Ramirez Vargas P8

Biotecnología
Unidad 3
Practica 8: Modelación de estructuras proteicas y
manejo de datos
Alumnos:
• Ramírez Vargas Edwin
Carrera: Ing. Bioquímica
14/10/2022
La proteína seleccionada fue la algD (con ID en PDB de 1MFZ), enzima que participa en la síntesis de
GDP manuronato que es el sustrato con el que inicia la síntesis de alginatos en Pseudomonas
aeruginosa.
Una vez realizado un análisis Delta-Blast en NCBI, se identificó que Klibsiella pneumoniae subsp.
pneumoniae NTUH-K2044 presenta una proteína muy similar a algD de P. aeruginosa. Los resultados
del análisis Blast son los siguientes.
Tabla 1. Resultados de DELTA-Blast en base de datos de PDB
Organismo Cobertura Valor E % Identidad Acceso Acceso

PDB
Klibsiella pneumoniae subsp. 93% 0 26.99% 3PHL_A 3PLN
pneumoniae NTUH-K2044
Como se puede observar en la tabla 1, la proteina contenida en K. pneumoniae tiene un porcentaje

de identidad muy bajo, mas, sin embargo, presentan los mismos dominios funcionales reportados
en la practica anterior. Es por esto, y debido a que no hay mas candidatos en la base de datos del
PDB que se selecciono este organismo para comparar las secuencias de la proteína algD.
Estructura primaria
A continuación, se realizó un análisis de la proteína en el EMBOSS. En esta página, con el comando

“pepstats” se determino el tamaño de palabra, punto isoeléctrico, coeficiente de extinción molar,
% de aminoácidos aromáticos y el peso molecular de las proteínas. Los resultados se presentan en
la tabla 2.
Organismo Tamaño en Punto Coeficiente % aa Peso

aa isoeléctrico de extinción aromáticos molecular
molar (g/mol)
Pseudomonas 436 5.3472 27390 11.46 47599.55
aeruginosa
Klibsiella 424 6.5801 25339 12.73 47325.77
pneumoniae
subsp.
pneumoniae
NTUH-K2044
Vía metabólica
La base de datos del KEGG es un recurso que nos permite comprender las funciones de un sistema
biológico como célula, organismo y ecosistema a partir de información a nivel molecular. En este
caso se realizo el ejercicio de identificar la ruta metabólica en la que participa esta enzima en el
organismo modelo P. aeruginosa (Figura 1). Cabe destacar que el numero identificador de la enzima
es E.C 1.1.1.132
Figura 1. Ruta metabólica donde participa algD
En este caso se definió que pertenece al metabolismo de la fructosa y manosa. La reacción que
cataliza es la siguiente
𝐺𝐷𝑃 − 𝐷 − 𝑚𝑎𝑛𝑜𝑠𝑎 + 2𝑁𝐴𝐷 + 𝐻2 𝑂 → 𝐺𝐷𝑃 − 𝐷 − 𝑚𝑎𝑛𝑛𝑢𝑟𝑜𝑛𝑎𝑡𝑜 + 2𝑁𝐴𝐷𝐻 + 2𝐻 +

Donde los sustratos son GDP-D-manosa, 2NAD y H2O, llevando a cabo una reacción de oxido-
reducción actuando en el grupo donador CH-OH con NAD o NADP como aceptor. Para conocer el
valor de Km de la enzima se uso la pagina de BRENDA, en donde se obtuvo un valor de Km igual a
0.185 mM (Figura 2).
Figura 2. Valor de Km obtenido de BRENDA

PyMol
PyMol es una herramienta que permite realizar manipulaciones a la estructura de una determinada
proteína, con e objetivo de determinar distancias entre residuos, observar la interacción con un
sustrato, realizar alineamientos estructurales, etc.
Para poder mejorar el manejo de las proteínas, PyMol permite representarlas de distintas maneras
(cartoon, palos, líneas, cinta). A continuación, se muestra la proteína en cada una de estas formas
de representarla.
1 2
3 4
Figura 3. Representacion de algD 1MFZ de P. aeruginosa en (1) Cartoon, (2) Lineas, (3) Palos, (4) cinta
1 2
3 4
Figura 4.Representacion de algD 3PLN en Klibsiella pneumoniae en (1) Cartoon, (2) Lineas, (3) Palos, (4) cinta
Para poder realizar la manipulación de las moléculas de ambas proteínas en PyMol, primero
debemos descargar los archivos PDB de la misma base de datos.
El primer ejercicio es determinar las distancias que existe entre los residuos que forman parte del
sitio activo de la enzima. Estos se debian eencontrar en el sitio Atlas of Catalystic Sites, mas sin
embargo no están descritos para ambas proteínas, así que para realizar el ejercicio se seleccionaron
3 residuos aleatorios de la proteína (H219, F225 y R241). Los resultados obtenidos son los siguientes
(Figura 3).
Figura 5. Distancia entre residuos de algD en P. aeruginosa

También se realizó la medición de el ángulo que forman los residuos entre si (Figura 4).
Figura 6. Ángulos que existen entre residuos de algD en P. aeruginosa
Por último, se realizó un análisis estructural de ambas proteínas. En este alineamiento podemos
observar si las proteínas tienen formas similares y, por lo tanto, concluir si es que ambas enzimas
presentan actividad similar en ambos organismos. El alineamiento se presenta en la siguiente figura
(Figura 7)
Ilustración 7. Alineamiento estructural

De la imagen anterior cabe destacar que, de la enzima 1MFZ se seleccionó una fracción mas pequeña
de la proteína, debido a que no se observaba de buena manera el alineamiento. Dicho esto, se
puede observar que ambas proteínas tienen regiones muy similares entre si y que muy
posiblemente tengan una actividad similar en ambos organismos. Aunque el análisis DELTA-Blast
indica que tienen un porcentaje de identidad similar, ambas proteínas cuentan con dominios en
común y por lo tanto se puede observar cierta similitud entre ambas proteínas.
Referencias
• Preiss J. (1964). SUGAR NUCLEOTIDE REACTIONS IN ARTHROBACTER. II. BIOSYNTHESIS OF

GUANOSINE DIPHOSPHOMANNURONATE. J Biol Chem.
• Wyk P., Reeves P. (1989). Identification and sequence of the gene for abequose synthase, which
confers antigenic specificity on group B salmonellae: homology with galactose epimerase.
Journal of Bacteriology.
• Roychoudhury, S.; Mmay, T.B.; Gill, J.F.; Singh, S.K.; Feingold, D.S.; Chakrabarty, A.M.
Purification and characterization of guanosine diphospho-D-mannose dehydrogenase. A key
enzyme in the biosynthesis of alginate by Pseudomonas aeruginosa (1989), J. Biol. Chem., 264,
9380-9385.
• Thorson JS, Lo SF, Ploux O, He X, Liu HW. Studies of the biosynthesis of 3,6-dideoxyhexoses:
molecular cloning and characterization of the asc (ascarylose) region from Yersinia
pseudotuberculosis serogroup VA. J Bacteriol. 1994 Sep;176(17):5483-93. doi:
10.1128/jb.176.17.5483-5493.1994. PMID: 8071227; PMCID: PMC196737.
• Franklin, J., Nivens, D., Weadge, J., & Howell, P. (2011). Biosynthesis of the Pseudomanas
aeruginosa extracellular polysaccharides, alginate, Pel, and Psl. Frontiers in Microbiology.

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Organismo Cobertura Valor E % Identidad Acceso Acceso

Como se puede observar en la tabla 1, la proteina contenida en K. pneumoniae tiene un porcentaje

A continuación, se realizó un análisis de la proteína en el EMBOSS. En esta página, con el comando

Organismo Tamaño en Punto Coeficiente % aa Peso

Figura 1. Ruta metabólica donde participa algD

𝐺𝐷𝑃 − 𝐷 − 𝑚𝑎𝑛𝑜𝑠𝑎 + 2𝑁𝐴𝐷 + 𝐻2 𝑂 → 𝐺𝐷𝑃 − 𝐷 − 𝑚𝑎𝑛𝑛𝑢𝑟𝑜𝑛𝑎𝑡𝑜 + 2𝑁𝐴𝐷𝐻 + 2𝐻 +

Figura 2. Valor de Km obtenido de BRENDA

Figura 5. Distancia entre residuos de algD en P. aeruginosa

Figura 6. Ángulos que existen entre residuos de algD en P. aeruginosa

Ilustración 7. Alineamiento estructural

• Preiss J. (1964). SUGAR NUCLEOTIDE REACTIONS IN ARTHROBACTER. II. BIOSYNTHESIS OF

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