Escuela de Ciencias Aplicadas e Ingeniería

Pregrado en Biología
Biofísca BI0469
Primer parcial (20%) – Parte 1
2023-2

Nombre: __Ana Sofía López Giraldo____ Nota:_________

Clase: 2329
Ciclo: 2366

Resultado de aprendizaje a evaluar

La siguiente actividad tiene como propósito evaluar y medir en el estudiante los siguientes resultados de
aprendizaje:

• Definir el objeto de estudio de la biofísica reconociendo su importancia en el estudio de los sistemas

biológicos.
• Identificar las interacciones no covalentes que gobiernan la organización molecular de los sistemas
biológicos, con un énfasis especial en el formalismo físico-matemático que permite la representación y
cuantificación de tales interacciones.

Criterios de Evaluación

El logro de los resultados de aprendizaje descritos se evaluará utilizando la rúbrica suministrada, en la que los
niveles de desempeño están establecidos de acuerdo con los siguientes descriptores:

• Identifica la biofísica como disciplina científica.

• Diferencia los principios físicos y químicos necesarios para describir los sistemas biológicos.
• Reconoce las interacciones fundamentales que existen en la naturaleza.
• Identifica los distintos tipos de interacción no covalente y los factores que dan origen a estas interacciones.
• Describe los diferentes factores energéticos que determinan la organización estructural de los sistemas
biológicos y evalúa la magnitud de las diferentes contribuciones en relación a la energía asociada.

1. (15/100 puntos) En una reciente reflexión sobre la educación en bioquímica y biología molecular
en el siglo XXI, Paul N. Black, profesor emérito del Department of Biochemistry, University of
Nebraska-Lincoln, afirma lo siguiente:
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“The biochemistry and molecular biology students must be well-

prepared for life through learner-centered education. It is
essential that they are guidedand challenged in classrooms and
laboratories to become more independent in seeking the
knowledge and skills required to become successful
professionals in biochemistry,molecular biology, biomedicine, and
related fields. ”

Paul N. Black
J. Biol. Chem. (2020) 295(31) 10653–10661

a) Desde su posición como estudiante de biología, ¿considera usted que la formación recibida en
el pregrado está en línea con el planteamiento del autor? Justificar su respuesta.

Como estudiante de biología en la Universidad EAFIT, considero que la formación recibida en el

pregrado está en línea con el planteamiento del autor en muchos aspectos, y quiero destacar cómo
la universidad promueve la independencia del estudiante.

En nuestra institución, hemos tenido la oportunidad de adquirir una base sólida en biología,
bioquímica y biología molecular a través de cursos teóricos y prácticos. Estos cursos no solo se
centran en la transmisión de conocimientos, sino que también nos desafían a buscar activamente
información, desarrollar un pensamiento crítico y participar activamente en nuestro proceso de
aprendizaje.

Además, la Universidad EAFIT fomenta la participación en proyectos de investigación desde

etapas tempranas de nuestra formación. Esto nos brinda la oportunidad de involucrarnos en
investigaciones independientes y desarrollar habilidades de investigación de manera efectiva.

En cuanto a la conexión con la práctica profesional, la universidad se esfuerza por mantener

nuestros programas académicos actualizados y relevantes para las demandas del mercado laboral
en campos como la bioquímica y la biomedicina. Esto asegura que adquiramos habilidades y
conocimientos pertinentes y aplicables a nuestras futuras carreras.

En conclusión, la formación en biología en el pregrado está en línea con el planteamiento del autor
y se destaca por fomentar la independencia del estudiante, la participación en la investigación y la
conexión con la práctica profesional. La educación superior en nuestra institución promueve
activamente un enfoque centrado en el estudiante y nos prepara de manera efectiva para nuestras
futuras carreras.

b) En el caso particular del curso de biofísica, ¿considera que contribuye a adquirir las
habilidades y destrezas necesarias para su desempeño profesional en la actualidad? Justificar
su respuesta.
La biofísica es una disciplina interdisciplinaria que combina conceptos de física y biología. Este
curso me permite integrar estos dos campos, lo que es esencial para comprender y abordar
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problemas en la biología molecular y celular en un nivel más profundo. Esta habilidad de conectar
diferentes áreas del conocimiento es altamente valiosa en la ciencia actual.

El curso también me desafía a desarrollar habilidades analíticas, matemáticas y computacionales

para modelar y entender fenómenos biológicos. Estas habilidades son transferibles y son
esenciales en una amplia variedad de campos profesionales. Además, la investigación es un
componente crucial de muchas carreras en biología y disciplinas relacionadas. El curso de
biofísica a menudo incluye proyectos de investigación que permiten a los estudiantes aplicar lo
que hemos aprendido en un entorno práctico. Esto prepara a los estudiantes para futuras
investigaciones y carreras académicas o de laboratorio.

La biofísica es una disciplina en constante evolución que desempeña un papel fundamental en la

investigación biomédica, la biotecnología y otras áreas relacionadas. Los avances tecnológicos y
científicos requieren profesionales capacitados en biofísica para abordar cuestiones emergentes, lo
que puede aumentar mis oportunidades de empleo en un mercado laboral competitivo.

Por todas las razones anteriores puedo decir que el curso de biofísica en mi universidad contribuye
de manera significativa a mi preparación para el desempeño profesional en la actualidad. Me
ayuda a abordar desafíos interdisciplinarios, desarrollar habilidades analíticas, participar en
investigación y mantenerme al día en un campo científico en constante cambio. Esto beneficiará
mi futura carrera y contribuirá al avance de la ciencia y la tecnología en la actualidad.

2. (15/100 puntos) El siguiente párrafo es extraído del trabajo titulado “Teaching Biophysics in an
Undergraduate Curriculum” presentado en la modalidad poster en el Biophysical Society 2019
Annual Meeting.

“It is knownthat many institutions in the UnitedStates and around

the world, do not offer biophysics courses at the
undergraduate level. This is due, in part, to the need for
a good exposure and mastery of both introductory and upper
level physics courses before application to biological systems.
The computational and mathematicalskills needed for such
applications are developed in these physics classes. While most
physics programs do not require students to take
biology courses, most biology programs do not require
students to take calculus-based physics courses. This
weakens the preparation of both the physics students and
the biology students towards careers in biophysics.”

Christopher E. Bassey 2224-Pos.

Biophysical Society's 63rd Annual
Meeting

¿Está usted de acuerdo o en desacuerdo con el autor? Redactar un texto, de máximo media página,
en el que argumente su punto de vista.
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El autor plantea una preocupación válida en su texto con respecto a la disponibilidad de cursos de
biofísica a nivel de pregrado y la preparación de los estudiantes para carreras en esta disciplina. En
mi opinión, hay argumentos sólidos a favor de su posición.

Es esencial tener una base sólida en física para comprender y aplicar conceptos de biofísica de
manera efectiva. La biofísica combina principios de física y biología, y sin un conocimiento
adecuado de la física, los estudiantes podrían enfrentar dificultades al abordar problemas en esta
área. Además, la biofísica a menudo requiere el uso de herramientas computacionales avanzadas y
análisis matemáticos, habilidades que se desarrollan en cursos de física. Estas habilidades son
cruciales para el éxito en la investigación y la práctica de la biofísica.

El autor también señala una discrepancia entre los programas de física y biología en términos de
requisitos de cursos, lo que puede llevar a una falta de preparación adecuada para los estudiantes
interesados en la biofísica. Esto destaca la importancia de una revisión de los programas
académicos para ofrecer cursos interdisciplinarios que cubran los aspectos fundamentales de ambas
disciplinas.

Sin embargo, también es importante tener en cuenta que existen argumentos en contra de la
posición del autor. Algunos podrían argumentar que no todos los estudiantes que estudian biología
tienen la intención de seguir una carrera en biofísica, por lo que hacer que tomen cursos de física
avanzada podría no ser relevante para sus objetivos. Además, la disponibilidad de recursos y la
capacitación de profesores también pueden influir en la oferta de cursos de biofísica.

En última instancia, la discusión sobre la disponibilidad de cursos de biofísica y la preparación de

los estudiantes debe considerar una variedad de factores, incluidos los objetivos educativos, las
capacidades de la institución y las necesidades de la comunidad académica y científica. Enfoques
interdisciplinarios y la colaboración entre departamentos pueden ser soluciones efectivas para
abordar estos desafíos y garantizar que los estudiantes estén bien preparados para carreras en
biofísica.

3. (15/100 puntos) A continuación se muestran los valores de las distintas contribuciones a la energía
de interacción en el dímero de benceno, un caso de interacción p-p (Tsuzuki, S. and Uchimaru, T.
Current Organic Chemistry, 2006, 10, 745-762). Los valores de la tabla corresponden a las tres
configuraciones que se obtienen a partir de cálculos teóricos: slipped-parallel, T-shaped y sandwich
(ver figura).
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Etotal Eelectrostatic Einduction Edispersion Erepulsion

Configuración
(kcal/mol) (kcal/mol) (kcal/mol) (kcal/mol) (kcal/mol)
Slipped-parallel -2.48 0.90 -0.25 -6.14 3.01
T-shape -2.46 -0.55 -0.17 -3.48 1.74
Sandwich -1.48 1.24 -0.21 -5.74 3.23

a) ¿Cómo clasificaría usted la estabilidad de los dímeros de benceno presentados?

Slipped-parallel y T-shape son los más estables ya que la fuerza de atracción es mayor. Son igual de estables
ya que la diferencia no es muy grande, por lo tanto, no es significativa
Sandwich menos estable de los tres
Este análisis es teniendo em cuenta que el valor de la energía total es el único que determina la
estabilidad de la molécula
b) ¿Cuál considera usted que es la principal contribución a la estabilización de los dímeros?
Energía de dispersión de London porque en magnitud son las más grandes con relación a las otras
energías. Sin embargo, todas las energías contribuyen a la estabilidad de los dímeros.
c) ¿Cómo explicaría la orientación de los anillos de benceno en el dímero?
La orientación de los dímeros de benceno se da por las interacciones electrostáticas de las cargas,
la atracción y repulsión entre estas
d) ¿Su respuesta en el numeral (c) aparentemente contradice la del numeral (b)?
La contradicción se hace evidente al considerar lógicamente qué interacciones hacen que una molécula sea
más estable. A primera vista, parece que la conformación "Slipped-parallel" es más estable que la "t-shape",
ya que en la "t-shape" hay menos área disponible para interacciones. Sin embargo, este análisis inicial pasa
por alto el tipo de interacción que ocurre entre las moléculas, que es la dispersión de London. Aunque esta
energía puede parecer insignificante a simple vista, en realidad desempeña un papel crucial en la
determinación de la energía total y la estabilidad de la molécula. En resumen, las apariencias pueden ser
engañosas cuando se analizan las conformaciones sin considerar los valores de las diferentes energías. Pero
una vez que comprendemos qué energía tiene un mayor impacto, la lógica visual deja de ser relevante.

4. (15/100 puntos) La interacción entre el agua y el benceno es un ejemplo de la interacción OH-p;

esto es, un enlace de hidrógeno entre el grupo O-H y un sistema con electrones p. Para el sistema
aguabenceno los cálculos teóricos soportan la existencia de dos configuraciones posibles (ver
figura), siendo ligeramente más estable la forma ‘monodentate’ (Tsuzuki, S. and Uchimaru, T.
Current Organic Chemistry, 2006, 10, 745-762).
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Etotal Eelectrostatic Edispersion Erepulsion

Dímero
(kcal/mol) (kcal/mol) (kcal/mol) (kcal/mol)
C6H6 – H2O -3.02 -1.86 -2.23 1.07

a) En relación con la estabilización de los dímeros, realizar un análisis comparativo con el enlace
de hidrógeno ‘convencional’.
En un enlace de hidrógeno típico, participan moléculas que son polares debido a la presencia de
átomos electronegativos. Estas moléculas actúan como donantes y aceptores de electrones, lo que
permite la formación de enlaces de hidrógeno.

Sin embargo, cuando se forma un dímero entre el agua y el benceno, se produce una situación
interesante. El agua es una molécula polar, mientras que el benceno es apolar y carece de carga
neta. Esto da lugar a una distribución desigual de las cargas, lo que hace que el oxígeno en el agua
tenga una carga parcial negativa.

Esta diferencia de carga provoca una interacción de dipolo-dipolo inducido entre las cargas
parciales en el benceno y la nube de electrones que rodea al anillo bencénico. Además, se produce
una interacción de tipo π-π, en la que los electrones de la nube electrónica del benceno interactúan
con los átomos de hidrógeno del agua.

La presencia de una molécula apolar como el benceno facilita no solo la formación de enlaces de
hidrógeno sino también estas interacciones de dipolo-dipolo inducido y π-π. Estas complejas
interacciones juegan un papel importante en la estabilidad del dímero formado entre el agua y el
benceno, lo que demuestra cómo las propiedades y comportamientos de las sustancias pueden ser
influenciados por una combinación de diferentes tipos de interacciones intermoleculares. Estas
interacciones son esenciales para comprender la química de las sustancias en diversas situaciones.

b) ¿Cómo explicaría la orientación de la molécula de agua respecto al anillo de benceno en el

dímero?
La orientación de cada caso se debe a las interacciones específicas entre las moléculas
involucradas. En ambos escenarios, el oxígeno de la molécula actúa como donante al tener una
carga parcial negativa. En la configuración monodentada, un hidrógeno del benceno se enlaza con
un hidrógeno del agua debido a su disposición, creando así un solo enlace de hidrógeno. Además,
surge una interacción de tipo π-π, ya que la nube de electrones en el benceno puede interactuar con
el hidrógeno libre del agua.
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Por otro lado, en la configuración bidentada, la disposición de los átomos de hidrógeno del agua
permite la formación de dos enlaces de hidrógeno. Esto evita que la nube de electrones del benceno
encuentre con quién interactuar, lo que resulta en la ausencia de enlaces de tipo π-π. La presencia
de enlaces π-π contribuye a la estabilidad de la molécula, incluso si la cantidad de enlaces de
hidrógeno es menor. Aunque esta diferencia no sea significativa, explica por qué la configuración
monodentada es ligeramente más estable que la bidentada.

c) ¿Cómo imagina usted que se comportaría el sistema agua-amoniaco?

La interacción se debe a un fenómeno de dipolo-dipolo inducido, ya que el amoniaco no presenta
carga neta. Esta interacción surge debido a las diferencias en electronegatividad entre ambas
moléculas, ambas de naturaleza polar, con el oxígeno actuando como donante y el nitrógeno como
aceptor. Además, también es posible que se establezcan enlaces de hidrógeno entre ellas.

En el caso particular del amoniaco, dado que posee tres átomos de hidrógeno disponibles, puede
formar una tercera configuración estable conocida como tridentada. En esta configuración, los tres
hidrógenos del benceno se unen a los tres del amoniaco. Asimismo, en esta disposición, el
nitrógeno puede adquirir una carga parcial negativa y actuar como donante, de manera similar a
cómo lo haría una molécula de agua.

Bonus (10 puntos extra): Consultar qué significan las configuraciones monodentate y bidentate.

Configuración monodentada: en este tipo de configuración la molécula que tiene un átomo

que actúa como donante comparte un par de electrones con el átomo central el complejo de la
otra molécula, esta suele ser metálica.

Configuración bidentada: en este tipo de configuración la molécula posee dos átomos que
actuamos con donantes haciendo que se compartan un par de electrones por átomo involucrado,
haciendo que tenga dos sitios de unión

5. (20 puntos) Considerar el caso en el que una proteína se pliegua de tal manera que en el estado
nativo la cadena lateral de una His queda a una distancia de 3.5 Å de un residuo de Glu.

a) Suponiendo que la región en la que ocurre esta interacción tiene una permitividad relativa εr =
40, calcular la energía para la interacción His×××Glu.

1 q1q2
Fórmula Wes= para hallar la energía de interacción de la histidina y glutamato
4 πε 0 εr r

1 q1q2
Wes=
4 πε 0 εr r
−19
1 −1.6 x 10 ∗1.6 x 10−19
Wes= 12
4 π 8.854∗10 ∗40 3.5 A °
 8 /8

−19 −19
1 −1.6 x 10 ∗−1.6 x 10
Wes= 12
4 π 8.854∗10 ∗40 3.5 A °

−13
Wes=6.16 x 10

b) Considerar que con el plegamiento de la proteína la constante de disociación de la His, o de

manera equivalente el pKa correspondiente, se modifica debido al microambiente y que dicha
modificación (ΔpKa) puede estimarse a partir de la energía de interacción para el par
His×××Glu. Obtener una expresión que permita estimar el cambio en pKa.

Podemos inferir que la histidina tiene dos posibles estados para su interacción con el glutamato. El
primero ocurre cuando forma un enlace adicional con un átomo de hidrógeno en su grupo imidazol,
lo que significa que está protonado. La segunda forma implica que no haya enlace con este
hidrógeno, lo que resulta en una molécula desprotonada. La forma en la que interactúa con mayor
facilidad es en su estado protonado, lo que la convierte en un ácido más débil y, por lo tanto,
aumenta su valor de pKa. Conocemos que el pKa de la histidina es de 6.04, y cuando interactúa
con el glutamato, este valor de pKa aumenta. Esta relación se puede expresar mediante la
descripción de la energía libre de Gibbs, que vincula estos conceptos de la siguiente manera:

∆ G=−RT ln ∆ Ka
∆ G=2.3 RT pKa

O si se tiene en cuenta concentraciones y la definición de la pKa:

pKa=−log 10 ( Ka )=−log 10 ¿ ¿
−1
∆ pKa= ln ¿ ¿
RT