Exposición de Ingeniería Metabólica

Ingeniería Metabólica y sus
áreas de aplicación
Apari Cossio Eduardo Fabio
Taira Custodio Mario Anthony
Ingeniería Genética
Facultad de Ciencias Biológicas
CONTENIDO
• ¿Qué es la Ingeniería Metabólica?
• Técnicas para el análisis de la Ruta Metabólica
• Requerimientos
• Análisis de las Rutas Metabólicas
• Aplicaciones
¿Qué es la Ingeniería Metabólica?
• La ingeniería metabólica es el grupo de

técnicas y conocimientos aplicados al análisis
y la modulación dirigida de las vías
metabólicas para la producción de metabolitos
o la mejora de propiedades celulares.
¿Qué es la Ingeniería Metabólica?
FUENTE: Nielsen, J. (2001). Metabolic engineering. Applied microbiology and biotechnology, 55(3), 263-283.
Técnicas para el análisis de la Ruta
Metabólica
• Gas chromatography y mass spectrometry (GC-MS)
• Sustratos Marcados con C13
• Matrix-assisted laser desorption/ionisation–time
offlight (MALDI-TOF)
• Proteómica, Transcriptómica y Metabolómica.
• Análisis Bioinformático.
Cromatografía de Gas
Espectometría de masa (E.M)
Análisis de flujo metabólico usando radioisótopos
Wiechert, Wolfgang. 13𝐶 Metabolic Flux Analysis. Metabolic Engineering. 2001. 3, 195-206.
Análisis de flujo metabólico usando
radioisótopos
Ventajas Desventajas
Se requiere conocimientos de
Cuantificación detallada de
técnicas como resonancia
todos los flujos intracelulares
magnética nuclear y E.M
No afecta la ruta metabólica Reactivos costosos
Degradación rápida del Equipos especializados para
radioisótopo su medición
Análisis de flujo metabólico usando
radioisótopos
Requerimientos para realizar
ingeniería metabólica
• Disponibilidad de cepas y vectores adecuados que
permitan una transformación rápida con una
eficiencia de transformación razonable.
• Estabilidad de plásmidos y mRNA de genes
heterólogos.
• Acceso a promotores de fuerza variable.
• Posibilidad de introducción de cambios genéticos
específicos
• Construir genes que codifican proteínas con
propiedades alteradas
Simplified metabolic network illustrating the fluxesJ A, J B, andJ C around intermediate I, which
Análisis de la Ruta Metabólica
is a precursor of metabolite B and C.
• Identificación de la
estructura de la red
metabólica (o topología de
la ruta)
• Cuantificación de los flujos
a través de las ramas de la
red metabólica
• Identificación de las
estructuras de control
Simon Ostergaard et al. Microbiol. Mol. Biol. Rev.
2000;64:34-50
dentro de la red metabólica
Análisis de la Ruta Metabólica
Modelado metabólico a escala del Genoma. (GSMM)

Tomar, N., & De, R. K. (2013). Comparing methods for metabolic network analysis and an application to metabolic
engineering. Gene, 521(1), 1-14.
Aplicaciones
Extensión del Rango de Sustrato
Convierte el sustrato en
compuestos que pueden ser
asimilados y metabolizados
Transporta el sustrato a la célula además de los

genes que codifican la ruta necesaria responsable
de canalizar el sustrato hacia el metabolismo
central del carbono.
Chatzi, K. E., Sardis, M. F., Karamanou, S., & Economou, A. (2013). Breaking on through to the other side:
protein export through the bacterial Sec system. Biochemical Journal, 449(1), 25-37.
Various aspects of metabolic engineering, divided into an analytic part and a synthetic part.
Simon Ostergaard et al. Microbiol. Mol. Biol. Rev.

2000;64:34-50
Peñaranda Contreras, O. I., Perilla Perilla, J. E., & Algecira Enciso, N. A. (2008). Revisión de la modificación química del
almidón con ácidos orgánicos. Ingeniería e Investigación, 28(3), 47-52.
Producción de cerveza en baja calorías

Expresión de glucoamilasa a
partir de Aspergillus
awamoriand
La coexpresión del gen STA2

de Saccharomyces
diastaticus que codifica una
glucoamilasa y un gen AMY1
que codifica una α-amilasa
de Bacillus amyloliquefaciens
Gen pulA de Klebsiella

pneumoniae, que codifica Asimilación del 99%
una pululanasa y se secretó
utilizando el factor α de
feromonas de apareamiento
Vías dirigidas a nuevos productos
Pickens, L., Tang, Y., Heng, Y. Metabolic Engineering for the Production of Natural Production of Natural Products. Annu Rev. Chem.
Biomol Eng. 2011;2:211-236.
Pickens, L., Tang, Y., Heng, Y. Metabolic Engineering for the Production of Natural Production of Natural
Products. Annu Rev. Chem. Biomol Eng. 2011;2:211-236.
1,4-butanediol (BDO) Polímeros valiosos
El 1,4-butanediol (BDO) es un compuesto química usado en la fabricación

de 2.5 millones de toneladas de plásticos y polímeros con valor comercial
Rutas biosintéticas BDO

introducidas en E. coli.
Las enzimas involucradas:

(1) 2-oxoglutarato descarboxilasa
(2) succinil-CoA sintetasa;
(3) succinato semialdehído deshidrogenasa
dependiente de CoA
(4) 4-hidroxibutirato deshidrogenasa;
(5) 4-hidroxibutirilCoA transferasa
Yim H., Haselbeck R., Niu W. et al. Metabolic engineering
(6) 4-hidroxibutiril-CoA reductasa of Escherichia coli fo direct production of 1,4-butanediol.
(7) alcohol deshidrogenasa. Nature Chemical Biology. 2001; 7(7): 445- 52.
Yim H., Haselbeck R., Niu W. et al. Metabolic engineering of Escherichia coli to direct production of 1,4-butanediol.
Nature Chemical Biology. 2001; 7(7): 445-52.
Mejoramiento de la producción
Fenazina-1-ácido carboxílico (PCA) Shenqinmicina
La SHENQINMICINA es un fungicida biológico que puede promover el crecimiento de las

plantas e inhibir diversas bacterias patógenas en los cultivos. Puede controlar eficazmente
diversas enfermedades fúngicas y microbianas de frutas, verduras, arroz, trigo, patatas y
otros cultivos.
Pseudomonas aeruginosa PA1201 Pseudomonas aeruginosa IV
39.3 mg/g 2106.6 mg/g
El rendimiento de PCA de la cepa PA-IV resultante aumentó en 54.6 VECES

2
3 4
2
1
(1) Bloqueo de la conversión de PCA y aumento del bombeo de salida de PCA; (2) aumento del flujo
metabólico hacia la ruta biosintética de PCA a través de la sobreproducción de dos DAHP sintasas y el
bloqueo de la síntesis de 21 metabolitos secundarios; (3) Aumentar el suministro de precursores de PCA
mediante la ingeniería de cinco enzimas que utilizan chorismate; (4) diseñar los promotores de dos grupos
de genes biosintéticos de PCA.
Kaiming Jin, Lian Zhou, Haixia Jiang, Shuang Sun, Yunling Fang, Jianhua Liu, Xuehong Zhang, Ya- Wen He. Engineering the central biosynthetic
and secondary metabolic pathways of Pseudomonas aeruginosa strain PA1201 to improve phenazine-1-carboxylic acid production

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Ingeniería Metabólica y sus

• La ingeniería metabólica es el grupo de

Modelado metabólico a escala del Genoma. (GSMM)

Transporta el sustrato a la célula además de los

Simon Ostergaard et al. Microbiol. Mol. Biol. Rev.

Producción de cerveza en baja calorías

La coexpresión del gen STA2

Gen pulA de Klebsiella

1,4-butanediol (BDO) Polímeros valiosos

El 1,4-butanediol (BDO) es un compuesto química usado en la fabricación

Rutas biosintéticas BDO

Las enzimas involucradas:

Fenazina-1-ácido carboxílico (PCA) Shenqinmicina

La SHENQINMICINA es un fungicida biológico que puede promover el crecimiento de las

Pseudomonas aeruginosa PA1201 Pseudomonas aeruginosa IV

39.3 mg/g 2106.6 mg/g

El rendimiento de PCA de la cepa PA-IV resultante aumentó en 54.6 VECES

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