sugars and related substances. Analytical chemistry. 28(3): 350-356.
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Pomilio, A. (1971). Estudio de antocianas presentes en flores de especies argentinas. Tesis Doctoral.
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mittels der vielen natürlichen Lipoiden (allen bekannten Plasmalipoiden) gemeinsamen
Sulfophosphovanillin-Reaktion. Zeitschrift für die gesamte experimentelle Medizin 135(6): 545-561.
172
CAPÍTULO 9
Moléculas de importancia biológica I. Lípidos
Unidades estructurales que constituyen los lípidos: Ácidos grasos. Alcoholes de larga cadena y glicerina. Bases
de larga cadena. Bases de cadena corta. Clasificación de lípidos: ácidos grasos y sus derivados. Ceras.
Acilgliceroles. Glicerofosfolípidos. Gliceroglicolípidos. Esfingolípidos: ceramidas, glicoesfingolípidos
(cerebrósidos y gangliósidos), fosfoesfingolípidos (esfingomielinas). Lípidos no hidrolizables: Terpenos y
esteroides. Prostaglandinas. Estructuras que constituyen las diversas clases de lípidos. Uniones químicas que
vinculan las estructuras. Interacciones no enlazantes. Función biológica.
Sección 1. Definiciones
Los lípidos son importantes moléculas de origen natural, constituyentes esenciales de las células que
también actúan como fuente de energía para el metabolismo celular.
De acuerdo a la definición de la IUPAC (IUPAC, 2006), los lípidos son ―sustancias de origen
biológico, solubles en solventes no polares‖.
En este Capítulo se estudiará la estructura química y clasificación de las diversas clases de lípidos.
Actividad 1
Las siguientes estructuras (Figuras 1.a, b, c, d, e, f y g) (Christie, 2017; Fahy et al., 2005, 2009)
representan diversas clases de lípidos. Analizando las estructuras de líneas dibujadas, indique por
qué pueden considerarse a la vez solubles en solventes no polares, y también, algunos de ellos,
ser llamados lípidos polares. Analice posibles interacciones intermoleculares con un solvente
como el n-hexano y con el agua.
173
O
a- O
OH
N
HO
H O O
H
OH H
OH
HO H
b- H OH
O O O
O
O H
c- O
O O
O
P H -
O O O O
- +
O H O NH3
d- O
e- OH
HO
f- HO
OH
H
H
H
H H
H H
HO
g- HO
f. Prostaglandina g. Esteroles
―Lípidos: sustancias de origen biológico, solubles en solventes no polares. Comprenden los lípidos
saponificables, como glicéridos y fosfolípidos y los lípidos no saponificables, principalmente
esteroides.‖
¿Qué significa el término saponificables? ¿Qué es una saponificación? ¿Qué grupos funcionales
son susceptibles de ser saponificados? Es más general, llamar lípidos hidrolizables a los lípidos
saponificables, y lípidos no hidrolizables, a los demás.
174
En la biosíntesis de los lípidos, así como en su catabolismo, cuando se utilizan como fuente de
energía, ocurren reacciones de hidrólisis que los convierten en compuestos más sencillos.
Actividad 2
Señale los grupos funcionales éster y amida en las estructuras de lípidos de la Figura 1.
O -
O
cat
+ H2O R
+ OR'
R OR'
H O
H
-
O
O
R
+ OR'
H O R OH + R'OH
H
Actividad 3
b. Efectúe un análisis ácido-base de Lewis sobre el sustrato, indicando si actuará como un sitio
electrofílico o nucleofílico.
Además de las funciones éster y amida, también puede encontrarse en los lípidos la función éster
del ácido fosfórico. Los ésteres del ácido fosfórico también son funciones hidrolizables, liberando
por hidrólisis, alcohol y aniones del ácido fosfórico (de acuerdo a la acidez del medio).
175
Actividad 4
Observe las estructuras representadas en la Figura 1 y señale las funciones éster del ácido
fosfórico.
Asimismo, algunos carbohidratos pueden encontrarse formando parte de las estructuras químicas
de los lípidos, como se observa en la estructura de la glucosilceramida en la Figura 1.b. En estos
casos, también se producirá la hidrólisis de la unión glicosídica entre el monosacárido y el resto del
lípido. Los carbohidratos se estudiarán en detalle en el Capítulo 10.
En lo que resta del presente Capítulo, se estudiarán los principales constituyentes de los lípidos y las
clases de lípidos más importantes.
“Lípidos son los ácidos grasos y sus derivados, y los compuestos relacionados con ellos ya
sea biosintéticamente o funcionalmente.”
Todos los lípidos hidrolizables están constituidos por al menos, un ácido graso en su molécula,
vinculado a otras estructuras mediante unión éster o unión amida. Dada su importancia en la
constitución de los lípidos, se estudiarán más en detalle a continuación:
Los ácidos grasos son ácidos monocarboxílicos, que en general, poseen larga cadena
hidrocarbonada. De acuerdo al largo de la cadena hidrocarbonada, se clasifican en ácidos de:
• cadena media: de 8 a 12 C
• cadena larga: de 14 a 20 C
Saturados: presentan sólo enlace simple C-C. En la literatura en inglés se denominan SFA
(Saturated Fatty Acids)
Monoinsaturados: cuentan con un único enlace doble C=C (MUFA = Monounsaturated Fatty Acids)
Poliinsaturados: poseen dos o más dobles enlaces C=C (PUFA= Polyunsaturated Fatty Acids).
En ciertos casos, sólo se consideran PUFA los ácidos grasos que tienen dos o tres enlaces dobles, y
los de más insaturaciones se consideran:
Altamente poliinsaturados: cuatro o más dobles enlaces (HUFA= Highly Unsaturated Fatty Acids).
Actividad 5
En el caso de los ácidos grasos insaturados, tenga en cuenta la configuración de los enlaces
dobles.
177
"Raíz del"
íSímbolo numérico Estructura H3C-[R]-CO2H
Nombre Sistemáticoi Nombre trivialii
1. 10:0 -[CH2]8- Decano- Capr-iii
i
Ácido: Ácido + nombre sistemático + ico. Ejemplo: ácido decanoico
Sal o Éster: nombre sistemático + ato Ejemplo: decanoato
Radical Acilo: nombre sistemático + il/o. Ejemplo: decanoil o decanoilo
ii
Ácido: Ácido + nombre sistemático + ico. Ejemplo: ácido cáprico
Sal o Éster: nombre sistemático + ato Ejemplo: caprato
Radical Acilo: nombre sistemático +oil/o. Ejemplo: caproil o caproilo
No es recomendado porque se puede confundir con ácido caproico (ácido hexanoico) y ácido caprílico
iii
iv
Anteriormente “Eicosano” (cambiado por la Comisión de Nomenclatura de Química Orgánica IUPAC, 1975)
178
Actividad 6
a. Escriba sus respectivas estructuras de líneas (todos los dobles enlaces con configuración cis o
Z).
Como se ha podido observar, es posible denominar de manera abreviada a un ácido graso utilizando
una expresión numérica N:Y donde N indica el número de átomos de C en la cadena e Y, la
cantidad de enlaces dobles presentes en la cadena hidrocarbonada. Si existen dobles enlaces, se
indica entre paréntesis el número de cada átomo de C en el que comienza cada doble enlace,
considerando que el C-1 es el C funcional ácido carboxílico.
Existe otro sistema de nomenclatura abreviado, que puede verse en la última columna de la Tabla 2
(Christie, 2017):
trans-3-hexadecenoico 3t-18:1
179
Observe que se utiliza la misma forma de denotar el número de átomos de C y el número de dobles
enlaces que en el sistema anterior, es decir, N:Y.
A partir de él, se recorre la cadena hidrocarbonada desde ese último átomo de C hacia el primero.
Ejemplo 1
• Clase de ácido graso según la posición del enlace más cerca del final de la cadena: -6.
La cadena carbonada saturada, monoinsaturada o poliinsaturada del ácido graso define el tipo de
interacciones intermoleculares que pueden presentarse entre las moléculas de los lípidos
constituidos por esas cadenas hidrocarbonadas.
Actividad 7
a. ¿Cuáles son las interacciones intermoleculares no enlazantes que pueden darse entre cadenas
hidrocarbonadas largas como las de los ácidos grasos?
b. Dibuje dos cadenas saturadas cercanas entre sí y por otra parte, dos cadenas insaturadas,
cercanas entre sí. Evalúe cómo influyen las insaturaciones en la energía de las interacciones
mencionadas en ítem a.
c. Explique los valores de Punto de Fusión que aparecen en la Figura 3, con base en lo analizado en
180
los ítems anteriores.
OH -0,5
i-
O
13,4
OH
ii- O
OH -3
iii-
O
-11
iv- OH
Fig. 3. Estructura y punto de fusión de ácidos grasos insaturados: a. Ácido palmitoleico b. Ácido
oleico c. Ácido linoleico d. Ácido alfa linolénico
Cada insaturación de tipo cis (Z), causa un doblez o pliegue en la cadena hidrocarbonada. En la
Figura 4, puede observarse la estructura totalmente retorcida de la cadena hidrocarbonada del ácido
gamalinolénico (ácido (9Z,12Z,15Z)-9,12,15-octadecatrienoico) y del ácido oleico (ácido (9Z)-9-
octadecenoico). La cadena hidrocarbonada más plegada, presenta menor superficie de contacto
con otras cadenas hidrocarbonadas cercanas que una cadena más lineal. Al tener menor superficie
de contacto entre sí, las fuerzas de London que las mantienen vinculadas, bajan su intensidad
-6
(recuerde que la energía de las interacciones de London es función de r , por lo que la separación
entre las cadenas tiene una gran influencia en la energía de la interacción). La menor energía de las
interacciones no enlazantes se traduce en menor punto de fusión.
181
aumento en la insaturación de la cadena carbonada proveerá mayor fluidez a las membranas
celulares. Al bajar el punto de fusión de las cadenas hidrocarbonadas, los lípidos que están
constituidos por éstas se conservarán fluidos, sin solidificar aun a bajas temperaturas (Iverson,
2009).
Una manera alternativa de proveer fluidez a las membranas lipídicas es incorporar ramificaciones a
la cadena hidrocarbonada de los ácidos grasos. Este tipo de ácidos de cadena ramificada es
característico de las bacterias.
Si se presenta un grupo metilo en el anteúltimo C, se denomina cadena tipo iso; si el grupo metilo se
presenta en el antepenúltimo C, la cadena será de tipo anteiso, como se observa en la Figura 5:
i- ii-
3.b. Alcoholes
Para constituir la función éster, además del ácido carboxílico se requiere un alcohol. En los lípidos
se presentan diversas clases de alcoholes, según la clase de lípido, como se verá más adelante.
3.b.II. Glicerina
La glicerina o glicerol (1,2,3-propanotriol) es un polialcohol que constituye el esqueleto
fundamental de los lípidos denominados glicerolipidos. La estructura de líneas y de Fischer en la
glicerina se observan en la Figura 6.
CH2OH
HO OH
HO H H
HO
CH2OH
182
Actividad 8
a. Determine si hay presencia de C quirales en las estructuras de líneas y cuñas, y de Fischer del L-
glicerol dibujadas en la Figura 6.
b. Si las funciones alcohol de los carbonos 1 y 3 se esterifican con ácidos grasos diferentes o se
esterifica una de ellas y no la otra, surge la presencia de un C quiral.
En los lípidos que presentan C quiral, la posición sn-2 tiene configuración L. Utilizando el Anexo II,
determine en las estructuras de Fischer de la Figura 7, la configuración L del glicerol.
Fig.7. Glicerol esterificado en los distintos grupos OH. Tomada de The Lipid Web
(http://www.lipidhome.co.uk/)
Actividad 9
b. Marque en cada una el ácido graso que formó el éster y dé su nombre común, IUPAC y
abreviado.
c. Indique en cada una la glicerina y reconozca la posición de la glicerina esterificada con cada
ácido.
HO OH
O H
a- O
O OH
O H
b- O
Fig. 9. Estructuras de: a. un monoacilglicerol b. un diacilglicerol. Tomada de LIPID MAPS
http://www.lipidmaps.org/
Los MAG y los DAG se encuentran en baja proporción en los tejidos. Los sn-1,2-diacilgliceroles
son importantes intermediarios en la biosíntesis y catabolismo de fosfolípidos e intervienen en
procesos de señalización molecular. Ejemplos de MAG se observan en la Figura 7.
4.b.II. Triacilgliceroles
Los TAG (triacilgliceroles) constituyen la reserva energética de mediano-largo alcance de los
-1
organismos. Cuando se oxidan a CO2 y liberan energía metabólica, liberan 36 kJ.g . Se acumulan
formando mezclas de 20 a 30 clases de TAG distintas, que difieren en sus ácidos grasos.
La composición de ácidos grasos varía según la especie, el estado fisiológico del organismo, la
dieta y el ambiente. En tejidos animales, los ácidos grasos mayoritarios que constituyen las mezclas
de TAG son 16:0 y 18:1. En los organismos marinos se observa mayor proporción de PUFA entre los
ácidos grasos que constituyen los TAG. En las posiciones sn-1 y sn-3 del glicerol se ubican
184
generalmente los ácidos grasos saturados y de cadena larga, y en la posición sn-2, ácidos grasos
insaturados o cortos. Un ejemplo de TAG puede observarse en la Figura 10.
O O O
O
O H
O
Fig.10. Estructura de un triacilglicerol. Tomada de LIPID MAPS. http://www.lipidmaps.org/
Actividad 10
Los TAG se denominan también lípidos neutros, porque no poseen carga eléctrica neta.
¿Con qué solventes podría extraerlos de un tejido para su estudio? Justifique y explique con base en
las interacciones intermoleculares no enlazantes.
Actividad 11
Las grasas y los aceites son mezclas de TAG. La diferencia entre grasas y aceites es que las primeras
son sólidas a temperatura ambiente, mientras que los aceites son líquidos en iguales condiciones.
Esta diferencia en el punto de fusión de grasas y aceites se debe a la diferente composición en sus
ácidos grasos.
En la Tabla 3 aparecen los porcentajes de cada clase de ácidos grasos presentes en las mezclas de
TAG indicadas y los puntos de fusión de cada material. Analice los valores de punto de fusión de cada
material, explique cuáles son grasas y cuáles son aceites. Justifique por qué.
185
Sección 5. Lípidos hidrolizables complejos con glicerina
5.a. Glicerofosfolípidos
Fig. 11. Estructuras de Fischer y de líneas de un glicerofosfolípido. Tomada de THE LIPID WEB.
http://www.lipidhome.co.uk/
Actividad 12
Los lípidos formados por un diacilglicerol (glicerina esterificada en posiciones sn-1 y sn-2 con dos
ácidos grasos) y un ion fosfato, se denominan ácidos fosfatídicos. (Se habla en plural, porque en
un determinado tejido, estos, como todos los lípidos, aparecen como mezclas de 20 a 30 especies
moleculares formadas por el mismo esqueleto de glicerina con variedad en los ácidos grasos).
Observe su estructura en la Figura 12. Tenga en cuenta que a pH fisiológico (aproximadamente 7), el
186
grupo fosfato se encuentra parcialmente desprotonado, por lo cual tendrá carga negativa sobre uno
de los O vinculados al P, en lugar de presentar el grupo OH completo.
O O
P -
R1 O O O
R2 O OH
H
O
Fig. 12. Estructura genérica de un ácido fosfatídico. Tomada de LIPID MAPS
http://www.lipidmaps.org/
• Su carga negativa también les da rol en funciones de señal. En vegetales, son el segundo
mensajero celular.
• El grupo hidrógenofosfato transfiere protón a aminoácidos básicos como lisina o arginina y forma
puente de hidrógeno con los aminoácidos básicos de las proteínas, estableciendo el docking
(empaquetamiento) con las proteínas de membrana.
Actividad 13
O
+
HO N
NH2 OH HO OH
i- ii- iii-
NH2
Fig.13. Aminoalcoholes de cadena corta: i- etanolamina ii- colina iii- serina
187
Actividad 14
Los aminoalcoholes se esterifican con el ácido fosfórico a través de los grupos OH. Se llaman
bases por tener N, pero se vinculan por uniones éster fosfórico a través del OH, ya que el N
presenta carga positiva a pH fisiológico. Explique porqué, utilizando el análisis ácido-base de
Brönsted-Lowry para la etanolamina y la serina. Observe que la colina tiene un N cuaternario,
+
similar al ion amonio NH4 .
O O
P
R1 O O O
HO NH2
R2 O H
O
Fig. 14. Fosfatidiletanolamina. Tomada de LIPID MAPS http://www.lipidmaps.org/
Las cefalinas son el segundo fosfolípido más abundante en los lípidos animales y vegetales y el más
importante en las membranas microbianas.
La molécula presenta forma cónica con pequeña cabeza polar. No forma bicapas, sino que se
vincula con las proteínas (Figura 15).
Composición:
Ácidos grasos:
En animales:
188
En vegetales:
O O
P
R O O - O + CH3
O N
R O H CH3
CH3
O
Fig. 16. Fosfatidilcolina. Tomada de LIPID MAPS http://www.lipidmaps.org/
Las lecitinas son el principal bloque constructivo de la bicapa lipídica y el principal fosfolípido
circulante en el plasma. Son poco abundantes en bacterias.
Propiedades:
Composición:
Ácidos grasos:
189
En animales, menor porcentaje de araquidónico y DHA, y mayor porcentaje de insaturados de C-18,
siempre en sn-2. Los ácidos grasos saturados se presentan en la posición sn-1.
5.b Gliceroglicolípidos
Están formados por sn-1, sn-2 diacilgliceroles y en la posición sn-3 de la glicerina se unen,
mediante unión glicosídica (se estudiará en el tema de carbohidratos), una o más unidades de
monosacáridos, generalmente D-glucosa y D-galactosa (Figura 18):
O HO
R O O O HO
H
O H H HO
R
H H
OH H
O
Fig. 18. Estructura química de un gliceroglicolípido.
Los gliceroglicolípidos son los principales componentes de las membranas de los cloroplastos y
organelas relacionadas.
Son los lípidos más abundantes en todos los tejidos fotosintéticos en plantas superiores, algas y
algunas bacterias.
En tejidos animales, son minoritarios: 0.1-0.6% en lípidos nerviosos y sólo trazas en otros tejidos.
Composición:
Ácidos grasos:
Actividad 15
Se mencionó en la Actividad 2, que uno de los grupos funcionales presentes en los lípidos es el
grupo funcional amida.
b. Explique a partir de qué otros grupos funcionales se puede obtener una amida, y cuál actuaría
+
como sustrato, cuál como reactivo, e indique el carácter E /Nu: de cada uno.
190
En los lípidos, el componente nitrogenado en las uniones amida es provisto por las llamadas bases
de cadena larga (en inglés, LCB: long-chain bases). Las bases nitrogenadas de larga cadena que se
encuentran más frecuentemente formando parte de los lípidos son las siguientes (Figuras 19 y 20):
H OH
OH
H2N H
Fig.19. Estructura de líneas de la esfingosina. Tomada de LIPID MAPS http://www.lipidmaps.org/
H OH
OH
HO
H2 N
Fig. 20. Estructura de líneas de la fitoesfingosina. Tomada de LIPID MAPS
http://www.lipidmaps.org/
Actividad 16
Señale en cada una de las Figuras 19 y 20, los grupos funcionales presentes.
Para mostrar la posición de un doble enlace se indica con el símbolo Δ seguido del número del C
donde comienza la instauración y la letra t si la configuración de la insaturación es trans, o la letra c
si la configuración es cis. También puede usarse otra abreviatura, formada por ese número y su
configuración E o Z:
191
HO
OH
NH
O
Fig. 21. Estructura de líneas de una ceramida. Tomada de LIPID MAPS http://www.lipidmaps.org/
Actividad 17
Señale en la estructura de la Figura 21, la función amida, el ácido graso y la base de larga
cadena que lo integran.
• Insolubles en agua.
Composición:
Ácidos grasos:
Los ácidos grasos son de cadena muy larga, con más de 24C.
Ejemplo: 4E-d18:1-24:0.
192
6.c.I.Fosfoesfingolípidos
O
OH
P
O O +
- N
NH O
Actividad 18
Composición:
Ácidos grasos: de muy larga cadena, saturados y monoinsaturados, de número par e impar de C.
También constituyen los caveolae, que son microdominios en la membrana plasmática formados por
lipoproteínas, colesterol y esfingolípidos. Forman la capa externa de la bicapa lipídica de la
membrana plasmática.
193
Actividad 19
a. Compare las estructuras de las lecitinas (Figura 16) y de las esfingomielinas (Figura 22) desde el
punto de vista de su capacidad de formar puentes de hidrógeno con el agua.
6.c.II. Glicoesfingolípidos
Como se mencionó en la Sección 6.c., una ceramida puede vincularse a partir de la función alcohol
primario de la base esfingoidea a otro compuesto, integrando un lípido hidrolizable complejo.
Existe una gran variedad de glicoesfingolípidos, de los cuales se van a analizar dos clases:
OH HO
O H
O H
NH H HO
H OH
O
OH H
Actividad 20
b. el ácido graso.
c. la ceramida
194
Composición:
Ácidos grasos:
Poseen mayor porcentaje de ácidos grasos saturados que en otras clases de lípidos.
Los ácidos grasos son de cadena muy larga, usualmente de 24C, tanto 24:0 como 24:1.
Estos compuestos pueden integrar una densa red de puente de hidrógeno intermolecular entre
moléculas de la misma clase y también pueden asociarse con el agua y con proteínas.
Actividad 21
Analice en la estructura de la Figura 23, las vías por las cuales pueden darse interacciones de
puente de hidrógeno intermoleculares con moléculas de agua. Dibuje las interacciones.
HO O
OH
O
H O OH
H
H H
HO
H NH
O
Actividad 22
Analice las funciones orgánicas que se encuentran en el NANA (Figura 24) y explique porqué este
compuesto da carácter ácido a la estructura que integra.
195
HO OH
HO O
OH
HO O O
OH OH OH
O O OH
OH O
O O HN OH
OH O
O O
HO HO HO O
O HO
HO
HN OH OH O
H OH
O
NH H
Actividad 23
Composición
196
7.b. Prostanoides
Subclase de EICOSANOIDES
Prostaglandinas
Tromboxanos
Prostaciclinas
En humanos, estos lípidos están involucrados en respuestas inflamatorias. Los prostanoides son
lípidos ubicuos en tejidos animales. Coordinan una variedad de funciones y procesos dentro de las
células donde se originan o en células adyacentes, en respuesta a determinados estímulos. Tienen
función homeostásica en la protección de la mucosa gástrica, gestación, parto y en condiciones
patológicas: inflamación, enfermedad cardiovascular y cáncer.
Prostaglandinas
Son derivados del ácido prostanoico (ácido 7-(2‘-octilciclopentil)-heptanoico), (Figura 26):
OH
HO O
OH
O
HO O
Se diferencian por los distintos grupos funcionales en el anillo (véase un ejemplo en la Figura 27) y
cumplen importantes funciones biológicas. Derivan biosintéticamente del ácido araquidónico
(20:4(n-6) y de otros ácidos poliinsaturados (20:3(n-6) y 20:5(n-3)).
7.c. Esteroles
Los esteroles son alcoholes derivados del hidrocarburo esterano (Figura 28).
197
H
H H
Fig. 28. Estructura de cuñas y líneas del esterano. Se dibujan los H que indican estereoquímica
H H
HO
Fig. 29. Estructura de líneas y cuñas del colesterol
El colesterol (Figura 29), en los tejidos animales, está mayormente localizado en la membrana
plasmática (30-50%). Se encuentra libre y esterificado con ácidos grasos formando ésteres del
colesterol.
La parte rígida se ubica entre los lípidos de membrana con cadenas saturadas rectas.
198
SECCIÓN 8. CUADRO RESUMEN DE LÍPIDOS HIDROLIZABLES
CON
GLICERINA
CLASE LÍPIDOS Grupos Otros Función Propiedades Carga
Funcionales componentes eléctrica
a pH
fisiológico
Simples MAG éster ácidos grasos intermediarios tensoactivos, neutros
biosintéticos anfipáticos
199
con BASES
ESFINGOIDEAS
Carga
Grupos Otros eléctrica
Clase Lípidos Función Propiedades
Funcionales componentes a pH
fisiológico
intermediarios tensoactivos,
Simples Ceramidas amida ácidos grasos neutros
biosintéticos anfipáticos
iIntegran
amida ácidos grasos membranas
Cerebrósidos*
celulares polares neutros
unión monosacárido u
glicosídica oligosacáridos Tejidos
nerviosos
ácidos grasos
amida
Gangliósidos* cadena de señal molecular
unión hidrofílicos (-)
oligosacáridos inmunología
Complejos glicosídica
NANA
1 ácido graso
1 base
amida esfingoidea
Esfingomielinas** estructural polares (+/-)
éster fosfórico 1 ion fosfato
1 base de cadena
corta
*Glicoesfingolípidos ** Fosfoesfingolípidos
200
Bibliografía
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Iverson, S. J. (2009). Tracing aquatic food webs using fatty acids: from qualitative indicators to
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Mascaretti, Oreste A. (2003). Chemical Biology and Bioorganic Chemistry. Chapter 11. Lipids and
membranes. Edición del autor.
201
CAPÍTULO 10
HIDRATOS DE CARBONO
Monosacáridos: estructuras hemiacetálica y carbonílica. Estereoisomería. Anómeros. Epímeros. Estructuras de
los monosacáridos hasta hexosas. Series L- y D- Nomenclatura. Formas de representación: estructuras de
Fischer, de Haworth y conformacionales.Derivados de monosacáridos: derivados por reducción y por
oxidación: desoxiazúcares. Alditoles. Ácidos aldónicos, urónicos y aldáricos. Aminoazúcares. Azúcares
fosforilados.Reacciones de monosacáridos: Formación de hemiacetales. Anómeros. Unión glicosídica y N-
glicosídica. Disacáridos, oligosacáridos y polisacáridos (glicanos: homo y heteroglicanos). Análisis de las
estructuras de sacarosa, lactosa, maltosa, celulosa, almidón, glucógeno, quitina, arragenanos y oligosacáridos
en glicoproteínas y glicolípidos.
Sección 1. Introducción
Históricamente, se designó como carbohidratos o hidratos de carbono a compuestos cuya fórmula
condensada es Cn(H2O)n, que sugiere un compuesto de hidratación del carbono, donde cada átomo
de C estaría vinculado a una molécula de agua (H2O). Sin embargo, a fines del S. XIX, con los
trabajos pioneros de Emil Fischer, se llegó a la elucidación estructural de esos compuestos: se
demostró que no se trata de moléculas formadas por simple hidratación del C, sino que poseen
complejas estructuras propias. Los carbohidratos también han sido denominados glúcidos o
genéricamente azúcares, por el sabor dulce de algunos de ellos, aunque actualmente el campo de
estudio de estos compuestos excede con mucho al rol clásico de almacenaje de energía o de
componentes estructurales en los seres vivos. Actualmente, el campo de estudio de los
carbohidratos se denomina glicobiología, y su objeto de estudio son los glicanos.
―Los glicanos son la tercera mayor clase de macromoléculas de importancia biológica, junto con las
proteínas y los ácidos nucleicos (ADN y ARN). Están involucrados en numerosos procesos
biológicos, entre ellos, el plegamiento de las proteínas y el reconocimiento intra- e intercelular‖
(http://www.glycome-db.org/). Según IUPAC (IUPAC GOLD BOOK), se denomina glicanos a los
polisacáridos simples (formados por una sola clase de monosacáridos) y complejos (formados por
más de una clase de monosacáridos). Asimismo, pueden encontrarse como glicoconjugados,
vinculados a proteínas y péptidos. Cabe aclarar que los monosacáridos son los carbohidratos más
simples, cuya estructura se estudiará en este Capítulo.
¿A qué se debe la capacidad de los carbohidratos para codificar información y ser considerados
actualmente como el punto final de la codificación de la información genética (Gimeno y Barbeito,
2004)? Cuando los nucleótidos se vinculan entre sí para integrar los ácidos nucleicos ADN y ARN,
(Capítulo 13) o cuando los aminoácidos reaccionan para integrar las proteínas (Capítulo 12) sólo
pueden formar compuestos lineales. En cambio, la vinculacion química entre los hidratos de carbono
puede ocurrir en diversos sitios de cada molécula, dando como resultado una enorme capacidad de
almacenaje de información.
Por otra parte, los carbohidratos simples o sus derivados integran la estructura química de
importantes biomoléculas, como los gliceroglicolípidos y esfingolípidos (cerebrósidos y
202
gangliósidos), ya estudiados en el Capítulo 9, y de los nucleótidos y ácidos nucleicos (Capítulo
13).
Los polisacáridos presentan una amplísima distribución en la Naturaleza, ya que constituyen las
paredes celulares de los vegetales (celulosa), el material del exoesqueleto de los artrópodos
(quitina), y el repositorio de energía de vegetales (almidón) y animales (glucógeno).
H OH
O
H OH O
H OH HO H
H OH H OH
H OH
OH
a- b- OH
Actividad 1
a. Aldehído
b. Cetona
c. Alcohol primario
d. Alcohol secundario
Las aldosas pueden considerarse derivados del gliceraldehído y las cetosas, derivados de 1,3-
dihidroxipropanona (Figura 2).
203
H O H O OH
H OH HO H O
OH OH OH
a- b- c-
Actividad 2
A partir del D-gliceraldehído puede escribirse la estructura de Fischer de la serie D de las aldosas
de cuatro, cinco y seis átomos de C, llamadas respectivamente: aldotetrosas, aldopentosas y
aldohexosas. A partir del L-gliceraldehído, puede escribirse la estructura de Fischer de la serie L de
las aldosas de cuatro, cinco y seis átomos de C. Cada compuesto de la serie D es enantiómero del
mismo compuesto de la serie L.
Actividad 3
b. Escriba la estructura de las dos aldotetrosas que se obtienen a partir del L-gliceraldehído.
c. Compare las cuatro aldotetrosas: las dos derivadas del D-gliceraldehído con las dos derivadas
del L-gliceraldehído (escritas en el ítem anterior). Establezca las relaciones de isomería que
existen entre los cuatro compuestos.
En el caso de los monosacáridos de cuatro, cinco y seis átomos de carbono, para utilizar el sistema
D/L se toma el último C quiral como centro para la asignación. Si el último C quiral tiene el grupo
–OH orientado hacia la derecha (en una estructura de Fischer), el compuesto se designa como D. Si
en cambio, el último C quiral presenta el grupo –OH hacia la izquierda, el monosacárido se
denomina L. Cabe señalar que los compuestos de la serie L son enantiómeros de los de la serie D,
por lo cual se puede utilizar sólo una tabla de estructuras de Fischer de monosacáridos: se utiliza la
serie D y la serie L de los monosacaridos se obtiene construyendo la imagen especular de los
compuestos de la serie D.
204
Ejemplo 1
a. D- galactosa
b. L-galactosa
c. D-fructosa
d. L-fructosa
Observe que no hace falta invertir el dibujo del grupo carbonilo ni de los grupos alcoholes
primarios (no son quirales).
H O H O OH OH
H OH HO H O O
HO H H OH HO H H OH
HO H H OH H OH HO H
H OH HO H H OH HO H
OH OH OH OH
a- b- c- d-
Las aldosas más frecuentes en la Naturaleza son las aldohexosas y las aldopentosas.
Monosacáridos de siete o más átomos de C suelen encontrarse como metabolitos secundarios en
algunos organismos, y no son parte integrante del metabolismo celular básico.
H O H O H O
H OH H OH
HO H
H OH H OH HO H
H OH H OH H OH
OH OH OH
Fig. 4. Estructuras de Fischer de epímeros
205
2.b. Estructuras hemiacetálicas. Representación de Haworth. Anómeros
En los Capítulos 5 y 6 se analizó la formación de la estructura cíclica de monosacáridos, a partir de
su estructura abierta o de Fischer. Las estructuras cíclicas se denominan hemiacetales y se
representan mediante un sistema de representación denominado de Haworth (ver Anexo II). La
función hemiacetal se observa en la Figura 5. El C funcional (señalado con asterisco) está vinculado
a un -OR (se parece a un éter) y a un -OH (se parece a un alcohol). Sin embargo, no es ni un éter ni
un alcohol, sino que es el grupo funcional hemiacetal.
O * OH
R
R H
Fig. 5. Hemiacetal
H O OH
OH
H OH H OH
H O
:
HO H H H
OH H H
OH H
H OH HO
H HO OH
H OH H OH
H OH
OH
O
La reacción de cierre del anillo (formación de la estructura hemiacetálica) es una reacción de Adición
Nucleofílica al grupo carbonilo. En la Figura 7 se observan las etapas del mecanismo de la reacción
de la D-ribosa para dar α-D-ribofuranosa, que se estudió en el Capítulo 6.
206
Etapa 1. Ataque nucleofílico HO
H O
H OH H OH+
H
H
H OH H
H OH HO
O-
OH HO
HO HO
H O H
H OH+
H H
H + H2O H
H
HO HO OH
O-
HO HO
H OH
H O H
OH H
H OH HO OH
a-
HO H H OH
H OH OH
H OH
b- H O OH
OH H
OH H
HO H
H OH
Fig. 8. Formación de hemiacetales a partir de la D-glucosa: a. α -D-glucopiranosa b. β -D-
glucopiranosa
Actividad 4
207
Los anillos de seis átomos formados en la estructura hemiacetálica de los monosacáridos se
denominan piranosas, por similitud con el aromático pirano (Figura 9). Otra posibilidad de formación
de estructuras cíclicas se da cuando los monosacáridos se cierran en anillos de cinco átomos (cuatro
átomos de C y uno de O) (Figura 7), llamados furanosas, por su similitud con el aromático furano
(Figura 9). Téngase en cuenta, sin embargo, que la similitud sólo es aparente, dado que los
aromáticos son compuestos planares y los anillos piranósicos y furanósicos no lo son, porque están
3
formados por átomos con hibridación sp (geometría tetraédrica) (Figura 10).
O O
a- b-
Fig. 9. Estructuras químicas de: a. pirano b. furano
Las cetosas también se cierran formando anillos. En este cierre, se involucran el C-2 y,
generalmente, el último alcohol secundario.
Actividad 5
208
Actividad 6
Observe la Figura 8.
d. Compare cuáles son los átomos de C quirales en la estructura de Fischer y en las piranosas.
2
Por la reacción de Adición Nucleofílica al carbonilo, el C funcional pasa de tener hibridación sp
3
(geometría trigonal planar) a tener hibridación sp (geometría tetraédrica). Además, queda vinculado
a cuatro grupos diferentes, por lo cual aparece como un nuevo centro quiral, que no está presente en
la estructura de Fischer. Ese átomo de C, nuevo centro quiral, se denomina C anomérico.
Obviamente, este centro quiral aporta dos orientaciones posibles de los sustituyentes alrededor del
mismo. Así, surgen dos estereoisómeros nuevos al formarse la estructura hemiacetálica. Los dos
estereoisómeros que forman el nuevo par se denominan anómeros. Para distinguirlos, se los
designa con las letras α y β antepuestas al nombre del compuesto, y éste, según su anillo, se
nombra como furanosa o como piranosa. En la Figura 8 se observan ambos anómeros de la D-
glucopiranosa.
si el monosacárido pertenece a la serie D, ese grupo se escribe hacia arriba, fuera del anillo.
si el monosacárido pertenece a la serie L, ese grupo se escribe hacia abajo, fuera del anillo.
si se escribe el anómero α, el grupo -OH del C anomérico debe estar en dirección opuesta a la del
último grupo alcohol que está fuera del anillo.
si se escribe el anómero β, el grupo –OH del C anomérico debe escribirse en la misma dirección
que la del último grupo alcohol que está fuera del anillo.
Ejemplo 2
–OH del C anomérico (en azul). Como se trata de una aldosa, el átomo de C anomérico es el
C-1.
209
OH OH
H O H O OH
H
H H
OH OH OH OH
HO OH HO H
H H H H
a- b-
En el caso de las cetosas, al escribir las estructuras de Haworth se debe tener en cuenta que existen
dos grupos alcohol primario no quirales, que no integran el anillo: el C-1 y el último C de la cadena.
La decisión sobre la orientación se toma con el grupo -OH del C anomérico: atravesado con
respecto al último C, si es el anómero α y del mismo lado, si se trata del β. Una vez que se escribe
el anómero que se desea representar, se debe escribir también el C-1 (función alcohol primario),
como sustituyente en el C-2.
Ejemplo 3
Las estructuras de Haworth son una representación simplificada de la real estructura cíclica de los
monosacáridos. La verdadera forma de la estructura es la que surge de la unión de todos los átomos
con configuración tetraédrica que constituyen cada anillo, ya sea piranósico o furanósico. Estas
estructuras tienen cierta libertad de rotación de los enlaces simples. Ellas pueden adoptar formas
extremas, llamadas conformaciones de silla o de bote, en el caso de las piranosas y estructuras no
planares, llamadas sobre, en el caso de las furanosas. Existen formas intermedias que surgen de
giros parciales. Generalmente, la forma silla es más estable que las demás para las piranosas,
porque suele evitar la superposición en el espacio de los grupos funcionales voluminosos (-OH). La
estructura real se conforma minimizando la superposicion espacial de esos grupos, para reducir la
denominada tensión estérica (es la tensión que se produce cuando dos grupos voluminosos ocupan
zonas adyacentes en el espacio: estérica proviene del griego stereos: espacio).
210
Ejemplo 4
En la Figura 11. B., la estructura de silla del mismo monosacárido. Observe que en la estructura
de silla, los sustituyentes no están todos orientados verticalmente, como se presentan en la
estructura de Haworth. En realidad, debido al modelo tetraédrico de cada átomo de C, algunos
quedan verticales con respecto al anillo y otros, sesgados. Los sustituyentes en posición vertical se
denominan axiales (se marcan en rosado en la figura) y los que están sesgados se denominan
ecuatoriales (en azul en la figura). Si bien esta es la estructura real que presentan los
monosacáridos cuando forman parte de estructuras más complejas, en este curso se usarán, por
simplicidad, las representaciones de Haworth.
OH
HO
O H OH
HO
H
H H O
OH H
HO H H
H OH HO
H
H OH OH
a- b-
No necesariamente las aldohexosas se cierran dando anillos de seis átomos (piranósicos) y las
aldopentosas, anillos de cinco (furanósicos). Generalmente, la forma estable para las aldohexosas es
el anillo piranósico y para las aldopentosas, el anillo furanósico, pero esto no es excluyente. En
cuanto a las cetosas, las cetohexosas suelen dar anillos furanósicos.
Las estructuras piranósicas y furanósicas son la forma en que se presenta el monosacárido cuando
se encuentra en estado sólido y también en solución. En solución acuosa, el agua compite con el
-OH del C que realiza el ataque al carbonilo y la estructura hemiacetálica tiende a abrirse volviendo a
dar la estructura abierta. La estabilidad de cada forma depende de la ubicación de los sustituyentes
en cada C quiral y no es igual para todos los monosacáridos. Sin embargo, el equilibrio está
desplazado en un altísimo porcentaje hacia las formas piranósicas. Cuando los monosacáridos se
unen entre sí o a otros compuestos para integrar glicoconjugados u otras biomoléculas complejas, lo
hacen también en sus formas hemiacetálicas. En el Capítulo 6 se estudió la estructura de algunos
nucleótidos que proveen energía (ATP) o que intervienen en procesos redox (NAD+, FAD). En el
Capítulo 9 se analizó la composición química de los glicolípidos: éstos pueden estar constituidos por
una matriz de glicerina o de una base esfingoidea, más una o dos moléculas de ácidos grasos
vinculados a éstas y una o más unidades de monosacárido. En todas esas biomoléculas, las
unidades de monosacárido se encuentran como estructuras cíclicas.
211
Actividad 7
O HO
R O O O HO
H
O H H HO
R
H H
OH H
O
NH2
N
N
O O O
N N
HO P O P O P O O
- - -
O O O H H
OH HO
Fig. 14. Estructura química de un gliceroglicolípido y de ATP
Señale las estructuras de monosacáridos que integran cada una de las biomoléculas dadas.
Convierta cada monosacárido en una estructura abierta (de Fischer), y, con la ayuda de las Tablas
8 y 9 del Apéndice, identifique los monosacáridos.
Vuelva a las estructuras de las biomoléculas e identifique cuál anómero está presente en cada una
y qué tipo de anillo presenta. Escriba el nombre completo de cada unidad de monosacárido tal
como se encuentra en cada biomolécula.
La biosíntesis de esos compuestos se produce a partir de la reacción química entre una unidad de D-
glucosa libre con una molécula de ATP.
Actividad 8
La Figura 15 representa la reacción entre una molécula de D-glucosa con ATP, para dar glucosa-
1-P (similar a la formación de glucosa-6-P, ya estudiada en el Capítulo 7):
HO
O-
H O
H HO O
HO H H + P ADP
HO OH
OH
H O
ATP
NH2
HO
O O N N
O
H H P P O- N
H H + O- - O N
HO
HO OH O O
O O
H -
O P
HO OH
glucosa-1-fosfato
HO O
ADP
a. Determine sustrato y reactivo.
c. Explique los pasos de la reacción, colocando flechas que indiquen el movimiento de electrones.
Explique porqué el ADP es un buen grupo saliente.
En el Capítulo 5, se analizó que la glucosa, como cualquier alcohol, no tiene facilidad para perder un
-
grupo –OH, porque éste es un pobre grupo saliente (el ion HO es una base fuerte). En cambio, éste
puede actuar como reactivo nucleofílico ante un sustrato que tenga un buen sitio electrófilo. En el
Capítulo 7, al analizar la formación de ésteres del ácido fosfórico, se vio que el P del grupo fosfato es
un buen electrófilo, dado que está rodeado de átomos de O que le quitan electrones por resonancia y
por los dipolos de enlace P-O.
213
Cuando se produce el ataque nucleofílico de un grupo –OH de la glucosa al P de un grupo fosfato del
ATP, la glucosa fosforilada queda activada para un posterior ataque nucleofílico. Esto se debe a que
el grupo fosfato es un buen grupo saliente, por ser la base conjugada de un ácido medianamente
fuerte. Así, la posterior sustitución del grupo fosfato está favorecida termodinámicamente y la glucosa
fosforilada puede intervenir en una reacción de sustitución que la vincule a otra unidad de
monosacárido o a otro compuesto, como se verá en el apartado Unión glicosídica.
H O H O
H OH
H OH
HO H
HO H
HO H
HO H
H OH H OH
CH2OH CH3
a- b-
OH
OH
H O OH OO
H H
H
H
OH OH O H
HO H
H
O
H
H
H H H H
c-
d-
214
3.c. Alditoles
Actividad 9
H O H O
HO H O
HO H HO H
H OH H OH
H OH H OH
OH OH
a- b-
OH OH
HO H H OH
HO H HO H
H OH H OH
H OH H OH
OH OH
c- d-
a. Señale, cuando sea posible, el grupo carbonilo, e identifique si se trata de una aldosa o de una
cetosa.
c. Identifique cuáles de las estructuras que no poseen grupo carbonilo derivan por reducción de
la respectiva aldosa o cetosa. Demuestre calculando el estado de oxidación del átomo de C que
sufrió la reducción.
Los derivados de azúcares obtenidos por reducción del grupo carbonilo se denominan alditoles. El
alditol de la D-manosa es el manitol (se dice que era el maná que se menciona en la Biblia) y el de
la D-fructosa (también se obtiene de la D-glucosa) es el sorbitol (utilizado como edulcorante en la
industria de alimentos). El ribitol forma parte del FMN (Flavin Mono Nucleótido) y FAD (Flavin
Adenina Dinucleótido), que actúan como aceptores de ion hidruro en procesos redox. El mio-inositol
es importante constituyente de lípidos de membrana.
215
OH
OH OH
H OH
H H OH
H OH H
OH OH
H OH
HO H
OH H H
a- b-
Actividad 10
HO O
H OH
HO H
HO H
H OH
H O H O
b- OH
H OH H OH
HO H HO H
HO H HO H
H OH H OH
a- OH HO O OH
c- O
H OH
HO H
HO H
H OH
O OH
d-
216
a. Determine los estados de oxidación de cada átomo de C señalado en la figura.
b. Justifique que se ha producido una oxidación, en cada caso, al obtenerse cada ácido a partir de
la D-galactosa.
c. Como aplicación del tema de Estereoquímica, indique si alguna de las estructuras es una forma
meso y justifique.
La reacción positiva se debe a la presencia de los grupos aldehídos libres o potencialmente libres. Si
se trata de cetosas, el medio alcalino provoca su conversión a aldosas, y desde allí, es posible la
oxidación, por ello, todos los monosacáridos son reductores (Figura 20).
Cu+2 o Ag+1
d- COOH
Fig. 20. Oxidación de aldosas y cetosas en medio alcalino: a. D-fructosa b. D-glucosa c. D-manosa
e. grupo ácido en los ácidos aldónicos
217
OH
OH
H O
H H H O OH
OH H * H
OH OH H *
HO
H
H OH O O
HO O H OH
HO H
O OH H
*
H HO * H H
H
OH H OH
OH H
a- b-
Fig. 21. Estructuras de Haworth de: a. sacarosa b. lactosa. Con *, los C anoméricos
OH
H OO
OH H
OH H
O H
H O
OH H H HN
O OH H
H O H
H H HN O
OH H
O H
H NH O
n
Se puede observar que el grupo –OH del C-2 de cada unidad de la β-D-glucopiranosa está sustituido
por un grupo acetamido (recuadrado en rojo).
Cada una de esas unidades acetiladas se forma a partir de la sustitución del grupo –OH del C-2 por
un grupo amino, que luego se acetila para dar la amida. La acetilación se produce por reacción entre
el grupo amino de la β-D-2-desoxi-2-aminoglucopiranosa (comúnmente denominada
glucosamina, Figura 23) como reactivo nucleofílico y el grupo acetilo del tioéster de la AcetilCoA
(que actúa como sustrato electrofílico). Como se estudió en el Capítulo 7, la sustitución del grupo –
SCoA está favorecida por ser un buen grupo saliente (el S soporta bien la carga negativa por ser un
218
átomo voluminoso), y así el nucleófilo amino queda unido al grupo acetilo, expulsándose la Coenzima
A.
OH
H O OH
H
OH H
HO H
H NH2
Fig. 23. Estructura de Haworth de la β -D-2-desoxi-2-aminoglucopiranosa
Por ejemplo, la β-D-ribofuranosa integra los nucleótidos NAD+/NADH; AMP/ADP/ATP (Figura 14,
Figura 15) y el ácido ribonucleico (ARN). La β-D-2-desoxirribofuranosa integra el ácido
desoxirribonucleico (ADN).
Los monosacáridos se vinculan entre sí, formando entidades discretas, como los disacáridos
(vinculación de dos unidades iguales o diferentes de monosacáridos). La sacarosa (Figura 21.a.) es
el disacárido de mayor abundancia en la Naturaleza. La lactosa (Figura 21.b.) es el disacárido
presente en la leche de los mamíferos. Las cadenas integradas por dos a veinte unidades de
monosacáridos se denominan genéricamente oligosacáridos. Ellos forman parte de importantes
entidades químicas, como las glicoproteínas u otras moléculas de importancia en reconocimento
molecular a nivel celular (por ejemplo, las diferentes cadenas de oligosacáridos vinculados a las
proteínas de membrana celular de eritrocitos dan lugar a los diferentes grupos sanguíneos en
humanos).
¿Cuál es la estructura química que permite la vinculación entre las unidades de monosacáridos o
entre éstas y otras entidades químicas? La vinculación química entre un monosacárido y otra entidad
química (que puede también ser un monosacárido), se denomina unión glicosídica. Si un
monosacárido se vincula con otra entidad química mediante un átomo de O, la unión se denomina
unión O-glicosídica, mientras que si la vinculación es a través de un átomo de N, la unión se
denomina unión N-glicosídica.
219
Actividad 11
En la Figura 24 se observan distintas clases de biomoléculas integradas por una o más unidades
de monosacáridos:
O
NH
HO N O
O
O
HO P O OH
O-
OH
a-
H O OH
OH H
OH H
O H
HO O
H H OH
OH H
H H
H OH
b-
OH
O
H O
O O
HO H OH H O
HO H
H O
H
c-
220
Ejemplo 5
H O
OH
H
4´ OH H
H
OH
H OH
O
H O
H
OH H 1
HO H
H OH
b-
Las dos estructuras son disacáridos, es decir, se constituyen a partir de la unión O-glicosídica
entre dos unidades de monosacárido. En el caso de la maltosa (Fig. 25.a), las unidades
estructurales que la constituyen son dos unidades de α-D-glucopiranosa. Una de ellas pone en
juego el C-1 (C anomérico) y la otra, el grupo
-OH del C-4. Así, la unión glicosídica se denomina α (1,4´).
Se usa el símbolo “´” para designar el sitio de llegada (porque a la segunda unidad de
monosacárido le corresponde la numeración 1´,2´, etc) mientras que la numeración del sitio de
partida (primera unidad de monosacárido) no lleva caracteres especiales.
En el caso de la lactosa (Fig. 25.b), la unión O-glicosídica se presenta entre dos unidades de β-D-
glucopiranosa. La primera unidad pone en juego el C anomérico con configuración β y la
segunda, el grupo
–OH del C-4. Así, la unión glicosídica se denomina β (1,4´).
Obsérvese que, como la segunda unidad de monosacárido no pone en juego el C anomérico, la
configuración de éste es variable. En solución acuosa, puede presentar equilibrio entre ambos
anómeros y la forma abierta. Cuando la configuración no está determinada, se la representa
mediante una línea ondulada. Ese es el extremo reductor del disacárido.
La unión O-glicosídica constituye el grupo funcional acetal (Figura 26). Los glicósidos (acetales)
son estables en agua, es decir, no vuelven a las formas abiertas o de Fischer en solución acuosa.
Es necesario un medio ácido o catálisis enzimática para la hidrólisis de los glicósidos.
O
O
* OH R * O
R R H R
R H
Fig. 26. Grupos Hemiacetal y Acetal
221
¿Cómo se produce la unión glicosídica? Ésta se produce mediante una reacción llamada
glicosidación.
Actividad 12
c. En la estructura de Haworth del monosacárido aislado, señale sitios ácidos y básicos según la
teoría de Lewis, es decir, identifique posibles sitios electrofílicos y nucleofílicos.
e. Determine cuál de las dos entidades químicas (el monosacárido o la otra unidad vinculada a él)
posee, cuando está aislada, el mejor sitio electrofílico. Justifique. Esa será la unidad que actuará
como sustrato electrofilico en la reacción. La otra unidad, actuará como reactivo: ¿de qué clase?
f. Analice si la reacción que producirá la unión glicosídica será una adición o una sustitución sobre
el sustrato elegido en el punto e.
Para ello, es necesario que exista un buen grupo saliente en el sustrato, que será desalojado por el
reactivo nucleofílico atacante. Si el monosacárido se encontrara libre, el grupo saliente a ser
-
sustituido sería un grupo –OH, que debería salir como ion HO . Éste es un mal grupo saliente, por
ser una base fuerte. ¿Qué estrategia se ha desarrollado para que la reacción se produzca? Los
monosacáridos previamente, son activados para la sustitución nucleofílica mediante la conversión en
ésteres del ácido fosfórico (reacción de fosforilación), que se estudió en el Capítulo 7 y que se
observa en la Figura 15 de este Capítulo.
Actividad 13
Para analizar cómo se vincula la glucosa-1-P con otra unidad de monosacárido, formando la unión
glicosídica, realice la Actividad 14:
222
Actividad 14
OH
CH2OH -
P O CH2OH
O O O
H H O OH
H H
OH H + OH H
OH H
H OH H
OH H
OH
CH2OH
O OH
H
OH
CH2OH H
H OH
O O
H H H
OH OH P OH
H + O O
-
OH H
H
OH
b. Agregue los pares de electrones libres que faltan y señale con flechas curvas el flujo de
electrones.
223
OH
CH2OH OH
P
O O O
H H
OH
OH H OH
OH H - P
O O +
H
OH
CH2OH CH2OH
+
:
O O
H H H H
C+ C
OH H H
OH H OH H
H H
OH HO
Fig. 28. Primer paso de la reacción: formación de un carbocatión estable por resonancia
Finalmente, la segunda unidad, actuando como reactivo nucleofílico, ataca al carbocatión y se forma
la unión glicosídica (Figura 29):
OH
OH
O O
H H H H
OH C+ + OH OH
H H
OH H OH
H H
:
OH OH
OH
O
H H
OH OH
OH H
O
O
H H H OH + H3O+
OH H
OH H
H OH
Sección 5. Glicanos
El nombre más actual de las estructuras poliméricas integradas por unidades de carbohidratos o sus
derivados es glicanos, antes llamados polisacáridos. Éstos pueden estar constituidos por
unidades del mismo monosacárido (o derivado), que se denominan homoglicanos u
homopolisacáridos, o bien por unidades diferentes. En este último caso, se denominan
224
heteroglicanos o heteropolisacáridos. Por otra parte, los carbohidratos pueden vincularse a otras
entidades, formando glicoconjugados. Los glicoconjugados son asociaciones entre cadenas de
oligosacáridos con proteínas y péptidos. Finalmente, también constituyen parte de la estructura
molecular de lípidos complejos: gliceroglicolípidos y glicoesfingolípidos (cerebrósidos y gangliósidos),
que se estudiaron en el Capítulo 9.
El almidón (en vegetales y hongos) y el glucógeno (en animales) (ambos polisacáridos se encuentran
también en bacterias) constituyen reserva energética para los organismos: suministran unidades de
glucosa para entrar en el ciclo de la glicólisis y producir energía. Los dos permiten el almacenamiento
de energía en poco volumen, ya que permiten la acumulación de un alto número de unidades de
glucosa en un volumen menor que si el mismo número de unidades de glucosa se encontraran
aisladas. Esto se debe a la pérdida de una unidad de H 2O por cada unión glicosídica formada.
Además, la alta proporción de grupos –OH permite establecer una densa red de puente de hidrógeno
entre los constituyentes del polisacárido, permitiendo un empaquetamiento más denso.
El almidón está constituido por dos clases de polímeros: la amilosa y amilopectina. La amilosa es
lineal y está formada exclusivamente por entre doscientas a dos mil quinientas unidades de α-D-
glucopiranosa vinculadas por unión O-glicosídica α(1,4´). La amilopectina, polímero ramificado,
está formada por aproximadamente treinta mil unidades de α-D-glucopiranosa vinculadas entre sí
mediante uniones O-glicosídicas α(1,4´) y α(1,6´). En la Figura 30 se observa un fragmento de
polisacárido mostrando ambas clases de unión glicosidica. En la amilopectina, las ramificaciones se
producen aproximadamente cada veinticinco unidades de glucosa. Cada ramificación contiene
quince a veinticinco unidades de glucosa. La amilopectina contiene entre trescientas y seis mil
unidades de glucosa. En el glucógeno, las ramificaciones son más próximas entre sí, cada ocho a
doce unidades de glucosa. La molécula de glucógeno contiene unas cincuenta mil unidades de
glucosa.
H O
H
OH H 1
HO
OH H OH O OH
OH
6´
H OH H OH
H OH H OH H
H H H H
OH H H H OH
1 OH OH O
O 4´ 1 1 O 4´
O O 4´
H OH H OH
H OH H OH
La celulosa está formada por la unión O-glicosídica tipo β(1,4´) entre unidades de β-D-
glucopiranosa (unas trescientas a quince mil unidades) (Figura 31). Por la forma de la unión
glicosídica, se origina un polímero lineal, que constituye fibras que se vinculan entre sí por
225
interacciones de puente de hidrógeno intercatenarios. Este polisacárido tiene función estructural:
forma parte de la pared celular de los vegetales.
OH
OH
H OH
OH H
H O H
OH
OH H O 1 4´ O
H O OH H
H O 1 4´ H
O H H OH
H OH
1
H O 4´
H H OH
OH H
H
O H OH
H OH
La quitina (Figura 22) es un homoglicano formado, como se mencionó anteriormente, por β-2-
acetamido-2-desoxi-D-glucopiranosa (comúnmente llamada N-acetilglucosamina). Las uniones
O-glicosídicas son todas β (1,4´), por lo cual se constituye un polímero lineal, sin ramificaciones.
Este polisacárido tiene función estructural: forma parte del exoesqueleto de los artrópodos y de la
pared celular de hongos y de algunas algas.
Los carragenanos son glicanos preparados por extracción alcalina y modificación a partir de algas
rojas (Rhodophyceae). Son polímeros lineales, de unas veinticinco mil unidades de derivados de la
D-galactosa. La estructura depende de la fuente y de las condiciones de extracción.
226
O CHO
S H OH
-
O O OH
O HO H
O -O
H OH O SO H
HO O
H H H H OH
H OH CH2OH
CHO
H OH
H
O
O HO H O H
OH H
H
H OH HO
H
OH
H
Los carragenanos son polímeros lineales formados por la alternancia de ambas unidades: β-D-
galactopiranosa-4-sulfato-(1,4´)-3,6-anhidro-α-D-galactopiranosa-(1,3´).
La agarosa es un polímero lineal, de masa molar relativa del orden de 120.000 Da, formada por
unidades de β-D-galactopiranosa y de 3,6-anhidro-α-L-galactopiranosa (Figura 33). Ambas
unidades se vinculan a través de uniones α(1,3´) y β(1,4´). La agarosa forma dobles hélices, por
vinculación de las fibras mediante puentes de hidrógeno. Gelifica fácilmente, por absorción de agua.
H OH O HO H
H
HO H
O
5.c. Glicoconjugados
Los glicoconjugados son compuestos de estructura compleja, formados en todos los casos, por
cadenas de oligosacáridos vinculados a una cadena de aminoácidos.
227
La vinculación entre la parte de oligosacárido y la parte proteica se da mediante uniones O-
glicosídicas, entre el C anomérico de una unidad de monosacárido y el grupo –OH de la cadena
lateral de un aminoácido (generalmente, serina o treonina) (Figura 34).
HO O
unión O-glicosídica
COOH O O OH
H NH2
H
H O H
O aminoácido serina
H
OH H HO H
HO H H HN
O
H OH
disacárido
En algunos casos, la vinculación se da a través de una unión N-glicosídica, que se forma entre el C
anomérico de una unidad de monosacárido y un grupo –NH2 de la cadena lateral de un aminoácido
(generalmente, asparagina) (Figura 35).
HO
Unión N-glicosidica
O
HO O NH
H OH
OH H O NH2
H H aminoácido asparagina
H HN
O
N-acetilgalactosamina
Las cadenas de oligosacáridos están integradas por derivados de los monosacáridos: los más
frecuentes son N-acetilglucosamina, ácido glucurónico, ácido N-acetilmurámico (Figura 36) y
por unidades de monosacáridos simples como D-galactopiranosa y D-manopiranosa.
-
O O
OH
-
O O
H OH
H O OH
H O OH H O O OH
H
OH H H H
OH H H
HO H
HO H HO H
H
NH H OH H NH
O
a- b- c-
O
228
Los glicoconjugados puede clasificarse en glicoproteínas, peptidoglicanos y proteoglicanos.
Las glicoproteínas constituyen importantes biomarcadores que juegan roles en el sistema
inmunológico. Los peptidoglicanos forman la pared celular de varias clases de bacterias, y los
proteoglicanos forman tejidos conectivos, como por ejemplo, el ácido hialurónico. Sus estructuras
complejas caen fuera del alcance de este libro.
Bibliografía
Fiezi, T. (2000). Progress in deciphering the information content of the ‗glycome‘- a crescendo in the
closing years of the millennium. Glycoconjugate Journal.17, 553-565.
German Cancer Research Center Heidelberg, Central Spectroscopic Division Im Neuenheimer Feld
280, D-69120 Heidelberg, Germany. http://www.glycome-db.org/.
Mascaretti, O. (2003). Chemical Biology and Bioorganic Chemistry. Edición del autor.
229
CAPÍTULO 11
FUNCIONES ORGÁNICAS NITROGENADAS I. Aminoácidos
Estructura de aminoácidos: análisis de las cadenas laterales. Interacciones intermoleculares no enlazantes
entre cadenas laterales. Acidez y basicidad: equilibrios ácido-base de Bronsted de los aminoácidos. Zwitterión.
Punto isoeléctrico. Péptidos.
Sección 1. Introducción
Las proteínas son las biomoléculas más versátiles en cuanto a la multiplicidad de funciones
fisiológicas que cumplen. Son macromoléculas, cuya estructura tridimensional determina su
comportamiento físico-químico y biológico. La diversidad de cadenas proteicas se debe a la clase de
compuestos simples que las integran, que son los aminoácidos. En el Ejemplo 1 se observa en la
Figura 1, la representación tridimensional (usando software Jmol), de la proteína Ferritina (Código de
Protein Data Bank 1R03 (Corsi et al., 2003)). Esta proteína actúa como transportadora de Fe. La
macromolécula, formada por una sola cadena proteica en este caso, se enrolla en forma helicoidal.
También se observa en el Ejemplo 1, Figura 2, la representación de un fragmento de los diez
primeros aminoácidos de la cadena, con sus nombres y abreviaturas.
Ejemplo 1
230
***** S R V R Q
(No identificados) SER ARG VAL ARG GLN
SERINA ARGININA VALINA ARGININA GLUTAMINA
N F H P D S E A A I
ASN PHE HIS PRO ASP SER GLU ALA ALA ILE
ASPARAGINA FENILALANINA HISTIDINA PROLINA Ác. SERINA GLUTAMINA ALANINA ISOLEUCINA
ASPÁRTICO
N R Q I N …..
ASN ARG GLN ILE ASN …..
ASPARAGINA ARGININA GLUTAMINA ISOLEUCINA ASPARAGINA
Los aminoácidos son ácidos carboxílicos con, al menos, un grupo amino en la cadena. Los
aminoácidos que forman parte de las proteínas son llamados α-aminoácidos porque el grupo amino
se encuentra en el C-2, denominado C-α.
Fisiológicamente, los aminoácidos no suelen encontrarse libres, sino integrando cadenas poliméricas
llamadas cadenas polipeptídicas ¿Cómo se forman estas cadenas?
H2N NH
2
O H C
3
O
NH
+ H2O + H N OH
OH 2
H2N H2N OH O
:
231
Actividad 1
b. Analice los dos aminoácidos que son punto de partida para la formación del producto (péptido).
Explique cuál está actuando como sustrato y cuál como reactivo atacante, y cuál es el carácter
electrofílico/nucleofíico de ambos.
El producto formado por reacción química entre dos aminoácidos se denomina péptido. Como se
observa, quedan en el péptido: un grupo α– amino libre (en azul) y un grupo carboxilo libre (en
rojo). Estos grupos se denominan respectivamente, grupo N-terminal y grupo C-terminal. Cada dos
aminoácidos, se forma una unión peptídica (amida) y se libera una molécula de agua. La formación
de la amida ocurre por un mecanismo de Sustitución Nucleofílica en el Acilo (Capítulo 7).
Existe una nomenclatura internacional para escribir las estructuras de los péptidos y sus nombres.
Los residuos de aminoácidos se dibujan desde el grupo amino libre (grupo N-terminal) hacia el
grupo carboxilo libre (grupo C-terminal), en forma horizontal. La cadena lateral se escribe hacia
arriba. El extremo N-terminal suele representarse en color azul, el extremo C-terminal en rojo, y la
gradación de colores representa la secuencia de aminoácidos recorriendo la cadena en ese orden.
Esta representación es la usada en la Figura 1. Los residuos de aminoácidos se enumeran desde el
extremo N-terminal, usando sus nombres como radicales (ejs.: alanil, serinil, etc).
Actividad 2
b. Escriba la estructura de líneas y cuñas del péptido que se obtendría si se vincularan los mismos
dos aminoácidos en el orden inverso al de la Figura 3 y dé su nombre.
Un péptido puede elongarse por ataque del grupo amino de otro aminoácido sobre el C-terminal del
péptido. Esta secuencia de reacciones permite la formación de largas cadenas polipeptídicas
(polipéptidos). Si la cadena está formada por más de cincuenta aminoácidos, se denomina
proteína.
Una primera causa de la diversidad de las cadenas poliméricas que forman los aminoácidos al
vincularse entre sí se debe al número de aminoácidos diferentes que pueden integrar las proteínas.
Como comparación, piense en la estructura de los polisacáridos celulosa y amilosa (Capitulo 10)
(integrante del almidón). Ambos son compuestos poliméricos (macromoléculas), pero están
integrados por moléculas idénticas (β-D-glucopiranosa en el caso de la celulosa, y α-D-
glucopiranosa en el caso de la amilosa). Con sólo dos posibles monómeros, surgen dos clases de
macromoléculas: celulosa y amilosa. En cambio, en el campo de las proteínas, existen veintidós
aminoácidos diferentes que pueden integrar las cadenas poliméricas para formar las proteínas.
Todas las cadenas de proteínas están formadas por la unión química de esos veintidós
constituyentes fundamentales. Al ser posible la vinculación química de ese gran número de
moléculas distintas, puede obtenerse una amplia variedad de polímeros.
232
Sección 3. Clasificación de aminoácidos según su cadena lateral
Para comenzar a estudiar la estructura química de los aminoácidos, realice la Actividad 3:
Actividad 3
a. Con base en la Tabla 10 del Apéndice, escriba la estructura general de los α -aminoácidos
(aminoácidos que forman parte de las proteínas), como una estructura de líneas.
c. Utilizando el sistema D-L, indique si los aminoácidos de la Tabla 10 del Apéndice, son D o L-
aminoácidos.
Por otra parte, es posible observar que los aminoácidos comparten una misma estructura
fundamental, en tanto poseen un grupo carboxilo en C-1 y un grupo amino en C-2. Sin embargo,
los aminoácidos se diferencian por poseer grupos funcionales diversos en el resto de la molécula,
que se denomina, genéricamente cadena lateral.
Actividad 4
Con base en la Tabla 10 del Apéndice, escriba la estructura de líneas completa de:
Teniendo en cuenta la diversidad de cadenas laterales, es posible clasificar a los aminoácidos según
distintos criterios. Un criterio es considerar si las cadenas son más hidrofóbicas o más hidrofílicas.
Según ello, se pueden inferir las clases de interacciones intermoleculares no enlazantes que pueden
darse cuando los grupos funcionales de las cadenas laterales se encuentran próximos entre sí, al
formarse las cadenas poliméricas. También se puede inferir la afinidad que tendrán con las
233
moléculas de agua, que es el solvente en el medio celular. La afinidad o repulsión con el medio
acuoso será un factor influyente en cuanto a la conformación espacial de las cadenas poliméricas de
aminoácidos.
Actividad 5
Observando las cadenas laterales de los aminoácidos en la Tabla 10 del Apéndice, en la separe los
aminoácidos en dos grupos: a.hidrofílicos y b.hidrofóbicos y justifique.
Ya habrá detectado, al realizar la Actividad 4, que existen grupos potencialmente ácidos (que
pueden desprotonarse a pH fisiológico) y grupos potencialmente básicos (que pueden protonarse a
pH fisiológico) entre los grupos funcionales que aparecen en las cadenas laterales de los
aminoácidos.
Actividad 6
Busque en la Tabla 9 del Apéndice, los valores de pKa del grupo funcional de la cadena lateral de
cada aminoácido que mencionó al realizar la Actividad 4, escriba sus pares conjugados y decida
cómo se encontrará presente a pH fisiológico.
Actividad 7
Utilice la Tabla 10 del Apéndice y analice las estructuras químicas de las cadenas laterales, para
encontrar pares de aminoácidos que puedan vincularse entre sí (mediante sus cadenas laterales
exclusivamente) por:
a. fuerzas de London (si bien siempre están presentes, en este ejercicio se pide considerar solo los
grupos R que ÚNICAMENTE pueden intervenir en ese tipo de interacción)
b. interacciones areno-areno
c. interacciones dipolo-dipolo
d. puente H
e. interacciones ion-dipolo
f. interacciones ion-ion
234
Sección 4. Propiedades ácido-base de los aminoácidos
4.a. Aminoácidos neutros
Como se mencionó antes, los aminoácidos poseen grupos funcionales que pueden ionizarse a pH
fisiológico, porque se pueden comportar como ácidos o bases de Brönsted –Lowry. Sin embargo, en
el tratamiento ácido-base de los aminoácidos, es importante partir siempre de la especie más
protonada posible, que actuará como un ácido poliprótico, capaz de ir cediendo (uno por vez), los
1+
iones H al agua, en equilibrios sucesivos.
Actividad 8
O OH
H2N H
R
Fig. 4. Estructura de Fischer del aminoácido protonado totalmente
b. Adjunte a cada grupo funcional así escrito, el valor del pKa respectivo utlizando la Tabla 9 del
Apéndice. Ordene todos los grupos que actuarán como ácidos, en orden decreciente de acidez,
utilizando los valores de pKa.
c. Comenzando con la especie que es el ácido más fuerte, escriba el primer equilibrio de
Brönsted-Lowry considerando como ácido a la especie escrita en el ítem a, con el agua actuando
como base, para formar los respectivos pares conjugados. Asigne a ese equilibrio el pKa que
corresponda.
Genéricamente, para todos los aminoácidos que no poseen grupos ionizables en la cadena lateral
(se verá más adelante que se denominan aminoácidos neutros) los equilibrios de Brönsted–Lowry
se pueden representar como se observa en la Figura 5:
235
O O
R H2O
+
OH + R O
-
+ H3O+
NH3 +
NH3
O
O
R
+
O
-
+ H2O R O
-
+ H3O+
NH3
NH2
Fig. 5. Equilibrios ácido-base para aminoácidos neutros
Puede observarse en los equilibrios escritos en la Actividad 7 y en la Figura 5, que existe un caso en
-
el que coexisten en la misma estructura, el grupo carboxilo desprotonado (carboxilato, -COO ) y el
+
grupo amino protonado (alquilamonio, RNH3 ), por lo cual el aminoácido así conformado no es ni
anión ni catión. Esta especie se denomina zwitterion.
Actividad 9
Cuando un ácido débil se encuentra en solución con su base conjugada, ambos en iguales
proporciones, la solución amortigua los cambios de pH y se comporta como solución buffer o
amortiguadora. El pKa de los grupos carboxilo oscila en un valor aproximado de 2, por lo que la
forma catiónica de los aminoácidos se comporta como un ácido medianamente débil y puede dar un
buffer con su base conjugada. El pH de las soluciones amortiguadoras se calcula utilizando la
Ecuación de Henderson-Hasselbalch (Ecuación 1), donde [HA] representa la concentración molar de
-
la especie ácida y [A ], la de su base conjugada.
Actividad 10
Explique, en función del primer equilibrio ácido-base de la Figura 5, cuáles (catión, zwitterion)
serían los integrantes del primer buffer del aminoácido.
Aplique la ecuación de Henderson-Hasselbalch (Ecuación 1) al buffer así formado, y diga cuál será
el valor de pH (genérico) al cual el buffer se comportará como tal.
A su vez, el zwitterion actúa como ácido más débil aun, en el segundo equilibrio del aminoácido.
Actividad 11
Repita lo hecho en la Actividad 10, pero utilizando el segundo equilibrio del aminoácido.
Los aminoácidos neutros en solución acuosa, según lo planteado en los equilibrios de Brönsted-
Lowry (Figura 5), pueden encontrarse como catión, zwitterion o anión. Para distintos valores de pH
de la solución, predomina una u otra forma. Para obtener cuál especie predomina a un valor
determinado de pH se puede aplicar la Ecuación 1. Es necesario tener en cuenta que se debe aplicar
la Ecuación 1 al equilibrio que sea compatible con el valor de pH que se está considerando.
236
Ejemplo 2
Si se aplica la Ecuación 1 al primer equilibrio de la Figura 5, se puede obtener la relación entre las
especies que existe a un determinado valor de pH.
-
Si HA es la forma catiónica del aminoácido (Cat+) y A es el zwitterion (Zw), se puede calcular la
relación R=[Cat+]/[Zw] a distintos pH, aplicando la Ecuación 1 al equilibrio que relaciona ambas
especies, esto es, el equilibrio 1, que puede representarse así:
R= 10 exp(pKa1-pH)
R= 10 exp(2-pH) (Ecuación 2)
pH R= [Cat+]/[Zw]
0 100
1 10
2 1
3 0,1
4 0,01
Existe un valor de pH al cual R=1, esto es, [Cat+] / [Zw] = 1, (es decir, la forma ácida y su
base conjugada se encuentran en concentraciones molares iguales). Este es el valor de pH
en el cual el aminoácido se comporta como un buffer (en realidad, para un
comportamiento buffer puede considerarse el intervalo de pH en el cual la R valga entre
10 y 0,1, es decir entre valores de pH de 1 a 3).
-
Para poder considerar al aminoácido como anión (An ), es necesario aplicar la Ecuación 1 al
Equilibrio 2, representado así:
237
Zw + H2O H3O++ An1-
(Equilibrio 2)
1-
pH = pKa – log [Zw]/[An ]
Esto tiene sentido químicamente, dado que para que el aminoácido se comporte como anión,
deberá aumentarse la alcalinidad del medio para que se desprotone el grupo alquilamonio.
pH R´= [Zw]/[An-]
7 100
8 10
9 1
10 0,1
11 0,01
238
isoiónico (pI)del aminoácido o del péptido que se considere, y se calcula con la expresión
siguiente:
pI = (pKa1+pKa2)/2 (Ecuación 4)
pI = (2+9)/2 = 6,5
Este valor de pH cae cerca del valor de neutralidad, por lo cual los aminoácidos que no contienen
grupos ionizables en la cadena lateral se denominan aminoácidos neutros.
En conclusión:
Ejemplo 3
Equilibrio 1:
Equilibrio 2:
pI = (pKa1+pKa2)/2 (Ecuación 4)
Si se aplican a esas ecuaciones al aminoácido valina, por ejemplo, los siguientes valores de pH
son relevantes: pKa1=2,3; pKa2=9,6 y pI=6.
239
integran la solución amortiguadora). A pH=6, el aminoácido se encontrará predominantemente
como zwitterion.
A valores de pH menores que 2,3 (pH más ácido), predominará la forma catiónica. A valores de
pH mayores que 9,6, predominará la forma aniónica.
Así, es posible representar gráficamente en una línea de valores de pH, las formas en que se
encontrará el aminoácido.
0 1 2,3 6 9,6 pH
R=[Cat+]/[Zw] pH
1000 -1
100 0,3
10 1,3
1 2,3
0,1 3,3
0,01 4,3
0,001 5,3
De los valores obtenidos se observa que la concentración de catión pasa a ser irrelevante a pH
cercano a 5. Es por eso que sólo se considera el primer equilibrio cuando se calculan datos en el
rango ácido.
240
Para el rango alcalino, se aplica la Ecuación 6 al segundo equilibrio, donde la forma ácida será
el zwitterion y la base conjugada, el anión. Así, se determina el pH de predominio de esas
-
especies, jugando con los valores de la relación R´= [Zw]/[An ], como se observa en la Tabla 4:
R=[Zw]/[An-] pH
1000 6,7
100 7,7
10 8,7
1 9,7
0,1 10,7
0,01 11,7
0,001 12,7
De los valores obtenidos se observa que la concentración de zwitterion pasa a ser irrelevante a
pH cercano a 12.
Actividad 12
a. Con los datos de la Tabla 10 del Apéndice, repita la Actividad 8 con el aminoácido ácido
glutámico. Tenga en cuenta que existen tres valores de pKa, porque existen tres grupos
ionizables, por lo cual deberá escribir tres equilibrios de Brönsted-Lowry sucesivos, en lugar de
solo dos.
b. Señale en cada equilibrio, las formas catiónica, zwitteriónica y aniónicas que aparecen.
Para los aminoácidos que poseen grupos ácidos en la cadena lateral, aparecen una forma
catiónica, un zwitterion y dos aniones, genéricamente representados en la Figura 6.
241
O O
HO ( )n HO ( )n
OH + H2O O- + H3O+
O H N+ O H N+
3 3
n= 1 ácido aspártico
n= 2 ácido glutámico
O O
HO ( )n + H2O O- ( )n
+
O -
O- + H3O+
O H3N O H N+
3
O
O
O-
( )n
O- H2O O- ( )n
+ O- + H3O+
O H N+
3 O H N
2
Actividad 13
Utilizando los equilibrios de la Figura 6, aplicados al ácido glutámico, con los datos de la Tabla 9
del Apéndice:
a. Determine los rangos de pH en los cuales ese aminoácido se puede comportar como solución
amortiguadora.
c. Con los datos de los ítems a. y b., determine aproximadamente, qué especies predominarán en
cada rango de pH. Para ello, grafique las especies cualitativamente, sobre una recta horizontal, con
escala de pH entre 0 y 14, como se hizo en el Ejemplo 3, para la valina.
Estos aminoácidos presentan un valor de pI menor que 7, por lo cual se clasifican como
aminoácidos ácidos.
242
Fig. 7. Equilibrios de Brönsted-Lowry de histidina
Actividad 14
Utilizando los equilibrios de la Figura 7, repita todos los pasos de la Actividad 13.
Electroforesis de aminoácidos
Finalmente, se puede considerar la migración en una celda electroforética (Figura 8) que ocurrirá con
cada clase de aminoácido (neutros, ácidos, básicos) según el valor de pH en el que se trabaje.
Muy sintéticamente, se puede decir que en una celda electroforética se logra una separación de
componentes de una mezcla de partículas cargadas eléctricamente (en este caso, aminoácidos) por
aplicación de una diferencia de potencial a una matriz de gel adonde se aplica la solución de
aminoácidos a separar y un buffer conveniente. Las especies catiónicas migrarán al cátodo, las
aniónicas, al ánodo y los zwitteriones no migrarán. El método se aplica también a la separación de
péptidos.
243
Actividad 15
Considere que se dispone de una solución de valina, ácido aspártico e histidina de igual
concentración.
Los cálculos efectuados para cada aminoácido individual, pueden aplicarse a un péptido.
Actividad 16
b. Señale la unión peptídica, el grupo N- terminal, el grupo C- terminal y las cadenas laterales.
c. Busque en la Tabla 9 del Apéndice, el pKa de los grupos libres (terminales y de cadenas laterales)
que aportan al intercambio de protones y escriba el par conjugado de cada grupo.
d. Escriba todos los equilibrios de Brönsted-Lowry sucesivos del péptido en solución acuosa.
Bibliografía
Biomodel http://biomodel.uah.es/tecnicas/elfo/inicio.htm
Corsi, B., Santambrogio, P., Arosio, P., Levi, S., Langlois d‘Estaintot, B., Granier, T., Gallois,
B., Chevallier, J.M., Precigoux, G. (2003). Crystal structure of a human mitochondrial ferritin.
DOI: 10.2210/pdb1r03/pdb.
JMOL http://Jmol.sourceforge.net/index.es.html
Stryer, L., Berg, J. M. y Tymoczko, J. L. Bioquímica (2013). 7º edición. Editorial Reverté, S.A.
244
CAPÍTULO 12
ESTRUCTURA QUÍMICA DE PÉPTIDOS Y PROTEÍNAS
Moléculas de importancia biológica II. Péptidos. Proteínas: Arquitectura tridimensional. Estructura primaria,
secundaria, terciaria y cuaternaria. Clasificación, tipos y propiedades de las proteínas en relación con su
estructura tridimensional.
Sección 1. Introducción
Las proteínas son macromoléculas de altísima importancia biológica, formadas por la unión
química entre aminoácidos. En este Capítulo se hará foco sobre la estructura química de péptidos
y proteínas, donde se visualiza con gran claridad que la composición química determina la
estructura y que la estructura determina la función biológica.
El hecho de que la cadena polipeptídica esté integrada por cincuenta o más aminoácidos permite el
ordenamiento espacial de la cadena, dando una arquitectura tridimensional característica de
cada proteína, que es la que le confiere su función específica en la célula. Así, las proteínas con
estructura tridimensional fibrosa tienen una función estructural y constituyen tejidos conectivos
(por ejemplo la proteína colágeno), o tejido fibroso (por ejemplo, la miosina de los músculos).
Otras proteínas se ordenan espacialmente dando estructuras globulares, que pueden dar
suspensiones coloidales en el agua y así en medio acuoso pueden actuar como enzimas, catalizando
diversos procesos biológicos o como moléculas de transporte de iones o de otras moléculas
menores o bien pueden integrar el sistema inmune.
a-
245
b-
c-
Fig. 1. a- 4GYX Parte de la estructura de colágeno humano b- 3I5G. Estructura de la miosina de
calamar c- 5IJF. Estructura de albúmina de suero humano. Tomadas de Protein Data Bank
(http://www.rcsb.org/pdb)
HO
O H3C CH3
O
H2N O
+
:
OH H2N
H2N
CH3 O
NH
H3C amida
OH
Los péptidos son cadenas de aminoácidos que no tienen arquitectura tridimensional, como tienen
las proteínas.
246
Sin embargo, esas secuencias de aminoácidos (generalmente cortas) son importantes agentes
bioactivos, que tienen una diversidad de funciones: actúan como neurotrasmisores, como hormonas,
como agentes vasoactivos y también se han desarrollado industrialmente péptidos bioactivos que
actúan como antibióticos, como antitumorales, como promotores de crecimiento, entre otras
funciones.
Estos péptidos no solo están presentes en el cuerpo humano, sino que se encuentran péptidos
bioactivos en diversos taxa. Algunos, llamados neuropéptidos, que son pequeñas cadenas
polipeptídicas producidas y secretadas por las neuronas, tienen importantes funciones como
neurotrasmisores (J. Peter y H. Burbach, 2011).
Ejemplo 1
Fig. 4. Secuencia de aminoácidos del péptido 2RMF. Tomada de Protein Data Bank.
(http://www.rcsb.org/pdb/explore/remediatedSequence.do?structureId=2RMF)
La secuencia de aminoácidos en las cadenas polipeptídicas se designa con una serie de letras
que corresponden a las abreviaturas de una letra para los aminoácidos, que es una nomenclatura
internacional y se visualiza en la Tabla 9 del Apéndice.
247
Actividad 1
a. Utilizando la Tabla 9 del Apéndice, escriba el nombre de la secuencia de los diez primeros
aminoácidos del péptido de la Figura 4.
b. Escriba la estructura del tripéptido formado por los tres primeros aminoácidos (desde el
extremo N-terminal al extremo C-terminal).
O -
O
H
H
:
N
:
+
R N
R
R
R
Los grupos vecinos al carboxilo y al amino (grupos α) están en posición trans con respecto al
doble enlace parcial C=N. Los otros enlaces (simples) tienen libre rotación: esto produce distintas
conformaciones y dobleces en las cadenas.
La secuencia de aminoácidos está determinada genéticamente: cada aminoácido está codificado por
una o varias secuencias de 3 nucleótidos
248
Ejemplo 2
La proteína está formada por una cadena polipeptídica de ciento cuarenta y un aminoácidos. La
secuencia de aminoácidos puede visualizarse en la Figura 7: los primeros cinco aminoácidos son:
valina, leucina, serina prolina y alanina (VLSPA).
249
3.b. Estructura secundaria de las proteínas
La cadena polipeptídica de las proteínas se pliega y adquiere una forma tridimensional que está
directamente relacionada con la posibilidad de que se produzcan interacciones de puente de H
entre los grupos carbonilo y amino de aminoácidos cercanos.
Existen dos formas principales de arquitectura tridimensional: la hélice α y la hoja plegada β
(Pauling, Corey y Branson, 1951), conectadas entre sí por estructuras más desordenadas, llamadas
giros β. Estas formas tridimensionales constituyen lo que se denomina estructura secundaria de
las proteínas. En las Figuras 6 y 7 (Ejemplo 1), se visualiza la representación de las estructuras
secundarias tipo hélice α. En el Ejemplo 3 se visualiza la estructura tridimensional de una proteína
constituida únicamente por hojas plegadas β.
Ejemplo 3
250
La mayoría de las proteínas muestran ambos tipos de estructura secundaria, además de partes
desordenadas y giros (turns), como se observa en el Ejemplo 4.
Ejemplo 4
Fig. 10. Estructura tridimensional de tirosina-fosfatasa (4H34). Tomada de Protein Data Bank
(http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=4H34)
251
Fig. 11. Estructura primaria y secundaria de la tirosina-fosfatasa. Tomada de Protein Data Bank
(http://www.rcsb.org/pdb/explore/remediatedSequence.do?structureId=4H34)
252
Fig. 12. Puentes de H entre grupos carbonilo y amino en la hélice α. Tomada de Protein Data
Bank (http://www.cryst.bbk.ac.uk/PPS95/course/3_geometry/helix1.html)
Fig. 13. Modelo del péptido (Gly-Asp)5 que muestra la orientación de las cadenas laterales en la
hélice α
253
La segunda clase de estructura secundaria es la hoja plegada β (Figura 14)
Fig. 14. Estructura secundaria de hoja plegada Tomada de Protein Data Bank
(http://www.cryst.bbk.ac.uk/PPS95/course/3_geometry/sheet.html)
La Figura 14 muestra una hoja plegada β de cadenas antiparalelas: la cadena de más arriba está
orientada desde el extremo N-terminal hacia el grupo C-terminal, y la siguiente, en sentido
contrario. Esto permite la formación de numerosos puentes de H entre los grupos α-amino, que
actúan como dadores (D-H), y los grupos α-carbonilo, que actúan como aceptores (A). Esta
estructura secundaria se encuentra en la fibroína de la seda y de las telarañas. La hoja plegada
requiere que los aminoácidos que la integran tengan grupos laterales pequeños, que no impidan el
acercamiento entre las cadenas, para permitir la formación de los puentes de H. Por ejemplo, la
fibroína, está formada por tres capas de hojas plegadas β antiparalelas. Cada cadena está
formada por la secuencia: (gly-ser-gly-ala-gly-ala)n y 46% de los aminoácidos son glicina. Los
otros aminoácidos tienen cadenas laterales poco voluminosas.
Los giros β permiten que las cadenas se plieguen y se compacten, por lo cual se encuentran
frecuentemente en las proteínas de estructura globular. En estos giros generalmente aparecen
aminoácidos con cadena lateral pequeña y también el aminoácido prolina, que por su peculiar anillo
cíclico, provoca un giro en la cadena que integra.
• ion-ion: entre residuos de aminoácidos con grupos ionizables a pH fisiológico, como ácido
aspártico (cadena lateral aniónica a pH fisiológico) y lisina (cadena lateral catiónica a pH fisiológico).
254
• interacciones areno-areno: entre residuos de aminoácidos con cadenas laterales aromáticas
(fenilalanina, triptófano, histidina).
• interacciones de London: entre residuos de aminoácidos con cadenas laterales apolares (valina,
leucina, alanina).
O O
oxidación
R SH + HS R
NH2 NH2
cys cys
O O
R S S R
Los puentes disulfuro son enlaces covalentes y contribuyen en gran manera a la estabilización de los
pliegues de las cadenas polipeptídicas, para dar la estructura terciaria. Es tal la energía liberada
por la formación de esos enlaces covalentes, que permite que las cadenas se plieguen de modo que
los residuos de cisteína que inicialmente no se encuentran próximos, se acerquen hasta que la
reacción puede tener lugar (Figura 16). Estos puentes disulfuro pueden producirse dentro de una
misma cadena polipeptídica (puentes S-S intracatenarios) o pueden vincular entre sí dos cadenas
distintas (puentes S-S intercatenarios).
255
Fig. 16. Vista parcial de la estructura de la seroalbúmina humana (Código Protein Data Bank
1AO6, http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1AO6), mostrando los puentes
disulfuro (en amarillo)
Como ya se mencionó, atendiendo a su configuración espacial, las proteínas pueden ser fibrosas o
globulares.
Proteínas fibrosas
El colágeno presenta una estructura diferente del resto de las proteínas, dado que en su estructura
secundaria no existen ni hélices α ni hojas β. La fibra de colágeno se forma por la vinculación de
varias protofibrillas de cadenas polipeptídicas que presentan una estructura helicoidal provocada por
los giros que induce en la cadena la presencia de los aminoácidos prolina e hidroxiprolina, que
tienen el grupo α-amino involucrado en un anillo tipo ciclopentano.
O
O
HO
OH
OH
N
H N
a- b- H
La Figura 18 muestra la estructura fibrilar helicoidal del colágeno humano. La fibra se constituye por
el enroscamiento de tres cadenas polipeptídicas, formando lo que se denomina una estructura de
triple hélice (Figura 19). Las tres cadenas se vinculan entre sí mediante interacciones de puente de
hidrógeno.
256
Fig. 18. Estructura de triple hélice en colágeno (Código Protein Data Bank 3DMW). Tomada de
Protein Data Bank http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=3DMW)
Fig. 19. Triple hélice en el colágeno (Cógido Protein Data Bank 3DMW
http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=3DMW)
La secuencia de aminoácidos de esta proteína se visualiza en la Figura 20. Se observa la alta
proporción de prolina (P). Por otra parte, la glicina (G) que es el aminoácido con cadena lateral más
reducida (es solo un H), se empaca bien dentro de la hélice. En el colágeno, uno de cada tres
aminoácidos es glicina.
Fig. 20. Estructura primaria de colágeno humano (Código Protein Data Bank 3DMW). Tomada de
Protein Data Bank (http://www.rcsb.org/pdb/explore/remediatedSequence.do?structureId=3DMW)
257
Las queratinas son proteínas fibrosas constituyentes del pelo, uñas y de la epidermis, a la que
proveen soporte mecánico. Están constituidas por cadenas con estructura secundaria de hélice α,
que se vinculan de a cuatro entre sí formando protofibrillas (Figura 21), que a su vez, se vinculan de
a ocho entre sí, formando microfibrillas. La vinculación entre cadenas se da a partir de diferentes
interacciones intermoleculares, como ion-ion, puentes de hidrógeno y contactos hidrobóbicos, y su
superficie exhibe carga eléctrica o polaridad alta (Lee et al., 2012). Presentan un alto porcentaje de
cisteína, por lo que presentan puentes disulfuro que les confieren rigidez.
Fig. 21. Estructura tridimensional de queratinas. (Código Protein Data Bank 3TNU). Tomada de
Protein Data Bank (http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=3TNU)
Proteínas globulares
Fig. 22. Estructura tridimensional de ovoalbúmina (Código Protein Data Bank 1OVA). Tomada de
Protein Data Bank (http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1OVA)
258
Si bien se denominan proteínas globulares, esto no significa exactamente que su forma
tridimensional sea esférica. Por el contrario, implica que las cadenas polipeptídicas se enrollen y
plieguen dando una estructura compacta, que generalmente expone la cara más polar hacia la
superficie exterior y la cara hidrobófica hacia el interior.
De este modo, la proteína se vincula mediante interacciones no enlazantes favorables con las
moléculas de agua. Se suele decir que son proteínas solubles. Sin embargo, por su altísima masa
molar, las proteínas son todas macromoléculas y, por ende, insolubles en agua. Sin embargo,
pueden dar suspensiones coloidales en ésta si exponen a la solución acuosa, una superficie lo
suficientemente hidrofílica. En la Figura 23.a. se observa la superficie que la proteína ovoalbúmina
expone al agua, y los residuos de aminoácidos polares. Como puede verse, éstos están cercanos a
la superficie. En la Figura 23.b., se observan los residuos de aminoácidos no polares, que ocupan
la parte más interna de la proteína, más alejados de la superficie expuesta al agua.
a- b-
Fig. 23.a. Área superficial de ovoalbúmina (en amarillo) y residuos de aminoácidos polares (en
rosa) b. residuos de aminoácidos no polares (en verde) Código Protein Data Bank 1OVA
259
La Figura 24 muestra la secuencia de aminoácidos de la misma ovoalbúmina:
Fig. 24. Estructura primaria y secundaria de ovoalbúmina. Código de Protein Data Bank 1OVA.
Tomadas de Protein Data Bank
http://www.rcsb.org/pdb/explore/remediatedSequence.do?structureId=1OVA)
260
Actividad 2
a. Utilice la Tabla 10 del Apéndice y la Figura 24, para identificar los aminoácidos de la secuencia
de la ovoalbúmina.
b. Seleccione cinco aminoácidos polares que formen parte de la secuencia y dibuje su estructura
de Fischer completa. Señale la parte polar de la cadena lateral.
En el caso de las proteínas globulares, los monómeros pueden ser iguales, similares o diferentes
entre sí.
En todos los casos, el vínculo entre los monómeros se da por las interacciones no enlazantes entre
las cadenas laterales de los aminoácidos y también puede darse mediante puentes disulfuro
intercatenarios.
3. e. Proteínas conjugadas
Algunas proteínas presentan, además de las características cadenas polipeptídicas, algunas
moléculas asociadas, generalmente pequeñas, que no constituyen cadenas polipeptídicas ni son
aminoácidos. Estos grupos se denominan grupos prostéticos. Por ejemplo, la hemoglobina es una
proteína que posee estructura cuaternaria (en este caso se trata de un tetrámero por tener cuatro
cadenas polipeptídicas) y como grupo prostético, el grupo hemo.
El grupo hemo está constituido por un anillo aromático (planar) heterocíclico llamado porfirina y un
ion Fe (II) (Figura 25).
261
Fig. 25. Estructura del grupo hemo. Tomada de [[User:William Sam Yikrazuul]] -
Template:Defender 007 uss, Dominio público
(https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=11081791)
Cada uno de los cuatro monómeros de la hemoglobina se une a un grupo hemo (Figuras 26 y 27).
Fig. 26. Estructura tridimensional de hemoglobina humana. Código Protein Data Bank 2H35.
Tomada de Protein Data Bank (http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=2H35)
262
Fig. 27. Hemoglobina mostrando los grupos hemo. Código Protein Data Bank 2H35
(http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=2H35)
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264
CAPÍTULO 13
Moléculas de importancia biológica III. Nucleótidos y ácidos nucleicos
Nucleótidos. Nucleósidos. Estructuras químicas simples que los constituyen: bases aromáticas: pirimidinas:
Uracilo. Citosina. Timina. Purinas: Adenina. Guanina. Estructura química de ATP – NAD y compuestos
relacionados. Ácidos nucleicos: estructura de ADN y ARN.
“Ahora podemos apreciar que la biología molecular no es un aspecto trivial de los sistemas
biológicos, sino que es una cuestión central en esta materia. Casi todos los aspectos de la vida
están organizados a nivel molecular, y sin comprender las moléculas, sólo tendremos una
comprensión imprecisa y superficial de la vida. Todos los abordajes a niveles más superficiales
son provisorios, hasta ser confirmados en el nivel molecular.”
Sección 1. Introducción
Este Capítulo final del presente curso de química orgánica orientado a carreras afines con las
ciencias biológicas, está dedicado al estudio de la estructura química de las macromoléculas más
importantes para la biología: los ácidos nucleicos, ADN y ARN. Estas fascinantes moléculas son las
encargadas de la trasmisión de la vida.
El Proyecto Genoma Humano ha sido un proyecto científico desarrollado entre 1990 y 2003 por un
consorcio internacional de instituciones científicas, principalmente, de Estados Unidos de América,
con la colaboración de instituciones de Alemania, China, Francia, Japón y Reino Unido,
(https://www.genome.gov/). Este proyecto tuvo como objetivo descifrar el código genético de la
especie humana. El código genético es un complejo lenguaje cuyas palabras son los nucleótidos.
Los ácidos nucleicos son polinucleótidos. La secuencia de nucleótidos determina la información
genética y constituye el genoma de una especie. Como puede leerse en la propia página web del
National Human Genome and Research Institute (https://www.genome.gov/research/): ―un genoma
es una colección completa de ácido desoxirribonucleico (ADN) de un organismo, que contiene las
instrucciones genéticas necesarias para desarrollar y dirigir las actividades de todo organismo.‖
Como se verá más adelante, el ADN está constituido por dos hebras de polinucleótidos, que
contienen tres unidades estructurales simples, siendo una de ellas las bases nitrogenadas. Las
bases se vinculan entre sí de a pares, mediante puentes de hidrógeno. Por ello se habla de pares de
bases cuando se alude a la secuencia de nucleótidos. El genoma humano contiene
aproximadamente 3.000 millones de estos pares de bases, ubicados en veintitrés pares de
cromosomas dentro del núcleo de todas las células (Figura 1). La secuencia de ADN es la
disposición particular de pares de bases a lo largo de la doble hélice de ADN.
265
Fig. 1. De la célula a los átomos en el ADN. Tomada de Biological and Environmental Research
(https://public.ornl.gov/site/gallery/originals/DNA_Details_-_original.jpg)
Sin embargo, no es sólo en la mera secuenciación de los nucleótidos donde reside la maravilla de
estas moléculas. Los ácidos nucleicos son también, junto con las proteínas, la muestra más acabada
de sofisticación estructural. Desde el punto de vista de la química orgánica (tal como se ha
desarrollado en este libro), lo más interesante acerca de su particular arquitectura tridimensional
reside en conceptos básicos que se han venido estudiando en este curso: la estructura helicoidal de
los ácidos nucleicos se debe fundamentalmente a las interacciones intermoleculares que existen
entre sus estructuras constituyentes más simples. Como señalan Calladine et al. (2004): ―toda la
forma exterior del ADN (esto es, su arquitectura tridimensional), depende fuertemente de los arreglos
en el espacio de los pares de bases y de su apilamiento‖. Esos arreglos particulares en el espacio
dependen de interacciones intermoleculares aparentemente débiles, pero que determinan sutiles
formas tridimensionales. Finalmente, el ADN funciona como sitio de almacenamiento de la
información genética. El proceso de replicación, que permite la trasmisión de esa información
genética al producirse la división celular, se da mediante la formación de puentes de hidrógeno entre
una cadena o hebra de polinucleótido y su complementaria. Este Capítulo cierra pues, la íntima
relación entre estructura y función que ha constituido la tesis fundamental de este libro.
Sección 2. Nucleótidos
Los nucleótidos son las unidades monoméricas que integran las moléculas biológicas más
importantes (ácidos nucleicos: ADN y ARN, Figura 2) y, además, desempeñan funciones propias a
nivel celular. El ATP, el ADP y el AMP (adenosintrifosfato, adenosindifosfato y
266
adenosinmonofosfato, respectivamente, Figura 3) son nucleótidos que intervienen en los procesos
en donde se requiere o libera energía libre. También son nucleótidos las coenzimas que intervienen
+ +
en los procesos redox a nivel celular, como el NAD , el NADP (nicotinamida adenina
dinucleótido y nicotinamida adenina dinucleótido fosforilado, respectivamente), el FAD (flavin
adenosin difosfato) el FMN (flavin mononucleótido) y sus respectivos pares reducidos: NADH
(Figura 4), NADPH, FADH2, FMNH2. Una parte de la estructura molecular de la Coenzima A es
asimismo un nucleótido (Figura 5). En este Capítulo se hará foco en la estructura química de los
nucleótidos y ácidos nucleicos y, en el caso de estos últimos, también en la arquitectura
tridimensional que se deriva de su estructura química.
267
O H NH2
H
H2N N
N
O O
N O P O P N N
O O
O
-
O O -
OH OH OH OH
primer nucleótido segundo nucleótido
dinucleótido
NH2
N N
N O O O OH O O
N
O P O P O P SH
O NH
O NH
- - -
O O O
OH OH
nucleótido
Así:
268
nicotinamida
O adenina
H H NH2
H2N N
N
O O
N O P O P O N N
O O
O- O-
O
OH OH HO O
P
-
O O-
D-ribofuranosa D-ribofuranosa-2-fosfato
2.b. Uniones químicas entre las unidades estructurales simples en los nucleótidos
Las unidades estructurales simples que constituyen los nucleótidos se vinculan entre sí mediante dos
clases de unión o grupo funcional (Figura 7):
• La base nitrogenada se vincula con la unidad de monosacárido mediante una unión N-glicosídica.
• La unidad de monosacárido se vincula con la primera unidad de ion fosfato mediante la formación
de un grupo funcional éster del ácido fosfórico.
• Las restantes unidades de fosfato (si está presente más de un ion fosfato), se vinculan entre sí
mediante la formación de un grupo funcional anhídrido fosfórico.
NH2
éster fosfórico
N
N
O O O
HO P O P O P O N N
O
OH OH OH unión N-glicosídica
anhidrido fosfórico
OH HO
Fig. 7. Vinculación entre las unidades estructurales que constituyen los nucleótidos
269
Actividad 1
NH2
CH2OH NH2
OH N
N
O N
+ N
+ H2O
N N
:
N N CH2OH
OH OH O
H
HO OH
La formación de los ésteres del ácido fosfórico se estudió en el Capítulo 7. Como aplicación,
realice la Actividad 2:
Actividad 2
O Base
:
O HO
- O
O P O P OH +
- -
O O
OH OH
O O
- Base
O P O P O
O
- -
O O + H2O
OH OH
Fig. 9. Formación de la unión éster del ácido fosfórico
270
La formación del anhídrido fosfórico se estudió en el Capítulo 7. Como aplicación, realice la
Actividad 3:
Actividad 3
O O O
-
O P OH - NH2
N-base
+ :O P O P O
- O H2O
O
O
-
O
- +
OH OH
O O O
N-base
OH
HO P O P O P O
O
- - -
O O O
OH OH
Fig. 10. Formación del anhídrido fosfórico en los nucleótidos
Actividad 4
a. Un nucleósido
b. Un nucleótido
271
O O
N NH
NH
O
HO P O N N NH2 HO N O
O O
-
O
O
OH HO P O OH
-
O
NH2
NH2
N N
N
O O
N HO N O
HO P O P O N O
O
OH OH
OH OH OH OH
Los ácidos nucleicos son polinucleótidos, es decir, que son estructuras poliméricas cuyo
monómero (unidad repetitiva) son nucleótidos. Como comparación con la estructura de las
proteínas, que también son macromoléculas poliméricas, es relevante señalar que en el caso de los
ácidos nucleicos, la variabilidad es escasa, dado que sólo hay cuatro unidades monoméricas
diferentes para combinar al constituir la cadena de polinucleótido. En cambio, tal como se ha
mencionado en el Capítulo 12, la variabilidad de las proteínas radica en la enorme diversidad que se
logra al tener la posibilidad de combinar veintidós aminoácidos diferentes en las cadenas
polipeptídicas. Por otra parte, en las proteínas, las unidades monoméricas son unimoleculares (los
aminoácidos) mientras que en los ácidos nucleicos, estas unidades son los nucleótidos, es decir,
moléculas compuestas por unidades estructurales más simples (base nitrogenada + monosacárido
+ ión fosfato), como se ha visto en la sección anterior.
Los ácidos nucleicos, debido a que son macromoléculas, poseen distintos niveles de organización
estructural: estructura primaria, secundaria y terciaria, al igual que las proteínas.
272
3.a. Estructura primaria de ADN y ARN
La estructura primaria de los ácidos nucleicos está constituida por la secuencia de nucleótidos.
NH2
N O
N
O
-
N
O P O N NH
N O
O
OH - N
O P O N NH2
a. O
OH
OH
b.
OH
NH2 O
H3 C
N NH
O O
- N O - N O
O P O O P O
O O
OH OH
c. d.
OH OH
Los nucleótidos que integran el ADN están constituidos por cuatro bases nitrogenadas aromáticas:
adenina, guanina, citosina y timina (Figura 13.a.,b.,c.,d.), aunque existen también algunas bases
estructuralmente modificadas, tales como la 5-metilcitosina (Figura 13.e.).
273
NH2 O NH2 O NH2
N N H3C H3C
N NH N NH N
a. NH N b. NH N NH2 ic. NH O d. NH O e. NH O
Fig. 13. Estructuras químicas de: a. adenina b. guanina c. citosina .d. timina e. 5-metilcitosina
HO
O OH
H H
H H
OH H
Fig. 14. Estructura de Haworth de β-D-2-desoxirribofuranosa
274
NH2 O
N N
N NH
O O
- N -
O P O N O P O N N NH2
O O
OH OH
OH OH OH OH
a. NH2 b.
O
N NH
O O
- N O -
O P O O P O N O
O O
OH OH
OH OH OH OH
c. d.
HO
O OH
H H
H H
OH OH
Fig. 16. Estructura de Haworth de β-D-ribofuranosa
Los nucleótidos que se muestran en la Figura 15, están constituidos por cuatro bases nitrogenadas
aromáticas: adenina, guanina, citosina y uracilo (Figura 17.a.,b.,c.,d.) aunque en las diversas
clases de ARN suelen presentarse algunas bases modificadas, por ejemplo, la 3-metilcitosina
(Figura 17.e.).
Fig. 17. Estructuras químicas de: a. adenina b. guanina c. citosina d. uracilo e. 3-metilcitosina
275
Como se puede ver comparando las Figuras 13 y 17, tres de las bases son comunes tanto a ADN
como a ARN: adenina, guanina y citosina. En cambio, la timina solo se encuentra en el ADN y el
uracilo, solo en el ARN.
Los nombres de las bases nitrogenadas de los ácidos nucleicos se abrevian con abreviaturas de una
letra: adenina: A; guanina: G; citosina: C; timina: T; uracilo: U.
Tanto las bases del ADN como las de ARN pertenecen a una de las dos clases siguientes:
• bases purímicas: derivan de la estructura del heterociclo aromático purina (Figura 18.a.).
• bases pirimídicas: derivan de la estructura del heterociclo aromático pirimidina (Figura 18.b.)
7 6 6
N 5
NH 1 5 N1
8
NH 4 2 4 2
N NH
9
3 3
a- b-
Las bases nitrogenadas, por ser estructuras aromáticas, son planares y presentan alta absorción en
el ultravioleta (Figuras 19.a. y 19.b.):
276
Fig. 19.b. Espectro de absorción de ARN. Tomado de Jasco Inc.
(http://www.jascoinc.com/images/accessories-tab/onedropimg-3.png)
Las cadenas de polinucleótido tienen, al igual que las cadenas polipeptídicas en las proteínas, una
orientación determinada. En la orientación 5´P-3´OH, la cadena comienza con un grupo fosfato
unido al C-5´ de una unidad de monosacárido y termina con el grupo OH del C-3´ de la unidad de
monosacárido (Figura 20). La orientación complementaria es la orientación 3´OH-5´P (Figura 21).
Cuando se escribe una cadena única, se escribe con la orientación 5´P-3´OH.
277
NH2
N N
O
5´ -
N N O P O
O -
NH2 O
O
N
O P O-
O N unión fosfatodiéster
O O
O O
HN N
O P O-
H2N N N O
O
3´
OH
Fig. 20. Cadena de nucleótidos del ADN con orientación 5´P-3´ OH
OH
3´
O
H2N N N
O
HN N O P O-
O O
O
O N O
O P O-
N
O -
NH2 O
O -
N N O P O
5´
N O
N
NH2
Fig. 21. Orientación 3´OH-5´P
278
3.b. Estructura secundaria de ADN y ARN
El ADN forma una doble hélice de polinucleótido. Las dos cadenas son complementarias, con
orientación opuesta entre sí: una cadena tiene la orientación 5´-3´ y la otra, la orientación inversa.
Ambas cadenas se vinculan por puente de hidrógeno entre las bases. Ese vínculo se denomina
apareamiento de las bases.
En la historia de la elucidación de la estructura química del ADN, fue un importante avance cuando
Ewin Chargaff estableció que la suma de bases purínicas (en porcentajes) es igual a la suma de
bases pirimídicas (A+G = C+T) y que se presenta igual número de moles de adenina que de
timina, por una parte y de citosina y guanina, por otra parte (A=T y C=G). Además, observó que la
composición del ADN es característica de cada especie, pero que no varía dentro de la especie, ni
con el tipo de tejido, ni con factores como la edad o el estado nutricional.
En 1951, Rosalind Franklin reveló los resultados de la estructura tridimensional del ADN obtenida por
Difracción de Rayos X. Con base en ese trabajo, James Watson y Francis Crick (Watson and Crick,
1953) publicaron la hipótesis de la estructura de doble hélice del ADN, por la que recibieron el
Premio Nóbel de Medicina en 1962 (R. Franklin había fallecido en 1958).
Actividad 5
Señale en la Figura 22, los grupos dadores de puente de hirógeno (D-H) y los grupos aceptores
(A).
H
H O N H O N
H
N
N N N H N N
H NH H
N N
N
N O O H N
N H
H H
A T C G
Actividad 6
“Se observó que la doble hélice es más susceptible de separarse en sus dos hebras donde
aparecen secuencias T-A, que en el caso de las secuencias G-C. Las partes de la cadena que
presentan varios pares de bases T-A se denominan TATA-Box (caja TA-TA) y son los lugares donde
279
comienza la separación entre las dos cadenas para los procesos de transcripción y de replicación
del ADN.”
El ARN es una estructura monocatenaria (formada por una sola cadena). Sin embargo, en los
plegamientos de la cadena de ARN se dan los mismos tipos de interacciones de puente de hidrógeno
que en el ADN, sólo que estas ocurren entre pares de bases que pertenecen a una misma cadena.
Las cadenas de ADN y de ARN no son lineales, sino que tienen estructura helicoidal. Esa forma
tridimensional está estabilizada, tanto en el caso del ADN como en el de ARN, por las interacciones
areno-areno que se dan debido al apilamiento de las estructuras planares de las bases
nitrogenadas aromáticas, como se observa en la Figura 23.a., para el ADN 23.b. para el ARN:
Fig. 23. a. Doble hélice de ADN b. Cadena de ARN. Apilamiento de bases aromáticas nitrogenadas
280
Las interacciones areno-areno son débiles, pero al ser numerosas, contribuyen altamente a la
estabilización de la estructura helicoidal de los ácidos nucleicos.
Las interacciones areno-areno se optimizan si las estructuras planares de los arenos (en este caso,
las bases aromáticas purínicas y pirimídicas) se encuentran paralelas entre sí. Sin embargo, algunas
bases se encuentran desviadas de un plano perfecto, dando un giro que permite un mejor
apilamiento de las bases en la estructura, y por lo tanto, contribuyendo a la estabilización de la
misma (Figura 24). De acuerdo a Goodsell (2001): ―… el ADN es una molécula dinámica, bastante
flexible, que se dobla, se retuerce, se anuda y desanuda, se enrolla y se desenrolla por la acción de
las proteínas que interactúan con él...‖ (Goodsell, 2001).
Fig. 24. Giros de las bases e inclinación en ADN. Modificada de Goodsell (2001).
(http://dx.doi.org/10.2210/rcsb_pdb/mom_2001_11)
La doble hélice del ADN presenta ciertas particularidades estructurales. En primer lugar, existen
varias conformaciones del ADN, que se designan con una letra delante de la sigla ADN. Los tres que
se encuentran naturalmente son A-ADN, B-ADN y Z-ADN (Figura 25). El B-ADN (descripto
originalmente por Watson y Crick, 1953) se supone que es el más abundante a nivel celular. La
forma A puede presentarse cuando el ADN debe vincularse a proteínas, en híbridos ADN-ARN y
también se forma en laboratorio, en condiciones de deshidratación.
281
Fig. 25. De izquierda a derecha: A-ADN, B-ADN y Z-ADN. Adaptado de Marcey (2006)
(http://earth.callutheran.edu/Academic_Programs/Departments/BioDev/omm/jsmol/dna_confor
mers/start.htm)
Tanto el A-ADN como el B-ADN son hélices dextrógiras, mientras que el Z-ADN es levógiro. El B-
ADN es más estirado y su eje corre prácticamente perpendicular al plano de las bases aromáticas.
En el caso del A-ADN, el eje es oblicuo. La forma Z-ADN es la más desordenada, presenta una
estructura zigzagueante (de ahí su nombre) y se presenta cuando hay largos tramos de pares C-G.
Los tres tipos de hélice presentan dos surcos: uno mayor y uno menor (Figura 26). Son hendiduras
dentro de la estructura. Los surcos mayores pueden actuar como sitios de unión con proteínas.
¿Cuál es la importancia de los surcos? Además de la información genética almacenada por los pares
de bases en el ADN, la doble hélice porta información extragenética, que se ―lee‖ en la superficie de
la molécula. Así, el surco mayor aloja los demás grupos funcionales de las bases nitrogenadas
282
aromáticas no involucrados en los puentes de hidrógeno que permiten la formación de los pares de
bases (señalados con flechas verdes en la Figura 27). En el surco menor, hay diversos arreglos de
grupos funcionales (señalados con letras azules en la Figura 27). La presencia de estos grupos
funcionales estéricamente accesibles es utilizada por las proteínas para ―leer‖ el código genético en
el ADN sin necesidad de desconectar ambas hebras de la doble hélice y, además, proveen sitios de
ataque posible tanto para toxinas como para drogas que atacan el ADN (Goodsell, 2001).
En el caso del ARN, la cadena única se empaqueta plegándose. Con frecuencia se establece una
estructura de doble hélice, donde, a diferencia del ADN, el apareamiento de bases que permite
construir los tramos de doble hélice se dan entre pares de bases pertenecientes a la misma y única
cadena de polinucleótido.
3.c.I. ADN
La molécula de ADN es flexible. La cadena de polinucleótido tiene una longitud que varía según el
número de nucleótidos que la integran, a los que se suele referir como pares de bases. El ADN
humano está integrado por 3.000 millones de pares de bases, mientras que el ADN de algunos virus
tiene entre 5.000 y 280.000 pares de bases y el de una bacteria como la Escherichia coli, 4 millones
de pares de bases (Voet y Voet, 2006).
Totalmente desenrollada, en toda su longitud, la molécula de ADN humano tiene una longitud de
8
9,0.10 nm (es decir, 90 cm) ¿Cómo cabe una molécula de tal longitud en el núcleo celular, cuyo
diámetro típico es de 10 µm, es decir, 0,001 cm? En primer lugar, se debe considerar que si bien la
longitud de la molécula es del orden de magnitudes visibles, su diámetro es extremadamente
pequeño: 2 nm. Así, la larga molécula puede compactarse fácilmente. La estructura terciaria del ADN
está dada por los pliegues de la cadena de polinucleótido.
283
Actividad 7
Observe las Figuras 28.a y b. y explique qué partes de la doble hélice se podrán vincular con el
agua (partes hidrofílicas) y qué partes se replegarán para mantenerse alejadas del agua (partes
hidrofóbicas).
Teniendo en cuenta las estructuras de las Figuras 20 y 21, dibuje sobre esas estructuras posibles
interacciones entre las partes hidrofílicas y el agua.
Fig. 28. a. ADN vista longitudinal b. ADN vista transversal a lo largo del eje. En rojo y amarillo:
grupos fosfato. En gris y rojo: desoxirribosa. En gris y azul: bases
La doble hélice debe desplegarse y separarse en cadenas individuales en ciertos tramos, para poder
dar inicio a los dos mecanismos celulares más importantes: la transcripción y la replicación. El
estudio detallado de ambos procesos cae fuera de los alcances de este libro.
Sucintamente, la transcripción es el proceso mediante el cual una cadena de una clase de ARN,
llamado ARN-mensajero se copia a partir de una cadena de ADN, para iniciar el proceso de
biosíntesis de proteínas. En ese proceso, deben deshacerse las interacciones de puente de
hidrógeno entre las dos hebras de ADN y, con la ayuda de una enzima denominada ARN-polimerasa,
se va creando una hebra complementaria a la original, que constituye el ARN mensajero.
La replicación del ADN es el proceso mediante el cual la doble hélice de ADN se abre en sus dos
hebras y cada hebra sirve de modelo para el desarrollo de una hebra complementaria, dando así
lugar a dos cadenas de ADN idénticas, justo antes de la división de una célula en dos.
3.c.II. ARN
El ARN, aunque es estructuralmente más simple que el ADN, puesto que es un polímero lineal
formado por una sola hebra de polinucleótido, presenta, sin embargo, mayor complejidad en su
estructura terciaria. El término ARN implica en realidad un conjunto de compuestos de estructura
terciaria diferente, que cumplen funciones específicas, distintas, de los cuales los más importantes
son:
Brevemente: cada clase de ARN está involucrada en distintos pasos de la síntesis de proteínas. A
partir del ADN, se forma el mARN, en el proceso de transcripción. El tARN traslada la información del
mARN a la secuencia de proteínas y el rARN es el componente de los ribosomas celulares, donde
tiene lugar la síntesis de las proteínas.
3.c.II.i. mARN
Es una molécula sin estructura tridimensional específica, formada por una sola hebra de
polinucleótido, complementaria de la hebra de ADN a partir de la cual se forma. Puede plegarse
formando una doble hélice monocatenaria (Figura 30):
285
Fig. 30. mARN. Código de Nucleic Acid Database 5A17. Tomada de Nucleic Acid Database. Simon
et al. (2015) (https://www.rcsb.org/3d-view/1VTQ/1)
3.c.II.ii. tARN
Es una molécula pequeña, contiene de 70 a 90 pares de bases, cuya forma tridimensional es similar
a la de una L. Se nombra adicionando al término tARN el nombre del aminoácido que se vincula a
esa estructura, lo que ocurre en el extremo de la L, donde se encuentran el principio (5‘) y el final (3‘)
de la cadena. En la Figura 31 se observa la estructura de tARN-ASP, que es el tARN unido a una
molécula del aminoácido ácido aspártico.
286
Fig. 31. tARN-ASP de levadura. Código TRNA05. Nucleic Acid Database. Comarmond et al. (1986).
(https://www.rcsb.org/3d-view/1VTQ/1)
Una parte de la estructura es helicoidal, y la única hebra se pliega bajo la forma de una doble hélice
similar a la de tipo A-ADN. El grupo 2‘-OH en la ribosa (ausente en la desoxirribosa del ADN), es
voluminoso e impide el empaquetamiento de tipo B-ADN. El tramo de doble hélice, al igual que en el
ADN, se mantiene debido a la formación de puentes de hidrógeno entre las bases complementarias,
aunque se presentan numerosas bases modificadas (por ejemplo, bases metiladas). Este tipo de
interacciones se encuentran en la parte del ―codo‖ de la L. En la Figura 32 se observa un
apareamiento inusual, formado por un par C-G, vinculado a su vez, a una base metilada: 7-metilG:
287
Otras partes forman giros, que dan una estructura con forma de trébol (Figura 33):
Fig. 33. Interacción entre bases en tARN-ASP. Código TRNA05. Nucleic Acid Database
Comarmond et al
(1986(http://ndbserver.rutgers.edu/service/ndb/atlas/summary?searchTarget=TRNA0)
Debido a que en el ARN la base timina es reemplazada por la base uracilo, el apareamiento A-T
está sustituido por A-U.
Las bases también interactúan entre sí mediante interacciones areno-areno y además existen
interacciones de puente de hidrógeno entre algunas bases y los iones fosfato y entre algunas bases
y los grupos 2‘-OH de la ribofuranosa. Todas estas interacciones definen una estructura compacta,
con escasa interacción con el medio acuoso.
3.c.II-iii. rARN
El rARN se encuentra en los ribosomas celulares vinculado a proteínas (Figura 34). Es el tipo de
ARN más abundante, ya que constituye aproximadamente el 80% de todo el ARN en las células
eucariotas (MEDMOL, FIBAO, Fundación para la Investigación Biosanitaria de Andalucía Oriental
http://medmol.es/glosario/48/).
288
Fig. 34. Ribosoma de la bacteria Deinococcus radiodurans. En verde oscuro y en celeste, las
hebras de rARN. En violeta, amarillo y rojo: proteínas. Código de Protein Data Bank Tomada de
Kaminishi et al. (2015). (http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=5DM6)
La molécula de rARN está constituida por dos subunidades con diferentes estructuras secundarias,
que incluyen estructuras tipo horquilla, bucles y también plegamientos de tipo doble hélice,
además de fragmentos de hebra simple.
289
Fig. 35. Estructura de rARN de arroz (Oryza sativa). Código de Protein Data Bank 4OJI. Código de
Nucleic Acid Database NA2902. Tomada de Liu et al. (2014).
http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=4OJI
Bibliografía
Berman, H.M., Westbrook, J., Feng, Z., Gilliland, G., Bhat, T.N., Weissig, H., Shindyalov, I.N., Bourne,
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Calladine, C. R., Drew, H. R., Luisi, B. F. and Travers, A. A. (2004). Understanding DNA: The
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290
Jasco Inc. http://www.jascoinc.com/images/accessories-tab/onedropimg-3.png
Kaminishi, T., Schedlbauer, A., Fabbretti, A., Brandi, L., Ochoa-Lizarralde, B., He, C.G., Milon, P.,
Connell, S.R., Gualerzi, C.O., Fucini, P. (2015). Crystallographic characterization of the ribosomal
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Liu, Y., Wilson, T.J., McPhee, S.A., Lilley, D.M. (2014). Crystal structure and mechanistic investigation
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nucleic acid. Nature 171 (4356): 737–738. https://dx.doi.org/10.1038%2F171737a0
291
EPÍLOGO
Finaliza el estudio de la química orgánica, orientado a la comprensión de la estructura química de las
biomoléculas. Las autoras confiamos en haber cumplido el objetivo proppuesto al incio: que los
estudiantes hayan encontrado fundamentos suficientes como para proseguir estudios de química
biológica y que hayan podido comprender en toda su profundidad el axioma inicial de este libro: la
estructura química determina la forma y la forma, determina la función.
Como cierre, elegimos citar esta bella descripción del ADN (Goodsell, 2001):
“El ADN es una de las más bellas moléculas en las células vivas. Su grácil estructura de hélice es
agradable a la vista. El ADN es también una de las moléculas más familiares, el ícono central de la
biología molecular, fácilmente reconocida por todo el mundo. Para algunos, puede llevar una
connotación negativa, siendo un símbolo omnipresente para activistas contra productos transgénicos.
Para otros, puede traer a mente avances en ciencia forense… Algunos pueden haber visto esta
molécula en ciencia ficción, modificada para construir dinosaurios o almacenar mensajes crípticos de
los extraterrestres. Para todos, es un símbolo omnipresente de nuestra creciente comprensión del
cuerpo humano y de nuestro estrecho parentesco con el resto de la Biosfera y las cuestiones
morales y éticas que deben ser abordadas de cara a ese conocimiento.”
292
ANEXO I
SISTEMAS DE REPRESENTACIÓN DE COMPUESTOS ORGÁNICOS
Actividad 1
Observe las siguientes representaciones de moléculas orgánicas y compare los distintos sistemas:
H3C-CH2-CH2-CH2-CH2-CH3
hexano
H
H H
benceno
H H
H
1-hexanol
H3C-CH2-CH2-CH2-CH2-CH2OH OH
293
Actividad 2
a. la estructura del ácido oleico (oleic acid), un importante constituyente de los lípidos,
c. Copie esas estructuras y a partir de ellas, escriba las respectivas estructuras semidesarrolladas.
E E
D B B D
A A
Fig. 1. Representación de un centro quiral mediante líneas y cuñas
Las líneas representan enlaces contenidos en el plano sobre el cual está dibujada la molécula
(papel, pantalla).
Las cuñas rellenas representan enlaces que salen del plano hacia el observador.
Las cuñas discontinuas representan enlaces que se dirigen hacia atrás del plano, alejándose del
observador.
294
Ejemplo 1
Las líneas y cuñas se utilizan sólo para los C quirales (C-2, C-3 y C-4).
Los grupos OH de los C-2 y C-4 se encuentran hacia atrás del plano, los átomos de C (los enlaces
simples C-C) de la cadena hidrocarbonada principal (C-1- a C-5) se encuentran en el plano del
dibujo y el grupo OH del C-3 se encuentra hacia adelante del plano del dibujo.
OH OH
HO 3 O
4 2
5 1
OH H
Actividad 3
c. Con el modelo, sitúe la molécula de forma que dos de los sustituyentes del carbono quiral
queden en posición horizontal y dirigidos hacia el observador.
Los otros dos sustituyentes quedarán en posición vertical y alejándose del observador.
d. Aplaste el modelo sobre un plano. Observe que el modelo ahora ha adoptado la forma de cruz.
Escriba la cruz formada. Esa es una estructura de Fischer.
295
En síntesis, una representación de Fischer es un dibujo vertical, en el cual el grupo funcional más
oxidado (con mayor número de átomos de O, o con menor número de átomos de H) se coloca en la
parte superior. El resto de la cadena hidrocarbonada va hacia abajo. Los sustituyentes ubicados en
posición horizontal se consideran ubicados hacia adelante del plano del dibujo, dirigidos hacia
el observador.
Para comprenderlo mejor, observe la Figura 2.a., donde se representa un carbohidrato en estructura
de Fischer, y la Figura 2.b., donde se representa un carbohidrato con líneas y cuñas, mostrando los
enlaces dirigidos hacia el observador.
H O H O
HO H HO H
HO H HO H
H OH H OH
H OH H OH
OH OH
a- b-
Fig. 2.a. Manosa. Estructura de Fischer b. Estructura de Fischer con líneas y cuñas
Sin embargo, en solución, esas estructuras abiertas están en equilibrio químico con otras formas,
llamadas estructuras piranósicas y furanósicas. Estas estructuras también son las que se
encuentran cuando los monosacáridos se vinculan entre sí o con otros compuestos, formando
uniones glicosídicas. Para representar las estructuras piranósicas y furanósicas se utiliza, entre
otros, un sistema de representación llamado estructuras de Haworth.
En este sistema, las piranosas se representan mediante hexágonos y las furanosas, mediante
pentágonos, incluyendo un átomo de O dentro de cada ciclo, como se observa en la Figura 3.b y
3.c.
Es necesario tener en cuenta que cada átomo de C está representado por un vértice, y que los
anillos en realidad no son planos, dado que todos los átomos de C son tetraédricos. Es decir, que la
representación de Haworth es una estilización de la verdadera geometría molecular, como se
observa para la β-D-galactopiranosa, en la Figura 3.c.
296
H O
OH
H OH OH CH2OH
HO H HO O OH O
H H H
HO H OH H HO H OH
H OH H H HO
H H
H OH
OH
a b c
H O
HO
H OH OH
O
H OH H H
H OH H H
OH OH OH
d e
297
ANEXO II
NOMENCLATURA DE COMPUESTOS ORGÁNICOS
Sección 1. Construcción de los nombres sistemáticos de los compuestos
orgánicos
1.a. Construcción del nombre sistemático de hidrocarburos
Los nombres de los compuestos orgánicos se construyen mediante un sistema que consta de cuatro
elementos: prefijos, sufijos, números localizadores y prefijos multiplicadores.
La construcción implica el armado de un nombre base y particularidades según las otras partes que
se observen en la estructura molecular.
Los prefijos, que son la parte inicial del nombre base, denotan el número de átomos de C que se
encuentran en la cadena principal del compuesto. Se elige como cadena principal a la cadena
hidrocarbonada más larga. Los prefijos para nombrar las cadenas desde 1 a 30 átomos de C se
observan en la Tabla 1:
1 Met
2 Et
3 Prop
4 But
5 Pent
6 Hex
7 Hept
8 Oct-
9 Non
10 Dec
11 Undec
12 Dodec
13 Tridec
298
14 Tetradec
15 Pentadec
16 Hexadec
17 Heptadec
18 Octadec
19 Nonadec
20 Icos o eicos
21 Eneicos
22 Docos
23 Tricos
24 Tetracos
25 Pentacos
26 Hexacos
27 Heptacos
28 Octacos
29 Nonacos
30 Triacont
Los sufijos, que son la parte final del nombre base, denotan el grupo funcional, como se observa
en la Tabla 2:
Alcano ano
Alqueno eno
299
Alquino ino
Alcohol ol
Aldehído al
Amida amida
Amina amina
Bromo bromo
Cetona ona
Cloro cloro
Fluor fluoro
Iodo iodo
Tiol tiol
Los números localizadores denotan la posición de cada grupo funcional y/o de cada sustituyente
en la cadena principal.
La construcción del nombre base consiste en la unión del prefijo y del sufijo correspondientes para
denominar la cadena hidrocarbonada principal.
Ejemplo 1
Eteno y etino denotan los hidrocarburos de 2 átomos de C con un doble enlace y con un triple
enlace respectivamente.
300
Cuando es necesario especificar la posición de las insaturaciones, ésta se indica mediante un
número localizador antepuesto al nombre de la cadena principal, separado de ella mediante un
guion.
Ejemplo 2
1-buteno 2-pentino
Cuando existen insaturaciones, se toma como cadena principal a la cadena más larga que incluya
todas las insaturaciones.
Ejemplo 3
cadena principal
3
2
5
1
radical etil-
2-etil-1-penteno
301
En la Figura 1 se muestran los principales radicales alquílicos y sus nombres.
CH
H3C CH2
H3 C CH3
n-butilo 2-metilpropil o isobutilo
Fig. 1. Radicales alquílicos
Cuando existen varios sustituyentes en una cadena principal, se numeran consecutivamente los
átomos de C de la cadena principal a partir de uno de sus extremos, de tal forma que la posición de
los sustituyentes se indique con los números localizadores más pequeños posibles. Luego, se
construye el nombre con todos los sustituyentes enumerados por orden alfabético, antes del
nombre de la cadena principal.
Si un mismo radical se repite, se separan los números localizadores con comas y se antepone al
radical el prefijo multiplicador di, tri, tetra, etc.
Ejemplo 4
En este ejemplo se observa que se ha elegido como nombre base al hidrocarburo de 7 átomos de
C, que es la cadena más larga.
A su vez, se elige numerar los átomos de C en la cadena base de modo que los sustituyentes
queden en los menores números posibles.
Los sustituyentes metilo, que están repetidos, se nombran utilizando el prefijo di-, y se coloca un
número localizador por cada sustituyente, aun reiterándolos.
4-etil-2,2-dimetilheptano
302
Como se observa en los ejemplos anteriores, el nombre del último sustituyente se liga con el nombre
del hidrocarburo base como una sola palabra.
Ejemplo 5
OH O O
H SH OH
Obsérvese que los grupos funcionales aldehído y ácido carboxílico no llevan localizador porque
siempre están en un extremo de la cadena principal y ese extremo se considerará como C-1, salvo
que exista otro grupo prioritario, como se estudiará a continuación.
Cuando existen dos o más grupos funcionales en un compuesto se debe determinar cuál es el
grupo principal. En la Tabla 3 se da el orden de prioridad de varios grupos funcionales. El grupo
que está más arriba en este orden es considerado como el grupo principal o función principal. El
grupo funcional en un compuesto monofuncional es el grupo principal de ese compuesto.
Los grupos funcionales que no se escogieron como función principal se identifican como
sustituyentes usando los prefijos apropiados (véase la Tabla 3). Todos los sustituyentes se deben
citar en orden alfabético En esta ordenación no se consideran los prefijos multiplicadores a menos
que sean parte del nombre de un radical complejo encerrado entre paréntesis.
Los números se separan unos de otros por medio de comas y de las palabras por medio de
guiones.
303
Ejemplo 6
O O
NH2
OH HO
OH
Ácido 2-hidroxipropanoico 4-penten-2-ona 3-amino-2-metil-2-propanol
304
Tabla 3. Prioridades de grupos funcionales
R'
R N NH2
R"
s
(b) s
305
O Aldehído al oxo Pentanal O
R H (c)
H
R R' (c)
OH
SH
Se elige la
N
cadena más
larga como
nombre base
306
R-C≡C-R‘ Alquino ino (5) 1-propino
3-clorohexano
o
Alquilo
alquil…
R-R’
2-metilbutano
Éter
alcoxi
R-OR
etoxipropano
O Aminoácido Ácido 2-
(7) aminopropanoic OH
H2N
oo H2N
OH
O
alanina
(a) es un ácido carboxílico y (b) son los derivados de ácido carboxílico. El grupo –COOH se
denomina grupo carboxilo.
(2) En las amidas y en las aminas, el N puede presentar dos H, un H y una cadena hidrocarbonada
(R‘) o dos cadenas hidrocarbonadas (R ‗, R‖). Esas cadenas pueden ser iguales o diferentes.
(4) Siempre es usado como sufijo. Cuando en la molécula está presente un grupo de más alta
prioridad, el sufijo es cambiado a –en y es seguido del sufijo del grupo de mayor prioridad.
307
(5) Siempre es usado como sufijo. Cuando en la molécula está presente un grupo de mayor
prioridad, el sufijo es cambiado a –in y es seguido del sufijo del grupo de mayor prioridad.
(7) El aminoácido es un compuesto formado por dos grupos funcionales diferentes, el grupo amino,
de menor prioridad al nombrarlo, y el grupo ácido carboxílico, de mayor prioridad. Sin embargo, se
incluye en esta tabla para su estudio.
Fuente: The IUPAC rules for naming organic molecules – Journal of Chemical Education – Vol. 83
Nro 11 – November 2006.
Se dice que el doble enlace tiene configuración cis si los sustituyentes unidos a cada C del enlace
doble están al mismo lado y configuración trans, si están atravesados con respecto al plano del
orbital π.
Ejemplo 7
Actividad 1
H3 C H
Cl CH3
¿Es posible?
308
Siempre que haya ambigüedad con el sistema cis/trans, se emplea el sistema Z/E para la
asignación de la configuración de isómeros geométricos. Z proviene del vocablo
alemán zusammen, que significa juntos y E del vocablo alemán entgegen, que significa opuesto.
Actividad 2
c. Determine el número atómico de cada uno de los dos átomos directamente unidos al C-2.El
grupo que contenga el átomo con mayor número atómico será considerado prioritario.
e. Determine si los sustituyentes prioritarios de cada grupo se encuentran hacia el mismo lado
o hacia lados opuestos del plano del enlace doble C-C.
Si se encuentran hacia el mismo lado, se asigna configuración Z y se escribe delante del nombre
(2Z)-2-cloro-2-buteno.
La configuración Z o E viene determinada por las reglas de prioridad de Cahn, Ingold y Prelog.
Según estas reglas, el sustituyente que contenga el átomo de mayor número atómico será
considerado prioritario. Para cada uno de los dos átomos de carbono del doble enlace se
determina por separado cuál de sus dos sustituyentes tiene la prioridad más alta. Para determinar la
configuración, se observa si los grupos prioritarios se encuentran del mismo lado o en lados opuestos
del plano imaginario formado por el enlace doble cuya configuración se asigna.
Cabe señalar que cualquier factor que impida o restrinja la rotación de un enlace C-C, da origen a la
formación de isómeros geométricos, como se observa en el Ejemplo 8.
Ejemplo 8
cis-1,2-dimetilciclohexano trans-1,2-dimetilciclohexano
309
Sección 3. Sistemas de nomenclatura de compuestos quirales
Para poder distinguir los estereoisómeros, se utilizan diversos sistemas de nomenclatura.
Como se mencionó al estudiar el sistema E/Z, en el sistema de Cahn, Ingold y Prelog, se asignan
prioridades a los distintos grupos sustituyentes. Para ello, se observa en cada sustituyente por
vez, cuál es el átomo de ese grupo sustituyente, que está directamente unido al C cuya
configuración se quiere asignar. En este caso, se observan los números atómicos de los átomos
directamente unidos al C quiral:
Se asigna prioridad 1 (la mayor) al grupo que incluya el átomo de mayor número atómico
directamente vinculado al C quiral que se está observando. Se procede así sucesivamente,
con los cuatro grupos unidos al C quiral observado.
Actividad 3
H3C CO2H
NH2
a. Señale el C quiral.
Una vez asignadas las prioridades, se observa el centro quiral ubicando el grupo de prioridad 4
alejado del observador. Entonces, se recorren los grupos en el sentido de mayor a menor
310
prioridad. Si se recorre en el sentido horario, se asigna configuración R. Si se recorre en el sentido
antihorario, se asigna configuración S.
A veces es imposible asignar prioridades con base en el primer átomo directamente unido al C quiral.
Actividad 4
c. Señale los átomos directamente unidos al C quiral y proceda como se hizo antes para asignar
prioridad. ¿Surge algún problema?
Si dos átomos son idénticos, se continúa desplazándose por la cadena de átomos de cada uno de
los grupos que tienen el mismo átomo unido al C quiral y se compara átomo a átomo entre los
dos grupos. Se asigna mayor prioridad al grupo donde se encuentre antes el átomo de mayor
número atómico.
Un grupo con enlaces múltiples tendrá prioridad sobre uno con enlaces simples, por ejemplo, tiene
prioridad el grupo carbonilo (C=O) sobre un grupo CH2OH.
Si se trata de una proyección de Fischer, debe tenerse en cuenta que los brazos horizontales
están orientados hacia el observador. Por lo tanto, si el grupo de menor prioridad (usualmente,
H) está ubicado en un enlace horizontal en la proyección de Fischer, la asignación obtenida se
invierte.
En el caso en que exista más de un carbono quiral debe colocarse junto a la letra R o S, el número
del carbono correspondiente.
Ejemplo 8
HO OH
NH2
311
Para el C-2, el grupo prioritario es el grupo amino, seguido del grupo carboxilo, por lo cual la
configuración (sentido contrario a las agujas del reloj) es S. Dado que el cuarto grupo en prioridad
(el átomo de H, no representado) se encuentra hacia atrás (se representaría con cuña de líneas
cortadas), la configuración S es correcta, y se designa como 2S.
El C-3 presenta como grupo prioritario al grupo –OH, y el C-2 es el segundo grupo prioritario.
Nuevamente, el H (no representado) es el grupo de menor prioridad, y se encuentra hacia atrás.
Al recorrer la figura desde el grupo –OH al C-2, se recorre en sentido contrario a las agujas del
reloj, y corresponde configuración S para el C-3, que se designa como 3S.
3.b. Sistema D / L
Este sistema sólo es útil para la asignación de compuestos con un solo C quiral. Se ha abandonado
por el sistema R/S. Sin embargo, se continúa utilizando en la nomenclatura de carbohidratos y
aminoácidos.
En el caso de los aminoácidos, mediante este sistema se asigna la configuración del C-2, que
es el C unido al grupo amino (NH2), también llamado carbono α. Si en una representación de
Fischer, el grupo amino se encuentra a la derecha, se asigna la letra D, y si se encuentra a la
izquierda, la letra L, como se observa en la Figura 2.
HO O HO O
H NH2 H2N H
CH3 H3 C
D-alanina L-alanina
Fig. 2. D- y L-alanina
312
APENDICE: TABLAS
CH3 metilo
C 2H 5 etilo
C 3H 7
n-propilo
isopropilo i-prop
C 4H 9 n-butilo n-but
isobutilo i-but
secbutilo s-but
terbutilo t-but
313
TABLA 2- MOMENTOS DIPOLARES DE COMPUESTOS ORGÁNICOS
Momentos dipolares (en C.m, valores expresados como µ.1030)
th
Valores traducidos y seleccionados a partir de Tables of Physical & Chemical Constants (16 edition
1995). 3.7.1 Dipole moments and dipole lengths. Kaye & Laby Online. Version 1.0
(2005) www.kayelaby.npl.co.uk
Las condiciones experimentales de medición de los momentos dipolares son: b: sustancia disuelta en
benceno; g: sustancia pura en estado gaseoso; l: sustancia pura en estado líquido.
µ.1030(C.m) µ.1030(C.m)
Acetaldeído 8.3 b Éter etílico 4.2 b
Acetamida 12.3 b Éter metílico 4.2 b
Acetato de Etilo 6.2 b Formamida 11.3 b
Acetona 10.0 l Furano 2.2 b
Ácido acético 3.3 a 5.0 b Hexano 0 l
Ácido Fórmico 5.0 b
Bromoetano 6.0 b Hydrogen sulphide 3.2 g
Agua líquida 6.7 a 10.0 l Metanol 5.5 b
Dióxido de carbono 0 g Óxido nítrico 0.5 g
Dióxido de nitrógeno 1.3 g Oxígeno 0 g
Disulfuro de Carbono 0 l Ozono 2.2 g
Diclorometano 6.0 b Tetraclorometano 0 l
Dimetilformamida 12.7 l Tetrahidrofurano 5.7 b
Dimetilsulfóxido 13.0 b Tolueno 1.3 l
Etanol 5.7 b Triclorometano 3.7 b
Vapor de agua 6.2 g
314
TABLA 3- LONGITUD DE ENLACE (re) Y ENTALPÍA DE DISOCIACIÓN
HOMOLÍTICA DE ENLACE DE MOLÉCULAS BIATÓMICAS
Valores extraídos de Tables of Physical & Chemical Constants (16th edition 1995). 3.7.2. Bond lengths and dissociation
enthalpies of diatomic molecules. Kaye & Laby Online. Version 1.0 (2005) www.kayelaby.npl.co.uk
315
TABLA 4- ENTALPÍA DE DISOCIACIÓN HOMOLITICA DE ENLACE PARA
MOLÉCULAS POLIATÓMICAS
D(X—Y) D(X—Y) D(X—Y)
X—Y kJ · X—Y kJ · X—Y kJ ·
mol−1 mol−1 mol−1
Valores seleccionados de Tables of Physical & Chemical Constants (16th edition 1995). 3.7.4. Bond-dissociation enthalpies in
polyatomic molecules. Kaye & Laby Online. Version 1.0 (2005) www.kayelaby.npl.co.uk. Los valores marcados con * fueron
extraídos y calculados a partir de Noller, C. R. “Química de los compuestos orgánicos”. 3ª. Edición. Librería El Ateneo.
Buenos Aires, 1976.
316
TABLA 5- Tabla de Constantes de acidez y de basicidad
317
Benzoico C6H5-COOH 6,5·10-5 4,19 Benzoato C5H5-COO- 1,5·10-10 9,81
318
TABLA 6- Propiedades de solventes orgánicos
319
320
TABLA 7- ESTRUCTURA DE FISCHER DE D-ALDOSAS
D-GLICERALDEHIDO
H
O
D-ERITROSA D-TREOSA
H H OH H
O O
H OH OH HO H
H OH H OH
OH OH
D-RIBOSA D-ARABINOSA D-XILOSA D-LIXOSA
H H H O H O
O O
H OH HO H H OH HO H
H OH H OH HO H HO H
H OH H OH H OH H OH
OH OH OH OH
H O H O H O H O H O H O H O H O
H OH HO H H OH HO H H OH HO H H OH HO H
H OH H OH HO H HO H H OH H OH HO H HO H
H OH H OH H OH H OHHO H HO H HO H HO H
H OH H OH H OH H OH H OH H OH H OH H OH
OH OH OH OH OH OH OH OH
D-ALOSA D-ALTROSA D-GLUCOSA D-MANOSA D-GULOSA D-IDOSA D-GALACTOSA D-TALOSA
Glucosa: Glc
Manosa: Man
Galactosa: Gal
Ribosa: Rib
Xilosa: Xyl
Tomado de International Union of Biochemistry. IUB. Nomenclature of Carbohydrates (Recommendations
1996) http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/2carb/app.html
321
TABLA 08- ESTRUCTURA DE FISCHER DE D-CETOSAS
1,3-DIHIDROXIACETONA
OH
OH
OH
O
H OH
OH
D-ERITRULOSA
OH OH
O O
H OH HO H
H OH H OH
OH OH
D-RIBULOSA D-XILULOSA
OH OH OH OH
O O O O
H OH HO H H OH HO H
H OH H OH HO H HO H
H OH H OH H OH H OH
OH OH OH OH
D-PSICOSA D-FRUCTOSA D-SORBOSA D-TAGATOSA
Xilulosa: Xul
Fructosa: Fru
Sorbosa: Sor
322
TABLA 09 - NOMBRES, ABREVIATURAS Y VALORES DE pKa DE AMINOÁCIDOS
Los valores corresponden a los aminoácidos completamente protonados, con la siguiente estructura
general:
R H
+ OH
H3N
O
NOMBRE ABREVIATURA ABREVIATURA pKaα-COOH pKaα-NH3+ pKa-
TRES LETRAS UNA LETRA grupo R
GLICINA Gly G 2,3 9,6
ALANINA Ala A 2,3 9,9
VALINA Val V 2,3 9,6
LEUCINA Leu L 2,4 9,6
ISOLEUCINA Ile I 2,4 9,7
FENILALANINA Phe F 1,8 9,1
ASPARAGINA Asn N 2,0 8,8
GLUTAMINA Gln Q 2,2 9,1
TRIPTÓFANO Trp W 2,4 9,4
PROLINA Pro P 2,0 10,6
HIDROXIPROLINA Hyp 1,9 9,7
SERINA Ser S 2,2 9,2
TREONINA Thr T 2,6 10,4
METIONINA Met M 2,3 9,2
TIROSINA Tyr Y 2,2 9,1 9,75
CISTEÍNA Cys C 1,7 10,8 8,3
CISTINA Cys-Cys 1,61-2,32 7,91-9,92
ÁCIDO ASPÁRTICO Asp D 2,0 10,0 4,04
ÁCIDO Glu E 2,2 9,7 4,4
GLUTÁMICO
LISINA Lys K 2,2 9,2 11,0*
ARGININA Arg R 2,2 9,0 12,5*
HISTIDINA His H 1,8 9,2 6,0*
1
Primera unidad de cisteína
2
Segunda unidad de cisteína
*corresponde al grupo R protonado (forma ácida)
Valores tomados de Biological Magnetic Resonance Data Bank. A Repository for Data from NMR
Spectroscopy on Proteins, Peptides, Nucleic Acids, and other Biomolecules.
http://www.bmrb.wisc.edu/referenc/commonaa.php. "BioMagResBank", Eldon L. Ulrich; Hideo Akutsu;
Jurgen F. Doreleijers; Yoko Harano; Yannis E. Ioannidis; Jundong Lin; Miron Livny; Steve Mading;
Dimitri Maziuk; Zachary Miller; Eiichi Nakatani; Christopher F. Schulte; David E. Tolmie; R. Kent
Wenger; Hongyang Yao; John L. Markley; Nucleic Acids Research 36, D402-D408 (2008) doi:
10.1093/nar/gkm957
323
TABLA 10- ESTRUCTURAS DE LOS L-AMINOÁCIDOS QUE FORMAN PARTE DE
PROTEÍNAS
324
325