Miestelis yra vandenvardinis vietovardis, kilęs čia tekančio nuo Nemuno. Apie 1800 m. vietos dvaras priklausė Fergisui, todėl buvo vadintas Fergiso Panemune.[2]
Žemoji Panemunė minima XVI a. pabaigoje (buvo kaimas ir dvaras, manoma, įsikūręs kryžiuočių pilies vietoje). 1732 m. pastatyta pirmoji bažnyčia, XIX a. pradžioje įsteigta parapinė mokykla. 1829 m. Žemoji Panemunė labai nukentėjo nuo potvynio. Dvaras priklausė Gelgaudams, Čartoriskiams, kitoms giminėms, vėliau čia įsitvirtino Fergisai. XIX a. pabaigoje Panemunė – kaimas ir dvaras Naumiesčio apskrities Paežerėlių valsčiuje.[3]
XX a. pradžioje veikė Žiburio draugijos skyrius, nuo 1918 m. – pavasarininkai.[4]
↑Žemoji Panemunė. Lietuviškoji tarybinė enciklopedija, XII t. Vilnius: Mokslo ir enciklopedijų leidybos institutas, 1984. T.XII: Vaislapėlis-Žvorūnė, 511 psl.
↑Žemoji Panemunė. Tarybų Lietuvos enciklopedija, T. 4 (Simno-Žvorūnė). – Vilnius: Vyriausioji enciklopedijų redakcija, 1988. // psl. 667