Atlas de Poche de Microbiologie Medicale 2 Ed Chapitre5
Atlas de Poche de Microbiologie Medicale 2 Ed Chapitre5
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com
8 Virologie générale
O. Haller
394
8.2 Structure d’un virus
Une particule virale est un élément inerte produits par la cellule infectée, comme
composé d’un acide nucléique, de proté- s’ils étaient des éléments propres de cette
ines et pour certains virus, d’une enveloppe cellule, expliquent pourquoi l’élabora-
et d’autres composés. Cette forme de virus tion de médicaments antiviraux spéci-
sert à la survie dans le monde extérieur, à la fiques (p. 439) est bien plus difficile que
transmission sur d’autres hôtes, et répond celle des antibiotiques qui affectent les
plus ou moins à certains principes structu- capacités métaboliques bactériennes.
rels communs. Après infection d’une cel- Les détails de la multiplication virale
lule hôte, la particule virale se désagrège ne sont connus que partiellement dans la
en ses différents composants et son exis- majorité des cas. Une meilleure compré-
tence en tant que parasite intracellulaire hension dépend de nouveaux progrès en
débute. Cette phase intracellulaire est biologie moléculaire et cellulaire, à laquelle
programmée par les propriétés génétiques participe la recherche en virologie.
du virus et est, pour cette raison, différente
d’une espèce de virus à l’autre. L’existence
intracellulaire d’un virus est souvent par- 8.2 Structure d’un virus
ticulièrement dynamique. Le programme
génétique se déroule en quelques heures,
avec construction de nouveaux compo- Résumé 8
sants viraux qui sont montés comme à la
chaîne, en virions. Dans d’autres situations, La particule virale infectieuse (virion)
l’information du patrimoine viral est mise est constituée de peu d’éléments
de base avec, de temps à autre, des
en « veilleuse » : elle reste intacte pour pou-
composants supplémentaires. Les
voir être réactivée à un autre moment. Dans
éléments de base comprennent un
la cellule infectée, des protéines virales génome ADN ou ARN, une capside
supplémentaires, qui n’apparaissent pas de protéines virales et souvent une
dans le virion, sont souvent formées. Ces enveloppe, dérivée des membranes
protéines dites non structurelles servent cellulaires
au changement d’orientation du métabo-
lisme cellulaire au profit du virus, ou sont
directement impliquées dans la préserva- D’un point de vue biochimique, les
tion du génome viral ou dans la multipli- virus se composent d’acides nucléiques,
cation virale. de protéines, d’hydrates de carbone et,
Le programme viral n’a qu’un seul pour les virus avec enveloppe, de lipides
objectif, à savoir la survie et la propaga- (f Tableau 8.1). La formation d’un virus
tion du matériel génétique viral. Ce but suit des plans de construction simples qui
est le plus souvent atteint par une sur- se sont développés au cours de l’évolution
production massive de virus infectieux. (f Fig. 8.1).
Les stratégies de multiplication utilisées
sont différentes selon le type de virus. De f Génome. Les virus à ADN sont géné-
la même manière, le destin des cellules tiquement stables et possèdent (comme
hôtes varie en fonction du virus et peut par exemple les Herpesvirus et le virus
aboutir, par exemple, à la mort cellulaire, de la variole) souvent de grands génomes
à l’immortalisation ou à une dégénéres- comprenant une quantité considérable
cence maligne. d’informations génétiques. La majorité
Cet intime échange d’activités entre des virus à ADN sont à double brin (ds,
le virus et la cellule hôte, et le fait que pour double strand) et se présentent sous
l’ensemble des composants du virus sont une forme de filament linéaire avec des
395
Virologie générale
Glycoprotéines
Capside constituée de
8 protomères (hélicoïdale
ou cubique)
Génome (acide
nucléique)
Enveloppe, seulement
chez les virus enveloppés
Fig. 8.1 Structure d’une particule virale (virion) avec enveloppe. L’équipement de base
comporte l’acide nucléique viral (ADN ou ARN) et la capside. La capside est constituée de
sous-unités identiques (capsomères), qui dans le cas de figure le plus simple, se composent
d’homo-oligomères d’une seule protéine. Le plus souvent, le protomère contient plusieurs
protéines différentes qui, ensemble, forment un complexe hétéro-oligomère. L’enveloppe
est constituée d’une double couche lipidique dans laquelle sont intégrées des protéines
virales (et cellulaires).
extrémités définies, ou sous forme d’an- virus à ARN simple brin sont divisés en
neau (circulaire). Les virus à ARN pos- deux classes, en fonction de la polarité de
sèdent, en règle générale, un génome à leur génome. Les virus à ARN simple brin
un brin (ss, pour single strand), sujet à positif [virus (+) ssARN] possèdent un
une fréquence de mutation élevée car les génome ARN à polarité positive, conte-
ARN polymérases n’ont pas les fonctions nant les séquences codantes et servant
de correction d’erreurs des ADN polymé- directement d’ARN messager (ARNm).
rases. La taille du génome et son équipe- Les virus à ARN simple brin négatif [virus
ment génétique sont ainsi limités. Par (-) ssARN] portent un ARN non codant,
contre, les virus à ARN, grâce à la mutation de polarité négative. Ce brin négatif doit
et à la sélection, ont une grande capacité d’abord être transcrit en ARNm à brin
d’adaptation. Des virus à ARN double brin positif complémentaire, dans la cellule
existent mais restent des exceptions. Les infectée, avant qu’ait lieu une synthèse
396
8.2 Structure d’un virus
protéique. Ceci est réalisé par une ARN de construction stricts. L’organisation
polymérase dépendante de l’ARN, propre dans l’espace des composants donne soit
au virus, présente dans la particule virale, une figure en forme de bacille à symé-
et qui est introduite dans la cellule hôte. trie hélicoïdale, soit un corps en forme
d’icosaèdre avec une symétrie cubique. À
f Capside. La capside est constituée côté de ces deux formes, on peut observer
de protéines virales et englobe l’acide des modèles de construction complexes
nucléique génomique. La capside se avec des symétries plus complexes (voir
compose de sous-unités appelées cap- Information complémentaire « Structure
somères. Les capsomères pour leur part des virus »). La capside virale remplit des
sont constitués d’une ou de plusieurs fonctions essentielles. Parmi celles-ci, on
chaînes polypeptidiques codées par le trouve la protection de l’acide nucléique
virus. La capside et l’acide nucléique sont génomique contre les influences de l’en-
en relation plus ou moins étroite. Chez vironnement, et des étapes importantes
beaucoup de virus, la capside entoure le dans l’infection de la cellule hôte (section
génome comme un manteau de protéine. 8.4). Les protéines de la capside déter-
Chez d’autres virus, il existe une liaison minent, chez les virus sans enveloppe,
intime entre l’acide nucléique et les pro- la spécificité de l’hôte et le tropisme cel-
téines de la capside. Dans ce cas, les deux lulaire. Elles portent des déterminants 8
entités sont regroupées sous le nom de antigéniques qui sont importants pour
nucléocapside. Les capsides de nucléo- la protection immunitaire et la classifi-
capsides sont organisées selon des plans cation antigénique des virus (sérotypes).
Information complémentaire
Structure des virus sous forme de « corps d’inclusion ».
Les principes de construction des capsides La nature cristalline des capsides
suivants sont pris en compte pour la purifiées permet une représentation
classification des virus indépendamment tridimensionnelle au moyen de procédés
du fait de la présence d’une enveloppe de visualisation en haute résolution
(f Fig. 8.2) : (f Fig. 8.2b).
• Structure cubique. La capside de • Structure hélicoïdale. La capside de
ces virus se compose de 20 faces ces virus est en règle générale une
triangulaires équilatérales (icosaèdre). nucléocapside (voire sous capside). Les
Un squelette icosaédrique possède une protéines de la capside sont étroitement
symétrie cubique avec liées avec le filament d’acide nucléique
° un axe de symétrie quintuple qui (le plus souvent ARN), et forment une
intervient au niveau des côtés de hélice. Le complexe protéines-acide
l’icosaèdre nucléique, organisé sous forme spiralée,
° un axe de symétrie triple qui passe a un axe de symétrie long qui passe
par le milieu d’un triangle et par le centre du squelette en forme de
° un axe de symétrie double le long des cylindre (f Fig. 8.2c). La nucléocapside
arêtes (f Fig. 8.2a). est aussi désignée comme complexe
ribonucléoprotéique ou, en abréviation,
Les capsides icosaédriques s’intègrent vRNP. Chez la plupart des virus à ARN,
spontanément dans la cellule infectée elle constitue l’unité centrale qui dirige
comme structures à haute organisation, activement toutes les fonctions de
sont visibles en microscopie électroniques transcription et de réplication du génome
397
Virologie générale
viral (p. 409). Chez les virus enveloppés, virus de la variole possède une capside
la nucléocapside filamenteuse est biconcave de grande complexité.
disposée en pelote à l’intérieur de
l’enveloppe (f Fig. 8.2d). Des représentations visuelles sont
• Structure complexe. La capside de accessibles sur les sites Internet suivants :
certains virus est construite de façon www.virology.net, www.virology.wisc.
complexe et ne peut être décrite par edu/IMV.
des symétries simples. Par exemple, le
8 Triple Double
Surface
icosaédrique
a Symétrie cubique b
Fig. 8.2 Formes de symétries de la capside virale. a, b Symétrie cubique : icosaèdre avec
20 faces triangulaires identiques.
a Représentation schématique : symétrie cubique.
b Reconstruction d’une capside de Rhinovirus à partir d’une radiographie en 3D. Les
différentes protéines virales de la capside sont représentées par des couleurs différentes,
à savoir VP1 en bleu, VP2 en vert et VP3 en rouge. VP4 se trouve à l’intérieur et n’est pas
visible (Jean-Yves Sgro/Phanie ; www.virology.wisc.edu/virusworld/jys.php).
398
8.2 Structure d’un virus
Acide nucléique
(génome)
+ Nucléocapside
Capside
d Virus de la rougeole
c Symétrie hélicoïdale
(virus de la mosaïque du tabac)
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Virologie générale
Les virus nus sont, en règle générale, plus tailles de différents virus est rapportée
résistants que les virus enveloppés. dans la f Fig. 8.3. Des ADN-virus excep-
tionnellement grands ont été récemment
f Autres composants. Selon le type de mis en évidence chez les amibes et classés
virus, d’autres structures protéiques sont dans une nouvelle famille (virus géants
présentes dans le virion, qui favorisent ou Megaviridae). Des représentants de
l’infection de la cellule hôte ou la rendent cette famille sont le Mimivirus (microbe
seulement possible. Des exemples sont mimicking virus) et le Megavirus. Avec un
constitués par les ARN polymérases ARN diamètre de 400 nm ils atteignent la taille
dépendantes des virus ARN à simple brin des petites bactéries. Le plus grand virus
négatif, la transcriptase reverse des rétro- mis en évidence à ce jour chez les amibes
virus ou les protéines de tégument des est le Pandoravirus (1 μm × 0,5 μm) qui
Herpesvirus. À ceci s’ajoutent, chez certains contient plus de 2 500 séquences codant
virus, des éléments supplémentaires de des protéines et qui semble constituer un
la cellule hôte comme les ARNt des rétro- stade d’évolution intermédiaire entre un
virus, qui jouent un rôle important dans la virus et une cellule.
rétrotranscription. On ne connaît pas l’im-
portance des ribosomes des Arenavirus ou
8 des protéines membranaires cellulaires qui 8.3 Classification
sont emportées dans l’enveloppe virale.
des virus
f Taille. Les virus pathogènes chez La classification des virus suit certaines
l’homme sont de tailles variables de règles, servant à une meilleure compréhen-
18 nm (Parvovirus) jusqu’à 250 × 350 nm sion des relations entre virus. Elle s’appuie
(virus de la variole). Le pouvoir de réso- sur des propriétés morphologiques, biolo-
lution de la microscopie optique se situe giques, biochimiques et de plus en plus aussi
autour de 300 nm. Une comparaison des génétiques. Les critères principaux sont :
Escherichia coli
100 nm
Poliovirus
Adenovirus
Fig. 8.3 Comparaison de taille entre les virus et les bactéries. Différents virus sont figurés
à l’échelle dans une cellule d’Escherichia coli.
400
8.3 Classification des virus
• La nature du génome : le type d’acide l’homme sont les Parvovirus (18 nm)
nucléique (ADN ou ARN), la forme et les Picornavirus (30 nm) ; les plus
simple ou double brin, la polarité des grands sont les virus de la variole (250
virus à ARN (orientation négative ou × 350 nm).
positive du brin) sont essentiels. Acces- La classification taxonomique des virus est
soirement, on distingue la présentation élaborée par une commission d’experts
du génome en pièces (segmenté) ou internationaux (ICTV) et constamment
en ensemble (non segmenté). On tient adaptée aux nouvelles connaissances
aussi compte de la taille du génome et (www.ictvonline.org). La systématisation
de son organisation. actuelle reconnaît les domaines hiérar-
• La forme de symétrie de la capside : chiques de la famille (caractérisée par le
cubique, hélicoïdale ou complexe. suffixe « –viridae », par exemple Paramyxo-
• La présence d’une enveloppe. viridae), le genre (suffixe « –virus », par
• Le site de multiplication : élaboration exemple Morbillivirus) et l’espèce.
de la nucléocapside dans le noyau ou le Les familles sont en partie subdivisés
cytoplasme de la cellule hôte. en sous-familles (suffixe « –virinae », par
• Le site de l’enveloppement : membrane exemple Alphaherpesvirinae) ou regrou-
du noyau, RE, Golgi, membrane plasmique. pées dans un ordre (suffixe « –virales », par
• La taille du virion : les diamètres exemple Mononegavirales). 8
varient entre 18 et 250 nm (f Fig. 8.3). Les virus principaux en médecine sont
Les plus petits virus pathogènes chez rapportés dans le f Tableau 8.2
401
Virologie générale
402
8.3 Classification des virus
403
Virologie générale
404
8.4 Multiplication des virus
Résumé
La multiplication virale se déroule • la décapsidation
en plusieurs étapes successives bien • la réplication des composants viraux
coordonnées dans le temps, identiques • l’assemblage des composants viraux
pour tous les virus. Ces étapes sont : (encapsidation)
• l’attachement du virus à la cellule hôte • la libération de la nouvelle génération
• la pénétration du virus de virus
1. Attachement
2. Pénétration Interaction entre le
récepteur et le virion
4. Réplication du génome
3. Décapsidation Récepteurs
dans le cytoplasme
de la
5. Assemblage cellule hôte
(encapsidation)
4. Réplication du
génome dans le
noyau cellulaire
6. Libération
Synthèse protéique
Fig. 8.4 Cycle de reproduction du virus. La reproduction du virus suit des étapes
rigoureusement définies se succédant dans le temps (voir texte). Un cycle de reproduction
complet dure quelques heures (cycle rapide, par exemple Influenzavirus) à quelques jours
(cycle lent, par exemple Cytomegalovirus).
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