Endofit
Endofit
Endofit
net/publication/341411209
Pengaruh senyawa volatil yang dihasilkan bakteri endofit asal padi terhadap
Rhizoctonia oryzae dan Cercospora oryzae
CITATIONS READS
4 724
3 authors:
Agung Karuniawan
Universitas Padjadjaran
56 PUBLICATIONS 233 CITATIONS
SEE PROFILE
All content following this page was uploaded by Agung Karuniawan on 28 May 2021.
ABSTRACT
Inhibiton growth of Rhizoctonia oryzae and Cercospora oryzae by volatile compound produced by
rice endophytic bacteria
Fungicide application to control plant diseases have been reported to cause many environmental-
related problems. Therefore, alternative controlling methods which are also environmentally
friendly needed. Endophytic bacteria are known to be used as biological control agents, this is due
to its antifungal properties produced by the bacteria. Laboratory of Plant Protection
Biotechnology, Faculty of Agriculture, Universitas Padjadjaran is developing endophytic bacteria-
based biocontrol agent in which under the testing stage. The study reported the detection of the
antifungal potency of volatile compound produced by the rice endophytic bacteria in suppressing
the growth of Rhizoctonia oryzae, the causal agent of rice sheath spot disease and Cercospora
oryzae, the causal agent of rice narrow spot disease. The experiment was conducted using separate
compartments-dual culture. The result demonstrated that the endophytic bacteria isolate Os1 and
Os2 shown the best inhibition growth of R. oryzae at the value of 68.7% and 65.4%, respectively.
Whereas, bacterial endophyte isolate Os3 gave best inhibition activity against C. oryzae at the
value of 87.1%. Furthermore, the microscopic observation on the mycelia of R. oryzae and C.
oryzae showed alterations incuding lysis, swelling and flattening when exposed to the volatile
compound produced by the endophytic bacteria.
Abstrak
Penggunaan fungisida dalam mengendalikan penyakit pada tanaman telah banyak dilaporkan
menimbulkan dampak negatif terutama terhadap lingkungan. Oleh karena itu diperlukan alternatif
pengendalian lain yang lebih ramah lingkungan. Bakteri endofit telah banyak dimanfaatkan
sebagai agens biokontrol pada berbagai penyakit tanaman karena dikenal sebagai sumber
penghasil senyawa-senyawa yang bersifat antifungal. Laboratorium Bioteknologi Proteksi
Tanaman Fakultas Pertanian Universitas Padjadjaran memiliki koleksi beberapa bakteri endofit
hasil isolasi asal tanaman padi yang masih dalam tahap pengujian. Penelitian ini dilakukan dengan
tujuan untuk mengetahui potensi antijamur dari senyawa volatil yang dihasilkan oleh bakteri
endofit dalam menekan pertumbuhan jamur Rhizoctonia oryzae penyebab penyakit bercak
pelepah daun dan jamur Cercospora oryzae penyebab penyakit bercak daun secara in vitro.
Percobaan dilakukan dengan metode dual culture dengan menggabungkan dua cawan dimana
isolat bakteri endofit dan jamur patogen ditumbuhkan secara terpisah. Hasil pengujian
menunjukkan bahwa isolat bakteri endofit Os1 dan Os2 memiliki kemampuan terbaik dalam
menghambat patogen R. oryzae dengan persentase penghambatan pertumbuhan masing-masing
sebesar 68,7% dan 65,4%. Sedangkan isolat bakteri endofit Os3 adalah isolat bakteri endofit yang
mempunyai kemampuan terbaik dalam menghambat perkembangan patogen C. oryzae dengan
persentase penghambatan sebesar 87,1%. Pengamatan mikroskopis memperlihatkan bahwa
61
Jurnal Agrikultura 2020, 31 (1): 61-67 Penghambatan Pertumbuhan Rhizoctonia oryzae …
ISSN 0853-2885
senyawa volatil yang dikeluarkan oleh isolat-isolat bakteri endofit tersebut dapat menyebabkan
terjadinya malformasi seperti lisis, pembengkakan dan penipisan pada miselia jamur R. oryzae dan
C. oryzae.
62
Jurnal Agrikultura 2020, 31 (1): 61-67 Penghambatan Pertumbuhan Rhizoctonia oryzae …
ISSN 0853-2885
BAHAN DAN METODE 5% (Gomez & Gomez, 1995). Analisis lanjut Uji
Tukey HSD dilakukan terhadap diameter koloni R.
Perbanyakan jamur C. oryzae dan R. oryzae serta oryzae dan C. oryzae. Persentase penghambatan
perbanyakan bakteri endofit isolat Os pertumbuhan jamur patogen akibat senyawa volatil
Jamur R. oryzae, C. oryzae dan bakteri dihitung dengan rumus sebagai berikut:
endofit isolat Os merupakan koleksi dari
Laboratorium Bioteknologi Proteksi Tanaman, c−t
I= x 100%
Fakultas Pertanian, Universitas Padjadjaran. Jamur c
R. oryzae dan C. oryzae masing-masing Keterangan:
ditumbuhkan dan diperbanyak pada media PDA I = persentase penghambatan
(Potato Dextrose Agar). Sementara bakteri endofit c = jari-jari kontrol P. oryzae
isolat Os ditumbuhkan dan diperbanyak pada media t = jari-jari perlakuan P. oryzae
HPDA (half strength PDA).
Pengamatan pengaruh senyawa volatil yang
Pengujian efek senyawa volatil bakteri endofit os
dikeluarkan oleh isolat bakteri endofit terhadap
terhadap C. oryzae dan R. oryzae
pertumbuhan jamur patogen dilakukan setiap hari.
Pengujian efek senyawa volatile yang
Pengamatan dihentikan setelah koloni jamur
dihasilkan bakteri Os dilakukan dengan
patogen pada perlakuan kontrol telah memenuhi
menggunakan metode dual culture dengan
cawan petri. Pengamatan secara mikrosopis terhadap
compartment terpisah yang dimodifikasi dari Guo et
kondisi hifa jamur patogen pada setiap perlakuan
al. (2019). Jamur patogen ditumbuhkan pada media
dilakukan pada akhir pengujian dengan perbesaran
PDA dengan menyimpan satu biakan jamur
400 kali.
berukuran 0,5 cm di tengah media dan bakteri Os
ditumbuhkan pada media ISP2 (International
Streptomyces Project 2, dengan komposisi yeast 4 g, HASIL DAN PEMBAHASAN
malt 10 g, glucose 4 g, agar 15 g, akuades 1 l, pH
7,0±0,2) dengan cara menggoreskan secara penuh Pengaruh senyawa volatil dari isolat bakteri endofit
pada permukaan agar. Kedua biakan jamur patogen tanaman padi terhadap pertumbuhan R. oryzae dan
dan isolat bakteri endofit kemudian digabungkan C. oryzae
menjadi satu seperti pada Gambar 1. Masing-masing Hasil pengujian menunjukkan bahwa
biakan jamur patogen yang digabungkan dengan seluruh isolat bakteri endofit Os yang diuji memiliki
media ISP2 tanpa bakteri digunakan sebagai kontrol. kemampuan menghasikan senyawa volatil yang
Pengamatan dilakukan terhadap diameter koloni dapat menekan pertumbuhan jamur patogen baik R.
jamur patogen. oryzae (Gambar 2) maupun C. oryzae (Gambar 3).
Kemampuan isolat bakteri endofit dalam menekan
patogen R. oryzae menunjukkan persentase
penghambatan tertinggi ditunjukkan oleh isolat Os1
dan Os2 dimana keduanya mampu menghambat
pertumbuhan patogen R. oryzae secara berurutan
sebesar 68,7% dan 65,4%. Sementara persentase
penghambatan terendah ditunjukkan oleh isolat
Gambar 1. Ilustrasi pengujian efek volatil isolat bakteri endofit Os8 yang hanya mampu
menghambat sebesar 11,9%. Isolat bakteri endofit
bakteri endofit terhadap patogen C.
Os1 dan Os2 terlihat mampu menghambat
oryzae dan R. oryzae
pertumbuhan R. oryzae secara signifikan
Pengolahan statistik terhadap data hasil berdasarkan data uji lanjut Tukey HSD (Tabel 1).
Kemudian hasil pengujian isolat bakteri
percobaan dilakukan menggunakan program R
endofit Os terhadap penghambatan patogen C.
Statistik versi 1.1.456. Analisis data hasil percobaan
dilakukan dengan ANOVA kemudian apabila hasil
oryzae juga menunjukkan hasil penekanan
pertumbuhan yang baik.
menunjukkan perbedaan yang nyata maka dilakukan
uji Tukey HSD sebagai uji lanjutan pada taraf nyata
63
Jurnal Agrikultura 2020, 31 (1): 61-67 Penghambatan Pertumbuhan Rhizoctonia oryzae …
ISSN 0853-2885
Tabel 1. Diameter koloni jamur R. oryzae dan persentase penghambatan pertumbuhannya setelah dual
culture dengan bakteri endofit isolat Os pada pengamatan 8 HSP.
Perlakuan Diameter R. oryzae (cm) Persentase Penghambatan (%)
Kontrol 9,00 a -
Os1 2,81 d 68,7
Os2 3,11 d 65,4
Os3 3,63 cd 59,6
Os4 6,25 bc 30,5
Os5 5,26 bcd 41,5
Os6 5,48 bcd 39,1
Os7 3,70 cd 58,9
Os8 7,93 ab 11,9
Os10 5,16 cd 42,6
Keterangan: Angka yang diikuti oleh huruf yang berbeda pada kolom yang sama berbeda nyata berdasarkan Uji Tukey HSD pada taraf
nyata 5%.
Terbukti melalui hasil uji lanjut Tukey HSD yang patogen C. oryzae. Besar penghambatan isolat Os3
menunjukkan bahwa seluruh isolat bakteri endofit mencapai 87,1%. Sedangkan untuk persentase
Os yang diujikan menunjukkan diameter koloni penghambatan paling rendah ditunjukkan oleh isolat
berbeda nyata dengan perlakuan kontrol. Pada bakteri endofit Os10 dan Os4 dengan persentase
pengamatan terakhir (14 HSP) terlihat bahwa isolat penghambatan masing-masing sebesar 71,9% dan
bakteri endofit Os3 menunjukkan persentase dengan 70% (Tabel 2).
tingkat penghambatan paling tinggi dalam menekan
Tabel 2. Diameter koloni jamur C. oryzae dan persentase penghambatan pertumbuhannya setelah dula
culture dengan bakteri endofit isolat Os pada pengamatan 14 HSP.
Perlakuan Diameter C. oryzae (cm) Persen Penghambatan (%)
Kontrol 7,88 a -
Os1 1,51 bc 80,8
Os2 1,96 bc 75,0
Os3 1,01 c 87,1
Os4 2,36 b 70,0
Os5 1,85 bc 76,5
Os6 2,25 b 71,4
Os7 1,95 bc 75,3
Os8 1,36 bc 82,7
Os10 2,21 b 71,9
Keterangan: Angka yang diikuti oleh huruf yang berbeda pada kolom yang sama berbeda nyata berdasarkan Uji Tukey
HSD pada taraf nyata 5%.
Hasil penelitian sebelumnya yang dilakukan bioaktif metabolit sekitar 2500 senyawa (Solecka et
oleh Hartati (2019) juga menunjukkan bahwa isolat al., 2012). Lebih lanjut Hartati (2019) juga
bakteri endofit Os3 dapat menghasilkan senyawa melaporkan bahwa isolat Os1 dan Os3 mampu
metabolit sekunder yang sifat antifungal terhadap menghasilkan senyawa volatil dengan aktivitas
pertumbuhan P. oryzae. Isolat bakteri endofit Os3 antijamur terhadap P. oryzae yang relatif lebih
mampu menghambat pertumbuhan P. oryzae tinggi dibandingkan isolat lainnya, yaitu masing-
dengan kisaran 28,17% hingga 37,2%. Widiantini et masing sebesar 71,3% dan 62,9%. Hal ini
al. (2017) melaporkan bahwa isolat bakteri endofit menunjukkan bahwa senyawa volatil yang
Os3 tergolong ke dalam kelompok Actinomycetes. dihasilkan oleh isolat bakteri endofit tersebut aktif
Kelompok Actinomycetes dari non-Streptomyces terhadap beberapa patogen utama pada tanaman
juga diketahui mampu menghasilkan senyawa padi.
64
Jurnal Agrikultura 2020, 31 (1): 61-67 Penghambatan Pertumbuhan Rhizoctonia oryzae …
ISSN 0853-2885
Gambar 2. Pengaruh senyawa volatil yang dikeluarkan oleh bakteri endofit terhadap pertumbuhan jamur
R. oryzae pada pengamatan 8 HSP (Hari Setelah Perlakuan).
Ainun (2018) dalam penelitiannya merupakan senyawa volatil yang dapat diemisikan
melaporkan bahwa beberapa Isolat bakteri endofit oleh bakteri (Effmert et al., 2012). Weisskopf (2013)
Os seperti Os2, Os3, Os4, Os7, dan Os10 mampu menyatakan bahwa bakteri yang mampu menekan
menghasilkan senyawa HCN yang dikenal sebagai pertumbuhan jamur melalui senyawa volatil
senyawa antifungal yang biasa dihasilkan bakteri. diantaranya adalah bakteri dari kelompok
Senyawa anorganik seperti karbondioksida, Pseudomonas, Streptomyces dan Bacillus dimana
hidrogen, amonia, karbonmonoksida, dan HCN bakteri tersebut banyak menghasilkan HCN.
Gambar 3. Pengaruh senyawa volatil yang dikeluarkan oleh bakteri endofit terhadap pertumbuhan jamur
C. oryzae pada 14 HSP (Hari Setelah Perlakuan).
Pengaruh senyawa volatil terhadap morfologi jamur Hal serupa juga terjadi pada semua isolat
R. oryzae dan C. oryzae secara mikroskopis bakteri endofit Os yang diujikan kepada patogen C.
Senyawa volatil yang dikeluarkan oleh oryzae. Semua isolat bakteri endofit Os mampu
bakteri endofit isolat Os mempengaruhi morfologi merubah bentuk morfologi dari patogen C. oryzae
miselia R. oryzae dan C. oryzae. Setelah dilakukan (Gambar 4g-4i). Kerusakan yang terjadi pada hifa
pengamatan secara mikroskopis, didapatkan hasil juga pernah dilaporkan dalam penelitian Chen et al.
bahwa semua isolat bakteri endofit Os mampu (2003) dimana hifa Botryosphaeria dothidae yang
menyebabkan perubahan morfologi miselia patogen diperlakukan dengan Paenicillus sp. dapat
R. oryzae yang diujikan. Perubahan morfologi mengalami pembengkakan (bubbles), yang
(malformasi) yang terjadi pada patogen R. oryzae menyebabkan hifa tidak dapat tumbuh dengan
diantaranya seperti hifa yang melilit, hifa sempurna dibandingkan dengan kontrol yang tanpa
membengkak, hifa mengecil, dan hifa menipis perlakuan bakteri.
(Gambar 4b-4e).
65
Jurnal Agrikultura 2020, 31 (1): 61-67 Penghambatan Pertumbuhan Rhizoctonia oryzae …
ISSN 0853-2885
a b c d e
f g h i j
Gambar 4. Morfologi miselia R. oryzae dan C. oryzae yang diamati di bawah mikroskop. R. ozyzae pada
perlakuan kontrol (a), malformasi R. oryzae yang teramati pada perlakuan dual culture dengan
bakteri endofit, hifa yang melilit (b), hifa membengkak (c), hifa lisis tidak berisi (d) dan hifa
yang menipis (e). C. oryzae pada perlakuan kontrol (f), malformasi C. oryzae yang teramati pada
perlakuan dual culture dengan bakteri endofit, hifa mengeriting (g, h) dan hifa tidak berisi (i, j).
Senyawa antifungal yang dihasilkan oleh isolat terhadap jamur C. oryzae. Hasil ini menunjukkan
bakteri endofit secara umum mengakibatkan bahwa bakteri endofit isolat Os menghasilkan
terjadinya pertumbuhan yang abnormal pada hifa senyawa volatil yang menekan pertumbuhan jamur
(malformasi), yang ditunjukkan dengan patogen sehingga dapat dikembangkan untuk
pembengkakan dan pemendekan hifa yang digunakan sebagai alternatif pengendalian penyakit
mengakibatkan hifa tidak dapat berkembang dengan bercak pelapah dan bercak coklat sempit pada
sempurna. tanaman padi.
Haggag & Mohamed (2007) menyatakan
bahwa antibiosis merupakan mekanisme antagonis DAFTAR PUSTAKA
dengan menghasilkan metabolit sekunder berupa
antibiotik atau senyawa mirip antibiotik seperti Ainun, K. 2018. Aktivitas Bakteri Endofit Asal
enzim pelisis, senyawa yang mudah menguap, Tanaman Padi dalam Mendegradasi Kitin,
siderofor, dan substansi toksik lainnya. Dari berbagai Melarutkan Fosfat, dan Menghasilkan Asam
isolat bakteri endofit yang diuji, memperlihatkan Sianida (HCN). Universitas Padjadjaran.
hasil kerusakan yang bervariasi. Adanya perbedaan Skripsi.
kemampuan tersebut diduga karena adanya [BP Padi] Bank Pengetahuan Padi Indonesia. 2009.
perbedaan kemampuan isolat bakteri endofit dalam Informasi Ringkas. Tanaman Padi, Bogor
mensekresikan senyawa metabolit sekunder yang (ID): Pusat Penelitian dan Pengembangan
bersifat antimikroba, seperti antibiotik, hydrogen, Tanaman Pangan dan Balai Besar Penelitian
sianida (HCN) dan sintesis berbagai enzim degradasi Chen, WQ, DP Morgan, D Felts, and TJ Michailides.
dinding sel seperti lipase, selulase, protease, dan 2003. Antagonism of Paenibacillus
kitinase (Syamsudin et al., 2007). Kemudian senyawa lentimorbus to Botryosphaeria dothidea and
penghambat lain yang juga dihasilkan oleh agens biological control of panicle and shoot
biokontrol seperti butirolakton, amonia, 0-1,3- blight of pistachio. Plant Disease. 87:359-
glukanase, 2,4-diasetilfloroglusinol, dan kitinase 365.
(Whipps, 2001). D'alessandro, M, M Erb, J Ton, A Brandenburg, D
Karlen, J Zopfi, and TCJ. Turlings. 2014.
SIMPULAN Volatiles produced by soil-borne
endophytic bacteria increase plant pathogen
senyawa volatil yang dikeluarkan oleh resistance and affect tritrophic interactions.
bakteri endofit isolat Os asal tanaman padi dapat Plant, Cell and Environment. 37: 813-26.
menekan pertumbuhan jamur patogen R. oryzae dan Effmert, U, J Kalderás, R Warnke, and B Piechulla.
C. oryzae. Penekanan pertumbuhan terbaik 2012. Volatile mediated interactions
ditunjukkan oleh bakteri isolat Os1 dan Os2 between bacteria and fungi in the soil.
terhadap jamur R. oryzae dan isolat Os1 dan Os3
66
Jurnal Agrikultura 2020, 31 (1): 61-67 Penghambatan Pertumbuhan Rhizoctonia oryzae …
ISSN 0853-2885
Journal Chemical and Ecological. 38: 665- Oerke, EC, HW Dehne, F Schonbeck, and A Weber.
703. 1994. Crop Production and Crop Protection:
Gomez, KA, dan AA Gomez. 1995. Prosedur Statistik Estimated Losses in Major Food and Cash
untuk Penelitian Pertanian. Jakarta: UI Crops. Netherlands: Elsevier Science.
Press. Oerke, EC. 2006. Crop losses to pests. Journal of
Guo, Q, A Kamio, BS Sharma, Y Sagara, M Arakawa, Agricultural Science. 144: 31-43.
and K Inagaki. 2006. Survival and Prasetyo, MSH, R Masnilah, dan Wagiyana. 2017.
subsequent of rice sclerotial diseases fungi, Kajian intensitas penyakit bercak coklat
Rhizoctonia oryzae and Rhizoctonia sempit (Cercospora oryzae) dan teknik
oryzae-sativae, in paddy fields. Plant pengendaliannya pada padi (Oryza sativa L.)
Disease. 90: 615−622. di kabupaten jember. Gontor Agrotech
Guo, Y, A Ghirardo, B Weber, JP Schnitzler, JP Science Journal. 3 (2): 59-83. DOI:
Benz, M Rosenkranz. 2019. Trichoderma 10.21111/agrotech.v3i2.932.
Species differ in their volatile profiles and Solecka, J, M Postek, J Ziemska, dan A Rajnisz-
in antagonism toward ectomycorrhiza Mateusiak. 2012. Biologically active
Laccaria bicolor. Frontiers in Microbiology. secondary metabolities from actinomycetes.
10:891. doi: 10.3389/fmicb.2019.00891. Central European Journal of Biology. 7:
PMID: 31105677; PMCID: PMC6499108. 373-39.
Haggag, WM, and HAA Mohamed. 2007. Sudir, Suprihanto, dan K Pirngadi. 2002. Pengolahan
Biotechnological aspects of microorganism tanah, pemupukan dan intensitas penyakit
used in plant biological control. World padi: pengaruh cara pengolahan tanah dan
Journal of Agricultural Sciences. 3(6): 771– pemupukan terhadap intensitas penyakit
776. dan hasil padi di lahan sawah tadah hujan.
Hartati, F. 2019. Potensi Metabolit Sekunder Asal Penelitian Pertanian Tanaman Pangan. 21
Isolat Bakteri Endofit Padi untuk (2): 30-36.
Menghambat Pertumbuhan Patogen Syamsudin, S Ilyas, Alfizar dan B Amin. 2007.
Penyebab Penyakit Blas (Pyricularia oryzae Pengembangan Biological Seed Treatment
CAV.). Universitas Padjadjaran. Skripsi. untuk Pengendalian Busuk Phytophthora
Kanchiswamy, CN, M Malnoy, and ME Maffei. pada Cabai Merah (Capsicum annum L.).
2015. Chemical diversity of microbial Hibah Bersaing XIV Perguruan Tinggi.
volatiles and their potential for plant Weisskopf, L. 2013. The potential of bacterial
growth and productivity. Frontiers in plant volatiles for crop protection against
science 6: 151-151. phytophathogenic fungi. FORMATEX
doi:10.3389/fpls.2015.00151. Microbial pathogens and strategies for
Lanoiselet, VM, GJ Ash, EJ Cother, MJ Priest, and A combating them: science, technology and
Watson. 2001. First report of Waitea education (A. Méndez-Vilas, Ed.): 1352-
circinata causing sheath spot and 1363.
Rhizoctonia oryzae-sativae causing Widiantini, F, A Herdiansyah, and E Yulia. 2017.
aggregate sheath spot on rice in south- Biocontrol potential of endophytic bacteria
eastern Australia. Australasian Plant isolated from healthy rice plant against rice
Pathology. 30:369-370. blast disease (Pyricularia oryzae Cav.). 2nd
Manurung, I.R., Pinem, M.I., Lubis, L. 2014. Uji International Conference on Sustainable
antagonisme jamur endofit terhadap Agriculture and Food Security: A
Cercospora oryzae Miyake dan Culvularia Comprehensive Approach, KnE Life
lunata (Wakk) Boed. dari tanaman padi di Sciences, 287–295.
laboratorium. Jurnal Online
Agroekoteknologi. 2 (4): 1563-1571.
67